sp|Q9SKX0|AB13C_ARATH ----> ABC transporter C family member 13
Intron 1 GTGATCTACT ... GTTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.82 | 17 | 5 | 0 |
| A2 | 26.32 | 7 | 1 | 4 |
| A3 | 18.18 | 9 | 2 | 2 |
| A4 | 16.67 | 5 | 1 | 1 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 24.14 | 22 | 6 | 8 |
| A7 | 27.12 | 43 | 13 | 19 |
| A8 | 22.92 | 37 | 8 | 14 |
| A9 | 23.4 | 18 | 6 | 5 |
| A10 | 22.22 | 14 | 2 | 6 |
>TRINITY_DN44177_c0_g2_i2 from sample A7 / Example spliced isoformCATTGAACCCGTGAGATGGGCGTGAATTGTGAGAAAGATAATCCAGTAGATCATCGGTGACTTAATTATTAATAACATAAGTGGTCCAATTTCCAATTCGCTTACTCAGTAGATTAGTGGAATATAAATACACAATTAAGACGAACTATTTCCCAATTACTGTTTATTGCTTTCTGTTAAGGCACGCGTGGGGAACATAC
TTTTCGGAACTATAAAATGCATGCAGATTGAGTGGGACTTCGCCTTTTTCTTTTTCTGCAAATTCAGAGTCGAAAATGTATTGTGTGCAGGAGAGAATATATGCTTCTGACTCCGACATTACAATATCTTCAGGTTCTTTTACCCCAATGAACGTTACTGCACAAACATTTCGTTGCCATTATTGTTCAGTCAGGTTCTT
CCCGAGTTGGTGAATTTTCAGAAAGACGAGGAATGCTAGAGCAGCTGGAGGCGAAAAGACTGTACATTCTACCAGGATGGAGTTGTTCGCTTTTTTGTGTCCTCACTCACCCTCGGTTAGGAGTGGATATCTTTTCACCCGGTGCTTTGAGAATATATTTTTTGGACTTGGAATGAACATTTTCACTCTGTTTCTCATGC
TTTTCAGTTCAGTCATTAAATGGAGAAAGGAGGACCAATCATTTGTTGAAATTCAGCAGAGTTCAATGCACCCTAACAAAATGAAGTGGTTGAATATTATACCTGCTTTTGGAATCTCTATTTGCATTTTGGATATATCCATGTTGCTCTTTATAGTCCTTCAAGGAAGAGAATTTGTTTATCATGAATGGCTTTTCCAA
AGTTCACAGCTTGCAACTTGGGTCGGAATTTTAATTATAGTGAGATATGAAAGTCACTATATTCTATCGCAAAATTGGGTTCTTTGTATCTGGTGGTTCATAAAGCCCTTCCTAGACCTGCCTCGTTTGTGGACAATCTGCTCGTCATCAGAGGGCTGGTTATCTGTATGCTTCATGGAAACTTGCTCCATTTTCATCGA
AGTAATGTTTGGTATAATGATCCTACTCTTGCGAATTAGGAATTTCTCAGTCATGACAGAGAACAGGGACTCAAATTTCTTAAAACATCCTCTTATTTTGTCCAAAGGAGAAGAGATTTCAAAGTTCAGCTCTCATGATGCAGGCATTTCAAACTTATGGAGTTATTTAACATTTAGTTGGGTTACCCCAATGATGGATG
TTGGGTTGAAGAGACAGCTTAACTTTGACGATTTGTTTCAACTACCCCTTGAGTTGGATCCTATTTCTTGTCATAGTGCATTACATAACTATTGGGTTGATCAAGAAAGAAAATTGGTTGGTGAACCGTCTCTTTTTAGGGCTATATGCCATGCATATGGCTGGCCCTACTTATGGATTGGCATTTTGAAGGTTTTAAAT
GATGGCCTTGGGTTTATGGGTCCCTTGTTATTAAATACTCTCATTCGTATTCTTCAACAAGATATAGGAAATGGGCATCCCTATGGCTACTATTGTGCTTTTGGATTAGGTGTTCTTTCTGTCTCAAGAGCATTTTTAGGTTCACATTATTCATTTCTTCTTTCAAAACTTAGGCTGCGATTACGAGCAAGCATTATCAC
TATTGTCTACCAAAAGTGCTTGTTTATCAGTCTTTCAGAGAGAACAATCTTTTCCACTGGGGAAATTCAGACACTTATGTCTGTAGATGCTGATCGTGCAGTCAATTTATGTGCCAGTTTCCATGATATTTGGAGTCTTCCCTTGCAAATGGTAGTTGCATTGTTTCTTTTATACACGCAAGTCAAGTTTGCTTTCCTTG
CTGGTCTTGCTGTGATTATCCTTCTGATTCCAGTGAACAGGTGGATTGCTGGGAAAATTAGCACTGCTAGTCAGCTCATGATGAAACAGAAGGATGAGAGAGTTAGAAAGATTGGAGAACTTCTAATGTATATACGGACTTTGAAAATGTACACTTGGGAACACATTTTTGCTGCCCGTTTGATGGAAACAAGAGAACAT
GAAGTGAAACACCTTGCGACTCGAAAATATCTGGATGCTTGGTGTGTCTACTTCTGGGCCACTACACCTACACTTTTCTCATTGTTTACCTTTGGAGTTTATGCGTTACTGGGCTACTCCTTAGATGCAGCCACGGTGTTCACATCTCTTTCACTGTTTAACATGTTGATCTCTCCTTTGAATTCATTTCCATGGGTTAT
AAATGGTCTTATTGAGGCTTTCATATCCCTTCAACGCTTGGGAAGATTTCTTTCTTGTACTGAACTTAACTCCAATTGGGGAAGCTTTGGTGCTTTACAAGTTAAAAGAGAAGAGATTTATCCTTCAGGCAATCACAATAAGGAAAAAGTTGAAGATGTGGAAGATATGTCTATCATTATTCAGAATGCTGACTTTGTAT
GGTCCAGTAGTCAACAAGAATGCCAAAATCCTGTTTTAAAGCAGATATCTGTGGCAATTCCAAAAGGATTTCTCACGGTCATTCTTGGGGAGGTTGGAGCTGGGAAGTCATCAATTTTGAGTGCTATTCTTGGAGAGATGCGCTTGATCAAAGGAGAAATTTCTCAACATGGTTCTGTTGCATATGTCCCACAGGCCCCA
TGGATACAGTCAGGAACAGTCCGTGATAACATTCTTTTTGGAAAGGAGTATGAAGGAGACAGATATACAGAAGTGCTTGCTGCATCTGCTTTAGATCTGGATATCTGTTATATGAGGGGAGGTGATCTAGCAATGATTGGAGAAAAAGGATTCAACTTGTCAGGTGGACAGAGAGCTCGAGTGGCTCTTGCAAGGGCTTT
ATATCAAGATTGTGACATTTATTTGCTGGATGACACATTAAGTGCTGTTGATGCGCATGTTGCTGCTTGGCTTTTACAAAATGCTATACAAGGTTCTCTAATGGCCCACAAGACAAGAATTTTATGCACTCACAATACTCAGGCTGTTCAAATGGCAAACATGGTCATAATTATGGAGAAAGGATCTATAAAGTGGGTGG
GTTGTTCAACAGAATTTCATTCAGCAATCAACACAAATTCAAGCCAGGAAATGAATAATACATTTGTTAGCTTGGTAAATGCAAATAGCCAGACATGGGAAAACAAATCAGAAAGTGAAATTCTACCTGTCGTGGAAAGACATGGAAATATGAACCTTAATTCTTTAGAAGGCACTTCAGAAATTTTTGAAGAGGAAGCA
AGGAAAGAAGGAACAGTCCAATTTGACATATACCGAAATTATGCAGCATTTTCTGGCTGGACAATCGTTGTAACAATCTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGGAAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACTTGATTTCCACACTTCTCATGCAGTTGTCTCGGAACGG
AAATGATTTTTGGTTGTCATACTGGGTTGATAGCACTCCAAAAAACCTGCATAATCAAGAATCCACTTACTTCTACCTGGTTGTGCTCACTGCCATTGCTACTTGCAATTCTTTGTTCACTCTAGCCAGAGCTTTTTCATTTACTTTTGGAGGTCTGCGTGCTGCTCTCCACGTACACAATTCTCTATTAAATAAGGTTA
TTAATGCACCAATATCCTTTTTTGATCGCAACCCAAGAGGACGAATACTGAACAGGTTTTCCTCGGACCAATATGCCATTGATGACTCTCTTCCTTTTATTTTAAATATCGTACTAGCAAATTTCTTCAGCCTTTTTGGCATTACTGTGGTTCTCTGTTTGGTACAGTGGACATTTCTCCTGCTATTGGTACCGCTCGGG
TATATTTACAGCAAATTGCAGGTTTATTACAGAGCCACATCACGGGAGCTGCGGAGATTGGATAGCGTGTCACGCTCACCAATTTACACATCCTTCACAGAAGCACTCGATGGTGCTTCAACTATAAGAGCATTTACAAAACAGTCACTATTTATCTCAAAAAATCATGAACATGTCACATTGAATCAACGGGCTTCTTA
CTCAGAACTTGCAGCAAGTGTTTGGCTCTCTATACGCCTCCAGTGGTTGGCAGCATTTGTCATTTCCTTTATCAGCATAATGGCTGTTCTTGGTCGCTACAAAGGATTACCTATTAGTTCTGGCACAACTGGTCTGGTGGGCTTATCTCTTTCATACGCAATACCAATTATTTCATTGTTAAATGATCTCTTAACAAGTT
TTACAGAAACTGAAAAGGAAATGATTTCAGTTGAGAGAGTGCAGCAGTACATGGATGTTTCTCCGGAAGAACTGGAGGGACAGTCATCTGTTGATCCAAATTGGCCTATGGAAGGACTCATTGAGTTCAACCAAGTTACCTTGAGATACATGCCTTTTTTGCCACCAGCCCTGCGAGCTGTATCATTCACTATACATGCA
GGCGAGCAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGAACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAACTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGGGA
AAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAGTGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCACTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAG
ATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTAACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAACCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCC
AGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGGGATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGCAACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACCTTT
TTCTTTTCTTTCAAATGTCAATTTCTGAAGATAAGCAACTCTACTGTAGTAGATTGTTTTGGGCATTAAAACCCTCTGAAAACAGTGCTACAATGTATAGACTAACTACAAGAGTGGACTTCCTAACTGCAACAACAAATTTTGGACAAAAGGCTTCTTATTATCACCACTATGATCGTTATTATTATTCCTTTAGTGTT
TCTATTCTTCTAAAGTTGTCCTGTACTTGCACGTAGCTGTAATTACTTGAAATGGCCATTTGCACAAGCAAAACTATCCATGAGGAACAAAACATCTCATAGAACTTTGGACATTGATAAAATGTGAAACACCTCCACTTTACCATTTAAC
>TRINITY_DN44177_c0_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:TTTTAAGGAGTAGATACAGGTACTCTCATCTCAATTACAAAATTTATCCTATGACCTACTTATATATCACAGGTTGGAATAGCCGGAAGAACAGGTGCTGGAAAGTCTAGTGTCCTTAATGCCATATTTCGCCTCACTCCAATCTCTGATGGAAAAATACTTATTGATAAAGTAGATATATTAAATGTTCCTCTCAAAGA
ACTCCGCTCCAGACTGACTGTTGTCCCTCAAACTCCGTTCTTGTTTGAAGGGACTTTAAGgtgatctactgggcaaatgcaattgatttatcttctataggatgaagtcgtaatttgaaatcatttctaagagggaataagttttatgatagattgcacctatgagaattcttacatggtcttcaagatattcttaaagg
aagatgaatgtctggatattttctggttacaagagaaaacatgtactgtctgattttccatagttatgtagtcaattctacctgtatcaaatgaactagttatgatgcctgtttttgtagGGAAAATTTAGATCCCTTCAGTAACACTCCTGATTCAACTATATGGGAGGTCCTTCAAAAGTGCCATATTAAGGAGGCAG
TGATAACAACTGGTGGCCTTGATACCCATGTAACAGAGGGGGGGGAATGTTTCTCTACTGGACAGCGTCAACTACTTTGCCTTGCACGTGCACTTCTCAAGTCTTCCAAGGTTTTGTGCCTAGATGAATGCACTGCAAATGTAGACCCACAAACTACATCATTACTCAAGGAGACTGTGGCCACAGAATGTAAGGGCGTA
ACAGTAATAACAATAGCACACCGTATCAGTACCATTTCCAATATGGACCGTGTGCTCATCTTCGACCAAGGGACTATTGTGGAAGAGGGAAACCCACAAATGCTTTTGGAAGATAGTAGCTCCAGATTTTCCAGCTTTGCCAAAGCTTCTTTTCTATGACTAGTTTCTGCTTATTAATCTTCAGTGTTTGAAAAACTTGG
GATGAAATCAGACCATGCGTGATGATTGAAAGCCTAAATTATGGAAGAACTTATCATTATATGTTAAATAGACACATGACACAACCAGAAGCAACAGTAAAGAGTTACATGTCACCAACCTTTTTCTTTTCTTTCAAATGTCAATTTCTGAAGATAAGCAACTCTACTGTAGTAGATTGTTTTGGGCATTAAAACCCTCT
GAAAACAGTGCTACAATGTATAGACTAACTACAAGAGTGGACTTCCTAACTGCAACAACAAATTTTGGACAAAAGGCTTCTTATTATCACCACTATGATCGTTATTATTATTCCTTTAGTGTTTCTATTCTTCTAAAGTTGTCCTGTACTTGCACGTAGCTGTAATTACTTGAAATGGCCATTTGCACAAGCAAAACTAT
CCATGAGGAACAAAACATCTCATAGAACTTTGGACATTGATAAAATGTGAAACACCTCCACTTTACCATTTAAC
Intron 2 GTAAGGAGGA ... GTAAATGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.89 | 4 | 3 | 8 |
| A2 | 20 | 2 | 0 | 1 |
| A3 | 38.46 | 4 | 3 | 2 |
| A4 | 33.33 | 3 | 2 | 1 |
| A5 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A6 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A7 | 100 | 0 | 2 | 1 |
| A8 | 52.94 | 4 | 2 | 7 |
| A9 | 25 | 6 | 0 | 4 |
| A10 | 41.67 | 7 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN44177_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformATTTTGTCCCCACAGAACCCGGCACCCGTCGCATGGGGGGTGTTCCTCTCACCTAGATCATGCCAATGTTCTTTGGAGTCACGCAAAATGATGCACGGTTCAGCTTGTGCAGGAGAAAACGTTGGTTGCAAATTTCATTTTTTCATTGCAGGAGCTACGATGAATTTCGGACCATCAAATTTCAGACAAAGATAAAAACT
AACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGC
TTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCAT
AAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAA
AGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTT
TCTCAGGATCCTCTAAGAGCAAGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAA
AGAATGGAAGGTGCCAACGAGCATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAAT
AATTAAGATTGACAATATGAATTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAG
>TRINITY_DN44177_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATTTTGTCCCCACAGAACCCGGCACCCGTCGCATGGGGGGTGTTCCTCTCACCTAGATCATGCCAATGTTCTTTGGAGTCACGCAAAATGATGCACGGTTCAGCTTGTGCAGGAGAAAACGTTGGTTGCAAATTTCATTTTTTCATTGCAGGAGCTACGATGAATTTCGGACCATCAAATTTCAGACAAAGATAAAAACT
AACCCTATTCATGGGGGCATGGGAAAGGCAAAGGATCGTATCTTTGGACTTGCGATGGGACAAGCATCACAAGTTGAAGAAGATGGTTTTAAGCTTATTCATTTCGGACGGTGCTTTCTGCACTTTCTCAAGATTATCATGTTATTGCTTTCGATTGGCTAGGTTTTGGCTTTTCGGACAAACCCCAGCCAAACTATGGC
TTTGACTACACAGTGAAGGATTACAAAGCCTCATTCGAATCTCTACTGGATGTTCTTAGCATTAGCAATGTCACTCTTGTTTCTCAGGGTTACTTTGCTCCTATTATAGCTGCATATGCAAAATCCCATCAAGAGAATATAAACAATTTAATCCTTATCAATCCTCCGGTAAGGATTTGACTACTGTTCTTTCATTTCAT
AAAAAGCTTTATTTTGTGGTAGTGGTAAATATGATTGTTTTATTGCATATTGGGGTTTGTACCAATAAATTATAGAACTCTATTAATGACATTGATTAGGTGATTCTGAGGATTTTTTTTCCCTTCTAATACTGCGACACTTTGGGGTTCATCTGTTTGCTTATGGTAAGAAAAAAGGGAACCGAATTAGCTCAAGAGAA
AGACGAAGCATGAGATGTTGGAAAATAAAAATAATAACTAAATTGTATACAGGCTATCTGAATACATTATGGAAGTTTATTCTACCCCTATTAAATGCTCCTTGATTGTTTGACTGTTGAGATTGAAGTTGACAGAGCAGCATGCAAAATTACCTTCAATTTTGTCATCTTTCTCAAGCTTTTTGTTGGGTGAGATTTTT
TCTCAGgtaaggaggatgtttaatcagtacttcacacattagaaactacagtcacctgtactttctaaattgccttctagaattaacttattaagagctagcttacaagctaaggagaaaacaaagtaggatataaaatataacctaaaactaagaatacattgggtatcatgttgtaaatgcagGATCCTCTAAGAGCA
AGTGACAAGCTACTAACGAATTGTGGTCCGTACTTAATGGATGAAGAGGATGCAATGGTCTATAGGAGACCTTATCTTACATCGGGTTCTTCTGGATTTGCCTTGACAGCAATAAGTAGGATGTTGAAGAAAGAACTCAAGGACTCTATAGTAGATATGAGATCAATTTTGTCAAAGAAAGAATGGAAGGTGCCAACGAG
CATAATTTGGGGTATGAGGGATAGATGGTTGAAATATGATGGCGTGGAGGAGTTTGCACAATATGCAAAGCACGAACTGATTCAACTTCCTCAGGCTGGCCATCATGTCCAAGAAGAGTATGGGGAAGAAGTTGGTGAAATCATTAGAAGAGTTCTAAGGAGGAAATTACTTAAATAATAATTAAGATTGACAATATGAA
TTGGAAAGGAGAAGTATGAAGATTTTAGTTATTTATTCAAATATGAATTCACGAATGTGAGTTTAAAATAATAAAAAG