sp|Q9M907|PP217_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06920
Intron 1 GTGTGTGGGA ... ATGTTTCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.95 | 4 | 18 | 12 |
| A2 | 76.47 | 2 | 8 | 5 |
| A3 | 73.91 | 3 | 8 | 9 |
| A4 | 66.67 | 4 | 7 | 9 |
| A5 | 76.39 | 1 | 5 | 1.5 |
| A6 | 82.78 | 4 | 21 | 17.5 |
| A7 | 76.47 | 7 | 26 | 19.5 |
| A8 | 73.49 | 11 | 35 | 26 |
| A9 | 65.38 | 9 | 23 | 11 |
| A10 | 65.71 | 12 | 27 | 19 |
>TRINITY_DN39877_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformTGATTTTCAGCTGCTTCATCTGTATGACTTCAAAGAAGCAAAGAATTCTGCTGAAAGTGCTTGCACTTGGGTTTGAGTTTGCTCCGTGAAATACCCTTCAACTCCATTGGGCAGACAGGGCATCACTGCTATCACAGGATAATCCTATGATGTCAGTTCGAGCTCTTCGTCACCAGCATGGGCCTTATGTTACCCGATGG
TTATTGTGTTGGAGGAGTAAATTTTCTTCATTTCAAAATGGACGTGTTGGATCTTTTGATCAAGGCAAGCTAGTTGGAAGTAGGCAAGAGCCTGATAATCATAGGCAACAAGAAAGCAGGGGATGTGAGATAAATGAAATATGCAACATTCTTCGTAAGGATACATGGGGATTGGACGTGGAAGAAGCTCTTGAAAGGAT
CAACAGTAAATCTCATCCGGGACATTTTTTAGAGGTATTGAAGAGGCAGAAGAATGTGGACATGGCACTGAATTATTTTAGATGGGTTCAGAAACAAAATAGTAATCAACATAGTCAAGAAGCATATGATGCGCTTTTAATATTTCTTGCTAACAGCAAACACTACGATAAACTGCAAAACATCTTTGAGGAGATGAGTA
TAGCTGAATTTGAGCCAAGGAATGTTACTTGTGTTAAACTCATACAGAGCTTTATAAATTCTAAAATGCTGACACAAGCTGTTGAGATGCTTCTTGCTATGAGGAAGCTTAAATTTCGGCCTGCATTCTCTGCCTTTACAACTCTCATTGGTGCACTTGTAGAAGCTCATGAACCAGACATGGCACTTACAATGTTTAAA
GAAATGCAGGAGATAGGGTATGAGGTGAGTACCCATCTATTTACGACCTTGGTCCGTGCATTTTCCAAGGAAGGTAAGCTTGATGCTGCATTGTCTTTGTTGGATGAAATGAAAAGCAATGCATTGGGTGCAGATATTGTCTTGTATAATGTCTGCATAGATTGTTTTGGCAAGGTAGGGAAAATAGATATGGCCTGGGA
GTTCTTTCATGAAATGAAGGCACAGAATATCATGCCAGATGATGTAACATATACAACTATGATTGGCGTACTTTGCAAGGCAAATAGATTAGATGAAGCAGTAGAAATGTTTGAGAACATGGAACTCACCAAAAAGGTGCCATGTGCTTATGCGTATAACACATTAATTATGGGCTTTGGAAATGCTGGCAAGTTTGATG
AAGCTTACAAATTACTTGACAGAATGAGAGAAAAGGGATGCAAACCGAACCCTATAGCATACAACTGCATTCTTACTTGCCTTGGTAAGAGAGGCAGAGTGGACGATGCTTATAGTCTTTTCACTGAAATGAAAAAAGATGCAGAGCCTAATCTCTCTACCTACAATATTATTATTGATATCCTATGCAAGGCAGACAGA
TTAGATGATGCTTACAAAATGCAGGAGACAATGGCACAGGCAGGTCTGTTTCCAAATGTAATGACAGTTAACATCATGATTGATAGGTTGTGCAAGATTGAGAGGTTGGATGATGCCTGCAACCTTTTTGAGAGTTTAAAAGAAAAGGATTGTAAGCCAGATGTAGTAACATATTCTTCTCTGATTGATGGTTTAGGCAG
GCAACGCAAGATTGATGAAGCATACGGGCTATTTGAAAGGATGTTAGATGAAGGTCATGCACCAAATGCTGTTGTATACACATCTCTTATAAAGAACTTTTTCAAGTGGGGTGCGAAAGATGATGGGCATAAAATCTTTAAGGACATGATTCGTAGAGGTTGCACACCAGATCTAACACTTTATAATATATACCTGAACT
GTGTTCTTAGAGCAGGGGAGATTGACAAGGCCCGCAGAATTTTTGAGGAAATTAAGGAACGTGGATATGTTCCAGATGTTTGTACTTACTCTACACTAATGCATGGTCTTATAAAGGCTGGTCAAGCACAGGAAACATACAAGCTGTTTTATGCAATGAAGGAACAAGGTTGTGAACTTGATACTCTTGCATATAACACT
ACAATTGATGGTTTTTGCAAGTCAGGAAAGGTGAACAAAGCCTACCAACTCCTTGAGGAAATGAGGCTAAAGGGCCATCCTCCTAGTGTAGTTTCATATGGAACACTTATTGATGGACTTGCAAAGGTTGACAGACTAGATGAGGCATACATGCTATTTGAAGAAGCAAAAGCCAAAGGCATAGTTTTGAATGTAGTTGT
TTATAGCAGTCTCGTAGATGGGTTTGGAAAGGTAGGCAGAATAGATGAGGCATACTTGATTATGGAGGAAATGATGCAGAAAGGTTTGAACCCAAATGTATATACATGGAATTGTCTACTTGATGCTCTCGTCAAGGCAGAGGAGATAAATGAGGCATTAGTCAGTTTTCGGTCAATGAAAGATTTGAAGTGCTCTCCAA
ATGTTGTGACTTATAGTATTCTTATAAATGGCCTTTGTAGAGTGCGAAAATTTAACAAAGCTTTTGTGTTCTGGCAAGAAATGCAAAAGCTTGGCTATCCCCCTGATGTCATTACATATACTACTATGATTTCTGGTTTGGCTAGGTCTGGGAATATAACAGAGGCCTATGATTTATTTGAGAAATTAAAAGCTAGAGGT
CGTAAGCCTGACCCTGCTTGTTATAATGCCCTTATAACTGGGCTGAGCAATGCAAACAGAGCAATGGAAGCATTCAAAGTTTTTGAAGAAACACGATTGAAAGGCTGTAAAATAAGTGTTAAAAGTTGTATTATGCTTCTTGATGCCCTTCACAGGGCTGAAAATATTGAACAGGCTGCTATTGTAGGTGCTGTTTTAAG
GGAATCAGCAAAATCTCAGCATGCTGCAAAATCTTTGTAATCCTGGAATACATGAAGCTCCAAATATTATCAGGCCATAGTGGAATCCATACACTTGCTTGCCATTAAGCATATTCCTGTCATGTTTGCTTCTCAGTTATTGATTTTTAAATCTTACTTGAGCTTCTTGAAGTTCTTTTGTTGGGACAGTTCCTATTTTC
TTATTATCGGGATTTTCATTAATGCCGAGACAAGTTGAAGGGTTGCATGGCTTAACAGTTGATGATTCAAATATTTTCACTGTAGAAGGGAAATCATGAAAATATAGAAATTTGTGTTGCTGGGTCTGATGCTTCTTGAACTGCTCTTCAACTCATCTGGCAGGCAGCGGATAAGAACTATCACAGGAGAATCACATTAT
GCCAG
>TRINITY_DN39877_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGATTTTCAGCTGCTTCATCTGTATGACTTCAAAGAAGCAAAGAATTCTGCTGAAAGTGCTTGCACTTGGGTTTGAGTTTGCTCCGTGAAATACCCTTCAACTCCATTGGGCAGACAGGGCATCACTGCTATCACAGGATAATCCTATGATGTCAGTTCGAGCTCTTCGTCACCAGCATGGGCCTTATGTTACCCGATGG
TTATTGTGTTGGAGGAGTAAATTTTCTTCATTTCAAAATGGACGTGTTGGATCTTTTGATCAAGGCAAGCTAGTTGGAAGTAGGCAAGAGCCTGATAATCATAGGCAACAAGAAAGCAGGGGATGTGAGATAAATGAAATATGCAACATTCTTCGTAAGGATACATGGGGATTGGACGTGGAAGAAGCTCTTGAAAGGAT
CAACAGTAAATCTCATCCGGGACATTTTTTAGAGGTATTGAAGAGGCAGAAGAATGTGGACATGGCACTGAATTATTTTAGATGGGTTCAGAAACAAAATAGTAATCAACATAGTCAAGAAGCATATGATGCGCTTTTAATATTTCTTGCTAACAGCAAACACTACGATAAACTGCAAAACATCTTTGAGGAGATGAGTA
TAGCTGAATTTGAGCCAAGGAATGTTACTTGTGTTAAACTCATACAGAGCTTTATAAATTCTAAAATGCTGACACAAGCTGTTGAGATGCTTCTTGCTATGAGGAAGCTTAAATTTCGGCCTGCATTCTCTGCCTTTACAACTCTCATTGGTGCACTTGTAGAAGCTCATGAACCAGACATGGCACTTACAATGTTTAAA
GAAATGCAGGAGATAGGGTATGAGGTGAGTACCCATCTATTTACGACCTTGGTCCGTGCATTTTCCAAGGAAGGTAAGCTTGATGCTGCATTGTCTTTGTTGGATGAAATGAAAAGCAATGCATTGGGTGCAGATATTGTCTTGTATAATGTCTGCATAGATTGTTTTGGCAAGGTAGGGAAAATAGATATGGCCTGGGA
GTTCTTTCATGAAATGAAGGCACAGAATATCATGCCAGATGATGTAACATATACAACTATGATTGGCGTACTTTGCAAGGCAAATAGATTAGATGAAGCAGTAGAAATGTTTGAGAACATGGAACTCACCAAAAAGGTGCCATGTGCTTATGCGTATAACACATTAATTATGGGCTTTGGAAATGCTGGCAAGTTTGATG
AAGCTTACAAATTACTTGACAGAATGAGAGAAAAGGGATGCAAACCGAACCCTATAGCATACAACTGCATTCTTACTTGCCTTGGTAAGAGAGGCAGAGTGGACGATGCTTATAGTCTTTTCACTGAAATGAAAAAAGATGCAGAGCCTAATCTCTCTACCTACAATATTATTATTGATATCCTATGCAAGGCAGACAGA
TTAGATGATGCTTACAAAATGCAGGAGACAATGGCACAGGCAGGTCTGTTTCCAAATGTAATGACAGTTAACATCATGATTGATAGGTTGTGCAAGATTGAGAGGTTGGATGATGCCTGCAACCTTTTTGAGAGTTTAAAAGAAAAGGATTGTAAGCCAGATGTAGTAACATATTCTTCTCTGATTGATGGTTTAGGCAG
GCAACGCAAGATTGATGAAGCATACGGGCTATTTGAAAGGATGTTAGATGAAGGTCATGCACCAAATGCTGTTGTATACACATCTCTTATAAAGAACTTTTTCAAGTGGGGTGCGAAAGATGATGGGCATAAAATCTTTAAGGACATGATTCGTAGAGGTTGCACACCAGATCTAACACTTTATAATATATACCTGAACT
GTGTTCTTAGAGCAGGGGAGATTGACAAGGCCCGCAGAATTTTTGAGGAAATTAAGGAACGTGGATATGTTCCAGATGTTTGTACTTACTCTACACTAATGCATGGTCTTATAAAGGCTGGTCAAGCACAGGAAACATACAAGCTGTTTTATGCAATGAAGGAACAAGGTTGTGAACTTGATACTCTTGCATATAACACT
ACAATTGATGGTTTTTGCAAGTCAGGAAAGGTGAACAAAGCCTACCAACTCCTTGAGGAAATGAGGCTAAAGGGCCATCCTCCTAGTGTAGTTTCATATGGAACACTTATTGATGGACTTGCAAAGGTTGACAGACTAGATGAGGCATACATGCTATTTGAAGAAGCAAAAGCCAAAGGCATAGTTTTGAATGTAGTTGT
TTATAGCAGTCTCGTAGATGGGTTTGGAAAGGTAGGCAGAATAGATGAGGCATACTTGATTATGGAGGAAATGATGCAGAAAGGTTTGAACCCAAATGTATATACATGGAATTGTCTACTTGATGCTCTCGTCAAGGCAGAGGAGATAAATGAGGCATTAGTCAGTTTTCGGTCAATGAAAGATTTGAAGTGCTCTCCAA
ATGTTGTGACTTATAGTATTCTTATAAATGGCCTTTGTAGAGTGCGAAAATTTAACAAAGCTTTTGTGTTCTGGCAAGAAATGCAAAAGCTTGGCTATCCCCCTGATGTCATTACATATACTACTATGATTTCTGGTTTGGCTAGGTCTGGGAATATAACAGAGGCCTATGATTTATTTGAGAAATTAAAAGCTAGAGGT
CGTAAGCCTGACCCTGCTTGTTATAATGCCCTTATAACTGGGCTGAGCAATGCAAACAGAGCAATGGAAGCATTCAAAGTTTTTGAAGAAACACGATTGAAAGGCTGTAAAATAAGTGTTAAAAGTTGTATTATGCTTCTTGATGCCCTTCACAGGGCTGAAAATATTGAACAGGCTGCTATTGTAGGTGCTGTTTTAAG
GGAATCAGCAAAATCTCAGCATGCTGCAAAATCTTTGTAATCCTGGAATACATGAAGCTCCAAATATTATCAGGCCATAGTGGAATCCATACACTTGCTTGCCATTAAGCATATTCCTGTCATGTTTGCTTCTCAGTTATTGATTTTTAAATCTTACTTGAGCTTCTTGAAGTTCTTTTGTTGGGACAGTTCCTATTTTC
TTATTATCGGGATTTTCATTAATGCCGAGACAAGTTGAAGGGTTGCATGGCTTAACAGTTGATGATTCAAATATTTTCACTGTAGAAGGGAAATCATGAAAATATAGgtgtgtgggagcccaaatcctcaactagatgtttgatctccaaaagtctaaaatagcattgtttttattttgctgtcaacagatctagagaga
ccgacaggtcccagaagaattttctacaccaggagtttggtcatgcaggctttaaacttgttatcattcgttacagcactggcaaatttttaaagagcaaactaatttttaactgctgaaattgggctttttgaacaaaacatgtttctagAAATTTGTGTTGCTGGGTCTGATGCTTCTTGAACTGCTCTTCAACTCAT
CTGGCAGGCAGCGGATAAGAACTATCACAGGAGAATCACATTATGCCAGTGAGTTTGCTTATATTGCTGGCATGTGAATGTGGGGCTTATCATCTTGCCTAGTGTTTTCCCCTTTAGCTATATTAAGAACCGCAGGAAAACGAGCCCACTCTTCAACTGAGTCCCCTGTTTCCATCTCTATGTCTAATCAGCTGCTTGAA
TTGATTTAGGCTCATATTCTGTGTGTTATGATGACTCTCTTGGAGACTGATATTATGGCCACTGGTTGATTCTATTGTTGTTAAGACATCAAAGGGATTGTTTGTCCACCCGCCCCAAAATTTCTTTAAATGATTCTTGGATCAACAAAAAGTTTCTTGGAAATTGCATCAATTGATGAAACATGTGTCCCATGTTGTTG
ATATTTCACTGCATTGAACTCCATGAAACTCCTACAAAACTTAATGGTCTAAAATGCTGTAAAACTCACACATTGGATTTTGTGCATTAGGATTTGACCTCAAGGATTTTGAACGTGAGAATCCATTTTTGTAGATTTTAGATGGAAACTGAGAAAGCTTTATTTTGTTAGCCTTCGAAGCTCTGACCTGGACTTAAT
Intron 2 GTAAGCAGAC ... AAAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.46 | 3.8 | 0.8 | 1 |
| A2 | 33.33 | 3 | 0 | 3 |
| A3 | 40.84 | 2.8 | 1.8 | 2 |
| A4 | 54.61 | 4.3 | 4.4 | 6 |
| A5 | 40.78 | 3.6 | 2.2 | 2 |
| A6 | 17 | 22 | 3 | 6 |
| A7 | 27.38 | 13.6 | 4.2 | 6 |
| A8 | 23.26 | 16.4 | 3 | 7 |
| A9 | 25 | 11.7 | 3.8 | 4 |
| A10 | 34.89 | 13.8 | 2.8 | 12 |
>TRINITY_DN46150_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTATTGATTGCTCTCATTACTATCATTTTAATTTTAAGCCACACCGTTCTATCGTCCATGTAACCAAGCAGTGAGCATTTCTCCGTAGGGCAAAGTCTTTGGCCTTGGAAATGTCAAAAACAACAATATCATTGCTAGTACGGTGGTGTTGTTCCGGACTATTGACAAACAAACATGTGGAAACCCACCAGAAGCCGATCA
AGCCGGCCTTAACTTGATTAATCTCCTTCAAATTCGGCATAGCTCCTTCTAAGTTCTGAAAAACTTGATGGGTTTGATTTTCAGCTGCTTCATCTGTATGACTTCAAAGAAGCAAAGAATTCTGCTGAAAGTGCTTGCACTTGGGTTTGAGTTTGCTACGTGAAATACCCTTCAACTCCATTGGGCAGACAGGGCATCAC
TGCTATCACAGGATAATCCTATGATGTCAGTTCGAGCTCTTCGTCACCAGCATGGGCCTTATGTTACCCGATGGTTATTGTGTTGGAGGAGTAAATTTTCTTCATTTCAAAATGGACGTGTTGGATCTTTTGATCAAGGCAAGCTAGTTGGAAGTAGGCAAGAGCCTGATAATCATAGGCAACAAGAAAGCAGGGGATGT
GAGATAAATGAAATATGCAACATTCTTCGTAAAGATACATGGGGATTGGACGTGGAAGAAGCTCTTGAAAGGATCAACAGTAAATCTCACCCGGGACATTTTTTAGAGGTATTGAAGAGGCAGAAGAATGTGGACATGGCACTGAATTATTTTAGATGGGTTCAGAAACAAAATAGTAATCAACATAGTCAAGAAGCATA
TGATGCGCTTTTAATATTTCTTGCTAACAGCAAACACTACGATAAACTGCAAAACATCTTTGAGGAGATGAGTATAGCTGAATTTGAGCCAAGGAATGTTACTTGTGTTAAACTCATACAGAGCTTTATAAATTCTAAAATGCTGACACAAGCTGTTGAGATGCTTCTTGCTATGAGGAAGCTTAAATTTCGGCCTGCAT
TCTCTGCCTTTACAACTCTCATTGGTGCACTTGTAGAAGCTCATGAACCAGACATGGCACTTACAATGTTTAAAGAAATGCAGGAGATAGGGTATGAGGTGAGTACCCATCTATTTACGACCTTGGTCCGTGCATTTTCCAAGGAAGGTAAGCTTGATGCTGCATTGTCTTTGTTGGATGAAATGAAAAGCAATGCATTG
GGTGCAGATATTGTCTTGTATAATGTCTGCATAGATTGTTTTGGCAAGGTAGGGAAAATAGATATGGCCTGGAAGTTCTTTCATGAAATGAAGGCACAGAATATCATGCCAGATGATGTAACATATACAACTATGATTGGCGTACTTTGCAAGGCAAATAGATTAGATGAAGCAGTAGAAATGTTTGAGAACATGGAACT
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AAATGAAAAAAGATGCAGAGCCTAATCTCTCTACCTACAATATTATTATTGATATCCTATGCAAGGCAGACAGATTAGATGATGCTTACAAAATGCAGGAGACAATGGCACAGGCAGGTCTGTTTCCAAATGTAATGACAGTTAACATCATGATTGATAGGTTGTGCAAGATTGAGAGGTTGGATGATGCCTGCAACCTT
TTTGAGAGTTTAAAAGAAAAGGATTGTAAGCCAGATGTAGTAACATATTCTTCTCTGATTGATGGTTTAGGCAGGCAACGCAAGATTGATGAAGCATACGGGCTATTTGAAAGGATGTTAGATGAAGGTCATGCACCAAATGCTGTTGTATACACATCTCTTATAAAGAACTTTTTCAAGTGGGGTGCGAAAGATGATGG
GCATAAAATCTTTAAGGACATGATTCGTAGAGGTTGCACACCAGATCTAACACTTTATAATATATACCTGAACTGTGTTCTTAGAGCAGGGGAGATTGACAAGGCCCGCAGAATTTTTGAGGAAATTAAGGAACGTGGATATGTTCCAGATGTTTGTACTTACTCTACACTAATGCATGGTCTTATAAAGGCTGGTCAAG
CACAGGAAACATACAAGCTGTTTTATGCAATGAAGGAACAAGGTTGTGAACTTGATACTCTTGCATATAACACTACAATTGATGGTTTTTGCAAGTCAGGAAAGGTGAACAAAGCCTACCAACTCCTTGAGGAAATGAGGCTAAAGGGCCATCCTCCTAGTGTAGTTTCATATGGAACACTTATTGATGGACTTGCAAAG
GTTGACAGACTAGATGAGGCATACATGCTATTTGAAGAAGCAAAAGCCAAAGGCATAGTTTTGAATGTAGTTGTTTATAGCAGTCTCGTAGATGGGTTTGGAAAGGTAGGCAGAATAGATGAGGCATACTTGATTATGGAGGAAATGATGCAGAAAGGTTTGAACCCAAATGTATATACATGGAATTGTCTACTTGATGC
TCTCGTCAAGGCAGAGGAGATAAATGAGGCATTAGTCAGTTTTCGGTCAATGAAAGATTTGAAGTGCTCTCCAAATGTTGTGACTTATAGTATTCTTATAAATGGCCTTTGTAGAGTGCGAAAATTTAACAAAGCTTTTGTGTTCTGGCAAGAAATGCAAAAGCTTGGCTATCCCCCTGATGTCATTACATATACTACTA
TGATTTCTGGTTTGGCTAGGTCTGGGAATATAACAGAGGCCTATGATTTATTTGAGAAATTAAAAGCTAGAGGTCGTAAGCCTGACCCTGCTTGTTATAATGCCCTTATAACTGGGCTGAGCAATGCAAACAGAGCAATGGAAGCATTCAAAGTTTTTGAAGAAACACGATTGAAAGGCTGTAAAATAAGTGTTAAAAGT
TGTATTATGCTTCTTGATGCCCTTCACAGGGCTGAAAATATTGAACAGGCTGCTATTGTAGGTGCTGTTTTAAGGGAATCAGCAAAATCTCAGCATGCTGCAAAATCTTTGTAATCCTGGAATACATGAAGCTCCAAATATTATCAGGCCATAGTGGAATCCATACACTTGCTTGCCATTAAGCATATTCCTGTCATGTT
TGCTTCTCAGTTATTGATTTTTAAATCTTACTTGAGCTTCTTGAAGTTCTTTTGTTGGGACAGTTCCTATTTTCTTATTATCGGGATTTTCATTAATGCCGAGACAAGTTGAAGGGTTGCATGGCTTAACAGTTGATGATTCAAATATTTTCACTGTAGAAGGGAAATCATGAAAATATAGGTGTGTGGGAGCCCAAATC
CTCAACTAGATGTTTGATCTCCAAAAGTCTAAAATAGCATTGTTTTTATTTTGCTGTCAACAGATCTAGAGAGACCGACAGGTCCCAGAAGAATTTTCTACACCAGGAGTTTGGTCATGCAGGCTTTAAACTTGTTATCATTCGTTACAGCACTGGCAAATTTTTAAAGAGCAAACTAATTTTTAACTGCTGAAATTGGG
CTTTTTGAACAAAACATGTTTCTAGAAATTTGTGTTGCTGGGTCTGATGCTTCTTGAACTGCTCTTCAACTCATCTGGCAGGCAGCGGATAAGAACTATCACAGGAGAATCACATTATGCCAGTGAGTTTGCTTATATTGCTGGCATGTGAATGTGGGGCTTATCATCTTGCCTAGTGTTTTCCCCTTTAGCTATATTAA
GAACCGCAGGAAAACGAGCCCACTCTTCAACTGAGTCCCCTGTTTCCATCTCTATGTCTAATCAGCTGCTTGAATTGATTTAGGCTCATATTCTGTGTGTTATGATGACTCTCTTGGAGACTGATATTATGGCCACTGGTTGATTCTATTGTTGTTAAGACATCAAAGGGATTGTTTGTCCACCCGCCCCAAAATTTCTT
TAAATGATTCTTGGATCAACAAAAAGTTTCTTGGAAATTGCATCAATTGATGAAACATGTGTCCCATGTTGTTGATATTTCACTGCATTGAACTCCATGAAACTCCTACAAAACTTAATGGTCTAAAATGCTGTAAAACTCACACATTGGATTTTGTGCATTAGGATTTGACCTCAAGGATTTTGAACGTGAGAATCCAT
TTTTGTAGATTTTAGATGGAAACTGAGAAAGCTTTATTTTGTTAGCCTTCGAAGCTCTGACCTGGACTTAATCTCTTCTCCTGAGGCATGGTTTTGCTATTCAACATTTCATGCATTTTTTTGAAACATAGTTCCAATGTAAAATCATATGAAATAGAAAGAAAATCCTTAAATTAGCATTGTGCAAGCTCCTTTTTGGC
TTCTTGTTTCGTCTCATTGGTAAAATACTAATATATCATTGTTCGAAACTTGATGTGAAGTTGCTAAATGTCAAGGTGGCTAGACTTTGTCCCCAAGTTCCTAGTGGGTTCAGCTGACAAAATATTATATTTGTAGTTTAACACTTTGCACTTTATCTTTTGTATTTCTCCTATCTCATTGTAAATAATTCATAGGCGAC
TCAATCAAACTTCATCACATGCTTAAATATGCAC
>TRINITY_DN46150_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTCGAGCTCTTCGTCACCAGCATGGGCCTTATGTTACCCGATGGTTATTGTGTTGGAGGAGTAAATTTTCTTCATTTCAAAATGGACGTGTTGGATCTTTTGATCAAGGCAAGCTAGTTGGAAGTAGGCAAGAGCCTGATAATCATAGGCAACAAGAAAGCAGGGGATGTGAGATAAATGAAATATGCAACATTCTTCGT
AAAGATACATGGGGATTGGACGTGGAAGAAGCTCTTGAAAGGATCAACAGTAAATCTCACCCGGGACATTTTTTAGAGGTATTGAAGAGGCAGAAGAATGTGGACATGGCACTGAATTATTTTAGATGGGTTCAGAAACAAAATAGTAATCAACATAGTCAAGAAGCATATGATGCGCTTTTAATATTTCTTGCTAACAG
CAAACACTACGATAAACTGCAAAACATCTTTGAGGAGATGAGTATAGCTGAATTTGAGCCAAGGAATGTTACTTGTGTTAAACTCATACAGAGCTTTATAAATTCTAAAATGCTGACACAAGCTGTTGAGATGCTTCTTGCTATGAGGAAGCTTAAATTTCGGCCTGCATTCTCTGCCTTTACAACTCTCATTGGTGCAC
TTGTAGAAGCTCATGAACCAGACATGGCACTTACAATGTTTAAAGAAATGCAGGAGATAGGGTATGAGGTGAGTACCCATCTATTTACGACCTTGGTCCGTGCATTTTCCAAGGAAGGTAAGCTTGATGCTGCATTGTCTTTGTTGGATGAAATGAAAAGCAATGCATTGGGTGCAGATATTGTCTTGTATAATGTCTGC
ATAGATTGTTTTGGCAAGGTAGGGAAAATAGATATGGCCTGGAAGTTCTTTCATGAAATGAAGGCACAGAATATCATGCCAGATGATGTAACATATACAACTATGATTGGCGTACTTTGCAAGGCAAATAGATTAGATGAAGCAGTAGAAATGTTTGAGAACATGGAACTCACCAAAAAGGTGCCATGTGCTTATGCGTA
TAACACATTAATTATGGGCTTTGGAAATGCTGGCAAGTTTGATGAAGCTTACAAATTACTTGACAGAATGAGAGAAAAGGGATGCAAACCGAACCCTATAGCATACAACTGCATTCTTACTTGCCTTGGTAAGAGAGGCAGAGTGGACGATGCTTATAGTCTTTTCACTGAAATGAAAAAAGATGCAGAGCCTAATCTCT
CTACCTACAATATTATTATTGATATCCTATGCAAGGCAGACAGATTAGATGATGCTTACAAAATGCAGGAGACAATGGCACAGGCAGGTCTGTTTCCAAATGTAATGACAGTTAACATCATGATTGATAGGTTGTGCAAGATTGAGAGGTTGGATGATGCCTGCAACCTTTTTGAGAGTTTAAAAGAAAAGGATTGTAAG
CCAGATGTAGTAACATATTCTTCTCTGATTGATGGTTTAGGCAGGCAACGCAAGATTGATGAAGCATACGGGCTATTTGAAAGGATGTTAGATGAAGGTCATGCACCAAATGCTGTTGTATACACATCTCTTATAAAGAACTTTTTCAAGTGGGGTGCGAAAGATGATGGGCATAAAATCTTTAAGGACATGATTCGTAG
AGGTTGCACACCAGATCTAACACTTTATAATATATACCTGAACTGTGTTCTTAGAGCAGGGGAGATTGACAAGGCCCGCAGAATTTTTGAGGAAATTAAGGAACGTGGATATGTTCCAGATGTTTGTACTTACTCTACACTAATGCATGGTCTTATAAAGGCTGGTCAAGCACAGGAAACATACAAGCTGTTTTATGCAA
TGAAGGAACAAGGTTGTGAACTTGATACTCTTGCATATAACACTACAATTGATGGTTTTTGCAAGTCAGGAAAGGTGAACAAAGCCTACCAACTCCTTGAGGAAATGAGGCTAAAGGGCCATCCTCCTAGTGTAGTTTCATATGGAACACTTATTGATGGACTTGCAAAGGTTGACAGACTAGATGAGGCATACATGCTA
TTTGAAGAAGCAAAAGCCAAAGGCATAGTTTTGAATGTAGTTGTTTATAGCAGTCTCGTAGATGGGTTTGGAAAGGTAGGCAGAATAGATGAGGCATACTTGATTATGGAGGAAATGATGCAGAAAGGTTTGAACCCAAATGTATATACATGGAATTGTCTACTTGATGCTCTCGTCAAGGCAGAGGAGATAAATGAGGC
ATTAGTCAGTTTTCGGTCAATGAAAGATTTGAAGTGCTCTCCAAATGTTGTGACTTATAGTATTCTTATAAATGGCCTTTGTAGAGTGCGAAAATTTAACAAAGCTTTTGTGTTCTGGCAAGAAATGCAAAAGCTTGGCTATCCCCCTGATGTCATTACATATACTACTATGATTTCTGGTTTGGCTAGGTCTGGGAATA
TAACAGAGGCCTATGATTTATTTGAGAAATTAAAAGCTAGAGGTCGTAAGCCTGACCCTGCTTGTTATAATGCCCTTATAACTGGGCTGAGCAATGCAAACAGAGCAATGGAAGCATTCAAAGTTTTTGAAGAAACACGATTGAAAGGCTGTAAAATAAGTGTTAAAAGTTGTATTATGCTTCTTGATGCCCTTCACAGG
GCTGAAAATATTGAACAGGCTGCTATTGTAGGTGCTGTTTTAAGGGAATCAGCAAAATCTCAGCATGCTGCAAAATCTTTGTAATCCTGGAATACATGAAGCTCCAAATATTATCAGGCCATAGTGGAATCCATACACTTGCTTGCCATTAAGCATATTCCTGTCATGTTTGCTTCTCAGTTATTGATTTTTAAATCTTA
CTTGAGCTTCTTGAAGTTCTTTTGTTGGGACAGTTCCTATTTTCTTATTATCGGGATTTTCATTAATGCCGAGACAAGTTGAAGGGTTGCATGGCTTAACAGTTGATGATTCAAATATTTTCACTGTAGAAGGGAAATCATGAAAATATAGGTGTGTGGGAGCCCAAATCCTCAACTAGATGTTTGATCTCCAAAAGTCT
AAAATAGCATTGTTTTTATTTTGCTGTCAACAGATCTAGAGAGACCGACAGGTCCCAGAAGAATTTTCTACACCAGGAGTTTGGTCATGCAGGCTTTAAACTTGTTATCATTCGTTACAGCACTGGCAAATTTTTAAAGAGCAAACTAATTTTTAACTGCTGAAATTGGGCTTTTTGAACAAAACATGTTTCTAGAAATT
TGTGTTGCTGGGTCTGATGCTTCTTGAACTGCTCTTCAACTCATCTGGCAGGCAGCGGATAAGAACTATCACAGGAGAATCACATTATGCCAGTGAGTTTGCTTATATTGCTGGCATGTGAATGTGGGGCTTATCATCTTGCCTAgtaagcagaccaaatcaactttgtcctttttatctatggctattgcattagttta
ctttctttctaattttgctttgtgtttttccaattcttacaattcgtcttctctaaagtttttcataataaaattgcagGTGTTTTCCCCTTTAGCTATATTAAGAACCGCAGGAAAACGAGCCCACTCTTCAACTGAGTCCCCTGTTTCCATCTCTATGTCTAATCAGCTGCTTGAATTGATTTAGGCTCATATTCTGT
GTGTTATGATGACTCTCTTGGAGACTGATATTATGGCCACTGGTTGATTCTATTGTTGTTAAGACATCAAAGGGATTGTTTGTCCACCCGCCCCAAAATTTCTTTAAATGATTCTTGGATCAACAAAAAGTTTCTTGGAAATTGCATCAATTGATGAAACATGTGTCCCATGTTGTTGATATTTCACTGCATTGAACTCC
ATGAAACTCCTACAAAACTTAATGGTCTAAAATGCTGTAAAACTCACACATTGGATTTTGTGCATTAGGATTTGACCTCAAGGATTTTGAACGTGAGAATCCATTTTTGTAGATTTTAGATGGAAACTGAGAAAGCTTTATTTTGTTAGCCTTCGAAGCTCTGACCTGGACTTAATCTCTTCTCCTGAGGCATGGTTTTG
CTATTCAACATTTCATGCATTTTTTTGAAACATAGTTCCAATGTAAAATCATATGAAATAGAAAGAAAATCCTTAAATTAGCATTGTGCAAGCTCCTTTTTGGCTTCTTGTTTCGTCTCATTGGTAAAATACTAATATATCATTGTTCGAAACTTGATGTGAAGTTGCTAAATGTCAAGGTGGCTAGACTTTGTCCCCAA
GTTCCTAGTGGGTTCAGCTGACAAAATATTATATTTGTAGTTTAACACTTTGCACTTTATCTTTTGTATTTCTCCTATCTCATTGTAAATAATTCATAGGCGACTCAATCAAACTTCATCACATGCTTAAATATGCAC
Intron 3 GTATGAATCT ... CATCCTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.15 | 6.7 | 3 | 1.3 |
| A2 | 50 | 2 | 2 | 1 |
| A3 | 42.86 | 4 | 3 | 0 |
| A4 | 69.45 | 4.8 | 11 | 7.7 |
| A5 | 29.3 | 4.8 | 2 | 0 |
| A6 | 27.52 | 24.3 | 9 | 0.9 |
| A7 | 41.94 | 10.6 | 7 | 4.5 |
| A8 | 36.17 | 17.9 | 10 | 1.9 |
| A9 | 23.93 | 6.5 | 2 | 0.8 |
| A10 | 30.51 | 6.8 | 3 | 0.7 |
>TRINITY_DN46150_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoformTATTGATTGCTCTCATTACTATCATTTTAATTTTAAGCCACACCGTTCTATCGTCCATGTAACCAAGCAGTGAGCATTTCTCCGTAGGGCAAAGTCTTTGGCCTTGGAAATGTCAAAAACAACAATATCATTGCTAGTACGGTGGTGTTGTTCCGGACTATTGACAAACAAACATGTGGAAACCCACCAGAAGCCGATCA
AGCCGGCCTTAACTTGATTAATCTCCTTCAAATTCGGCATAGCTCCTTCTAAGTTCTGAAAAACTTGATGGGTTTGATTTTCAGCTGCTTCATCTGTATGACTTCAAAGAAGCAAAGAATTCTGCTGAAAGTGCTTGCACTTGGGTTTGAGTTTGCTACGTGAAATACCCTTCAACTCCATTGGGCAGACAGGGCATCAC
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