NA ----> NA

Intron 1 GTATGTCTCC ... CCATTACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.9	4	5	8
A2	52.38	5	4	7
A3	100	0	6	6
A4	52	6	4	9
A5	33.33	4	0	4
A6	56.26	17.5	18	27
A7	52.94	24	19	35
A8	45.65	25	11	31
A9	69.09	6.5	13	16
A10	40	24	10	22

>TRINITY_DN44230_c1_g6_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTCATTGAGAATCAAAATCTAACGAGTTACATAAACTTCCGCAAAATCTGCCGCTAAATCACAGCCGAACGACCTACAACCCCATTTCTCATCGAACCCACTACAAAACATTGACACATGCGACAGTAGTGATGGGATTCCAACGCTATGAACATCACAGGCGTTCAAATATGAACCCAAAAACCAAATGGATTGCGGC
ATATAGAGTCACATTGAGCTCCTGAACCAACCCAACTACGAGTTCTCAGCGATATGGTGAACAACAGCATTCCTGTCAAAGCAAAACTCCAGCATCTTGCAAAACCTGGGCAAGTGTACAGTGGATCTAGAGACTCAAGATGTCGAAACCTGTGGCATTGGTAGTTGTTTTAGTGCTGCTAATACTAACATCTCAGTTTG
AATGGAACCAACAATTTGTCAACGAATCAGAGCCAAGTCAGGTGCTTTCTAGACAACAGCAGATTTCACAGAAGCAGGAACTTATCAAAGAGCAGATTATCTTGTCTCAAAAAAAGAAAATACATGGATTAAATGAAATTGTCAATATTCTACAACAGCAGTTGACAGATTGCAAAGCACCCGATACAAACAGCAACATA
AGTGTTGTAGGGTTAGATAGGAGGAGATAGCCGCAAAATCAGATTTTCAAGAAGACTAATTTAGTGGCACAAGTACACATGTGCTTGAATGTTTCTTGCAGAGTTTAGATCATATAATTGTGTTGATTCTCTGGTATGTATCTTGTTTTTGAGAATTATTTTCAATGATAACTATTGTTTAAAGAATGGGCTCCAGCAAT
GGTGGAAACCATGGGAAAAGTTCTTTTTTTAATATATTTAATGCTCAACATTAAAAGTATATCTAAACTATTGGGTGCTTGACTGGTCGTTCAAGAGGGGGTGGCGATATTCCCTCCCCCACAGTTCAATTCCCCCAAGGAGTGTGGTGTGTTTACCCCCATGAAATAGTGGGATTGTCATGGCTGTTAAGTTGGGCCAG
TCATAACATTTGCTATAACTGCGATATGGCATCCCACCTCTTGCTAGGTGCTGGGTGCTTCACAACTTTTAGAAAGCGTTGAGTAATGCTTTCTGAATGTATATTTGCATGTACAAGGGCAATGCAAAACTTTCTGTAAGGACTTGGTTTAAGACAAGTACAAGCAAAGTGCCTTTTTCTTAGTCTGTTCATTATGGCTC
AATTGAGTGACTCAAACTTTTCCATCTAAATAATAACCAATTATATCTTACAAAAACAAATTTGTATTATGACCAGCAATGTATATCTACAGAGCACAGTTTAGTGTTCTATTTTCTTTGCAAATGGA

>TRINITY_DN44230_c1_g6_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATTCATTGAGAATCAAAATCTAACGAGTTACATAAACTTCCGCAAAATCTGCCGCTAAATCACAGCCGAACGACCTACAACCCCATTTCTCATCGAACCCACTACAAAACATTGACACATGCGACAGTAGTGATGGGATTCCAACGCTATGAACATCACAGGCGTTCAAATATGAACCCAAAAACCAAATGGATTGCGGC
ATATAGAGTCACATTGAGCTCCTGAACCAACCCAACTACGAGTTCTCAGCGATATGGTGAACAACAGCATTCCTGTCAAAGCAAAACTCCAGCATCTTGCAAAACCTGGGCAAgtatgtctcccatgtgctccatagttggtactgttgtacctgcttttgatccattacaagGTGTACAGTGGATCTAGAGACTCAAGA
TGTCGAAACCTGTGGCATTGGTAGTTGTTTTAGTGCTGCTAATACTAACATCTCAGTTTGAATGGAACCAACAATTTGTCAACGAATCAGAGCCAAGTCAGGTGCTTTCTAGACAACAGCAGATTTCACAGAAGCAGGAACTTATCAAAGAGCAGATTATCTTGTCTCAAAAAAAGAAAATACATGGATTAAATGAAATT
GTCAATATTCTACAACAGCAGTTGACAGATTGCAAAGCACCCGATACAAACAGCAACATAAGTGTTGTAGGGTTAGATAGGAGGAGATAGCCGCAAAATCAGATTTTCAAGAAGACTAATTTAGTGGCACAAGTACACATGTGCTTGAATGTTTCTTGCAGAGTTTAGATCATATAATTGTGTTGATTCTCTGGTATGTA
TCTTGTTTTTGAGAATTATTTTCAATGATAACTATTGTTTAAAGAATGGGCTCCAGCAATGGTGGAAACCATGGGAAAAGTTCTTTTTTTAATATATTTAATGCTCAACATTAAAAGTATATCTAAACTATTGGGTGCTTGACTGGTCGTTCAAGAGGGGGTGGCGATATTCCCTCCCCCACAGTTCAATTCCCCCAAGG
AGTGTGGTGTGTTTACCCCCATGAAATAGTGGGATTGTCATGGCTGTTAAGTTGGGCCAGTCATAACATTTGCTATAACTGCGATATGGCATCCCACCTCTTGCTAGGTGCTGGGTGCTTCACAACTTTTAGAAAGCGTTGAGTAATGCTTTCTGAATGTATATTTGCATGTACAAGGGCAATGCAAAACTTTCTGTAAG
GACTTGGTTTAAGACAAGTACAAGCAAAGTGCCTTTTTCTTAGTCTGTTCATTATGGCTCAATTGAGTGACTCAAACTTTTCCATCTAAATAATAACCAATTATATCTTACAAAAACAAATTTGTATTATGACCAGCAATGTATATCTACAGAGCACAGTTTAGTGTTCTATTTTCTTTGCAAATGGA

Intron 2 GTATGTCTCC ... AGGTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	3	5	8
A2	50	6	4	8
A3	86.67	1	6	7
A4	45.95	10	4	13
A5	40	3	0	4
A6	54.55	20	18	30
A7	51.79	27	19	39
A8	46.81	25	11	33
A9	60.87	9	13	15
A10	40.95	31	10	33

>TRINITY_DN44373_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTAAAAAGTAGGAATTCATTGAGAATCAAAATCTAACGAGTTACATAAACTTCCGCAAAATCTGCCGCTAAATCACAGCCGAACGACCTACAACCCCATTTCTCATCGAACCCACTACAAAACATTGACACATGCGACAGTAGTGATGGGATTCCAACGCTATGAACATCACAGGCGTTCAAATATGAACCCAAAAACCA
AATGGATTGCGGCATATAGAGTCACATTGAGCTCCTGAACCAACCCAATTACGAGTTCTCAGCGATATGGTGAACAACAGCATTCCTGTCAAAGCAAAACTCCAGCATCTTGCAAAACCTGGGCAATGGATCTAGAGACTCAAGATGTCGAAACCTGTGGCATTGGTAGTTGTTTTAGTGCTGCTAATACTAACATCTCA
GTTTGAATGGAACCAACAATTTGTCAACGAATCAGAGCCAAGTCAGGTGCTTTCTAGACAACAGCAGATTTCACAGAAGCAGGAACTTATCAAAGAGCAGATTATCTTGTCTCAAAAAAAGAAAATACATGGATTAAATGAAATTGTCAATATTCTACAACAGCAGTTGACAGATTGCAAAGCACCCGATACAAACAGCA
ACATAAGTGTTGTAGGGTTAGATAGGAGGAGATAGCCGCAAAATCAGATTTTCAAGAAGACTAATTTAGTGGCACAAGTACACATGTGCTTGAATGTTTCTTGCAGAGTTTAGATCATATAATTGTGTTGATTCTCTGGTATGTATCTTGTTTTTGAGAATTATTTTCAATGATAACTATTGTTTAAAGAATGGGCTCCA
GCAATGGTGGAAACCATGGGAAAAGTTCTTTTTTTAATATATTTAATGCTCAACATTAAAAGTATATCTAAACTATTGGGTGCTTGACTGGTCGTTCAAGAGGGGGTGGCGATATTCCCTCCCCCACAGTTCAATTCCCCCAAGGAGTGTGGTGTGTTTACCCCCATGAAATAGTGGGATTGTCATGGCTGTTAAGTTGG
GCCAGTCATAACATTTGCTATAACTGCGATATGGCATCCCACCTCTTGCTAGGTGCTGGGTGCTTCACAACTTTTAGAAAGCATTGAGTAATGCTTTCTGAATGTATATCTGCATGTACAAGGGCAATGCAAAACTTTCTGTAAGGACTTGGTTTAAGACAAGTACAAGCAAAGTGCCTTTTTCTTAGTCTGTTCATTAT
GGCTCAATTGAGTGACTCAAACTTTTCCATCTAAATAATAACCAATTATATCTTACAAAAACAAATTTGTATTATGACCAGCAATGTATATCTACAGAGCACAGTTTAGTGTTCTATTTTCTTTGCAAATGGATA

>TRINITY_DN44373_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTAAAAAGTAGGAATTCATTGAGAATCAAAATCTAACGAGTTACATAAACTTCCGCAAAATCTGCCGCTAAATCACAGCCGAACGACCTACAACCCCATTTCTCATCGAACCCACTACAAAACATTGACACATGCGACAGTAGTGATGGGATTCCAACGCTATGAACATCACAGGCGTTCAAATATGAACCCAAAAACCA
AATGGATTGCGGCATATAGAGTCACATTGAGCTCCTGAACCAACCCAATTACGAGTTCTCAGCGATATGGTGAACAACAGCATTCCTGTCAAAGCAAAACTCCAGCATCTTGCAAAACCTGGGCAAgtatgtctcccatgtgccccatagttggtactgttgtacctgcttttgatccattacaaggtgtacagTGGATC

TAGAGACTCAAGATGTCGAAACCTGTGGCATTGGTAGTTGTTTTAGTGCTGCTAATACTAACATCTCAGTTTGAATGGAACCAACAATTTGTCAACGAATCAGAGCCAAGTCAGGTGCTTTCTAGACAACAGCAGATTTCACAGAAGCAGGAACTTATCAAAGAGCAGATTATCTTGTCTCAAAAAAAGAAAATACATGG
ATTAAATGAAATTGTCAATATTCTACAACAGCAGTTGACAGATTGCAAAGCACCCGATACAAACAGCAACATAAGTGTTGTAGGGTTAGATAGGAGGAGATAGCCGCAAAATCAGATTTTCAAGAAGACTAATTTAGTGGCACAAGTACACATGTGCTTGAATGTTTCTTGCAGAGTTTAGATCATATAATTGTGTTGAT
TCTCTGGTATGTATCTTGTTTTTGAGAATTATTTTCAATGATAACTATTGTTTAAAGAATGGGCTCCAGCAATGGTGGAAACCATGGGAAAAGTTCTTTTTTTAATATATTTAATGCTCAACATTAAAAGTATATCTAAACTATTGGGTGCTTGACTGGTCGTTCAAGAGGGGGTGGCGATATTCCCTCCCCCACAGTTC
AATTCCCCCAAGGAGTGTGGTGTGTTTACCCCCATGAAATAGTGGGATTGTCATGGCTGTTAAGTTGGGCCAGTCATAACATTTGCTATAACTGCGATATGGCATCCCACCTCTTGCTAGGTGCTGGGTGCTTCACAACTTTTAGAAAGCATTGAGTAATGCTTTCTGAATGTATATCTGCATGTACAAGGGCAATGCAA
AACTTTCTGTAAGGACTTGGTTTAAGACAAGTACAAGCAAAGTGCCTTTTTCTTAGTCTGTTCATTATGGCTCAATTGAGTGACTCAAACTTTTCCATCTAAATAATAACCAATTATATCTTACAAAAACAAATTTGTATTATGACCAGCAATGTATATCTACAGAGCACAGTTTAGTGTTCTATTTTCTTTGCAAATGG
ATA