sp|O04619|ADNT1_ARATH ----> Mitochondrial adenine nucleotide transporter ADNT1
Intron 1 GTATATGAAA ... TTTATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.83 | 35 | 85 | 5 |
| A2 | 67.42 | 31 | 64.1 | 12 |
| A3 | 79.17 | 20 | 76 | 5 |
| A4 | 78.3 | 23 | 83 | 5 |
| A5 | 67.92 | 17 | 36 | 3 |
| A6 | 67.72 | 102 | 214 | 26 |
| A7 | 66.72 | 126.7 | 254 | 31 |
| A8 | 72.92 | 117 | 315 | 39 |
| A9 | 70.38 | 93 | 221 | 6 |
| A10 | 68.34 | 101 | 218 | 11 |
>TRINITY_DN37705_c0_g2_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGGTACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCT
GAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTA
TATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATT
ACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTACGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCAT
TCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAA
TGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGC
ATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGT
GAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTC
AAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTA
TTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTT
AGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCAACG
>TRINITY_DN37705_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGGTACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCT
GAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTA
TATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATT
ACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTACGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCAT
TCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAA
TGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGC
ATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGT
GAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTC
AAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGgtatatgaaattctttaccaggctttatagtagatacatgtcagttatacatttgaaagatgtatttgtatgcttgagggtgaaactttcaagtaa
tctgcatatggcgtgcccccctttgaatctctgaatatggtagtctgactaacttgacatgacatgttgctcctctttggatggacaaattttgggctgtcatcggacagcaaacgattatttttcatggaaggcaggcaatgcgacttattttatggttttaaaattggagattattacatttgacacaaggcagtcat
caggtgttgttcaatgcttaaacaatggcacacgttgccttgctgaatggtaaagtcaaatgtcatttgccaagagtaaaaatggtatgggcttgcagtgttgactctgccgtttatagcatatttgaaagctaatagggcggtatcaggacaatgatttatcactccctattgtacacaagccttgtaatagaacgatg
catttatgaattgtatgaacacaaactggcaaattatctgatgtttggagattgcctcgtgaagttgtaaattttcttcgaaggttcagcaatcttacttttctcatgtaggggatataatggagctggggagaatgaatcactttttccagtccgacttttctcatgtaggaaatatagttagtaggagatcatgaaaa
tatagttgagttggcgaaaacgacatatccattcttacttttctcatgttgaagatataatgttgtagtagtagggagaatgccatatagtaggtagagttggggagaatgacataattttttttgtgtcttactttctcatgtaggagatataatgtagttggggaagaattgacatcattgtgtttatttgtttgact
attattggaaagagcagttagtttttttcttaactttccaggtcatttatttcagGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAA
AGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTT
ATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCAACG
Intron 2 GTTAGGAATT ... TCAAAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 59.09 | 27 | 10 | 39 |
| A2 | 52.31 | 31 | 2 | 34 |
| A3 | 58.93 | 23 | 2 | 33 |
| A4 | 54.21 | 49 | 2 | 58 |
| A5 | 50.79 | 31 | 7 | 32 |
| A6 | 50 | 16 | 5 | 16 |
| A7 | 53.33 | 28 | 2 | 32 |
| A8 | 48.15 | 14 | 0 | 13 |
| A9 | 56 | 22 | 0 | 28 |
| A10 | 50 | 28 | 3 | 28 |
>TRINITY_DN101875_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoformTCAGGTTGGTACCAGATTCGTTGTGCGCAGATTTTCAAATTACAATTCTGTGAAATAGAGGTCCCTTTTAGCTGTGATTAGATTCTATTCCGAGAATAAGAATTCCCAGCGAAGCATGTTATTTTTTGGCGGGTAGGGTTTTGGGGTCGGAGTAAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTT
GCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAG
TTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGG
ATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTACGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTAC
CATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGT
CAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAA
GGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTT
GGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTG
CTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAG
TAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGT
CATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACG
ATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGA
AAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTG
ACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAAT
AAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTG
CTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTG
>TRINITY_DN101875_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:TCAGGTTGGTACCAGATTCGTTGTGCGCAGATTTTCAAATTACAATTCTGTGAAATAGAGGTCCCTTTTAGCTGTGATTAGATTCTATTCCGAGAATAAGAATTCCCAGCGAAGCATGTTATTTTTTGGCGGGTAGGGTTTTGGGGTCGGAGTAAGgttaggaatttagctatttcaatttttggggcattttattgttc
tggaagctcttttattcgaggttttgagaggagctcccttttttggttcgtctgacggctataaggccattctctcgttttctttgttgtgtcaaaagcagGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTA
TTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGT
TAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAG
ACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTACGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCA
AGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCG
TTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTA
ATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAAC
TCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAAT
CTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAA
CTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTA
AAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGAT
TGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGA
AGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTT
CAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGA
TCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGAT
ACCGCCTG
Intron 3 GTTGGTACCA ... TCGGAGTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.88 | 116 | 4.5 | 27 |
| A2 | 17.22 | 149 | 11.3 | 31 |
| A3 | 15.03 | 130 | 8.3 | 23 |
| A4 | 22.58 | 168 | 12 | 49 |
| A5 | 32.98 | 63 | 3 | 31 |
| A6 | 15.38 | 88 | 4.5 | 16 |
| A7 | 15.82 | 149 | 7.5 | 28 |
| A8 | 22.58 | 48 | 0 | 14 |
| A9 | 12.5 | 154 | 17.3 | 22 |
| A10 | 16.18 | 145 | 12 | 28 |
>TRINITY_DN38462_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformTGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGGTACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGC
TGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTT
ATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGAT
TACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCA
TTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCA
ATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGG
CATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGG
TGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCT
CAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACT
ATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGT
TAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTATGTTAT
CAAGTACCAATACCAATATTAGTATTTTA
>TRINITY_DN38462_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGGTACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGgttggtaccagattcgttgtgcgcagattttcaaattacaattctg
tgaaatagaggtcccttttagctgtgattagattctattccgagaataagaattcccagcgaagcatgttattttttggcgggtagggttttggggtcggagtaagGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCG
CCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATG
CGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAA
CTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATA
AAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGT
ATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGG
ACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTAT
ACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCA
TCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTG
ACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAA
TGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTG
GAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCAT
GTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATT
TATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATAC
ACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTT
CTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTATGTTATCAAGTACCAATACCAATATTAGTATTTTA
Intron 4 GTATGTAGTG ... TATGTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.54 | 84.1 | 4.5 | 3.9 |
| A2 | 7.51 | 88.1 | 7.8 | 12.6 |
| A3 | 5.85 | 93.1 | 6.1 | 11.7 |
| A4 | 5.77 | 90 | 5.9 | 11 |
| A5 | 4.48 | 32.4 | 1.4 | 6.2 |
| A6 | 5.55 | 153.3 | 8.9 | 12.4 |
| A7 | 3.57 | 203.9 | 7.7 | 16.6 |
| A8 | 3.96 | 157.4 | 6.6 | 14.6 |
| A9 | 4.24 | 204.6 | 9.1 | 17.9 |
| A10 | 3.53 | 207 | 7.7 | 16.5 |
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformAATTTCTTCTTAATAAAAAGAAGTAAAATGATCAAACTAGAATATGCGGTATCAGTTGAAAGTGGGGTTCAAACTAACCCAGAGCTAATCTATAGTTAAAGAAAGGTTGTGGTGGCATATGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGG
TACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGC
GCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCC
AGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAA
AAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTG
TTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTG
ACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGA
GAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGA
TAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTA
GTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGG
ATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAA
AATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCG
AAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAA
TGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGT
ATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGT
TTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAG
TTTTGGATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGgtatgtagtggatttatttactcctttttaagatgattgtgttgggagattcctttctcaaagatttctcccctactctatctttcttaaagtgaatgcttttatgtttcagGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGAC
AGGTAAATGCATGCAATCCAGCCAAAATATGTATTGCCTTCCAATGCACTATTTTCCTGATTTAGATGTAGGGATTTTTCAAATCCATACAATTTCAGAAAAGCTTGAAGAGGGTGATATTGAACCAATTTTGTATCAAAGCTTGTAATGATAAGAGCAAAGGCAGTATATCAATCTGGGCATTTTACAAATGCTTGCAC
ACATTATTTCATGGTTTTTCAATGTAGTCATTTACTGCTACAGAAGCAGTCTCTTCCGTGTGCATACTAATTTTAAAATATTGCAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAG
AAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTAT
TTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTT
TGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGC
TTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAA
TCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTA
GGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCC
TATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACG
GTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCA
ACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT
Intron 5 GTATATGAAA ... CATCGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.9 | 52 | 85 | 84 |
| A2 | 59.86 | 44 | 64.2 | 67 |
| A3 | 69.73 | 28 | 76 | 53 |
| A4 | 73.71 | 28 | 83 | 74 |
| A5 | 63.83 | 17 | 36 | 24 |
| A6 | 56.66 | 161 | 214 | 207 |
| A7 | 56.14 | 193 | 254 | 240 |
| A8 | 61.16 | 194 | 315 | 296 |
| A9 | 58.65 | 171 | 221 | 264 |
| A10 | 57.73 | 149 | 218 | 189 |
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformAATTTCTTCTTAATAAAAAGAAGTAAAATGATCAAACTAGAATATGCGGTATCAGTTGAAAGTGGGGTTCAAACTAACCCAGAGCTAATCTATAGTTAAAGAAAGGTTGTGGTGGCATATGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGG
TACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGC
GCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCC
AGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAA
AAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTG
TTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTG
ACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGA
GAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGA
TAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTA
GTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGT
ATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTT
CAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCAT
ATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCA
GTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTG
GGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGG
ATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATTTCTTCTTAATAAAAAGAAGTAAAATGATCAAACTAGAATATGCGGTATCAGTTGAAAGTGGGGTTCAAACTAACCCAGAGCTAATCTATAGTTAAAGAAAGGTTGTGGTGGCATATGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGG
TACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGC
GCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCC
AGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAA
AAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTG
TTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTG
ACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGGTAATTTTACTTGAAAGTTGGATCAATTGGGATACTGCAGTGCCCTTTTTTTGTGTTATTTGTGATTTATCCTAATTCTGGGGAATGTAATGTTCTATTCTTGCATAAGCCACAAACTCATATCTGTTGGGGATTGTCATCCT
TGATTAATGTCTAGTACAGAAGGTTTACCATGTAATGTTTTCACCATTTCTGAATGTGTTTGAATCCACTGACACACACTCAAGTTTGATAAAAATGTTGAAGTCTGCATATGTATATGCTTATGCTTTCTAATTATCTCCAATGGTTACAGATTTTTAATGATAAAAAATGTGGCACGTTTATAGATAAGACAGATGAC
CATGGTAACTATATCATTTTTTAATCAGACATCCACTAACAGGATTTTTACATGAAGCATGATTTTTGTGAGTGCAGTTTTCTATGAATGGTCAAATGTCTTCATTTCTTCTGACATGAAATTTCTTATAATTTACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGG
CATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGG
TGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCT
CAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGgtatatgaaattctttaccaggctttatagtagatacatgtcagttatacatttgaaagatgtatttgtatgcttgagggtgaaactttcaagta
atctgcatatggcgtgcccccctttgaatctctgaatatggtagtctgactaacttgacatgacatgttgctcctctttggatggacaaattttgggctgtcatcggacagCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCA
TCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGAT
GCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAA
ATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGAC
TATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAA
AAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCT
TATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT
Intron 6 GTAATTTTAC ... TAATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.75 | 105 | 30 | 25 |
| A2 | 17.98 | 73 | 18 | 14 |
| A3 | 18.78 | 80 | 16 | 21 |
| A4 | 18.95 | 77 | 13 | 23 |
| A5 | 24 | 38 | 16 | 8 |
| A6 | 13.71 | 129 | 24 | 17 |
| A7 | 14.98 | 193 | 23 | 45 |
| A8 | 11.43 | 124 | 17 | 15 |
| A9 | 18.64 | 155 | 36 | 35 |
| A10 | 12.37 | 124 | 22 | 13 |
>TRINITY_DN113000_c0_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCAGATTTTCAAATTACAATTCTGTGAAATAGAGGTCCCTTTTAGCTGTGATTAGATTCTATTCCGAGAATAAGAATTCCCAGCGAAGCATGTTATTTTTTGGCGGGTAGGGTTTTGGGGTCGGAGTAAGGTTAGGAATTTAGCTATTTCAATTTTTGGGGCATTTTATTGTTCTGGAAGCTCTTTTATTCGAGGTTTTGA
GAGGAGCTCCCTTTTTTGGTTCGTCTGACGGCTATAAGGCCATTCTCTCGTTTTCTTTGTTGTGTCAAAAGCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGG
CGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATC
CAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGA
AAAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATT
GTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGT
GACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATG
AGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAG
ATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGT
AGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTG
GATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAA
AAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTC
GAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGA
ATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAG
TATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCG
TTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGC
>TRINITY_DN113000_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGGTACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGA
TGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGCGCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATA
TTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCCAGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAAC
ACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAAAAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTC
AAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTGTTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAA
AAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTGACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGgtaattttacttgaaagttggatcaattgggatactgcagtgccctttttttgtgttatttgtgatttatcctaatt
ctggggaatgtaatgttctattcttgcataagccacaaactcatatctgttggggattgtcatccttgattaatgtctagtacagaaggtttaccatgtaatgttttcaccatttctgaatgtgtttgaatccactgacacacactcaagtttgataaaaatgttgaagtctgcatatgtatatgcttatgctttctaat
tatctccaatggttacagatttttaatgataaaaaatgtggcacgtttatagataagacagatgaccatggtaactatatcattttttaatcagacatccactaacaggatttttacatgaagcatgatttttgtgagtgcagttttctatgaatggtcaaatgtcttcatttcttctgacatgaaatttcttataattt
acagACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGAGAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAG
TTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTAC
CTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATA
GTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAG
GCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCT
AATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAG
AATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTA
CTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTT
GGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTC
TGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGC
Intron 7 GTAAATGCAT ... AATATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.31 | 109 | 3.3 | 35 |
| A2 | 25.69 | 107 | 6 | 37 |
| A3 | 20.49 | 97 | 4.3 | 25 |
| A4 | 27.87 | 88 | 11.8 | 34 |
| A5 | 22.41 | 45 | 2.7 | 13 |
| A6 | 21.31 | 192 | 6.8 | 52 |
| A7 | 20.42 | 304.1 | 8.7 | 78 |
| A8 | 26.76 | 249 | 5.2 | 91 |
| A9 | 25 | 282 | 6 | 94 |
| A10 | 23.1 | 266.3 | 6.8 | 80 |
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformAATTTCTTCTTAATAAAAAGAAGTAAAATGATCAAACTAGAATATGCGGTATCAGTTGAAAGTGGGGTTCAAACTAACCCAGAGCTAATCTATAGTTAAAGAAAGGTTGTGGTGGCATATGCTGGTATCGTTGTGCGGCTCTGGCGTGTCTTAGGGTTAGGGATGCACCACAAACAAAAATTAAAAGTCCCGAAGCGCGG
TACCACCAATCGACGCTGAGGCCCCATTTTAAAGCCCTCGCGCTATTCGAACACCAGCTTCAAGTTCGATCAGGGGCGTGGGTGTTGTTGCTGGTTTCAGTGTTCTTATTGATATTTGCTGAAGTGAAAACTGATGGGTTGAAGGATTTAGGGCAGCTGTGCAATCGCCGTATTTCTTGTGAAAGGTGCCAAATTTGGGC
GCCGAGTTGAGAGAAGGTCCGTAGATTTGGGCTTTCAGTCAAGGTCTCGAGGGATTCTGCCGCTCAACAGCCCAAACCCTCGCTATATTTTTGATGCAATCTGCGATTGCTTTTAAGTTATATTTCTATCCATATTGGCTTTGCGACCTGGTGACAAGCAGCCCATGCGAGTTAAGAGGATTCTGAGGGACAAATAATCC
AGTTATTTTAATCGTGGATAGCCATTAAACAGGGCAGGGATGCAGACTGAAGCAGCCGCCGAAGGGCGGCTTCATTCGGGCCCTGCAGGCCGGGTGAGTGTTGTGGTGGAGGGTGGGATTACCCCCCAGAGAACACAGTTGCCTGGCCCTACCGATCCCTTGAAAAACTCAGACCTTGGTGATGTAGACAGAGGTGTGAA
AAAGTATGTGCGGCAATCGGTGCAGCATTCTCAGATTGGGACAATTTCACAGCTTTTAGCAGGAGGTGTTGCAGGTGCCGTTAGCAAGACCTGCACTGCTCCATTGGCTCGGCTTACCATTCTGTTTCAGGTTCAAGGCATGCACTCTGATTGTGCAAGTTTGCATAAAGCAAGTATTTTCCGTGAAGCGTCCCGGATTG
TTTCTGAAGAAGGAGTCAGAGCTTTTTGGAGGGGAAATTTGGTCACAATTGCTCATCGACTTCCTTATTCATCCATTAGTTTTTACACATATGAGCGATACAAATCAATTATGCAGTCAATGCCTTGGATTGAAAAATATAGAGATAATCTTAGCACAGACCTTTGTATTCGTTTGTTAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGTG
ACAGCTGCATCAATCACATATCCATTGGATCTTGTGAGGACTCGGTTGGCAGCACAGACAAATGTCATGTACTATAGAGGTATTACACATGCTCTCTATACCATTTGCAGAGATGAAGGCATCAAGGGGTTGTACAAAGGCCTTGGGCCAACTCTATTGGGAGTTGGACCTAATATAGCTATTAGCTTCTGTGTTTATGA
GAGTCTTAAATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGACAGCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGA
TAATTAGGACAGAAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTA
GTCTTAAAGTATTTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGG
ATGGACAAATTTTGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAA
AATGGTATGGGCTTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCG
AAGGTTCAGCAATCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAA
TGCCATATAGTAGGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGT
ATATCAGTGCCCTATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGT
TTATTGGGAACGGTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAG
TTTTGGATAGCAACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT
>TRINITY_DN109550_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATCTGCTTGGGAGTGTGAGAGGTATGTAGTGGATTTATTTACTCCTTTTTAAGATGATTGTGTTGGGAGATTCCTTTCTCAAAGATTTCTCCCCTACTCTATCTTTCTTAAAGTGAATGCTTTTATGTTTCAGGCCTCAGGATTCACCTGTGGCAGTTAGCTTGGCCTGTGGTAGCCTTTCAGGTGTTGCATCCTCGAC
AGgtaaatgcatgcaatccagccaaaatatgtattgccttccaatgcactattttcctgatttagatgtagggatttttcaaatccatacaatttcagaaaagcttgaagagggtgatattgaaccaattttgtatcaaagcttgtaatgataagagcaaaggcagtatatcaatctgggcattttacaaatgcttgcac
acattatttcatggtttttcaatgtagtcatttactgctacagaagcagtctcttccgtgtgcatactaattttaaaatattgcagCAACATTTCCACTTGATTTGGTGAGGAGAAGAATGCAACTGGAAGGTGCAGGTGGACGTGCTCATGTATACAACTCAGGACTTCTTGGCACATTCAAACAGATAATTAGGACAG
AAGGATGGGCTCGTTTATACAGGGGAATTCTTCCGGAGTACCTCAAAGTTGTTCCAAGTGTTGGTATTGTGTTTATGACTTACGAAATCATGAAAGTGCTTCTTGCTCAAAGGCATTCGAAGGAATAGATATTTCCAGGCTGGCATCCTGCACCATCAATCTCGAAGAGGATGATCAAATATCTTGTAGTCTTAAAGTAT
TTTACATTTGAGGTATATGAAATTCTTTACCAGGCTTTATAGTAGATACATGTCAGTTATACATTTGAAAGATGTATTTGTATGCTTGAGGGTGAAACTTTCAAGTAATCTGCATATGGCGTGCCCCCCTTTGAATCTCTGAATATGGTAGTCTGACTAACTTGACATGACATGTTGCTCCTCTTTGGATGGACAAATTT
TGGGCTGTCATCGGACAGCAAACGATTATTTTTCATGGAAGGCAGGCAATGCGACTTATTTTATGGTTTTAAAATTGGAGATTATTACATTTGACACAAGGCAGTCATCAGGTGTTGTTCAATGCTTAAACAATGGCACACGTTGCCTTGCTGAATGGTAAAGTCAAATGTCATTTGCCAAGAGTAAAAATGGTATGGGC
TTGCAGTGTTGACTCTGCCGTTTATAGCATATTTGAAAGCTAATAGGGCGGTATCAGGACAATGATTTATCACTCCCTATTGTACACAAGCCTTGTAATAGAACGATGCATTTATGAATTGTATGAACACAAACTGGCAAATTATCTGATGTTTGGAGATTGCCTCGTGAAGTTGTAAATTTTCTTCGAAGGTTCAGCAA
TCTTACTTTTCTCATGTAGGGGATATAATGGAGCTGGGGAGAATGAATCACTTTTTCCAGTCCGACTTTTCTCATGTAGGAAATATAGTTAGTAGGAGATCATGAAAATATAGTTGAGTTGGCGAAAACGACATATCCATTCTTACTTTTCTCATGTTGAAGATATAATGTTGTAGTAGTAGGGAGAATGCCATATAGTA
GGTAGAGTTGGGGAGAATGACATAATTTTTTTTGTGTCTTACTTTCTCATGTAGGAGATATAATGTAGTTGGGGAAGAATTGACATCATTGTGTTTATTTGTTTGACTATTATTGGAAAGAGCAGTTAGTTTTTTTCTTAACTTTCCAGGTCATTTATTTCAGGGTAAATACCACATGCGCTACGAGTATATCAGTGCCC
TATAAACACACTACGGAACTTGCCCAAATATTTGAGGTCTTGGGTTCACGATCGTACTATTAACGGCATTGGCATGTGGCACATCTACTCGTTACTCTAGAGAATAAAAGCAATGAAAGGATCCTCAACTATATACTGATTTCACAATGAAATACACTGATCTCTTGTAGAGGGACATTGGATGTCGTTTATTGGGAACG
GTACGTGTGGCTTTTAATATTTAAGTTGAAAATTCTTTTTCTGATTCGCGGAGTGAGTTAGATCTGTTGATTTTTGTAGGATAGTCTGAATCATTCTTGTCCTTGCTTATGTACTTGATCTGAAATAATTGTGATCTCTAGAGTAAGGGTGCTTTCTGATACCGCCTGGTAGCTCTTGATAAGACCAGTTTTGGATAGCA
ACATAAATCTATATTTTTCTCTCCAAAGAGATCAAAATTTGATGATTGTTTAT