NA ----> NA

Intron 1 GTTATGTTGG ... TTTGTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.23	4	6	12
A2	88.89	2	9	23
A3	70	3	7	7
A4	71.43	5	14	11
A5	84.62	3	16	17
A6	55.56	6	10	5
A7	86.67	2	17	9
A8	82.86	3	6	23
A9	63.64	2	5	2
A10	70.59	5	6	18

>TRINITY_DN42005_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GCTTCCTCTTATTATGGTGAATTTCTGAAAAGTAGTTTCAATCCGCCTTGTTAAGTTGTTTCTTTAGAGTGTGCTGGTTTCCGAAATCGTAGCATCCAAAGCGGTCTCACCCCTACTGATTCCACAAGCAGCACAGCAGCAGCCTTGCGAGAGTATATGCCAACTTATGGTGAGTCTTAAAATGCACCGTTATGCCTGAA
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TGGGTTTTATGCTAATGTTTTTGCCATCGTATGCTGGTTTTCATAGGCAACCTCAAGTGCATATTTGATCCATGTTTAGATGATTCTGTTTTAGTGTTTTTGATACCGTTGCAATGGGTGGGCTATTTTGTGTACAGTTGAATTTCTCTTTGACGTGCACTTCTGGTGATTTTTACAGTATTTTTGACAGGGTATGTTTC
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CAGTGTACGCTGGTGCTAGTTTTTCTGATAAGGTATGCTGGTTTTAATTGGAAACCTAAAGAGCATATCAATAGAATTTAAAGGCTACCCGTAAAGATCCGAGATATCCTTACAGGAAAGCTTTTTGTAATTGCGGAAAAGGTGATACATTGCAGGAAAGCATTTGAATTGATGCATTTTTTTATAGTTTACTACTGGTT
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CCGGTGGAATTTAATTGCTCGAAAATATTAATAGTTAAAAAAGCATGAAATACCATCCATAATAGGAGGATCCAAAAGGAAAAAAGCTCCCTGTAAATCGTTAACTGTAATTTATGGTACCGTCG

>TRINITY_DN42005_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

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CGATGGTGTATTCTTAGTGTGCCGGACAGTTTATTCAACAGTGTTTTCTTAGTATGCAGAAGAGACCTGATCAAGTGGTTGGTTAGTACGGGTGAGCCGCTTTTGGATGTGACGATTTGGAGCATGTATTTTGCATCTCTTAGGGAACAGACTAAATTGAAGAGAACCATTCTGATGAAGGATTATCTCTGTTTATCTTA
AGAGGAAGATGTTGATTTACAGTGACATTCTGTCATGAAACAGCGTACATTGAGTTCGAGATATCGTTTCAGTTGATCCAATAGAGATGATCGATTCAATTGTTGCTAGACAACATTTCACAGTGACTATTGTTGCATGAAGAAAACAGGGTTTCCATTTATCAATTCATTGACAAAAGAAATAGTTGCCATATAGATGA
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TGGGTTTTATGCTAATGTTTTTGCCATCGTATGCTGGTTTTCATAGGCAACCTCAAGTGCATATTTGATCCATGTTTAGATGATTCTGTTTTAGTGTTTTTGATACCGTTGCAATGGGTGGGCTATTTTGTGTACAGTTGAATTTCTCTTTGACGTGCACTTCTGGTGATTTTTACAGgttatgttggttttttattcgc
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TGGAAACCTAAAGAGCATATCAATAGAATTTAAAGGCTACCCGTAAAGATCCGAGATATCCTTACAGGAAAGCTTTTTGTAATTGCGGAAAAGGTGATACATTGCAGGAAAGCATTTGAATTGATGCATTTTTTTATAGTTTACTACTGGTTTTCATTACTAACTAGCATAAGCAGGTAAGTTGGCATTAAAAGTGAGAG
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AATACCATCCATAATAGGAGGATCCAAAAGGAAAAAAGCTCCCTGTAAATCGTTAACTGTAATTTATGGTACCGTCG

Intron 2 GTTAAGATTG ... ATGTATGTAG

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A2	71.43	3	13	2
A3	69.23	2	3	6
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A5	60	4	9	3
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A9	50	5	3	7
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