sp|Q94AH8|TPS6_ARATH ----> Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] 6


Intron 1 GTATTTGAAC ... GCTGGAGCAG

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A1011.9126923648



>TRINITY_DN40243_c1_g4_i9 from sample A9 / Example spliced isoform
GGAGCATAACTAGTGAATATACGTCCCAAGAAGTAAAGCAAGAAACGTTGACGATGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGGTGGGTGAATAGAAATATAATAATGTTTATCCCTATTGAATTGAAATTTGAAGACAGAGTGGAGAGGATGAGGATGAGGAGAGCAGAAGAAC
AATCATAATAGGCATGGCAGACATTGCCCAATGAAATTCTTTTATACCTATACTGATCTATTCTATGGTCCAGCAGGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGGTAAGCATATCTTTCTCGGCTTCTTGGACAAT
AATATAGATTGGTTTTTAGATAGCTGTTGAGGATTATATATGATGGAATAAGCAGGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTATGCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCATTTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCG
CCACAAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCCTTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGGTGGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTGGGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGA
GCAGGATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTTTTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCATGGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGACACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATA
ACATCTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGTGGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGACATTTCTGCGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCCCATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGT
TTGCTCAATGCTGATCTGATTGGGTTCCATACATTTGATTATGCGAGGCACTTTCTTTCTTGCTGCAGTAGGATGCTGGGATTGGAATATGAGTCCAAGAGAGGGTATATAGGTTTGGAGTATTATGGGCGCACTGTGGGGATCAAGATTATGCCTGTGGGCATACACATGAGTCAGCTTGAGGGTGTCTTGAGACTTGC
TGATACCGAGTGGCGGATTAGTGAGTTGAAGACAAAGTATGATGGCAAGATTGTGCTTCTTGGGGTTGATGACATGGACATTTTCAAGGGCATAAGCTTGAAACTACTGGCAGTGGAACAACTTCTGTATCAGCATCCAAAATTGGTTGGTAAATTGGTCATGGTGCAGATTCTCAACCCTGCACGTGGACGAGGTAAGG
ATGTTTTGGAGGTCCAGGCAGAGATATCTGCCACCACAGAAAGGATAAACAAAACATTTGGAAGTGAAAAATATCAGCCTGTTGAATTGGTTCAGAGACATGTTCCATTGTATGAAAGGGTTGCATATTACACAATTGCAGAATGTTGTATTGTATCTGCAGTCCGGGATGGTATGAATTTAATCCCATATGAATACATT
GTTTGCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGATAAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAGTTTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAATATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCA
AATGAGACATGAAAAACATTTTAGGTATGTCAGCACTCATGATGTAGCCTTTTGGGCCCAGAGTTTCATAGGAGACTTGCAAAGAACATGCAAAGAGCACTCAAGAAGCCGATGTTATAGACTAGGATTTGGATTGGGATTCAGAGTGGTGCGCCTTGATTCTAATTTTCGAAAACTTTCGACTGAGCATATTGTCTGGG
CTTACAAAAAGAGTAACAGACGAGCCATTCTTTTGGATTATGATGGTACCATGATGCCTCAAACTTCAATTAACAGGACTCCAGACCGAGAAATCCTGGCAGTCCTAAACACCCTTTGCAATGATCCAAAGAATGTGGTCTTTATTGTAAGTGGACGAGGGCAACAGACTTTGAATGATTGGTTTTCACCCTGCAAAAAT
CTTGGGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACTTGTGTGCCAACGATGGACTTTGGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTACACAGAGAGCACAGATGGTTCATTTATTGAGGCCAAAGAGAGTGGTATTGTATGGCACTTCCAGGATGCAGATCCAGA
TTTTGGCTCTTGGCAAGCAAAGGAATTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGCAAATGAGCCAGTTGTTGTCAAGAGCGGTCAGCAAATTGTGGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAGGGTGTTATAGTCGAAAATCTTTTAACTTCGATGGCCAGCCAGGGGAATCCTCCAGATTTTGTCTTGTGTATAGGAGATG
ATCGTTCAGATGAAGATATGTTTGAGATTATTGACAGTGCAATGGCAGCCTTACCTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCACTGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATATTACCTGGATGATACCGTTGAAGTAGTTAACATGTTACATGGACTAGCAACAGCAAGCGAATTATTGGCCTCGAGTTCACCA
AGGGCTATTGCTTCTGTTTCAGAAGGCTGATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTGTGCAGTTCGATGAATAAAACAAATATAGATATCTGAATAAAATTTTGCTTTTTGATGCTCTGTGTTTTGCTTGATGTTATTTCATTGGTCATAATTTCATACATGCTAATGTGCCTTAGTGTTGTCTTGATGCAATTTTGAGTAGA
GTTACGAGAATAACTTAACTAGGAGCCGGACTCATAGTTCTGGTTTTTGATGGGGTTGATTATATATGTATAAAGTCTGATTTCTTTCATTTTTCTTTTCAACATAGCTCTACACCTTTGGAACTAAATGGGCCTATCTAATCTTTTTGCTTGTAACTTTGTAGTGTCAAAGATGGAAACCTTTGTTATACAGTTGTAGG
AAGAAGAAGATAGATGGAGACTATTCTTTGTATTCATTCTTTTCAATTGCCAGAGCTTGACAACATTTGGTTGATTAAAGCAGTTGCTATTCACATAGTTTCCCATTGAAAAAACGTTTTTGTTGTGATGCTTAAAGCCTTCATGTTGTCATATTCTTTTGTTAAAAACTTAAAGGAACAGGAAGAAACTTTGTGTCTGA
ATATAGGATGCATTTAAAGTTCCACTTCTCTAATTGCTCATGACTGAAAGCCATTATTGTATGTGATCTATATAACTGTCTGGGTTTAGAAGATCTGGAGCAACCACTCAATACTCATTGTGACTGGAACTGTTAATAATGAATTCTACTAGTCCTGTATACTATTAACTCTGTTGCAACTGGCCACATTTTACTCTTGA
AGGACATAGTCAGTCATTGTAAGTGATGCCTTATAGTTGCTTGCAATTAGCTTTATAGCTGCTTGTATAGGAGTTGGGAAATATTTCCATGATATGCTGCTGCTATTTATGGAAATTTTTTTCCTTGATTGTACTGGATTGACTATATGGAAATTATTTTGCTTCTGATACCATTTAATATACTAGGCTTACCTTTT


>TRINITY_DN40243_c1_g4_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GGAGCATAACTAGTGAATATACGTCCCAAGAAGTAAAGCAAGAAACGTTGACGATGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGGTGGGTGAATAGAAATATAATAATGTTTATCCCTATTGAATTGAAATTTGAAGACAGAGTGGAGAGGATGAGGATGAGGAGAGCAGAAGAAC
AATCATAATAGGCATGGCAGACATTGCCCAATGAAATTCTTTTATACCTATACTGATCTATTCTATGGTCCAGCAGGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTA
TGCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCATTTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCGCCACAAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCCTTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGG
TGGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTGGGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGAGCAGGATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTTTTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCA
TGGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGACACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATAACATCTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGTGGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGA
CATTTCTGCGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCCCATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGTTTGCTCAATGCTGATCTGATTGGGTTCCATACATTTGATTATGCGAGGCACTTTCTTTCTTGCTGCAGTAGGATGCTGGGATTGGAA
TATGAGTCCAAGAGAGGGTATATAGGTTTGGAGTATTATGGGCGCACTGTGGGGATCAAGATTATGCCTGTGGGCATACACATGAGTCAGCTTGAGGGTGTCTTGAGACTTGCTGATACCGAGTGGCGGATTAGTGAGTTGAAGACAAAGTATGATGGCAAGATTGTGCTTCTTGGGGTTGATGACATGGACATTTTCAA
GGGCATAAGCTTGAAACTACTGGCAGTGGAACAACTTCTGTATCAGCATCCAAAATTGGTTGGTAAATTGGTCATGGTGCAGATTCTCAACCCTGCACGTGGACGAGGTAAGGATGTTTTGGAGGTCCAGGCAGAGATATCTGCCACCACAGAAAGGATAAACAAAACATTTGGAAGTGAAAAATATCAGCCTGTTGAAT
TGGTTCAGAGACATGTTCCATTGTATGAAAGGGTTGCATATTACACAATTGCAGAATGTTGTATTGTATCTGCAGTCCGGGATGGTATGAATTTAATCCCATATGAATACATTGTTTGCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGATAAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAG
TTTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAATATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCAAATGAGACATGAAAAACATTTTAGGTATGTCAGCACTCATGATGTAGCCTTTTGGGCCCAGAGTTTCATAGGAGACTTGCAAAGAAC
ATGCAAAGAGCACTCAAGAAGCCGATGTTATAGACTAGGATTTGGATTGGGATTCAGAGTGGTGCGCCTTGATTCTAATTTTCGAAAACTTTCGACTGAGCATATTGTCTGGGCTTACAAAAAGAGTAACAGACGAGCCATTCTTTTGGATTATGATGGTACCATGATGCCTCAAACTTCAATTAACAGGACTCCAGACC
GAGAAATCCTGGCAGTCCTAAACACCCTTTGCAATGATCCAAAGAATGTGGTCTTTATTGTAAGTGGACGAGGGCAACAGACTTTGAATGATTGGTTTTCACCCTGCAAAAATCTTGGGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGgtatttgaacactaaatttatatacttacattagaaaacaatgcaacctttt
tcccaccgttcaaatgtttgctgcaagcagctggaatatagctaatttactaggcccaaactacatcttaacctttttgaattacattgctggagcagGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACTTGTGTGCCAACGATGGACTTTGGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTA



Intron 2 GTGGGTGAAT ... GGTCCAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1099.5513312910.3



>TRINITY_DN104409_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
GAGCATAACTAGTGAATATACGTCCCAAGAAGTAAAGCAAGAAACGTTGACGATGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGG
T


>TRINITY_DN104409_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GAGCATAACTAGTGAATATACGTCCCAAGAAGTAAAGCAAGAAACGTTGACGATGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGgtgggtgaatagaaatataataatgtttatccctattgaattgaaatttgaagacagagtggagaggatgaggatgaggagagcagaagaaca
atcataataggcatggcagacattgcccaatgaaattcttttatacctatactgatctattctatggtccagcagGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTAT
GCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCATTTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCGCCACAAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCCTTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGGT
GGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTGGGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGAGCAGGATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTTTTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCAT
GGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGACACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATAACATCTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGTGGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGAC
ATTTCTACGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCCCATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGTTTGCTCAATGCTGATCTGATTGGGTTCCATACATTTGATTATGCGAGGCACTTTCTTTCTTGCTGCAGTAGGATGCTGGGATTGGAAT
ATGAGTCCAAGAGAGGGTATATAGGTTTGGAGTATTATGGGCGCACTGTGGGGATCAAGATTATGCCTGTGGGCATACACATGAGTCAGCTTGAGGGTGTCTTGAGACTTGCTGATACCGAGTGGCGGATTAGTGAGTTGAAGACAAAGTATGATGGCAAGATTGTGCTTCTTGGGGTTGATGACATGGACATTTTCAAG
GGCATAAGCTTGAAACTACTGGCAGTGGAACAACTTCTGTATCAGCATCCAAAATTGGTTGGTAAATTGGTCATGGTGCAGATTCTCAACCCTGCACGTGGACGAGGTAAGGATGTTTTGGAGGTCCAGGCAGAGATATCTGCCACCACAGAAAGGATAAACAAAACATTTGGAAGTGAAAAATATCAGCCTGTTGAATT
GGTTCAGAGACATGTTCCATTGTATGAAAGGGTTGCATATTACACAATTGCAGAATGTTGTATTGTATCTGCAGTCCGGGATGGTATGAATTTAATCCCATATGAATACATTGTTTGCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGATAAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAGT
TTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAATATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCAAATGAGACATGAAAAACATTTTAGGTATGTCAGCACTCATGATGTAGCCTTTTGGGCCCAGAGTTTCATAGGAGACTTGCAAAGAACA
TGCAAAGAGCACTCAAGAAGCCGATGTTATAGACTAGGATTTGGATTGGGATTCAGAGTGGTGCGCCTTGATTCTAATTTTCGAAAACTTTCGACTGAGCATATTGTCTGGGCTTACAAAAAGAGTAACAGACGAGCCATTCTTTTGGATTATGATGGTACCATGATGCCTCAAACTTCAATTAACAGGACTCCAGACCG
AGAAATCCTGGCAGTCCTAAACACCCTTTGCAATGATCCAAAGAATGTGGTCTTTATTGTAAGTGGACGAGGGCAACAGACTTTGAATGATTGGTTTTCACCCTGCAAAAATCTTGGGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACTTGTGTGCCAACGATGGACTTTGGTT
GGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTACACAGAGAGCACAGATGGTTCATTTATTGAGGCCAAAGAGAGTGGTATTGTATGGCACTTCCAGGATGCAGATCCAGATTTTGGCTCTTGGCAAGCAAAGGAATTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGCAAATGAGCCAGTTGTTGTCAAGAGCGGTCAGCAA
ATTGTGGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAGGGTGTTATAGTCGAAAATCTTTTAACTTCGATGGCCAGCCAGGGGAATCCTCCAGATTTTGTCTTGTGTATAGGAGATGATCGTTCAGATGAAGATATGTTTGAGATTATTGACAGTGCAATGGCAGCCTTACCTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCAC
TGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATATTACCTGGATGATACCGTTGAAGTAGTTAACATGTTACATGGACTAGCAACAGCAAGCGAATTATTGGCCTCGAGTTCACCAAGGGCTATTGCTTCTGTTTCAGAAGGCTGATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTGTGCAGTTCGATGAATAAAACAAATATAGATATCT
GAATAAAATTTTGCTTTTTGATGCTCTGTGTTTTGCTTGATGTTATTTCATTGGTCATAATTTCATACATGCTAATGTGCCTTAGTGTTGTCTTGATGCAATTTTGAGTAGAGTTACGAGAATAACTTAACTAGGAGCCGGACTCATAGTTCTGGTTTTTGATGGGGTTGATTATATATGTATAAAGTCTGATTTCTTTC
ATTTTTCTTTTCAACATAGCTCTACACCTTTGGAACTAAATGGGCATATCTAATCTTTT



Intron 3 GTAAGCATAT ... GAATAAGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A130847382344
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A929.52956392409
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>TRINITY_DN110195_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGGTGGGTGAATAGAAATATAATAATGTTTATCCCTATTGAATTGAAATTTGAAGACAGAGTGGAGAGGATGAGGATGAGGAGAGCAGAAGAACAATCATAATAGGCATGGCAGACATTGCCCAATGAAATTCTTTTATACCTATACT
GATCTATTCTATGGTCCAGCAGGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTATGCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCAT
TTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCGCCACAAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCCTTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGGTGGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTG
GGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGAGCAGGATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTTTTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCATGGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGAC
ACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATAACATCTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGTGGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGACATTTCTGCGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCC
CATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGTTTGCTCAATGCTGATCTGATTGGGTTCCATACATTTGATTATGCGAGGCACTTTCTTTCTTGCTGCAGTAGGATGCTGGGATTGGAATATGAGTCCAAGAGAGGGTATATAGGTTTGGAGTATTATGGGCGCACTGTGGGG
ATCAAGATTATGCCTGTGGGCATACACATGAGTCAGCTTGAGGGTGTCTTGAGACTTGCTGATACCGAGTGGCGGATTAGTGAGTTGAAGACAAAGTATGATGGCAAGATTGTGCTTCTTGGGGTTGATGACATGGACATTTTCAAGGGCATAAGCTTGAAACTACTGGCAGTGGAACAACTTCTGTATCAGCATCCAAA
ATTGGTTGGTAAATTGGTCATGGTGCAGATTCTCAACCCTGCACGTGGACGAGGTAAGGATGTTTTGGAGGTCCAGGCAGAGATATCTGCCACCACAGAAAGGATAAACAAAACATTTGGAAGTGAAAAATATCAGCCTGTTGAATTGGTTCAGAGACATGTTCCATTGTATGAAAGGGTTGCATATTACACAATTGCAG
AATGTTGTATTGTATCTGCAGTCCGGGATGGTATGAATTTAATCCCATATGAATACATTGTTTGCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGATAAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAGTTTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAAT
ATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCAAATGAGACATGAAAAACATTTTAGGTATGTCAGCACTCATGATGTAGCCTTTTGGGCCCAGAGTTTCATAGGAGACTTGCAAAGAACATGCAAAGAGCACTCAAGAAGCCGATGTTATAGACTAGGATTTGGATTGGGATT
CAGAGTGGTGCGCCTTGATTCTAATTTTCGAAAACTTTCGACTGAGCATATTGTCTGGGCTTACAAAAAGAGTAACAGACGAGCCATTCTTTTGGATTATGATGGTACCATGATGCCTCAAACTTCAATTAACAGGACTCCAGACCGAGAAATCCTGGCAGTCCTAAACACCCTTTGCAATGATCCAAAGAATGTGGTCT
TTATTGTAAGTGGACGAGGGCAACAGACTTTGAATGATTGGTTTTCACCCTGCAAAAATCTTGGGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACTTGTGTGCCAACGATGGACTTTGGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTACACAGAGAGCACAGATGGT
TCATTTATTGAGGCCAAAGAGAGTGGTATTGTATGGCACTTCCAGGATGCAGATCCAGATTTTGGCTCTTGGCAAGCAAAGGAATTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGCAAATGAGCCAGTTGTTGTCAAGAGCGGTCAGCAAATTGTGGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAGGGTGTTATAGTCGAAAATCT
TTTAACTTCGATGGCCAGCCAGGGGAATCCTCCAGATTTTGTCTTGTGTATAGGAGATGATCGTTCAGATGAAGATATGTTTGAGATTATTGACAGTGCAATGGCAGCCTTACCTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCACTGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATATTACCTGGATGATACCGTTGAAG
TAGTTAACATGTTACATGGACTAGCAACAGCAAGCGAATTATTGGCCTCGAGTTCACCAAGGGCTATTGCTTCTGTTTCAGAAGGCTGATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTGTGCAGTTCGATGAATAAAACAAATATAGATATCTGAATAAAATTTTGCTTTTTGATGCTCTGTGTTTTGCTTGATGTTATTTCATTG
GTCATAATTTCATACATGCTAATGTGCCTTAGTGTTGTCTTGATGCAATTTTGAGTAGAGTTACGAGAATAACTTAACTAGGAGCCGGACTCATAGTTCTGGTTTTTGATGGGGTTGATTATATATGTATAAAGTCTGATTTCTTTCATTTTTCTTTTCAACATAGCTCTACACCTTTGGAACTAAATGGGCCTATCTAA
TCTTTTTGCTTGTAACTTTGTAGTGTCAAAGATGGAAACCTTTGTTATACAGTTGTAGGAAGAAGAAGATAGATGGAGACTATTCTTTGTATTCATTCTTTTCAATTGCCAGAGCTTGACAACATTTGGTTGATTAAAGCAGTTGCCATTCACATAGTTTCCCATTGAAAAAACCTTTTTGTTGTGATGCTTAAAGCCTT
CATGTTGTCATATTCTTTTGTTAAAAACTTAAAGGAACAGGAAGAAACTTTGTGTCTGAATATAGGATGCATTTAAAGTTCCACTTCTCTAATTGCTCATGAC


>TRINITY_DN110195_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGATACACATAGGTGCTACACGCGCCTACAACTTTGCAATTTATGCTAATCGGGTGGGTGAATAGAAATATAATAATGTTTATCCCTATTGAATTGAAATTTGAAGACAGAGTGGAGAGGATGAGGATGAGGAGAGCAGAAGAACAATCATAATAGGCATGGCAGACATTGCCCAATGAAATTCTTTTATACCTATACT
GATCTATTCTATGGTCCAGCAGGAGCGGCAAGCAATCAAATCTGTTGGGTGCATGCATGGTTTCTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGgtaagcatatctttctcggcttcttggacaataatatagattggtttttagatagctgttgaggattatatatgatggaataagca
gGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTATGCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCATTTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCGCCACAAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCC
TTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGGTGGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTGGGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGAGCAGGATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTT
TTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCATGGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGACACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATAACATCTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGT
GGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGACATTTCTGCGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCCCATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGTTTGCTCAATGCTGATCTGATTGGGTTCCATACATTTGATTATGCGAGGCACTTT
CTTTCTTGCTGCAGTAGGATGCTGGGATTGGAATATGAGTCCAAGAGAGGGTATATAGGTTTGGAGTATTATGGGCGCACTGTGGGGATCAAGATTATGCCTGTGGGCATACACATGAGTCAGCTTGAGGGTGTCTTGAGACTTGCTGATACCGAGTGGCGGATTAGTGAGTTGAAGACAAAGTATGATGGCAAGATTGT
GCTTCTTGGGGTTGATGACATGGACATTTTCAAGGGCATAAGCTTGAAACTACTGGCAGTGGAACAACTTCTGTATCAGCATCCAAAATTGGTTGGTAAATTGGTCATGGTGCAGATTCTCAACCCTGCACGTGGACGAGGTAAGGATGTTTTGGAGGTCCAGGCAGAGATATCTGCCACCACAGAAAGGATAAACAAAA
CATTTGGAAGTGAAAAATATCAGCCTGTTGAATTGGTTCAGAGACATGTTCCATTGTATGAAAGGGTTGCATATTACACAATTGCAGAATGTTGTATTGTATCTGCAGTCCGGGATGGTATGAATTTAATCCCATATGAATACATTGTTTGCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGAT
AAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAGTTTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAATATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCAAATGAGACATGAAAAACATTTTAGGTATGTCAGCACTCATGATGTAGCCTTTTG
GGCCCAGAGTTTCATAGGAGACTTGCAAAGAACATGCAAAGAGCACTCAAGAAGCCGATGTTATAGACTAGGATTTGGATTGGGATTCAGAGTGGTGCGCCTTGATTCTAATTTTCGAAAACTTTCGACTGAGCATATTGTCTGGGCTTACAAAAAGAGTAACAGACGAGCCATTCTTTTGGATTATGATGGTACCATGA
TGCCTCAAACTTCAATTAACAGGACTCCAGACCGAGAAATCCTGGCAGTCCTAAACACCCTTTGCAATGATCCAAAGAATGTGGTCTTTATTGTAAGTGGACGAGGGCAACAGACTTTGAATGATTGGTTTTCACCCTGCAAAAATCTTGGGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGGTGGCAGAAGGATGAAGAA
TGGAAAACTTGTGTGCCAACGATGGACTTTGGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTACACAGAGAGCACAGATGGTTCATTTATTGAGGCCAAAGAGAGTGGTATTGTATGGCACTTCCAGGATGCAGATCCAGATTTTGGCTCTTGGCAAGCAAAGGAATTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGC
AAATGAGCCAGTTGTTGTCAAGAGCGGTCAGCAAATTGTGGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAGGGTGTTATAGTCGAAAATCTTTTAACTTCGATGGCCAGCCAGGGGAATCCTCCAGATTTTGTCTTGTGTATAGGAGATGATCGTTCAGATGAAGATATGTTTGAGATTATTGACAGTGCAATGGCAGCCTTAC
CTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCACTGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATATTACCTGGATGATACCGTTGAAGTAGTTAACATGTTACATGGACTAGCAACAGCAAGCGAATTATTGGCCTCGAGTTCACCAAGGGCTATTGCTTCTGTTTCAGAAGGCTGATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTG
TGCAGTTCGATGAATAAAACAAATATAGATATCTGAATAAAATTTTGCTTTTTGATGCTCTGTGTTTTGCTTGATGTTATTTCATTGGTCATAATTTCATACATGCTAATGTGCCTTAGTGTTGTCTTGATGCAATTTTGAGTAGAGTTACGAGAATAACTTAACTAGGAGCCGGACTCATAGTTCTGGTTTTTGATGGG
GTTGATTATATATGTATAAAGTCTGATTTCTTTCATTTTTCTTTTCAACATAGCTCTACACCTTTGGAACTAAATGGGCCTATCTAATCTTTTTGCTTGTAACTTTGTAGTGTCAAAGATGGAAACCTTTGTTATACAGTTGTAGGAAGAAGAAGATAGATGGAGACTATTCTTTGTATTCATTCTTTTCAATTGCCAGA
GCTTGACAACATTTGGTTGATTAAAGCAGTTGCCATTCACATAGTTTCCCATTGAAAAAACCTTTTTGTTGTGATGCTTAAAGCCTTCATGTTGTCATATTCTTTTGTTAAAAACTTAAAGGAACAGGAAGAAACTTTGTGTCTGAATATAGGATGCATTTAAAGTTCCACTTCTCTAATTGCTCATGAC



Intron 4 GTCAGCAAAT ... AAACATGCAG

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>TRINITY_DN39134_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform
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CTTGAAGGCAAGACCAAGACCAAGACCAGAGAATACCAGCAATACAGTGAGGTGAATAGGTGGGAAACTGTTGAGATCTGCTATGCTGTCCAAGGCGAATGCGATTTCTGTGGAGTTGGGGGAAGATCATTTACCATTTGGGATGAAGAATGATCAGCAGAATGTGCCCCAAACAACAGTGGAAATGGCGCCCTCGCCAC
AAGGGTCTCAAGTTGGGGAGAGAATAATCATAGTTGCCAATGTTTTGCCCTTAACTGCAGTCAGAAAGCCTGATAATCTTGGGTGGTCATTTGGGTGGGATAAGGATTCTTTATTGCTTCAGTTGAAAGATGGATTGGGGGAGGGCATTGAGGTTGTTTATGTGGGTTTTCTCAGTGTTGAAATTGATCCCAAGGAGCAG
GATGTGGTGGCAGCCACTCTTCTTGGGAGCTTCAATTGTGTCGCTGCCTTTTGTCACAGTGATCTCAAGAGGAGGTACTATCATGGTTTCTGCAAGCAGCAGTTATGGCCGCTGTTCCACTACATGCTTCCCTTGACACCTGATCACGGTGGCAGATTTGACCAGTCGCTGTGGAAGGCATATGTTTCTGTTAATAACAT
CTTTGCTGATAGGGTCATGGAGGTCATTAGCCCTGACGAGGATTCTGTGTGGATCCATGATTACCATCTCATGGTTCTTCCGACATTTCTGCGAAAAAGGTTTAACAAGATGAAGATAGGCTTCTTTCTTCACAGCCCATTTCCCTCGTCTGAGATTTACCGGACTCTTCCTGTGCGTGAAGATATTCTCAGGGGTTTGC
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GCAGGCAAGGTATTACAGAACTAGATGCCAGATTTGGGATCACATCTGATAAACCTAAAGAAAGTATGCTGGTAGTCTCCGAGTTTATTGGATGCTCCCCCTCTCTAAGTGGAGCTATTCGTGTAAATCCGTGGAATATTGAAGCTTTGGCAGACGCCATGAATACTGCCATTACAATGGCAGATGCTGAGAAGCAAATG
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GGATCGCTGCAGAACATGGTTATTTTTACAGGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACTTGTGTGTCAATGACGGACTTTTGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTAGACAGAAAGCACAGATGGTTCATTTATTGAGGCCAAAGAGTGGTGTTGTGTGGCACTTCCAGGATGCATATCCAGATTTTGG
CTCTTTGCAACCAAAGGAGTTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGCAAATGAGCCAGTTGTTGTCAAGAGAGGGAGTGAGCATGAGTGTTATAGTCGAAAATCTTCTAACATCGATGGCTAGCCAGGGGAATCCTCCGGATTTCATCTTGTGTATAGGAGATGATCGTTTAGATGAAGACATGTTTGAGATTATTGAC
AGTACAATGACAAGTACAACCTTACCTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCACTGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATATTACCTGGATGATATTGTTGAAGTAGTTAACATGTAACATGGACTAGCAACAAGCAGCGAATTATTGTCTTTAAGTTCACCAAGGGATATTGCTTATGTTTCATAAGGCTG
ATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTGTGCAGTTCAATGAATAAAATAAATATAAATATCTG


>TRINITY_DN39134_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TTTCATTTTTCCTATTAACCCTTATCATTACATTATTTGCCCCTTAGCATTACATTTTTTTGGCCAATCCAAAGTTTTGCCTGACATTTTCCACTGCTAACTTTCAACACCGCCCTTGATGTACCTGCCACGACTTTCTTCACTTATCATGTCTTTCTGCACCGCCTTTGGGCCTTCTTCGCTGGCTCACCATCTCCCTG
TACCACCTAGTTTAACTATTTTCTGAGAGCTTTGATGTTTCGCATGGATACTCACTACCCATGGATCAGATTTATTCCTGTTTGCAATTTCATGTTCCGAGAGCTTCAATGGTTTAAGAGCTTACATTGAGCTTATGTTGTTATTTTCTTGAGCGAGCTTCGTTGGATCTAGGTGGCAGAAGGATGAAGAATGGAAAACT
TGTGTGTCAATGACGGACTTTTGTTGGAAAGCAGCTGTGGGCCCCATTATGAAGTTGTAGACAGAAAGCACAGATGGTTCATTTATTGAGGCCAAAGAGTGGTGTTGTGTGGCACTTCCAGGATGCATATCCAGATTTTGGCTCTTTGCAACCAAAGGAGTTGCAGGACCATCTTGAGAGTGTGCTTGCAAATGAGCCAG
TTGTTGTCAAGAGAGgtcagcaaattgtggaggtcaagcctcatgtattatacactaatgttattgagcaagcattatagggctatttttttcaagggtatgaatatgctttctatcattttcatcttgcatgaagatcttcaaggtaggcagtctataaaattgtttgaattcaaaacatgcagGGAGTGAGCATGAGT
GTTATAGTCGAAAATCTTCTAACATCGATGGCTAGCCAGGGGAATCCTCCGGATTTCATCTTGTGTATAGGAGATGATCGTTTAGATGAAGACATGTTTGAGATTATTGACAGTACAATGACAAGTACAACCTTACCTAAAACTGCAAAGAGGGAGGTCTTTGCATGCACTGTTGGTCAGAAGCCAAGTAAGGCTAAATA
TTACCTGGATGATATTGTTGAAGTAGTTAACATGTAACATGGACTAGCAACAAGCAGCGAATTATTGTCTTTAAGTTCACCAAGGGATATTGCTTATGTTTCATAAGGCTGATTCCAAAGTTTGTGTATTCTTTTGTGCAGTTCAATGAATAAAATAAATATAAATATCTG