sp|O23254|GLYC4_ARATH ----> Serine hydroxymethyltransferase 4

Intron 1 GTACGAACAT ... CATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.76	264	57	8
A2	21.12	198	53	5
A3	16.95	245	50	11
A4	23.94	143	45	4
A5	17	83	17	4
A6	12.06	1159	159	22
A7	13.23	1148	175	27
A8	14.13	1130	186	10
A9	14.49	1080	183	26
A10	14.36	698	117	11

>TRINITY_DN45901_c0_g4_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTCAGAAGCTCCCGTCTATCCTACCGTTTCAGCCCAGCCAATTCTTCTCCTTTTCGTCTCTATTATGCTCCATGTGACCAGCTTTCAGAAGCAAACATCGATCACGGCAAAATATCGAACTCTCTACACCACTATATATACAACGCGATCCAAGGCTATTTCTTGTGCCACACAGCCCAGCTAAAACAAGGTCTGTGTAT
TTCCGTAACTCCAGATCTGGGCCGATATCCAGATCACTTCTATTTGCCATTTCTTCATCTGGGCACCAATACTTTGCCCAGATCCTGCTCCGGCTTTGCCATTGCAGTTCCTTTCCTCCTTTTGAGCAATGGATCCCGTGAACGTATGGGGCAACACGCCGCTGAAGGTTGTGGACGAGGAGATCTTCGATCTGATTGAG
AAAGAGAAGAGAAGGCAATGCAGAGGAATCGAACTTATCGCCTCTGAGAACTTCACATCTCTGGCAGTCATTGAAGCTCTCGGAACTCCCCTCACAAACAAATACTCAGAAGGCATGCCTGGCAACCGATACTATGGCGGTAACGAATACATAGATCTCATTGAGAATCTGTGTAGATCAAGGGCTCTCCAGGCCTTCCG
TCTGGATTCCGAGAAATGGGGTGTGAATGTGCAGCCCTACTCTGGGAGCCCTGCTAACTTCGCGGCCTACACAGCGCTTCTGAACCCGCATGACCGCATCATGGGGCTGGACTTGCCTTCTGGTGGCCATCTCACTCATGGGTATTACACCTCTGGTGGTAAGAAGATATCTGCTACATCTATTTACTTTGAGAGTTTGC
CTTACAAGGTCAGTCAGGAGACTGGGTTCATTGACTATGACAAGCTGGAGGAGAAAGCCTTGGATTTCAGACCTAAGCTTATTATCTGTGGAGGCAGTGCTTATCCCAGGGACTGGGATTATGCTAGGTTCCGCGCCATTGCTGATAAATGTGGTGCCATGCTCTTATGTGACATGGCTCACATCAGTGGCCTTGTCGCT
GCTCAGGAAGCTGGAAATCCATTTGACTATTGTGATTTGGTTACTACAACAACCCACAAGAGCTTGAGGGGTCCGAGAGCTGGGATGATCTTCTATAGGAAAGGCCCCAAACCTCCTAAAAAGGGACAGCCAGAGGGTGCCCTCTATGATTACGAGGACAGAGTAAACTTTTCTGTGTTCCCATCTCTTCAAGGAGGGCC
ACACAACCACCAGATTGCAGCATTGGCTGTGGCTCTTAAGCAGGTTATGACTCCTGGCTTTCAGGCCTATGCCAAGCAGGTCAAGGCAAATGCAGTTGCTGTTGGCAACTACTTGATGAACAAGGGATACAAGCTTGTTACAAGTGGGACGGAAAATCACTTAGTTCTGTGGGATCTGCGTCCAATTGGACTGACTGGAA
ATAAGGTGGAGAAAGTGTGTGATATGTGTAACATAACAATCAACAAGAATGCAGTTTATGGTGACAGCAGTGCTTTGTCCCCTGGTGGTGTTCGTATTGGTACCCCTGCAATGACCTCCAGAGGTCTCAAGGAAGCCGATTTTGAGCAGATTGGAGAGTTCCTGCACCAATCGATTAACATCACTTTGGCTATCCAGAAG
GAACATGGGAAGCTTCTCAAGGACTTCAACAAAGGGTTGGCGGGCAACAAGGACATGGAAAATCTGAGGGTGGAAGTGGAGAAATTCTCTGCTAAATTTGACATGCCTGGCTTCGATGTAGCTACAATGAAGTTCCAATAAGTGACTATAGCAATAACATAATTTGTTTTACTTTGGGTTACTAGTTACAGTTGTGGTTA
CTAGAGGGATGTATCTCTATAGCTTGATGAATAAATATGTGTTGCTCTTGAGTTTTACAGTCCTTGAATTTGAGGACTTATTTTGCTGGTGTAATAAGCAGAAGATGACTAAATCTAGTAGTCAGATGTGCTGATATGATTTTTCAGTTAAGCGTTAAGCGTGAACAAAGTCTGCATATCTTTCCCAGTGTCATCTTTGT
AATCTTCTGCTTTTGTCTTCATGTCCCATGCATTGGGCAAGTTCTTCAATTGAAACTATGCAATCTTATTTTGCTAGCCTATTATACAAAATCGTTATGTGAAATGGTGATGGTTTTCCATGTCTAAATCATGTAAATCAGATTGAAATATAATCTTTTCAATTCCAGGTTATGATGATGGAAAAGTGCTAAACATTTGG
ACATTGCTATGGCACTTTATTGTATCGTAGACAAACGTTTTGTTTCTGCCATTAGTGTCCTTGTTATACTTAC

>TRINITY_DN45901_c0_g4_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GTCAGAAGCTCCCGTCTATCCTACCGTTTCAGCCCAGCCAATTCTTCTCCTTTTCGTCTCTATTATGCTCCATGTGACCAGCTTTCAGAAGCAAACATCGATCACGGCAAAATATCGAACTCTCTACACCACTATATATACAACGCGATCCAAGGCTATTTCTTGTGCCACACAGCCCAGCTAAAACAAGGTCTGTGTAT
TTCCGTAACTCCAGATCTGGGCCGATATCCAGATCACTTCTATTTGCCATTTCTTCATCTGGGCACCAATACTTTGCCCAGATCCTGCTCCGGCTTTGCCATTGCAGTTCCTTTCCTCCTTTTGAGCAATGGATCCCGTGAACGTATGGGGCAACACGCCGCTGAAGGTTGTGGACGAGGAGATCTTCGATCTGATTGAG
AAAGAGAAGAGAAGGCAATGCAGAGGAATCGAACTTATCGCCTCTGAGAACTTCACATCTCTGGCAGTCATTGAAGCTCTCGGAACTCCCCTCACAAACAAATACTCAGAAGGCATGCCTGGCAACCGATACTATGGCGGTAACGAATACATAGATCTCATTGAGAATCTGTGTAGATCAAGGGCTCTCCAGGCCTTCCG
TCTGGATTCCGAGAAATGGGGTGTGAATGTGCAGCCCTACTCTGGGAGCCCTGCTAACTTCGCGGCCTACACAGCGCTTCTGAACCCGCATGACCGCATCATGGGGCTGGACTTGCCTTCTGGTGGCCATCTCACTCATGGGTATTACACCTCTGGTGGTAAGAAGATATCTGCTACATCTATTTACTTTGAGAGTTTGC
CTTACAAGGTCAGTCAGGAGACTGGGTTCATTGACTATGACAAGCTGGAGGAGAAAGCCTTGGATTTCAGACCTAAGCTTATTATCTGTGGAGGCAGTGCTTATCCCAGGGACTGGGATTATGCTAGGTTCCGCGCCATTGCTGATAAATGTGGTGCCATGCTCTTATGTGACATGGCTCACATCAGTGGCCTTGTCGCT
GCTCAGGAAGCTGGAAATCCATTTGACTATTGTGATTTGGTTACTACAACAACCCACAAGAGCTTGAGGGGTCCGAGAGCTGGGATGATCTTCTATAGGAAAGGCCCCAAACCTCCTAAAAAGGGACAGCCAGAGGGTGCCCTCTATGATTACGAGGACAGAGTAAACTTTTCTGTGTTCCCATCTCTTCAAGGAGGGCC
ACACAACCACCAGATTGCAGCATTGGCTGTGGCTCTTAAGCAGGTTATGACTCCTGGCTTTCAGGCCTATGCCAAGCAGGTCAAGGCAAATGCAGTTGCTGTTGGCAACTACTTGATGAACAAGGGATACAAGCTTGTTACAAGTGGGACGGAAAATCACTTAGTTCTGTGGGATCTGCGTCCAATTGGACTGACTGgta
cgaacatcttaaaaaaagcgcagttaatttgcttgacttcattttattaagaactttggaatccttcgtagaaatatgcaatgaattatttgcattttgcagGAAATAAGGTGGAGAAAGTGTGTGATATGTGTAACATAACAATCAACAAGAATGCAGTTTATGGTGACAGCAGTGCTTTGTCCCCTGGTGGTGTTCGT
ATTGGTAAGTGAATGCTGCATTTAAATCTCTTATGACATGCTGCACAAAACTGGGGAATTTTGTCAGTATGATTTATAGTATATTGCTTCTTACTATTTGAGAGTAAACATGCTTAAACAATCTTCGGTTGGATGGTTCAATTCATATATTAAGAAATGCGGAGGTTAGAAATTAATAGGCAGACAGCATTTGTCAGTGG
GTAAATGGAGGTTGAATCTTGATTGCTTGGATTAGGTGTTTATATTTCAATAACTTGTTAGTTCTTTCTTTGCAGGTACCCCTGCAATGACCTCCAGAGGTCTCAAGGAAGCCGATTTTGAGCAGATTGGAGAGTTCCTGCACCAATCGATTAACATCACTTTGGCTATCCAGAAGGAACATGGGAAGCTTCTCAAGGAC
TTCAACAAAGGGTTGGCGGGCAACAAGGACATGGAAAATCTGAGGGTGGAAGTGGAGAAATTCTCTGCTAAATTTGACATGCCTGGCTTCGATGTAGCTACAATGAAGTTCCAATAAGTGACTATAGCAATAACATAATTTGTTTTACTTTGGGTTACTAGTTACAGTTGTGGTTACTAGAGGGATGTATCTCTATAGCT
TGATGAATAAATATGTGTTGCTCTTGAGTTTTACAGTCCTTGAATTTGAGGACTTATTTTGCTGGTGTAATAAGCAGAAGATGACTAAATCTAGTAGTCAGATGTGCTGATATGATTTTTCAGTTAAGCGTTAAGCGTGAACAAAGTCTGCATATCTTTCCCAGTGTCATCTTTGTAATCTTCTGCTTTTGTCTTCATGT
CCCATGCATTGGGCAAGTTCTTCAATTGAAACTATGCAATCTTATTTTGCTAGCCTATTATACAAAATCGTTATGTGAAATGGTGATGGTTTTCCATGTCTAAATCATGTAAATCAGATTGAAATATAATCTTTTCAATTCCAGGTTATGATGATGGAAAAGTGCTAAACATTTGGACATTGCTATGGCACTTTATTGTA
TCGTAGACAAACGTTTTGTTTCTGCCATTAGTGTCCTTGTTATACTTAC

Intron 2 GTAAGTGAAT ... TTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.42	279	45	47
A2	14.29	186	23.3	31
A3	12.71	261	31	38
A4	17.02	156	24.3	32
A5	17.81	120	11	26
A6	14.53	1612	173.3	274
A7	13.31	1504	167.7	231
A8	15.83	1473	161.3	277
A9	14.66	1479	171.3	254
A10	15.44	986	99.3	180

>TRINITY_DN41449_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

GCGACAGTCAGAAGCTCCCGTCTATCCTACCGTTTCAGCCCAGCCAATTCTTCTCCTTTTCGTCTCTATTATGCTCCATGTGACCAGCTTTCAGAAGCAAACATCGATCACGGCAAAATATCGAACTCTCTACACCACTATATATACAACGCGATCCAAGGCTATTTCTTGTGCCACACAGCCCAGCTAAAACAAGGTCT
GTGTATTTCCGTAACTCCAGATCTGGGCCGATATCCAGATCACTTCTATTTGCCATTTCTTCATCTGGGCACCAATACTTTGCCCAGATCCTGCTCCGGCTTTGCCATTGCAGTTCCTTTCCTCCTTTTGAGCAATGGATCCCGTGAACGTATGGGGCAACACGCCGCTGAAGGTTGTGGACGAGGAGATCTTCGATCTG
ATTGAGAAAGAGAAGAGAAGGCAATGCAGAGGAATCGAACTTATCGCCTCTGAGAACTTCACATCTCTGGCAGTCATTGAAGCTCTCGGAACTCCCCTCACAAACAAATACTCAGAAGGCATGCCTGGCAACCGATACTATGGCGGTAACGAATACATAGATCTCATTGAGAATCTGTGTAGATCAAGGGCTCTCCAGGC
CTTCCGTCTGGATTCCGAGAAATGGGGTGTGAATGTGCAGCCCTACTCTGGGAGCCCTGCTAACTTCGCGGCCTACACAGCGCTTCTGAACCCGCATGACCGCATCATGGGGCTGGACTTGCCTTCTGGTGGCCATCTCACTCATGGGTATTACACCTCTGGTGGTAAGAAGATATCTGCTACATCTATTTACTTTGAGA
GTTTGCCTTACAAGGTCAGTCAGGAGACTGGGTTCATTGACTATGACAAGCTGGAGGAGAAAGCCTTGGATTTCAGACCTAAGCTTATTATCTGTGGAGGCAGTGCTTATCCCAGGGACTGGGATTATGCTAGGTTCCGCGCCATTGCTGATAAATGTGGTGCCATGCTCTTATGTGACATGGCTCACATCAGTGGCCTT
GTCGCTGCTCAGGAAGCTGGAAATCCATTTGACTATTGTGATTTGGTTACTACAACAACCCACAAGAGCTTGAGGGGTCCGAGAGCTGGGATGATCTTCTATAGGAAAGGCCCCAAACCTCCTAAAAAGGGACAGCCAGAGGGTGCCCTCTATGATTACGAGGACAGAGTAAACTTTTCTGTGTTCCCATCTCTTCAAGG
AGGGCCACACAACCACCAGATTGCAGCATTGGCTGTGGCTCTTAAGCAGGTTATGACTCCTGGCTTTCAGGCCTATGCCAAGCAGGTCAAGGCAAATGCAGTTGCTGTTGGCAACTACTTGATGAACAAGGGATACAAGCTTGTTACAAGTGGGACGGAAAATCACTTAGTTCTGTGGGATCTGCGTCCAATTGGACTGA
CTGGAAATAAGGTGGAGAAAGTGTGTGATATGTGTAACATAACAATCAACAAGAATGCAGTTTATGGTGACAGCAGTGCTTTGTCCCCTGGTGGTGTTCGTATTGGTACCCCTGCAATGACCTCCAGAGGTCTCAAGGAAGCCGATTTTGAGCAGATTGGAGAGTTCCTGCACCAATCGATTAACATCACTTTGGCTATC
CAGAAGGAACATGGGAAGCTTCTCAAGGACTTCAACAAAGGGTTGGCGGGCAACAAGGACATGGAAAATCTGAGGGTGGAAGTGGAGAAATTCTCTGCTAAATTTGACATGCCTGGCTTCGATGTAGCTACAATGAAGTTCCAATAAGTGACTATAGCAATAACATAATTTGTTTTACTTTGGGTTACTAGTTACAGTTG
TGGTTACTAGAGGGATGTATCTCTATAGCTTGATGAATAAATATGTGTTGCTCTTGAGTTTTACAGTCCTTGAATTTGAGGACTTATTTTGCTGGTGTAATAAGCAGAAGATGACTAAATCTAGTAGTCAGATGTGCTGATATGATTTTTCAGTTAAGCGTTAAGCGTGAACAAAGTCTGCATATCTTTCCCAGTGTCAT
CTTTGTAATCTTCTGCTTTTGTCTACATGTCCCATGCATTGGGCAAGTTCTTCAATTGAAACTATGCAATCTTATTTTGCTAGCCTATTATACAAAATCGTTATGTGAAATGGTGATGGTTTTCCATGTCTAAATCATGTAAATCAGATTGAAATATAATCTTTTCAATTCCAGGTTATGATGATGGAAAAGTGCGT

>TRINITY_DN41449_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCCTGGTGGTGTTCGTATTGgtaagtgaatgctgcatttaaatctcttatgacatgctgcacaaaactggggaattttgtcagtatgatttatagtatattgcttcttactatttgagagtaaacatgcttaaacaatcttcggttggatggttcaattcatatattaagagatgcggaggttagaaattaataggcaga
cagcatttgccagtgggtaaatggaggttgaatcttgattgcttggattaggtgtttatatttcaataacttgttagttctttctttgcagGTACCCCTGCAATGACCTCCAGAGGTCTCAAGGAAGCCGATTTTGAGCAGATTGGAGAGTTCCTGCACCAATCGATTAACATCACTTTGGCTATCCAGAAGGAACATGG
GAAGCTTCTCAAGGACTTCAACAAAGGGTTGGCGGGCAACAAGGACATGGAAAATCTGAGGGTGGAAGTGGAGAAATTCTCTGCTAAATTTGACATGCCTGGCTTCGATGTAGCTACAATGAAGTTCCAATAAGTGACTATAGCAATAACATAATTTGTTTTACTTTGGGTTACTAGTTACAGTTGTGGTTACTAGAGGG
ATGTATCTCTATAGCTTGATGAATAAATATGTGTTGCTCTTGAGTTTTACAGTCCTTGAATTTGAGGACTTATTTTGCTGGTGTAATAAGCAGAAGATGACTAAATCTAGTAGTCAGATGTGCTGATATGATTTTTCAGTTAAGCGTTAAGCGTGAACAAAGTCTGCATATCTTTCCCAGTGTCATCTTTGTAATCTTCT
GCTTTTGTCTACATGTCCCATGCATTGGGCAAGTTCTTCAATTGAAACTATGCAATCTTATTTTGCTAGCCTATTATACAAAATCGTTATGTGAAATGGTGATGGTTTTCCATGTCTAAATCATGTAAATCAGATTGAAATATAATCTTTTCAATTCCAGGTTATGATGATGGAAAAGTGCGT