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AGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGGACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTCACTGCGGGGAATCAAAAGGTTTGCTGAGACCCAGATCT
GTGCCACACACCTACCGAAAGTGGTTGTTTGAAGCTGATTTAGACTGTTGGGCATCATTTCTTCGTTTTTATCAGTTGCTAGCATCAACCCAGCTCAAGTCGTGGTATCCCAAGGAGTTATCTCATCTCAAGGGGTCACTGCCAGTCCATAACAGCCTACAGCTAAGAGTCAGATTTGGAGGTGGTATGTTTGGATTTCA
AGGTTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAAGGATCATCATTT
TTCCATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTGAATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTTAATTGCAGCTCT
CTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAACAAAACACTTGC
GGTACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTATGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCATCAAAATTTCAT
TCGAGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTGGATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTACCTGACAT
GAATGTGGAAGGTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGTTATACTGG
AAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGTCCA
TTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGCTATTTTGA
GAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTATCCGTACA
TTTTTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATGATTACCTA
AGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAATTTAAGGCT
CTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCGCTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAAAATAGCTG
GCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTCCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATCTTGAGAAA
AGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGATACGAACTGCTCAAAGAGTACCAAAGCTTGCAGAGGCTCGATC
CCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCTTACTAACA
GGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGTTTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGGAATTGATT
CCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGGAGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTCTCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACATATCAATCTGTGG
ATCAAAATATTCTTGGGAAGCTGCTATAGAACAAGGCACAACAACGGATTTCATTAATTTGATTAGTACTGAAGGAGTTGCTTCTTTACCATACAAAAAGAAATCGGGATTTTTGCATGTAATGAAGGATGTTTTAGAGACCTTTGATGAAGAAAGAATGGTGCCTTATCTTCGCCCATTATTAGCATTTGTCCTTCGTA
TATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAGATAACTTC
CTTGGTGCAGATTATGCTGTGCAGAAATTGGAGAATATATCAGCATCACCCCTCTTAGCTGACAGTGCGGTTCAGATTAGAAGTGCCACTATGAGTCATGAAGGGAAAGTTAAGAACCCAGCATTGTTTCTGGGTGGAATGAAAGAATTGAGATCATTATGTCTTAAGGTTATTTCCATTTCGCTGAATAAGTATGATTC
AATTGATTATGGTACAAATTTTTGGAATATATTTTTTACAGCAATAAAACCATTGGTTGATAAATTTAGGCAAGAAAATGGGAGCAATGAAACACCTAGCTCTTTGTTTACTTGTTTCCTGGAAATGAGCAAAAGCTTAAAGCTTGCTTCATTTCTTCAGAGAGAGAAATCGCTTGTTCCCAATATTCTGTCAATCCTGT
CTGTTAAAGGTGTGTCAGAAGTCATGGTTTCATCTATTCTGAATTTCGTTGAGAATCTTCTGAATTTGGAGGATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAATTTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAAGCATCTCA
GGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAATCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAAAGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAGTGTTATTAAAAT
GCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGAAAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAGAATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGAGCAAATAT
CATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAAAGT
GAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCAATGGTACT
TAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGATGTAGAAGTGGACTTCTTCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCGCTCTTTTTTAGTT
TGTTGTTCGAGGCCAAAGGTGACAAGGAGGGAAATGTTGTGAATTCTTGCTTAGAAACCCTTGCCTGTATTGCTGGTCACACAAGATGGGATTCTTACTTCAGTTTATTGATGAGAGCATTTCGACTGATGGTTTCCAAGGAAGAGAATAGCAACATACCTGTACGGCTGATTTGTTCAATATTAGATAAGTTTCATTTT
ATTGATGGAATGGCCTCAGCTGTAGGAGCAGAAAAACATGATCATCAATCTAAGATTGGTGAAACAGCAATGGATAAGCCGGATATGGATTTAAGGAGGGATGGTGATAACAAAAATATTATCTCCCCTGAAATACAAGAGCGTCTACAAAAGCGTGTGCTACCTGAGATAAATAAGATGATGATATCTCATGCAAATGT
GGTTAATATTTCAGTTAGTCGTGCTGCATTGAAGTTATTGAAGCTTATGCCTTTAGAAACAATGGAATCAGAGCTTCCTTGCATCATACAGCGTATTGCTAATCTGCTGAAAAGTCGGCCTCATTCTGTAAGAGATGAGGCCAGGACTGCCTTAGCTGCATGTGCCAAGGAATTAGGACCAAAATATTTGCAGTTCATTG
TAAAAACACTACAGACAACATTGACAAGGGGATATGAATTGCATGTTCTGGGCTATACAGTCAATTTCATCCTATCAAAAGTTTCACCTTCCCTCGACATTGGAGATATTGATTATTGTGTGCAACCACTTCTTGAAGTTGCAGAAAATGATATTATGGGAGAAGTTGCTGAAGAAAAGGAAGTTGAAAAAATTGCCTTT
AAAATGAAAGAGACAAGGAGTAGCAAATCTTTTGAAAGTTTGCAATTAATTGCTCGAAATATTACTTTCTCTACACATGCTTGTACATTGCTGGTACCTGTTAGACACAATCTCCATAGAACACTTGCACCAAAAGAAAAAGTTAAGATTGAGTCCATGCTGCGCTATTTAGCAACCGGTCTTCAGGTTAATGCGTCATT
AAGTCAGACAGATTTGTTCATTTTTGTATATGGGTTGATTGAGGATGGTATGGAGGAAGAAAAAATGGTTATGAAGACAGATTTGTTTAGTAAATCAGGTGTAGCATCTTCAAAATCATCAGTCTCATCTAAAAATTCAATGGAGATACGTGCTGATCATATGCTAGATGCACCCAATAGGTATCTAATTACAGTGTTTG
CACTGAGACTTCTTGAGAATCATCTGAAAAAATCCAAAGTAGATAAGAGTGATCAATATTTAATAGCTATGCTAGACCCCTTTATAGAACTACTAGGGCACTGTCTGAAATCTAAGTATGAAGGAGTTATATCACATTCTGTGAAATGTCTTGCTTGTCTATTGAGACTTCCCCTTCCATCTATTGATATTCACAGTAGC
AACATTACCTCCTCAGTTTTTAATATGGTTCTGAAATCAAGTAAGAGTGACAGTCCCGTAATGCAATCTTCTGTTAATTTACTTGTTATGCTTTTGAGACATGCAAATACGACCATCTCAAATGATCAATTAAAGCTGCTTCTCCAATGCCCACTCTTTATTGATTTAGAGAGTAGCTCAACTACCATTGCACTATCACT
TTTGAAGGCAATTGTTAGGCGGAAGCTACTGGTTCCAGATCTGTATGATTTGATCACTAGAATTGGACGCTTGATGGTAACTAGTCAAGCTCCACCCATTCGCCAGCAATGTAGTCAAGTTCTCTTACAGTTTCTTCTTGACTACCCTCTTGGTGCCAAGCGATTGCAACAACACTTGGATTTCTTAGTTGCAAACCTTA
GCTATGAGCATACAAGTGGTAGGGAAGCTGTACTGGAAATGTTACATGTGATTATTCTGAAATTTCCCAGTAATGTGGTAGATGAGCAGGCAGAGACAATTTTCCTACCATTGGTGACTCGCCTTGTTAATGATAGTGACAATCAAGTTCGAGCTATGGTAGGAACAGTTTTGAAAGTTTTGATTGGACGTGTCAGTCAG
CGTCCATTGCAACGGATGCTAGCATTCAGTCTTTCTTGGTATACGGGTGAGAAACAACAGCTATGGCGTCCATCTGCACAGGTTTTAGGTCTCTTGATTGAAGTCATGAAGAGAAGTTTTCAAGCACATATAGAAGATGTAAGACCTAGAGCAATACACATCTTAAAATGTGCAATCACTGCCGATGGAGATGGAAAACC
AGTAGTTGGTGAGGAGGACATGTTAACTTTTTGGCAAGAGGCATATTATTCACTTATAATGTTGGAAAAATTACTGCATCAATTTCCTGAGATTTCTTTGCACAAAGACACTGAGGAAATATGGGATTTAATTTGTTCGCTTCTAGTTCATCCACACTTGTGGTTACGAAATATATGTGGCCGTCTTATAGCTACATACT
TCACTGTTTCTGCATCCGAAATAAATACAGGGAATCAGACAAACATTTCGAGTAAAAAAACTGCAATGCTTTTGCAGCCTAGCAGACTCCTCTTACTAGCTGCATCCTTTTGTCACCAACTTGATACAAATCTCCTTGATGAAGGCATGAGTGATTTAATTGTAAAGAATCTTGTATATGTGACATGTGCACTGCATTCC
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ATCATTACTTGAACCCATCTTCAAGAAGTTGGGAAAGGTGGCACTTAAAGTGCGGGGTGTACAGACAAAATCCATCTTTGAGTGGTATAAAGCAATTTCTTCCCAAATGGGCCATGAAGGAGTTCAAAGCCACGGAGCGACAATATTGCTACCACTGTATAAAATCACAGAAGGATGCGCGGGGAAGGTGATTCCTGGGG
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GCTCAGAAAAAAAAGAAGATTCTAAAAAACAAGATACGGAGAGGTTGATTTCTACCAGCCTACTTATCCTGTTTGGAATTTACTCAGTTTTGTAGTTCTCAAGAGCATTGCACTTCTGGTCATAAGAAAGGGAAGTCGTAATGCACTGCTTGGAGACACTTGATTCAGGTTTTTATGTGCTCTCTGAAATTAACTTTTCC
AGTCTACACAATTGGAATGAAGGCATGTATCATAATTTCTATCAAGTAGAAGTGATTCCGTGCGGTGTTTTGTATATTTAACAAAATGGGTATTTTGGAATGACTTGGAGAGTGTTGTGGAAATATCCTAGTCAGCTGTATGAGAAATACCCGTGAGCATCCCTAGGTTTTTGATAGTGAGGTATAGAAGTATGGAAACG
TGGTTTAACAATTTTGTGGTTGAAAGTGAGCCGGATTGTATCTAAATTATACTTGTGTGAATTAATATTCAAGAAGTGGTCTTTATTATTTCCAATGGTAATTTCTTTTGTTTTGAATGTAGAGACGATTGACAAGTGTGTATTAATGTCTTGTTTGTTTACTTTGTAATAATGTTTTTATTATGTTCACTTGTCCTTAA
AATTTCTGAGAATCTCGGACTTGTGCATGCTGTTAATTGGCATGGTAGTTCACATGACAAGTTCCATCGTTTGTGGGGAGTAGTAATAAAAACCATGCTCGTATCTTATCATGATAATGTACTATCCAAGCGTTAGCTATAATGGTTCCAAGTGTGTGTTCTTTTGTTATTTCGTTCTCGAGACTCGCACTAGCATTTGT
TTAGATGTTGGGATAATGCACTCTCTAGAAATGGGATCTATTGCTTAATATCCTTGTTATGACCTTAAGATATATTGCGTGTGTGACTGAAGTGAATTTATATGATTATAAGTGCC


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ACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCTTACTAACAGgtgggtttaaagcatttggttgttagtctatgtttctggtgtctttcttgacatcttgaatgtgtattttgctctgtta
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aaaatttgaaatgtatagtggcaaccttttctaacactgatgtatatgaaatatttatcaatattctcatctatgtatagtatagtgatttggaattcatctaacagttcatggaaccgaccttttgtagGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGT
TTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGGAATTGATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGG
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GATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAATTTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAAGCATCTCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAA
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TTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGG
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TCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCG



Intron 2 GTATTTTTTT ... GTATCTATAG

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>TRINITY_DN111625_c0_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoform
CTTTCCTTCATCATACTCCTCTTTAAAATACTTACTTTCCTTCATCGTACTCCTCTAGGTTACCGTGTTCTTTAGACTCTCTGTGACGGATTCTGCTCCCGTTCGAGGTCGAGGTGATCATTTCATCTTCCGTCTGCCGCAGCGACACGAACAGGAAAAGGGTTACAGGGTAAAACTTGAGTCTGCCCACTGTACAGACG
TTCTGGGGCAATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGGACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTCACTGCGGGGAATCAAAAGGTTTGCTG
AGACCCAGATCTGTGCCACACACCTACCGAAAGTGGTTGTTTGAAGCTGATTTAGACTGTTGGGCATCATTTCTTCGTTTTTATCAGTTGCTAGCATCAACCCAGCTCAAGTCGTGGTATCCCAAGGAGTTATCTCATCTCAAGGGGTCACTGCCAGTCCATAACAGCCTACAGCTAAGAGTCAGATTTGGAGGTGGTAT
GTTTGGATTTCAAGGTTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAA
GGATCATCATTTTTCCATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTGAATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTT
AATTGCAGCTCTCTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAA
CAAAACACTTGCGGTACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTATGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCA
TCAAAATTTCATTCGAGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTGGATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTT
GCTACCTGACATGAATGTGGAAGTTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTA
ATGTTATACTGGAAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCA
AGTATTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGAT
AAGCTATTTTGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACATCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGT
GTTATCCGTACATTTTTTCTTCAGCGGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTC
AATGATTACCTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAA
AAATTTAAGGCTCTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCACTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCA
GAACAATAGCTGTCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTCCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGAT
CATCTTGAGAAAAGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGATACGAACTGCTCAAAGAGTACCAAAGCTTGC
AGAGGCTCGATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAA
CTCTTACTAACAGGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGTTTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGG
GAGGAATTGATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGGAGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTCTCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACAT
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AAAAGCATCTCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAATCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAAAGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAG
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ATGAGCAAATATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGAT
GACCTGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACG
TTCAATGGTACTTAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGATGTAGAAGTGGACTTCTTCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCGC
TCTTTTTTAGTTTGTTGTTCGAGGCCAAAGGTGACAAGGAGGGAAATGTTGTGAATTCTTGCTTAGAAACCCTTGCCTGTATTGCTGGTCACACAAGATGGGATTCTTACTTCAGTTTATTGATGAGAGCATTTCGACTGATGGTTTCCAAGGAAGAGAATAGCAACATACCTGTACGGCTGATTTGTTCAATATTAGAT
AAGTTTCATTTTATTGATGGAATGGCCTCAGCTGTAGGAGCAGAAAAACATGATCATCAATCTAAGATTGGTGAAACAGCAATGGATAAGCCGGATATGGATTTAAGGAGGGATGGTGATAACAAAAATATTATCTCCCCTGAAATACAAGAGCGTCTACAAAAGCGTGTGCTACCTGAGATAAATAAGATGATGATATC
TCATGCAAATGTGGTTAATATTTCAGTTAGTCGTGCTGCATTGAAGTTATTGAAGCTTATGCCTTTAGAAACAATGGAATCAGAGCTTCCTTGCATCATACAGCGTATTGCTAATCTGCTGAAAAGTCGGCCTCATTCTGTAAGAGATGAGGCCAGGACTGCCTTAGCTGCATGTGCCAAGGAATTAGGACCAAAATATT
TGCAGTTCATTGTAAAAACACTACAGACAACATTGACAAGGGGATATGAATTGCATGTTCTGGGCTATACAGTCAATTTCATCCTATCAAAAGTTTCACCTTCCCTCGACATTGGAGATATTGATTATTGTGTGCAACCACTTCTTGAAGTTGCAGAAAATGATATTATGGGAGAAGTTGCTGAAGAAAAGGAAGTTGAA
AAAATTGCCTTTAAAATGAAAGAGACAAGGAGTAGCAAATCTTTTGAAAGTTTGCAATTAATTGCTCGAAATATTACTTTCTCTACACATGCTTGTACATTGCTGGTACCTGTTAGACACAATCTCCATAGAACACTTGCACCAAAAGAAAAAGTTAAGATTGAGTCCATGCTGCGCTATTTAGCAACCGGTCTTCAGGT
TAATGCGTCATTAAGTCAGACAGATTTGTTCATTTTTGTATATGGGTTGATTGAGGATGGTATGGAGGAAGAAAAAATGGTTATGAAGACAGATTTGTTTAGTAAATCAGGTGTAGCATCTTCAAAATCATCAGTCTCATCTAAAAATTCAATGGAGATACGTGCTGATCATATGCTAGATGCACCCAATAGGTATCTAA
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ATTCACAGTAGCAACATTACCTCCTCAGTTTTTAATATGGTTCTGAAATCAAGTAAGAGTGACAGTCCCGTAATGCAATCTTCTGTTAATTTACTTGTTATGCTTTTGAGACATGCAAATACGACCATCTCAAATGATCAATTAAAGCTGCTTCTCCAATGCCCACTCTTTATTGATTTAGAGAGTAGCTCAACTACCAT
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TTGCAAACCTTAGCTATGAGCATACAAGTGGTAGGGAAGCTGTACTGGAAATGTTACATGTGATTATTCTGAAATTTCCCAGTAATGTGGTAGATGAGCAGGCAGAGACAATTTTCCTACCATTGGTGACTCGCCTTGTTAATGATAGTGACAATCAAGTTCGAGCTATGGTAGGAACAGTTTTGAAAGTTTTGATTGGA
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AGATGGAAAACCAGTAGTTGGTGAGGAGGACATGTTAACTTTTTGGCAAGAGGCATATTATTCACTTATAATGTTGGAAAAATTACTGCATCAATTTCCTGAGATTTCTTTGCACAAAGACACTGAGGAAATATGGGATTTAATTTGTTCGCTTCTAGTTCATCCACACTTGTGGTTACGAAATATATGTGGCCGTCTTA
TAGCTACATACTTCACTGTTTCTGCATCCGAAATAAATACAGGGAATCAGACAAACATTTCGAGTAAAAAAACTGCAATGCTTTTGCAGCCTAGCAGACTCCTCTTACTAGCTGCATCCTTTTGTCACCAACTTGATACAAATCTCCTTGATGAAGGCATGAGTGATTTAATTGTAAAGAATCTTGTATATGTGACATGT
GCACTGCATTCCTTCGTGAAAAGCAGACATGAAACTGATATAAGTTCGTTCTTTTTCATCCTTGACACTAACAATCAATCACTTATCTTGAAAGCATTTTCATTGCTTGGTTCAAAAGCATGCAGAGAGGTATGTGCCTATTTGGTTAGTAGGCAATGCGGAGATGTTTCCAATTTTGAAGTAAACGAAGATTTTAATCA
GAATCTCAAAGCATCATTACTTGAACCCATCTTCAAGAAGTTGGGAAAGGTGGCACTTAAAGTGCGGGGTGTACAGACAAAATCCATCTTTGAGTGGTATAAAGCAATTTCTTCCCAAATGGGCCATGAAGGAGTTCAAAGCCACGGAGCGACAATATTGCTACCACTGTATAAAATCACAGAAGGATGCGCGGGGAAGG
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GGAAAGCGCCAAGCTCAGAAAAAAAAGAAGATTCTAAAAAACAAGATACGGAGAGGTTGATTTCTACCAGCCTACTTATCCTGTTTGGAATTTACTCAGTTTTGTAGTTCTCAAGAGCATTGCACTTCTGGTGATAAGAAAGGGAAGTCGTAATGCACTGCTTGGAGACACTTGATTCAGGTTTTTATGTGCTCTCTGAA
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AGTATGGAAACGTGGTTTAACAATTTTGTGGTTGAAAGTGAGCCGGATTGTATCTAAATTATACTTGTGTGAATTAATATTCAAGAAGTGGTCTTTATTATTTCCAATGGTAATTTCTTTTGTTTTGAATGTAGAGACGATTGACAAAAA


>TRINITY_DN111625_c0_g2_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:
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TTCTGGGGCAATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGGACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTCACTGCGGGGAATCAAAAGGTTTGCTG
AGACCCAGATCTGTGCCACACACCTACCGAAAGTGGTTGTTTGAAGCTGATTTAGACTGTTGGGCATCATTTCTTCGTTTTTATCAGTTGCTAGCATCAACCCAGCTCAAGTCGTGGTATCCCAAGGAGTTATCTCATCTCAAGGGGTCACTGCCAGTCCATAACAGCCTACAGCTAAGAGTCAGATTTGGAGGTGGTAT
GTTTGGATTTCAAGGTTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAA
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AATTGCAGCTCTCTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAA
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GCTACCTGACATGAATGTGGAAGTTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTA
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AGTATTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGAT
AAGCTATTTTGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACATCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGT
GTTATCCGTACATTTTTTCTTCAGCGGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTC
AATGATTACCTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAA
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AGAGGCTCGATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAA
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TTGTCCTTCGTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAG
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ATGAGCAAATATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGAT
GACCTGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGgtatttttttgttgatttat
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>TRINITY_DN135195_c1_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoform
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GCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGAAAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAGAATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGAGCAAATAT
CATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAAAGT
GAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCAATGGTACT
TAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGATGTAGAAGTGGACTTCTTCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCGCTCTTTTTTAGTT
TGTTGTTCGAGGCCAAAGGTGACAAGGAGGGAAATGTTGTGAATTCTTGCTTAGAAACCCTTGCCTGTATTGCTGGTCACACAAGATGGGATTCTTACTTCAGTTTATTGATGAGAGCATTTCGACTGATGGTTTCCAAGGAAGAGAATAGCAACATACCTGTACGGCTGATTTGTTCAATATTAGATAAGTTTCATTTT
ATTGATGGAATGGCCTCAGCTGTAGGAGCAGAAAAACATGATCATCAATCTAAGATTGGTGAAACAGCAATGGATAAGCCGGATATGGATTTAAGGAGGGATGGTGATAACAAAAATATTATCTCCCCTGAAATACAAGAGCGTCTACAAAAGCGTGTGCTACCTGAGATAAATAAGATGATGATATCTCATGCAAATGT
GGTTAATATTTCAGTTAGTCGTGCTGCATTGAAGTTATTGAAGCTTATGCCTTTAGAAACAATGGAATCAGAGCTTCCTTGCATCATACAGCGTATTGCTAATCTGCTGAAAAGTCGGCCTCATTCTGTAAGAGATGAGGCCAGGACTGCCTTAGCTGCATGTGCCAAGGAATTAGGACCAAAATATTTGCAGTTCATTG
TAAAAACACTACAGACAACATTGACAAGGGGATATGAATTGCATGTTCTGGGCTATACAGTCAATTTCATCCTATCAAAAGTTTCACCTTCCCTCGACATTGGAGATATTGATTATTGTGTGCAACCACTTCTTGAAGTTGCAGAAAATGATATTATGGGAGAAGTTGCTGAAGAAAAGGAAGTTGAAAAAATTGCCTTT
AAAATGAAAGAGACAAGGAGTAGCAAATCTTTTGAAAGTTTGCAATTAATTGCTCGAAATATTACTTTCTCTACACATGCTTGTACATTGCTGGTACCTGTTAGACACAATCTCCATAGAACACTTGCACCAAAAGAAAAAGTTAAGATTGAGTCCATGCTGCGCTATTTAGCAACCGGTCTTCAGGTTAATGCGTCATT
AAGTCAGACAGATTTGTTCATTTTTGTATATGGGTTGATTGAGGATGGTATGGAGGAAGAAAAAATGGTTATGAAGACAGATTTGTTTAGTAAATCAGGTGTAGCATCTTCAAAATCATCAGTCTCATCTAAAAATTCAATGGAGATACGTGCTGATCATATGCTAGATGCACCCAATAGGTATCTAATTACAGTGTTTG
CACTGAGACTTCTTGAGAATCATCTGAAAAAATCCAAAGTAGATAAGAGTGATCAATATTTAATAGCTATGCTAGACCCCTTTATAGAACTACTAGGGCACTGTCTGAAATCTAAGTATGAAGGAGTTATATCACATTCTGTGAAATGTCTTGCTTGTCTATTGAGACTTCCCCTTCCATCTATTGATATTCACAGTAGC
AACATTACCTCCTCAGTTTTTAATATGGTTCTGAAATCAAGTAAGAGTGACAGTCCCGTAATGCAATCTTCTGTTAATTTACTTGTTATGCTTTTGAGACATGCAAATACGACCATCTCAAATGATCAATTAAAGCTGCTTCTCCAATGCCCACTCTTTATTGATTTAGAGAGTAGCTCAACTACCATTGCACTATCACT
TTTGAAGGCAATTGTTAGGCGGAAGCTACTGGTTCCAGATCTGTATGATTTGATCACTAGAATTGGACGCTTGATGGTAACTAGTCAAGCTCCACCCATTCGCCAGCAATGTAGTCAAGTTCTCTTACAGTTTCTTCTTGACTACCCTCTTGGTGCCAAGCGATTGCAACAACACTTGGATTTCTTAGTTGCAAACCTTA
GCTATGAGCATACAAGTGGTAGGGAAGCTGTACTGGAAATGTTACATGTGATTATTCTGAAATTTCCCAGTAATGTGGTAGATGAGCAGGCAGAGACAATTTTCCTACCATTGGTGACTCGCCTTGTTAATGATAGTGACAATCAAGTTCGAGCTATGGTAGGAACAGTTTTGAAAGTTTTGATTGGACGTGTCAGTCAG
CGTCCATTGCAACGGATGCTAGCATTCAGTCTTTCTTGGTATACGGGTGAGAAACAACAGCTATGGCGTCCATCTGCACAGGTTTTAGGTCTCTTGATTGAAGTCATGAAGAGAAGTTTTCAAGCACATATAGAAGATGTAAGACCTAGAGCAATACACATCTTAAAATGTGCAATCACTGCCGATGGAGATGGAAAACC
AGTAGTTGGTGAGGAGGACATGTTAACTTTTTGGCAAGAGGCATATTATTCACTTATAATGTTGGAAAAATTACTGCATCAATTTCCTGAGATTTCTTTGCACAAAGACACTGAGGAAATATGGGATTTAATTTGTTCGCTTCTAGTTCATCCACACTTGTGGTTACGAAATATATGTGGCCGTCTTATAGCTACATACT
TCACTGTTTCTGCATCCGAAATAAATACAGGGAATCAGACAAACATTTCGAGTAAAAAAACTGCAATGCTTTTGCAGCCTAGCAGACTCCTCTTACTAGCTGCATCCTTTTGTCACCAACTTGATACAAATCTCCTTGATGAAGGCATGAGTGATTTAATTGTAAAGAATCTTGTATATGTGACATGTGCACTGCATTCC
TTCGTGAAAAGCAGACATGAAACTGATATAAGTTCGTTCTTTTTCATCCTTGACACTAACAATCAATCACTTATCTTGAAAGCATTTTCATTGCTTGGTTCAAAAGCATGCAGAGAGGTATGTGCCTATTTGGTTAGTAGGCAATGCGGAGATGTTTCCAATTTTGAAGTAAACGAAGATTTTAATCAGAATCTCAAAGC
ATCATTACTTGAACCCATCTTCAAGAAGTTGGGAAAGGTGGCACTTAAAGTGCGGGGTGTACAGACAAAATCCATCTTTGAGTGGTATAAAGCAATTTCTTCCCAAATGGGCCATGAAGGAGTTCAAAGCCACGGAGCGACAATATTGCTACCACTGTATAAAATCACAGAAGGATGCGCGGGGAAGGTGATTCCTGGGG
ACTTGAAGCTATTGGCAGATGATGTTCTTTGTCACATGAAAGATATCATGGGGGTTGAAAGTTTTGTACAAGCCTATAATTTAGTGAGACAGAAAGTTAAGGCAACACGAGACAAGAGAAAGAAAATAGAAAAGATAGCTGCAGTCGTTAACCCAATGCGGCATGCACAAAAGAAGATGAAGTTAACAGGAAAGCGCCAA
GCTCAGAAAAAAAAGAAGATTCTAAAAAACAAGATACGGAGAGGTTGATTTCTACCAGCCTACTTATCCTGTTTGGAATTTACTCAGTTTTGTAGTTCTCAAGAGCATTGCACTTCTGGTCATAAGAAAGGGAAGTCGTAATGCACTGCTTGGAGACACTTGATTCAGGTTTTTATGTGCTCTCTGAAATTAACTTTTCC
AGTCTACACAATTGGAATGAAGGCATGTATCATAATTTCTATCAAGTAGAAGTGATTCCGTGCGGTGTTTTGTATATTTAACAAAATGGGTATTTTGGAATGACTTGGAGAGTGTTGTGGAAATATCCTAGTCAGCTGTATGAGAAATACCCGTGAGCATCCCTAGGTTTTTGATAGTGAGGTATAGAAGTATGGAAACG
TGGTTTAACAATTTTGTGGTTGAAAGTGAGCCGGATTGTATCTAAATTATACTTGTGTGAATTAATATTCAAGAAGTGGTCTTTATTATTTCCAATGGTAATTTCTTTTGTTTTGAATGTAGAGACGATTGACAAGTGTGTATTAATGTCTTGTTTGTTTACTTTGTAATAATGTTTTTATTATGTTCACTTGTCCTTAA
AATTTCTGAGAATCTCGGACTTGTGCATGCTGTTAATTGGCATGGTAGTTCACATGACAAGTTCCATCGTTTGTGGGGAGTAGTAATAAAAACCATGCTCGTATCTTATCATGATAATGTACTATCCAAGCGTTAGCTATAATGGTTCCAAGTGTGTGTTCTTTTGTTATTTCGTTCTCGAGACTCGCACTAGCATTTGT
TTAGATGTTGGGATAATGCACTCTCTAGAAATGGGATCTATTGCTTAATATCCTTGTTATGACCTTAAGATATATTGCGTGTGTGACTGAAGTGAATTTATATGATTATAAGTGCC


>TRINITY_DN135195_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ACACGCTTGATGTTTGAAAAGGATGAACTTTAGAACCCTATAATGGCAAGGTGAAAATAATTGTTGAAAATACAGTAATCCTATTTTTTTGTTCATGCCAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGATACGAACTGCTCAAAGAGTAC
CAAAGCTTGCAGAGGCTCGATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGgtatgctgaaactttccagtttttttacttcatattgtgatcatagttctgttgggttttttagatatgttttggttgtaaactgtctaatcttgcagTGTTGAAATCTATGATGAGA
ACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCTTACTAACAGGTGGGTTTAAAGCATTTGGTTGTTAGTCTATGTTTCTGGTGTCTTTCTTGACATCTTGAATGTGTATTTTGCTCTGTTA
TTTGAGAAAGTTAATTGTCTTTGAGTTTGATGTACTTCAGTTTTGTTTTCCTTCTCTATGAGAAATGTTATTCTGGTATCATTTTGTTGCAAGGTTTCAACTGAGTTTTGTTGTGGGATTAAAATGAATATATTAGTTTCTTTTATTGATTGTGCCCTTCATTAATTGCATTGGAGTGCTCACAGTTAGGTTGAAACTTG
AAAATTTGAAATGTATAGTGGCAACCTTTTCTAACACTGATGTATATGAAATATTTATCAATATTCTCATCTATGTATAGTATAGTGATTTGGAATTCATCTAACAGTTCATGGAACCGACCTTTTGTAGGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGT
TTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGGAATTGATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGG
AGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTCTCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACATATCAATCTGTGGATCAAAATATTCTTGGGAAGCTGCTATAGAACAAGGCACAACAACGGATTTCATTAATTTGATTAGTACTG
AAGGAGTTGCTTCTTTACCATACAAAAAGAAATCGGGATTTTTGCATGTAATGAAGGATGTTTTAGAGACCTTTGATGAAGAAAGAATGGTGCCTTATCTTCGCCCATTATTAGCATTTGTCCTTCGTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGG
GATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAGATAACTTCCTTGGTGCAGATTATGCTGTGCAGAAATTGGAGAATATATCAGCATCACCCCTCTTAGCTGACAGTGCGGT
TCAGATTAGAAGTGCCACTATGAGTCATGAAGGGAAAGTTAAGAACCCAGCATTGTTTCTGGGTGGAATGAAAGAATTGAGATCATTATGTCTTAAGGTTATTTCCATTTCGCTGAATAAGTATGATTCAATTGATTATGGTACAAATTTTTGGAATATATTTTTTACAGCAATAAAACCATTGGTTGATAAATTTAGGC
AAGAAAATGGGAGCAATGAAACACCTAGCTCTTTGTTTACTTGTTTCCTGGAAATGAGCAAAAGCTTAAAGCTTGCTTCATTTCTTCAGAGAGAGAAATCGCTTGTTCCCAATATTCTGTCAATCCTGTCTGTTAAAGGTGTGTCAGAAGTCATGGTTTCATCTATTCTGAATTTCGTTGAGAATCTTCTGAATTTGGAG
GATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAATTTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAAGCATCTCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAA
TCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAAAGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAGTGTTATTAAAATGCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGA
AAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAGAATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGAGCAAATATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATG
TTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGG
AAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCAATGGTACTTAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGATGTAGAAGTGGACTTCT
TCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCG



Intron 4 GTGAGGATAA ... TTGAATTCAG

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>TRINITY_DN135195_c1_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
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TTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAAGGATCATCATTTTTC
CATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTGAATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTTAATTGCAGCTCTCTC
AAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAACAAAACACTTGCGGT
ACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTATGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCATCAAAATTTCATTCG
AGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTGGATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTACCTGACATGAA
TGTGGAAGGTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGTTATACTGGAAA
TTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGTCCATTG
GCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGCTATTTTGAGAA
GCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTATCCGTACATTT
TTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATGATTACCTAAGC
TTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAATTTAAGGCTCTC
AACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCGCTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAAAATAGCTGGCA
TTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTCCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATCTTGAGAAAAGT
CAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGGTAATGTCTTTCTTTTATAAGGTAGCTTGAGTTTCTGTTTGAACTTGTTTAATTAGTTAAAGGATGCTATAATTATAGTTTATCTTAAAGAAAGACAGTTTCCCTTGGTAAAGTTCTTGCACTC
GAAGCTGGAATTTGAAGTCCCTACACTACTGATGGAAAGTGAAAATGAAATATTTACTACGGTTCTTAGGAGAGAATGTGTGATGCGGCATGAAAAATGAATTGTAGTCAACATATTGTTCATTGTCGAAATTGTTTTGGGTTGAACTCTCTTTATGTAATAAAGAGAAACTCAAATGAACTAGTTGCTTCCATTTCTGT
TCCATTTTCATTCCCTTGCATGGGCTTCTTGAGTTAGATTTGGAAATCTAATTTATTAATATTATAGGGAATTGGGATTATAACTTTAATCGTTGTCTTGATTTGGAGACAACATCAACAGATGGGATTAAGAGTCAAGTTTATCTCTTGTACTCTTTTCTAATCTTTAGTCCTTTATGTAAATTTCCTTAAAATCCAAC
CAGGGCTAAATGCATGCCAAATTAATTTCTAACAAATAACCACACATGGATTTCTTCACTATGCAGCGGAAAATAAATACTGAAAGAAA


>TRINITY_DN135195_c1_g1_i26 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GATTCTTTGCGGAGTCCGAGTCTGATAGTATTGATTAAAAATTTAAAACTGTGTAGCATCCAGTAGACAAAAGGATTTAAATTTGAAACTTTGAATGTTGAATTGCTATATTAGTACGGTTAATGATATTTACATTTCATATGGTCAGCACACTACTTTGGTATTTACTGAAAGGTTGTGAATCTTTGTCATGACTATTA
GCATTATTTATTATTCATGCATTTATTTCAATTATTTAATGTTATCTTTCTAATGTCCATAGTAAGTATGCTACAAAGTTCCTGATTAATCTGATGTTTACATAGTACTGTAAACTGGGTGCTGTCTACAAAGAAATATTGCATATACTCTGAAATTCTGAATGTGATCTGTTCTGTATTGGTTGAGTTAAAGATATAAT
GTTTGAGACTTTACTGACCATGGAACTGCATGAGAGGGTTGGACTTCTGTCAAGCAGCATTTCTTTAACGATCATAATTGGGAAGTACATTCTTTTTGTTGACCGTCAACACTCTTCTATGCATGTTGCAGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATG
AATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTACCTGACATGAATGTGGAAGGTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAA
AGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGTTATACTGGAAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCG
GCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGG
ACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGCTATTTTGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCA
AATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTATCCGTACATTTTTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCA
CACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATGATTACCTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGgtgaggataatgttatcatttatatttatttagataaattgtctgttagtttcccttttagtacttct
tttctaggttgaatctgaagaatttaggttatgaattttgcctataacttctataacatttattagttatttttgaattcagCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAAT
TTAAGGCTCTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCGCTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAA
AATAGCTGGCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTCCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATC
TTGAGAAAAGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAG



Intron 5 GTTTTTCTCG ... TAACTTTCAG

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>TRINITY_DN112397_c2_g2_i4 from sample A5 / Example spliced isoform
CGTACTCCTCTAGGTTACCGTGTTCTTTAGACTCTCTGTGACGGATTCTGCTCCCGTTCGAGGTCGAGGTGATCATTTCATCTTCCGTCTGCCGCAGCGACACGAACAGGAAAAGGGTTACAGGGTAAAACTTGAGTCTGCCCACTGTACAGACGTTCTGGGGCAATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTA
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ATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAAGGATCATCATTTTTCCATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTG
AATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTTAATTGCAGCTCTCTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTT
TCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAACAAAACACTTGCGGTACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTA
TGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCATCAAAATTTCATTCGAGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTG
GATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTACCTGACATGAATGTGGAAGTTGTAGATGACACAATGACTGA
GCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGTTATACTGGAAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATA
AGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGATTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCT
TCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGGTATGCATCATTATCTTAGAAGGACAGGATTTATCTTGTAACTTTGCTCTAGA


>TRINITY_DN112397_c2_g2_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:
GCAGCGACACGAACAGGAAAAGgtttttctcgctctctttcaagaaagtgtttctccaatcgattgtgtgtttgattacactaacgaaactcagggtttagggtttaagggcattgacagtttccgcttgttggcggggaatttcacaactaattatctgaacaattgtgtgtctgaatacactaaggaaattcagggtt
tagggttctagggaattggcagtttactcttgttggcggggaattttacaactaattttctcatgcataaacaaaattatcatattgttatcttctggagaaatgctttgcagtcaaactgacttctgaattgcatacacgggttccataattttatcgagaagcttcacaaaaatgtggaaatggttgcgagcttgaca
cggttttggttgtctttaactttcagGGTTACAGGGTAAAACTTGAGTCTGCCCACTGTACAGACGTTCTGGGGCAATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGG
ACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTC



Intron 6 GTGAGATTAT ... CATGATCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A118.7565015
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A90200
A10-1000



>TRINITY_DN123745_c0_g4_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
ATCATACTCCTCTTTAAAATACTTACTTTCCTTCATCGTACTCCTCTAGGTTACCGTGTTCTTTAGACTCTCTGTGACGGATTCTGCTCCCGTTCGAGGTCGAGGTGATCATTTCATCTTCCGTCTGCCGCAGCGACACGAACAGGAAAAGGGTTACAGGGTAAAACTTGAGTCTGCCCACTGTACAGACGTTCTGGGGC
AATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGGACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTCCCTGTGGGGAATCAAAAGGTTTACTGAGACCCAGA
TCTGTGCCACACACCTACCGAAAGTGGTTGTTTGAAGCTGATTTAGACTGTTGGGCATCATTTCTTCGTTTTTATCAGTTGCTAGCATCAACCCAGCTCAAGTCGTGGTATCCCAAGGAGTTATCTCATCTCAAGGGGTCACTGCCAGTCCATAACAGCCTACAGCTAAGAGTCAGATTTGGAGGTGGTATGTTTGGATT
TCAAGGTTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAAGGATCATCA
TTTTTCCATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTGAATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTTAATTGCAGC
TCTCTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAACAAAACACT
TGCGGTACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTATGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCATCAAAATTT
CATTCGAGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTGGATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTACCTGA
CATGAATGTGGAAGTTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGTTATAC
TGGAAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGT
CCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGCTATTT
TGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTATCCGT
ACATTTTTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATGATTAC
CTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAATTTAAG
GCTCTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCACTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAAAATAG
CTGGCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTTCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATCTTGAG
AAAAGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGATACGAACTGCTCAAAGAGTACCAAAGCTTGCAGAGGCTCG
ATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCTTACTA
ACAGGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGTTTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGGAATTG
ATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGGAGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTCTCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACATATCAATCTG
TGGATCAAAATATTCTTGGGAAGCTGCTATAGAACAAGGCACAACAACGGATTTCATTAATTTGATTAGTACTGAAGGAGTTGCTTCTTTACCATACAAAAAGAAATCGGGATTTTTGCATGTAATGAAGGATGTTTTAGAGACCTTTGATGAAGAAAGAATGGTGCCTTATCTTCGCCCATTATTAGCATTTGTCCTTC
GTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAGATAAC
TTCCTTGGTGCAGATTATGCTGTGCAGAAATTGGAGAATATATCAGCATCACCCCTCTTAGCTGACAGTGCGGTTCAGATTAGAAGTGCCACTATGAGTCATGAAGGGAAAGTTAAGAACCCAGCATTGTTTCTGGGTGGAATGAAAGAATTGAGATCATTATGTCTTAAGGTTATTTCCATTTCGCTGAATAAGTATGA
TTCAATTGATTATGGTACAAATTTTTGGAATATATTTTTTACAGCAATAAAACCATTGGTTGATAAATTTAGGCAAGAAAATGGGAGCAATGAAACACCTAGCTCTTTGTTTACTTGTTTCCTGGAAATGAGCAAAAGCTTAAAGCTTGCTTCATTTCTTCAGAGAGAGAAATCGCTTGTTCCCAATATTCTGTCAATCC
TGTCTGTTAAAGGTGTGTCAGAAGTCATGGTTTCATCTATTCTGAATTTCGTTGAGAATCTTCTGAATTTGGAGGATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAATTTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAAGCATC
TCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAATCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAAAGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAGTGTTATTAA
AATGCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGAAAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAGAATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGAGCAAA
TATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAA
AGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCAATGGT
ACTTAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGA


>TRINITY_DN123745_c0_g4_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGgtgagattattatgctgctcactctattgttgtgatacttatgctattctttgaacttaactttaactgcatgcttttttgtgaagtataatttgtatcagttggatccacttctgatgcttactgttgatttcaaaagatctttttgtatagagtagaaaaatggagggactcttt
aatttttgtactgcttttctaatacaatatttttgatttggtcacactgaaaatttaaacatgatcaagATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTT
GTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTATTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGA
TTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGCTATTTTGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCAC
AACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTATCCGTACATTTTTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAG
GCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATGATTACCTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGT
ATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAATTTAAGGCTCTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCACTATTG
AAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAAAATAGCTGGCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTTCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAACTTTGTTAGAGGGGCAT
GCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATCTTGAGAAAAGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGAT
ACGAACTGCTCAAAGAGTACCAAAGCTTGCAGAGGCTCGATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGAT
CATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCTTACTAACAGGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGTTTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAA
GAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGGAATTGATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGGAGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTC
TCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACATATCAATCTGTGGATCAAAATATTCTTGGGAAGCTGCTATAGAACAAGGCACAACAACGGATTTCATTAATTTGATTAGTACTGAAGGAGTTGCTTCTTTACCATACAAAAAGAAATCGGGATTTTTGCATGTAATGAAGGATGTTTTAGAGACCTTTGATGAAGAAAGAA
TGGTGCCTTATCTTCGCCCATTATTAGCATTTGTCCTTCGTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAA
CCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAGATAACTTCCTTGGTGCAGATTATGCTGTGCAGAAATTGGAGAATATATCAGCATCACCCCTCTTAGCTGACAGTGCGGTTCAGATTAGAAGTGCCACTATGAGTCATGAAGGGAAAGTTAAGAACCCAGCATTGTTTCTGGGTGGAATGAAAGAATTGAGATCATT
ATGTCTTAAGGTTATTTCCATTTCGCTGAATAAGTATGATTCAATTGATTATGGTACAAATTTTTGGAATATATTTTTTACAGCAATAAAACCATTGGTTGATAAATTTAGGCAAGAAAATGGGAGCAATGAAACACCTAGCTCTTTGTTTACTTGTTTCCTGGAAATGAGCAAAAGCTTAAAGCTTGCTTCATTTCTTC
AGAGAGAGAAATCGCTTGTTCCCAATATTCTGTCAATCCTGTCTGTTAAAGGTGTGTCAGAAGTCATGGTTTCATCTATTCTGAATTTCGTTGAGAATCTTCTGAATTTGGAGGATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAAT
TTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAAGCATCTCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAATCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAA
AGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAGTGTTATTAAAATGCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGAAAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAG
AATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGAGCAAATATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAA
GAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACCTGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTC
CGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCAATGGTACTTAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGA



Intron 7 GTAAAATAAT ... TATTATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN124862_c1_g1_i16 from sample A2 / Example spliced isoform
CCTTCATCATACTCCTCTTTAAAATACTTACTTTCCTTCATCGTACTCCTCTAGGTTACCGTGTTCTTTAGACTCTCTGTGACGGATTCTGCTCCCGTTCGAGGTCGAGGTGATCATTTCATCTTCCGTCTGCCGCAGCGACACGAACAGGAAAAGGGTTACAGGGTAAAACTTGAGTCTGCCCACTGTACAGACGTTCT
GGGGCAATAGAAACCTTTGGTTAAGCTACAGCAGTAGATTACTGTTAAGCTACAGCAGTATATTTAAGCAAATCGTGGCCTTCAAGAGGAGTTGTTAACTGTTGAGAAGGGTCATTGCAGTGGTAACGGGACCATTTATGAAGGTAGGCGTACTTGTGAAAGGTGTGTTCACTGCGGGGAATCAAAAGGTTTGCTGAGAC
CCAGATCTGTGCCACACACCTACCGAAAGTGGTTGTTTGAAGCTGATTTAGACTGTTGGGCATCATTTCTTCGTTTTTATCAGTTGCTAGCATCAACCCAGCTCAAGTCGTGGTATCCCAAGGAGTTATCTCATCTCAAGGGGTCACTGCCAGTCCATAACAGCCTACAGCTAAGAGTCAGATTTGGAGGTGGTATGTTT
GGATTTCAAGGTTGAAGCAAAAATTTGGATTCTCTCATAAAATAAAATGGCACCTTCACGTATTCAGCCTATCAAGAGTCTTAACAAAGGGCCTAGCGGAAAACGCTTTGTGTTCAAGAATTTCTCTCAGCGACTTGAAGAGGTTGATATTGATGTATTCCGAAGTCTAGCTCCTGTGAAATTTGAGCCAACTCAAGGAT
CATCATTTTTCCATGAAAACCTTCTACAGTGGCGGGAACTGAATAGTGCAGCAGAATTTATTTCTCTATACGAGGAATTAATGCCAGTGGTGCAAACCTTACCACAGGTTTTGCTCCACAAGGAAATGATTGTATCAAAACTCCTTTGTCGGGTGCACATGCAGGCTAAGCTTTCCCTTGAGCCTATCCTCAGTTTAATT
GCAGCTCTCTCAAGGGATTTGCGTGAGGAGTTCATGCCCTTTCTCCATGAACTAATGGAAACCATGGGTAACCTTCTAAAATCTGGTGGAGATCGAGATCCTGAAATACTTGAACAGGTTTTCACAGCTATTTCTTATATCCTGAAGTACATGCAAAAGCTTCTTGTCAAGGACATTGCATATGTAATGAAGATAACAAA
ACACTTGCGGTACTACCATCGAGAATATGTTCAAGAGTTTATGGCGGAGGCTGTGTCTTTTTTGCTCCGAAATGCATCTGTTAAGCAGCTCGTAAAAGGTATAAGAAAAATAATGGGAGAAGTTGTCGTTGAGCCTTCAGAGGAGAAAACAACAGGGTGTAGTGCTCTCCTATGGCACATTCTGAAGGGTCCAGCATCAA
AATTTCATTCGAGAGCCGAACAAGCTCTTCGCCTTTTGTTGGATAGATCTACTTACTCTATTGCTACCAAAAAGTCTCACGGAGCTGATGCAATTGTTGAGGTAGTAATGGGGACTATTCAACGATTATGCAAGGAACTTAAGCGTGATGAATTGGGATTGCTTTGGGATTGTTTGCTTGAAGAAATATATTTCTTGCTA
CCTGACATGAATGTGGAAGTTGTAGATGACACAATGACTGAGCCGATCGTGCATTGTTCGATGACAAGTGAATCTCCAATAGATACATGTATGAAAGATGAGGATGATATGCCTTCTAGACATGCAATAACAGTTATTGGAGAAAGCCAAAGGAAAGAAGACTTTGTGCAGCTCAGCCGTGTCTTGTCATTACTTAATGT
TATACTGGAAATTCAGAATGGAAGCAAAGTCAATGATTATAAGCCATTGTTTGTACTTGCGGAGCAACTAGTGAAGTTATTGGTGAGCCCCTTGTGGACGAGGATTCCTTGGGAGGACTCAATACCATCGCTTGTGTCAGAAACACATCGGCTCTTACTTGGTCTTGTGCATAATCATGCACAGGTTGGTGGTGCAAGTA
TTGGTCCATTGGCTATATCCAATGTTTCTTCACAGTGGGCTTCATTGTTACGGGAAAAAAATTATAGCTTATTTCCACTTATCAGAGGCTTAATTGATGAGGAAGTATGCGTAATATATCCTTTCAGCCCTTATATTACAAGTGCCTTGGACAATTTCATTGAAGATTCTCCTGGGGATGTCCTTGCTTTATTGATAAGC
TATTTTGAGAAGCTAGAAACAAATCCCCAATACTTTCGTAACATAGGAGGAAACACACCAAATATTTGTTCGTTTGTATTGCGAATCATTGAGAATGCAACAAGAAAAATAAAGAGTGGAAAGGTTGATGAAGGGAATCTGTCCCCGGCAAATACCTTAGCATCACAACCAGCTTTTGTCTGGGGAGCATTGAAGTGTTA
TCCGTACATTTTTTCTTCAGCAGAGAAATCATCAGTTGTGTGGGACTACGTACTGGCTATAAGTGAGGTTTTGATAGCAGAAACAGACAACATTAAAGATCGTTCCAGGAAAATGTGGGAATATATGATTGGAGCTGCATTGACATCTCACACGAAGCTACTAAAGGCTTGCATTCCTAATCTGTCACAGCATCTCAATG
ATTACCTAAGCTTTGCAAGACATTTTAAGCTATCGTCTCATGTTTTAAATGCAGTCTCCGATTTTTTAGATGCCGTATTTGGCACGTCAACAGAAGTCATCAATTACAATAATAAAGAGTACCACTCAGAACTGAAGATCGATAAAGCTCTGGATGCTTTGATGGTATTTTCTCATAACTTGGGAATGGCAGACAAAAAT
TTAAGGCTCTCAACTTTAAGAATTTTATGCCACTATGAACCTTTTTCAATCCCTGAAGATGAGTGCATGGAACGACCTGAAAAGAAAAGGAAAGTTGAAGGAGGAAAATCCTGTGATGAGATTTCCAATTCTTACAGCAACGTTATACATCAGCTGTTCACTATTGAAGAAACCCCTTTGTCCATTGATAATAGCAGAAA
AATAGCTGGCATTATCTCTAAGATCCAGATGGGTCTCTATTCAGGAAAGATCCCGGATTCATACAAGACACTCTTATTGCACAGCCTGATTGGTATGCTTCATAATCGGTTTGAATTCCTGTGGAAGTCAGCAATCGAATGCCTTGCAAATTTGTTAGAGGGGCATGCAAACATTATCTGGACTGCTTTTGTGGATCATC
TTGAGAAAAGTCAATCATTGCTCCTTGCATTGCCAGGCCATGAAGTTTCAGTTAACCTTGAATCTGATGGTTTTATGGCACCAAAAGACCTGGATAGTCAATTTAGATATTTCCTAAATCATAAGTCAGAAAGCACCACTGTGGGAACAGTTGTCAGTCTTCTGATACGAACTGCTCAAAGAGTACCAAAGCTTGCAGAG
GCTCGATCCCGCCAGCTTATACCTCTCTTTTTAACATTTCTCGGTTATTCTAACCAGGACATGGCCAGTGTTGAAATCTATGATGAGAACCAATGTAAAGGAAAGGAGAAGAAAGACATTCTCAAGGAATGGCTGATTTTGATTAAAGAAATGAGAAACCCCAGATCATTTTTTAGAGGTTATTTTCTTAAGGAAACTCT
TACTAACAGGCTTCTAGAGCAAAGTGATCCTGATATTCAGCTCAAAGTTTTTGAATGTTTGTTGAATTGGAAGGATGGTTTTTTGCTTCCATATGAGGAACATCTGAAGAATTTAATTTCTCTGAAGACTGCACGTGAAGAAGTAACAACATGGAGTCTGTCTAAAGAAAGTCAACAAATTGAAGATTGTCACAGGGAGG
AATTGATTCCAATCATAATACGGATACTTATATCAAAAGTCAAGAAGATAAAGGGCAACTCTTCTAGAAAGTCTGCAGGAGCGCTCCAAAGGAAGGCAGTTCTGTGTTTTCTGGCACAGCTTGAAGTGAAAGAGTTGGCTCCCCTTTTCATTTTACTTTTGAAGTCTCTTCGTAATGCATTTATTGATGAGTACATATCA
ATCTGTGGATCAAAATATTCTTGGGAAGCTGCTATAGAACAAGGCACAACAACGGATTTCATTAATTTGATTAGTACTGAAGGAGTTGCTTCTTTACCATACAAAAAGAAATCGGGATTTTTGCATGTAATGAAGGATGTTTTAGAGACCTTTGATGAAGAAAGAATGGTGCCTTATCTTCGCCCATTATTAGCATTTGT
CCTTCGTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAG
AAAACTTCCTTGGTGCAGATTATGCTGTGCAGAAATTGGAGAATATATCAGCATCACCCCTCTTAGCTGACAGTGCGGTTCAGATTAGAAGTGCCACTATGAGTCATGAAGGGAAAGTTAAGAACCCAGCATTGTTTCTGGGTGGAATGAAAGAATTGAGATCATTATGTCTTAAGGTTATTTCCATTTCGCTGAATAAG
TATGATTCAATTGATTATGGTACAAATTTTTGGAATATATTTTTTACAGCAATAAAACCATTGGTTGATAAATTTAGGCAAGAAAATGGGAGCAATGAAACACCTAGCTCTTTGTTTACTTGTTTCCTGGAAATGAGCAAAAGCTTAAAGCTTGCTTCATTTCTTCAGAGAGAGAAATCGCTTGTTCCCAATATTCTGTC
AATCCTGTCTGTTAAAGGTGTGTCAGAAGTCATGGTTTCATCTATTCTGAATTTCGTTGAGAATCTTCTGAATTTGGAGGATGCAAATGATGAAGATCATGAAAATATTTTGCTGCAACAAATTCTTTTACCACATCTTGATATACTCTTCACAAGCATGCAGAATTTGGTTCAACTTCGTCGAGAGAATAAAAGGAAAA
GCATCTCAGGACCTGGGAAGCGTGAGCTACGAATTTTTAAATTGTTGGGCAAATATGCAACATGTTCAGAAGTAGTGAATCAATTTGTTGATTGTTTGTTACCATTCCTTGATGTCAAAAAAGTTAGAAAGAACGATCATTTCTTGGAAATACTCTCTGTCCTGAAAGAGGTTTTGCCAGCTTTGGGTGACAAAAGTGTT
ATTAAAATGCTAACTGTGTTCAGTTCGTTGCTAACTTCATCAACATTGGATATTCGAGTGGCTATTTGTGATATCCTGAAAGGGCTTTCAAAAGTTGACCCCTCCTTAGTCTTACCTGCAAAACTGGTAGGTGATTTAAATGCAATATCATCATCTACAGTTGGAGAATATGATTATGATAAAAGGCTTGCTGCTTATGA
GCAAATATCATCTCAATTATTCTCCCATATAGGCGAGCAACATACCTTGCTTATTCTCTCACATTGTGTGTATGATATGTTATCAGAAGACCTCTCACTCAGGCATAGTGCCTCCAGTTGTCTGCTTTCTTTTATTCAATTTTGTGCCTCTGTATTAGAAAATGAAGAGGTATTGCAGCAGGAAGAGATTCAAGATGACC
TGAAAAGTGAAAAGAAACCTAATCATCTAAACATGGTGGAGCAAGAATTGCTTGATTCTTGCATCAATGATGGCTGTGGAAATTGGTCTAAAGTATCTGTTAAGCATGCTAGTTATAGTTTTCTTCTCGCACATGTGAAGAATGGTATAACAAGCTCAGAGACCTCCGCCCAAAGGGAATGGGTGGCTTTACTACGTTCA
ATGGTACTTAGCCTTTCTGGAATTGCAACTTTGAATGAGTGCAAGCCTCTTTCCAGCACAGATGTAGAAGTGGACTTCTTCAACAATATTTTTCACATTCAGAGGCATAGGAGATCAAGAGCAATGGCACGGTTTAGAAATATCGTGGACGCTGGAAATCTATCTGAGGGAACTCTCATGCAAATATTTGTGCCGCTCTT
TTTTAGTTTGTTGTTCGAGGCCAAAGGTGACAAGGAGGGAAATGTTGTGAATTCTTGCTTAGAAACCCTTGCCTGTATTGCTGGTCACACAAGATGGGATTCTTACTTCAGTTTATTGATGAGAGCATTTCGACTGATGGTTTCCAAGGAAGAGAATAGCAACATACCTGTACGGCTGATTTGTTCAATATTAGATAAGT
TTCATTTTATTGATGGAATGGCCTCAGCTGTAGGAGCAGAAAAACATGATCATCAATCTAAGATTGGTGAAACAGCAATGGATAAGCCGGATATGGATTTAAGGAGGGATGGTGATAACAAAAATATTATCTCCCCTGAAATACAAGAGCGTCTACAAAAGCGTGTGCTACCTGAGATAAATAAGATGATGATATCTCAT
GCAAATGTGGTTAATATTTCAGTTAGTCGTGCTGCATTGAAGTTATTGAAGCTTATGCCTTTAGAAACAATGGAATCAGAGCTTCCTTGCATCATACAGCGTATTGCTAATCTGCTGAAAAGTCGGCCTCATTCTGTAAGAGATGAGGCCAGGACTGCCTTAGCTGCATGTGCCAAGGAATTAGGACCAAAATATTTGCA
GTTCATTGTAAAAACACTACAGACAACATTGACAAGGGGATATGAATTGCATGTTCTGGGCTATACAGTCAATTTCATCCTATCAAAAGTTTCACCTTCCCTCGACATTGGAGATATTGATTATTGTGTGCAACCACTTCTTGAAGTTGCAGAAAATGATATTATGGGAGAAGTTGCTGAAGAAAAGGAAGTTGAAAAAA
TTGCCTTTAAAATGAAAGAGACAAGGAGTAGCAAATCTTTTGAAAGTTTGCAATTAATTGCTCGAAATATTACTTTCTCTACACATGCTTGTACATTGCTGGTACCTGTTAGACACAATCTCCATAGAACACTTGCACCAAAAGAAAAAGTTAAGATTGAGTCCATGCTGCGCTATTTAGCAACCGGTCTTCAGGTTAAT
GCGTCATTAAGTCAGACAGATTTGTTCATTTTTGTATATGGGTTGATTGAGGATGGTATGGAGGAAGAAAAAATGGTTATGAAGACAGATTTGTTTAGTAAATCAGGTGTAGCATCTTCAAAATCATCAGTCTCATCTAAAAATTCAATGGAGATACGTGCTGATCATATGCTAGATGCACCCAATAGGTATCTAATTAC
AGTGTTTGCACTGAGACTTCTTGAGAATCATCTGAAAAAATCCAAAGTAGATAAGAGTGATCAATATTTAATAGCTATGCTAGACCCCTTTATAGAACTACTAGGGCACTGTCTGAAATCTAAGTATGAAGGAGTTATATCACATTCTGTGAAATGTCTTGCTTGTCTATTGAGACTTCCCCTTCCATCTATTGATATTC
ACAGTAGCAACATTACCTCCTCAGTTTTTAATATGGTTCTGAAATCAAGTAAGAGTGACAGTCCCGTAATGCAATCTTCTGTTAATTTACTTGTTATGCTTTTGAGACATGCAAATACGACCATCTCAAATGATCAATTAAAGCTGCTTCTCCAATGCCCACTCTTTATTGATTTAGAGAGTAGCTCAACTACCATTGCA
CTATCACTTTTGAAGGCAATTGTTAGGCGGAAGCTACTGGTTCCAGATCTGTATGATTTGATCACTAGAATTGGACGCTTGATGGTAACTAGTCAAGCTCCACCCATTCGCCAGCAATGTAGTCAAGTTCTCTTACAGTTTCTTCTTGACTACCCTCTTGGTGCCAAGCGATTGCAACAACACTTGGATTTCTTAGTTGC
AAACCTTAGCTATGAGCATACAAGTGGTAGGGAAGCTGTACTGGAAATGTTACATGTGATTATTCTGAAATTTCCCAGTAATGTGGTAGATGAGCAGGCAGAGACAATTTTCCTACCATTGGTGACTCGCCTTGTTAATGATAGTGACAATCAAGTTCGAGCTATGGTAGGAACAGTTTTGAAAGTTTTGATTGGACGTG
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CCTTCGTATATTAGAATCCTGTGCACTAAGTTTGGAACATCAAAAGGGTGCCATCTTCAATCATAGTAATGCACAAGGGGATGAAATGCCTACTGGTTCTGAGATGCTTGATGTAGCAAAGTTAGAAAAGGTAACTGACACAGACATAACCGGGGAGCAAAAGCAACCTTATTCAGTGGATTTGGACATGTCTGAGGTAG
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GGACTTGAAGCTATTGGCAGATGATGTTCTTTGTCACATGAAAGATATCATGGGGGTTGAAAGTTTTGTACAAGCCTATAATTTAGTGAGACAGAAAGTTAAGGCAACACGAGACAAGAGAAAGAAAATAGAAAAGATAGCTGCAGTCGTTAACCCAATGCGGCATGCACAAAAGAAGATGAAGTTAACAGGAAAGCGCC
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CCAGTCTACACAATTGGAATGAAGGCATGTATCATAATTTCTATCAAGTAGAAGTGATTCCGTGCGGTGTTTTGTATATTTAACAAAATGGGTATTTTGGAATGACTTGGAGAGTGTTGTGGAAATATCCTAGTCAGCTGTATGAGAAATACCCGTGAGCATCCCTAGGTTTTTGATAGTGAGGTATAGAAGTATGGAAA
CGTGGTTTAACAATTTTGTGGTTGAAAGTGAGCCGGATTGTATCTAAATTATACTTGTGTGAGAATTAATATTCAAGAAGTGGTCTTTATTATTTCCAATGGTAATTTCTTTTGTTTTGAATGTAGATACGATTGACAAGTGTGTATTAATGTCTTGTTTGTTTACTTTGTAATAATGTTTTTATTATGTTCACTTGTCC
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