sp|Q9C5W7|TOM2A_ARATH ----> Tobamovirus multiplication protein 2A

Intron 1 GTGAGTCTGG ... TTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	2	2	3
A2	23.08	15	4	5
A3	66.67	2	4	4
A4	20	2	0	1
A5	0	3	0	0
A6	33.33	9	3	6
A7	2.86	17	0	1
A8	15.79	8	1	2
A9	12.5	7	1	1
A10	33.33	6	6	0

>TRINITY_DN37625_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GTTAATTAATTACTTGTTCAACGTACCCTTGCGAGCGTTTCAGCGTCCACACCTCCACGGAGACGTCTGTTTTTCGCCGCCACCGCTATAGACGACCTCGTCGAGCTTCAATCCATCGAGATCTAACAAGAAGCCCAAGCATTTGCAGCTGTTCTTATTCTCGTTTTTTAAGAGAATCATTTAAATATCGGCGCATTTGA
AGGTTTTACGGCGGGAGTGGTTGGCAAGGAAGCTTATGATGTACTGAGAATAGGACAGGCGCAGGAAAAAGCTTCATTTCAAGAAAAAAAATGGCTTGCCGTTGGTTTGCTGAGTGCCTTCTGAAGATTTTAAATTTTCTGCTGACATTGGCCGGCTTGGGGATGGTCGGCTATGGCATCTACTTGATGGTCAAGTGGGA
ACAGGATTCTGTTGAAATTAATTCCGTAATTCCCGCTACTCCGAATGAAGGCGAGGTGTTGAGACTCGGACGGCGGCTGCTATTTTTAGGTCATTTGTCTACTAGTTTCCTGGACAAGCTTCGCAATGCATGGTTTATTTATTTGTTTATTGCAGTTGGAGTGATTCTTTTCATCATTGCTTGTTCGGGATGTATTGCAG
TAGCAACCAGACGTGGATGCTGCCTGTGTTGTTATACTGTGTTAGTTGTTCTGTTAATCATGGCTGAGTTGGCTCTTGCGGGCTTTGTATTCTTTGACCACAAGTGGGAGAAGGTAATTCCAACAGATGAAACTGGAGATTTTGACAACATAAAAGATTTTTTGGAAAAGCATGTGAAGATTGTCAGATGGGTCGCTCTT
GGAGTTGTTATTTTACAGGTTTTTGCTGTAATCTTAGCTTTGGTGGTTAGAGCAGCAAATAGAGGTCCTGAAGAGTATGACAGTGATGATGAATATATTGCTACAAGGCCTGGTAGCATACGTCAGCCTCTAATCAATCGTCAGGGAGCTCAAGTTGCCACTGTGACAGCTCCTGGTTCTGAGCCACGGACTTCTCGTAA
CGATGCTTGGAGCACTCGAATGAGAGAGAAGTATGGTCTGGATACATCAGAGTTTACGTACAATCCAACAGATTCTAATAGGTATGCACAACCAGCTCCACCACCTCCTGAGGAGAAGAGTCGGTGCACTATTATGTAAGCAGTGAAGAAGGCCTCCTTTTTTTTAGAAGGTTTCATTGTAATTTCTGAAGGAAATGGAA
ATGTATGGAGGAGAATATCTCCAATGGCTGAATTTTAGTGGTTCGAATTGAGATTTGGTGTCTTATTTCATGTTTTCTTGAATTGCTACATAGGCTAAATATGCCTCGTGTTTGAGCACTAGGCGCAGGAGATCATTATAATTATGTTAGTCCTAGGCCTGTATGCATGACCCTGACCATATGAATCTGATTAATTTAAA
ACTGGGTTTCCATTTATGTATGACATTCTCAATTGGTGC

>TRINITY_DN37625_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTAATTAATTACTTGTTCAACGTACCCTTGCGAGCGTTTCAGCGTCCACACCTCCACGGAGACGTCTGTTTTTCGCCGCCACCGCTATAGACGACCTCGTCGAGCTTCAATCCATCGAGATCTgtgagtctggagctttcgaacgatttatctttttgcagattattcgcactgtatcgttacttattcaaatccgcag
aaaatcccagttaaatctgcaacgattgaagactattagcttccttagatcatgctatggttctatatcggctttctgtggtcaaatttattacaacgcctcgtttataggcctcaaaagccatttcttcaaacattttgccaactcctcttccctgtgatcagatcagttgatcgttgttcgattttctaaaatttagc
ccctctttgtttgcagAACAAGAAGCCCAAGCATTTGCAGCTGTTCTTATTCTCGTTTTTTAAGAGAATCATTTAAATATCGGCGCATTTGAAGGTTTTACGGCGGGAGTGGTTGGCAAGGAAGCTTATGATGTACTGAGAATAGGACAGGCGCAGGAAAAAGCTTCATTTCAAGAAAAAAAATGGCTTGCCGTTGGTTT
GCTGAGTGCCTTCTGAAGATTTTAAATTTTCTGCTGACATTGGCCGGCTTGGGGATGGTCGGCTATGGCATCTACTTGATGGTCAAGTGGGAACAGGATTCTGTTGAAATTAATTCCGTAATTCCCGCTACTCCGAATGAAGGCGAGGTGTTGAGACTCGGACGGCGGCTGCTATTTTTAGGTCATTTGTCTACTAGTTT
CCTGGACAAGCTTCGCAATGCATGGTTTATTTATTTGTTTATTGCAGTTGGAGTGATTCTTTTCATCATTGCTTGTTCGGGATGTATTGCAGTAGCAACCAGACGTGGATGCTGCCTGTGTTGTTATACTGTGTTAGTTGTTCTGTTAATCATGGCTGAGTTGGCTCTTGCGGGCTTTGTATTCTTTGACCACAAGTGGG
AGAAGGTAATTCCAACAGATGAAACTGGAGATTTTGACAACATAAAAGATTTTTTGGAAAAGCATGTGAAGATTGTCAGATGGGTCGCTCTTGGAGTTGTTATTTTACAGGTTTTTGCTGTAATCTTAGCTTTGGTGGTTAGAGCAGCAAATAGAGGTCCTGAAGAGTATGACAGTGATGATGAATATATTGCTACAAGG
CCTGGTAGCATACGTCAGCCTCTAATCAATCGTCAGGGAGCTCAAGTTGCCACTGTGACAGCTCCTGGTTCTGAGCCACGGACTTCTCGTAACGATGCTTGGAGCACTCGAATGAGAGAGAAGTATGGTCTGGATACATCAGAGTTTACGTACAATCCAACAGATTCTAATAGGTATGCACAACCAGCTCCACCACCTCC
TGAGGAGAAGAGTCGGTGCACTATTATGTAAGCAGTGAAGAAGGCCTCCTTTTTTTTAGAAGGTTTCATTGTAATTTCTGAAGGAAATGGAAATGTATGGAGGAGAATATCTCCAATGGCTGAATTTTAGTGGTTCGAATTGAGATTTGGTGTCTTATTTCATGTTTTCTTGAATTGCTACATAGGCTAAATATGCCTCG
TGTTTGAGCACTAGGCGCAGGAGATCATTATAATTATGTTAGTCCTAGGCCTGTATGCATGACCCTGACCATATGAATCTGATTAATTTAAAACTGGGTTTCCATTTATGTATGACATTCTCAATTGGTGC

Intron 2 GTTTATTTAT ... TATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70	3	9	5
A2	63.64	6	8	13
A3	57.45	10	15	12
A4	53.85	3	7	0
A5	73.91	3	7	10
A6	61.64	14	20	25
A7	64.1	7	9	16
A8	68.75	5	4	18
A9	65.52	5	4	15
A10	46.15	21	6	30

>TRINITY_DN37625_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTGTTCTTATTCTCGTTTTTTAAGAGAATCATTTAAATATCGGCGCATTTGAAGGTTTTACGGCGGGAGTGGTTGGCAAGGAAGCTTATGATGTACTGAGAATAGGACAGGCGCAGGAAAAAGCTTCATTTCAAGAAAAAAAATGGCTTGCCGTTGGTTTGCTGAGTGCCTTCTGAAGATTTTAAATTTTCTGCTGACA
TTGGCCGGCTTGGGGATGGTCGGCTATGGCATCTACTTGATGGTCAAGTGGGAACAGGATTCTGTTGAAATTAATTCCGTAATTCCCGCTACTCCGAATGAAGGCGAGGTGTTGAGACTCGGACGGCGGCTGCTATTTTTAGGTCATTTGTCTACTAGTTTCCTGGACAAGCTTCGCAATGCATGGTTTTTGCTGTAATC
TTAGCTTTGGTGGTTAGAGCAGCAAATAGAGGTCCTGAAGAGTATGACAGTGATGATGAATATATTGCTACAAGGCCTGGTAGCATACGTCAGCCTCTAATCAATCGTCAGGGAGCTCAAGTTGCCACTGTGACAGCTCCTGGTTCTGAGCCACGGACTTCTCGTAACGATGCTTGGAGCACTCGAATGAGAGAGAAGTA
TGGTCTGGATACATCAGAGTTTACGTACAATCCAACAGATTCTAATAGGTATGCACAACCAGCTCCACCACCTCCTGAGGAGAAGAGTCGGTGCACTATTATGTAAGCAGTGAAGAAGGCCTCCTTTTTTTTAGAAGGTTTCATTGTAATTTCTGAAGGAAATGGAAATGTATGGAGGAGAATATCTCCAATGGCTGAAT
TTTAGTGGTTCGAATTGAGATTTGGTGTCTTATTTCATGTTTTCTTGAATTGCTACATAGGCTAAATATGCCTCGTGTTTGAGCACTAGGCGCAGGAGATCATTATAATTATGTTAGTCCTAGGCCTGTATGCATGACCCTGACCATATGAATCTGATTAATTTAAAACTGGGTTTCCATTTATGTATGACATTCTCAAT
TGGTGC

>TRINITY_DN37625_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTAATTAATTACTTGTTCAACGTACCCTTGCGAGCGTTTCAGCGTCCACACCTCCACGGAGACGTCTGTTTTTCGCCGCCACCGCTATAGACGACCTCGTCGAGCTTCAATCCATCGAGATCTAACAAGAAGCCCAAGCATTTGCAGCTGTTCTTATTCTCGTTTTTTAAGAGAATCATTTAAATATCGGCGCATTTGA
AGGTTTTACGGCGGGAGTGGTTGGCAAGGAAGCTTATGATGTACTGAGAATAGGACAGGCGCAGGAAAAAGCTTCATTTCAAGAAAAAAAATGGCTTGCCGTTGGTTTGCTGAGTGCCTTCTGAAGATTTTAAATTTTCTGCTGACATTGGCCGGCTTGGGGATGGTCGGCTATGGCATCTACTTGATGGTCAAGTGGGA
ACAGGATTCTGTTGAAATTAATTCCGTAATTCCCGCTACTCCGAATGAAGGCGAGGTGTTGAGACTCGGACGGCGGCTGCTATTTTTAGGTCATTTGTCTACTAGTTTCCTGGACAAGCTTCGCAATGCATGgtttatttatttgtttattgcagttggagtgattcttttcatcattgcttgttcgggatgtattgcag
tagcaaccagacgtggatgctgcctgtgttgttatactgtgttagttgttctgttaatcatggctgagttggctcttgcgggctttgtattctttgaccacaagtgggagaaggtaattccaacagatgaaactggagattttgacaacataaaagattttttggaaaagcatgtgaagattgtcagatgggtcgctctt
ggagttgttattttacagGTTTTTGCTGTAATCTTAGCTTTGGTGGTTAGAGCAGCAAATAGAGGTCCTGAAGAGTATGACAGTGATGATGAATATATTGCTACAAGGCCTGGTAGCATACGTCAGCCTCTAATCAATCGTCAGGGAGCTCAAGTTGCCACTGTGACAGCTCCTGGTTCTGAGCCACGGACTTCTCGTAA
CGATGCTTGGAGCACTCGAATGAGAGAGAAGTATGGTCTGGATACATCAGAGTTTACGTACAATCCAACAGATTCTAATAGGTATGCACAACCAGCTCCACCACCTCCTGAGGAGAAGAGTCGGTGCACTATTATGTAAGCAGTGAAGAAGGCCTCCTTTTTTTTAGAAGGTTTCATTGTAATTTCTGAAGGAAATGGAA
ATGTATGGAGGAGAATATCTCCAATGGCTGAATTTTAGTGGTTCGAATTGAGATTTGGTGTCTTATTTCATGTTTTCTTGAATTGCTACATAGGCTAAATATGCCTCGTGTTTGAGCACTAGGCGCAGGAGATCATTATAATTATGTTAGTCCTAGGCCTGTATGCATGACCCTGACCATATGAATCTGATTAATTTAAA
ACTGGGTTTCCATTTATGTATGACATTCTCAATTGGTGC