NA ----> NA

Intron 1 GTGAATGAAA ... ATTATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	23	66	26
A2	51.11	33	57	12
A3	62	19	46	16
A4	56.29	33	61	24
A5	59.32	12	23	12
A6	75	5	7	23
A7	54.91	39	37	58
A8	72.97	10	4	50
A9	54.33	29	29	40
A10	59.57	19	17	39

>TRINITY_DN48062_c4_g2_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

AGGAAAGCAGATTTATGTGTTATGCATGATGGAAGCATTGATTCCATCCATGGGCACGTCAGTGCCTTCACCAACAATACTTGCTGTTTCTCATTGCTCTTCAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTT
CCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTGAGCTGCCAGGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCG
GATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATTGGGCAGCTTCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCC
ATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGCTGTCCGGGGTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTCTTACACTCAGGGTCTTGCAAAGGTGGGCTGATCATGCTCTTCACAATGATCATAACATT
TGGAGGGCGATACTCTTGTATGTTGCTGCTGGTGCATTACATGAGGCTTTGGCAGTTCTTCGTGATGCACAAGAACCTGACACAGCAGCCATGTTTCTACTAGCATGTCACGAAATCAAAATGAAGGTTACCTCCCAAAAGTCTGGAGTCGAATGTAGTGTATCACCAAAATCAGACAGTGGGGATCAAGGAAATGCCGA
CTCCTTGGATTTACCTGGTGATTTGAATAAACAAAAGGAAGATGTTTCAGCAGTTTGTGAGTATTATGGGCACTACCAAAGAACATTGGTTCATCTGTGCACAGATTTGGCACCGGTTTTGGATTGAGCTCAAGTTTACACTAAAAATATAGGAGCATGGTTTGCGGGAGAATATCAGTCATTATTGTTTTCTCTGAGAT
TCCTCTACATGCTGACTTGCTGTCCTGATAGCTTTTGGAAGGTGCAAATGTTAACAATTGACAAGATTGTGCATTTCGAATGTTCTTCAGTCCTACATATTCTGATGGATTGCAATACATTCATGCAGCTGTTATCACTGAATGTTTTGAAGGAGAAGCTTTGAAGCTTTTCACTCTTACAGCTATGATTGTGTAATTAG
TCTGTCAACTTGCATTCTTAATTTGATTTAATTTAGTGACTTATTTGTACAAGAGATGGTCAAGAACTGAGTATTTTTTTCACCGATGGTGCGAAGATTTCATTTGGAGTTTGAGTGCTTGTACTTTATGGGTATATGTCAAGACAAGACAAAATTGAAAGCAATTGAGAGTAATTTCAGACATCTAGTGCTCATGAGTT
CATGTAAATCACGGTTATAATAACTTGTCCAAACAAAGATTGATCACATGAAATACCAGATCTATCATATGTGATCTTGTCATGGCTGTGAATAATACTGGAATTGGATATAGCATGGTAAACTATGGATAATTCATAATGTAAAGATTGTGTCTGGAGTGTTTGGCAGGGATCAGTGTTGGAGTATTAACACTTCAATA
CTTGGATTCAATATAAAATAAAGCGACTTTAATATGCTATTTGAACATTATAGAGTAATAAGGTGTTATTAATATTATATAATGGTAGTTAGGTAGAGTAGGTATTGCAACCTAATATGGAACATAAAATGATTTTCCCTCGTTGTACAAAATTTC

>TRINITY_DN48062_c4_g2_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCGAGAGAGTTGAATGGAATGGAATGGTAACAAAAACATAATTGTAGAGAAACAGTGCAATCCCATACCATAACATTCCTTCCATCTTCTAACACGAGTAGTCGAGTTGTAGTCGAGTTCTTGTGTGAGCCTGACCAGCAAAGTCAATAGCACCGGAACCTCCTTAACCGCCATTGTGCCAGATTATAGTAGATTCGCCT
GCGGCCTGACTTTCCCCGGTTCATTCGTGAGAGCAATTCATCAAAAAAATAACTGACATTTGGAAGAGAAGAGATGGTAAAGGAGACGGGGACAGGGATTGCTATGGGAGCAGAGAGAATGCTAGCAGGCCCTCCAAGCAGAGAAAATGGGGGGTGTTCAGACTGCTGTTGGAAGGGATTATTGGCGCACGGCGCAGGAA
GCAGCATCGTGATAACGGAGGTGAGATCAATGCAGTTGGTATGTGTGTTGCCAATGCCACCACAGAGCACATCGCCTTTACTCCCCGCCCCTTTCGTAACTGCCCTCCAATGGAGTCCTCAGCCAATGCAGCGAGATCTCCTCCTCACGCAGGAACTGTCCACCGCGCATCTCCGCCTGGCTGTGGGGGATCGCCAGGGC
CGGATTGCCATCTGGGACGCACCATCCAGACAAGTCACCGATTGGATGGCTACGGGGACCGAGCTGGGTAATGGCATCCAAGATCTCTGTTGGCTGCAACAGAAGCACTCTAATCGTTGGCTTTTGATGGCAATTCACGGGTCTTCTCTCTTAGCGATTTGGAATGCACAGAGCGGGCGATGCATCTGGAAATACGACGC
CTCTCCTGATATTTTGTTTTGCGTTCGTCGCGATCCCTTTGATTTCAGGCATGCCTGCGTTGTAGGGATGAAGGGCCTCCTTCTGTCGGTTAAAGTTACCGGTGATGGCAATGGCAGTGGCAATGGCGATGGAGAGAGTGATAATGGGATAACGGTGAAGGAGCACCAGCTTCAGCTCCAGGTTATTGTTACTGAAATTA
TAATAAGCGGAGGTAATTCGAGCAGCAGCAGCAGCAATCAGTCCTCCTCATCTCCTCCATCTACAGCTCTGTCTCTCTTTCCTAATGTTACGGTAAAATGTATGTATTCGTCGAGATGGGCGCATATACTTTATGTTATGTTTCCAAGAGAGATTGTCATCTTTGATTTACAGTATGGAGCACCTCTCTCGGTCACTGGA
TTGCCCCGTGGATATGCCAATTTTTTTGCTCTCATCGCGGACGTTGATGGTGATTTCCTCTATTGTGCTCATGCTGATGCCAAACTGAGCGTGTGGAAGAGGGAAGAAGGAAAGCAGATTTATGTGTTATGCATGATGGAAGCATTGATTCCATCCATGGGCACGTCAGTGCCTTCACCAACAATACTTGCTGTTTCTCA
TTGCTCTTCAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTTCCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTG
AGCTGCCAGGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCGGATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATT
GGGCAGCTTCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCCATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGC
TGTCCGGGGTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTCTTACACTCAGgtgaatgaaaaaggtggaggttatatcaatagacttgcaataacatgtgtgcggagtgggatcacccgttttttccgtgtcttgcaaaagccggagaaggctccaatgcgagctcttcgggcatctccatcaggaaggtatc
tcctcattttattccgggaagctcctgtggaggtgtgggcgatgactagaaatccacagatgcttaggtcactagcacttcctttcactgtgatggagtgggctttgccacctgtaccaaagccaccacaaaaaggattttcccggcaaccatcctttttttctaaagaacgtccaactattgcttcgacagtagcagca
gccagtgcacagtcaacttctgactcaaagtcaacttccctagagggttcagccgaagaaacagctgagagttttgcatttgcattagttaatggatctcatggggtttttgaggttcgtggccggagggttagagatttcagacccaagtggccctcatcatcttttgcttcttcagatgtactagtcacagcaatggc
ctatcggatgccacatgtggtaatgggagaccggcagggaaacatacgttggtgggatgtaacaagtggactttcttcatcatttaactctcacaagggagggatacgccggatcaaatttgctcctgttgtgcttggggatgatagtcgaggtcgagtagctgttctttttaatgacaatactttttcaatatttgatt
tggatacacaagacccattggcgaatgctattctgcaaccccaatttgctggaatcctagtccttgagcttgattggtttccattgcgagttgataagaaggaaccattactcctttgcattgcaggcgcagacagtagctttcgtctcctggaggttaatactcaaggaaacaagccagttcaattactggaggggaag
gctgtaatgaatagatttcggccaatgcctttgtgctcaccagtcttgcttcctcctccacatgcattggctctgcgtatgctattgcaatggggtgtccaaccttcctggtttgatgttcacaaattatccagagacactgagcatcttatacatgcacctggaatgccttcaaccatagataaaagagattttcgaca
ctacatgctggatacatccttccccttgattggtgatacagttgttccagaattgttactgaaaatattagaaccttatcgaaaggcaggtcgactattggataatgacagggcaaagacatatgcagctttgctgcataaaggctgtacagcaagatttgcttttgctgctgcacagtttggggacttctcagaagccc
ttttctggttacagcttccctatgtcctttcttgtctgactgagcagttacatgacaaatgccttcaacataaaaaccctattaaatcctctcctgagcaaagcacatcagatgcattgcacataaggaagtcagtggagaatgtggcaactctgaagggaactaaacatgagaagtcaaagttttcaaccttaggcttg
caagcttgtagctattcgacattgcaaccgtcgtatggaggatctgatgtaatgccatcagaccaagtatctttgcgtgcaaatgccctagagaggatatcatggcatgaaaagttacgtggagaagaggcattgcaaaaacgagttcatgagcttgtagctgtgggggaacttgaagatgctgtgacattgttactttc
taccccacctgatagcccttatttttatgttgatgctctccgtgctgtcgccctttcatctgcggtttcctcagccttgcatgaacttgctgttaaggttgttgcagccaatttggtgggcactgacaaatccttgtccggaacacacttactttgtgctgttggccgttatcaagaagcctgttcacagcttcaagatg
caggctgttggacagatgcagcaacattagctgctactcacctccaaggatctgattatgccagGGTCTTGCAAAGGTGGGCTGATCATGCTCTTCACAATGATCATAACATTTGGAGGGCGATACTCTTGTATGTTGCTGCTGGTGCATTACATGAGGCTTTGGCAGTTCTTCGTGATGCACAAGAACCTGACACAGCA
GCCATGTTTCTACTAGCATGTCACGAAATCAAAATGAAGGTTACCTCCCAAAAGTCTGGAGTCGAATGTAGTGTATCACCAAAATCAGACAGTGGGGATCAAGGAAATGCCGACTCCTTGGATTTACCTGGTGATTTGAATAAACAAAAGGAAGATGTTTCAGCAGTTTGTGAGTATTATGGGCACTACCAAAGAACATT
GGTTCATCTGTGCACAGATTTGGCACCGGTTTTGGATTGAGCTCAAGTTTACACTAAAAATATAGGAGCATGGTTTGCGGGAGAATATCAGTCATTATTGTTTTCTCTGAGATTCCTCTACATGCTGACTTGCTGTCCTGATAGCTTTTGGAAGGTGCAAATGTTAACAATTGACAAGATTGTGCATTTCGAATGTTCTT
CAGTCCTACATATTCTGATGGATTGCAATACATTCATGCAGCTGTTATCACTGAATGTTTTGAAGGAGAAGCTTTGAAGCTTTTCACTCTTACAGCTATGATTGTGTAATTAGTCTGTCAACTTGCATTCTTAATTTGATTTAATTTAGTGACTTATTTGTACAAGAGATGGTCAAGAACTGAGTATTTTTTTCACCGAT
GGTGCGAAGATTTCATTTGGAGTTTGAGTGCTTGTACTTTATGGGTATATGTCAAGACAAGACAAAATTGAAAGCAATTGAGAGTAATTTCAGACATCTAGTGCTCATGAGTTCATGTAAATCACGGTTATAATAACTTGTCCAAACAAAGATTGATCACATGAAATACCAGATCTATCATATGTGATCTTGTCATGGCT
GTGAATAATACTGGAATTGGATATAGCATGGTAAACTATGGATAATTCATAATGTAAAGATTGTGTCTGGAGTGTTTGGCAGGGATCAGTGTTGGAGTATTAACACTTCAATACTTGGATTCAATATAAAATAAAGCGACTTTAATATGCTATTTGAACATTATAGAGTAATAAGGTGTTATTAATATTATATAATGGTA
GTTAGGTAGAGTAGGTATTGCAACCTAATATGGAACATAAAATGATTTTCCCTCGTTGTACAAAATTTC

Intron 2 GTCGACTATT ... ATAATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.12	45	38	36
A2	43.48	39	28	32
A3	48.61	37	32	38
A4	48.51	52	49	49
A5	42.37	17	16	9
A6	45.83	13	9	13
A7	45.74	51	40	46
A8	41.67	14	9	11
A9	47.37	20	19	17
A10	44.07	33	23	29

>TRINITY_DN101994_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

GTTGAATGGAATGGAATGGTAACAAAAACATAATTGTAGAGAAACAGTGCAATCCCATACCATAACATTCCTTCCATCTTCTAACACGAGTAGTCGAGTTGTAGTCGAGTTCTTGTGTGAGCCTGACCAGCAAAGTCAATAGCACCGGAACCTCCTTAACCGCCATTGTGCCAGATTATAGTAGATTCGCCTGCGGCCTG
ACTTTCCCCGGTTCATTCGTGAGAGCAATTCATCAAAAAAATAACTGACATTTGGAAGAGAAGAGATGGTAAAGGAGACGGGGACAGGGATTGCTATGGGAGCAGAGAGAATGCTAGCAGGCCCTCCAAGCAGAGAAAATGGGGGGTGTTCAGACTGCTGTTGGAAGGGATTATTGGCGCACGGCGCAGGAAGCAGCATC
GTGATAACGGAGGTGAGATCAATGCAGTTGGTATGTGTGTTGCCAATGCCACCACAGAGCACATCGCCTTTACTCCCCGCCCCTTTCGTAACTGCCCTCCAATGGAGTCCTCAGCCAATGCAGCGAGATCTCCTCCTCACGCAGGAACTGTCCACCGCGCATCTCCGCCTGGCTGTGGGGGATCGCCAGGGCCGGATTGC
CATCTGGGACGCACCATCCAGACAAGTCACCGATTGGATGGCTACGGGGACCGAGCTGGGTAATGGCATCCAAGATCTCTGTTGGCTGCAACAGAAGCACTCTAATCGTTGGCTTTTGATGGCAATTCACGGGTCTTCTCTCTTAGCGATTTGGAATGCACAGAGCGGGCGATGCATCTGGAAATACGACGCCTCTCCTG
ATATTTTGTTTTGCGTTCGTCGCGATCCCTTTGATTTCAGGCATGCCTGCGTTGTAGGGATGAAGGGCCTCCTTCTGTCGGTTAAAGTTACCGGTGATGGCAATGGCAGTGGCAATGGCGATGGAGAGAGTGATAATGGGATAACGGTGAAGGAGCACCAGCTTCAGCTCCAGGTTATTGTTACTGAAATTATAATAAGC
GGAGGTAATTCGAGCAGCAGCAGCAGCAATCAGTCCTCCTCATCTCCTCCATCTACAGCTCTGTCTCTCTTTCCTAATGTTACGGTAAAATGTATGTATTCGTCGAGATGGGCGCATATACTTTATGTTATGTTTCCAAGAGAGATTGTCATCTTTGATTTACAGTATGGAGCACCTCTCTCGGTCACTGGATTGCCCCG
TGGATATGCCAATTTTTTTGCTCTCATCGCGGACGTTGATGGTGATTTCCTCTATTGTGCTCATGCTGATGCCAAACTGAGCGTGTGGAAGAGGGAAGAAGGAAAGCAGATTTATGTGTTATGCATGATGGAAGCATTGATTCCATCCATGGGCACGTCAGTGCCTTCACCAACAATACTTGCTGTTTCTCATTGCTCTT
CAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTTCCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTGAGCTGCCA
GGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCGGATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATTGGGCAGCT
TCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCCATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGCTGTCCGGG
GTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTCTTACACTCAGGTGAATGAAAAAGGTGGAGGTTATATCAATAGACTTGCAATAACATGTGTGCGGAGTGGGATCACCCGTTTTTTCCGTGTCTTGCAAAAGCCGGAGAAGGCTCCAATGCGAGCTCTTCGGGCATCTCCATCAGGAAGGTATCTCCTCATT
TTATTCCGGGAAGCTCCTGTGGAGGTGTGGGCGATGACTAGAAATCCACAGATGCTTAGGTCACTAGCACTTCCTTTCACTGTGATGGAGTGGGCTTTGCCACCTGTACCAAAGCCACCACAAAAAGGATTTTCCCGGCAACCATCCTTTTTTTCTAAAGAACGTCCAACTATTGCTTCGACAGTAGCAGCAGCCAGTGC
ACAGTCAACTTCTGACTCAAAGTCAACTTCCCTAGAGGGTTCAGCCGAAGAAACAGCTGAGAGTTTTGCATTTGCATTAGTTAATGGATCTCATGGGGTTTTTGAGGTTCGTGGCCGGAGGGTTAGAGATTTCAGACCCAAGTGGCCCTCATCATCTTTTGCTTCTTCAGATGTACTAGTCACAGCAATGGCCTATCGGA
TGCCACATGTGGTAATGGGAGACCGGCAGGGAAACATACGTTGGTGGGATGTAACAAGTGGACTTTCTTCATCATTTAACTCTCACAAGGGAGGGATACGCCGGATCAAATTTGCTCCTGTTGTGCTTGGGGATGATAGTCGAGGTCGAGTAGCTGTTCTTTTTAATGACAATACTTTTTCAATATTTGATTTGGATACA
CAAGACCCATTGGCGAATGCTATTCTGCAACCCCAATTTGCTGGAATCCTAGTCCTTGAGCTTGATTGGTTTCCATTGCGAGTTGATAAGAAGGAACCATTACTCCTTTGCATTGCAGGCGCAGACAGTAGCTTTCGTCTCCTGGAGGTTAATACTCAAGGAAACAAGCCAGTTCAATTACTGGAGGGGAAGGCTGTAAT
GAATAGATTTCGGCCAATGCCTTTGTGCTCACCAGTCTTGCTTCCTCCTCCACATGCATTGGCTCTGCGTATGCTATTGCAATGGGGTGTCCAACCTTCCTGGTTTGATGTTCACAAATTATCCAGAGACACTGAGCATCTTATACATGCACCTGGAATGCCTTCAACCATAGATAAAAGAGATTTTCGACACTACATGC
TGGATACATCCTTTCCCTTGATTGGTGATACAGTTGTTCCAGAATTGTTACTGAAAATATTAGAACCTTATCGAAAGGCAGGGCAAAGACATATGCAGCTTTGCTGCATAAAGGCTGTACAGCAAGATTTGCTTTTGCTGCTGCACAGTTTGGGGACTTCTCAGAAGCCCTTTTCTGGTTACAGCTTCCCTATGTCCTTT
CTTGTCTGACTGAGCAGTTACATGACAAATGCCTTCAACATAAAAACCCTATTAAATCCTCTCCTGAGCAAAGCACATCAGATGCATTGCACATAAGGAAGTCAGTGGAGAATGTGGCAACTCTGAAGGGAACTAAACATGAGAAGTCAAAGTTTTCAACCTTAGGCTTGCAAGCTTGTAGCTATTCGACATTGCAACCG
TCGTATGGAGGATCTGATGTAATGCCATCAGACCAAGTATCTTTGCGTGCAAATGCCCTAGAGAGGATATCATGGCATGAAAAGTTACGTGGAGAAGAGGCATTGCAAAAACGAGTTCATGAGCTTGTAGCTGTGGGGGAACTTGAAGATGCTGTGACATTGTTACTTTCTACCCCACCTGATAGCCCTTATTTTTATGT
TGATGCTCTCCGTGCTGTCGCCCTTTCATCTGCGGTTTCCTCAGCCTTGCATGAACTTGCTGTTAAGGTTGTTGCAGCCAATTTGGTGGGCACTGACAAATCCTTGTCCGGAACACACTTACTTTGTGCTGTTGGCCGTTATCAAGAAGCCTGTTCACAGCTTCAAGATGCAGGCTGTTGGACAGATGCAGCAACATTAG
CTGCTACTCACCTCCAAGGATCTGATTATGCCAGGGTCTTGCAAAGGTGGGCTGATCATGCTCTTCACAATGATCATAACATTTGGAGGGCGATACTCTTGTATGTTGCTGCTGGTGCATTACATGAGGCTTTGGCAGTTCTTCGTGATGCACAAGAACCTGACACAGCAGCCATGTTTCTACTAGCATGTCACGAAATC
AAAATGAAGGTTACCTCCCAAAAGTCTGGAGTCGAATGTAGTGTATCACCAAAATCAGACAGTGGGGATCAAGGAAATGCCGACTCCTTGGATTTACCTGGTGATTTGAATAAACAAAAGGAAGATGTTTCAGCAGTTTGTGAGTATTATGGGCACTACCAAAGAACATTGGTTCATCTGTGCACAGATTTGGCACCGGT
TTTGGATTGAGCTCAAGTTTACACTAAAAATATAGGAGCATGGTTTGCGGGAGAATATCAGTCATTATTGTTTTCTCTGAGATTCCTCTACATGCTGACTTGCTGTCCTGATAGCTTTTGGAAGGTGCAAATGTTAACAATTGACAAGATTGTGCATTTCGAATGTTCTTCAGTCCTACATATTCTGATGGATTGCAATA
CATTCATGCAGCTGTTATCACTGAATGTTTTGAAGGAGAAGCTTTGAAGCTTTTCACTCTTACAGCTATGATTGTGTAATTAGTCTGTCAACTTGCATTCTTAATTTGATTTAATTTAGTGACTTATTTGTACAAGAGATGGTCAAGAACTGAGTATTTTTTTCACCGATGGTGCGAAGATTTCATTTGGAGTTTGAGTG
CTTGTACTTTATGGGTATATGTCAAGACAAGACAAAATTGAAAGCAATTGAGAGTAATTTCAGACATCTAGTGCTCATGAGTTCATGTAAATCACGGTTATAATAACTTGTCCAAACAAAGATTGATCACATGAAATACCAGATCTATCATATGTGATCTTGTCATGGCTGTGAATAATACTGGAATTGGATATAGCATG
GTAAACTATGGATAATTCATAATGTAAAGATTGTGTCTGGAGTGTTTGGCAGGGATCAGTGTTGGAGTATTAACACTTCAATACTTGGATTCAATATAAAATAAAGCGAC

>TRINITY_DN101994_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GTTGAATGGAATGGAATGGTAACAAAAACATAATTGTAGAGAAACAGTGCAATCCCATACCATAACATTCCTTCCATCTTCTAACACGAGTAGTCGAGTTGTAGTCGAGTTCTTGTGTGAGCCTGACCAGCAAAGTCAATAGCACCGGAACCTCCTTAACCGCCATTGTGCCAGATTATAGTAGATTCGCCTGCGGCCTG
ACTTTCCCCGGTTCATTCGTGAGAGCAATTCATCAAAAAAATAACTGACATTTGGAAGAGAAGAGATGGTAAAGGAGACGGGGACAGGGATTGCTATGGGAGCAGAGAGAATGCTAGCAGGCCCTCCAAGCAGAGAAAATGGGGGGTGTTCAGACTGCTGTTGGAAGGGATTATTGGCGCACGGCGCAGGAAGCAGCATC
GTGATAACGGAGGTGAGATCAATGCAGTTGGTATGTGTGTTGCCAATGCCACCACAGAGCACATCGCCTTTACTCCCCGCCCCTTTCGTAACTGCCCTCCAATGGAGTCCTCAGCCAATGCAGCGAGATCTCCTCCTCACGCAGGAACTGTCCACCGCGCATCTCCGCCTGGCTGTGGGGGATCGCCAGGGCCGGATTGC
CATCTGGGACGCACCATCCAGACAAGTCACCGATTGGATGGCTACGGGGACCGAGCTGGGTAATGGCATCCAAGATCTCTGTTGGCTGCAACAGAAGCACTCTAATCGTTGGCTTTTGATGGCAATTCACGGGTCTTCTCTCTTAGCGATTTGGAATGCACAGAGCGGGCGATGCATCTGGAAATACGACGCCTCTCCTG
ATATTTTGTTTTGCGTTCGTCGCGATCCCTTTGATTTCAGGCATGCCTGCGTTGTAGGGATGAAGGGCCTCCTTCTGTCGGTTAAAGTTACCGGTGATGGCAATGGCAGTGGCAATGGCGATGGAGAGAGTGATAATGGGATAACGGTGAAGGAGCACCAGCTTCAGCTCCAGGTTATTGTTACTGAAATTATAATAAGC
GGAGGTAATTCGAGCAGCAGCAGCAGCAATCAGTCCTCCTCATCTCCTCCATCTACAGCTCTGTCTCTCTTTCCTAATGTTACGGTAAAATGTATGTATTCGTCGAGATGGGCGCATATACTTTATGTTATGTTTCCAAGAGAGATTGTCATCTTTGATTTACAGTATGGAGCACCTCTCTCGGTCACTGGATTGCCCCG
TGGATATGCCAATTTTTTTGCTCTCATCGCGGACGTTGATGGTGATTTCCTCTATTGTGCTCATGCTGATGCCAAACTGAGCGTGTGGAAGAGGGAAGAAGGAAAGCAGATTTATGTGTTATGCATGATGGAAGCATTGATTCCATCCATGGGCACGTCAGTGCCTTCACCAACAATACTTGCTGTTTCTCATTGCTCTT
CAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTTCCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTGAGCTGCCA
GGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCGGATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATTGGGCAGCT
TCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCCATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGCTGTCCGGG
GTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTCTTACACTCAGGTGAATGAAAAAGGTGGAGGTTATATCAATAGACTTGCAATAACATGTGTGCGGAGTGGGATCACCCGTTTTTTCCGTGTCTTGCAAAAGCCGGAGAAGGCTCCAATGCGAGCTCTTCGGGCATCTCCATCAGGAAGGTATCTCCTCATT
TTATTCCGGGAAGCTCCTGTGGAGGTGTGGGCGATGACTAGAAATCCACAGATGCTTAGGTCACTAGCACTTCCTTTCACTGTGATGGAGTGGGCTTTGCCACCTGTACCAAAGCCACCACAAAAAGGATTTTCCCGGCAACCATCCTTTTTTTCTAAAGAACGTCCAACTATTGCTTCGACAGTAGCAGCAGCCAGTGC
ACAGTCAACTTCTGACTCAAAGTCAACTTCCCTAGAGGGTTCAGCCGAAGAAACAGCTGAGAGTTTTGCATTTGCATTAGTTAATGGATCTCATGGGGTTTTTGAGGTTCGTGGCCGGAGGGTTAGAGATTTCAGACCCAAGTGGCCCTCATCATCTTTTGCTTCTTCAGATGTACTAGTCACAGCAATGGCCTATCGGA
TGCCACATGTGGTAATGGGAGACCGGCAGGGAAACATACGTTGGTGGGATGTAACAAGTGGACTTTCTTCATCATTTAACTCTCACAAGGGAGGGATACGCCGGATCAAATTTGCTCCTGTTGTGCTTGGGGATGATAGTCGAGGTCGAGTAGCTGTTCTTTTTAATGACAATACTTTTTCAATATTTGATTTGGATACA
CAAGACCCATTGGCGAATGCTATTCTGCAACCCCAATTTGCTGGAATCCTAGTCCTTGAGCTTGATTGGTTTCCATTGCGAGTTGATAAGAAGGAACCATTACTCCTTTGCATTGCAGGCGCAGACAGTAGCTTTCGTCTCCTGGAGGTTAATACTCAAGGAAACAAGCCAGTTCAATTACTGGAGGGGAAGGCTGTAAT
GAATAGATTTCGGCCAATGCCTTTGTGCTCACCAGTCTTGCTTCCTCCTCCACATGCATTGGCTCTGCGTATGCTATTGCAATGGGGTGTCCAACCTTCCTGGTTTGATGTTCACAAATTATCCAGAGACACTGAGCATCTTATACATGCACCTGGAATGCCTTCAACCATAGATAAAAGAGATTTTCGACACTACATGC
TGGATACATCCTTTCCCTTGATTGGTGATACAGTTGTTCCAGAATTGTTACTGAAAATATTAGAACCTTATCGAAAGGCAGgtcgactattggataatgacagGGCAAAGACATATGCAGCTTTGCTGCATAAAGGCTGTACAGCAAGATTTGCTTTTGCTGCTGCACAGTTTGGGGACTTCTCAGAAGCCCTTTTCTGG
TTACAGCTTCCCTATGTCCTTTCTTGTCTGACTGAGCAGTTACATGACAAATGCCTTCAACATAAAAACCCTATTAAATCCTCTCCTGAGCAAAGCACATCAGATGCATTGCACATAAGGAAGTCAGTGGAGAATGTGGCAACTCTGAAGGGAACTAAACATGAGAAGTCAAAGTTTTCAACCTTAGGCTTGCAAGCTTG
TAGCTATTCGACATTGCAACCGTCGTATGGAGGATCTGATGTAATGCCATCAGACCAAGTATCTTTGCGTGCAAATGCCCTAGAGAGGATATCATGGCATGAAAAGTTACGTGGAGAAGAGGCATTGCAAAAACGAGTTCATGAGCTTGTAGCTGTGGGGGAACTTGAAGATGCTGTGACATTGTTACTTTCTACCCCAC
CTGATAGCCCTTATTTTTATGTTGATGCTCTCCGTGCTGTCGCCCTTTCATCTGCGGTTTCCTCAGCCTTGCATGAACTTGCTGTTAAGGTTGTTGCAGCCAATTTGGTGGGCACTGACAAATCCTTGTCCGGAACACACTTACTTTGTGCTGTTGGCCGTTATCAAGAAGCCTGTTCACAGCTTCAAGATGCAGGCTGT
TGGACAGATGCAGCAACATTAGCTGCTACTCACCTCCAAGGATCTGATTATGCCAGGGTCTTGCAAAGGTGGGCTGATCATGCTCTTCACAATGATCATAACATTTGGAGGGCGATACTCTTGTATGTTGCTGCTGGTGCATTACATGAGGCTTTGGCAGTTCTTCGTGATGCACAAGAACCTGACACAGCAGCCATGTT
TCTACTAGCATGTCACGAAATCAAAATGAAGGTTACCTCCCAAAAGTCTGGAGTCGAATGTAGTGTATCACCAAAATCAGACAGTGGGGATCAAGGAAATGCCGACTCCTTGGATTTACCTGGTGATTTGAATAAACAAAAGGAAGATGTTTCAGCAGTTTGTGAGTATTATGGGCACTACCAAAGAACATTGGTTCATC
TGTGCACAGATTTGGCACCGGTTTTGGATTGAGCTCAAGTTTACACTAAAAATATAGGAGCATGGTTTGCGGGAGAATATCAGTCATTATTGTTTTCTCTGAGATTCCTCTACATGCTGACTTGCTGTCCTGATAGCTTTTGGAAGGTGCAAATGTTAACAATTGACAAGATTGTGCATTTCGAATGTTCTTCAGTCCTA
CATATTCTGATGGATTGCAATACATTCATGCAGCTGTTATCACTGAATGTTTTGAAGGAGAAGCTTTGAAGCTTTTCACTCTTACAGCTATGATTGTGTAATTAGTCTGTCAACTTGCATTCTTAATTTGATTTAATTTAGTGACTTATTTGTACAAGAGATGGTCAAGAACTGAGTATTTTTTTCACCGATGGTGCGAA
GATTTCATTTGGAGTTTGAGTGCTTGTACTTTATGGGTATATGTCAAGACAAGACAAAATTGAAAGCAATTGAGAGTAATTTCAGACATCTAGTGCTCATGAGTTCATGTAAATCACGGTTATAATAACTTGTCCAAACAAAGATTGATCACATGAAATACCAGATCTATCATATGTGATCTTGTCATGGCTGTGAATAA
TACTGGAATTGGATATAGCATGGTAAACTATGGATAATTCATAATGTAAAGATTGTGTCTGGAGTGTTTGGCAGGGATCAGTGTTGGAGTATTAACACTTCAATACTTGGATTCAATATAAAATAAAGCGAC

Intron 3 GTGAGTAACA ... CAATCTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A7	21.05	30	4	8
A8	0	3	0.5	0
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A10	33.33	22	3.5	11

>TRINITY_DN126318_c3_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

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CCTGACTTTCCCCGGTTCATTCGTGAGAGCAATTCATCAAAAAAATAACTGACATTTGGAAGAGAAGAGATGGTAAAGGAGACGGGGACAGGGATTGCTATGGGAGCAGAGAGAATGCTAGCAGGCCCTCCAAGCAGAGAAAATGGGGGGTGTTCAGACTGCTGTTGGAAGGGATTATTGGCGCACGGCGCAGGAAGCAG
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TTGCCATCTGGGACGCACCATCCAGACAAGTCACCGATTGGATGGCTACGGGGACCGAGCTGGGTAATGGCATCCAAGATCTCTGTTGGCTGCAACAGAAGCACTCTAATCGTTGGCTTTTGATGGCAATTCACGGGTCTTCTCTCTTAGCGATTTGGAATGCACAGAGCGGGCGATGCATCTGGAAATACGACGCCTCT
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TCTTCAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTTCCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTGAGCT
GCCAGGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCGGATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATTGGGC
AGCTTCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCCATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGCTGTC
CGGGGTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTCTTACACTCAGGTGAATGAAAAAGGTGGAGGTTATATCAATAGACTTGCAATAACATGTGTGCGGAGTGGGATCACCCGTTTTTTCCGTGTCTTGCAAAAGCCGGAGAAGGCTCCAATGCGAGCTCTTCGGGCATCTCCATCAGGAAGGTATCTCCT
CATTTTATTCCGGGAAGCTCCTGTGGAGGTGTGGGCGATGACTAGAAATCCACAGATGCTTAGGTCACTAGCACTTCCTTTCACTGTGATGGAGTGGGCTTTGCCACCTGTACCAAAGCCACCACAAAAAGGATTTTCCCGGCAACCATCCTTTTTTTCTAAAGAACGTCCAACTATTGCTTCGACAGTAGCAGCAGCCA
GTGCACAGTCAACTTCTGACTCAAAGTCAACTTCCCTAGAGGGTTCAGCCGAAGAAACAGCTGAGAGTTTTGCATTTGCATTAGTTAATGGATCTCATGGGGTTTTTGAGGTTCGTGGCCGGAGGGTTAGAGATTTCAGACCCAAGTGGCCCTCATCATCTTTTGCTTCTTCAGATGTACTAGTCACAGCAATGGCCTAT
CGGATGCCACATGTGGTAATGGGAGACCGGCAGGGAAACATACGTTGGTGGGATGTAACAAGTGGACTTTCTTCATCATTTAACTCTCACAAGGGAGGGATACGCCGGATCAAATTTGCTCCTGTTGTGCTTGGGGATGATAGTCGAGGTCGAGTAGCTGTTCTTTTTAATGACAATACTTTTTCAATATTTGATTTGGA
TACACAAGACCCATTGGCGAATGCTATTCTGCAACCCCAATTTGCTGGAATCCTAGTCCTTGAGCTTGATTGGTTTCCATTGCGAGTTGATAAGAAGGAACCATTACTCCTTTGCATTGCAGGCGCAGACAGTAGCTTTCGTCTCCTGGAGGTTAATACGTATGTATATACTATATAGCTGTTGATGCAATGAGATATGT
AATTTTTCTTGCCCTCAAAATTTGTGCTGTTTACTTCTTGTGCTTTTCCTGAGGACTATCCTCATGGGATTTGGATAAAGGAATTGTCTAAACATTACATGTTTTGGACTGATTTTGGTTGTATATTGACCTTTTTGGTTGTACATTGACCAATTTTGGTTGTATGTGGGTCCATATCATAGAATATTTAGATTGCTACT
TAAATGCTTTGTGGTTAACATATTTAATGAGAATATATATTGTTGATTCTGGTCTGCTGCCAC

>TRINITY_DN126318_c3_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAGAGTTGAATGGAATGGAATGGTAACAAAAACATAATTGTAGAGAAACAGTGCAATCCCATACCATAACATTCCTTCCATCTTCTAACACGAGTAGTCGAGTTGTAGTCGAGTTCTTGTGTGAGCCTGACCAGCAAAGTCAATAGCACCGGAACCTCCTTAACCGCCATTGTGCCAGATTATAGTAGATTCGCCTGCGG
CCTGACTTTCCCCGGTTCATTCGTGAGAGCAATTCATCAAAAAAATAACTGACATTTGGAAGAGAAGAGATGGTAAAGGAGACGGGGACAGGGATTGCTATGGGAGCAGAGAGAATGCTAGCAGGCCCTCCAAGCAGAGAAAATGGGGGGTGTTCAGACTGCTGTTGGAAGGGATTATTGGCGCACGGCGCAGGAAGCAG
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TTGCCATCTGGGACGCACCATCCAGACAAGTCACCGATTGGATGGCTACGGGGACCGAGCTGGGTAATGGCATCCAAGATCTCTGTTGGCTGCAACAGAAGCACTCTAATCGTTGGCTTTTGATGGCAATTCACGGGTCTTCTCTCTTAGCGATTTGGAATGCACAGAGCGGGCGATGCATCTGGAAATACGACGCCTCT
CCTGATATTTTGTTTTGCGTTCGTCGCGATCCCTTTGATTTCAGGCATGCCTGCGTTGTAGGGATGAAGGGCCTCCTTCTGTCGGTTAAAGTTACCGGTGATGGCAATGGCAGTGGCAATGGCGATGGAGAGAGTGATAATGGGATAACGGTGAAGGAGCACCAGCTTCAGCTCCAGGTTATTGTTACTGAAATTATAAT
AAGCGGAGGTAATTCGAGCAGCAGCAGCAGCAATCAGTCCTCCTCATCTCCTCCATCTACAGCTCTGTCTCTCTTTCCTAATGTTACGGTAAAATGTATGTATTCGTCGAGATGGGCGCATATACTTTATGTTATGTTTCCAAGAGAGATTGTCATCTTTGATTTACAGTATGGAGCACCTCTCTCGGTCACTGGATTGC
CCCGTGGATATGCCAATTTTTTTGCTCTCATCGCGGACGTTGATGGTGATTTCCTCTATTGTGCTCATGCTGATGCCAAACTGAGCGTGTGGAAGAGGGAAGAAGGAAAGCAGATTTATGTGTTATGCATGATGGAAGCATTGATTCCATCCATGGGCACGTCAGTGCCTTCACCAACAATACTTGCTGTTTCTCATTGC
TCTTCAGAGTTCGAAATAGAGAAAGTTAGCGAAATTTGTTCAGAGGAAGCACCTGGTGTAAAGCTCTTTGAGGTGCCTACTTATACAGAGAACTCTGCTTCTTCCATGCTATCTAGGCAATCAGTTCTTGTCTTGAAGACAGCTATCATCTCTATTTCTGATGATGGAAAAGTGTGGAACTGGTTATTAACTGCTGAGCT
GCCAGGAGATGCACATGATCAAGTAATGAATCAGACTATCTGTGAAGATGTCAATCAAGAGAATGAGAGGGAATCAGGGGCACCTGCATTATATATAGCAGCGGATGGCCATGAAGAGGAAGAAAATAAAATTCCAAAGCCATTACACACAGCTGTGCTCACAAGGGATGAACCAGTACTTAAGCTTAAATTGATTGGGC
AGCTTCATCTTCTTTCATCTACTATAACTACATTGGCAGTGCCAGCTCCTTCCTTGACTGCCACTTTGACAGgtgagtaacacagtactcctgatttgtttctatcatgcctttttcattgtggaatattagaatgttttttcttaaagattttctgtctctgctacattatctagggtttacccttttgggttcactcc
ctattaggtctgaaatatgaatttttcatgtttcttgttttaggagatgctctaggcactccctcattgccgttgttagttgtacttttgagtcccattgacctactttggtcgctcatggatattaacataatttctttcttctttctctcaaaactgttcttacaatttcaatatgctgacaaaatgatgtaaaaata
caaacaacaatacttgtccaatcttaagGAGGAGGCAATGGTCCAGCAGTTGCAGTTCCATTAGTAGCTTTGGCTACTCAGGGTGGTTGTATAGAGGTCGTTGATGTGGCAGCCAATGCAGTTGCAATGTCATTTGCTGTACACAACAGTGCTGTCCGGGGTTTACGCTGGCTTGGAAACTCTAGGCTGGTTTCATTCTC
TTACACTCAGGTACCTGATATTTCATTTGCTTAACATTGTGAAAAATTTCTACTCCTTTCTGTTTTCTATTCTTATATCTGTC