sp|P93805|PGMC2_MAIZE ----> Phosphoglucomutase, cytoplasmic 2

Intron 1 GTGATCTGCT ... AAGTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.56	131	23	29
A2	16.67	90	18	18
A3	16.18	114	19	25
A4	18.15	124	27	28
A5	17.3	62.1	17	9
A6	13.22	302	51	41
A7	13.29	274	47	37
A8	13	184	27	28
A9	14.13	237	40	38
A10	15.44	219	44	36

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTCAATATACGGTTTTTCTTTTCTGATAAACTATATTCTAATTATTTGTTTATCACTACAGTGTATTCTGACTACTTTTTACGTACAATACAACTTACAAATGCAGGGAGAAAAGGCATCAGGAGCTTTTATATTGACAGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAAT
GGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCAGACGTAAAGCCTTATGTTTCTGCAGTCATTGTTTTCAAGGATATTCATGGATGAAATCAAATGTTCCAGTCATTCCTAAAGTGATGTTCATGTGCTTATGGTGAAATATTGCA
TAGCATTCCCCACGGTTTAACACTAAGAAGCTATGATGCAGGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTC
TGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGT
GCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATCGTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATC
TTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAATTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAG
CTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGCTTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGC
GGATGAATTTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTGTTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTCAGTATGTTACTGTAATCTGTATGTAGAATGGTACCTTGCGTGAGCTCATTGCTAACGTAATATTCTTTGGTGTTACTGGTTGAAGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGG
TCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAAGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAAGAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTT
TAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGA

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTCTGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAAAA
GATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGgtgatctgcttctaaatataaatggtggattatgatcagtctctggaattgtgcactttcattgtcatgatactggaaaatctacatacttgtaaacgtatcctacagtatatactttttcttttaacatacattggaacac
ttgtattttgttgacagcttagatgcacattccttgtttattttatgagtgccatttacattcaggctttttaagtgagcagGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGTGCCAGAATTTGGTGCTGCTG
CTGATGGTGATGCAGATCGTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATCTTAATCTTAGGTTTTTTGAG
GTGCCCACTGGCTGGAAATTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAGCTTGTCAGTGTAGAGGACAT
AGTCCGTAACCATTGGGCTTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGCGGATGAATTTGAATACAAAG
ATCCGGTTGATGGTTCTGTTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGT

Intron 2 GTGAGCTTCA ... TTTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.82	172	4	48
A2	21.11	157	13	42
A3	24.14	198	7	63
A4	20.48	167	14	43
A5	27.27	88	3	33
A6	23.59	298	18	92
A7	25.8	348	27	121
A8	24.38	152	6	49
A9	22.15	253	25	72
A10	23.42	291	37	89

>TRINITY_DN99359_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoform

ATTCGAACCTGACAAAGCTTTCCAGGTCATTGCCTTTTCCCTCTTTCTACAGTTTTACGAGGCACTGCCATCACCATGTCACGATTTCCCATAATTAAATCAGCGTGAAAAAAACGCCCATCGCATACCAAAAACAGTGACACGACACCACACAGATTGTCTACGTCCGCTATCTTGATTGGGGGAACTTCTATACATTC
TGAACGCTTCATTTTATACTCATCAGTCCTCCTTCAGAATCCCATCACCAAACCCTTGCGAACTGTATACTCATCGGGCATACTTCGTACAATTACCTACCAGGCGAATCTAGAAAAATGGTGATGTTTAGCGTCACTAGGAAGGAAACCTCTCCTTACGATGGACAAAAACCAGGAACATCTGGCCTCAGGAAGAAGGT
CACAGTCTTCCAGCAACAGAATTACTTGCACAATTTTGTTCAAGCTACTTTCAAAGCACTGTCAGCGGAGAAGATAAAAGGTTCCACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTACTTTTCAGAGGAGGCTATTCAGATAATAATAAAAATGGCAGCTGGAAATGGAGTGAGGCGTGTTTGGGTAGGCCAAAATGGACTGC
TTTCAACACCTGCGGTTTCAGCAGTTATACGTGATAGAATTGGAGCAGATGGAGAAAAGGCATCGGGAGCTTTTATATTGACGGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAATGGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATA
AAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCAGACGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTCTGCTATGA
TGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGTGCCAGAAT
TTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATCGTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATCTTAATCTT
AGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAATTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAGCTTGTCAG
TGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGCTTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGCGGATGAAT
TTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTGTTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGGTCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAGGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTG
GAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAAGAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGATAAGTTTTCCAATAAAGTTTTCTTACAT
CTGACTAATAAACAGAATATAATGTATTATTGTGGCATTTTTGCAATAGAGAAATTTTTTGCCAAAATTTCATAAATTCCTTGAAGATGGTGCTGCTCGTAACTGCACG

>TRINITY_DN99359_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTCGAACCTGACAAAGCTTTCCAGGTCATTGCCTTTTCCCTCTTTCTACAGTTTTACGAGGCACTGCCATCACCATGTCACGATTTCCCATAATTAAATCAGCGTGAAAAAAACGCCCATCGCATACCAAAAACAGTGACACGACACCACACAGATTGTCTACGTCCGCTATCTTGATTGGGGGAACTTCTATACATTC
TGAACGCTTCATTTTATACTCATCAGTCCTCCTTCAGAATCCCATCACCAAACCCTTGCGAACTGTATACTCATCGGGCATACTTCGTACAATTACCTACCAGgtgagcttcagatctgatttcaatacctccatttttacacagattgcatcgcgatccagagctgcatgctgttactcacgccgatctatttttttgc
tttgaatttggaaagcatttgtcattgaatgtctgatgtgatgtagattcaaatgcgttttttttgcagGCGAATCTAGAAAAATGGTGATGTTTAGCGTCACTAGGAAGGAAACCTCTCCTTACGATGGACAAAAACCAGGAACATCTGGCCTCAGGAAGAAGGTCACAGTCTTCCAGCAACAGAATTACTTGCACAAT
TTTGTTCAAGCTACTTTCAAAGCACTGTCAGCGGAGAAGATAAAAGGTTCCACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTACTTTTCAGAGGAGGCTATTCAGATAATAATAAAAATGGCAGCTGGAAATGGAGTGAGGCGTGTTTGGGTAGGCCAAAATGGACTGCTTTCAACACCTGCGGTTTCAGCAGTTATACGTGA
TAGAATTGGAGCAGATGGAGAAAAGGCATCGGGAGCTTTTATATTGACGGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAATGGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCAGACG
TAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTCTGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAA
AAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGTGCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATCGTAA
TATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATCTTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAATTTT
TTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAGCTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGCTTCT
TATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGCGGATGAATTTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTGTTTC
CAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGGTCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAGGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAAGAAT
TTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGATAAGTTTTCCAATAAAGTTTTCTTACATCTGACTAATAAACAGAATATAATGTATTATTGTG
GCATTTTTGCAATAGAGAAATTTTTTGCCAAAATTTCATAAATTCCTTGAAGATGGTGCTGCTCGTAACTGCACG

Intron 3 GTAAAGCCTT ... TATGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.57	182.2	56.4	38
A2	20.39	203	52	52
A3	21.89	207	53	63
A4	19.82	87	29	14
A5	19.13	74	14	21
A6	18.96	370.2	84.2	89
A7	19.07	418	115	82
A8	19.54	208	52	49
A9	19.68	300	67	80
A10	17.09	279	71	44

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCCTTTTCCCTCTTTCTACAGTTTTACGAGGCACTGCCATCACCATGTCACGATTTCCCATAATTAAATCAGCGTGAAAAAAACGCCCATCGCATACCAAAAACAGTGACACGACACCACACAGATTGTCTACGTCCGCTATCTTGATTGGGGGAACTTCTATACATTCTGAACGCTTCATTTTATACTCATCAGTCCT
CCTTCAGAATCCCATCACCAAACCCTTGCGAACTGTATACTCATCGGGCATACTTCGTACAATTACCTACCAGGCGAATCTAGAAAAATGGTGATGTTTAGCGTCACTAGGAAGGAAACCTCTCCTTACGATGGACAAAAACCAGGAACATCTGGCCTCAGGAAGAAGGTCACAGTCTTCCAGCAACAGAATTACTTGCA
CAATTTTGTTCAAGCTACTTTCAAAGCACTGTCAGCGGAGAAGATAAAAGGTTCCACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTACTTTTCAGAGGAGGCTATTCAGATAATAATAAAAATGGCAGCTGGAAATGGAGTGAGGCGTGTTTGGGTAGGCCAAAATGGACTGCTTTCAACACCTGCGGTTTCAGCAGTTATAC
GTGATAGAATTGGAGCAGATGGAGAAAAGGCATCGGGAGCTTTTATATTGACGGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAATGGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCA
GACGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTCTGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGC
CAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGTGCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATC
GTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATCTTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAA
TTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAGCTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGC
TTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGCGGATGAATTTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTG
TTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGGTCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAAGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAA
GAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGATAAGTTTTCCAATAAAGTTTTCTTACATCTGACTAATAAACAGAATATAATGTATTAT
TGTGGCATTTTTGCAATAGAGAAATTTTTTGCCAAAATTTCATAAATTCCTTGAAGATGGTGCTGCTCGTAACTGCACGATAGCTTTGTCAATCTAGAGACTAAAATAAACTTTTCTGCAAATTCCGAGCTTGGTATATGCTTTTGTCTTCCTTATCTTTAGTATTAACAATGGAGTAGAGTTTGGGTTATATTTTTTGG
TTGAATGCGTGGAATGGGGTTAAGAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGT

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTCAATATACGGTTTTTCTTTTCTGATAAACTATATTCTAATTATTTGTTTATCACTACAGTGTATTCTGACTACTTTTTACGTACAATACAACTTACAAATGCAGGGAGAAAAGGCATCAGGAGCTTTTATATTGACAGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAAT
GGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCAGACgtaaagccttatgtttctgcagtcattgttttcaaggatattcatggatgaaatcaaatgttccagtcattcctaaagtgatgttcatgtgcttatggtgaaatattgca
tagcattccccacggtttaacactaagaagctatgatgcagGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTC
TGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGT
GCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATCGTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATC
TTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAATTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAG
CTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGCTTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGC
GGATGAATTTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTGTTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTCAGTATGTTACTGTAATCTGTATGTAGAATGGTACCTTGCGTGAGCTCATTGCTAACGTAATATTCTTTGGTGTTACTGGTTGAAGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGG
TCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAAGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAAGAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTT
TAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGA

Intron 4 GTCAGTATGT ... CTGGTTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	120	25	23
A2	15.24	114	24	17
A3	14.38	131	26	18
A4	15.96	79	23	7
A5	17.12	46	15	4
A6	14.67	759	154	107
A7	14.94	504	111	66
A8	15.22	638	131	98
A9	17.09	565	125	108
A10	14.65	300	60	43

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCCTTTTCCCTCTTTCTACAGTTTTACGAGGCACTGCCATCACCATGTCACGATTTCCCATAATTAAATCAGCGTGAAAAAAACGCCCATCGCATACCAAAAACAGTGACACGACACCACACAGATTGTCTACGTCCGCTATCTTGATTGGGGGAACTTCTATACATTCTGAACGCTTCATTTTATACTCATCAGTCCT
CCTTCAGAATCCCATCACCAAACCCTTGCGAACTGTATACTCATCGGGCATACTTCGTACAATTACCTACCAGGCGAATCTAGAAAAATGGTGATGTTTAGCGTCACTAGGAAGGAAACCTCTCCTTACGATGGACAAAAACCAGGAACATCTGGCCTCAGGAAGAAGGTCACAGTCTTCCAGCAACAGAATTACTTGCA
CAATTTTGTTCAAGCTACTTTCAAAGCACTGTCAGCGGAGAAGATAAAAGGTTCCACAATTGTTGTCTCTGGTGATGGCCGCTACTTTTCAGAGGAGGCTATTCAGATAATAATAAAAATGGCAGCTGGAAATGGAGTGAGGCGTGTTTGGGTAGGCCAAAATGGACTGCTTTCAACACCTGCGGTTTCAGCAGTTATAC
GTGATAGAATTGGAGCAGATGGAGAAAAGGCATCGGGAGCTTTTATATTGACGGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAATGGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCA
GACGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTCTGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGC
CAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGTGCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATC
GTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATCTTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAA
TTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAGCTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGC
TTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGCGGATGAATTTGAATACAAAGATCCGGTTGATGGTTCTG
TTTCCAAACATCAGGGTGTACGCTACCTTTTTGAAGATGGATCTCGATTGGTGTTCCGTCTTTCTGGAACTGGGTCTGTAGGTGCAACCATTCGGTTGTATATTGAGCAATATGTAGCGGATTCCGCCAAGATTGGAAGAGATTCACAAGAGGCTCTTGCTCCCCTGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGAA
GAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGTAGCTCTACGACTTTCAAAGATGGATAAGTTTTCCAATAAAGTTTTCTTACATCTGACTAATAAACAGAATATAATGTATTAT
TGTGGCATTTTTGCAATAGAGAAATTTTTTGCCAAAATTTCATAAATTCCTTGAAGATGGTGCTGCTCGTAACTGCACGATAGCTTTGTCAATCTAGAGACTAAAATAAACTTTTCTGCAAATTCCGAGCTTGGTATATGCTTTTGTCTTCCTTATCTTTAGTATTAACAATGGAGTAGAGTTTGGGTTATATTTTTTGG
TTGAATGCGTGGAATGGGGTTAAGAATTTACTGGCCGCTCGAGTCCTACTGTAATCACATGAGTTATAGGAAATACTATGAATGCAATGCAGAAGTTTAGGTTTTCTTTTGAGGAATGGATTTTTATTCACAGGTGGAAGT

>TRINITY_DN113780_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTCAATATACGGTTTTTCTTTTCTGATAAACTATATTCTAATTATTTGTTTATCACTACAGTGTATTCTGACTACTTTTTACGTACAATACAACTTACAAATGCAGGGAGAAAAGGCATCAGGAGCTTTTATATTGACAGCTAGCCATAATGCAGGAGGTCCAAAGGAGGACTTTGGAATAAAGTACAACATGGAAAAT
GGGGGTCCAGCTCCTGAAGGGATTACTGACAAGATATATGAGAATACTAAGACAATAAAGGAGTATTTTACTGCAGAAGATCTCCCAGACGTAAAGCCTTATGTTTCTGCAGTCATTGTTTTCAAGGATATTCATGGATGAAATCAAATGTTCCAGTCATTCCTAAAGTGATGTTCATGTGCTTATGGTGAAATATTGCA
TAGCATTCCCCACGGTTTAACACTAAGAAGCTATGATGCAGGTAGACATATCAACCGTAGCCATAACAACTTTTGGTGGCCCTGAGGGACCTTTCGATGTGGATGTCTTTGATTCTACTGAAGATTATGTTAAACTGATGAAGACTATATTCGATTTTGAAGCTATCCAAAAGCTACTTACATGCCCCAAATTCACGTTC
TGCTATGATGCACTTCATGGAGTGGCTGGGATATATGCCAAAAAGATTTTTGTGGAGGAGCTGTCTGCCAGTGAGAGCTCATTAATAAATTGCACTCCAAAGGCTGATTTTGGAGGAGGTCATCCAGACCCAAATTTAACATATGCCAAGGAGTTGGTTGCACGGATGGGATTGGGTAAAGAAGCTCCTGGTTCAGAAGT
GCCAGAATTTGGTGCTGCTGCTGATGGTGATGCAGATCGTAATATGATTCTTGGCAAGAGGTTTTTTGTGACTCCATCAGATTCCGTTGCCATCATTGCAGCAAATGCAGTTGAAGCCATTCCATACTTCAGCTCTGGATTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCAACATCAGCTGCACTTGATGTAGTTGCAAAAAATC
TTAATCTTAGGTTTTTTGAGGTGCCCACTGGCTGGAAATTTTTTGGAAATTTAATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGAGAAGAGAGTTTTGGCACTGGTTCTGACCATATCCGAGAGAAGGATGGAGTCTGGGCAGTTTTAGCATGGTTTTCAATTCTAGCTTACAAAAATAAGGATAACCTCGATGGCGGGAAG
CTTGTCAGTGTAGAGGACATAGTCCGTAACCATTGGGCTTCTTATGGTCGCCACTATTATACACGTTATGACTATGAAAATGTTGATGCAGGTGCTGCAAAGGAGCTCATGGCACATTTGATTAAGCTGCAGTCTTCTCTCCCAGAAGTTAACAAGTTAATTAAAGAAGTGAGACCAGATGTTTCTGTAGTCGTGGATGC
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