NA ----> NA

Intron 1 GTATTTAATT ... ACTTTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.09	9	14	12
A2	51.35	9	8	11
A3	52.73	13	17	12
A4	77.78	3	7	14
A5	87.5	1	8	6
A6	37.93	9	8	3
A7	58.33	10	9	19
A8	58.14	9	8	17
A9	47.83	6	4	7
A10	46.27	18	20	11

>TRINITY_DN33031_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

TGGGCCTTGCTTTATGGCTTTTTAAAATAGATTTGGACCGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAA
TGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAACAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGGTAGGAAATTCGAAGACCATGTTACCAGAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCGTTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGCAGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTC
TGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAATGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATTTGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTGTTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCTCATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATT
TTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTACAGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTGTTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGTTGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAAGAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAATGCCGGATAAG
GGCAGAGTTCTCTTTTACATTATCAGGGCAAGCCGTTCATATTCACAACGACCCATTCACAATAAC

>TRINITY_DN33031_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TGGGCCTTGCTTTATGGCTTTTTAAAATAGATTTGGACCGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAA
TGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAACAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGGTAGGAAATTCGAAGACCATGTTACCAGgtatttaatttggtcattttcccttgggttttttgaacgaagaagagatttatgtgtttgtgttttcactttgcaagAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCG
TTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGCAGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTCTGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAATGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATTTGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTG
TTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCTCATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATTTTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTACAGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTGTTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGT
TGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAAGAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAATGCCGGATAAGGGCAGAGTTCTCTTTTACATTATCAGGGCAAGCCGTTCATATTCACAACGACCCATTCACAATAAC

Intron 2 GTAGGAAATT ... ACTTTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.71	6	11	12
A2	57.14	9	13	11
A3	60.98	8	13	12
A4	61.54	5	2	14
A5	77.78	2	8	6
A6	64.71	3	8	3
A7	52.17	11	5	19
A8	48.72	10	2	17
A9	41.94	9	6	7
A10	56.67	13	23	11

>TRINITY_DN32878_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAATGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAA
CAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCGTTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGCAGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTCTGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAATGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATT
TGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTGTTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCTCATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATTTTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTACAGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTG
TTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGTTGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAAGAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAACGCC

>TRINITY_DN32878_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAATGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAA
CAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGgtaggaaattcgaagaccatgttaccaggtatttaatttggtcattttcccttgggttttttgaacgaagaagagatttatgtgtttgtgttttcactttgcaagAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCGTTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGC
AGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTCTGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAATGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATTTGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTGTTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCT
CATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATTTTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTACAGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTGTTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGTTGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAA
GAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAACGCC

Intron 3 GTAGGAAATT ... ATGTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	6	9	9
A2	48.57	9	8	9
A3	57.89	8	9	13
A4	33.33	5	2	3
A5	50	2	3	1
A6	75	3	9	9
A7	43.59	11	7	10
A8	37.5	10	3	9
A9	40	9	6	6
A10	59.38	13	20	18

>TRINITY_DN32878_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAATGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAA
CAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCGTTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGCAGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTCTGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAATGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATT
TGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTGTTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCTCATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATTTTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTACAGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTG
TTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGTTGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAAGAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAACGCC

>TRINITY_DN32878_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CGGGAATATTGGAGCGCTCACTGTGTTCATTTATGATTTATGTTTGGTATTGGAATGTTACTGTTGGATTGTTGGGCTTGTTTTATGGCTTTCTTTTAAAGAATATGACGCTGACGTTGAGAGCTGAGATGGAGAGGGATCAACTATTTCTGCCAATGCTAATGCTGTGTATGCACTTGGACGAGAATTCTGCAGCGGAA
CAGATCTGGAAGAGGTAGCCGGgtaggaaattcgaagaccatgttaccagAGATCTAGGCCTTCAGAACGGAAATCCAAATTTCGTTGCTCGGCTGCTGTATGGCTTTATTTCAAAGAATCGCAGCAATCTTCTTTATTTGATGCATATTAAACTTCATCTCTGTTTGTTGCATATCCAACCTATATGTTCATTTTCTAA
TGGAGCACATATTAAATTGAAACGTATTTGGAGGATTTTAGCATTTGTGAGCTATTGCAAAATGAATCCTGAAAGGTTCACTGTGTTTTTTCTTTTCTCGAATGATTGGAAAGTTGCTCTTCTCATCGCCGTACAGACTTTTCTATTTAATTTTCCAGCATTTTTGTATTAGGTCATTTTTTAATTAATAGTGGCCGTAC
AGGCTTTTCTATTTTTTTTCAGCATTTGTTTGTAATAGGTTGTTTTTTAGTTAATGGTTAGTTTTTAGTATTTTTAATGCGTTGTTGTTAAATTGTTGGATGGATATTTTTGCCATTACCAAAGAAAAGTAGATGTCTCTGATAGCATTAACGCC