sp|F4KHD8|GP210_ARATH ----> Nuclear pore complex protein GP210
Intron 1 GTAAAGCACT ... TTTTTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.89 | 43 | 7.6 | 5.1 |
| A2 | 10.22 | 41 | 5.6 | 4.7 |
| A3 | 8.15 | 48 | 7.3 | 4.4 |
| A4 | 10.97 | 80 | 8.1 | 10.9 |
| A5 | 13.75 | 39 | 4.9 | 6.6 |
| A6 | 28.57 | 2 | 0 | 1.1 |
| A7 | 0 | 4 | 0 | 0 |
| A8 | 19.05 | 2 | 0 | 0.6 |
| A9 | 28.57 | 1 | 0 | 0.6 |
| A10 | 6.35 | 8 | 1.3 | 0.6 |
>TRINITY_DN109831_c0_g2_i11 from sample A5 / Example spliced isoformAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGTGCAGATTTTGAATGTCTTGATTTAGTTTTAGAAATAAAGA
TTTGAAGAACGCCATGGAAACTTATCATCCTTTATCACAATATAATCCTTTGCAAATGTTCATACACCAGTGAAAGAAGCTTAAATTTAAACCTAAAATTCAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTT
TCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGG
ACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCA
TCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTT
TTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTC
ATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCA
TCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGA
CAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTT
GTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGG
TGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGA
GAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACT
TTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAG
ACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAG
ATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCT
ACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAG
AAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTC
GTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAA
GATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGA
AGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAAC
CCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATA
TGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGA
AGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCT
CTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGT
ATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATA
TCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATC
GAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGG
ACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCAAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGT
TTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTTGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCAT
CCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCT
TTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGT
ACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGTGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACA
CGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATTGGCT
>TRINITY_DN109831_c0_g2_i8 from sample A5 / Example unspliced isoform:AACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGTGCAGATTTTGAATGTCTTGATTTAGTTTTAGAAATAAAGA
TTTGAAGAACGCCATGGAAACTTATCATCCTTTATCACAATATAATCCTTTGCAAATGTTCATACACCAGTGAAAGAAGCTTAAATTTAAACCTAAAATTCAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTT
TCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGG
ACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCA
TCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTT
TTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTC
ATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCA
TCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGA
CAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTT
GTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGG
TGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGA
GAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGACATGgtaaagcactcctctattacatacagttttttttaaaaggtctagta
ctatatcaaatttcaattgaacctatgaagcaaactctgtctgcttctttgagaactaagtaaacatgtattttttgccagGTTATCTCTGTTGTACAGGAAG
Intron 2 GTATGTTGAG ... CATTGTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 116 | 3 | 29 |
| A2 | 6.76 | 69 | 0 | 5 |
| A3 | 9.02 | 111 | 0 | 11 |
| A4 | 20.22 | 71 | 1 | 18 |
| A5 | 4.35 | 44 | 0 | 2 |
| A6 | 0 | 17 | 0 | 0 |
| A7 | 9.38 | 29 | 0 | 3 |
| A8 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A9 | 16.67 | 25 | 0 | 5 |
| A10 | 5.71 | 33 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN132453_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTC
ATGGGCTGAAAAAGGTGCAGATTTTGAATGTCTTGATTTAGTTTTAGAAATAAAGATTTGAAGAACGCCATGGAAACTTATCATCCTTTATCACAATATAATCCTTTGCAAATGTTCATACACCAGTGAAAGAAGCTTAAATTTAAAGCTAAAATTCAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTAT
GGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTC
GTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGCGGA
CAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACC
TCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGTGGAGGTTTTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGA
TTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGAT
GCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATA
TGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTG
CTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCC
AAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGA
ATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTG
GAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAG
GCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGT
AGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCAT
CTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGG
GAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGG
GCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATT
ACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGAC
GGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACG
AGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTT
CCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGT
AGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTT
TTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCAAGAAGTCACAAAG
GACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTC
CCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCA
GGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATG
AAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTA
AAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTCGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAG
GCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTA
AACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCC
AATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGCGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAA
CTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTT
TTCTCATATGGCTTTTGATTGGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCATTTGCATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCTCGGGTATTGATATGCTTCTTGATTCATGGCGATCAATTAACCAGTGGTTTATT
TTTGTTTCCTAAATGATATGAAAATGCATCATTAACTAAAAAA
>TRINITY_DN132453_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:CACAGTAATTGCCGATGAACCTGgtatgttgagattcgagaagcactattgctgtatattcttaagttacttttgaagaaaactcttttataagatttgacagttaagtctgttaacagatgaaacaatccttaacagatgaaccaatccttctcactacattctcatcttgcactaacttattgattctgctgttcatt
gtctagCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTG
GCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGA
TGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAA
GAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAG
ATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAA
GGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTT
Intron 3 GTGCAGATTT ... TAAAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.07 | 24 | 11 | 30 |
| A2 | 37.37 | 31 | 11 | 26 |
| A3 | 41.18 | 25 | 20 | 15 |
| A4 | 38.82 | 26 | 13 | 20 |
| A5 | 43.75 | 18 | 16 | 12 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 63.64 | 2 | 6 | 1 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 25 | 3 | 0 | 2 |
| A10 | 50 | 2 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN132453_c0_g1_i17 from sample A1 / Example spliced isoformGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTC
ATGGGCTGAAAAAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATAT
GTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGC
TCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGCGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGGTCTTACAGGAGCTGTAACTATTA
CTTTTCATGCTTTGTTTAGTAATGTGTTTGTGTTCTGCATTTGCTGTAATGTAATTAGGTAGATATTGCTGTAGTTGCCTTATGTGACTAAACTTTGAAGAATGGCTTGTGGCAAAGAATTTGAAGTGGAAATGGATACTGAATCTAGATTTTTG
>TRINITY_DN132453_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTC
ATGGGCTGAAAAAGgtgcagattttgaatgtcttgatttagttttagaaataaagatttgaagaacgccatggaaacttatcatcctttatcacaatataatcctttgcaaatgttcatacaccagtgaaagaagcttaaatttaaagctaaaattcagGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTAT
GGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTC
GTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGCGGA
CAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACC
TCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGTGGAGGTTTTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGA
TTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGAT
GCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATA
TGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTG
CTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCC
AAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGA
ATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTG
GAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAG
GCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGT
AGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCAT
CTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGG
GAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGG
GCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATT
ACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGAC
GGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACG
AGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTT
CCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGT
AGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTT
TTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCAAGAAGTCACAAAG
GACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTC
CCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCA
GGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCATCAACCATCTTGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTC
TAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATA
ACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTCGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTA
AAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGC
AGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGT
TTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGCGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTG
GCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTAC
CAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTGATTGGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCATTTGCATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCTCGGGTATTGATATGCTTCTTGATTCATGGCGATCAATTAACC
AGTGGTTTATTTTTGTTTCCTAAATGATATGAAAATGCATCATTAACTAAAAAA
Intron 4 GTACCAATTT ... TTTTCTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.11 | 63 | 9 | 17 |
| A2 | 25.4 | 47 | 10 | 22 |
| A3 | 19.35 | 50 | 11 | 13 |
| A4 | 20.33 | 49 | 4 | 21 |
| A5 | 15.79 | 24 | 5 | 4 |
| A6 | 19.55 | 72 | 9 | 26 |
| A7 | 16.98 | 66 | 9 | 18 |
| A8 | 17.58 | 75 | 9 | 23 |
| A9 | 13.58 | 70 | 7 | 15 |
| A10 | 20 | 80 | 14 | 26 |
>TRINITY_DN121184_c0_g1_i15 from sample A2 / Example spliced isoformGAAAATTAAAATTGCTATGACTTTGTTTCCCGCTGTTTTTATTTATTGCCATCGCCATGAAAAGCCTTTTCATGTGATGTGGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTT
GATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAA
ATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGA
TCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTG
TCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGA
GATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGG
TACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGA
CGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGT
AATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGA
CATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGT
CTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGC
TCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGC
TTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGT
TTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGA
GGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCA
GGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGG
AGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAA
CCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGG
GCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAG
TACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGA
CTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGC
ATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCAC
ACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACG
ATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGG
TGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATG
ATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAA
TTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACA
AGTTATGTATAAAAGTGCAAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATG
ACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTTGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGT
GGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGT
AGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTA
TAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGTGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTAC
ATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATTGGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCTTTTGC
ATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCTCGGGTATTGATATGCTTCTTGATTCATGGCGATCAATTAACCAGTGGTTTATTTTTGTTTCC
>TRINITY_DN121184_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:GAAAATTAAAATTGCTATGACTTTGTTTCCCGCTGTTTTTATTTATTGCCATCGCCATGAAAAGCCTTTTCATGTGATGTGGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTT
GATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAA
ATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGA
TCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTG
TCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGA
GATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGG
TACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCGATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGA
CGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGT
AATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGA
CATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGT
CTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGC
TCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGC
TTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGT
TTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGA
GGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCA
GGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGG
AGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAA
CCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGG
GCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAG
TACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGA
CTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGC
ATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCAC
ACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACG
ATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGG
TGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATG
ATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAA
TTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACA
AGTTATGTATAAAAGTGCAAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATG
ACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGgtaccaatttatattacgtttatggtttaacttatcattgaagtgccttcagtgtgcaaactttggagttttaattaaataaatatttcattcttttactcaattttctacagGCATTGTAAACCATGGAGGGACTTGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCAT
ATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCG
AATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGA
Intron 5 GTAGGTTTTA ... TCTTTGATAG
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| A3 | 25.2 | 138 | 48 | 45 |
| A4 | 23.9 | 78 | 23 | 26 |
| A5 | 25.44 | 63 | 22 | 21 |
| A6 | 25.49 | 19 | 6 | 7 |
| A7 | 22.77 | 39 | 11 | 12 |
| A8 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A9 | 21.5 | 42 | 7 | 16 |
| A10 | 15.49 | 30 | 5 | 6 |
>TRINITY_DN121489_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGTGCAG
ATTTTGAATGTCTTGATTTAGTTTTAAAAATAAAGATTTGAAGAACGCCATGGAAACTTATCATCCTTTATCACAATATAATCCTTTGCAAATGTTCATACACCAGTGAAAGAAGCTTAAATTTAAAGCTAAAATTCAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAG
CATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGC
TACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGT
ATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTC
CACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAA
GCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCAATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTAC
AAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCAT
TTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCT
GCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAAC
GCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTG
CTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAG
AAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTT
TGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCC
AGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCC
GATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCA
ACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCATCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGA
CAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCT
GCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATC
ACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTG
CTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATT
AAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTAT
TGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAG
CAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTT
TTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCT
TTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCG
CTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGAT
TACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGG
ACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTTGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAG
ATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAA
GACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCAT
TGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGTGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCAT
CGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATT
GGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCTTTTGCATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCTCGGGTATTGATATGCTTCTTGATTCATGGCGATCAATT
>TRINITY_DN121489_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCTAAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGGTGCAG
ATTTTGAATGTCTTGATTTAGTTTTAAAAATAAAGATTTGAAGAACGCCATGGAAACTTATCATCCTTTATCACAATATAATCCTTTGCAAATGTTCATACACCAGTGAAAGAAGCTTAAATTTAAAGCTAAAATTCAGGGTTAGTTGCAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAG
CATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGC
TACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGT
ATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTC
CACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAA
GCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCAATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTAC
AAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCAT
TTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCT
GCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTCTCTGTTGTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAAC
GCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTG
CTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAG
AAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTT
TGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCC
AGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTgtaggttttacaaaacaatccacattgtctttcacttttacttttcatcctttgcgtagaattttgtttagtaccttgacagtgattccagactgatgagatagacataagcta
catatctaaaaattctttgttgctttctttttctttgatagACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAG
GCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGA
GGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCATCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAAC
CAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGG
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ACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGAC
TCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCA
TATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACA
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GGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGA
TCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAAT
TTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGG
Intron 6 GTGCAGATTT ... TTAGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.62 | 20 | 11 | 30 |
| A2 | 38.14 | 30 | 11 | 26 |
| A3 | 39.33 | 27 | 20 | 15 |
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| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 63.64 | 2 | 6 | 1 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A10 | 50 | 2 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN108319_c0_g1_i18 from sample A4 / Example spliced isoformCAAACATTTGTTCTCATAATTTCAATTACTCCCTTCGTGCCCAAAGAGGGAGAAAATTAAAATTGCTATGACTTTGTTTCCCGCTGTTTTTATTTATTGCCATCGCCATGAAAAGCCTTTTCATGTGATGTGGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCT
AAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGC
AGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGGCGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAG
ACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCATCATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCA
TTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAAACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTG
ATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGAGATATTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCAT
GTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACCCGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCAATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACA
TTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGCAGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCC
TGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATCATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGA
TCTAAACATGGTTGACCAAAAACTGTCTGTTGTACCTGACATGGTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAA
AAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGTCAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTT
GGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTGGTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATC
TTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGG
GATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTG
AAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGA
ACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGG
CTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGAT
GCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAG
AGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGA
TTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAG
GTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGC
TCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAG
ATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGA
AACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAA
GGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTG
TGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTT
GTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCG
AACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACG
GTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTCGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAG
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TATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCA
CCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGCGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAG
GCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATTGGCAA
AAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCTTTTGCATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCA
>TRINITY_DN108319_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CAAACATTTGTTCTCATAATTTCAATTACTCCCTTCGTGCCCAAAGAGGGAGAAAATTAAAATTGCTATGACTTTGTTTCCCGCTGTTTTTATTTATTGCCATCGCCATGAAAAGCCTTTTCATGTGATGTGGCACAAATCTTACGTGTCACATACACGTGGAGTGGCTGCTCAGCGCATCCTCGGAAAACTGATACGCT
AAAACCCCTCCTAGGGTTTGGGAAACGAAACTGAATTCCATGAGCATTCTTGATACGGACTCCACTTTCTGTTTATAGTGGCAACTGTAACCGTTCCCCCCACCGCAGCAATTGCTCAGCAATGTCCATTTCATGGGCTGAAAAAGgtgcagattttgaatgtcttgatttagttttagaaataaagatttgaagaacgc
catggaaacttatcatcctttatcacaatataatcctttgcaaatgttcatacaccagtgaaagaagcttaaatttaaagctaaaattcagggttagttgcagACAAAGGTCCTGCAGTAGAATACACTTATGGAGGACAGCATTTGATGAGCATGCAGTAGAATACACTTACGCGAAAGTTTTATTTTCCTGTAAATGG
CGCCGTGTTCTTTATTTCTCCGCCTCTTGGCAGTTTCGTTATTACGTTTGCTAATTGCTGTGCTGAGCGGGAAATATGTGGAGTCGATTAAAGGTCCGCATATGAATGATCTCAATCTTTTGCTTCCTCCTCGTGCTTTTAACCCCATTCGCTACAGACTTCAAGGGACCGACGGCTGTTTCGCCTGGACATGGGATCAT
CATGAAATTTTATCTGTCATACCAGAATATAATGAGACACGTCAGTGCTCAGCAAGTGCACATTTAATCTCCATTGCTCCATTTAGTGGGAAGAAAGTGACAGCAGTCCATGCCTCTGACATCCGCAGTGGACAGGTTATCCGCTGTGAAGTATTCATTGATAGAATTTCACGGATTCAGATCTTCCATCATTCTGTCAA
ACTCGACCTTGATGGGCTTGCTACACTCCGTGTTCATGCTTTTGATGATGAAGACAATGTTTTTTCATCCTTGGTGGGTTTGCGGTTCACGTGGAAACTAGTGCCTGTAGGTTCAACAAGTGATGTGACACCTCATCGGCTTGTTCATGTTCCACTGATGAACAGTCATTTGAGTGATTGCGGAGGTTTTTGTGGAGATA
TTGATACTCGAATTGGTCTTGAGGAAAGTGGTGTCGGTTCGGATCTCTATGTTATAAGAGGGATTGATATTGGCCGTGAAAGTGTAGCTGTGCGTTTAGCTGAACCAGAACTTGAACACTTATCAGATACGATTGTTTTGACTGTGGCAGAAGCCATGTCTCTTGAGCCTCCATCTCCTGTGTTTGTCATTATTGGTACC
CGTGTTCGTTACACACTAAAAGTTCTTCGTCGGAATAAGCATGAAGTTGTCAATTTACCATCCCCAAATCATCATTGGGTTGTAACAAACAACTCCATTGCTTCTATTGATCCTGCAATGGGCATAGTTGATGCAGCAGCTGTTGGAACTACAAACATTGTTGTAGAAGACTTGAGAGTTGCTGGGCATCAACAGACGGC
AGCACTGCATATAGTTATACCTAATGAACTGCATTTATATCTATCATTATTCACTAGACTAAGGGGTGTTCTCCATGGAGAAGATCTTGTATCCTCTACAACACCATGGTATTTTGTGGTAGGTCGGGAATATGTTGTTCATCTCAAGGCATTTTCCTGGCAGTCCAGTGCTCAACCTCTTTATTTGACAGAGAGTAATC
ATTTGGAATTACAGTTTGACAAATCTCCATATTGGGATGCCTTTCCAGTACCTGAAGAAGTTGCAATGGCACATGGATGGAAGAATTGTAGTCGTCTTGTTGCAATTTCGGAAGGTCAGGGTAAACTAATTGCTTCTCTTAGGTATTATTCTGCGGATCTAAACATGGTTGACCAAAAACTGTCTGTTGTACCTGACATG
GTTATCTCTGTTGTACAGGAAGTAAAGGCTTGTGAGCCTGTAAAGATTGATTTTGCTGACAGGAATGAGGCCTCTCAAACATTGCTTCTTCCATGGTTTCCTGGAGTATATCAGAAAATTGAATTAGCAGCCAAAGGAGGCTGTGGTGAAACGCCAAAAGACTACCAGTGGCATTCTTCTGATAGTGGTGTGCTGTCTGT
CAGTGCATCTGGTGTGTTTCAAGCGAGGAGACCTGGTAGAGCTATTATAAGAGTGGTAGCAATCGTTGACCTTTTGAATTATGATGAGGTGGAAATTGAAGTTTCTGTTCCATCTGCTATGGCAATGCTTGAATTCCTACCGGTGGAGGTTGCTGTTGGCTCTCAACTGCCAGCTGCCGTGACTTTGAGAAGCAGCTCTG
GTAATTTGTATTCAAGGTGCGATGCTTTCAACTCTTTTCTAAGATGGCAAATTTTTGGAGCAGTACATACTTTTGATGTTTTGAATGGGACAAGTTGGGAGATTTTCTTAGGAGTGATGGATGCCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCT
GAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTGTACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGA
TAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCCAGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGA
GACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAGCATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCT
GATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGCTGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGC
TGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCGTCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCTTTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAG
ACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAGAGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTT
GCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCACCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACT
GGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTATCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCT
CTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGTTGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATAT
GGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATGAGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGT
TAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGAATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTT
CTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCGAGGAGTCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGT
TGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGGAAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCT
GGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTTTATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTA
TTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGCAGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGCAAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTT
ATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCTCTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTG
TTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTCGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAATAGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAG
CAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGGAGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGC
GGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAAT
TATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGCGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCCAATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTA
GAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTTGCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATTGGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCTTTTGCATTG
TACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCA
Intron 7 GTAGAGATCA ... ATCACAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.49 | 61.5 | 0 | 11 |
| A2 | 14.82 | 36 | 1 | 6 |
| A3 | 13.41 | 65.5 | 0 | 10 |
| A4 | 16.06 | 22.5 | 0 | 4 |
| A5 | 6.48 | 29 | 0 | 2 |
| A6 | 15.56 | 187.5 | 0 | 34 |
| A7 | 17.45 | 181.5 | 0 | 38 |
| A8 | 16.32 | 214 | 2 | 41 |
| A9 | 12.82 | 111.5 | 0 | 16 |
| A10 | 9.94 | 139 | 0 | 15 |
>TRINITY_DN42407_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCTTTGGTGGAACAAAAATATCAAACAAGAAATCTTCCATTGTTCCTGTGTGTGCATGGACAACTTTATATGCTTCTGAGGCAGGCAAAGCAGCTCTACATGCATATTTGTCTGGCATCAGTAATGAATTCGTTGATGATATAGATGCTCCAGTATCCCTGAAGGTTTCATGGACTGTAGCTGCTTATGCTCCATTGATTG
TACTACAGGCAGGAGATGGGAATGCTTTTGGGGGATATAAGTTTGATTTGGATTCTATTGAGAGACCCTTGTTTGATAGCCAGGGCATTGACCGTGAAAGTTTGCATGAACTATTTCTTGTTCCTGGAAGTGGGATGAGAATATTGCTGCATGGGGGGCCAGAGCGTTGGAGGCAAGGGGTAGAATTTGTTGAGTCTTCC
AGTGTAGTAGCTTATGATGGAAAAACCCAGGTGAAAGAGAGCGTTGTTATTAGTCAGTTGACAGATGGTGGAGGGAGACTACACTGGATTTCATGCCATTCTTTGGGGAACTTTACACTTACATTTGAACGTGGTAACTTAATTGGAGAAGATCATCCATCGCCAGCTATTGCAAAGGTTGAATTGCCTATTGTCTGTAG
CATTCCATCTTCAATCACAGTAATTGCCGATGAACCTGCAAACACATTGGCTATAATACGAGCTACATCCCAGGCTGATCATTCTGCAGGCCATGTTCGTGTGACTCCCATTACTGTGACTAATGGCCGTACGATCCGTGTAGCCGCAGTTGGCATTCATCAATCTGGAAAGCCATTTGCAAACTCGTCAATGTTCTTGC
TGAACTGGGAACTCAGTGGTTGTGAGCAACTGGCTTATTGGGATTCTAATGATAAAATTGGAAGAAAGACGGAGGCTGGTTCCTGGGAGAGGTTCCTTGTTCTTCGGAATGTATCAGGGCAATGCATTGTGCGAGCAACAATAGTTGGATTCTCTGGCAGTAGATCTCTCTTATCATCTATCAAAGGAGCAAGAGAAGCT
TTAGAGGGGCATGTTGATTATGTTTTGACAGATGCTGTCCGTTTGCAGCTTGTATCTGTCCTTCGTATTGAACCAGACTATGTTATGCTATTCTTTCATCCTGATGCCAAGGCGAGTTTATCCATATTTGGTGGCACCTCCGATGTTAAAGCAATTGTGAATGATACCAAAGTTGCAGTAGTAGTGGAAGAACCTCCAAG
AGCACATTACACGCATTTGGTTGTGGCTGCAAGAGGTTTGGGCACAGCAATGGTTACAGTTCAAGATATTGGGCTTGCATCTCCTACATCAGTGTTTGCTTTGGTCCATGTTGCAGATGTGGACTGGATAAAATTACTTCTGCCTGAGGAGACCAGTATTCAGTTGGGAACTGTTAAAGCAGTTGAAGTAGCAGCAGGCA
CCCATGACGGGCATGTTTTTGATTCATCACAGATTGAATACATGAATGTGCATGTACACATGGAAGATGAAGTACTGGAGCTCGTAAGCAGTGATGGTACTCAAAAACTATGTAGTAGTAAAGTTACAGGATCAAAATTCTTCATACATGGTGCAAGCATTGGTTTGACAACCACTCTTCATGTTAGTGCATGGCAGGTA
TCTGGACGAGAAATTTTTAGTCAGTTTGCTAAGGTGGAAGTTTATGCACCTTTACTCATACAACCCCCAAGACTCTCTCTTGCTCCAGGAGCAAAATTCACGGTTACGGTAAATGGAGGCCCACGTACAGGGGTCATTGCAGATTATTCTAGTATGAATATGGCGGTTGCATCAATTGATACTGTTTCAGGATTGCTGGT
TGCAGTTTCCCAAGGCAATACCAGCATTAAAGCTCAGGCTTACAACAGTGCTGGAGATTTAATATGTGAGGCATATGGCACAGTTAATGTGCAGGTCCCATCAGCCATGATCTTGAATTTTGTAAATATCCAGCTTGGTATTGGGCGTGAATTGTCTGTTTTTCCCAAGTCAACAGAGGGGGACTTGTTTTCATTCTATG
AGCTTTGTAGGAATTATAAATGGACTATTGAAGATGAACAGGTATTGGTATTTCACAAAAGTGAAGCTGCACACGTTAAAATGCAAGAGATTTCATCTCTAGGGGAAAAGGGGCAACATTTTCTTGATGATGCAGACCTGAGTGATGCTGGTTTTGCAACGAGAGTTATTGGAAGGTCTGCTGGTAGAAGTACCATTGGA
ATTTCGTTTTCATGTGACTTCAGTTCAGCAGGAAACAATTTACAGTCTGTATCCTACAGTGCCTCTGATACGATTTCTGTTGTCCCTGATCTACCTTTAGCACTTGGCATGCCCATCACATGGCTGCTGCCTCCATTTTATACTGCATCAAATGTGTTACCTGAATGGACTGAATCATCTTTACGTAGGGACTCAAGAAG
TCACAAAGGACACATCATTTATTCTGTTTTAAAGGGTAATTCCACGGATGACGATTCCATCAGTATTAAGGGTGGTTGTGTAAAAACCTCAAAAAGGAACACTATTGGTTGCATTAAAGCTAAAGACCGTGTGACAGGGAGAGTTGAAATTGCTGCTTGTGTGCGGGTTGCTGAGATATCTCAGCTTATAATTGAGGCGG
AAGATTTCCCTTTTCATGTTGCTGAGCTTTCTGTGGGCACTCATCGTCACCTTAATATAACATATCTTGATGATCTGGGGAATCCTTTTTTTCAAGCCCATGGTGCTGTCCCACTACTTGTTGACACAGACCATCCTGAGGTTGTTTCAGTTAAAGTCACTGGTGCGGAAAACAAGGGCACTTCAACCAGTTGTTCCCTT
TATGTGCAGGCCTTGCGACAGGGAAGCGCTCTTGTTCGATTAACTTTGCAAAATAACCCACATCGAACTGAATTTATTCTGATTCGAGTAGGTGCATATATCAGCCCACGGAATCCGGTTCTTCATGTTGGGGGTCATCATAATTTCAGTATCACAGGGAAGGGTTTGCATGGAGGTGAACACGGCTACTGGTCTAGTGC
AAATGAAGGTATTGTTGTTATAGATTACCGAACTGGAGAAGCACAAGCAGTTGGTGAAGGGACCACACAAGTTATGTATAAAAGTGCGAGATTAACTACATACACAACTGTTACTATAGTTAGAGTGGCTTCTATCACAGTTTCTTCTCCCTATGGTTCCTTGACCAATGTTCGTATTCCAGATAAGGGATATAACTTCT
CTGTAAAAATTAGTGATTTTCAAGGACACGGTTTCAAAGCTTTTGGGGAGGACCTAGAAGTTTCTTATGACTGTTGGGTTGATCCATCTTATATTGGGCATTGTAAACCATGGAGGGACTCGGTTACTGGGACCTTGTATTGTTCATTTATTCCATATACCCCAGAACATTTGGCTCGTATATTGCCAGTCTTAAAGAAT
AGCAGGCAGAACTTTAAAGTTGGAGATCAGGATGGGATTCTTCATATTTCAATTATAGCATCCCTTAGTGGAGCAGAAGAGGTGTCTGGTTCAGCTGATGTAATTTTTAAGGGTGGATTTTCAGTACCTGATGTGCAGGAGTTGAGTTTAACACCGAATACAAATAAAAGCAGGATAACTATTCTTGGAAGTGCAGGAGG
AGTTAAACTGCATTGGCAAGCGAAAGACTTTATGTCAGTCAGCCGTGTCATCTACCATGCTTTGGGAGTAGGCGGGCGAGCAGTATATGAGGTGAAAGTGCTAAAGCGCGAAAGTTTTACTGACAAGTTGGAGATCAGACTTCCAACAACAGGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTG
GGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCTTACTTGTACTTACTATAATTATCTATTTGCGACTGCTGGATCAGCCAGAGCCGCGTGGGCAAACTGGACTAAATTTTGGAACAGAACCTGCTCCTGAAATTCCATCTGTTGTGGAAGGCACTCCAAGAACCCCAGTAGTGGCTTCC
AATAACTATCGGACGCCATCACCATCGCAGGCCCTCCCTAGGACACCACCTCAAGAATACACGCAGTACATTAGAAAAACAATGGATGATACACCTCACTTTAGGAGAGAAAGACGCAAGCGTTTTGATTCCTCCTATACTTACTAGACACTTCTAACTATTAATGCTCGTAACTATTAATGCTCGTAATTTACCAGTTT
GCTTTTTCTCATATGGCTTTTTATTGGCAAAAATCATTATTTTATGTTTGCATTTGCTTATCCATTTGCATTGTACAGAGAAGTATGGGTTCACCGTATGACAGGAAAGGTTAATTATCTTTTGTAGGTCCAAATTGTCTAACATTCTTGCTCGGGTATTGATATGCTTCTTGATTCATGGCGATCAATTAACCAGTGGT
TTATTTTTGTTTCCTAAATGATATGAAAATGCATCATTAACTAACCTTATTATTATATTTATGACAGCAAAATCAGTCTGGTTATTAATAGCAAGGCTTATTGTTGGGATGTGTTAGCCCATATCTTGCATGCAATACTTCGGTCATGGAGGATAAGAAACCAAAGTCATTGTGGTGAATCCATAGTTTTCTTGTGATTT
AACTTACTAATATGAATGGACTATAACAACAACAAAATGTTAATATTCTGTACCATTTAGGTTGACTGAGCCTTTCTGCTCGACAAATATTACATATGAACATCTTCTCCAAGCTAAACAAGCAAAATGGTACTGTTGTTTGGCTGCTTAAAAGCAATATCCAAACATGTGAAGTGAATGGGCTAGTTTTGTCCATGTTA
AAAATGCGCATTTGAGACTAATTTTTGTATGCACATATTTACATATTTAGAA
>TRINITY_DN42407_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGATCAGACTTCCAACAACAGgtagagatcatattttatagactgttcactgctttgcttcaatccactaatactgattattgatctaatcacaacagGTCAAAGGATGGAGATCAACGTAAGCTATGAGCCTGGCAAGTTTAGTGGGTCCAATATCTCCCCAGAAGTCATTGCCACCACAGTTGTTGTCAGTGTGATCT
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