sp|Q9LRZ5|PLDZ1_ARATH ----> Phospholipase D zeta 1
Intron 1 GTCAACTTTC ... GAGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.25 | 24 | 15 | 10 |
| A2 | 24.05 | 30 | 10 | 9 |
| A3 | 24.39 | 31 | 8 | 12 |
| A4 | 21.13 | 28 | 10 | 5 |
| A5 | 25.71 | 26 | 7 | 11 |
| A6 | 35.48 | 10 | 2 | 9 |
| A7 | 20 | 14 | 4 | 3 |
| A8 | 19.05 | 17 | 4 | 4 |
| A9 | 30.43 | 8 | 3 | 4 |
| A10 | 16 | 21 | 3 | 5 |
>TRINITY_DN115857_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGTCATTGTTGAAATCATTGTTTGATTTTATATTGTGATTGTCAATATGCATCATACTTGCTTAGAATGTATAAATACTGAGTTTCCAGTCAAGAATTTTAAATTACAATATTGAATGGGTTATGTGGTTTCTGCAATTCAGGGAATCAGAACCTAACTCTTGGGAGGAAACATTGAAGGATGAGTTGGACCGTCAAAAAT
TCCCTCGCATGCCATGGCATGATGTACACTGTGCACTCTGGGGTCCACCATGTCGTGATGTAGCAAGGCACTTTGTTCAGCGGTGGAATTATGCAAAGAGAAACAAGGCACCACATGAACAAGCTATTCCCCTACTTATGCCTCAGCATCACATGGTTATTCCACATTATCTGTCAGGGCAAGAGAAAAGAGATGTACTG
AGGGAGGATCAGGACGAAGTGTACGAAGAAATCAAGAAGCAAAGATCATTTTCTACAGAGTCATCATTCGAAGACATTCCTTTATTTATTCCTCGAGATGATAGCGAACATGATAGGACTGCATGCCATCCAAAACTGAATGGACTAGACAAGACTGTTCTTCCTTTCTTTCGCTCAAGGTCAAATATTGAAGCTTGCTT
CACAGAGACACAGATGAAAGATTTTGTTGATGATCATGACATAGAATGTTCTCAGGAAAGGAAGCCTGAAGAAAGAGTATTACAATTGAAACCGAATCTTTCTGCGAAGGAATGGTGGGAGATGCAGGAAAGGGATGGACAGTTAGTTAGCACAGAAGAAGTTGGTCAAGTTGGCCCTCGGACCGCTTGCCGTTGCCAGG
T
>TRINITY_DN115857_c0_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTTTTAACAGATTTATGTTCTCTCTGCACAAACCTATTTAAGGACTACAAGGCACTAAGGATAGTCATCAAGGGCCCATGCCCATCTGTTGGGGGCATAGTCTAGCTACTTGTCTAGGCTATGTCCTATAATGGTAGATTGATAATATGGCTCTGATATTTGGAGTGGGGTCTACTGGGAGTAATTTGCTTACAATATAG
TTTTAACTTTCATTAATAGTGAAGGACTGTCTGCAGAGATAATTCATGACTAGTTCATCACATTCCTGTAGTTGAGTTAGTGAGCATGCTTCTCATTTGAACCCCCATAATTATCTTTATTTTCATTGTGCTCATGTTTCCATTTTGAGGACTGGGGTGCTGACACCTCTCTGCCTTCCTCTCTACTTGCCCTCTTCAGC
TCCCTCTCTCTTTGCTTTTTCTTTAGATTGTAGTTTTCGTATGCCCTTTATTTTTGGAAGAATGTTTTGTAAATTGATTAACAAATTCCATAAATGTTTTGCAGAATCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAG
AAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGCAGTATCGGACAATATGTAGAGGAAAACATTCGTTATTAGAAAATCTTGAGCATATATTGGGTGCCAAAGTGTGCAACTATGTTTCCTTTTATGGACT
CAGGAGTTACGGCAGGCTATGTGAAGGTGGTCCATTGGCCACCAGCCAGATATATGTGCACAGCAAAGTAATGATAGTTGATGACCGTGCTGTATTGATTGGATCAGCTAACATAAATGACAGAAGTTTGCTGGGATCTAGAGATTCTGAGATAGTCGTTCTTGTGGAAGACAATGAGTACGTGGATTCATATATGAACC
AACAACCTTGGAAAGCTGGCAGATTTGCTCATAGTCTTCGATTATCACTTTGGGCAGAACACCTTGGTCTTCGTGGTCTGGAGGTATGGGCTGTGCTAAAACCTGGGTTCCTGGCATTTTTGGCAGATCCCTTTGATGCCACTCTTTTGGATATTATTATCTTTGATGTTCTCTCCCCTTCAGATGGAAATGGAGAAGGC
CAGATACTTCTAGCGAAATTGACCAAAGAGCGTAATCCTTTGCGTTTTGGATATACGGTAACGTGTGGTAACAGGACTGTGAAAATTAGAACCAAAGGATCTGGTAAAACTCGTGATTGGGTGGCAGCAATTAATGATGCAGGGTTACGGCCTCCTGAAGGATGGTGTCATCCTCATCGTTTTGGATCCTTTGCCCCACC
AAGAGGTTTGACTGCTGATGGCAGTGAAGTTCAGTGGTTTATTGATGGGAAAACTGCATTTGAAGCTATTGCTTCGGCAATTGAAGAAGCTAAGTCTGAGATATTCATAGCAAGTTGGTGGATATGTCCAGAGCTATATTTGCGTCGCCCATATGATGTTAATGCTTCTTCTCGCCTGGATGCTTTGCTGGAAGCTAAAG
CAAAGCAAGGCGTGCAGATATATGTGCTTATGTACAAGGAAGTTACTATTGCATTAAAGATAAACAGTCTATACAGCAAACGCCGTCTTCTCAATATTCATGAGAATGTGAAGGTGCTAAGATATCCTGATCATTTCTCGTCTGGTGTATATCTCTGGTCACACCATGAGAAGATTGTGATTGTCGATTATCAAATCTGT
TTCTTAGGAGGGTTGGATTTATGTTTTGGTCGATACGACACACCTGAACATACTTTGGGTGATTATCCTCCTAAAATATGGCCTGGAAAAGATTACTATAATCCCAGGGAATCAGAACCTAACTCTTGGGAGGAAACATTGAAGGATGAGTTGGACCGTCAAAAATTCCCTCGCATGCCATGGCATGATGTACACTGTGC
ACTCTGGGGTCCACCATGTCGTGATGTAGCAAGGCACTTTGTTCAGCGGTGGAATTATGCAAAGgtcaactttcagttcctcttagtgattgcatatagtttccatattttgctttcattttaatcttgttttaagttgctgaagttatcacagaacttttcttactgtgttggagattgcagAGAAACAAGGCACCACA
TGAACAAGCTATTCCCCTACTTATGCCTCAGCATCACATGGTTATTCCACATTATCTGTCAGGGCAAGAGAAAAGAGATGTACTGAGGGAGGATCAGGACGAAGTGTACGAAGAAATCAAGAAGCAAAGATCATTTTCTACAGAGTCATCATTCGAAGACATTCCTTTATTTATTCCTCGAGATGATAGCGAACATGATA
GGACTGCATGCCATCCAAAACTGAATGGACTAGACAAGACTGTTCTTCCTTTCTTTCGCTCAAGGTCAAATATTGAAGCTTGCTTCACAGAGACACAGATGAAAGATTTTGTTGATGATCATGACATAGAATGTTCTCAGGAAAGGAAGCCTGAAGAAAGAGTATTACAATTGAAACCGAATCTTTCTGCGAAGGAATGG
TGGGAGATGCAGGAAAGGGATGGACAGTTAGTTAGCACAGAAGAAGTTGGTCAAGTTGGCCCTCGGACCGCTTGCCGTTGCCAGGTGTTAAGGAGTGTCAGTCAATGGTCGGCAGGTACAAGTCAGCTTGAAGAGACCAGTATTCATGCAGCTTACTGTTCACTTATTGAAAAAGCAGAGCATTTCATATATATAGAGAA
TCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAGAAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGCAGT
ATCGGACAATATGTAGAGGAAAA
Intron 2 GTCAGCTTTA ... GTCACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.62 | 29 | 11 | 5 |
| A2 | 42.86 | 10 | 11 | 4 |
| A3 | 40.74 | 8 | 7 | 4 |
| A4 | 26.15 | 24 | 6 | 11 |
| A5 | 24 | 19 | 5 | 7 |
| A6 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A7 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A8 | 0 | 3 | 0 | 0 |
| A9 | 27.27 | 4 | 1 | 2 |
| A10 | 12.5 | 7 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN115857_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformGTTTTAACAGATTTATGTTCTCTCTGCACAAACCTATTTAAGGACTACAAGGCACTAAGGATAGTCATCAAGGGCCCATGCCCATCTGTTGGGGGCATAGTCTAGCTACTTGTCTAGGCTATGTCCTATAATGGTAGATTGATAATATGGCTCTGATATTTGGAGTGGGGTCTACTGGGAGTAATTTGCTTACAATATAG
TTTTAACTTTCATTAATAGTGAAGGACTGTCTGCAGAGATAATTCATGACTAGTTCATCACATTCCTGTAGTTGAGTTAGTGAGCATGCTTCTCATTTGAACCCCCATAATTATCTTTATTTTCATTGTGCTCATGTTTCCATTTTGAGGACTGGGGTGCTGACACCTCTCTGCCTTCCTCTCTACTTGCCCTCTTCAGC
TCCCTCTCTCTTTGCTTTTTCTTTAGATTGTAGTTTTCGTATGCCCTTTATTTTTGGAAGAATGTTTTGTAAATTGATTAACAAATTCCATAAATGTTTTGCAGAATCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAG
AAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGCAGTATCGGACAATATGTAGAGGAAAACATTCGTTATTAGAAAATCTTGAGCATATATTGGGTGCCAAAGTGTGCAACTATGTTTCCTTTTATGGACT
CAGGAGTTACGGCAGGCTATGTGAAGGTGGTCCATTGGCCACCAGCCAGATATATGTGCACAGCAAAGTAATGATAGTTGATGACCGTGCTGTATTGATTGGATCAGCTAACATAAATGACAGAAGTTTGCTGGGATCTAGAGATTCTGAGATAGTCGTTCTTGTGGAAGACAATGAGTACGTGGATTCATATATGAACC
AACAACCTTGGAAAGCTGGCAGATTTGCTCATAGTCTTCGATTATCACTTTGGGCAGAACACCTTGGTCTTCGTGGTCTGGAGGTATGGGCTGTGCTAAAACCTGGGTTCCTGGCATTTTTGGCAGATCCCTTTGATGCCACTCTTTTGGATATTATTATCTTTGATGTTCTCTCCCCTTCAGATGGAAATGGAGAAGGC
CAGATACTTCTAGCGAAATTGACCAAAGAGCGTAATCCTTTGCGTTTTGGATATACGGTAACGTGTGGTAACAGGACTGTGAAAATTAGAACCAAAGGATCTGGTAAAACTCGTGATTGGGTGGCAGCAATTAATGATGCAGGGTTACGGCCTCCTGAAGGATGGTGTCATCCTCATCGTTTTGGATCCTTTGCCCCACC
AAGAGGTTTGACTGCTGATGGCAGTGAAGTTCAGTGGTTTATTGATGGGAAAACTGCATTTGAAGCTATTGCTTCGGCAATTGAAGAAGCTAAGTCTGAGATATTCATAGCAAGTTGGTGGATATGTCCAGAGCTATATTTGCGTCGCCCATATGATGTTAATGCTTCTTCTCGCCTGGATGCTTTGCTGGAAGCTAAAG
CAAAGCAAGGCGTGCAGATATATGTGCTTATGTACAAGGAAGTTACTATTGCATTAAAGATAAACAGTCTATACAGCAAACGCCGTCTTCTCAATATTCATGAGAATGTGAAGGTGCTAAGATATCCTGATCATTTCTCGTCTGGTGTATATCTCTGGTCACACCATGAGAAGATTGTGATTGTCGATTATCAAATCTGT
TTCTTAGGAGGGTTGGATTTATGTTTTGGTCGATACGACACACCTGAACATACTTTGGGTGATTATCCTCCTAAAATATGGCCTGGAAAAGATTACTATAATCCCAGGGAATCAGAACCTAACTCTTGGGAGGAAACATTGAAGGATGAGTTGGACCGTCAAAAATTCCCTCGCATGCCATGGCATGATGTACACTGTGC
ACTCTGGGGTCCACCATGTCGTGATGTAGCAAGGCACTTTGTTCAGCGGTGGAATTATGCAAAGGTCAACTTTCAGTTCCTCTTAGTGATTGCATATAGTTTCCATATTTTGCTTTCATTTTAATCTTGTTTTAAGTTGCTGAAGTTATCACAGAACTTTTCTTACTGTGTTGGAGATTGCAGAGAAACAAGGCACCACA
TGAACAAGCTATTCCCCTACTTATGCCTCAGCATCACATGGTTATTCCACATTATCTGTCAGGGCAAGAGAAAAGAGATGTACTGAGGGAGGATCAGGACGAAGTGTACGAAGAAATCAAGAAGCAAAGATCATTTTCTACAGAGTCATCATTCGAAGACATTCCTTTATTTATTCCTCGAGATGATAGCGAACATGATA
GGACTGCATGCCATCCAAAACTGAATGGACTAGACAAGACTGTTCTTCCTTTCTTTCGCTCAAGGTCAAATATTGAAGCTTGCTTCACAGAGACACAGATGAAAGATTTTGTTGATGATCATGACATAGAATGTTCTCAGGAAAGGAAGCCTGAAGAAAGAGTATTACAATTGAAACCGAATCTTTCTGCGAAGGAATGG
TGGGAGATGCAGGAAAGGGATGGACAGTTAGTTAGCACAGAAGAAGTTGGTCAAGTTGGCCCTCGGACCGCTTGCCGTTGCCAGGTGTTAAGGAGTGTCAGTCAATGGTCGGCAGGTACAAGTCAGCTTGAAGAGACCAGTATTCATGCAGCTTACTGTTCACTTATTGAAAAAGCAGAGCATTTCATATATATAGAGAA
TCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAGAAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGCAGT
ATCGGACAATATGTAGAGGAAAA
>TRINITY_DN115857_c0_g1_i20 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATTATTTTATCATGACGAGTTTCAAACCCTCTCAGATCTTCAATACAGATATCTTTCTCTAATTTCGCACCCTTCTTGAAGGTGGAAGAAATTGCACTCCAGAGTTCCTCCCAAGCACGTTAACGCTTACTTGCTTGCTTAGGCTATACCAATTAACCTGGAAACCTCATTCAATACACTATTTTTCTTTCTTGTCTTTA
AAGACTGAGCCTGCGGGAACTCGGAGGTTGATTTCAGGCAAAGGGCGGGATCTGCAGAGTCGCTGCCACGATCTCAGGTTTCAAGAAGCCCGCAGGCGTCGAGAATTGGTGCCATCGAAGTCAGAATGGGGAAAGGCGAAGGAATTTCCGATCACTACGGCTCGGGTTCGAGTCCCCGGTACGTTCAGATGCACGGCGAA
CCGACGTCCTCAGCGGTGGATCTTCACCGGCACGAAGGCGAGCGGATTTTCGACGAATTGCCCCGGGCGACCGTAGTCGAAGTCTCGAGGCCGGACTTGAACGATCTCAGTCAAATTCAGCTTGTTTATACCATCGAGATTGAGTACAAGCAGTTCAAATGGCGGCTTGTAAAGAAAGCTTCACAAGTTTTCTTTTTGCA
TTTTGCTCTCAAGAAACGGGCAATTATTGAGGAGTTTCATGAGAAGCAGGAGCAGGTTAAAGAGTGGCTTCAGAGTATTGGCATTGGAGAGCACACAGCTGTGGTAGAGGAAGGGCATGATGAAGATGAACATGATGAAGAACCGGTATCCTCATACCAAGAGGAAGCCCATCCAAGTAAAAGCAGAGATGTTCCCTCCA
TTGCAGCGTTGCCTGTCATTCGTCCAGCAATAGGACGCTTACAACATATATCCGATGGAGCTAAGTCCGCAATGCAAGGGTACCTGAATCACTTTCTCGACAATCTAGATATTGTGAATTCTAAGGAAGTTTGCAAGTTCTTAGAAGTTTCCAAACTTTCCTTTATGCCGGAGTATGGGCCTAAGTTGAAAGAGGAGTTT
GTCATGGTTAGGCATCTTCCAAAGATACACACAAAAGAGGAGTCAACAAAGTGTAACAACTGTTGGTGGCTCTGCTGTTGTTGCAATGAAAACTGGCAGAAGGTATGGGCTGTGCTAAAACCTGGGTTCCTGGCATTTTTGGCAGATCCCTTTGATGCCACTCTTTTGGATATTATTATCTTTGATGTTCTCTCCCCTTC
AGATGGAAATGGAGAAGGCCAGATACTTCTAGCGAAATTGACCAAAGAGCGTAATCCTTTGCGTTTTGGATATACGGTAACGTGTGGTAACAGGACTGTGAAAATTAGAACCAAAGGATCTGGTAAAACTCGTGATTGGGTGGCAGCAATTAATGATGCAGGGTTACGGCCTCCTGAAGGATGGTGTCATCCTCATCGTT
TTGGATCCTTTGCCCCACCAAGAGGTTTGACTGCTGATGGCAGTGAAGTTCAGTGGTTTATTGATGGGAAAACTGCATTTGAAGCTATTGCTTCGGCAATTGAAGAAGCTAAGTCTGAGgtcagctttaaaacccttcatgtaattgctatactgacaagcatatgtagcccccttgtctacaagatttattatgatctt
tctttcattgacataaggatgtattggtgtattatttcattcgtcactgcagATATTCATAGCAAGTTGGTGGATATGTCCAGAGCTATATTTGCGTCGCCCATATGATGTTAATGCTTCTTCTCGCCTGGATGCTTTGCTGGAAGCTAAAGCAAAGCAAGGCGTGCAGGTATTAATCTATCTAAAACTGTCTACTATAA
TGAACTTGCTTTTGGACTCTACATCTATATACTGTTGCTGTGGCTGGTAGTAGCAAAGGGAATTATGAAAGTCGACAACAATAATAAAAGAGTAAAAAATGCAAGGTATGTAATTCGTAGACAAACAATGTGCATGAAGTGATTGTATCCATTGAAAATATAGTAATTACTTAACCATGAAACTATAAATGAAATTATTT
GGTCAATCTTCCGAGTATATTTTTTACTAAAACATTAAGATTCCAGAATGGTGTGCAAGTATTCATCTATATAAGCT
Intron 3 GTGAATGGCA ... AATTGCAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.45 | 16 | 26 | 25 |
| A2 | 66.67 | 9 | 18 | 18 |
| A3 | 61.54 | 10 | 13 | 19 |
| A4 | 51.22 | 10 | 11 | 10 |
| A5 | 50 | 2 | 3 | 1 |
| A6 | 48.48 | 34 | 24 | 40 |
| A7 | 53.27 | 25 | 16 | 41 |
| A8 | 55.34 | 23 | 21 | 36 |
| A9 | 50 | 18 | 12 | 24 |
| A10 | 50 | 20 | 21 | 19 |
>TRINITY_DN43513_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoformCGACAATCTAGATATTGTGAATTCTAAGGAAGTTTGCAAGTTCTTAGAAGTTTCCAAACTTTCCTTTATGCCGGAGTATGGGCCTAAGTTGAAAGAGGAGTTTGTCATGGTTAGGCATCTTCCAAAGATACACACAAAAGAGGAGTCAACAAAGTGTAACAACTGTTGGTGGCTCTGCTGTTGTTGCAATGAAAACTGGC
AGAAGGTATGGGCTGTGCTAAAACCTGGGTTCCTGGCATTTTTGGCAGATCCCTTTGATGCCACTCTTTTGGATATTATTATCTTTGATGTTCTCTCCCCTTCAGATGGAAATGGAGAAGGCCAGATACTTCTAGCGAAATTGACCAAAGAGCGTAATCCTTTGCGTTTTGGATATACGGTAACGTGTGGTAACAGGACT
GTGAAAATTAGAACCAAAGGATCTGGTAAAACTCGTGATTGGGTGGCAGCAATTAATGATGCAGGGTTACGGCCTCCTGAAGGATGGTGTCATCCTCATCGTTTTGGATCCTTTGCCCCACCAAGAGGTTTGACTGCTGATGGCAGTGAAGTTCAGTGGTTTATTGATGGGAAAACTGCATTTGAAGCTATTGCTTCGGC
AATTGAAGAAGCTAAGTCTGAGATATTCATAGCAAGTTGGTGGATATGTCCAGAGCTATATTTGCGTCGCCCATATGATGTTAATGCTTCTTCTCGCCTGGATGCTTTGCTGGAAGCTAAAGCAAAGCAAGGCGTGCAGATATATGTGCTTATGTACAAGGAAGTTACTATTGCATTAAAGATAAACAGTCTATACAGCA
AACGCCGTCTTCTCAATATTCATGAGAATGTGAAGGTGCTAAGATATCCTGATCATTTCTCGTCTGGTGTATATCTCTGGTCACACCATGAGAAGATTGTGATTGTCGATTATCAAATCTGTTTCTTAGGAGGGTTGGATTTATGTTTTGGTCGATACGACACACCTGAACATACTTTGGGTGATTATCCTCCTAAAATA
TGGCCTGGAAAAGATTACTATAATCCCAGGGAATCAGAACCTAACTCTTGGGAGGAAACATTGAAGGATGAGTTGGACCGTCAAAAATTCCCTCGCATGCCATGGCATGATGTACACTGTGCACTCTGGGGTCCACCATGTCGTGATGTAGCAAGGCACTTTGTTCAGCGGTGGAATTATGCAAAGAGAAACAAGGCACC
ACATGAACAAGCTATTCCCCTACTTATGCCTCAGCATCACATGGTTATTCCACATTATCTGTCAGGGCAAGAGAAAAGAGATGTACTGAGGGAGGATCAGGACGAAGTGTACGAAGAAATCAAGAAGCAAAGATCATTTTCTACAGAGTCATCATTCGAAGACATTCCTTTATTTATTCCTCGAGATGATAGCGAACATG
ATAGGACTGCATGCCATCCAAAACTGAATGGACTAGACAAGACTGTTCTTCCTTTCTTTCGCTCAAGGTCAAATATTGAAGCTTGCTTCACAGAGACACAGATGAAAGATTTTGTTGATGATCATGACATAGAATGTTCTCAGGAAAGGAAACCTGAAGAAAGAGTATTACAATTGAAACCGAATCTTTCTGCGAAGGAA
TGGTGGGAGATGCAGGAAAGGGATGGACAGTTAGTTAGCACAGAAGAAGTTGGTCAAGTTGGCCCTCGGACCGCTTGCCGTTGCCAGGTGTTAAGGAGTGTCAGTCAATGGTCGGCAGGTACAAGTCAGCTTGAAGAGACCAGTATTCATGCAGCTTACTGTTCACTTATTGAAAAAGCAGAGCATTTCATATATATAGA
GAATCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAGAAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGC
AGTATCGGACAATATGTAGAGGAAAACATTCGTTATTAGAAAATCTTGAGCATATATTGGGTGCCAAAGTGTGCAACTATGTTTCCTTTTATGGACTCAGGAGTTACGGCAGGCTATGTGAAGGTGGTCCATTGGCCACCAGCCAGATATATGTGCACAGCAAAGTAATGATAGTTGATGACCGTGCTGTATTGATTGGA
TCAGCTAACATAAATGACAGAAGTTTGCTGGGATCTAGAGATTCTGAGATAGTCGTTCTTGTGGAAGACAATGAGTACGTGGATTCATATATGAACCAACAACCTTGGAAAGCTGGCAGATTTGCTCATAGTCTTCGATTATCACTTTGGGCAGAACACCTTGGTCTTCGTGGTCTGGAGACTAATGCAGCGGTTTATCA
AGATGTGTTTGGGTGCATTCCAAATGATATGATTACTTCTAGGTATGCTTTCAGACAAGAAATGATAAAGCAGAAAGAAAAAGTTGGACACACAACCATTGACTTAGGGATTGCTCCTGATAAACTTGAAGATTATGAAAATGGGAACTATAAAGGGACAGATGCCCATGAAACATTGTTGAAAACATGCAAGGGTCGTC
TAGTTTCTTTTCCCTCACAATTCATGTCTAATGAAGACCTGCGACCGGTATTCAATGAAAGTGAATACTATGCATCGCCACAAGTTTTTCACTAATTGTACAATATAGGGAGATGGAAAAGTGATAACTATTTTAGCCCCATTAACTTATTTGGAGGCAATAAATTACTTCCTCCCCAATTAACTTAATTTGTTATAGGG
GTACTCAACAAGTTTACTAATCTTGAAAGTTAATTCTTTTAACTTTTATCCAAGGAGCACTTTATAATGTTGGGATTGGAGGGTTTAAACCTGATTATTTTTAAGGAAACCTGAACCCAGATTTCGATGATTTACAGCATTTTATACAACTGATTTGAGTTGTGGCTGACTCTGTCACTCAGTTGTACAGAAGGTATCTA
TTGTTTCCTTCCTTTTTTCATTCAAGGAGTGAATGCACATACTTGAATACCGCCATGTACAAGAATTTGTCTTTGATATTCATAACACCATGTTTTCCTG
>TRINITY_DN43513_c0_g1_i2 from sample A10 / Example unspliced isoform:CGACAATCTAGATATTGTGAATTCTAAGGAAGTTTGCAAGTTCTTAGAAGTTTCCAAACTTTCCTTTATGCCGGAGTATGGGCCTAAGTTGAAAGAGGAGTTTGTCATGGTTAGGCATCTTCCAAAGATACACACAAAAGAGGAGTCAACAAAGTGTAACAACTGTTGGTGGCTCTGCTGTTGTTGCAATGAAAACTGGC
AGAAGGTATGGGCTGTGCTAAAACCTGGGTTCCTGGCATTTTTGGCAGATCCCTTTGATGCCACTCTTTTGGATATTATTATCTTTGATGTTCTCTCCCCTTCAGATGGAAATGGAGAAGGCCAGATACTTCTAGCGAAATTGACCAAAGAGCGTAATCCTTTGCGTTTTGGATATACGGTAACGTGTGGTAACAGGACT
GTGAAAATTAGAACCAAAGGATCTGGTAAAACTCGTGATTGGGTGGCAGCAATTAATGATGCAGGGTTACGGCCTCCTGAAGGATGGTGTCATCCTCATCGTTTTGGATCCTTTGCCCCACCAAGAGGTTTGACTGCTGATGGCAGTGAAGTTCAGTGGTTTATTGATGGGAAAACTGCATTTGAAGCTATTGCTTCGGC
AATTGAAGAAGCTAAGTCTGAGATATTCATAGCAAGTTGGTGGATATGTCCAGAGCTATATTTGCGTCGCCCATATGATGTTAATGCTTCTTCTCGCCTGGATGCTTTGCTGGAAGCTAAAGCAAAGCAAGGCGTGCAGATATATGTGCTTATGTACAAGGAAGTTACTATTGCATTAAAGATAAACAGTCTATACAGCA
AACGCCGTCTTCTCAATATTCATGAGAATGTGAAGGTGCTAAGATATCCTGATCATTTCTCGTCTGGTGTATATCTCTGGTCACACCATGAGAAGATTGTGATTGTCGATTATCAAATCTGTTTCTTAGGAGGGTTGGATTTATGTTTTGGTCGATACGACACACCTGAACATACTTTGGGTGATTATCCTCCTAAAATA
TGGCCTGGAAAAGATTACTATAATCCCAGGGAATCAGAACCTAACTCTTGGGAGGAAACATTGAAGGATGAGTTGGACCGTCAAAAATTCCCTCGCATGCCATGGCATGATGTACACTGTGCACTCTGGGGTCCACCATGTCGTGATGTAGCAAGGCACTTTGTTCAGCGGTGGAATTATGCAAAGAGAAACAAGGCACC
ACATGAACAAGCTATTCCCCTACTTATGCCTCAGCATCACATGGTTATTCCACATTATCTGTCAGGGCAAGAGAAAAGAGATGTACTGAGGGAGGATCAGGACGAAGTGTACGAAGAAATCAAGAAGCAAAGATCATTTTCTACAGAGTCATCATTCGAAGACATTCCTTTATTTATTCCTCGAGATGATAGCGAACATG
ATAGGACTGCATGCCATCCAAAACTGAATGGACTAGACAAGACTGTTCTTCCTTTCTTTCGCTCAAGGTCAAATATTGAAGCTTGCTTCACAGAGACACAGATGAAAGATTTTGTTGATGATCATGACATAGAATGTTCTCAGGAAAGGAAACCTGAAGAAAGAGTATTACAATTGAAACCGAATCTTTCTGCGAAGGAA
TGGTGGGAGATGCAGGAAAGGGATGGACAGTTAGTTAGCACAGAAGAAGTTGGTCAAGTTGGCCCTCGGACCGCTTGCCGTTGCCAGGTGTTAAGGAGTGTCAGTCAATGGTCGGCAGGTACAAGTCAGCTTGAAGAGACCAGTATTCATGCAGCTTACTGTTCACTTATTGAAAAAGCAGAGCATTTCATATATATAGA
GAATCAGTTTTTTATATCAGGTCTTGAAGGAGACGATACTATTCAGAACCGTGTATTGCAAGCATTATATGATCGTATCATTCGAGCTTATAATGAGAAACAGTGCTTTAGGGTTATTGTGGTTATACCACTTTTACCTGGATTCCAGGGAGGTGTAGATGATGCAGGTGCTGCATCTGTTAGGGCCATAATGCATTGGC
AGTATCGGACAATATGTAGAGGAAAACATTCGTTATTAGAAAATCTTGAGCATATATTGGGTGCCAAAGTGTGCAACTATGTTTCCTTTTATGGACTCAGGAGTTACGGCAGGCTATGTGAAGGTGGTCCATTGGCCACCAGCCAGATATATGTGCACAGCAAAGTAATGATAGTTGATGACCGTGCTGTATTGATTGGA
TCAGCTAACATAAATGACAGAAGTTTGCTGGGATCTAGAGATTCTGAGATAGTCGTTCTTGTGGAAGACAATGAGTACGTGGATTCATATATGAACCAACAACCTTGGAAAGCTGGCAGATTTGCTCATAGTCTTCGATTATCACTTTGGGCAGAACACCTTGGTCTTCGTGGTCTGGAGgtgaatggcattaaagaccc
tgtgtctaaggagacatacacgcttacctggagggaaattgcagagACTAATGCAGCGGTTTATCAAGATGTGTTTGGGTGCATTCCAAATGATATGATTACTTCTAGGTATGCTTTCAGACAAGAAATGATAAAGCAGAAAGAAAAAGTTGGACACACAACCATTGACTTAGGGATTGCTCCTGATAAACTTGAAGATT
ATGAAAATGGGAACTATAAAGGGACAGATGCCCATGAAACATTGTTGAAAACATGCAAGGGTCGTCTAGTTTCTTTTCCCTCACAATTCATGTCTAATGAAGACCTGCGACCGGTATTCAATGAAAGTGAATACTATGCATCGCCACAAGTTTTTCACTAATTGTACAATATAGGGAGATGGAAAAGTGATAACTATTTT
AGCCCCATTAACTTATTTGGAGGCAATAAATTACTTCCTCCCCAATTAACTTAATTTGTTATAGGGGTACTCAACAAGTTTACTAATCTTGAAAGTTAATTCTTTTAACTTTTATCCAAGGAGCACTTTATAATGTTGGGATTGGAGGGTTTAAACCTGATTATTTTTAAGGAAACCTGAACCCAGATTTCGATGATTTA
CAGCATTTTATACAACTGATTTGAGTTGTGGCTGACTCTGTCACTCAGTTGTACAGAAGGTATCTATTGTTTCCTTCCTTTTTTCATTCAAGGAGTGAATGCACATACTTGAATACCGCCATGTACAAGAATTTGTCTTTGATATTCATAACACCATGTTTTCCTG
Intron 4 GTATGGGCTG ... TCCCCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.38 | 13 | 16 | 31 |
| A2 | 92.86 | 1 | 11 | 15 |
| A3 | 59.46 | 15 | 19 | 25 |
| A4 | 67.65 | 11 | 26 | 20 |
| A5 | 66.67 | 9 | 12 | 24 |
| A6 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A7 | 66.67 | 4 | 11 | 5 |
| A8 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A9 | 57.14 | 3 | 3 | 5 |
| A10 | 52.94 | 4 | 1 | 8 |
>TRINITY_DN115857_c0_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoformGAAGTTACTACATATAACCCCCCTAGACTTGATGCTATCTCATCAAATTTTTGATGCCATCTGCTAGATTTTACTTGAGTAGTTTCACACATCTGGTTTAACATTTATTTTCATCAATGTTGCCTGACGATGTGAAGCTGCCACTATGGCATCCATTCCTCGCGATCTGGTGTTCCTGGGTACTTTGTGATGCCCCTGGA
ATGTTTGCATTGTGCCCAGAGCACCATTGGGGATGTCTTTGCTGTCCTCAAGCTGTCTCTCTAAAAAATCGGGGACAGGCTTGGAGACTCTCCAGGTACAGTGCTCTGTTCCTTGCTGATGTGGGAACTCATGCATGTCCTTGTCAGAAAAATACCCTCAAAATGCAGAAATTAAATAAAAAACAAAACGGTGGGTTGAC
AGAATGAAAAAAAATAAAATTAGAACATAGAATATAAACTATTCAAAACCCCAATCTCCTATCATTTCTTCAATTCATTGCTCTCTTTCACTGTGTGGTTTGGATAGCTTATCCATTGCTATGTGGAGATATTTACACAGCCATAGCTATTTTCCAGTTCGAGGTCTTAATATCTGTTTGGAGCTCAGAATTTGCTGTGT
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>TRINITY_DN115857_c0_g1_i20 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATTATTTTATCATGACGAGTTTCAAACCCTCTCAGATCTTCAATACAGATATCTTTCTCTAATTTCGCACCCTTCTTGAAGGTGGAAGAAATTGCACTCCAGAGTTCCTCCCAAGCACGTTAACGCTTACTTGCTTGCTTAGGCTATACCAATTAACCTGGAAACCTCATTCAATACACTATTTTTCTTTCTTGTCTTTA
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