sp|O82175|SUVH5_ARATH ----> Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH5
Intron 1 GTATGGTCAT ... ATACCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.79 | 82 | 44 | 13 |
| A2 | 27.94 | 49 | 30 | 8 |
| A3 | 21.5 | 84 | 33 | 13 |
| A4 | 27.61 | 59 | 37 | 8 |
| A5 | 25 | 48 | 19 | 13 |
| A6 | 27.1 | 39 | 20 | 9 |
| A7 | 30.48 | 73 | 40 | 24 |
| A8 | 30.1 | 36 | 17 | 14 |
| A9 | 23.08 | 75 | 31 | 14 |
| A10 | 28.14 | 83 | 41 | 24 |
>TRINITY_DN46208_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoformCCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGCACATCCCGCTTGAATTTCGGTCT
GTCTTAACGGTCGGTCCACCAGATGGCGCTGCAATGGCGTTAAGTGGCCCGTGATTTCATTTCAACGGTAGCTTAAGTGGCCCGTGCAGTTTAAATCATATCAAAGAAGAGCAATCTCCATAACGCTTGCTATCCATGCGTTTTCTGATTCTGTAAATAGACATATCTGCATCGGCTAGAGTTTATCGGCATAATATCAG
TGTAGGGCCGTTTTCTTTCCTGCTGTCGTGAATCGAAACAGATTGGAAGGTGGATTTGAATGCAAGCAGACTAGAGGGAACTAGATTTAGGAACTTCTTTTCATGTGGGTAGTTGCTATTAGATAGTTTGTATTTGTAATATCTTTCATCGAAGGCCTTTGGATAGATAACTGAACAAGTTAAGTGGAGCTCTGCGCGCT
GCACGAGAGACCTACTGTGTAAATTCAAGCTATCAGGGGGCATGGACTTAAGGGGCAAATTTGTCGAAGAAACCTCTGATTTAATGGATTCTCGAGGGAACTTGTGGCTCTGGGTTGATTTAATCTTGCGAATAAGTTGAAGTTTATTTGTTTTGGGTTTATACTTGGAAACCTCTGATTTGATGGATTGTCGAGGAACT
TGTGGCTCTGGGTTTAGTTGAAGGCTTTAACAGGGCTTTTCACTGGTCACTTGTAGCGTTTCTTGCTTGCCCTTGCTTATTTGTCTCCCCATTCTACACTGCTTAATCCGACAACTGATAGCGCGGTAGAACCTTTGCCTGGATTTTCTTGCAGCTCTTCTCAGGCCATGGCTCAGCGAACAGAGTGAACCCAAAAGCCT
CGCAAGGAGCCCCCATAAGATCCACACATCTTACTTCAAAGGTTAATATGCGGGTATTATATGTCAGGCCCCTTTCGTTTGCATTGCCTGCTGGATACTCTGTTAATGTTGAAGCTGGAGCCGAAGCCGAAGACGGTGGAACTGCAAGAAAGAGGAAATATGCATATTTGGAATATCATAGAGAAAGGGTGAATCAGATA
CCCAATAAAAACTTAGGATTCACCCCTGCTCATGTCGATGCCAAAGAGCTAGACCCTGAATTTCAAAAGGGCAAACAGGCATACTCGAGTTTGACCAAAGCAAATCTAGCCGAGAATACCCCCCGCAAGCTAAAAAGGAGAAATGAGCCGAAGGATCGGAAAGATGTTAAAGGTGTCTTCGACAAAGAGGCCTTGGACAG
GAGGTCAGTGGTGTCAATGTTCCATTCTTTAGTCCAGAGACTAGCACAGAAACAGGAAACTATGGAACTAGAGGATGATCCAAAAACCAAAAAAGTATTCCACGAGGCATCAGATAGGTTGAAATCTCTTTGGCAGAATCTTTGCAAGAGTCATGTAGGTTCTGTTCCTGGAGTAGAAGTTGGAGATGTGTTCCAGTCTC
GAACGCTGCTGAGCAATATAGGTTTGCATCGACCTCTCCAGGCAGGTATATATTATCTAAAGCCTGAAGAAACAGGTGACTTGGAGCCATTGGCTACCAGCATTGTCTTTTCCGGAGGTTATGAAGACAATATTGACAACGGAGATGTGATCATATACTCAGGCCAAGGTGGGAATGCTCATGATAGGAACAAGAAACAG
GTTTGTGATCAGCAGCTCACTCCAGGGAATGCAGCCCTGAGGAATAGCTGGAAGAAGAAACAGCCTCTTAGATTAATCCGATCATGTGAGGAATTGCCTTGTGGGTATAGGTATGATGGACTTTACAATGTAGAGGAATCCTGGTTAGGAAAGGGACGAGCAGGATATCTGGTGTATAAATTTAAATTAAGGCGGAAACA
AGATCAGCCTCCCCTAGTTTCGCACATAGTTCGGTTCAGGGGCAGTTCACATGGTAAGAAAACAAATGTAATCAAGGAAGACATTGGGGAAGGCCGGCACAAATTTTGTATCTGCGTTGTGAATTCTGTAGACTCTCATACTCTTGATGATTTCAAATACCTCCTTACTGTTAAATATCCAGATTGGTTGCCTAAACCAG
AATTACTAGAAGGATGCCGTTGTATTGGAGGATGTACTGATGCTGAGAACTGTCTTTGTGCTAGAAGAAATGGAGGAGAATTTCCTTACAGACCCAATGGGACACTTGTTAAAGCTAAGACACTAGTGTATGAGTGTGGTCCTAAATGTAGATGCCCACCAACTTGCAAAAATAGGGTTGCTCAACATGGGTTGAAGCAT
GAGCTTGAGATCTTCAGGACTCCAAATAAGGATTGGGGAGTTCGTACATTGGAATTCATACAGGCAGGTGCATTTATTGCTGAGTACACAGGTGATGTTATTGTAGATTACTCCCCCAATAACTCAATGAATAAATTTATCTTCCCAATTTCTTCTATATCTATGGAAGGAAATTGGGGTGACCTGCGAGGTCTGGTGGA
AGATGATGTAGTTTCGGCTTCTCCTTTCCAACTTGTTGAGGATTTGGGTTTCAAAGTGGATGCATCTAATAGAGGGAATGCAAGCAGATTTATACGCAGGAGTTCTAGACCTAACATATTTGCTCAGTATGTTCTACATGATCACCATGACAAGAAGATTCCTCATGTGATGTTATTTGCTCTTGAAAATATCGCACCTC
GGCTTGAGTTGTCTATTAACTCATCTGCAGAACAAACCATCCATAACCGTTTTTGGTCAAAAGATAGAGACATGGGCAAAGCAAGGATGAACAGTAAGTTCAGGAAGTAAAACTGAATGGAGCACTGCAAGAAACATTGTACAGCACCTGTTTTCTAGTCTGCTATCTGAGCACTGCAAGAAGCATTTGTACAGCACCTG
TTACGGTTTCTTTTTAAGGTCTTGTTTACAGAAGAATTTTGTTGCGTACATTCTTCAATCCACAATAGTGAATTTTGACACATCAATATATATTTTGCATTACAGTATTTTTCAAGCATTTAATTGATATATATGATCTGTATTCTATCAAATTCTACCATTAATTTTTGCCCACATTTAGAAGATTCTAAGATATGGTT
TGGCTTAGCTTAGTTACTATACTTGTATTTTAAGATGGTTGAGACATTAAGATGTAGAGTATGATATACAACTACAGCAACTTAGGTTGTTAGTGTATCAGTTATTAAAGTGTTGCAAACATCAGCGGCCAAGATATCGCCAGGTCCCGAGAAATTGC
>TRINITY_DN46208_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGCACATCCCGCTTGAATTTCGGTCT
GTCTTAACGGTCGGTCCACCAGATGGCGCTGCAATGGCGTTAAGTGGCCCGTGATTTCATTTCAACGGTAGCTTAAGTGGCCCGTGCAGTTTAAATCATATCAAAGAAGAGCAATCTCCATAACGCTTGCTATCCATGCGTTTTCTGATTCTGTAAATAGACATATCTGCATCGGCTAGAGTTTATCGGCATAATATCAG
TGTAGGGCCGTTTTCTTTCCTGCTGTCGTGAATCGAAACAGATTGGAAGGTGGATTTGAATGCAAGCAGACTAGAGGGAACTAGATTTAGGAACTTCTTTTCATGTGGGTAGTTGCTATTAGATAGTTTGTATTTGTAATATCTTTCATCGAAGGCCTTTGGATAGATAACTGAACAAGTTAAGTGGAGCTCTGCGCGCT
GCACGAGAGACCTACTGTGTAAATTCAAGCTATCAGGGGGCATGGACTTAAGgtatggtcatttgggtttttgatattttgttgaatggtgcattctttgtttaacaacgagtagagaatcagtatactatgaataactgtgaaacaaatattgtcattctgtggtcattgatacatgtttgatttcagatggtttaagt
ctgttcgggtttaattttcttgcattatttcggtcaatctgatatggggccaacctgtgaatttgttagggattcggtgcagtgtcttgtataaattgggtttctattaatgttgatttaatcttgggaataagtcgagactacttcgttttgggtttatacctgcagGGGCAAATTTGTCGAAGAAACCTCTGATTTAA
TGGATTCTCGAGGGAACTTGTGGCTCTGGGTTGATTTAATCTTGCGAATAAGTTGAAGTTTATTTGTTTTGGGTTTATACTTGGAAACCTCTGATTTGATGGATTGTCGAGGAACTTGTGGCTCTGGGTTTAGTTGAAGGCTTTAACAGGGCTTTTCACTGGTCACTTGTAGCGTTTCTTGCTTGCCCTTGCTTATTTGT
CTCCCCATTCTACACTGCTTAATCCGACAACTGATAGCGCGGTAGAACCTTTGCCTGGATTTTCTTGCAGCTCTTCTCAGGCCATGGCTCAGCGAACAGAGTGAACCCAAAAGCCTCGCAAGGAGCCCCCATAAGATCCACACATCTTACTTCAAAGGTTAATATGCGGGTATTATATGTCAGGCCCCTTTCGTTTGCAT
TGCCTGCTGGATACTCTGTTAATGTTGAAGCTGGAGCCGAAGCCGAAGACGGTGGAACTGCAAGAAAGAGGAAATATGCATATTTGGAATATCATAGAGAAAGGGTGAATCAGATACCCAATAAAAACTTAGGATTCACCCCTGCTCATGTCGATGCCAAAGAGCTAGACCCTGAATTTCAAAAGGGCAAACAGGCATAC
TCGAGTTTGACCAAAGCAAATCTAGCCGAGAATACCCCCCGCAAGCTAAAAAGGAGAAATGAGCCGAAGGATCGGAAAGATGTTAAAGGTGTCTTCGACAAAGAGGCCTTGGACAGGAGGTCAGTGGTGTCAATGTTCCATTCTTTAGTCCAGAGACTAGCACAGAAACAGGAAACTATGGAACTAGAGGATGATCCAAA
AACCAAAAAAGTATTCCACGAGGCATCAGATAGGTTGAAATCTCTTTGGCAGAATCTTTGCAAGAGTCATGTAGGTTCTGTTCCTGGAGTAGAAGTTGGAGATGTGTTCCAGTCTCGAACGCTGCTGAGCAATATAGGTTTGCATCGACCTCTCCAGGCAGGTATATATTATCTAAAGCCTGAAGAAACAGGTGACTTGG
AGCCATTGGCTACCAGCATTGTCTTTTCCGGAGGTTATGAAGACAATATTGACAACGGAGATGTGATCATATACTCAGGCCAAGGTGGGAATGCTCATGATAGGAACAAGAAACAGGTTTGTGATCAGCAGCTCACTCCAGGGAATGCAGCCCTGAGGAATAGCTGGAAGAAGAAACAGCCTCTTAGATTAATCCGATCA
TGTGAGGAATTGCCTTGTGGGTATAGGTATGATGGACTTTACAATGTAGAGGAATCCTGGTTAGGAAAGGGACGAGCAGGATATCTGGTGTATAAATTTAAATTAAGGCGGAAACAAGATCAGCCTCCCCTAGTTTCGCACATAGTTCGGTTCAGGGGCAGTTCACATGGTAAGAAAACAAATGTAATCAAGGAAGACAT
TGGGGAAGGCCGGCACAAATTTTGTATCTGCGTTGTGAATTCTGTAGACTCTCATACTCTTGATGATTTCAAATACCTCCTTACTGTTAAATATCCAGATTGGTTGCCTAAACCAGAATTACTAGAAGGATGCCGTTGTATTGGAGGATGTACTGATGCTGAGAACTGTCTTTGTGCTAGAAGAAATGGAGGAGAATTTC
CTTACAGACCCAATGGGACACTTGTTAAAGCTAAGACACTAGTGTATGAGTGTGGTCCTAAATGTAGATGCCCACCAACTTGCAAAAATAGGGTTGCTCAACATGGGTTGAAGCATGAGCTTGAGATCTTCAGGACTCCAAATAAGGATTGGGGAGTTCGTACATTGGAATTCATACAGGCAGGTGCATTTATTGCTGAG
TACACAGGTGATGTTATTGTAGATTACTCCCCCAATAACTCAATGAATAAATTTATCTTCCCAATTTCTTCTATATCTATGGAAGGAAATTGGGGTGACCTGCGAGGTCTGGTGGAAGATGATGTAGTTTCGGCTTCTCCTTTCCAACTTGTTGAGGATTTGGGTTTCAAAGTGGATGCATCTAATAGAGGGAATGCAAG
CAGATTTATACGCAGGAGTTCTAGACCTAACATATTTGCTCAGTATGTTCTACATGATCACCATGACAAGAAGATTCCTCATGTGATGTTATTTGCTCTTGAAAATATCGCACCTCGGCTTGAGTTGTCTATTAACTCATCTGCAGAACAAACCATCCATAACCGTTTTTGGTCAAAAGATAGAGACATGGGCAAAGCAA
GGATGAACAGTAAGTTCAGGAAGTAAAACTGAATGGAGCACTGCAAGAAACATTGTACAGCACCTGTTTTCTAGTCTGCTATCTGAGCACTGCAAGAAGCATTTGTACAGCACCTGTTACGGTTTCTTTTTAAGGTCTTGTTTACAGAAGAATTTTGTTGCGTACATTCTTCAATCCACAATAGTGAATTTTGACACATC
AATATATATTTTGCATTACAGTATTTTTCAAGCATTTAATTGATATATATGATCTGTATTCTATCAAATTCTACCATTAATTTTTGCCCACATTTAGAAGATTCTAAGATATGGTTTGGCTTAGCTTAGTTACTATACTTGTATTTTAAGATGGTTGAGACATTAAGATGTAGAGTATGATATACAACTACAGCAACTTA
GGTTGTTAGTGTATCAGTTATTAAAGTGTTGCAAACATCAGCGGCCAAGATATCGCCAGGTCCCGAGAAATTGC
Intron 2 GTATGGTCAT ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.07 | 72 | 44 | 79 |
| A2 | 47.65 | 39 | 30 | 41 |
| A3 | 51.49 | 49 | 33 | 71 |
| A4 | 42.16 | 59 | 37 | 49 |
| A5 | 51.94 | 31 | 19 | 48 |
| A6 | 46.15 | 28 | 20 | 28 |
| A7 | 48.6 | 55 | 40 | 64 |
| A8 | 51.65 | 22 | 17 | 30 |
| A9 | 50.62 | 40 | 31 | 51 |
| A10 | 44.63 | 85 | 41 | 96 |
>TRINITY_DN103979_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformCCTCAATTCAAACTTGTTCCAGTCCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGC
ACATCCCGCTTGAATTTCGGTCTGTCTTAACGGTCGGTCCACCAGATGGCGCTGCAATGGCGTTAAGTGGCCCGTGATTTCATTTCAACGGTAGCTTAAGTGGCCCGTGCAGTTTAAATCATATCAAAGAAGAGCAATCTCCATAACGCTTGCTATCCATGCGTTTTCTGATTCTGTAAATAGACATATCTGCATCGGCT
AGAGTTTATCGGCATAATATCAGTGTAGGGCCGTTTTCTTTCCTGCTGTCGTGAATCGAAACAGATTGGAAGGTGGATTTGAATGCAAGCAGACTAGAGGGAACTAGATTTAGGAACTTCTTTTCATGTGGGTAGTTGCTATTAGATAGTTTGTATTTGTAATATCTTTCATCGAAGGCCTTTGGATAGATAACTGAACA
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TGCATTGCCTGCTGGATACTCTGTTAATGTTGAAGCTGGAGCCGAAGCCGAAGACGGTGGAACTGCAAGAAAGAGGAAATATGCATATTTGGAATATCATAGAGAAAGGGTGAATCAGATACCCAATAAAAACTTAGGATTCACCCCTGCTCATGTCGATGCCAAAGAGCTAGACCCTGAATTTCAAAAGGGCAAACAGG
CATACTCGAGTTTGACCAAAGCAAATCTAGCCGAGAATACCCCCCGCAAGCTAAAAAGGAGAAATGAGCCGAAGGATCGGAAAGATGTTAAAGGTGTCTTCGACAAAGAGGCCTTGGACAGGAGGTCAGTGGTGTCAATGTTCCATTCTTTAGTCCAGAGACTAGCACAGAAACAGGAAACTATGGAACTAGAGGATGAT
CCAAAAACCAAAAAAGTATTCCACGAGGCATCAGATAGGTTGAAATCTCTTTGGCAGAATCTTTGCAAGAGTCATGTAGGTTCTGTTCCTGGAGTAGAAGTTGGAGATGTGTTCCAGTCTCGAACGCTGCTGAGCAATATAGGTTTGCATCGACCTCTCCAGGCAGGTATATATTATCTAAAGCCTGAAGAAACAGGTGA
CTTGGAGCCATTGGCTACCAGCATTGTCTTTTCCGGAGGTTATGAAGACAATATTGACAACGGAGATGTGATCATATACTCAGGCCAAGGTGGGAATGCTCATGATAGGAACAAGAAACAGGTTTGTGATCAGCAGCTCACTCCAGGGAATGCAGCCCTGAGGAATAGCTGGAAGAAGAAACAGCCTCTTAGATTAATCC
GATCATGTGAGGAATTGCCTTGTGGGTATAGGTATGATGGACTTTACAATGTAGAGGAATCCTGGTTAGGAAAGGGACGAGCAGGATATCTGGTGTATAAATTTAAATTAAGGCGGAAACAAGATCAGCCTCCCCTAGTTTCGCACATAGTTCGGTTCAGGGGCAGTTCACATGGTAAGAAAACAAATGTAATCAAGGAA
GACATTGGGGAAGGCCGGCACAAATTTTGTATCTGCGTTGTGAATTCTGTAGACTCTCATACTCTTGATGATTTCAAATACCTCCTTACTGTTAAATATCCAGATTGGTTGCCTAAACCAGAATTACTAGAAGGATGCCGTTGTATTGGAGGATGTACTGATGCTGAGAACTGTCTTTGTGCTAGAAGAAATGGAGGAGA
ATTTCCTTACAGACCCAATGGGACACTTGTTAAAGCTAAGACACTAGTGTATGAGTGTGGTCCTAAATGTAGATGCCCACCAACTTGCAAAAATAGGGTTGCTCAACATGGGTTGAAGCATGAGCTTGAGATCTTCAGGACTCCAAATAAGGATTGGGGAGTTCGTACATTGGAATTCATACAGGCAGGTGCATTTATTG
CTGAGTACACAGGTGATGTTATTGTAGATTACTCCCCCAATAACTCAATGAATAAATTTATCTTCCCAATTTCTTCTATATCTATGGAAGGAAATTGGGGTGACCTGCGAGGTCTGGTGGAAGATGATGTAGTTTCGGCTTCTCCTTTCCAACTTGTTGAGGATTTGGGTTTCAAAGTGGATGCATCTAATAGAGGGAAT
GCAAGCAGATTTATACGCAGGAGTTCTAGACCTAACATATTTGCTCAGTATGTTCTACATGATCACCATGACAAGAAGATTCCTCATGTGATGTTATTTGCTCTTGAAAATATCGCACCTCGGCTTGAGTTGTCTATTAACTCATCTGCAGAACAAACCATCCATAACCGTTTTTGGTCAAAAGATAGAGACATGGGCAA
AGCAAGGATGAACAGTAAGTTCAGGAAGTAAAACTGAATGGAGCACTGCAAGAAACATTGTACAGCACCTGTTTTCTAGTCTGCTATCTGAGCACTGCAAGAAGCATTTGTACAGCACCTGTTACGGTTTCTTTTTAAGGTCTTGTTTACAGAAGAATTTTGTTGCGTACATTCTTCAATCCACAATAGTGAATTTTGAC
ACATCAATATATATTTTGCATTACAGTATTTTTCAAGCATTTAATTGATATATATGATCTGTATTCTATCAAATTCTACCATTAATTTTTGCC
>TRINITY_DN103979_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:CCTCAATTCAAACTTGTTCCAGTCCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGC
ACATCCCGCTTGAATTTCGGTCTGTCTTAACGGTCGGTCCACCAGATGGCGCTGCAATGGCGTTAAGTGGCCCGTGATTTCATTTCAACGGTAGCTTAAGTGGCCCGTGCAGTTTAAATCATATCAAAGAAGAGCAATCTCCATAACGCTTGCTATCCATGCGTTTTCTGATTCTGTAAATAGACATATCTGCATCGGCT
AGAGTTTATCGGCATAATATCAGTGTAGGGCCGTTTTCTTTCCTGCTGTCGTGAATCGAAACAGATTGGAAGGTGGATTTGAATGCAAGCAGACTAGAGGGAACTAGATTTAGGAACTTCTTTTCATGTGGGTAGTTGCTATTAGATAGTTTGTATTTGTAATATCTTTCATCGAAGGCCTTTGGATAGATAACTGAACA
AGTTAAGTGGAGCTCTGCGCGCTGCACGAGAGACCTACTGTGTAAATTCAAGCTATCAGGGGGCATGGACTTAAGgtatggtcatttgggtttttgatattttgttgaatggtgcattctttgtttaacaacgagtagagaatcagtatactatgaataactgtgaaacaaatattgtcattctgtggtcattgatacat
gtttgatttcagatggtttaagtctgttcgggtttaattttcttgcattatttcggtcaatctgatatggggccaacctgtgaatttgttagggattcggtgcagtgtcttgtataaattgggtttctattaatgttgatttaatcttgggaataagtcgagactacttcgttttgggtttatacctgcaggggcaaatt
tgtcgaagaaacctctgatttaatggattctcgagggaacttgtggctctgggttgatttaatcttgcgaataagtttttatttgttttgggtttatacttggaaacctctgatttgatggattgtcgaggaacttgtggctctgggtttagttgaaggctttaacagggcttttcactggtcacttgcagcgtttcttg
cttgcccttgcttatttgtctccccattctacactgcttaatccgacaactgatagcgcggtagaacctttgcctggattttcttgcagCTCTTCTCAGGCCATGTCTCAGCGAACAGAGTGAACCCAAAAGCCTCGCAAGGAGCCCCCATAAGATCCACACATCTTACTTCAAAGGTTAATATGCGGGTATTATATGTC
AGGCCCCTTTCGTTTGCATTGCCTGCTGGATACTCTGTTAATGTTGAAGCTGGAGCCGAAGCCGAAGACGGTGGAACTGCAAGAAAGAGGAAATATGCATATTTGGAATATCATAGAGAAAGGGTGAATCAGATACCCAATAAAAACTTAGGATTCACCCCTGCTCATGTCGATGCCAAAGAGCTAGACCCTGAATTTCA
AAAGGGCAAACAGGCATACTCGAGTTTGACCAAAGCAAATCTAGCCGAGAATACCCCCCGCAAGCTAAAAAGGAGAAATGAGCCGAAGGATCGGAAAGATGTTAAAGGTGTCTTCGACAAAGAGGCCTTGGACAGGAGGTCAGTGGTGTCAATGTTCCATTCTTTAGTCCAGAGACTAGCACAGAAACAGGAAACTATGG
AACTAGAGGATGATCCAAAAACCAAAAAAGTATTCCACGAGGCATCAGATAGGTTGAAATCTCTTTGGCAGAATCTTTGCAAGAGTCATGTAGGTTCTGTTCCTGGAGTAGAAGTTGGAGATGTGTTCCAGTCTCGAACGCTGCTGAGCAATATAGGTTTGCATCGACCTCTCCAGGCAGGTATATATTATCTAAAGCCT
GAAGAAACAGGTGACTTGGAGCCATTGGCTACCAGCATTGTCTTTTCCGGAGGTTATGAAGACAATATTGACAACGGAGATGTGATCATATACTCAGGCCAAGGTGGGAATGCTCATGATAGGAACAAGAAACAGGTTTGTGATCAGCAGCTCACTCCAGGGAATGCAGCCCTGAGGAATAGCTGGAAGAAGAAACAGCC
TCTTAGATTAATCCGATCATGTGAGGAATTGCCTTGTGGGTATAGGTATGATGGACTTTACAATGTAGAGGAATCCTGGTTAGGAAAGGGACGAGCAGGATATCTGGTGTATAAATTTAAATTAAGGCGGAAACAAGATCAGCCTCCCCTAGTTTCGCACATAGTTCGGTTCAGGGGCAGTTCACATGGTAAGAAAACAA
ATGTAATCAAGGAAGACATTGGGGAAGGCCGGCACAAATTTTGTATCTGCGTTGTGAATTCTGTAGACTCTCATACTCTTGATGATTTCAAATACCTCCTTACTGTTAAATATCCAGATTGGTTGCCTAAACCAGAATTACTAGAAGGATGCCGTTGTATTGGAGGATGTACTGATGCTGAGAACTGTCTTTGTGCTAGA
AGAAATGGAGGAGAATTTCCTTACAGACCCAATGGGACACTTGTTAAAGCTAAGACACTAGTGTATGAGTGTGGTCCTAAATGTAGATGCCCACCAACTTGCAAAAATAGGGTTGCTCAACATGGGTTGAAGCATGAGCTTGAGATCTTCAGGACTCCAAATAAGGATTGGGGAGTTCGTACATTGGAATTCATACAGGC
AGGTGCATTTATTGCTGAGTACACAGGTGATGTTATTGTAGATTACTCCCCCAATAACTCAATGAATAAATTTATCTTCCCAATTTCTTCTATATCTATGGAAGGAAATTGGGGTGACCTGCGAGGTCTGGTGGAAGATGATGTAGTTTCGGCTTCTCCTTTCCAACTTGTTGAGGATTTGGGTTTCAAAGTGGATGCAT
CTAATAGAGGGAATGCAAGCAGATTTATACGCAGGAGTTCTAGACCTAACATATTTGCTCAGTATGTTCTACATGATCACCATGACAAGAAGATTCCTCATGTGATGTTATTTGCTCTTGAAAATATCGCACCTCGGCTTGAGTTGTCTATTAACTCATCTGCAGAACAAACCATCCATAACCGTTTTTGGTCAAAAGAT
AGAGACATGGGCAAAGCAAGGATGAACAGTAAGTTCAGGAAGTAAAACTGAATGGAGCACTGCAAGAAACATTGTACAGCACCTGTTTTCTAGTCTGCTATCTGAGCACTGCAAGAAGCATTTGTACAGCACCTGTTACGGTTTCTTTTTAAGGTCTTGTTTACAGAAGAATTTTGTTGCGTACATTCTTCAATCCACAA
TAGTGAATTTTGACACATCAATATATATTTTGCATTACAGTATTTTTCAAGCATTTAATTGATATATATGATCTGTATTCTATCAAATTCTACCATTAATTTTTGCC
Intron 3 GTATGGTCAT ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.07 | 72 | 44 | 79 |
| A2 | 47.65 | 39 | 30 | 41 |
| A3 | 51.49 | 49 | 33 | 71 |
| A4 | 41.87 | 59 | 37 | 48 |
| A5 | 51.94 | 31 | 19 | 48 |
| A6 | 46.67 | 28 | 20 | 29 |
| A7 | 48.6 | 55 | 40 | 64 |
| A8 | 51.65 | 22 | 17 | 30 |
| A9 | 50.62 | 40 | 31 | 51 |
| A10 | 44.81 | 85 | 41 | 97 |
>TRINITY_DN46208_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGCACATCCCGCTTGAATTTCGGTCT
GTCTTAACGGTCGGTCCACCAGATGGCGCTGCAATGGCGTTAAGTGGCCCGTGATTTCATTTCAACGGTAGCTTAAGTGGCCCGTGCAGTTTAAATCATATCAAAGAAGAGCAATCTCCATAACGCTTGCTATCCATGCGTTTTCTGATTCTGTAAATAGACATATCTGCATCGGCTAGAGTTTATCGGCATAATATCAG
TGTAGGGCCGTTTTCTTTCCTGCTGTCGTGAATCGAAACAGATTGGAAGGTGGATTTGAATGCAAGCAGACTAGAGGGAACTAGATTTAGGAACTTCTTTTCATGTGGGTAGTTGCTATTAGATAGTTTGTATTTGTAATATCTTTCATCGAAGGCCTTTGGATAGATAACTGAACAAGTTAAGTGGAGCTCTGCGCGCT
GCACGAGAGACCTACTGTGTAAATTCAAGCTATCAGGGGGCATGGACTTAAGCTCTTCTCAGGCCATGTCTCAGCGAACAGAGTGAACCCAAAAGCCTCGCAAGGAGCCCCCATAAGATCCACACATCTTACTTCAAAGGTTAATATGCGGGTATTATATGTCAGGCCCCTTTCGTTTGCATTGCCTGCTGGATACTCTG
TTAATGTTGAAGCTGGAGCCGAAGCCGAAGACGGTGGAACTGCAAGAAAGAGGAAATATGCATATTTGGAATATCATAGAGAAAGGGTGAATCAGATACCCAATAAAAACTTAGGATTCACCCCTGCTCATGTCGATGCCAAAGAGCTAGACCCTGAATTTCAAAAGGGCAAACAGGCATACTCGAGTTTGACCAAAGCA
AATCTAGCCGAGAATACCCCCCGCAAGCTAAAAAGGAGAAATGAGCCGAAGGATCGGAAAGATGTTAAAGGTGTCTTCGACAAAGAGGCCTTGGACAGGAGGTCAGTGGTGTCAATGTTCCATTCTTTAGTCCAGAGACTAGCACAGAAACAGGAAACTATGGAACTAGAGGATGATCCAAAAACCAAAAAAGTATTCCA
CGAGGCATCAGATAGGTTGAAATCTCTTTGGCAGAATCTTTGCAAGAGTCATGTAGGTTCTGTTCCTGGAGTAGAAGTTGGAGATGTGTTCCAGTCTCGAACGCTGCTGAGCAATATAGGTTTGCATCGACCTCTCCAGGCAGGTATATATTATCTAAAGCCTGAAGAAACAGGTGACTTGGAGCCATTGGCTACCAGCA
TTGTCTTTTCCGGAGGTTATGAAGACAATATTGACAACGGAGATGTGATCATATACTCAGGCCAAGGTGGGAATGCTCATGATAGGAACAAGAAACAGGTTTGTGATCAGCAGCTCACTCCAGGGAATGCAGCCCTGAGGAATAGCTGGAAGAAGAAACAGCCTCTTAGATTAATCCGATCATGTGAGGAATTGCCTTGT
GGGTATAGGTATGATGGACTTTACAATGTAGAGGAATCCTGGTTAGGAAAGGGACGAGCAGGATATCTGGTGTATAAATTTAAATTAAGGCGGAAACAAGATCAGCCTCCCCTAGTTTCGCACATAGTTCGGTTCAGGGGCAGTTCACATGGTAAGAAAACAAATGTAATCAAGGAAGACATTGGGGAAGGCCGGCACAA
ATTTTGTATCTGCGTTGTGAATTCTGTAGACTCTCATACTCTTGATGATTTCAAATACCTCCTTACTGTTAAATATCCAGATTGGTTGCCTAAACCAGAATTACTAGAAGGATGCCGTTGTATTGGAGGATGTACTGATGCTGAGAACTGTCTTTGTGCTAGAAGAAATGGAGGAGAATTTCCTTACAGACCCAATGGGA
CACTTGTTAAAGCTAAGACACTAGTGTATGAGTGTGGTCCTAAATGTAGATGCCCACCAACTTGCAAAAATAGGGTTGCTCAACATGGGTTGAAGCATGAGCTTGAGATCTTCAGGACTCCAAATAAGGATTGGGGAGTTCGTACATTGGAATTCATACAGGCAGGTGCATTTATTGCTGAGTACACAGGTGATGTTATT
GTAGATTACTCCCCCAATAACTCAATGAATAAATTTATCTTCCCAATTTCTTCTATATCTATGGAAGGAAATTGGGGTGACCTGCGAGGTCTGGTGGAAGATGATGTAGTTTCGGCTTCTCCTTTCCAACTTGTTGAGGATTTGGGTTTCAAAGTGGATGCATCTAATAGAGGGAATGCAAGCAGATTTATACGCAGGAG
TTCTAGACCTAACATATTTGCTCAGTATGTTCTACATGATCACCATGACAAGAAGATTCCTCATGTGATGTTATTTGCTCTTGAAAATATCGCACCTCGGCTTGAGTTGTCTATTAACTCATCTGCAGAACAAACCATCCATAACCGTTTTTGGTCAAAAGATAGAGACATGGGCAAAGCAAGGATGAACAGTAAGTTCA
GGAAGTAAAACTGAATGGAGCACTGCAAGAAACATTGTACAGCACCTGTTTTCTAGTCTGCTATCTGAGCACTGCAAGAAGCATTTGTACAGCACCTGTTACGGTTTCTTTTTAAGGTCTTGTTTACAGAAGAATTTTGTTGCGTACATTCTTCAATCCACAATAGTGAATTTTGACACATCAATATATATTTTGCATTA
CAGTATTTTTCAAGCATTTAATTGATATATATGATCTGTATTCTATCAAATTCTACCATTAATTTTTGCCCACATTTAGAAGATTCTAAGATATGGTTTGGCTTAGCTTAGTTACTATACTTGTATTTTAAGATGGTTGAGACATTAAGATGTAGAGTATGATATACAACTACAGCAACTTAGGTTGTTAGTGTATCAGT
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>TRINITY_DN46208_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:CCAATTTAACTCGTGAGCTCCTCAATTCAACCTTGTTCCAGTCCAATTTAATCCGTCCTCAGGCTCTAGAGAGGCAACTAGAAAAACCAACGATGTGAGAAAAGGGTGCAGACGCAGGCAAGTTTCTTCTGCTAAGCTCATGTCCACTACGAAAAGGTAATGGAACTTTATGAACGCACATCCCGCTTGAATTTCGGTCT
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