NA ----> NA

Intron 1 GTGAGGGGAA ... TTTGAACAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	4	8	16
A2	47.37	10	7	11
A3	68.42	3	7	6
A4	52.38	5	6	5
A5	73.33	2	9	2
A6	57.38	13	27	8
A7	48	13	17	7
A8	39.29	17	21	1
A9	55.56	10	19	6
A10	71.43	3	13	2

>TRINITY_DN118386_c2_g2_i9 from sample A2 / Example spliced isoform

TAATGGCTGTATAATCAATTGGGTTGTTGTTAAAATTCCGAGTTGTGGCAGGTTTTGATTAGTCTCAGCTCCCTGTAATTGATAATAATTAGTAGCAGCTGTTGCTGAAAATCAATCAATCGTCTATCTCTGTAATTAAAGCTGCCTGCCCCACTTTCTTGTTGTCTTGCTGACAATTTATGTAGGCTTAAAATGCATTT
TATTCGGTCTTCCCGAGGGTTGATCTCAGGGGTTTGTGAGTTACGTTATTGCCCAATTATTAACCCAAACGAAGTCGGTCGCACAAAGGGTAGTTTTGTTGGAACACCATATTGCCATTAGTAGCTGTTTGTTTCAATAAGGAGCCCATGAGTTTAAGGACATGCGAGCTTGAGGTGTCCTGAGTTTTAGGGTAGGAGAG
GTTAACGTGTCCTAAGTTTAAGGACAGGAGACCTCATTATTATTACAGGTTTGCAGTTTTTGTTATTGGGTTTCTTCAAGATTTTTGGAGGTGGAAATTGTGTAGCTCGGCATGGCTTCTGAAGTGGAACCGATAGCTAAAAATCCCACAGGGGGTTGCTTTGCAAAAGTTCATGACGTTTTTACCTTGACATGTTCAAC
AAATAACAAAGAAGACACAGATATTCCTTCATCTTTTGCCTCTGATAATAATAGTAAAGGTACTGAAGGAGTCTACTGTGGCCAAGCTTGCAGAAATTACTTTGAATGTGTATTTAGTTTAGTTAACTTTTCCCAATTCCCTCTGAACAAGATATTGAAGGAGTCTCTATTGTGGCCAAGCTTGCAGAAGTAAGTTTTAA
GTTTCCTTTTTCATAGTTTAATTATGATGTGGAGAGATCTGCACTTCATCATCATCTTTGGAAATATTATTCCTTAGACTGAACTAATGGGATGTGTAATTTTTCATTATGTATACATAATTAGCTTTTGGAGGAAGTATTAAGAAAGGATTTTATATCTATTAAACATGTTCTATCTCTGGTATTGGGTTTGTAGGGAT
TGTATGAAAAGACACCTAATG

>TRINITY_DN118386_c2_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCGATGGCGTGTTCCTACTAAATTGTCTCGTGTTTTATTGAATTCCTGCATTGATCCGTATGTGGAAACCCCTTTGTAAACATTCCCAAAATTATTGGTGCCGACATTATTGCTCCTCAAAATTTTTTTGGTGGCCTCCATGATATCCTCGTCCTCGGTTAGGGTTCATTGGGAATGGCTCAAAGGGTTCTCCTCCTCCA
ATACAAAAACCCCTCCATGTCCCCCAAAACTCACAAGAAACCCCCGTGGCTATGACCACGAGCATGAAGACCCAGGCATAGTTCTTCCTAGAAATTGAACTCAAGCTTGGTATGTGCATGGTTTGGATCTTCGAATTGGTAAAGTTTAGGGTTTCTATGGTTCACCGCGGTCGTTTGTGAAGACACCGAGCTCTTCTGGG
ACGGATATGCATGTGTACGAGTTCAGAAATGCTACAGAGTTGACCATAGTTTCTCTCCTACACAGGAGCTCTAAGACAAAGGGACGACCTACCCTCATCAAATACGACTTCAGAGATTGTCGTGAGTACCAGGGGTTCACTTTACTTCCTTATTGTTTTTGGAATAATCTTAAAACTAGTCATTTTTAGCTTATTTTATG
ATTTTATTTATTTTATTTTATTCTGTTTACTGGATAAATAAATTCCTTAGCCTTTTAGCACGCATGTTTCAGAATGAACAAGTTGGTCCCTTGCCAGCACCCTATGGATTTCCTTAATTTTCCTTGGTTTTCCGGATGGAGGGTGGTGTTGATTGGCGTTTTTACCTTATTGTGTTGGATTATATAGGATTGGACATGAT
GGTATGAATATTCATGAAATAGAACTTTCTATGGTCTAAAAAATCCCATGGATTTTGAAGTGGAACCAATGGGTTTTGAAGTGAAACCGATGGCTAAAAATCCCACAGGGGGTTGCTTTGCAAAAGTTCATGACGTTTTTACCTTGACATGTTCAACAAATAACAAAGAAGACACAGATATTCCTTCATCTTTTGCCTCT
GATAATAATAGTAAAGgtgaggggaatattgggcttgtgcaagagtatttttgtggggtttgtgattgttgttctaggtattttcatgtttatggtgtatatacactcatttatttgttatgtatattgtattattttatttatttatttttggcttaaagcaaacttggatgagccgatctatgagtctccttgtaatc
gaagctaaaatgttccctttgcaacatttcatcgttttttaatatgcgagtttgttgtgttactatgaaactgattaacataataagattggacattaaactcggaggacagaaccatcctttctttgtctcttttcttttggaattctttcactttcaactccattctaatcagaatatattatactatagtattggat
ttgttagagtttctaggaaggtgttgaatggtttgcaactttgcattacttgcactagaactaatcggatgtgtagtttttcattatgtatatataattagcttttggagagagtattagtaaaggatttgatttcttataaacatgttctgtctcaagtatcgggtttgtagggcttgtatctaaaggcacctgatgtt
tagttgttgcaatttagttcagttaactctgtacaattccctttgaacaagGTACTGAAGGAGTCTACTGTGGCCAAGCTTGCAGAAATTACTTTGAATGTGTATTTAGTTTAGTTAACTTTTCCCAATTCCCTCTGAACAAGATATTGAAGGAGTCTCTATTGTGGCCAAGCTTGCAGAAGTAAGTTTTAAGTTTCCTT
TTTCATAGTTTAATTATGATGTGGAGAGATCTGCACTTCATCATCATCTTTGGAAATATTATTCCTTAGACTGAACTAATGGGATGTGTAATTTTTCATTATGTATACATAATTAGCTTTTGGAGGAAGTATTAAGAAAGGATTTTATATCTATTAAACATGTTCTATCTCTGGTATTGGGTTTGTAGGGATTGTATGAA
AAGACACCTAATG

Intron 2 GTGAGTACCA ... CATGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	59.71	11.9	18	16
A2	49.51	11.8	13	10
A3	45.16	17	26	2
A4	56.08	9.3	12	11
A5	49.78	14.1	18	10
A6	30.59	44.3	26	12
A7	27.45	24.6	14.3	4
A8	23.6	21.9	5.3	7
A9	31.83	23.9	17	5
A10	32.99	24.1	11.8	11

>TRINITY_DN126575_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CCGATGGCGTGTTCCTACTAAATTGTCTCGTGTTTTATTGAATTCCTGCATTGATCCGTATGTGGAAACCCCTTTGTAAACATTCCCAAAATTATTGGTGCCGACATTATTGCTCCTCAAAATTTTTTTGGTGGCCTCCATGATATCCTCGTCCTCGGTTAGGGTTCATTGGGAATGGCTCAAAGGGTTCTCCTCCTCCA
ATACAAAAACCCCTCCATGTCCCCCAAAACTCACAAGAAACCCCCGTGGCTATGACCACGAGCATGAAGACCCAGGCATAGTTCTTCCTAGAAATTGAACTCAAGCTTGGTATGTGCATGGTTTGGATCCTCGAATTGGTAAAGTTTAGGGTTTCTATGGTTCACCGCGGTCGTTTGTGAAGACACCGAGCTCTTCTGGG
ACGGATATGCATGTGTACGAGTTCAGAAATGCTACAGAGTTGACCATAGTTTCTCTCCTACACAGGAGCTCTAAGACAAAGGGACGACCTACCCTCATCAAATACGACTTCAGAGATTGTCAATGAACAAGTTGGTCCCTTGCCAGCACCCTATGGATTTCCTTAATTTTCCTTGGTTTTCCGGATGGAGGGTGGTGTTG
ATTGGCGTTTTTACCTTATTGTGTTGGAGTATATAGGATTGGACATGATGGTATGAATATTCATGAAATAGAACTTTCTATGGTCTAAAAAATCCCATGGATTTTGAAGTGGAACCAATGGGTTTTGAAGTGAAACCGATGGCTAAAAATCCCACAGGGGGTTGCTTTGCAAAAGTTCATGACGTTTTTACCTTGACATG
TTCAACAAATAACAAAGAAGACACAGATATTCCTTCATCTTTTGCCTCTGATAATAATAGTAAAGGTGAGGGGAATATTGGGCTTGTGCAAGAGTATTTTTGTGGGGTTTGTGATTGTTGTTCTAGGTATTTTCATGTTTATGGTGTATATACATTCATTTATTTGTTATGTATATTGTATTATTTTATTTATTTATTTT
TGGCTTAAAGCAAACTTGGATGAGCCGATCTATGAGTCTCCTTGTAATCGAAGCTAAAATGTTCCCTTTGCAACATTTCATCGTTTTTTAATATGCGAGTTTGTTGTGTTACTATGAAACTGATTAACATAATAAGATTGGACATTAAACTCGGAGGACAGAACCATCCTTTCTTTGTCTCTTTTCTTTTGGAATTCTTT
CACTTTCAACTCCATTCTAATCAGAATATATTATACTATAGTATTGGATTTGTTAGAGTTTCTAGGAAGGTGTTGAATGGTTTGCAACTTTGCATTACTTGCACTAGAACTAATCGGATGTGTAGTTTTTCATTATGTATATATAATTAGCTTTTGGAGAGAGTATTAGTAAAGGATTTGATTTCTTATAAACATGTTCT
GTCTCAAGTATCGGGTTTGTAGGGCTTGTATCTAAAGGCACCTGATGTTTAGTTGTTGCAATTTAGTTCAGTTAACTCTGTACAATTCCCTTTGAACAAGGTACTGAAGGAGTCTACTGTGGCCAAGCTTGCAGAAGTAAGTTTTAAGTTTCCTTTTTCATAGTTTAATTATGATGTGGAGAGATCTGCACTTCATCATC
ATCTTTGGAAATATTATTCCTTAGACTGAACTAATGGGATGTGTAATTTTTCATTATGTATACATAATTAGCTTTTGGAGGAAGTATTAAGAAAGGATTTTATATCTATTAAACATGTT

>TRINITY_DN126575_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCGATGGCGTGTTCCTACTAAATTGTCTCGTGTTTTATTGAATTCCTGCATTGATCCGTATGTGGAAACCCCTTTGTAAACATTCCCAAAATTATTGGTGCCGACATTATTGCTCCTCAAAATTTTTTTGGTGGCCTCCATGATATCCTCGTCCTCGGTTAGGGTTCATTGGGAATGGCTCAAAGGGTTCTCCTCCTCCA
ATACAAAAACCCCTCCATGTCCCCCAAAACTCACAAGAAACCCCCGTGGCTATGACCACGAGCATGAAGACCCAGGCATAGTTCTTCCTAGAAATTGAACTCAAGCTTGGTATGTGCATGGTTTGGATCCTCGAATTGGTAAAGTTTAGGGTTTCTATGGTTCACCGCGGTCGTTTGTGAAGACACCGAGCTCTTCTGGG
ACGGATATGCATGTGTACGAGTTCAGAAATGCTACAGAGTTGACCATAGTTTCTCTCCTACACAGGAGCTCTAAGACAAAGGGACGACCTACCCTCATCAAATACGACTTCAGAGATTGTCgtgagtaccaggggttcactttacttccttattgtttttggaataatcttaaaactagtcatttttagcttattttatg
attttatttattttattttattctgtttactggataaataaattccttagccttttagcacgcatgtttcagAATGAACAAGTTGGTCCCTTGCCAGCACCCTATGGATTTCCTTAATTTTCCTTGGTTTTCCGGATGGAGGGTGGTGTTGATTGGCGTTTTTACCTTATTGTGTTGGAGTATATAGGATTGGACATGAT
GGTATGAATATTCATGAAATAGAACTTTCTATGGTCTAAAAAATCCCATGGATTTTGAAGTGGAACCAATGGGTTTTGAAGTGAAACCGATGGCTAAAAATCCCACAGGGGGTTGCTTTGCAAAAGTTCATGACGTTTTTACCTTGACATGTTCAACAAATAACAAAGAAGACACAGATATTCCTTCATCTTTTGCCTCT
GATAATAATAGTAAAGGTGAGGGGAATATTGGGCTTGTGCAAGAGTATTTTTGTGGGGTTTGTGATTGTTGTTCTAGGTATTTTCATGTTTATGGTGTATATACATTCATTTATTTGTTATGTATATTGTATTATTTTATTTATTTATTTTTGGCTTAAAGCAAACTTGGATGAGCCGATCTATGAGTCTCCTTGTAATC
GAAGCTAAAATGTTCCCTTTGCAACATTTCATCGTTTTTTAATATGCGAGTTTGTTGTGTTACTATGAAACTGATTAACATAATAAGATTGGACATTAAACTCGGAGGACAGAACCATCCTTTCTTTGTCTCTTTTCTTTTGGAATTCTTTCACTTTCAACTCCATTCTCATCAGAATATATTATACTATAGTGTTGGAT
TTGTCAGAGTTTTGCACAATAATATGTTTTATTCTTTATCTAATTGGCCGTCGATTGGAATTATGTTATTGATCTTTTTCTTTTCTATTTTGGCAGCATTTTCTTCTTTCAAGACACCCAGTGAGGTCCCTACAACTCCAGATGTTTGTGGATGTGTTTGCTGGCCTCGAGCCTTTTCTGTAAGTGGATATATTACTTGT
AATTGGATTTGTTGAATCTTGATGCTTGTGCCTGTCTATTGATAAACGAGTACCAGTTTTTGGATTTTCTTGTATCTTGATGGTCTTGTGAAGAAAGAGGGTATACATAGGCAAGGGCAAGTTTCTGTTTCGGTGGGAAGATGAGTGGGAAGATGAGTTCAAGGGAGAGGAAAGTGAGGGTGAGAGAGAGAGTACTGCTA
GAGAGTCCAAAAATATCAAGACATGACTGCAAAATAAAACTATATCCCAAAGTAATCAGCCAAGCTCCTACAGAGGTGCAGAAATGACACATAAGACTTCAGTCTAATAGACAAACTTTCATACAGAGGAGCTATAAGGACCTATCAGTAGGCTTTGAAAGAGCCTTCATCAATTCTTACGAAGTCTTCAAACTCTTCAA
AATGAAAAATACCCTCTTCTGCTCCCACAGCTCTTCATCTGTTTGGTTGTTGAAGCACCTGTAGACATGAGAGAAAGATAATTGAGATAAATATGACATTAGACTTCTGAGTCTCTCATCCCATAGTTAAAGTATAGCCACATGAAGAGAGCCTCTGTCATTAGCCCAGTCTACAATGATTTTTGAGTCCCCATATATCT
GCAGTGAGTTGAAATTCTTGGAGTGAGCAAACAGTAGCAACACCCAC

Intron 3 GTGAGTACCA ... TTTAGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	8	18	14
A2	48	13	13	11
A3	44.93	19	26	5
A4	68	4	12	5
A5	40	15	18	2
A6	38.64	27	26	8
A7	34.48	19	14	6
A8	37.5	5	5	1
A9	36.51	20	17	6
A10	38.89	11	12	2

>TRINITY_DN43356_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CCGATGGCGTGTTCCTACTAAATTGTCTCGTGTTTTATTGAATTCCTGCATTGATCCGTATGTGGAAACCCCTTTGTAAACATTCCCAAAATTATTGGTGCCGACATTATTGCTCCTCAAAATTTTTTTGGTGGCCTCCATGATATCCTCGTCCTCGGTTAGGGTTCATTGGGAATGGCTCAAAGGGTTCTCCTCCTCCA
ATACAAAAACCCCTCCATGTCCCCCAAAACTCACAAGAAACCCCCGTGGCTATGACCACGAGCATGAAGACCCAGGCATAGTTCTTCCTAGAAATTGAACTCAAGCTTGGTATGTGCATGGTTTGGATCCTCGAATTGGTAAAGTTTAGGGTTTCTATGGTTCACCGCGGTCGTTTGTGAAGACACCGAGCTCTTCTGGG
ACGGATATGCATGTGTACGAGTTCAGAAATGCTACAGAGTTGACCATAGTTTCTCTCCTACACAGGAGCTCTAAGACAAAGGGACGACCTACCCTCATCAAATACGACTTCAGAGATTGTCTTAACTCTGTACAATTCCCTTTGAACAAGGTACTGAAGGAGTCTACTGTGGCCAAGCTTGCAGAAATTACTTTGAATGT
GTATTTAGTTTAGTTAACTTTTCCCAATTCCCTCTGAACAAGATATTGAAGGAGTCTCTATTGTGGCCAAGCTTGCAGAAAGAATCAACATGCCTTGGAAGGTGAAGATGGGGATGCCTGTCTTCAATCTTCTGTCAAGGCTGCTGAAAAATAGTGCAAGATATTGTTGGGAAGACTCGTGTACAACTGCTTGTCTTAAG
ATAGTTACAATGACAAATTTCATGATGGTGTTGACTGCATTCTTTGTCATGTTTGCATTCCCAAGTCTGGAGTCTGGGGAGTTGAAAAAGATAGCACAAAAGTTCCATTGCATTGATATTCAGTCGAATCTATTCAATTTGAAATATTGAGGCATGAAAACTATGTGTTACTGATTGGGCATTTGAAGTTCCATTGGATT
TTTCCTTGTCAATTCTTTGGAGATATGCTTTCCTGAATATCTCCGTTGTAAATATGCATTCCAAAGAAGAAATCTTACTAATTGATAGGAATTTATCTTCATTTTTTAAGTGAGTGAATTAGAATTTTGGCATCTATCCTCTAATCCACATGAGATGAATGGGAAGAACCCTCCTTTATTGCAATATCTTAACATTGTTT
AACAAAGTCTTCCATCATAAGAGGTGGCTTCTTTTCTCTGATCTGAACCTTCAAATTTATGTTGCTCTAG

>TRINITY_DN43356_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCGATGGCGTGTTCCTACTAAATTGTCTCGTGTTTTATTGAATTCCTGCATTGATCCGTATGTGGAAACCCCTTTGTAAACATTCCCAAAATTATTGGTGCCGACATTATTGCTCCTCAAAATTTTTTTGGTGGCCTCCATGATATCCTCGTCCTCGGTTAGGGTTCATTGGGAATGGCTCAAAGGGTTCTCCTCCTCCA
ATACAAAAACCCCTCCATGTCCCCCAAAACTCACAAGAAACCCCCGTGGCTATGACCACGAGCATGAAGACCCAGGCATAGTTCTTCCTAGAAATTGAACTCAAGCTTGGTATGTGCATGGTTTGGATCCTCGAATTGGTAAAGTTTAGGGTTTCTATGGTTCACCGCGGTCGTTTGTGAAGACACCGAGCTCTTCTGGG
ACGGATATGCATGTGTACGAGTTCAGAAATGCTACAGAGTTGACCATAGTTTCTCTCCTACACAGGAGCTCTAAGACAAAGGGACGACCTACCCTCATCAAATACGACTTCAGAGATTGTCgtgagtaccaggggttcactttacttccttattgtttttggaataatcttaaaactagtcatttttagcttattttatg
attttatttattttattttattctgtttactggataaataaattccttagccttttagcacgcatgtttcagaatgaacaagttggtcccttgccagcaccctatggatttccttaattttccttggttttccggatggagggtggtgttgattggcgtttttaccttattgtgttggagtatataggattggacatgat
ggtatgaatattcatgaaatagaactttctatggtctaaaaaatcccatggattttgaagtggaaccaatgggttttgaagtgaaaccgatggctaaaaatcccacagggggttgctttgcaaaagttcatgacgtttttaccttgacatgttcaacaaataacaaagaagacacagatattccttcatcttttgcctct
gataataatagtaaaggtgaggggaatattgggcttgtgcaagagtatttttgtggggtttgtgattgttgttctaggtattttcatgtttatggtgtatatacactcatttatttgttatgtatattgtattattttatttatttatttttggcttaaagcaaacttggatgagccgatctatgagtctccttgtaatc
gaagctaaaatgttccctttgcaacatttcatcgttttttaatatgcgagtttgttgtgttactatgaaactgattaacataataagattggacattaaactcggaggacagaaccatcctttctttgtctcttttcttttggaattctttcactttcaactccattctaatcagaatatattatactatagtattggat
ttgttagagtttctaggaaggtgttgaatggtttgcaactttgcattacttgcactagaactaatcggatgtgtagtttttcattatgtatatataattagcttttggagagagtattagtaaaggatttgatttcttataaacatgttctgtctcaagtatcgggtttgtagggcttgtatctaaaggcacctgatgtt
tagttgttgcaatttagttcagTTAACTCTGTACAATTCCCTTTGAACAAGGTACTGAAGGAGTCTACTGTGGCCAAGCTTGCAGAAATTACTTTGAATGTGTATTTAGTTTAGTTAACTTTTCCCAATTCCCTCTGAACAAGATATTGAAGGAGTCTCTATTGTGGCCAAGCTTGCAGAAAGAATCAACATGCCTTGGA
AGGTGAAGATGGGGATGCCTGTCTTCAATCTTCTGTCAAGGCTGCTGAAAAATAGTGCAAGATATTGTTGGGAAGACTCGTGTACAACTGCTTGTCTTAAGATAGTTACAATGACAAATTTCATGATGGTGTTGACTGCATTCTTTGTCATGTTTGCATTCCCAAGTCTGGAGTCTGGGGAGTTGAAAAAGATAGCACAA
AAGTTCCATTGCATTGATATTCAGTCGAATCTATTCAATTTGAAATATTGAGGCATGAAAACTATGTGTTACTGATTGGGCATTTGAAGTTCCATTGGATTTTTCCTTGTCAATTCTTTGGAGATATGCTTTCCTGAATATCTCCGTTGTAAATATGCATTCCAAAGAAGAAATCTTACTAATTGATAGGAATTTATCTT
CATTTTTTAAGTGAGTGAATTAGAATTTTGGCATCTATCCTCTAATCCACATGAGATGAATGGGAAGAACCCTCCTTTATTGCAATATCTTAACATTGTTTAACAAAGTCTTCCATCATAAGAGGTGGCTTCTTTTCTCTGATCTGAACCTTCAAATTTATGTTGCTCTAG