sp|F4KB17|KTN83_ARATH ----> Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.3
Intron 1 GTGGGGGTCT ... TGGATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.51 | 158 | 4 | 57 |
| A2 | 18.82 | 138 | 0 | 32 |
| A3 | 18.58 | 149 | 0 | 34 |
| A4 | 26.28 | 115 | 0 | 41 |
| A5 | 25.88 | 63 | 2 | 22 |
| A6 | 18.52 | 44 | 0 | 10 |
| A7 | 17.78 | 148 | 0 | 32 |
| A8 | 27.18 | 75 | 0 | 28 |
| A9 | 18.44 | 146 | 0 | 33 |
| A10 | 25.51 | 184 | 0 | 63 |
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAA
TATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTAGTACGTCACTTAATTGCATTTAGTATCTACCATTTCATCTTTTAATTTTTGCATCTTCTGAATTTGCCTTTTTTGTTTAATACTAAAAAGTTAAAAACTAACTACTTTTGGTCTAGTATGGAATAT
AGTTGCCATCATTACAAACTTAAACGGGCTAAAGTATTGGATTCCTTTTTTCTCTTTGGATTTCATTTTATTGGCTGTATTATTTTAAGAAAATAGGTCTTTTATTTAATACATATTTATTGAATACAAACATGATGGCTAGATGAAATTATTGCTTTTGCTACTGCTGTGTAGCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCT
CAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAA
GAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTA
GCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTG
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTGCATGAAAGTTTGAAGgtgggggtctctttttggtgtaatacgtttgatctatttgggtcttaaaatgttcaaggtggtaatgtttatatccctttttaaatttattgcaatggatggcagGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATAC
ACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCG
Intron 2 GTAATTAGCC ... CATATGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.56 | 255 | 83 | 4 |
| A2 | 20 | 164 | 41 | 2 |
| A3 | 17.57 | 197 | 42 | 3 |
| A4 | 20.67 | 165 | 43 | 1 |
| A5 | 22.12 | 81 | 23 | 0 |
| A6 | 14.49 | 242 | 41 | 0 |
| A7 | 15.99 | 452 | 86 | 0 |
| A8 | 15.42 | 362 | 66 | 1 |
| A9 | 15.27 | 333 | 60 | 2 |
| A10 | 15.38 | 330 | 60 | 0 |
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformAGAATATGCCAGAAACAGTGTGTGGCTGTAGTGATGTTTAAGTTTCCTTTGCTATACTTGAATGCCTAATAAAAATTGATGGTTTTGGTTGCTTTCCAGTTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAA
ATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTT
CCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGAT
GCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAA
AGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGT
CTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCA
TTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGA
TTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGATGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGAGAGAAATCTCTCAC
TGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGG
TAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACAGGCACCTTACTGTA
GCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGC
TCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTG
AGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAGACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGT
TGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGCTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATATTCTA
AATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGGTGAGTACATTTTAAAGAATCTACGGCGC
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAA
TATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGC
AGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAG
ATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAG
CCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGgtaattagccttttgtttagccaaatgttttggtgttttcattgaattaatttctgtaaatgcctgtcacgtttgtgcattcagttaaacatacagcataaataatctatgtgcattatccatatttacaccaattttagtatgttttctcaagcagct
tgttcttgttcttgttcttcttcttttcccgccttattttaaaaagacaataagagtctcttccatggcattacggtatgcaagcaattatataactgcttttgaaacataaaaatcccgtggatatctgtgtttgaatctctgataatggaatatgcatacttttgtgtggttccttttcttatgggaagaaattgtct
tttgtatgctcttattttaaatggtcaattctttcaggcagcaagctctttctttagtgaagtagaggaagccagatcttcatctaactgtatttttttattcacattcatgtctttaaagagtaaataagagaagaatttactagtggggaaaatgtttgctgttcttttctatggggttgttgagatggttaggcaac
gatgatactctagaatggtcgagagaatttcagtaataccctggccttttggtcaattttgctacaatgtatgtttgctgctttactatttttctttctgtgcattgtggagatggatatgggcagtgattaaaaatatctcattatgtggatgatgtctttgtactttgttgcaatgcacatgggtaaaatatcaatgg
ctttccagaataaaaatatatgattcctctagtaggttctctgggaggtatccaaagttcggctggtttattgaagattctttccggttggttggttggctgcttctatttctgcatgtatgggaacttttaggtacaaagacgcttaggaacaaaaggaaggatgtagtccaagtttccaagacaaattcaagcaactt
tcaactatttccttctggcattcatgcattagtagtgtttttcatgcaaaggcattttggggtatttatcatttggttcatttctggaaatcttattttaacatagatagaaattgtgcttgaccattctttttttctttctacaccatatggcagATGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCT
GAATTATCAAAAAGAG
Intron 3 GTCAGTCGTA ... AATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.42 | 188 | 78 | 37 |
| A2 | 19.55 | 144 | 39 | 31 |
| A3 | 20.66 | 192 | 55 | 45 |
| A4 | 20.25 | 126 | 31 | 33 |
| A5 | 20.18 | 87 | 26 | 18 |
| A6 | 15.94 | 58 | 17 | 5 |
| A7 | 19.51 | 163 | 49 | 30 |
| A8 | 16.44 | 61 | 8 | 16 |
| A9 | 18.48 | 161 | 36 | 37 |
| A10 | 17.84 | 198 | 62 | 24 |
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATGTTTTAACCGGAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCA
GAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCAT
CGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATT
GAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCG
GCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGGTCGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCC
ATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTTGCATC
TGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACG
AGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAG
GTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGC
AAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTG
CAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACA
ATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGG
GGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTT
GGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTT
CAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAG
TGAGATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGA
GAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAG
TGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCA
AGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATG
CATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATGTTTTAACCGGAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCA
GAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCAT
CGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATT
GAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCG
GCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGGTCGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCC
ATTCTGgtcagtcgtaaattttgtctttgctttattttttattgcaaactttctattgcagtatatacatgtaatcataacatgcacctataatgtttcaattctctcatttgtgacagcaatatatagttccaatgcattgttttatcctttctccacattgtgttttttttcacattgtgttttttttaaataaaagt
attctgtgctgtgcttcgtcaatgtggctcactatgctattttattatgtactcattttagtttactgttaagcataaattctatccttttttgttctaaagaggttttgggaagattccaatttcaaccctggaaaaatttaggggattccttacagagaaccaaagtgccatgaaattgatgctaattctgaattgtg
cagAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTTGCATCTGG
TTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGG
GTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTC
TCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAA
AATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAA
GTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATA
TCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGC
AAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGG
AAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAA
AACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGA
GATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAG
GTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGG
AATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGT
TGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCAT
AAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
Intron 4 GTATGCATAA ... GGTGTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
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| A2 | 19.9 | 165 | 34.5 | 41 |
| A3 | 25.96 | 174 | 40.3 | 61 |
| A4 | 22.22 | 175 | 35.8 | 50 |
| A5 | 27.52 | 79 | 29.4 | 30 |
| A6 | 19.74 | 61 | 12 | 15 |
| A7 | 20.14 | 222 | 40.4 | 56 |
| A8 | 28.46 | 88 | 14.7 | 35 |
| A9 | 20.44 | 175.1 | 31.7 | 45 |
| A10 | 20.54 | 205 | 33 | 53 |
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAA
TATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTAGTACGTCACTTAATTGCATTTAGTATCTACCATTTCATCTTTTAATTTTTGCATCTTCTGAATTTGCCTTTTTTGTTTAATACTAAAAAGTTAAAAACTAACTACTTTTGGTCTAGTATGGAATAT
AGTTGCCATCATTACAAACTTAAACGGGCTAAAGTATTGGATTCCTTTTTTCTCTTTGGATTTCATTTTATTGGCTGTATTATTTTAAGAAAATAGGTCTTTTATTTAATACATATTTATTGAATACAAACATGATGGCTAGATGAAATTATTGCTTTTGCTACTGCTGTGTAGCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCT
CAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAA
GAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTA
GCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTG
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGgtatgcataagtagtatcctttttatcaatccgtctttcctgatggctcttgttttctgctgattttattcagtgttgctagtatagagatcattacgttgaaggtgtcatgtgtg
gtgttccagCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTAG
TACGTCACTTAATTGCATTTAGTATCTACCATTTCATCTTTTAATTTTTGCATCTTCTGAATTTGCCTTTTTTGTTTAATACTAAAAAGTTAAAAACTAACTACTTTTGGTCTAGTATGGAATATAGTTGCCATCATTACAAACTTAAACGGGCTAAAGTATTGGATTCCTTTTTTCTCTTTGGATTTCATTTTATTGGC
TGTATTATTTTAAGAAAATAGGTCTTTTATTTAATACATATTTATTGAATACAAACATGATGGCTAGATGAAATTATTGCTTTTGCTACTGCTGTGTAGCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCA
AAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGG
CAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAA
ATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTG
Intron 5 GTACGTCACT ... TGCTGTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.68 | 209 | 49 | 47 |
| A2 | 18.78 | 200 | 40.5 | 52 |
| A3 | 22.81 | 247 | 75 | 71 |
| A4 | 20.8 | 179 | 59 | 35 |
| A5 | 25.19 | 101 | 36 | 32 |
| A6 | 19.67 | 98 | 27 | 21 |
| A7 | 21.17 | 351 | 96.5 | 92 |
| A8 | 21.08 | 161 | 40 | 46 |
| A9 | 21.16 | 285 | 79 | 74 |
| A10 | 21.09 | 361 | 120 | 73 |
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformAGAATATGCCAGAAACAGTGTGTGGCTGTAGTGATGTTTAAGTTTCCTTTGCTATACTTGAATGCCTAATAAAAATTGATGGTTTTGGTTGCTTTCCAGTTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAA
ATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTT
CCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGAT
GCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAA
AGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGT
CTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCA
TTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGA
TTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGATGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGAGAGAAATCTCTCAC
TGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGG
TAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACAGGCACCTTACTGTA
GCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGC
TCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTG
AGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAGACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGT
TGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGCTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATATTCTA
AATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGGTGAGTACATTTTAAAGAATCTACGGCGC
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGGTATGCATAAGTAGTATCCTTTTTATCAATCCGTCTTTCCTGATGGCTCTTGTTTTCTGCTGATTTTATTCAGTGTTGCTAGTATAGAGATCATTACGTTGAAGGTGTCATGTGTG
GTGTTCCAGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTAg
tacgtcacttaattgcatttagtatctaccatttcatcttttaatttttgcatcttctgaatttgccttttttgtttaatactaaaaagttaaaaactaactacttttggtctagtatggaatatagttgccatcattacaaacttaaacgggctaaagtattggattccttttttctctttggatttcattttattggc
tgtattattttaagaaaataggtcttttatttaatacatatttattgaatacaaacatgatggctagatgaaattattgcttttgctactgctgtgtagCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCA
AAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGG
CAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAA
ATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTG
Intron 6 GTCAGTCGTA ... AATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.42 | 188 | 78 | 37 |
| A2 | 19.55 | 144 | 39 | 31 |
| A3 | 20.66 | 192 | 55 | 45 |
| A4 | 20.25 | 126 | 31 | 33 |
| A5 | 20.18 | 87 | 26 | 18 |
| A6 | 15.94 | 58 | 17 | 5 |
| A7 | 19.51 | 163 | 49 | 30 |
| A8 | 16.44 | 61 | 8 | 16 |
| A9 | 18.48 | 161 | 36 | 37 |
| A10 | 17.84 | 198 | 62 | 24 |
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformCCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATGTTTTAACCGGAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCA
GAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCAT
CGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATT
GAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCG
GCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGGTCGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCC
ATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTTGCATC
TGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACG
AGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAG
GTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGC
AAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTG
CAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACA
ATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGG
GGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTT
GGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTT
CAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAG
TGAGATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGA
GAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAG
TGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCA
AGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATG
CATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATGTTTTAACCGGAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCA
GAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCAT
CGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATT
GAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCG
GCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGGTCGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCC
ATTCTGgtcagtcgtaaattttgtctttgctttattttttattgcaaactttctattgcagtatatacatgtaatcataacatgcacctataatgtttcaattctctcatttgtgacagcaatatatagttccaatgcattgttttatcctttctccacattgtgttttttttaaataaaagtattctgtgctgtgcttc
gtcaatgtggctcactatgctattttattatgtactcattttagtttactgttaagcataaattctatccttttttgttctaaagaggttttgggaagattccaatttcaaccctggaaaaatttaggggattccttacagagaaccaaagtgccatgaaattgatgctaattctgaattgtgcagAGTTTATCTGGTCA
TTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTTGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACC
TTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATG
GATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTT
AAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGC
ATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCA
TATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGA
TGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTG
CCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGAGAGAAATCT
CTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTT
GCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACAGGCACCTTA
CTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAG
TCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTT
ATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACC
TTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATA
TTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
Intron 7 GTATGCTCAA ... TCTTGGTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.49 | 270 | 64 | 47.3 |
| A2 | 13.39 | 211 | 27 | 38.9 |
| A3 | 18.77 | 285 | 37 | 71.8 |
| A4 | 16.26 | 190 | 30 | 38.9 |
| A5 | 23.54 | 138 | 18 | 45.4 |
| A6 | 12.67 | 117 | 15 | 21.6 |
| A7 | 15.47 | 238 | 24 | 52.6 |
| A8 | 14.69 | 118 | 17 | 25 |
| A9 | 15.22 | 261 | 33 | 53.9 |
| A10 | 14.72 | 345 | 42 | 71.8 |
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAG
CAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTG
GCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAA
TATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTAGTACGTCACTTAATTGCATTTAGTATCTACCATTTCATCTTTTAATTTTTGCATCTTCTGAATTTGCCTTTTTTGTTTAATACTAAAAAGTTAAAAACTAACTACTTTTGGTCTAGTATGGAATAT
AGTTGCCATCATTACAAACTTAAACGGGCTAAAGTATTGGATTCCTTTTTTCTCTTTGGATTTCATTTTATTGGCTGTATTATTTTAAGAAAATAGGTCTTTTATTTAATACATATTTATTGAATACAAACATGATGGCTAGATGAAATTATTGCTTTTGCTACTGCTGTGTAGCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCT
CAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAA
GAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTA
GCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTG
>TRINITY_DN120604_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGACCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAAC
AGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTGCCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTG
GTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTGGATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCT
GTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAAACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGC
GGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCAAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAA
GCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACAC
TTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGgtatgctcaattttgttttgacatctacttttgatggttaggaaactagttaactgaaagcaggcattttggagcataaatttatttttcagttttgtgaaacgttatg
gatttgatgatattaatggttaaagaatgtcttggtcagTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGTACGTAATCAATTTCTTTGCATTTTATCTGGTAATGGTTTTTGTTGAATTCATCTTC
ACTATAAGTGTTGCATATATTTCTTAATAAAACTATAGATGTATTACTTGGGATAAACTGTTTGCTTAAATTAACCAAAATTTTTTCCCTAGGATGGTGTGATCATTAACCTGTTTGTATGAATGGCCAAATAAGAAAGTTCACACTTTAGAAAAGGCTCAATGGTCTCATTAGGCCCCTTTTGACAGTTTGGTATTTTG
AATTTAAAAAGTAGCCTGAAAAATGGCCTGATGTGCTCTACTGGGCCCTCTTCCACTTGGTATAGTTCGATGTTTGAAAGATGCCCGATGTGCTCATTTGATCCTTTCGCTGGGTGACCCTATGATGCTGAAGAGGGTACAGTTTCCTGCATCAAAATTTTGGCAGCTCACATTGGGGACATGGGCTGATACTAGACTCG
ACCAAGGCCACACACATAGCTACTACAGCAGGCTAACAAGGGACAGGAATGTACTTGCTGGATAGGCGAGATATGGGCTATATGAACTAACCCCAGCTTTCAAGCTAGACAAAATTAATCACAATTCTATAGACCACTAAACTTGAACATGCCAATTGTAGAAGGTTGGACTTCAGGATTCCTGCATATGAAACACATAA
AGAAGCAAGAATCTAGAGGGTTAGCATGGATGCATTCCTAGTTAAGAACTGGGGGCAAGTGATTCATTTAATGATAATATTTTCACATTAAAAATCTCTAGATTAATCTCATTTGAGATCAAGTTAGAATTAAGAAATATGATGGCATCACAGAAAGGTATTGAAACCCATTCTGATAAGATCCGAGAAACTAATGTCCC
GATACCATATGAAACACTCATGCACACATTTAGATAATATAAGATAAGGTAAGATGATTTAGATACTGTCCAATGAATGACCACAATTTTAGAGATGAGAAGAGACAATGAACAAATATCCATACAGACAAATATATGAGAATTAAATTACTCTACACAGAGACATGCAAGACCAGAGATTGAAGAAAATAACGATTGTT
TAAAAAATACTGGGTACCACTATATAATTATGAGCCCTAGGAATAGCAAACATGAAAAAGCAAATATTCAAAATCAAGTTGAATTGGACATTTCGCAGTTCTGTATACCATACATCTCTTCCCTGGTGGCCCAGGAAGGAGCTTCGGTGACATGGCCTGTATATCGTACCCAACTTGGGGGGGCATCCATGGAAATACT
Intron 8 GTATCCTTTT ... CTGCAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.04 | 275 | 62 | 51 |
| A2 | 13.59 | 194 | 44 | 17 |
| A3 | 18.98 | 286 | 92 | 42 |
| A4 | 19.49 | 157 | 56 | 20 |
| A5 | 15.49 | 150 | 35 | 20 |
| A6 | 12.5 | 77 | 12 | 10 |
| A7 | 16.85 | 227 | 60 | 32 |
| A8 | 13.27 | 85 | 21 | 5 |
| A9 | 13.65 | 215 | 44 | 24 |
| A10 | 14.98 | 349 | 82 | 41 |
>TRINITY_DN102139_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGTCCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATATGTTTTAACCGTAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGA
CCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTG
CCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTG
GATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAA
ACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGTACGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCCAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTTCCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAA
TGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGGACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCG
CATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGGGGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGC
CACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAGGAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTT
GAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTTGTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATG
AGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTT
CCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTC
TACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGA
CGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCA
AGTTGGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCAT
CCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAATGAGGGACAATTTTATTACTTATCTTGACAGCCATTTGTATGAAAATGTATGACATATTTTAAGAAAATGATATTCTCCTGGTCATTATGAAACATTAAAATATATTGTTTGATTTATCATTGGCACTAGGGATATGAGAAGATTTCATGTCACATACGGATAGG
TTTACAAATTTCATTCTGTTTATCATGACACTGTTAAATTTTTTATTAACATGAGTGAAAGAAAGTTCCATGAAATTACTTTTTACATCCTGAATTTCATTCATTTTGGGAATCAGCCCTATAGACTTGGCCTTTGAGTCGATTGAGGGTCAACTCGGACTCGGCCATGACTCACATTGGTTTGAACTTAACGA
>TRINITY_DN102139_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTCCTAAACAAAACTCATGTCTGTATTTGTAAGTGTGTATATATATGTTTTAACCGTAAGAGTTCGTATTTTCTGTGGAATTGTACTGAATGAATTAAGGTAAAAGAAAAATATGAACCCCGTACTCCATTTTTGAAATAGCGACGACACAAAGAGATCTACCGCCTGTTGTACGTTGTGGAAGCTGAGCGGAGGGCCGA
CCCAGAAGCAGATGCAGAGCAGAAGGCGATTTTAGGATTGATTCAAATTACAACGAAGGAAAACAGAGTTGAGGTGAAGGCGGGGGAGGTAGGGTTCAATTTGTTTTATCATTCTCGAAATGACGACCTAGGGCTTTGTATAATTTCTTTTTCTTCCGGTCATTTGACCTTAAAAATACTAAATACGAGGGGTCCCTCTG
CCATCGCACATGCCCCCTGTTTCTGCGCTGTGGTTGGATCCATAAACGCACGGCTTTAACTCTGGTTGCGACTCTAACTCCAGTCATAAAATCCATCTTCACTATTTCCCTTGCATTTATGCCGTCTGAAAACCCGAGGTAGTTAATGCGCCTCGGCAGAAGCCAAGATCTCGTGCGGGTTATGCCGAGAATTTGGACTG
GATTGAAGGGAATTTGAAGAAATAGTTTCAGTAATTTAATGGATTTTGAAAATTAGAGGATCCTGTGACATGGGCAGGGTTTTTTGGATGCTAGTGGGCGGTTTTTGATGTCAGATTTGGTGCTGTGAAATCATATGAGCCAGCATTGTCCATTTCATGGTTCTTGGTGGTGGGGATTGAAGTGAGAAGAGTTATGCGAA
ACCGGCGATATAGAAGGCCAAGAATAATTACAGGGCTTTTACCCGGTCGCCGAAACCATGAAGCGGGCTTACAAATTACgtatcctttttaaggcgttcactgtttttcccaattctaatacattttgcatatctttgtatatatgtgagagatctatgcgtgattagaattatgttgttagctttcatggtttgattgg
tttttctggcttagtgcttcctgcccaattgtaggatttttgggcaaatatttagtagttagcatattttattgaaactgtagagctgtgaaaatctgggtgactgttactattgttcaagcaatatgtagtgagggactatgaggtaagctgctcagattgtatccaattatgtgttggttcttgttgggatacatctt
ctgaatggtagccacacaatcactttttgaatcccaatcaaggatttggttgtggggaacgcaaagaatacatcttccaagtgattcctgtgcagtcatcttttgaaaccccatcaaggatatggttgcagggaatgcaaagaatgaattctgctacttttgaggaggattttttctgctcgttttgtttctgcaataaa
tgaatttactttgatcttgtattttaaagagggacaagaaaataaagcaatgcagatctttgatccaatttggtggctatgagctttaagcatcatggttattaagatctagatgttttttttccttgactgactgcaattagAGGAGTTTGTTGCGCATGCCTCCAATGTCAACTGTCTCAAGATTGGGAAGAAGTCTT
CCAGAGTTCTGGTGACGGGCGGGGAAGATCACAAAGTGAATATGTGGGCCATTGGAAAACCCAATGCCATTCTGAGTTTATCTGGTCATTCAAGTGCGGTGGAGTCTGTGACCTTTGATTCTGCAGAAGCTTTAGTTGTTGCTGGAGCTGCCAGTGGTACAATAAAGCTATGGGATTTGGAAGAAGCAAAAATTGTTCGG
ACACTCACTGGTCATAGGTCCAATTGCATATCAGTGGATTTCCACCCATTTGGGGAATTTTTCGCATCTGGTTCCTTGGATACAAACCTTAAAATTTGGGATATTAGACGCAAGGGTTGCATTCACACTTATAAGGGGCACACTCGTGGTGTTAATTCAATCAGATTTAGTCCAGATGGTCGTTGGGTGGTGTCAGGTGG
GGAGGACAATATTGTGAAGTTATGGGATCTAACTGCTGGAAAGCTCATGCATGACTTTAAATGCCACGAGGGTCAGATACAGTGTATGGATTTCCATCCTCAAGAGTTTCTTCTTGCTACAGGCTCAGCAGACAGGACTGTGAAGTTCTGGGACCTTGAGACCTTTGAGCTTATTGGATCAGCTGGGCCTGAGACAACAG
GAGTTCGTGCCATGATTTTCAATCCAGATGGAAGAACTCTGTTAACTGGATTGCATGAAAGTTTGAAGGTCTCTTCCTGGGAACCTTTAAGATGCTATGATGCAGTGGACGTTGGTTGGTCCAAATTGGCTGACCTCAACATACACGAGGGAAAGCTTCTTGGTTGTTCATACAATCAAAGTTGTGTTGGTGTATGGGTT
GTGGACATTTCGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAAGACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAAC
TACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCAT
TAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAA
AACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACA
GGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGA
CAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAA
AGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCT
TGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAG
AAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGC
ATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGCTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAAT
TCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGGTGAGTATATTTTAAAGAATCTACGGTGCCTTTTCGTACAAGAAAATACATCAATAAACTCTGTTCTAGAGAATG
CTTTTTGGTTTCCCAGTTATTCGGTTGAACTCTGAAATATTCAATAACATGCCACCATTCTAATTTTCGGCAGCTGCTTCTCAGTCATATCTTTGCATGTTACAGCATTTAATTGGAATAGGCTGCAGCTATGATGTTGATAAAGATGATGTTCACGATTAAGAGTTGGAATGGTTGTATTTGTCTACAATTGGGATTTC
TCATCAGTTCATGATCAATAGACAATTTTAATGCAAGTTTTTGAGACACCATTATGAGATGAAGTGGTTAGAGTAAATAGCTTGGATCGACCACATTCAACAAGTAAAAC
Intron 9 GTATTTAGAA ... GTATTAGCAG
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| A2 | 19.61 | 123 | 0 | 30 |
| A3 | 25.44 | 211 | 1 | 72 |
| A4 | 20.73 | 130 | 0 | 34 |
| A5 | 22.52 | 86 | 0 | 25 |
| A6 | 17.06 | 209 | 0 | 43 |
| A7 | 18.38 | 422 | 0 | 95 |
| A8 | 20.98 | 324 | 1 | 86 |
| A9 | 20 | 332 | 0 | 83 |
| A10 | 20.05 | 299 | 0 | 75 |
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformATTCCTTTTTTCTCTTTGGATTTCATTTTATTGGCTGTATTATTTTAAGAAAATAGGTCTTTTATTTAATACATATTTATTGAATACAAACATGATGGCTAGATGAAATTATTGCTTTTGCTACTGCTGTGTAGCCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTG
CAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTAGAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACA
ATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCTGACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGG
GGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGTTGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGAGGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTT
GGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTT
CAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAG
TGAGATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGA
GAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAG
TGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCA
AGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATG
CATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
>TRINITY_DN110509_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGCATCTGAATTATCAAAAAGAGgtatttagaagttggttaattttcttctcttgatgatagtgtagctttatttaaatttgttcagcatactgtgttgtaagtatagtattttgaaagattgattgggatatttttcatgtattagcagTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGA
GAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTCGTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTT
GACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGACTTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACA
GGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCT
ATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTG
TGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCAATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGTTGCAGCAC
GCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGTTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAA
GATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCGAGGG
Intron 10 GTATTTTGTT ... TGAAATCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.11 | 392 | 1 | 49 |
| A2 | 7.36 | 302 | 0 | 24 |
| A3 | 7.29 | 318 | 0 | 25 |
| A4 | 10.04 | 233 | 0 | 26 |
| A5 | 12.98 | 114 | 0 | 17 |
| A6 | 9.89 | 556 | 2 | 61 |
| A7 | 10.63 | 942 | 1 | 112 |
| A8 | 9.79 | 885 | 0 | 96 |
| A9 | 11.43 | 806 | 4 | 104 |
| A10 | 9.96 | 823 | 2 | 91 |
>TRINITY_DN39849_c0_g3_i1 from sample A8 / Example spliced isoformTTTCCTGATGGCTCTTGTTTTCTGCTGATTTTATTCAGTGTTGCTAGTATAGAGATCATTACGTTGAAGGTGTCATGTGTGGTGTTCCAGCGGGTGGGGCCATATGCTGCTGGAAATGCGTCAAGGACAAATGGCCTTAATGAGGCAAAAATGGGTTCCGGTGGGCATCAAAGTGTCCAGCAATCAGATAATAATTTAAA
GACCAATATGGCCAGGCTTTCTTTGTCACACAGTTCAGAGTCAGGAATCAAGGAACCAAAAAATACAACATCGGTAACTACCACTGAAGGTCTTCCTAACACACCTCAACGAGCTGGAATAGCCTTTGCTTCAAAGAATCTTCCTGCAAGTTCAGGTCCACCGTCATATGTCTCGACTCCAAAAAAAAGCAGTACATCTA
GAATGCAGCCTACAGCAAATTTTCAGACAGTAGGCAGGCCTGATATAGTGCCTGTCATTGTCCCCAGAGGCAGTTCATTAAGACCGGAAACAATAACAGATGCTAAGAGAGAAATGAACAATGTTGGAAGAGTGGTTCCGTCTACAATATCAGCCAAATCAACTGATGTCATTAAATCTGGCAGCAATAGAGATGAGTCT
GACAAGATAGACTACATAAGTCAGAAGCGCATGACAGGCAATGACAAAACTGACCAAAACATTGCGAGGACCGACCAAAACATTTCCTCTAGACCAGATGCTACTAGCAGTAGTTCTGTGGTAGTTGGTGAAGGAAATCAGACGGGGGCAAGATGGGTTGGTGCTGCCAGATTCAGAAGAAATTCACCAGTAGAATCAGT
TGTAAGCCCGAATGACAGAAGTCCTACTTTTCCATGGTCTGCACCTGATGATGCAGTTGTATGTCAGCCAGATCGACAGGTTACTGCATCTGAATTATCAAAAAGAGTGGTAGAGCCTGGCCGTGCTCGTACTCTTGTTGCAAGTTGGGAAACACGAGAGAAATCTCTCACTGCAGACACACCTGTACTGGTCAGTGGTC
GTCCCACCGCAAGTTCTGGACTGGACACGAGCTCATTCATCCCGAGAGGAAGCCAAGGGACTTCTGAAAGTGACTGGACAGTAAGTGATGACAATAGTTCTATAGAAGAACTTATGCAACAGCACAATACATTTACAAGCATCCTTCAAAACCGCTTGACTAAGTTGCAGGTAATAAGGAGATTTTGGCAAAGGAACGAC
TTGAAAGGTGCTATAGAGGCTACGGGGAAGATGGGAGATTATTCTGTATCTGCCGATGTTATTAGTGTCCTGATTGAAAGAAGTGAAGTGTTCACACTGGATCTTTGCACAGTCATACTTCCATTGCTTACTCGGTTGCTACAGAGTGAGATTGACAGGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCTTTTGCTAGTGAA
GACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAGCTCTTCAGGAAG
TGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACTTTGTTGTCAGCC
ACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCGATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATATTTGAGTGGCTTT
AAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTGCTCAATATGTCG
AGGGTGAGTATATTTTAAAGAATCTACGGTGCCTTTTCGTACAAGAAAATACATCAATAAACTCTGTTCTAGAGAATGCTTTTTGGTTTCCCAGTTATTCGGTTGAACTCTGAAATATTCAATAACATGCCACCATTCTAATTTTCGGCG
>TRINITY_DN39849_c0_g3_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGCTACAGAGTGAGATTGACAGgtattttgttttgttttgcagaacattccggggtagagcagtgcatttatatacgtataaaaacaatgcaagtgaatgatttattgtttcggaggcaaaaatttaacacccttttaagtaagatatgatgttgtgatgactgggcatgttggttttaaatttttaatcacaagacaag
cttcttgtatgtgttactaattttgttcttcaataatatgacgctgctttgtttgatatttgtattaatttttaaggttgtactaagaaaaataactatgcagagtttttatgcgttgagagtttctgttatctggattggtgtctgacgtcttttagtatgaaatctagGCACCTTACTGTAGCTATGGACACCCTGCT
TTTGCTAGTGAAGACATTTGGTGATGTTATCCGGACAACCATGGCAGCATCCCCAGCAATTGGAGTTGATCTCCAAGCAGAGCAAAGGCTTGAACGCTGTAATCTGTGCTACATTGAACTGGAGAACATCAAGCAGATTCTTGTTCCTTTAAACAGGAGAGGTGGAGCTATTGCCAAGTCCGCTCAAGAGTTGAGTTTAG
CTCTTCAGGAAGTGTGACCCACTTTATTTAGGTTGACATCTTTCTGTAATAAATCTTCTTTGGTGGGAGGCAATGCTGTTGTATATGGAGAAAGACTTCCTGCGTTGTTTGCGATGATAATGGTGTTGTGGTCAAATATGCACAGTGCCATATTGCAGTGGAATTCTTGTGGCAGGTTATTTGAGTTTCCAGCGATAACT
TTGTTGTCAGCCACACCTTGTCAGCCGCATCTTGATTCTTCGATTAAGAAGTTACTAATTTGTAGATAACTTCTAACTAGGTGATGATGCATACAATTAATGAAATCACAGAGAATATTTAGCCAGTTGAAACTGCAACTAGACTTGGTTGAAACTCAAGTTGCAGCACGCTTCAACCTTTGTTGTAATATTTAAAATAT
TTGAGTGGCTTTAAGCGCTCCATTTTTCTGTTTGGTCAAGTAAGTTGCTAGATTCTTCAGTTGCCCTTCTAAGTTCATACAATCAGCAATTCGATATCGATAATTTTCACTACAGAGTTCTTGATAATCTACGAGCCACCAATTATTAATTGTACATGCATAAGATTAAGATTACATATTCTAAATGATTTATTAATTTG
CTCAATATGTCGAGGGTGAGTATATTTTAAAGAATCTACGGTGCCTTTTCGTACAAGAAAATACATCAATAAACTCTGTTCTAGAGAATGCTTTTTGGTTTCCCAGTTATTCGGTTGAACTCTGAAATATTCAATAACATGCCACCATTCTAATTTTCGGCG