NA ----> NA

Intron 1 GTGACCAGCG ... GTTGCAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.5	67.9	13.7	39
A2	45.7	66.7	19	56.2
A3	50.23	47.7	25.9	48.2
A4	42.11	55	13.8	40
A5	42.62	35	7.8	26
A6	45.87	212.5	50.7	180.1
A7	46.13	169.3	26.7	145
A8	55.43	79.9	23.6	99.3
A9	47.98	222.7	35.9	205.5
A10	47.24	152.6	43.3	136.7

>TRINITY_DN108831_c0_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGGAATCACGAAATGAAAAAATGTAATGTGCATTCGGAAAATGTTAGCTAGGAGTGCACGGCTATTGTCTCCGATGGCGGCTAAGAGGCCTTTATCCCCGCTAGGTGTTCCCAATAAACGC
CCGGCGACCTTAACCAACTGCTCATCAACAACAATGGTGGCCGAGAATCCATTCAAAGAAGAGTTTGAGAAGTACCGCGACCACCTCAATGAGATGAATGACAAGAGGGAGAGGCTTGTGAAGGCCGGCCGTGATGTTACACAGAATAGCAAGAAAGTTATTTTCCAGGTTCATAGGATTGGCAAACATAATCAACAAAC
GGTTTTGAATCAGGCAGAAAAAGATATTGATGGAGTTACTACCCAGCATGTGTCACGGATTACCAAAGAGTTGCAGGGCAGTGACAATGATGCTTGGAAGCTTAGAAGAGCTTACTCACCTGGGATGCAAGAGTATGTCGAAGCAGCAACTGTGCTAGAGTTTTGTAAAACTGGAAGACTTTTGACCCTTGCAGATCTCA
ATAACAGGCTTACAAAACTTAGTGACCCATCTACTAGTCCTTTCAAAATCAACCTTTCTGATTATCTTCTTGGGATTGGAGATTTGACTGGAGAACTCATGAGGCTAGCCATCAGTCGGGTAGCTGATGGAGAGGTAGAGGTGGCTAACACCATATGCAATTTTGTACGTGATCTTTACAAGGATCTTAGTCTTGTTGCT
CCCATAATGGATGATTACTATGAAATGAACAAGAAGATGGAGACAATGCTTCAAAGTTTAGTAAAAATAGAAAATGCTTGCTATGCCGTTCGCGTTAGAGGCTCAGAATACATAGCTGATGCTCAGGGCAAGCAGTATAGATACACACTGGCACTGGATGACGCATGATAAAATTGGCGTTCCTCTACTGCATTGACTGA
ATGGAAGCTTGGACTTTGTTGAGATGCAGGAATGTCCATATCTTTGTTTCTATGAATTTTACAGTGTTTGAAGTTTACTTTGGTATAAGTTCAGTTTACTACTTTGGTCAAGTATGTAAATAATTGCAAGTATGTTGTTATAGTTAAGCATGCAGCAAAAAGTTAAATTGCTATAATTGCTTATCTTCATCTAGCATTTG
GATTTAATGTATAATATCCTGCTTAGCAGGTTTTGTGACGAATTTTAAATCTTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGAAATAAGATTTGGTGCAAAATGAAATAAATCAC

>TRINITY_DN108831_c0_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGGAATCACGAAATGAAAAAATGTAATGTGCATTCGGAAAATGTTAGCTAGGAGTGCACGGCTATTGTCTCCGATGGCGGCTAAGAGGCCTTTATCCCCGCTAGgtgaccagcgcctattc
tccaattcactgatttgaactatcctgcaattaatctttcaattcaatttattcgccctcggttgcagcagGTGTTCCCAATAAACGCCCGGCGACCTTAACCAACTGCTCATCAACAACAATGGTGGCCGAGAATCCATTCAAAGAAGAGTTTGAGAAGTACCGCGACCACCTCAATGAGATGAATGACAAGAGGGAGA
GGCTTGTGAAGGCCGGCCGTGATGTTACACAGAATAGCAAGAAAGTTATTTTCCAGGTTCATAGGATTGGCAAACATAATCAACAAACGGTTTTGAATCAGGCAGAAAAAGATATTGATGGAGTTACTACCCAGCATGTGTCACGGATTACCAAAGAGTTGCAGGGCAGTGACAATGATGCTTGGAAGCTTAGAAGAGCT
TACTCACCTGGGATGCAAGAGTATGTCGAAGCAGCAACTGTGCTAGAGTTTTGTAAAACTGGAAGACTTTTGACCCTTGCAGATCTCAATAACAGGCTTACAAAACTTAGTGACCCATCTACTAGTCCTTTCAAAATCAACCTTTCTGATTATCTTCTTGGGATTGGAGATTTGACTGGAGAACTCATGAGGCTAGCCAT
CAGTCGGGTAGCTGATGGAGAGGTAGAGGTGGCTAACACCATATGCAATTTTGTACGTGATCTTTACAAGGATCTTAGTCTTGTTGCTCCCATAATGGATGATTACTATGAAATGAACAAGAAGATGGAGACAATGCTTCAAAGTTTAGTAAAAATAGAAAATGCTTGCTATGCCGTTCGCGTTAGAGGCTCAGAATACA
TAGCTGATGCTCAGGGCAAGCAGTATAGATACACACTGGCACTGGATGACGCATGATAAAATTGGCGTTCCTCTACTGCATTGACTGAATGGAAGCTTGGACTTTGTTGAGATGCAGGAATGTCCATATCTTTGTTTCTATGAATTTTACAGTGTTTGAAGTTTACTTTGGTATAAGTTCAGTTTACTACTTTGGTCAAG
TATGTAAATAATTGCAAGTATGTTGTTATAGTTAAGCATGCAGCAAAAAGTTAAATTGCTATAATTGCTTATCTTCATCTAGCATTTGGATTTAATGTATAATATCCTGCTTAGCAGGTTTTGTGACGAATTTTAAATCTTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGAAATAAGATTTGGTGCAAAATG
AAATAAATCAC

Intron 2 GTGACCAGCG ... TCGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36	64	15	36
A2	46.03	68	21	58
A3	50.52	48	29	49
A4	43.18	50	15	38
A5	42.62	35	9	26
A6	45.57	209	56	175
A7	45.42	161	30	134
A8	55.17	78	26	96
A9	47.57	216	40	196
A10	47.14	148	48	132

>TRINITY_DN109888_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGGAATCACGAAATGAAAAAATGTAATGTGCATTCGGAAAATGTTAGCTAGGAGTGCACGGCTATTGTCTCCGATGGCGGCTAAGAGGCCTTTATCCCCGCTAGCAGGTGTTCCCAATAAA
CGCCCGGCGACCTTAACCAACTGCTCATCAACAACAATGGTGGCCGAGAATCCATTCAAAGAAGAGTTTGAGAAGTACCGCGACCACCTCAATGAGATGAATGACAAGAGGGAGAGGCTTGTGAAGGCCGGCCGTGATGTTACACAGAATAGCAAGAAAGTTATTTTCCAGGTTCATAGGATTGGCAAACATAATCAACA
AACGGTTTTGAATCAGGCAGAAAAAGATATTGATGGAGTTACTACCCAGCATGTGTCACGGATTACCAAAGAGTTGCAGGGCAGTGACAATGATGCTTGGAAGCTTAGAAGAGCTTACTCACCTGGGATGCAAGAGTATGTCGAAGCAGCAACTGTGCTAGAGTTTTGTAAAACTGGAAGACTTTTGACCCTTGCAGATC
TCAATAACAGGCTTACAAAACTTAGTGACCCATCTACTAGTCCTTTCAAAATCAACCTTTCTGATTATCTTCTTGGGATTGGAGATTTGACTGGAGAACTCATGAGGCTAGCCATCAGTCAGGTAGCTGATGGAGAGGTAGAGGTGGCTAACACCATATGCAATTTTGTACGTGATCTTTACAAGGATCTTAGTCTTGTT
GCTCCCATAATGGATGATTACTATGAAATGAACAAGAAGATGGAGACAATGCTTCAAAGTTTAGTAAAAATAGAAAATGCTTGCTATGCCGTTCGCGTTAGAGGCTCAGAATACATAGCTGATGCTCAGGGCAAGCAGTATAGATACACACTGGCACTGGATGACGCATGATAAAATTGGCGTTCCTCTACTGCATTGAC
TGAATGGAAGCTTGGACTTTGTTGAGATGCAGGAATGTCCATATCTTTGTTTCTATGAATTTTACAGTGTTTGAAGTTTACTTTGGTATAAGTTCAGTTTACTACTTTGGTCAAGTATGTAAATAATTGCAAGTATGTTGTTATAGTTAAGCATGCAGCAAAAAGTTAAATTGCTATAATTGCTTATCTTCATCTAGCAT
TTGGATTTAATGTATAATATCCTGCTTAGCAGGTTTTGTGACGAATTTTAAATCTTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGAAATAAGATTTGGTGCAAAATGAAATAAATCACATTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGA

>TRINITY_DN109888_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGCGGAAGAAAGGGCATTTAGGGGGTTTAAGGAATCACGAAATGAAAAAATGTAATGTGCATTCGGAAAATGTTAGCTAGGAGTGCACGGCTATTGTCTCCGATGGCGGCTAAGAGGCCTTTATCCCCGCTAGgtgaccagcgcctattc
tccaattcactgattttaactatcctgcaattaatctttgaattcaatttatttgccctcggttgcagCAGGTGTTCCCAATAAACGCCCGGCGACCTTAACCAACTGCTCATCAACAACAATGGTGGCCGAGAATCCATTCAAAGAAGAGTTTGAGAAGTACCGCGACCACCTCAATGAGATGAATGACAAGAGGGAGA
GGCTTGTGAAGGCCGGCCGTGATGTTACACAGAATAGCAAGAAAGTTATTTTCCAGGTTCATAGGATTGGCAAACATAATCAACAAACGGTTTTGAATCAGGCAGAAAAAGATATTGATGGAGTTACTACCCAGCATGTGTCACGGATTACCAAAGAGTTGCAGGGCAGTGACAATGATGCTTGGAAGCTTAGAAGAGCT
TACTCACCTGGGATGCAAGAGTATGTCGAAGCAGCAACTGTGCTAGAGTTTTGTAAAACTGGAAGACTTTTGACCCTTGCAGATCTCAATAACAGGCTTACAAAACTTAGTGACCCATCTACTAGTCCTTTCAAAATCAACCTTTCTGATTATCTTCTTGGGATTGGAGATTTGACTGGAGAACTCATGAGGCTAGCCAT
CAGTCAGGTAGCTGATGGAGAGGTAGAGGTGGCTAACACCATATGCAATTTTGTACGTGATCTTTACAAGGATCTTAGTCTTGTTGCTCCCATAATGGATGATTACTATGAAATGAACAAGAAGATGGAGACAATGCTTCAAAGTTTAGTAAAAATAGAAAATGCTTGCTATGCCGTTCGCGTTAGAGGCTCAGAATACA
TAGCTGATGCTCAGGGCAAGCAGTATAGATACACACTGGCACTGGATGACGCATGATAAAATTGGCGTTCCTCTACTGCATTGACTGAATGGAAGCTTGGACTTTGTTGAGATGCAGGAATGTCCATATCTTTGTTTCTATGAATTTTACAGTGTTTGAAGTTTACTTTGGTATAAGTTCAGTTTACTACTTTGGTCAAG
TATGTAAATAATTGCAAGTATGTTGTTATAGTTAAGCATGCAGCAAAAAGTTAAATTGCTATAATTGCTTATCTTCATCTAGCATTTGGATTTAATGTATAATATCCTGCTTAGCAGGTTTTGTGACGAATTTTAAATCTTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGAAATAAGATTTGGTGCAAAATG
AAATAAATCACATTAAAAAACATAATTTCATATGTTTTGGCCCGTTTGTTGA