sp|Q7Y223|MAN2_ARATH ----> Mannan endo-1,4-beta-mannosidase 2

Intron 1 GTGAGTAATT ... GAGAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.38	33	7	5
A2	26.58	29	13	8
A3	20	36	7	11
A4	21.74	27	3	12
A5	15.56	19	5	2
A6	16.83	84	16	18
A7	17.16	111	23	23
A8	16.67	110	19	25
A9	17.87	108	24	23
A10	15.75	115	22	21

>TRINITY_DN109901_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CATGGACCCACTGAAAATAACCCGTGTCATGATTCATGACCTCTAGAATATCTTAAAAAATCCCACGATGATTGTGGAGTCTTTTAAAGTCTAGTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAAT
TCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCCTGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCCACTTGATGGAAAGGAATTGTAT
GTTAATGGGTGGAATTTGTACTGGTTAATGGACCAAAGTGTGGAGGATTCCACCAGGCATAGAGTGAAGACAATGCCAAGGAGCAGTATAAAAATGGGTCTCACCGTGGTTTGAGCATGGGTCTTCAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGTTTTCAAGCAAGAATGAGC
TTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTAAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCT
TCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCTTTTTCTCTG
ATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATAAAGTCATTG
GATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTTGAAGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGGATTCCTAATGTGGAGTTAGAGGACCA
CCTCAAGTATTTGTCTAAATGGGTGACCTCTCATATTGATGATGGAGAGAAAATACTGAAGAAACCTGTGCTTTTTACAGAGTTTGGACTTTCTTCACGTCATAAAGGTTTTGCACAAAGTCATCGAGATCAGCTGTTGAAAACTATGTATGGAAAAATAGACCAGTCAACTAGGAAAGGTGGGGCTGGAGCTAGAGCTC
TGGTTTTGCAGTTTGTAGTAGAGGAGATGGAAGAATATGGGGATGAGTTTGCTTTTGTTCCATGGTATTTTCCTTCTACATATAAGCTGATTGTGGAGTAGTCCTGGAAATTGTAAGCTTTATATGAAGATCAACCTCAACTAAAGCAGAGCTTATATGTTGCTTGCTCCTAATTGAAGAATCATTGAATTGTCTTATAT
TCAGTAGCCTTTTGAACTATGGAGAGGAATTTTAATTCTTACATACCTATTTTTTTTAATATATTTAAAAAAAATATATATATGTATATAAAACGTGC

>TRINITY_DN109901_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATGGACCCACTGAAAATAACCCGTGTCATGATTCATGACCTCTAGAATATCTTAAAAAATCCCACGATGATTGTGGAGTCTTTTAAAGTCTAGTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAAT
TCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCCTGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCCACTTGATGGAAAGGAATTGTAT
GTTAATGGGTGGAATTTGTACTGGTTAATGGACCAAAGTGTGGAGGATTCCACCAGGCATAGAGTGAAGACAATGCCAAGGAGCAGTATAAAAATGGGTCTCACCGTGGTTTGAGCATGGGTCTTCAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGTTTTCAAGCAAGAATGAGC
TTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTAAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCT
TCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGTGATTGCAGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCT
TTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATA
AAGTCATTGGATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTTGAAGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGgtgagtaatttcttagga
accattttgtaattaacttagccaagagagggcaagtagcaggcatccattttccaaattttgagccattagtaatgctatcaatgcatatcagtatgcttccaaatattctataatatgatgttgaaaaccacacttacgagttgttttcctgttattgtcacaatatatggacacgagagtgcagGATTCCTAATGTG
GAGTTAGAGGACCACCTCAAGTATTTGTCTAAATGGGTGACCTCTCATATTGATGATGGAGAGAAAATACTGAAGAAACCTGTGCTTTTTACAGAGTTTGGACTTTCTTCACGTCATAAAGGTTTTGCACAAAGTCATCGAGATCAGCTGTTGAAAACTATGTATGGAAAAATAGACCAGTCA

Intron 2 GTGAGTCTTC ... TGTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	14	8
A2	85.71	3	20	16
A3	64.91	10	17	20
A4	80.65	3	14	11
A5	60.87	9	16	12
A6	-1	0	0	0
A7	77.78	2	8	6
A8	-1	0	0	0
A9	100	0	7	2
A10	55.1	11	7	20

>TRINITY_DN43258_c0_g1_i6 from sample A10 / Example spliced isoform

CAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGGGTGTCGAAGCCGAAGACGCCATAGGTCCTTCACCCCAGGCAAGATCTTCTCTTCAGTTGGACCGTCTCTTCACTCTTGGAAGGGGTGTCGAAGCTGAAGACGCCATCGAAGGAGGGGATTTAGGTAGATCACTAAAATGAGAG
AAACCTTGGATTATGAATCAATGTACTTGAGTTTTGGGGATGTTCACCATCTTCCATTTTCACAGTCAAGAATGAGCTCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACA
ATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGG
TGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCTTTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGC
CTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAG

>TRINITY_DN43258_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GAGGTAGTGGTTTTCCTCCCTTTCCATTTGGGACTCAAACAGATGGGACCCTCATGTGTTGCAGGGGTGTCGAAGCCGAAGACGCCATAGGTCCTTCACCCCAGGCAAGATCTTCTCTTCAGTTGGACCGTCTCTTCACTCTTGGAAGgtgagtcttcctcctcaatgatattgacttgggagagtgactagggttttgc
aggtttcgcccgcgaagggagtcagtatgagggctacataggacaatgtatgatgatgaggtagtggttttcctccctttccatttgggactcaaacggatggaatcctcatgtgttgcagGGGTGTCGAAGCTGAAGACGCCATCGAAGGAGGGGATTTAGGTAGATCACTAAAATGAGAGAAACCTTGGATTATGAAT
CAATGTACTTGAGTTTTGGGGATGTTCACCATCTTCCATTTTCACAGTCAAGAATGAGCTCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCA
GAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGT
AGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCTTTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATG
CATCTGGTCATACACTTCAG

Intron 3 GTAGACTAAT ... TCAATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.43	37	3	16
A2	23.89	43	13	14
A3	24	19	5	7
A4	28.21	28	2	20
A5	17.07	17	1	6
A6	19.15	57	10	17
A7	22.3	115	17	49
A8	22.22	77	13	31
A9	17.7	86	9	28
A10	20.56	85	12	32

>TRINITY_DN109901_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

CATGGACCCACTGAAAATAACCCGTGTCATGATTCATGACCTCTAGAATATCTTAAAAAATCCCACGATGATTGTGGAGTCTTTTAAAGTCTAGTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAAT
TCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCCTGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCCACTTGATGGAAAGGAATTGTAT
GTTAATGGGTGGAATTTGTACTGGTTAATGGACCAAAGTGTGGAGGATTCCACCAGGCATAGAGTGAAGACAATGCCAAGGAGCAGTATAAAAATGGGTCTCACCGTGGTTTGAGCATGGGTCTTCAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGTTTTCAAGCAAGAATGAGC
TTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTAAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCT
TCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGTGATTGCAGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCT
TTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATA
AAGTCATTGGATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTTGAAGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGGTGAGTAATTTCTTAGGA
ACCATTTTGTAATTAACTTAGCCAAGAGAGGGCAAGTAGCAGGCATCCATTTTCCAAATTTTGAGCCATTAGTAATGCTATCAATGCATATCAGTATGCTTCCAAATATTCTATAATATGATGTTGAAAACCACACTTACGAGTTGTTTTCCTGTTATTGTCACAATATATGGACACGAGAGTGCAGGATTCCTAATGTG
GAGTTAGAGGACCACCTCAAGTATTTGTCTAAATGGGTGACCTCTCATATTGATGATGGAGAGAAAATACTGAAGAAACCTGTGCTTTTTACAGAGTTTGGACTTTCTTCACGTCATAAAGGTTTTGCACAAAGTCATCGAGATCAGCTGTTGAAAACTATGTATGGAAAAATAGACCAGTCA

>TRINITY_DN109901_c0_g1_i12 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATGGACCCACTGAAAATAACCCGTGTCATGATTCATGACCTCTAGAATATCTTAAAAAATCCCACGATGATTGTGGAGTCTTTTAAAGTCTAGTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAAT
TCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCCTGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCCACTTGATGGAAAGGAATTGTAT
GTTAATGGGTGGAATTTGTACTGGTTAATGGACCAAAGTGTGGAGGATTCCACCAGGCATAGAGTGAAGACAATGCCAAGGAGCAGTATAAAAATGGGTCTCACCGTGGTTTGAGCATGGGTCTTCAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGTTTTCAAGCAAGAATGAGC
TTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTAAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCT
TCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGTGATTGCAGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCT
TTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGgtagactaatattttatgtttgaaatgaag
ccagtccttggtctgtggtttgttatctttgaagttctgtgattttaatacatattataaatatatgcttttaaatgcaggaaatctcgttgtcaaaaggagtcactagaaagttttcttcacttcttttgttgttcttatgaggatgcttgtatttcaattgcagACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATAAAGT
CATTGGATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTTGAAGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGG

Intron 4 GCATTAGATT ... GTATGTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.13	14	57	43
A2	59.6	20	37	22
A3	65.67	23	43	45
A4	59.32	18	31	21.5
A5	57.14	12	21	11
A6	67.09	39	89	70
A7	71.7	45	111	117
A8	62.45	43	85	58
A9	69.6	50	137	92
A10	66.16	56	124	95

>TRINITY_DN123911_c6_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAATTCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCC
TGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCCAAGAATGAGCTTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTATGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACAATGCTTAG
GAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCT
GTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATAAAGTCATTGGATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTT
GAAGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGGATTCCTAATGTGGAGTTAGAGGACCACCTCAAGTATTTGGCTAAATGGGTGACCTCTCATATTGATGATGGAGAGAAAATACTGAAGAAACCTGTGCTTTTTACAGAGTTTGGACTTTCTTCACGTCATAAAGGTTTTGCACAAAGTCATCGAGA
TCAGCTGTTGAAAACTATGTATGGAAAAATAGACCAGTCAGCTAGGAAAGGTGGGGCTGGAGCTGGAGCTCTGGTTTGGCAATTTGTAGTAGAGGGGATGGAAAAATCTGGGGATGAGTTTGCATTTGTTCCATGGAAGTTTCCTTCTACATATAAGCTGATTGTGGAGCAGTCCTGCAGATTGCAAACTTTATATGAAG
GTCAACCTCAAGTAAAGCAAAACTTATATGCTGCATGCTCCAAGTTGAAGAATCGTTGAATTGCCTTATATTCAGCAGCATTTTGAACTATGGAGAGGAAAACTTCCATTTTTAACTACGTAAGGCATGAGCCCATTTCACATAATGTGTCTGACAAGTTAAAGACTCCATAGCATGATTTGTTCTTAATTTAAAAGGTT
CTGGCTATGAAACTACCATATTAAACTACACTATAAGGCTGATATCGTGATCTTTTTGCAATATGGTTGCATTTCATGTCTCGACAGAGCTGCTGGCGTTCCTCTTTGTACATTTCTACTGTAACTTTATTCTTGGAGACTTTACTTTTACAATGGAATATTTTACAGCTATTTATGTATTTAGCCCCAGCGATCTCCGT
GAAGGAGGTTTCCCTCGATGAATTAAATTATGCGGTATTTTCGGAAGGAATATATTATATAATCCAACTGCTTAAATGTTTTTGACTGCC

>TRINITY_DN123911_c6_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTTTTTCCAGGAATTATTGGCCTAAAGTGAATTGTTGGAAATCCTCTCATATGGAATGAAGGCTGCGAATGGTGTGCATATGTCCAGCAATTCAAACTGACCAAATTCCTCATCCCTCACATTGATCAGATCTCTAGACAAGGAAAAGAGAGGAATGGAGTATGGGACAAGACTGTATACTGTACTGGGAGTGGTCTCC
TGCATTGCATTTCTCTACCTGAATTTTGGGGATGTTCACATTCTTCCATTTTCACAGCCAAGAATGAGCTTTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTATGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACAATGCTTAG
GAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGgcattagattttgttattgtggaagccagacggaatgggcttaggttgattttcagccttgttaataatctcaatgcctatggtggcaagg
ttcaatatgtagaatgggcacatgcagctggaataaatgtggggtcttcaaatgattcctttttctctgatcccaccattaaaggatactacaaggagtatgttaagTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGT
ATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAGACCTGGATAAATGAAATGGCAAAGTTCATAAAGTCATTGGATAGTAGGCATCTTCTCACTGTTGGGCTTGAAGGCTTCTATGGGAAAACAACACCTAATAAATTTGAAGTGAATCCTGGAGATTGGGCCGCCTCACTTGGTTCAGATTTCATTTCGAATTCACAAGTTGA
AGAGATTGACTTTGCCTCTGTCCATGCTTATCCTGATAGCTGGTGAGTAATTTCTTAGGAACCATTTTGTAATTAACTTAGCCAAGAGAGGGCAAGTAGCAGGCATCCATTTTCCAAATTTTGAGCCATT

Intron 5 GCAAGATCTT ... GGTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	88.57	2	10	21
A2	87.88	2	16	13
A3	78.95	4	14	16
A4	83.33	3	14	16
A5	86.21	2	11	14
A6	-1	0	0	0
A7	78.95	2	8	7
A8	-1	0	0	0
A9	100	0	7	7
A10	85.71	1	5	7

>TRINITY_DN43258_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

CAACGATGGAGGATAAAATTCTCTTCAAGAGGTTCCTGGAGTTTTCAATCAAAAGGGGTGTCGAAGCCGAAGACGCCATAGGTCCTTCACCCCAGGTTTCGCCCGCGAAGGGAGTCAGTATGAGGGCTACATAGGACAATGTATGATGATGAGGTAGTGGTTTTCCTCCCTTTCCATTTGGGACTCAAACGGATGGAATC
CTCATGTGTTGCAGGGGTGTCGAAGCTGAAGACGCCATCGAAGGAGGGGATTTAGGTAGATCACTAAAATGAGAGAAACCTTGGATTATGAATCAATGTACTTGAGTTTTGGGGATGTTCACCATCTTCCATTTTCACAGTCAAGAATGAGCTCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTG
TATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCAGAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGGCATTAGA
TTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGTAGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCTTTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAA
TGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATGCATCTGGTCATACACTTCAG

>TRINITY_DN43258_c0_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GAGGTAGTGGTTTTCCTCCCTTTCCATTTGGGACTCAAACAGATGGGACCCTCATGTGTTGCAGGGGTGTCGAAGCCGAAGACGCCATAGGTCCTTCACCCCAGgcaagatcttctcttcagttggaccgtctcttcactcttggaaggtgagtcttcctcctcaatgatattgacttgggagagtgactagggttttgc
agGTTTCGCCCGCGAAGGGAGTCAGTATGAGGGCTACATAGGACAATGTATGATGATGAGGTAGTGGTTTTCCTCCCTTTCCATTTGGGACTCAAACGGATGGAATCCTCATGTGTTGCAGGGGTGTCGAAGCTGAAGACGCCATCGAAGGAGGGGATTTAGGTAGATCACTAAAATGAGAGAAACCTTGGATTATGAAT
CAATGTACTTGAGTTTTGGGGATGTTCACCATCTTCCATTTTCACAGTCAAGAATGAGCTCTGTGGAACGGAATGGATCTCACTTTCTGGTGGATGGCAAGGAATTGTATGTTAATGGGTGGAATTCATACTGGTTAATGGACAAAAGCGTGGAGGATTCCACCAGGCACAGAGTGAAGACAATGCTTAGGAGGGGTGCA
GAAATGGGTCTCACCGTGGTTCGAACATGGGCATTCAACGATGGAGGATACAATGCTCTTCAATTGTATCCTGGAATTTTCGATCAAAGGGTTTTCAGGGCATTAGATTTTGTTATTGTGGAAGCCAGACGGAATGGGCTTAGGTTGATTTTCAGCCTTGTTAATAATCTCAATGCCTATGGTGGCAAGGTTCAATATGT
AGAATGGGCACATGCAGCTGGAATAAATGTGGGGTCTTCAAATGATTCCTTTTTCTCTGATCCCACCATTAAAGGATACTACAAGGAGTATGTTAAGTCTATTTTAATGAGAAAAAACAGTATCAGTGGAGTTGAGTACCGCAATGAGCCAGCCATATTTGCATGGGAGCTTGTGAATGAGCCTCGCTGTATTTCAGATG
CATCTGGTCATACACTTCAG