sp|Q8VY63|MPU12_ARATH ----> Mannose-P-dolichol utilization defect 1 protein homolog 2

Intron 1 GTATCCTTTG ... TATGTTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	77	22	22
A2	13.13	43	3	10
A3	16.67	25	4	6
A4	15.79	48	8	10
A5	18.64	24	2	9
A6	13.52	227	31	40
A7	17.04	224	22	70
A8	14.95	202	30	41
A9	13.85	196	16	47
A10	15.28	194	25	45

>TRINITY_DN126769_c3_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CACGTATTATAACACGTATTATAAAGCAATATATAAAATTTGACGGCATATGTATGAGATTGAATGCAATTTTTTGCAGTGACATCAGAGATAGAGGCAGAGGAAATTGAGCGCAGGAGAAGATGGAGTTTGAGATTCTGGGCATAAATTTCACGTGTTTGCTCACTTCTCTCAGCAATGGCGAATTTCCGCACAAGGAC
TGCCTGCTGCCTCTGCTGTCTAAAGCTCTCGGTTACTGCATTGTTGCCGCTTCAACAATTGTCAAAGTCCCTCAGATTTATATAATTTTGAAAAACAGGAGCATCAAAGGTCTGAGTGTGGCATCTTTTGAACTTGAAGTCGTTGGGTTTACTATTGCTTTGGCATATTGTCTACACAAAGATCTACCCTTCTCAGCTTA
TGGGGAGCTAGTTTTCCTCCTCTTGCAAGCAATTGTCTTAATAGCCCTCATTTATTATTATTCACCTCGTTCGCGAGGTTGGGCTCTGCTAAAATCAGCAATATATTGTGCTATTGCACCAACCATTATTGCTGGCCAAATTGATCCAGTTCTGTTTGAAGCCTTATACGCTTCCCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTC
GGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGGTTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGCATGGTTGCGGGCTGTGGTCTTGGTATTATTCTAAATGGGATAATAGTTGCTCAGATACTTATGTACAAA
AGTACAAATGCAAGGGTTGGAAAGAAGATAGAGTAATGCTTTAATACTTTAGCTACTCCCAGTTCTTTTTATTCATGGCTCAAGGTGAGTTCATAATGTTATTGGGCTCAAAGTAGTCATTTTCTGGAATTATTCATTGCTGACTATATTCTCAATTTTTTTTGCTAGTATGGATACAATTAAATTGATTTGTCAAAGCC
CTTTAATTTCTGTAACTTTGAATGATTATATTTTTATATTCATCGACATTGCATGCTGGTTATTGACATTTAATAGTTTGGAAATTTATAGCAAACTTAGCTAACATTGAGACTAATTATTCATTTGTTCATTATATTCTCAATTTTATTGCTAATATGGATACAATTAAATTGATTT

>TRINITY_DN126769_c3_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CACGTATTATAACACGTATTATAAAGCAATATATAAAATTTGACGGCATATGTATGAGATTGAATGCAATTTTTTGCAGTGACATCAGAGATAGAGGCAGAGGAAATTGAGCGCAGGAGAAGATGGAGTTTGAGATTCTGGGCATAAATTTCACGTGTTTGCTCACTTCTCTCAGCAATGGCGAATTTCCGCACAAGGAC
TGCCTGCTGCCTCTGCTGTCTAAAGCTCTCGGTTACTGCATTGTTGCCGCTTCAACAATTGTCAAAGTCCCTCAGATTTATATAATTTTGAAAAACAGGAGCATCAAAGGTCTGAGTGTGGCATCTTTTGAACTTGAAGTCGTTGGGTTTACTATTGCTTTGGCATATTGTCTACACAAAGATCTACCCTTCTCAGCTTA
TGGGGAGCTAGTTTTCCTCCTCTTGCAAGCAATTGTCTTAATAGCCCTCATTTATTATTATTCACCTCGTTCGCGAGGTTGGGCTCTGCTAAAATCAGCAATgtatcctttgaaggaatgcattttaagaatgtccaagtgctttccctaaatctgcgagctaagaaggatgcctcaggaatgatttttttaaatatcca
tacattcaccttgcaaagaaaatataacttgtctaactgataatactattttcttcttgtttgtttaacttatgttttagATATTGTGCTATTGCACCAACCATTATTGCTGGCCAAATTGATCCAGTTCTGTTTGAAGCCTTATACGCTTCCCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAA
CTATTGTGTAAGCCTATACCCATATTAATTCAGGAGTAAAAGATAAGAAATATTCAGATGTTCAAGTGTTAGTGATGTGTTTATGATAAGG

Intron 2 ATTTATATAA ... AGCCTTATAC

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.81	38	89	64
A2	64.29	40	94	50
A3	52.45	68	106	44
A4	73.91	18	49	53
A5	75.86	14	56	32
A6	60.86	200	362	260
A7	57.3	269	456	266
A8	60.78	190	343	246
A9	58.89	193	313	240
A10	60.67	165	288	221

>TRINITY_DN35653_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

ACGGTAGTATCCCACGTATTATAACACGTATTATAAAGCAATATATAAAATTTGACGGCATATGTATGAGATTGAATGCAATTTTTTGCAGTGACATCAGAGATAGAGGCAGAGGAAATTGAGCGCAGGAGAAGATGGAGTTTGAGATTCTGGGCATAAATTTCACGTGTTTGCTCACTTCTCTCAGCAATGGCGAATTT
CCGCACAAGGACTGCCTGCTGCCTCTGCTGTCTAAAGCTCTCGGTTACTGCATTGTTGCCGCTTCAACAATTGTCAAAGTCCCTCAGGCTTCCCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGG
TTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGCATGGTTGCGGGCTGTGGTCTTGGTATTATTCTAAATGGGATAATAGTTGCTCAGATACTTATGTACAAAAGTACAAATGCAAGGGTTGGAAAGAAGATAGAGTAATGCTTTAATACTTTAGCTACTCCCAGTTCTTTTTATTCATGGCTCA
AGGTGAGTTCATAATGTTATTGGGCTCAAAGTAGTCATTTTCTGGAATTATTCATTGCTGACTATATTCTCAATTTTTTTTGCTAGTATGGATACAATTAAATTGATTTGTCAAAGCCCTTTAATTTCTGTAACTTTGAATGATTATATTTTTATATTCATCGACATTGCATGCTGGTTATTGACATTTAATAGTTTGGA
AATTTATAGCAAACTTAGCTAACATTGAGACTAATTATTCATTTGTTCATTATATTCTCAATTTTATTGCTAA

>TRINITY_DN35653_c0_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACGGTAGTATCCCACGTATTATAACACGTATTATAAAGCAATATATAAAATTTGACGGCATATGTATGAGATTGAATGCAATTTTTTGCAGTGACATCAGAGATAGAGGCAGAGGAAATTGAGCGCAGGAGAAGATGGAGTTTGAGATTCTGGGCATAAATTTCACGTGTTTGCTCACTTCTCTCAGCAATGGCGAATTT
CCGCACAAGGACTGCCTGCTGCCTCTGCTGTCTAAAGCTCTCGGTTACTGCATTGTTGCCGCTTCAACAATTGTCAAAGTCCCTCAGatttatataattttgaaaaacaggagcatcaaaggtctgagtgtggcatcttttgaacttgaagtcgttgggtttactattgctttggcatattgtctacacaaagatctacc
cttctcagcttatggggagctagttttcctcctcttgcaagcaattgtcttaatagccctcatttattattattcacctcgttcgcgaggttgggctctgctaaaatcagcaatatattgtgctattgcaccaaccattattgctggccaaattgatccagttctgtttgaagccttatacGCTTCCCAACATGCAATAT
TTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGGTTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGCATGGTTGCGGGCTGTGGTCTTGGTATTATTCTAAATGGGATAATAGTTGCTCAGATA
CTTATGTACAAAAGTACAAATGCAAGGGTTGGAAAGAAGATAGAGTAATGCTTTAATACTTTAGCTACTCCCAGTTCTTTTTATTCATGGCTCAAGGTGAGTTCATAATGTTATTGGGCTCAAAGTAGTCATTTTCTGGAATTATTCATTGCTGACTATATTCTCAATTTTTTTTGCTAGTATGGATACAATTAAATTGA
TTTGTCAAAGCCCTTTAATTTCTGTAACTTTGAATGATTATATTTTTATATTCATCGACATTGCATGCTGGTTATTGACATTTAATAGTTTGGAAATTTATAGCAAACTTAGCTAACATTGAGACTAATTATTCATTTGTTCATTATATTCTCAATTTTATTGCTAA

Intron 3 GTGAGCTCAG ... TGAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.67	49	0	12
A2	8.33	22	2	2
A3	23.53	26	0	8
A4	31.25	22	0	10
A5	0	8	0	0
A6	20	184	0	46
A7	22.78	142.4	0	42
A8	24.13	169.8	1	54
A9	28.34	134	1	53
A10	24.84	115	1	38

>TRINITY_DN37321_c0_g2_i8 from sample A8 / Example spliced isoform

GTAGTATCCCACCTATTATAACACGTATTATAAAGCAATATATAAAATTTGACGGCATATGTATGAGATTGAATGCAATTTTTTGCAGTGACATCAGAGATAGAGGCAGAGGAAATTGAGCGCAGGAGAAGATGGAGTTTGAGATTCTGGGCATAAATTTCACGTGTTTGCTCACTTCTCTCAGCAATGGCGAATTTCCG
CACAAGGACTGCCTGCTGCCTCTGCTGTCTAAAGCTCTCGGTTACTGCATTGTTGCCGCTTCAACAATTGTCAAAGTCCCTCAGATTTATATAATTTTGAAAAACAGGAGCATCAAAGGTCTGAGTGTGGCATCTTTTGAACTTGAAGTCGTTGGGTTTACTATTGCTTTGGCATATTGTCTACACAAAGATCTACCCTT
CTCAGCTTATGGGGAGCTAGTTTTCCTCCTCTTGCAAGGCTTCCCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGGTTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGC
ATGGTTGCGGGCTGTGGTCTTGGTATTATTCTAAATGGGATAATAGTTGCTCAGATACTTATGTACAAAAGTACAAATGCAAGGGTTGGAAAGAAGATAGAGTAATGCTTTAATACTTTAGCTACTCCCAGTTCTTTTTATTCATGGCTCA

>TRINITY_DN37321_c0_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CATGAATGCTGGCGGTTCTATTGgtgagctcaggcaaatatgtttcagttatttgcagtaatagctttagatttttgtgatttttcaaagcagttacagaattgaaacagacagtatgtgaatttggagctagaagacatgcatacaattgtagttcttctgcatcagcagacttggggaacctgcatgtaatttaaatt
tggaccaaaatactatgcaagcaatcttagtttttctgagggaagctatatatggttcatttttgcaatattttctctcagtttttttattgtaactaagctgtttggttgaaatgcagTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGCATGGTTGCGGGCTGTGGTCTTGGTATTATTCTAAATGGGA
TAATAGTTGCTCAGATACTTATGTACAAAAGTACAAATGCAAGGGTTGGAAAGAAGATAGAGTAATGCTTTAATACTTTAGCTACTCCCAGTTCTTTTTATTCATGGCTCAAGGT

Intron 4 GTATCCTTTG ... ATTGATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.43	11	22	40
A2	69.7	10	5	23
A3	64.86	13	4	24
A4	66.67	13	4	26
A5	75.86	7	2	22
A6	69.5	43	31	98
A7	69.95	64	22	149
A8	66.27	56	30	110
A9	68.13	58	17	124
A10	70.06	47	25	110

>TRINITY_DN97618_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoform

TGGGCTCTGCTAAAATCAGCAATTTCTGTTTGAAGCCTTATACGCTTCCCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGGTTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAA
CCAGCAGTATCCTTTACTATTTTGATGATTAGTAAATGTTGGTTTTATTGTTGGCATGCATCATATGTTTAAACTGGAAATTACATTAATTTTTGATAGGCATTGTACAATGAC

>TRINITY_DN97618_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GAGACATTCTTCTTGTTTTTTCATGTTTATTGGTGTGCCAATAACGTGTTATTTTTCAGGTTTTGGAGACATTTATAATTTTTTTTAAGAATTAAGTTGAAATACTTTATGGTTCAAGAATGATCACTATAATATCATTGTTATTCATGATTTTTTGGTTCTAATTCTCTGCTTGTTTTTGTGGGCTTGGATTCTCATTT
TGTTTGGCAGATTTATATAATTTTGAAAAACAGGAGCATCAAAGGTCTGAGTGTGGCATCTTTTGAACTTGAAGTCGTTGGGTTTACTATTGCTTTGGCATATTGTCTACACAAAGATCTACCCTTCTCAGCTTATGGGGAGCTAGTTTTCCTCCTCTTGCAAGCAATTGTCTTAATAGCCCTCATTTATTATTATTCAC
CTCGTTCGCGAGGTTGGGCTCTGCTAAAATCAGCAATgtatcctttgaaggaatgcattttaagaatgtccaagtgctttccctaaatctgcgagctaagaaggatgcctcaggaatgatttttttaaatattgtgctattgcaccaaccattattgctggccaaattgatccagTTCTGTTTGAAGCCTTATACGCTTC
CCAACATGCAATATTTTTCTTTGCTCGGATCCCACAAATATGGGAAAACTATTGTAATAAAAGTACTGGAGCACTTAGTTTTCTTACAAGTTTCATGAATGCTGGCGGTTCTATTGTGAGACTATTCACAAGCATCCAGGAAAAAGCTCCAACCAGCAATATTGTGCTATTGCACCAACCATTATTGCTGGCCAAATTGA
TCCAGTTCTGTTTGAAGCCTTATACGTGAGTTGAAACTTTCATATCATAGTTCTACATTTTTTAATAACGTATTTCATAGACCGGAAAGTTATATCCTTGAATCTTTTCAATGCAAAT