sp|Q9SEI3|PS10A_ARATH ----> 26S proteasome regulatory subunit 10B homolog A

Intron 1 GTAGGTATTC ... TCTATCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.15	186	32	45
A2	18.84	168	34	44
A3	14.68	154	22	31
A4	20.7	136	31	40
A5	17.31	86	8	28
A6	15.12	348	30	94
A7	14.36	510	47	124
A8	16.67	405	43	119
A9	17.17	427	49	128
A10	15.32	420	44	108

>TRINITY_DN44342_c2_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTTTTTCATTTGTAGCGTTCAATAACACATTTTGTTTGGAATGAGTTGTTCTGTACGTGTTGGATCGTGTTAGCGTGGCTTTGCTTATATAAGAACTTGAAGAGAGCGACACTATATTCGTTGCCACAAACGAAAAAGCTTTTTACTTTAATTAGCTGGTAGTGCACTTCAGACTCTGCATCACTCCCCCTTGTAACGA
GTTGCCGTTTCCAGTCTTTACATTTCGGGAGACCCACAACCTACCAAAGATCTGCAATTTCCACAAATCTTTGAACAGATCAGACGCTCAAATCCCCTGGCCTTATCCTGTGTCTCAAACCTCGTATGGCCCAGAACTTTGAACACGGAGACTGAAAAAACGGGTGAAAACCCAAGGCAGAGGCAGCGTAGAACAAAGGG
AAAACCATGGCGGATGCAGACGATGCGGCTGCCCGTTTACACGCAGTTAACGAATACAGGAAGAAGCTTCTCCAACACAAGGAGCTCGATGCCAGAGTTCGCACACTTCGAGAAAATTTGAGGGCTGCTAAAAAGGAATTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGT
GCTTAGACCACTTGATAATGAACGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGCCCTAGATATGTTGTCGGCTGCCGGAACAAGGTGGACAAGGAGAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTGGATATGACAACTCTAACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTGGATCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATC
CTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCA
AATTTCTTAAAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAACCATGCATTATTTTTATGGATGAAATAGACGCAATTGGTGGACGCCGTTTCAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACACTAATGGAGTT
ACTTAATCAACTAGATGGGTTTGATCAATTGGGAAAAGTAAAAATGATCATGGCCACCAATCGACCAGATGTGCTGGACCCTGCCTTGCTTCGACCTGGTCGCTTGGATCGTAAGATTGAAATTCCATTACCAAATGAACAAGCAAGAATGGAAGTTTTGAAAATACATGCTGCAGGAATAGCAAAACATGGAGACATAG
ATTATGAAGCTGTTGTAAAGCTGGCTGAGGGCTTCAACGGAGCAGACCTTCGAAATGTTTGCACAGAAGCTGGCATGGCAGCCATCCGAGCAGAGCGTGATTATGTAATTCATGAAGATTTTATGAAGGCTGTTCGGAAATTGAATGAAGCAAAGAAGCTAGAGTCAAGTTCACACTATAATGCAGACTTTGGAAAAGAC
TAGTAAAATGATGGAGAAACAGTAAGCCAACAAGAGATCATCTCCACAATTCTAGTTTATTTTGGGGGCACGTTTTTTTGTTAGTTGTTAAAGTTTTCATTATCGATATGCTCGTTTTACCATTCGTGTTTTTAAGTGCCATTTGATGGCAATTATTTCCAATCTCTACTGAAGATTGGACATTCAAGTTGCAGTGCTTT
GGGAAAAGAATACGCAAATAACATTTGTTTGGCTTGCAGCAGATCACCATTTCAAAGTTCATTATGAGTTTCTTGGGATATGTTCTATCTTAATTTTTCATCAAAATCTTGGATGAAATATGAACTTGGCATCCAGGGATTTTATTTAATTGAAGCTGTATGAAAGGACAGGTCAATTAACCTCAGAGGCATTGTATTAC
TTGAGTGATTGCTTCAACATTTCCCAACATATTCACGTGTTTCATTACTATCTCATTAAGGTATTCATATGCTTGACAAATTCTATATTTGAGTGGTTGCTTCAACATTTCCCAACATATTCACGTGTTTCATTACTATCTCATTAAGGTATTCATATGCTTGACAAATTCTATATTTGAGTGGTTGCTTCAACATTTCC
CAACATA

>TRINITY_DN44342_c2_g2_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTTTTTCATTTGTAGCGTTCAATAACACATTTTGTTTGGAATGAGTTGTTCTGTACGTGTTGGATCGTGTTAGCGTGGCTTTGCTTATATAAGAACTTGAAGAGAGCGACACTATATTCGTTGCCACAAACGAAAAAGCTTTTTACTTTAATTAGCTGGTAGTGCACTTCAGACTCTGCATCACTCCCCCTTGTAACGA
GTTGCCGTTTCCAGTCTTTACATTTCGGGAGACCCACAACCTACCAAAGATCTGCAATTTCCACAAATCTTTGAACAGATCAGACGCTCAAATCCCCTGGCCTTATCCTGTGTCTCAAACCTCGTATGGCCCAGAACTTTGAACACGGAGACTGAAAAAACGGGTGAAAACCCAAGGCAGAGGCAGCGTAGAACAAAGGG
AAAACCATGGCGGATGCAGACGATGCGGCTGCCCGTTTACACGCAGTTAACGAATACAGGAAGAAGCTTCTCCAACACAAGGAGCTCGATGCCAGAGTTCGCACACTTCGAGAAAATTTGAGGGCTGCTAAAAAGGAATTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGT
GCTTAGACCACTTGATAATGAACGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGCCCTAGATATGTTGTCGGCTGCCGGAACAAGGTGGACAAGGAGAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTGGATATGACAACTCTAACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTGGATCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATC
CTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCA
AATTTCTTAAAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAAgtaggtattcttgtttaaatgcaatcttgtaagtgaggaaaataaatatctatctacctatatatcagatagcttctcattggaagagtgcatttcttcct
gatccttgttaatgtaattaaaagatagtgcctttatttccccgaaccttgttatttctgtttttcagtcagcttattccatattttgccaagaccaatatcagatgtattttctgctcggtgtttctgcatgtcaaaataaagtttcgatggtgtgtgtttttgtttgtttgtttgtttggattctttccattttagca
atacatttctagatgtgttgcatgcagattttgcttccaatatgtgtttcccctgtaatctaagtccactgtcgactctttcactattatgcagagtttttgattgacgatatatataatgcgtaccgttaattgtggttttctatcgcagCCATGCATTATTTTTATGGATGAAATAGACGCAATTGGTGGACGCCGTT
TCAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACACTAATGGAGTTACTTAATCAACTAGATGGGTTTGATCAATTGGGAAAAGTAAAAATGATCATGGCCACCAATCGACCAGATGTGCTGGACCCTGCCTTGCTTCGACCTGGTCGCTTGGATCGTAAGATTGAAATTCCATTACCAAATGAACAAGCAAGA
ATGGAAGTTTTGAAAATACATGCTGCAGGAATAGCAAAACATGGAGACATAGATTATGAAGCTGTTGTAAAGCTGGCTGAGGGCTTCAACGGAGCAGACCTTCGAAATGTTTGCACAGAAGCTGGCATGGCAGCCATCCGAGCAGAGCGTGATTATGTAATTCATGAAGATTTTATGAAGGCTGTTCGGAAATTGAATGA
AGCAAAGAAGCTAGAGTCAAGTTCACACTATAATGCAGACTTTGGAAAAGACTAGTAAAATGATGGAGAAACAGTAAGCCAACAAGAGATCATCTCCACAATTCTAGTTTATTTTGGGGGCACGTTTTTTTGTTAGTTGTTAAAGTTTTCATTATCGATATGCTCGTTTTACCATTCGTGTTTTTAAGTGCCATTTGATG
GCAATTATTTCCAATCTCTACTGAAGATTGGACATTCAAGTTGCAGTGCTTTGGGAAAAGAATACGCAAATAACATTTGTTTGGCTTGCAGCAGATCACCATTTCAAAGTTCATTATGAGTTTCTTGGGATATGTTCTATCTTAATTTTTCATCAAAATCTTGGATGAAATATGAACTTGGCATCCAGGGATTTTATTTA
ATTGAAGCTGTATGAAAGGACAGGTCAATTAACCTCAGAGGCATTGTATTACTTGAGTGATTGCTTCAACATTTCCCAACATATTCACGTGTTTCATTACTATCTCATTAAGGTATTCATATGCTTGACAAATTCTATATTTGAGTGGTTGCTTCAACATTTCCCAACATATTCACGTGTTTCATTACTATCTCATTAAG
GTATTCATATGCTTGACAAATTCTATATTTGAGTGGTTGCTTCAACATTTCCCAACATA

Intron 2 GTATTTGATC ... TGTTTCGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.36	202	55	42
A2	15.04	144	18	33
A3	12.66	138	17	23
A4	16.67	120	15	33
A5	6.08	85	5	6
A6	11.28	232	30	29
A7	11.67	371	48	50
A8	14.1	195	34	30
A9	10.81	288.7	31	39
A10	8.83	304	26.9	32

>TRINITY_DN124016_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCAAGCAAGGCAAAGGCAAAGGCAAATGCAAAGGTAAAGGGAAAGGCAAAGGCCAAAAGGAAGTAATTTGCGTTGATTAGTTCGCTCGGGAGACCCAAAAACACTAAACCTGTAAACCAGATCGGACCTACATTCGAATCCCTTGCCCTGTACTGGATCTCAAACCCTCTCACGTCCTGAAGTCTTGAGCACGGAGGGA
GGCTGAAAGAGCCGTTGAATACCAACTGGAGAGGCGACACATAACAGAGGGAAAATCATGGCGGAAACAGAGGACGCGGCAGCTCGTCTACTTGCAGTTAGCGAGTACAGGAAGAAGCTTCTTCAGCACAAGGAACTCGACGCTAGAGTTCGTACACTTCGAGAGAATTTGAGGGCTGCCAAGAAGGACTTTGACAAAAC
TGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGTGCTTCGACCACTTGATAACGAACGCTTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTAGATATGTTGTTGGTTGCCGGAACAAGGTGGATAAGGATAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTAGACATGACAACTCTCACAATAATGCGTG
CTCTGCCTCGTGAGGTTGACCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCT
GGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCAAATTTCTTAAAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATAAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAACCATGCATTATTTTTATGGATGAAATAGACGCAATTGGTGGACGCCGTTT
CAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACTCTAATGGAATTACTCAATCAACTAGATGGGTTTGATGAATTGGGAAAAGTATATCATATTCCAGGGCATGCTCTTATTGGATGATTGAAATTTAGTAGTTCATAATGCATTGTCATTTATAATTTAAGATTGTTTCAGTTTAGTCATGTTCATTTTCATT
CCATCTGGAAAGTCTGGGTCATTAATGTATTTTGGTGTAGGTAAAAATGATCATGGCCACCAA

>TRINITY_DN124016_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTGGAGTACTTTACAGAGTAAGCAAAGAAATTTTATATATTGACTTTCCTTTAAAGTCTATGTAATATACTGTTGCTGAAATAGTTTGCTTTAGCTTGAATATTGTACCAAAGTAGGTATTGCCTGTTCTAATTCCTTGTATCTAAATATTGTGGCAAAATGTTGGTAAACTGCAGTTCGAGAGAATTTGAGGGCTGCCA
AGAAGGACTTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGTGCTTCGACCACTTGATAACGAACGCTAGACCACTTGATAATGAACGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGCCCTAGATATGTTGTCGGCTGCCGGAACAAGGTGGACAAGGAGTGATTGTCAAAGCTAGC
AGTGGTCCTAGATATGTTGTTGGTTGCCGGAACAAGGTGGATAAGGATAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTAGACATGACAACTCTCACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGgtatttgatcttttatattttaattataaatatcatttaacttctgtcctaaaggaggaattatttcattatatataatg
agagagtgaaaagtgctaatttttgtatttggtacatgtttcgtagGTTGACCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGC
CTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCAAGCAACATCGAAGCCAATTTCTTAAAGGTTGTTTCGAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATAAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAACCATGCATTATTTTTATG
GATGAAATAGACGCAATTGGTGGACGCCGTTTCAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACTCTAATGGAATTACTCAATCAACTAGATGGGTTTGATGAATTGGGAAAAGTAAAAATGATCATGGCCACCAATCGACCAGATGTTCTGGACCCTGCCTTGCTTCGACCAGGTCGTTTGGATCGGAAGAT
TGAAATTCCATTACCAAATGAACAAGCAAGAATGGAAGTTTTGAAAATACATGCTGCAGGAATTGCAAAACATGGAGATATAGATTATGAAGCTGTAGTAAAGCTGGCTGAGGGCTTCAATGGAGCAGACCTTAGAAATGTTTGCACAGAAGCTGGCATGGCAGCCATCCGAGCAGAGCGTGATTATGTAATTCATGA

Intron 3 GTATATCATA ... TTTGGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.35	171	34	28
A2	18.23	157	32	38
A3	18.88	116	31	23
A4	16.67	105	15	27
A5	18.37	80	20	16
A6	16.47	393	43	112
A7	15.35	444	76	85
A8	16.14	439	64	105
A9	16.17	482	87	99
A10	15.62	324	49	71

>TRINITY_DN115306_c0_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoform

TGTTAGCGTGGCTTTGCTTATATAAGAACTTGAAGAGAGCGACACTATATTCGTTGCCACAAACGAAAAAGCTTTTTACTTTAATTAGCTGGTAGTGCACTTCAGACTCTGCATCACTCCCCCTTGTAACGAGTTGCCGTTTCCAGTCTTTACATTTCGGGAGACCCACAACCTACCAAAGATCTGCAATTTCCACAAAT
CTTTGAACAGATCAGACGCTCAAATCCCCTGGCCTTATCCTGTGTCTCAAACCTCGTATGGCCCAGAACTTTGAACACGGAGACTGAAAAAACGGGTGAAAACCCAAGGCAGAGGCAGCGTAGAACAAAGGGAAAACCATGGCGGATGCAGACGATGCGGCTGCCCGTTTACACGCAGTTAACGAATACAGGAAGAAGCT
TCTCCAACACAAGGAGCTCGATGCCAGAGTTCGCACACTTCGAGAAAATTTGAGGGCTGCTAAAAAGGAATTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGTGCTTAGACCACTTGATAATGAACGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGCCCTAGATATGTTGTCGGCT
GCCGGAACAAGGTGGACAAGGAGAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTGGATATGACAACTCTAACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTGGATCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATT
GAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCAAATTTCTTAAAGGTATTACATGATCTCACTTATTGTCCCTTTTCATTGAAGTAATCTCAGCTTTCTTA
TTATTGGGGATTTGAGCTTTTGAGAAATACTTTTTTACTTGATTTTTGAAGCACCACTTCTTTATGCTATGATATGCGATTTTTCAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAACCATGCATTATTTTTATGGATGAAAT
AGACGCAATTGGTGGACGCCGTTTCAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACTCTAATGGAATTACTCAATCAACTAGATGGGTTTGATGAATTGGGAAAAGTAAAAATGATCATGGCCACCAATCGACCAGATGTTCTGGACCCTGCCTTGCTTCGACCAGGTCGTTTGGATCGGAAGATTGAAATTC
CATTACCAAATGAACAAGCAAGAATGGAAGTTTTGAAAATACATGCTGCAGGAATTGCAAAACATGGAGATATAGATTATGAAGCTGTAGTAAAGCTGGCTGAGGGCTTCAATGGAGCAGACCTTAGAAATGTTTGCACAGAAGCTGGCATGTCAGCCATCCGAGCAGAGCGTGATTATGTAATTCATGAGGATTTTATG
AAGGCTGTTCGAAAATTAAATGAAGCAAAGAAGCTAGAGTCGACCTCACACTATAATGCAGACTTTGGAAAGGACTAGCAAAATGATGAAGAATAGCAAACCAATGAGGGATCAGCTCTGTGATTTTAGTTCCTTTCAGGGGCATTTTCCTTTGCAGTCGTTATAGTTTCACGACAAAGGATGTCATTCATTATTCTTGA
TATGGTTGTTCGACCGTTCATGCTCTTGAATGCCATTTGATGGCGGTTATTTCCATATTCTACTGAAGATTGGACATTCAAGAGTATGGAAATAATATTTCTGTCTTGCAGAAGATGAACATTTCAAAGCTTGGACATCTTATCCAAACATCTGGGTAATTACGTGATCAGGCCTTTGGGAATTTCATCTTAAGTTTCTT
GGGATATGTTCAGTTTAACCTTTCATCAAAAGCTTGGTTAAAATATGAACTTGCCATCCAGTGCTTTGTTTAATTGAACTTGTATGGAAGGACAGGTTAAGATCGTAGGCATTGTATTACTTGACTGATTGCTTTGACATTCTCAACATATTCACAAGTTTCATTACGACTCCCTCTAATCTTCCCATGCTCGTAG

>TRINITY_DN115306_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGTTAGCGTGGCTTTGCTTATATAAGAACTTGAAGAGAGCGACACTATATTCGTTGCCACAAACGAAAAAGCTTTTTACTTTAATTAGCTGGTAGTGCACTTCAGACTCTGCATCACTCCCCCTTGTAACGAGTTGCCGTTTCCAGTCTTTACATTTCGGGAGACCCACAACCTACCAAAGATCTGCAATTTCCACAAAT
CTTTGAACAGATCAGACGCTCAAATCCCCTGGCCTTATCCTGTGTCTCAAACCTCGTATGGCCCAGAACTTTGAACACGGAGACTGAAAAAACGGGTGAAAACCCAAGGCAGAGGCAGCGTAGAACAAAGGGAAAACCATGGCGGATGCAGACGATGCGGCTGCCCGTTTACACGCAGTTAACGAATACAGGAAGAAGCT
TCTCCAACACAAGGAGCTCGATGCCAGAGTTCGCACACTTCGAGAAAATTTGAGGGCTGCTAAAAAGGAATTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGTGCTTAGACCACTTGATAATGAACGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGCCCTAGATATGTTGTCGGCT
GCCGGAACAAGGTGGACAAGGAGAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTGGATATGACAACTCTCACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTGGATCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATT
GAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCAAGCAACATCGAAGCCAATTTCTTAAAGGTTGTTTCGAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAG
GGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAACCATGCATTATTTTTATGGATGAAATAGACGCAATTGGTGGACGCCGTTTCAGTGAAGGAACTAGTGCTGATAGAGAGATTCAGAGGACTCTAATGGAATTACTCAATCAACTAGATGGGTTTGATGAATTGGGAAAAgtatatcatattccagggcatgctcttattg
gatgattgaactttagtagttcataatgcattgtcatttataatttaagattgtttcagtttagtcatgttcattttcattccatctggaaagtctgggtcattaatgtattttggtgtagGTAAAAATGATCATGGCCACCAATCGACCAGATGTTCTGGACCCTGCCTTGCTTCGACCAGGTCGTTTGGATCGGAAGA
TTGAAATTCCATTACCAAATGAACAAGCAAGAATGGAAGTTTTGAAAATACATGCTGCAGGAATTGCAAAACATGGAGATATAGATTATGAAGCTGTAGTAAAGCTGGCTGAGGGCTTCAATGGAGCAGACCTTAGAAATGTTTGCACAGAAGCTGGCATGTCAGCCATCCGAGCAGAGCGTGATTATGTAATTCATGAG
GATTTTATGAAGGCTGTTCGAAAATTAAATGAAGCAAAGAAGCTAGAGTCGACCTCACACTATAATGCAGACTTTGGAAAGGACTAGCAAAATGATGAAGAATAGCAAACCAATGAGGGATCAGCTCTGTGATTTTAGTTCCTTTCAGGGGCATTTTCCTTTGCAGTCGTTATAGTTTCACGACAAAGGATGTCATTCAT
TATTCTTGATATGGTTGTTCGACCGTTCATGCTCTTGAATGCCATTTGATGGCGGTTATTTCCATATTCTACTGAAGATTGGACATTCAAGAGTATGGAAATAATATTTCTGTCTTGCAGAAGATGAACATTTCAAAGCTTGGACATCTTATCCAAACATCTGGGTAATTACGTGATCAGGCCTTTGGGAATTTCATCTT
AAGTTTCTTGGGATATGTTCAGTTTAACCTTTCATCAAAAGCTTGGTTAAAATATGAACTTGCCATCCAGTGCTTTGTTTAATTGAACTTGTATGGAAGGACAGGTTAAGATCGTAGGCATTGTATTACTTGACTGATTGCTTTGACATTCTCAACATATTCACAAGTTTCATTACGACTCCCTCTAATCTTCCCATGCT
CGTAG

Intron 4 GTATTACATG ... GATTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.21	157.3	37.3	25.3
A2	22.44	105.7	23.3	25.7
A3	19.23	98.3	22	17.3
A4	23.39	107.3	24.3	28.7
A5	18.81	53	16.7	8.7
A6	19.81	158.7	30.3	37.3
A7	15.92	250	50.3	37.3
A8	19.33	205.3	39.3	44.3
A9	16	206.7	42	32
A10	18.83	181	40.7	35.7

>TRINITY_DN115306_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCTCAAGCATTTCACTTTAGAATGGACCAAGCAAGGCAAAGGCAAAGGCAAATGCAAAGGTAAAGGGAAAGGCAAAGGCCAAAAGGAAGTAATTTGCGTTGATTAGTTCGCTCGGGAGACCCAAAAACACTAAACCTGTAAACCAGATCGGACCTACATTCGAATCCCTTGCCCTGTACTGGATCTCAAACCCTCTCAC
GTCCTGAAGTCTTGAGCACGGAGGGAGGCTGAAAGAGCCGTTGAATACCAACTGGAGAGGCGACACATAACAGAGGGAAAATCATGGCGGAAACAGAGGACGCGGCAGCTCGTCTACTTGCAGTTAGCGAGTACAGGAAGAAGCTTCTTCAGCACAAGGAACTCGACGCTAGAGTTCGTACACTTCGAGAGAATTTGAGG
GCTGCCAAGAAGGACTTTGACAAAACTGAAGATGATTTAAAATCTCTTCAAAGTGTTGGTCAAATTATTGGAGAAGTGCTTCGACCACTTGATAACGAACGCTTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTAGATATGTTGTTGGTTGCCGGAACAAGGTGGATAAGGATAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTAGA
CATGACAACTCTCACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTTGACCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGAATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCA
AGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCAAATTTCTTAAAGGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAAGTAAGTATATCTACTTGTTTAAAC
ATCGTGTATGCGAGGAAAAATAATACCATGATGTATCTACGTGTTTGTGTTTGTGTGTGA

>TRINITY_DN115306_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCCCTTGAGAACGGATCGGCAGCGATTGCCAGAGTTCAAGGTAGAGAGCGGCCATGGCGAGTGCCGAAGAAGGGACCAATCATGCACCTCAAGATCAACCTCAATACCTTTTCTTCATTAACCCCTCCCATTTAATTAGTACATATTGAGATTTACACCCTCTCTCAAGTTGAAACCCTTGATACTATTTTCTATGGTT
TGGCTAACACTAGCTTTGATAAAATAGTATCTTCAAGATTTTTGTAGCTTTACATAGGTGGGGCCAAGTCTAATGCTAGTACAGGAGCTAGATGTGTTCTTATAGACCCCAATCAAAATATAACTATATTTTATCTTAAACCATCAACATCATTAATACAACTGAATACAAAGCTTTAGTATTAGGACTGCATTTGGCGA
TAGATTTCAATGTTTAAGATCCACAAGTATCCACATTTACTAAAGTTTAGGGAAAGAGACTTGCACTTGATTAACCATTTTAAGTCTTTTAACCTTTAGTTTAACCCTCAAGATAACAACGCAATGGTTGATTCATGTTTCTTACAAGTTACAACTATCTCTCAATCACTTGCTTCAAACTTTAGTCAAGTGCTCGATTG
ACCAATCAACATTTGACAAAGAATTTGAGGCAGGTGACCTTGTACTCTTATGTGAATGATCTTATGAACCCAAAGGGAAGAATCCCAAGTTTGCTCCTTTATGGTTAGATCCTTACCAATTTGCAAAGAAAGTTAATCAAAGTATCATCCATCTTCAAAACTTGAAGGGAGTCAAGTCCCCTTTGCAAAATAATGCCTCA
AATTTAAAATATACTTCCATTGAACCACTTATAAAAAGTGGGTTAGCAGGTACACTATAGGTTTTTCAGATTGATTTAGCTACTACCTTGCCATAGCCATATATGTTTGATTTCCTAATAGTAGTTTCCCCTTAGTTGTTGTTTTCAGTGAATTGTAAAGATATACTGTAATTTCTTGATCACCATGCTCCTGGACCAGT
GCAAGTGTGGGATAATGTAGATGTAAGTTTTGAAAGGTTTATTGTATGAATATGTAACCTACTCCAAGCTTGCTAGTAGCCCTCACTAGACATATATCTTACACAATGAAATACCTTAGCAACTGTATAGACCAAAGATCCAAGGCCAAATATTTACATGGGTGTTTTAACCTCGGTACTATTATATAGAAGGTGATGAT
ATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTCCAAGGTTAGCTTGATTGTTTGAACCATCCACCCAAGATATGTTGCCGACATGAAGGCCATAGGTCACATGTTCAAATCTGGTCGAGTCCTTTGGGGTTACCACCTGCTATTGTGGCTGGCAGTTGAGCTGCCCTTCATTTGGAAATTCCCGGGAAGAGTGGGGGATCCC
GCAAAGTTTTCCTATTGAAAAAGCTCCAGTAGGTTAGCTCAGTTCATTCGAATGGACTATTTCAAGTTGGAGGTCTTTGGTTCTGGCTTGCTGAGGTTAGAGTCCCATTGGCTTACCAGCTGCTATTGTGGCTGGTGCTTGAGCCGCCCACCAATCCTGCAAGGTTTGCTGTAAAAAAAATAATGTTATATCTATCTATC
TATCTATCTATCTATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGTTCTCTGGTTTTACCTGTATGAGATTTGAATATTAATGTAAATTTTGGCCATGGCAATTGAGAGTCACTGGTAAGCCTTTCTATGGTTGGGATACAGTGGAGCTGTTTTTAGCCAAAGATATGATCCTAGCAAACAATATGGTTTTGTTGGAGACTAAGTC
TGTCTTCCTTGCACAGTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTAGATATGTTGTTGGTTGCCGGAACAAGGTGGATAAGGATAAACTCACTGCAGGCACACGAGTTGTTCTAGACATGACAACTCTCACAATAATGCGTGCTCTGCCTCGTGAGGTATTTGATCTTTTATATTTTAATTATAAATATCATTTAACTTCTGT
CCTAAAGGAGGAATTATTTCATTATATATAATGAGAGAGTGAAAAGTGCTAATTTTTGTATTTGGTACATGTTTCGTAGGTTGACCCTGTTGTATATAATATGCTTCATGAAGATCCTGGCAATGTGAGTTACTCTGCTGTGGGAGGATTGGCAGATCAAATAAGGGAACTTAGAGAGTCTATTGAACTTCCTCTGATGA
ATCCTGAACTCTTTATTAGAGTTGGAATCAAGCCTCCCAAGGGGGTTCTTCTATATGGTCCTCCTGGTACAGGTAAGACACTGTTGGCAAGAGCTATTGCCAGCAACATTGAAGCAAATTTCTTAAAGgtattacatgatctcacttattgtcccttttcattgaagtaatctcagctttcttattattggggatttgag
cttttgagaaatacttttttacttgatttttgaagcaccacttctttatgctatgatatgcgatttttcagGTCGTTTCAAGTGCCATAATAGATAAATATATTGGTGAAAGTGCTAGGCTGATCAGGGAAATGTTTGGATATGCACGAGATCACCAA