sp|Q94CF0|EHD1_ARATH ----> EH domain-containing protein 1

Intron 1 GTGTATATTT ... AATTAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.76	112	0	33
A2	19.83	93	0	23
A3	19.21	122	0	29
A4	20.16	103	0	26
A5	19.05	68	0	16
A6	22.92	74	0	22
A7	21.88	150	0	42
A8	23.08	50	0	15
A9	22.44	159	0	46
A10	18.63	166	0	38

>TRINITY_DN67574_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTGGTCCCACTTCATGGTGGTAAACTACACTCTGTCAGTGGGACACGTAGAAATGGCCGGCCGAGATGGGAATCCCGCCCATTGCATTTTTTGAAATATGAATATTCCTCATTTTGGAGGAATGCAGTCTCACCAATTTACAGGATTTGGGGTTTATATTTGCTCTCGAAGGCGTCTTCCATTTGTCAAGCTCTAGTTG
AATTCAGAGTGTGTAGTCATTGCCGAATCCATCGGTACCCATTTGAGTAGTATTGTGCTCTGTTGTTAGAGGGTTTGATAAAAGCCATGGAAATAATAGCTAAGAAGTCCAATGACATCCTCAAGCATGACGAGAAGGTTTACCAACGATGGTTCGAGTATGTCGACGCAGATGGAGATGGCCGCATCACTGGAAATGAT
GCAGTTAAATTCTTTTCCCTATCTCAGTTGTCAAGGCCTGAACTCAAACAGGTTTGGGCCATAGCAGATTCAAAACGTCAGGGCTTTCTTAGCTTCAAGGAGTTTGTCTCAGCAATGCAGGTAATCTCTCTCTGTCAAACTGGAAATGTGATTACACCTGATATTTTGAAGAATGCAGAACTAGAGAATATTAGCCCCCC
AGTCATGGAAGGATTGGACGAACTGCTAGCAGTAACAAATGACAGGCAACCACCTACAGAAAGTGAGGCTCACTCAAATGATTCGTCTCCCAGATGGCAGGCACAAGCAGTTTATTGGTTTACATCAAAAAACTCAAAGAAGATACCTATGACTACGGTGACATCAATAATTGATGGTTTGAAGAGGCTTTATCAAGAGA
AATTGAAGCCATTGGAAGTTACTTATAGATATGATGATTTTGCCTCGCCTACATTGACTGCTAGTGACTTTGATGCGAAACCGATGGTGATGCTTTTGGGCCAATATTCCACAGGGAAGACTACATTCATCAAGCATTTATTAGGAACTAGTTATCCAGGTTCTCATGTTGGACCAGAACCCACTACAGATCGCTTTGTT
GTTGTCATGTCAGGTCCCGATGGAAGAAGTATACCTGGTAATACAATTGCAGTGCAAGCAGATATGCCCTTTGGTGCATTGACCAGATTTGGGTCTGCATTTCTCTCAAAATTTGAGTGTTCACAAATGCCACATCCTCTTTTGGATCATTTTACCTTTGTGGATACACCAGGAGTTCTTGCTGGAGAAAAGCAGAGAAC
TCAACGCAGCTATGACTTCACCGGTGTGACTTCGTGGTTTGCAGCGAAGTGTGATCTTATTCTTCTATTTTTTGATCCTAACAAGCTGGATATTAGTGATGAGTTGAAGCGTGTGATTGGATCTCTTCGTGGCCATGATGACAAGATAAGAGTGGTCCTCAACAAAGCCGATCAAGTTGATACACAGCATCTAATGAGGG
TATATGGAGCTTTGATGTGGTCCCTAGGGAAAGTATTGAATACTCCTGAAGTTACAAGGGTATACATTGGTTCATTCAATGACAAGCCAATAGATGAAGCTGTTTTAGGTCCAATGGGGAAGGAGCTTTTCGAAAAGGAGCAGGAGGATCTTCTAGTTGATTTGAAAGACATTCCTAGGAAAGCATGTGATCGTCGTATA
AATGAATTTGTCAAGCGTGCTCGAGCAGCCAAGATTCATGCATATATTATCAGCCATTTGAAGAAAGAGATGCCTACTATGATGGGGAAAGCTAAAGCGCAACAACGTCTCATTGATAATCTGGAGGAAGAGTTTACGAAGGTGCAAAAGGAGTTCCACTTGCCAGTTGGTGATTTTCCTGATGTTCAACATTACAAAGA
AGTTTTAAGTGGATATCAGATTGATAAATTTGAGAAGCTCAAACCAAAGATGATTCAAGCAGTGGATGACATGCTGGGCTATGACATTCCAGACCTGCTTAAAAAGTTCCGGAATCCTTATGAATAAAAATAACGTATCTACATTCCTTCTGATATATCTCCATAGTATCCCTATCCGTGTTCTGGCTTGGCAGCAGTCT
TGACAAATCCGCTTGAATGTTGCAATATCTTCCAATCATGATTGTTTTGTTGCATGGGTCACTTGTGGTATCCTCCTAATGTTTATATTACTTTCTTGGATGCTTAAGCAAATGCCAACGCATGGCTTTGTTAGTGCAGAGATATTTTTAGTACCAGGGTCCAAAACTTTGGTATGTATCTCAATAAGAGAAGTTAATGT
CAGATCAACAATTGGTTGGCTGCCTACTTGATACATGCTCCTAAATAGCCCATTCAACCTACAGTCCCTCGTTCAATTTGGCAACAATCTTTAGTGCTCTTTATCCTGAAGACGTGGTCTCTTAGCATTAGGCTTTCAGTTTTTTTATCATCACGGTAGCTCAATTATCATTGAGTCCACGCTACATTGTAGGTATTCCC
ACGGGTCTTTTGCTGTATTTTCCATGATATTTCCTCTTTAATGTTAGAAAGTGTGGTTTTCCAGCACACCTTTGGTCCCAAAATATTTAGTTGTATCATGATATGATTTGATCGATATCCAATTTATGAATTTGAATAGAATTTGTTTAAAAGATTGCCGC

>TRINITY_DN67574_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACCTGATATTTTGAAGAATGCAGgtgtatatttcttcataccctatagacctttagagtctttgaaatcaattgtacaattaatgtgtttgttcatttgttgtttgctaattactgtcatattcaaaaatgtttggtcattcaaaattggtgaattaatcagAACTAGAGAATATTAGCCCCCCAGTCATGGAAGGATTG
GACGAACTGCTAGCAGTAACAAATGACAGGCAACCACCTACAGAAAGTGAGGCTCACTCAAATGATTCGTCTCCCAGATGGCAGGCACAAGCAGTTTATTGGTTTACATCAAAAAACTCAAAGAAGATACCTATGACTACGGTGACATCAATAATTGATGGTTTGAAGAGGCTTTATCAAGAGAAATTGAAGCCATTGGA
AGTTACTTATAGATATGATGATTTTGCCTCGCCTACATTGACTGCTAGTGACTTTGATGCGAAACCGATGGTGATGCTTTTGGGCCAATATTCCACAGGGAAGACTACATTCATCAAGCATTTATTAGGAACTAGTTATCCAGGTTCTCATGTTGGACCAGAACCCACTACAGATCGCTTTGTTGTTGTCATGTCAGGTC
CCGATGGAAGAAGTATACCTGGTAATACAATTGCAGTGCAAGCAGATATGCCCTTTGGTGCATTGACCAGATTTGGGTCTGCATTTCTCTCAAAATTTGAGTGTTCACAAATGCCACATCCTCTTTTGGATCATTTTACCTTTGTGGATACACCAGGAGTTCTTGCTGGAGAAAAGCAGAGAACTCAACGCAGCTATGAC
TTCACCGGTGTGACTTCGTGGTTTGCAGCGAAGTGTGATCTTATTCTTCTATTTTTTGATCCTAACAAGCTGGATATTAGTGATGAGTTGAAGCGTGTGATTGGATCTCTTCGTGGCCATGATGACAAGATAAGAGTGGTCCTCAACAAAGCCGATCAAGTTGATACACAGCATCTAATGAGGGTATATGGAGCTTTGAT
GTGGTCCCTAGGGAAAGTATTGAATACTCCTGAAGTTACAAGGGTATACATTGGTTCATTCAATGACAAGCCAATAGATGAAGCTGTTTTAGGTCCAATGGGGAAGGAGCTTTTCGAAAAGGAGCAGGAGGATCTTCTAGTTGATTTGAAAGACATTCCTAGGAAAGCATGTGATCGTCGTATAAATGAATTTGTCAAGC
GTGCTCGAGCAGCCAAGATTCATGCATATATTATCAGCCATTTGAAGAAAGAGATGCCTACTATGATGGGGAAAGCTAAAGCGCAACAACGTCTCATTGATAATCTGGAGGAAGAGTTTACGAAGGTGCAAAAGGAGTTCCACTTGCCAGTTGGTGATTTTCCTGATGTTCAACATTACAAAGAAGTTTTAAGTGGATAT
CAGATTGATAAATTTGAGAAGCTCAAACCAAAGATGATTCAAGCAGTGGATGACATGCTGGGCTATGACATTCCAGACCTGCTTAAAAAGTTCCGGAATCCTTATGAATAAAAATAACGTATCTACATTCCTTCTGATATATCTCCATAGTATCCCTATCCGTGTTCTGGCTTGGCAGCAGTCTTGACAAATCCGCTTGA
ATGTTGCAATATCTTCCAATCATGATTGTTTTGTTGCATGGGTCACTTGTGGTATCCTCCTAATGTTTATATTACTTTCTTGGATGCTTAAGCAAATGCCAACGCATGGCTTTGTTAGTGCAGAGATATTTTTAGTACCAGGGTCCAAAACTTTGGTATGTATCTCAATAAGAGAAGTTAATGTCAGATCAACAATTGGT
TGGCTGCCTACTTGATACATGCTCCTAAATAGCCCATTCAACCTACAGTCCCTCGTTCAATTTGGCAACAATCTTTAGTGCTCTTTATCCTGAAGACGTGGTCTCTTAGCATTAGGCTTTCAGTTTTTTTATCATCACGGTAGCTCAATTATCATTGAGTCCACGCTACATTGTAGGTATTCCCACGGGTCTTTTGCTGT
ATTTTCCATGATATTTCCTCTTTAATGTTAGAAAGTGTGGTTTTCCAGCACACCTTTGGTCCCAAAATATTTAGTTGTATCATGATATGATTTGATCGATATCCAATTTATGAATTTGAATAGAATTTGTTTAAAAGATTGCCGC

Intron 2 GTATGTATCG ... TACACGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.82	125	39	8
A2	20.21	75	27	11
A3	18.46	106	32	16
A4	7.48	99	9	7
A5	16.88	32	5	8
A6	14.55	91	23	8
A7	16.71	152	39	22
A8	18.25	112	31	19
A9	10.71	150	22	14
A10	17.77	118	36	15

>TRINITY_DN64228_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

TGGTAAACTACACTCTGTCAGTGGGACACGTAGAAATGGCCGGCCGAGATGGGAATCCCGCCCATTGCATTTTTTGAAATATGAATATTCCTCATTTTGGAGGAATGCAGTCTCACCAATTTACAGGATTTGGGGTTTATATTTGCTCTCGAAGGCGTCTTCCATTTGTCAAGCTCTAGTTGAATTCAGAGTGTGTAGTC
ATTGCCGAATCCATCGGTACCCATTTGAGTAGTATTGTGCTCTGTTGTTAGAGGGTTTGATAAAAGCCATGGAAATAATAGCTAAGAAGTCCAATGACATCCTCAAGCATGACGAGAAGGTTTACCAACGATGGTTCGAGTATGTCGACGCAGATGGAGATGGCCGCATCACTGGAAATGATGCAGTTAAATTCTTTTCC
CTATCTCAGTTGTCAAGGCCTGAACTCAAACAGGTTTGGGCCATAGCAGATTCAAAACGTCAGGGCTTTCTTAGCTTCAAGGAGTTTGTCTCAGCAATGCAGGTAATCTCTCTCTGTCAAACTGGAAATGTGATTACACCTGATATTTTGAAGAATGCAGAACTAGAGAATATTAGCCCCCCAGTCATGGAAGGATTGGA
CGAACTGCTAGCAGTAACAAATGACAGGCAACCACCTACAGAAAGTGAGGCTCACTCAAATGATTCGTCTCCCAGATGGCAGGCACAAGCAGTTTATTGGTTTACATCAAAAAACTCAAAGAAGATACCTATGACTACGGTGACATCAATAATTGATGGTTTGAAGAGGCTTTATCAAGAGAAATTGAAGCCATTGGAAG
TTACTTATAGATATGATGATTTTGCCTCGCCTACATTGACTGCTAGTGACTTTGATGCGAAACCGATGGTGATGCTTTTGGGCCAATATTCCACAGGGAAGACTACATTCATCAAGCATTTATTAGGAACTAGTTATCCAGGTTCTCATGTTGGACCAGAACCCACTACAGATCGCTTTGTTGTTGTCATGTCAGGTCCC
GATGGAAGAAGTATACCTGGTAATACAATTGCAGTGCAAGCAGATATGCCCTTTGGTGCATTGACCAGATTTGGGTCTGCATTTCTCTCAAAATTTGAGTGTTCACAAATGCCACATCCTCTTTTGGATCATTTTACCTTTGTGGATACACCAGGAGTTCTTGCTGGAGAAAAGCAGAGAACTCAACGCAGCTATGACTT
CACCGGTGTGACTTCGTGGTTTGCAGCGAAGTGTGATCTTATTCTTCTATTTTTTGATCCTAACAAGCTGGATATTAGTGATGAGTTGAAGCGTGTGATTGGATCTCTTCGTGGCCATGATGACAAGATAAGAGTGGTCCTCAACAAAGCCGATCAAGTTGATACACAGCATCTAATGAGGGTATATGGAGCTTTGATGT
GGTCCCTAGGGAAAGTATTGAATACTCCTGAAGTTACAAGGGTATACATTGGTTCATTCAATGACAAGCCAATAGATGAAGCTGTTTTAGGTCCAATGGGGAAGGAGCTTTTCGAAAAGGAGCAGGAGGATCTTCTAGTTGATTTGAAAGACATTCCTAGGAAAGCATGTGATCGTCGTATAAATGAATTTGTCAAGCGT
GCTCGAGCAGCCAAGATTCATGCATATATTATCAGCCATTTGAAGAAAGAGATGCCTACTATGATGGGGAAAGCTAAAGCGCAACAACGTCTCATTGATAATCTGGAGGAAGAGTTTACGAAGGTGCAAAAGGAGTTCCACTTGCCAGTTGGTGATTTTCCTGATGTTCAACATTACAAAGAAGTTTTAAGTGGATATCA
GATTGATAAATTTGAGAAGCTCAAACCAAAGATGATTCAAGCAGTGGATGACATGCTGGGCTATGACATTCCAGACCTGCTTAAAAAGTTCCGGAATCCTTATGAATAAAAATAACGTATCTACATTCCTTCTGATATATCTCCATAGTATCCCTATCCGTGTTCTGGCTTGGCAGCAGTCTTGACAAATCCGCTTGAAT
GTTGCAATATCTTCCAATCATGATTGTTTTGTTGCATGGGTCACTTGTGGTATCCTCCTAATGTTTATATTACTTTCTTGGATGCTTAAGCAAATGCCAACGCATGGCTTTGTTAGTGCAGAGATATTTTTAGTACCAGGGTCCAAAACTTTGGTATGTATCTCAATAAGAGAAGTTAATGTCAGATCAACAATTGGTTG
GCTGCCTACTTGATACATGCTCCTAAATAGCCCATTCAACCTACAGTCCCTCGTTCAATTTGGCAACAATCTTTAGTGCTCTTTATCCTGAAGACGTGGTCTCTTAGCATTAGGCTTTCAGTTTTTTTATCATCACGGTAGCTCAATTATCATTGAGTCCACGCTACATTGTAGGTATTCCCACGGGTCTTTTGCTGTAT
TTTCCATGATATTTCCTCTTTAATGTTAGAAAGTGTGGTTTTCCAGCACACCTTTGGTCCCAAAATATTTAGTTGTATCATGATATGATTTGATCG

>TRINITY_DN64228_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGGTAAACTACACTCTGTCAGTGGGACACGTAGAAATGGCCGGCCGAGATGGGAATCCCGCCCATTGCATTTTTTGAAATATGAATATTCCTCATTTTGGAGGAATGCAGTCTCACCAATTTACAGGATTTGGGGTTTATATTTGCTCTCGAAGGCGTCTTCCATTTGTCAAGCTCTAGTTGAATTCAGAGTGTGTAGTC
ATTGCCGAATCCATCGGTACCCATTTGAGTAGTATTGTGCTCTGTTGTTAGAGGGTTTGATAAAAGCCATGGAAATAATAGCTAAGAAGTCCAATGACATCCTCAAGCATGACGAGAAGGTTTACCAACGATGGTTCGAGTATGTCGACGCAGATGGAGATGGCCGCATCACTGGAAATGATGCAGTTAAATTCTTTTCC
CTATCTCAGTTGTCAAGGCCTGAACTCAAACAGGTTTGGGCCATAGCAGATTCAAAACGTCAGGGCTTTCTTAGCTTCAAGGAGTTTGTCTCAGCAATGCAGGTAATCTCTCTCTGTCAAACTGGAAATGTGATTACACCTGATATTTTGAAGAATGCAGAACTAGAGAATATTAGCCCCCCAGTCATGGAAGGATTGGA
CGAACTGCTAGCAGTAACAAATGACAGGCAACCACCTACAGAAAGTGAGGCTCACTCAAATGATTCGTCTCCCAGATGGCAGGCACAAGCAGTTTATTGGTTTACATCAAAAAACTCAAAGAAGATACCTATGACTACGGTGACATCAATAATTGATGGTTTGAAGAGGCTTTATCAAGAGAAATTGAAGCCATTGGAAG
TTACTTATAGATATGATGATTTTGCCTCGCCTACATTGACTGCTAGTGACTTTGATGCGAAACCGATGGTGATGCTTTTGGGCCAATATTCCACAGGGAAGACTACATTCATCAAGCATTTATTAGGAACTAGTTATCCAGGTTCTCATGTTGGACCAGAACCCACTACAGATCGCTTTGTTGTTGTCATGTCAGGTCCC
GATGGAAGAAGTATACCTGGTAATACAATTGCAGTGCAAGCAGATATGCCCTTTGGTGCATTGACCAGATTTGGGTCTGCATTTCTCTCAAAATTTGAGTGTTCACAAATGCCACATCCTgtatgtatcgaagtattttgtttatgatatttcattgctttcttattagtcacctattgatttctactgtttatacacga
cagCTTTTGGATCATTTTACCTTTGTGGATACACCAGGAGTTCTTGCTGGAGAAAAGCAGAGAACTCAACGCAGCTATGACTTCACCGGTGTGACTTCGTGGTTTGCAGCGAAGTGTGATCTTATTCTTCTATTTTTTGATCCTAACAAGCTGGATATTAGTGATGAGTTGAAGCGTGTGATTGGATCTCTTCGTGGCCA
TGATGACAAGATAAGAGTGGTCCTCAACAAAGCCGATCAAGTTGATACACAGCATCTAATGAGGGTATATGGAGCTTTGATGTGGTCCCTAGGGAAAGTATTGAATACTCCTGAAGTTACAAGGGTATACATTGGTTCATTCAATGACAAGCCAATAGATGAAGCTGTTTTAGGTCCAATGGGGAAGGAGCTTTTCGAAA
AGGAGCAGGAGGATCTTCTAGTTGATTTGAAAGACATTCCTAGGAAAGCATGTGATCGTCGTATAAATGAATTTGTCAAGCGTGCTCGAGCAGCCAAGATTCATGCATATATTATCAGCCATTTGAAGAAAGAGATGCCTACTATGATGGGGAAAGCTAAAGCGCAACAACGTCTCATTGATAATCTGGAGGAAGAGTTT
ACGAAGGTGCAAAAGGAGTTCCACTTGCCAGTTGGTGATTTTCCTGATGTTCAACATTACAAAGAAGTTTTAAGTGGATATCAGATTGATAAATTTGAGAAGCTCAAACCAAAGATGATTCAAGCAGTGGATGACATGCTGGGCTATGACATTCCAGACCTGCTTAAAAAGTTCCGGAATCCTTATGAATAAAAATAACG
TATCTACATTCCTTCTGATATATCTCCATAGTATCCCTATCCGTGTTCTGGCTTGGCAGCAGTCTTGACAAATCCGCTTGAATGTTGCAATATCTTCCAATCATGATTGTTTTGTTGCATGGGTCACTTGTGGTATCCTCCTAATGTTTATATTACTTTCTTGGATGCTTAAGCAAATGCCAACGCATGGCTTTGTTAGT
GCAGAGATATTTTTAGTACCAGGGTCCAAAACTTTGGTATGTATCTCAATAAGAGAAGTTAATGTCAGATCAACAATTGGTTGGCTGCCTACTTGATACATGCTCCTAAATAGCCCATTCAACCTACAGTCCCTCGTTCAATTTGGCAACAATCTTTAGTGCTCTTTATCCTGAAGACGTGGTCTCTTAGCATTAGGCTT
TCAGTTTTTTTATCATCACGGTAGCTCAATTATCATTGAGTCCACGCTACATTGTAGGTATTCCCACGGGTCTTTTGCTGTATTTTCCATGATATTTCCTCTTTAATGTTAGAAAGTGTGGTTTTCCAGCACACCTTTGGTCCCAAAATATTTAGTTGTATCATGATATGATTTGATCG