sp|Q940B0|RL183_ARATH ----> Large ribosomal subunit protein eL18x

Intron 1 GTGAGTTTAG ... TTGTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.59	949.8	4.5	98.5
A2	9.28	951.3	10	107
A3	7.46	1382.5	0	123
A4	8.89	765.3	4	83
A5	8.09	708.5	2	68.5
A6	8.55	6368	1	667.5
A7	8.35	5055.3	0	515.5
A8	8.32	2619	0	265
A9	8.22	4692.8	0	468.5
A10	6.88	4030	0	324.5

>TRINITY_DN110785_c6_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GTAGCCATTACAATTAAAATTTGAGTAGGCCTGAGAGTTATTTATTTTTCGAGTAGCGACTTAACCATATCCATTTAACAAATCTATTCTTGCAATTCCGATCGAACTTAATATTATTTATTTATAATAATTATTATTTAGAGTAAATCCAAAAATTGTTTTGTCAAAACCCTAACCCTAGATTGGAATAAACCCCTGCG
CCCATCCCTGCCTATTTCTTTTCCTTTTCGCTTTCACTCTTGTTCTTATTGTTCGCGAAGCGTCAGGGGGAACAGGAGGGCCGAGGGTTCGACGTCAGAAGCAGCAGCAGCAATGGGTATCGACTTAATTGCCGGTGGTAAACGCAAGAAGGCCAAGCGTACAGCTCCCAAGAGCAATGATATTTACCTCAAGCTGCTCG
TGAAGCTATATCGGTTTTTGGTGAGGAGAACCAATAGCCACTTCAATGCAGTGATTTTGAAGAGGCTGTTCATGAGCAAAACCAACAAGCCACCGCTATCTCTTTCTCGCCTGGCTCGTTACATGCAGGGGAAGGATGAGCAGATTGCAGTGGTTGTGGGCACCATTACAGATGATAATAGGATTTTTGAGCTGCCTGCA
GTGAAGGTAACTGCTCTTAGATTTACGGAGACAGCAAGAGCTCGAATTTTGAAAGCAGGAGGGGAATGCTTAACTTTTGATCAGCTTGCACTCCGTGCACCACTTGGACAGAACACGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCACACAGCCACACTAA
ACCATATGTTCGATCTAAGGGTAGGAAATATGAGATGGCTCGTGGTAGGAGAAATAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTTCATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAATTTTTTCTTTGAAA
CAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTTGGTTTGCTATCAGAGCTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAAAGGAGTAATGAGCTTTACAACTTTTGACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGACATCTCTATATGAT
TTTTGTGACCATTTAATGATAGCG

>TRINITY_DN110785_c6_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGGGCCGAGGGTTCGACGTCAGCAGCAGCAGCAGCAATGgtgagtttagggtttttgaaaaatgcctgtgggatccttctatgtggctgttttcttttctgaaaatggataaattttttgttgacagGGTATCGACTTAATTGCCGGTGGTAAACGCAAGAAGGCCAAGCGTACAGCTCCCAAGAGCAATGATATTTAC
CTCAAGCTGCTCGTGAAGCTATATCGGTTTTTGGTGAGGAGAACCAATAGCCACTTCAATGCAGTGATTTTGAAGAGGCTGTTCATGAGCAAAACCAACAAGCCACCGCTATCTCTTTCTCGCCTGGCTCGTTACATGCAGGGGAAGGATGAGCAGATTGCAGTGGTTGTGGGCACCATTACAGATGATAATAGGATTTT
TGAGCTGCCTGCAGTGAAGGTAACTGCTCTTAGATTTACGGAGACAGCAAGAGCTCGAATTTTGAAAGCAGGAGGGGAATGCTTAACTTTTGATCAGCTTGCACTCCGTGCACCACTTGGACAGAACACGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCAC
ACAGCCACACTAAACCATATGTTCGATCTAAGGGTAGGAAATATGAGATGGCTCGTGGTAGGAGAAATAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTTCATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAAT
TTTTTCTTTGAAACAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTTGGTTTGCTATCAGAGCTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAAAGGAGTAATGAGCTTTACAACTTTTGACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGAC
ATCTCTATATGATTTTTGTGACCATTTAATGATAGCG

Intron 2 GTAATTCTAG ... TGCATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.88	801	78.4	198.8
A2	20.92	703	77.2	186
A3	18.94	713	83.8	166.6
A4	20.19	601	66	152
A5	20.32	349	39.2	89
A6	19.97	7889	818.6	1969
A7	19.81	4380	547.8	1082
A8	19.55	5557	481.6	1350.4
A9	20.41	4782	514.6	1226
A10	18.08	3011	416.8	664.6

>TRINITY_DN116986_c10_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GACTTAACCATATCCATTTAACAAATCTATTCTTGCAATTCCGATCGAACTTAATATTATTTATTTATAATAATTATTATTTAGAGTAAATCCAAAAATTGTTTTGTCAAAACCCTAACCCTAGATTGGAATAAACCCCTGCGCCCATCCCTGCCTATTTCTTTTCCTCTTCGCTTTCACTCTTGTTCTTATTGTTCGCG
AAGCGTCAGGGGGAACAGGAGGGCCGAGGGTTCGACGTCAGCAGCAGCAGCAGCAATGGGTATCGACTTAATTGCCGGTGGTAAACGCAAGAAGGCCAAGCGTACAGCTCCCAAGAGCAATGATATTTACCTCAAGCTGCTCGTGAAGCTATATCGGTTTTTGGTGAGGAGAACCAATAGCCACTTCAATGCAGTGATTT
TGAAGAGGCTGTTCATGAGCAAAACCAACAAGCCACCGCTATCTCTTTCTCGCCTGGCTCGTTACATGCAGGGGAAGGATGAGCAGATTGCAGTGGTTGTGGGCACCATTACAGATGATAATAGGATTTTTGAGCTGCCTGCAGTGAAGGTAACTGCTCTTAGATTTACGGAGACAGCAAGAGCTCGAATTTTGAAAGCA
GGAGGGGAATGCTTAACTTTTGATCAGCTTGCACTCCGTGCACCACTTGGACAGAACACGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCACACAGCCACACTAAACCATATGTTCGATCTAAGGGTAGGAAATATGAGATGGCTCGTGGTAGGAGAAATAG
TCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTTCATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAATTTTTTCTTTGAAACAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTTGGTTTGCTATCAGAG
CTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAATGGAGTAATGAGCTTCACAACTTTTGACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGACATCTCTATATGATTTTTGTGACCATTTAATGATAGCTATTTTTATAATTGTTATTTTAATGGTTTGCTGG
GTTTCTCTTGTGAATATGAGGTGTTTATTTTTATTTTATTGATTTCATTTGATTTAACATTTTTTGGATGTATGAAGGAAATAATTTATTGAATCCTTAAAATAAATTTGATCTAGATACATGTATATATTAGCACAACCAGAAAGTAATTCAATTGGAGTGTAGTTTTTAACTGTCAACTACAACTATTTTGTTAGAAT
GCCCTAGCCCAACTACGACTATTTTAACCCTAGGATTTACACATGAATGGCAC

>TRINITY_DN116986_c10_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGAGCTAATTCTAGAAACATCATCCAGAGCATGTAGACTTCATTCCTGGTCTATTTTTTGTGAATTTCGTCTATTGATATATTGAGTTCATGACAGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCACACAGCCACACTAAACCATATGTTCGATCTAAG
GGTAGGAAATATGAGATGGCTCGTGGTAGGAGAAATAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGgtaattctagttttatttgtcattgcagtaaacaatgcttactttttaataaataagatgcttattatgattcctgttttgcattgcagGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTT
CATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAATTTTTTCTTTGAAACAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTTGGTTTGCTATCAGAGCTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAATGGAGTAATGAGCTTCACAACTTTT
GACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGACATCTCTATATGATTTTTGTGACCATTTAATGATAGCTATTTTTATAATTGTTATTTTAATGGTTTGCTGGGTTTCTCTTGTGAATATGAGGTGTTTATTTTTATTTTATTGATTTCATTTGATTTAACATTTTTTGGATGTAT
GAAGGAAATAATTTATTGAATCCTTAAAATAAATTTGATCTAGATACATGTATATATTAGCACAACCAGAAAGTAATTCAATTGGAGTGTAGTTTTTAACTGTCAACTACAACTATTTTGTTAGAATGCCCTAGCCCAACTACGACTATTTTAACCCTAGGATTTACACATGAATGGCAC

Intron 3 GTATTTTTAT ... TGTTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.78	863	502	98
A2	37.32	974	580	98
A3	37.48	1428	856	144
A4	34.99	732	394	104
A5	35	847	456	99
A6	36.26	7808	4442	872
A7	36.33	6000	3423	682
A8	36.19	3054	1732	406
A9	36.49	5341	3069	612
A10	36.59	4661	2690	546

>TRINITY_DN116986_c10_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

GACTTAACCATATCCATTTAACAAATCTATTCTTGCAATTCCGATCGAACTTAATATTATTTATTTATAATAATTATTATTTAGAGTAAATCCAAAAATTGTTTTGTCAAAACCCTAACCCTAGATTGGAATAAACCCCTGCGCCCATCCCTGCCTATTTCTTTTCCTCTTCGCTTTCACTCTTGTTCTTATTGTTCGCG
AAGCGTCAGGGGGAACAGGAGGGCCGAGGGTTCGACGTCAGCAGCAGCAGCAGCAATGGGTATCGACTTAATTGCCGGTGGTAAACGCAAGAAGGCCAAGCGTACAGCTCCCAAGAGCAATGATATTTACCTCAAGCTGCTCGTGAAGCTATATCGGTTTTTGGTGAGGAGAACCAATAGCCACTTCAATGCAGTGATTT
TGAAGAGGCTGTTCATGAGCAAAACCAACAAGCCACCGCTATCTCTTTCTCGCCTGGCTCGTTACATGCAGGGGAAGGATGAGCAGATTGCAGTGGTTGTGGGCACCATTACAGATGATAATAGGATTTTTGAGCTGCCTGCAGTGAAGGTAACTGCTCTTAGATTTACGGAGACAGCAAGAGCTCGAATTTTGAAAGCA
GGAGGGGAATGCTTAACTTTTGATCAGCTTGCACTCCGTGCACCACTTGGACAGAACACGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCACACAGCCACACTAAACCATATGTTCGATCTAAGGGTAGGAAATATGAGATGGCTCGTGGTAGGAGAAATAG
TCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTTCATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAATTTTTTCTTTGAAACAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTTGGTTTGCTATCAGAG
CTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAATGGAGTAATGAGCTTCACAACTTTTGACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGACATCTCTATATGATTTTTGTGACCATTTAATGATAGCTATTTTTATAATTGTTATTTTAATGGTTTGCTGG
GTTTCTCTTGTGAATATGAGGTGTTTATTTTTATTTTATTGATTTCATTTGATTTAACATTTTTTGGATGTATGAAGGAAATAATTTATTGAATCCTTAAAATAAATTTGATCTAGATACATGTATATATTAGCACAACCAGAAAGTAATTCAATTGGAGTGTAGTTTTTAACTGTCAACTACAACTATTTTGTTAGAAT
GCCCTAGCCCAACTACGACTATTTTAACCCTAGGATTTACACATGAATGGCAC

>TRINITY_DN116986_c10_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GACTTAACCATATCCATTTAACAAATCTATTCTTGCAATTCCGATCGAACTTAATATTATTTATTTATAATAATTATTATTTAGAGTAAATCCAAAAATTGTTTTGTCAAAACCCTAACCCTAGATTGGAATAAACCCCTGCGCCCATCCCTGCCTATTTCTTTTCCTCTTCGCTTTCACTCTTGTTCTTATTGTTCGCG
AAGCGTCAGGGGGAACAGGAGGGCCGAGGGTTCGACGTCAGCAGCAGCAGCAGCAATGGGTATCGACTTAATTGCCGGTGGTAAACGCAAGAAGGCCAAGCGTACAGCTCCCAAGAGCAATGATATTTACCTCAAGCTGCTCGTGAAGgtatttttattcaatccggtttgaaatacccgtacttgagggttcatcgcat
ttcagggtttattgtaaatctgaaatctattttccttatcgattatatttttgggtgaggagagtcggttttgttagggtttcatggcattttaggggttagtttaaatcctggctttgtttttcttatgtgattgattttcgttctttgtgatgttgtttagCTATATCGGTTTTTGGTGAGGAGAACCAATAGCCACT
TCAATGCAGTGATTTTGAAGAGGCTGTTCATGAGCAAAACCAACAAGCCACCGCTATCTCTTTCTCGCCTGGCTCGTTACATGCAGGGGAAGGATGAGCAGATTGCAGTGGTTGTGGGCACCATTACAGATGATAATAGGATTTTTGAGCTGCCTGCAGTGAAGGTAACTGCTCTTAGATTTACGGAGACAGCAAGAGCT
CGAATTTTGAAAGCAGGAGGGGAATGCTTAACTTTTGATCAGCTTGCACTCCGTGCACCACTTGGACAGAACACGATCTTGTTGCGTGGCCCCAAGAGTCATCGTGAGGCTGTTAAGCACTTTGGAAGGGCTCCAGGTGTTCCACACAGCCACACTAAACCATATGTTCGATCTAAGGGTAGGAAATATGAGATGGCTCG
TGGTAGGAGAAATAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAGAAAATCAGAGGATTTAGTTGCGATTTTAGTATTTCTAGAGAGCTTTGCAGATTTCATTAGGTTTACTATTCTGTTGCGGGCAATTGTAAGCAGTAACTCTAGATGTTTAATTTTTTCTTTGAAACAATATCACCAGATGATGGACCATCAGGATGAGGTGTCTGTT
GGTTTGCTATCAGAGCTCTTCCTATAAAATGACTCAGTTTTACGACTTTTCTGTTGGTATGAATGGAGTAATGAGCTTCACAACTTTTGACACTGCCTTAACCTCCCGTGGAGGGAGGGCCACCAGTTTTACGATATTTTGAGACATCTCTATATGATTTTTGTGACCATTTAATGATAGCTATTTTTATAATTGTTATT
TTAATGGTTTGCTGGGTTTCTCTTGTGAATATGAGGTGTTTATTTTTATTTTATTGATTTCATTTGATTTAACATTTTTTGGATGTATGAAGGAAATAATTTATTGAATCCTTAAAATAAATTTGATCTAGATACATGTATATATTAGCACAACCAGAAAGTAATTCAATTGGAGTGTAGTTTTTAACTGTCAACTACAA
CTATTTTGTTAGAATGCCCTAGCCCAACTACGACTATTTTAACCCTAGGATTTACACATGAATGGCAC