NA ----> NA

Intron 1 GTAACTACCA ... AACAATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	0	1
A2	-1	0	0	0
A3	50	1	0	1
A4	-1	0	0	0
A5	50	1	0	1
A6	52	12	0	13
A7	58.82	7	0	10
A8	53.57	13	0	15
A9	53.33	14	1	16
A10	55.56	4	0	5

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCC
CATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCC
TCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGgtaactaccaaaccctgtctatctattactgggttttatgtcattgcatttcctttcaaggatttattgtgaattaaccatgttattaatttactaatctagttctcttcttcttgggtaaaatgctcaatgca
ctgatgaatgggaatacaaaacaatgtagGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGAC
GGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGAC
CCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

Intron 2 GTTGGTGACC ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	3
A2	50	1	4	1
A3	66.67	2	2	4
A4	33.33	2	0	1
A5	50	1	0	1
A6	60.47	15	11	23
A7	38.89	11	2	7
A8	60.89	11	0	17.3
A9	50.65	18	2	19
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AAATGCTCAATGCACTGATGAATGGGAATACAAAACAATGTAGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGGTTAGCCACGAGCCCTTCGAGTCTCTAGTGAACTTTAGTTCATTTCTAAGATTCATTATTGAAGGATTTGCCCAATAACATTTTACCTGGACATTGTTTAAAGAATTTAATATTA
TTTACAGGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATT
AAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGA
ATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAATGCTCAATGCACTGATGAATGGGAATACAAAACAATGTAGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGGTTAGCCACGAGCCCTTCGAGTCTCTAGTGAACTTTAGTTCATTTCTAAGATTCATTATTGAAGGATTTGCCCAATAACATTTTACCTGGACATTGTTTAAAGAATTTAATATTA
TTTACAGGgttggtgaccctaagtcattttgctaatcctttgtatcgtggataagccatgcattacaaattttccttataatgaacgatactctgttcattttcggccgatggctcttatctactctcattgttgtttctaacagagattagtttaaatttctgggtcttttaaatgtacagagaattcttgatatatat
tcatttactttgtttacagTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGGTAAACTGTTATGTAGGACTACAAGACTCTCGTCTAATATTCATAGTATTTTATTTATTAATAA
ATTGTAACAAGCGAACGAACCCTCGTTCATAATTAGTGTAATATTCAATATTATTACTTGGGTTCTTTTGAGACTCGCATCCCTTCTTTTGATACTCTAGCAAGCCATTTAGTTATATGCTCAAGATCTGCGACTCTTGCAGAGGTACTGTAAATCATTGTATTTATTTATTGTGTGATTTCATTGGGGTTTTATTTGTC
ATCCAATTCTTTCAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATT
ATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC

Intron 3 GCGTTGGTTT ... TCTCTCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	1
A2	33.33	1	0	1
A3	100	0	1	4
A4	33.33	2	0	2
A5	100	0	1	2
A6	62.71	11	12	25
A7	71.43	4	7	13
A8	67.27	9	13	24
A9	60.53	15	14	32
A10	100	0	4	6

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCT
TCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATA
TACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGgcgttggtttatgtatgtttcagttcttggattctctcgaagTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCC
CATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCC
TCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

Intron 4 GTAACTACCA ... TCTCTCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	1
A2	50	1	0	1
A3	100	0	0	4
A4	50	2	0	2
A5	100	0	0	2
A6	70.27	11	0	26
A7	80	4	0	16
A8	74.29	9	0	26
A9	69.39	15	1	34
A10	100	0	0	7

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCT
TCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATA
TACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

>TRINITY_DN34146_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAAAGGAGCTATATTATTTGGTCTTTTGTTTCGAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGgtaactaccaaaccctgtctatctattactgggttttatgtcattgcatttcctttcaaggatttattgtgaattaaccatgttattaatttactaatctagttctcttcttcttgggtaaaatgctcaatgca
ctgatgaatgggaatacaaaacaatgtaggcgttggtttatgtatgtttcagttcttggattctctcgaagTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGAC
GGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGAC
CCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTG

Intron 5 GTAAACTGTT ... ATTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	2	1	0
A2	28.07	2	0.8	1
A3	52.78	2.8	3	0
A4	36.59	3.7	2.2	1
A5	51.75	1.9	2	0
A6	31.48	35	16.1	10
A7	37.8	18.9	11.5	3
A8	33.72	30.3	15.5	6
A9	48.62	28.9	27.7	7
A10	36.36	7	4	1

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

AAATGCTCAATGCACTGATGAATGGGAATACAAAACAATGTAGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGGTTAGCCACGAGCCCTTCGAGTCTCTAGTGAACTTTAGTTCATTTCTAAGATTCATTATTGAAGGATTTGCCCAATAACATTTTACCTGGACATTGTTTAAAGAATTTAATATTA
TTTACAGGGTTGGTGACCCTAAGTCATTTTGCTAATCCTTTGTATCGTGGATAAGCCATGCATTACAAATTTTCCTTATAATGAACGATACTCTGTTCATTTTCGGCCGATGGCTCTTATCTACTCTCATTGTTGTTTCTAACAGAGATTAGTTTAAATTTCTGGGTCTTTTAAATGTACAGAGAATTCTTGATATATAT
TCATTTACTTTGTTTACAGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGT
TATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCT
CTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGgtaaact
gttatgtaggactacaagactctcgtctaatattcatagtattttatttattaataaattgtaacaagcgaacgaaccctcgttcataattagtgtaatattcaatattattacttgggttcttttgagactcgcatcccttcttttgatactctagcaagccatttagttatatgctcaagatctgcgactcttgcaga
ggtactgtaaatcattgtatttatttattgtgtgatttcattggggttttatttgtcatccaattctttcagTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCC
TTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGA
GAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC

Intron 6 GTTAGCCACG ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	1	0	3
A2	50	1	0	1
A3	45	5	0	4
A4	41.66	1.5	0	1
A5	33.33	2	0	1
A6	48.56	23.8	1	22.5
A7	32.72	14.5	3.8	7
A8	39.55	25	0	16.5
A9	36.17	30.2	0	17.5
A10	0	6.5	0	0

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i6 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGGAGTGTCGCATACTCCTGAATAGCCCATAGGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGGTAAACT
GTTATGTAGGACTACAAGACTCTCGTCTAATATTCATAGTATTTTATTTATTAATAAATTGTAACAAGCGAACGAACCCTCGTTCATAATTAGTGTAATATTCAATATTATTACTTGGGTTCTTTTGAGACTCGCATCCCTTCTTTTGATACTCTAGCAAGCCATTTAGTTATATGCTCAAGATCTGCGACTCTTGCAGA
GGTACTGTAAATCATTGTATTTATTTATTGTGTGATTTCATTGGGGTTTTATTTGTCATCCAATTCTTTCAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCC
TTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATTATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGA
GAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC

>TRINITY_DN36377_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAATGCTCAATGCACTGATGAATGGGAATACAAAACAATGTAGGCGTTGGTTTATGTATGTTTCAGTTCTTGGATTCTCTCGAAGgttagccacgagcccttcgagtctctagtgaactttagttcatttctaagattcattattgaaggatttgcccaataacattttacctggacattgtttaaagaatttaatatta
tttacagggttggtgaccctaagtcattttgctaatcctttgtatcgtggataagccatgcattacaaattttccttataatgaacgatactctgttcattttcggccgatggctcttatctactctcattgttgtttctaacagagattagtttaaatttctgggtcttttaaatgtacagagaattcttgatatatat
tcatttactttgtttacagTGATTTGGAGCTTGCACTCAACTAGACATCGTATCGATGTCGTTGGTTCGGCTAACTCAATATCCTGCGAGGGTTTTAATCTCGCTTCATCCCATCGTAGCAAGCTTTAATACATAGGTAAACTGTTATGTAGGACTACAAGACTCTCGTCTAATATTCATAGTATTTTATTTATTAATAA
ATTGTAACAAGCGAACGAACCCTCGTTCATAATTAGTGTAATATTCAATATTATTACTTGGGTTCTTTTGAGACTCGCATCCCTTCTTTTGATACTCTAGCAAGCCATTTAGTTATATGCTCAAGATCTGCGACTCTTGCAGAGGTACTGTAAATCATTGTATTTATTTATTGTGTGATTTCATTGGGGTTTTATTTGTC
ATCCAATTCTTTCAGTGTTTCCTCGACGGCCTTCAACCGCGTCTTAGCCATACCGGCCTTCAACGCAGACCGTGGCCGTTATGACATATTAAAAGATTTCTAAGATTTAGATTGCATGGGTTTAAAACCCTAGTAACTCGTCCTTGTTTATTCATGTAATATTTTTATTCCAAGCATATTTAACTTTTCCTCTCAGCATT
ATGGCTATACTATGCTCAAATTTGGACCCATATACTTTCGCGGTCAAGCAATTATAATCACATTAGAAATAAAATTCCTCTATGATTTGAATAAGGAAATTTTCTGTATTTTCAAGTTGAAGTCAACCAATTCATGTAGTAGAGAAAGTATTCGACATTTTAATAAGTGTATCTGTAAATGTATTTAAATAAAAAAAC