sp|Q9LMN4|LSM3A_ARATH ----> Sm-like protein LSM3A

Intron 1 GTAAGATAAC ... GATTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.76	93	39	89
A2	44.23	87	46	92
A3	46.21	71	50	72
A4	41.32	71	42	58
A5	41.67	42	26	34
A6	40.59	1110	450	1067
A7	41.16	777	326	761
A8	41.37	793	309	810
A9	42.13	860	333	919
A10	40.95	610	237	609

>TRINITY_DN106524_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAGTTTAAAAGCTGTAAGAGCATTGATTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGA
CGAGCGTATTTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATACTTCGAAGCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTATATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACT
TTTCAAGATGTTTTTAGTGCCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTTCTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCTTATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCT
TGTAATCATTGGCATCCTTGTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAATGGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGATACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCC

>TRINITY_DN106524_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAGTTTAAAAGCTGTAAGAGCATTGATTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGA
CGAGCGTATTTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATgtaagataacagattaagttttattttccagcccgtatttttgagttaattttgcagaataatgttttcttggcacatacagttttgaattcaatccgtgggaattgaacccatgtctttctcgtcaatggcttcttgtagagtg
ccttgggggttttcacggggttctgatgccctgggacttgaacctttgacgttttcttaaacatgaacttgaggcagcgaagttcaaactgctaccgaacccagttttggttgagaacgaagaaaccctaaaccgctagttcagacctacttttggttgaaacatatatgcgtatatatattatttagaaagtgcttcct
ttaaactcaagagaagcatgtcgactggcttgaagagttccaacgctacaggtggcctgcttgcgtgggcgaaatggccctcgaagggcgaaacgatgagcacaaacacgtccgttccgctaagctactgcgacagtgcggcttatgaccagcacctgaacatgattctcggtgaggtcgaagaggtcatcaccacggtg
gagatcgacgacgaaacttacgaggagattgtgaagACTTCGAAGCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTATATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACTTTTCAAGATGTTTTTAGTG
CCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTTCTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCTTATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCTTGTAATCATTGGCATCCTT
GTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAATGGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGATACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCC

Intron 2 GCTTATGACC ... CTTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.45	80	101	36
A2	44.05	74.8	79	32
A3	49.07	60	81	27
A4	50.65	61.3	85	35
A5	57.59	33.3	70	9
A6	45.11	961.8	1029	475
A7	44.46	675.8	698	334
A8	45.29	697	710	401
A9	45.83	750.8	806	411
A10	45.53	533	609	245

>TRINITY_DN101359_c1_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

AAGCTGTAAGAGCATTGGTTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGACGAGCGTAT
TTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATACTTCGAAGCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTATATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACTTTTCAAGAT
GTTTTTAGTGCCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTTCTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCTTATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCTTGTAATCAT
TGGCATCCTTGTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAATGGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGATACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCCA

>TRINITY_DN101359_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AAGCTGTAAGAGCATTGGTTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGACGAGCGTAT
TTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATgcttatgaccagcacctgaacatgattctcggtgaggtcgaagaggtcatcaccacggtggagatcgacgacgaaacttacgaggagattgtgaagttattggttggtttatgggagatgcttatgatggtcttttcttgtctcagACTTCGAA
GCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTATATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACTTTTCAAGATGTTTTTAGTGCCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTT
CTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCTTATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCTTGTAATCATTGGCATCCTTGTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAAT
GGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGATACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCCA

Intron 3 GCTTATGACC ... GATTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.61	89.9	119	95
A2	54.96	84.1	104	99
A3	57	68.4	100	79
A4	54.52	68.7	95	68
A5	59.43	39.9	74	40
A6	52.41	1075.1	1174	1169
A7	52.09	753.2	800	821
A8	52.68	770.4	820	881
A9	53.91	834.3	938	996
A10	54.05	591.9	700	680

>TRINITY_DN106524_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAGTTTAAAAGCTGTAAGAGCATTGATTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGA
CGAGCGTATTTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATACTTCGAAGCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTATATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACT
TTTCAAGATGTTTTTAGTGCCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTTCTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCTTATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCT
TGTAATCATTGGCATCCTTGTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAATGGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGATACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCC

>TRINITY_DN106524_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAGTTTAAAAGCTGTAAGAGCATTGATTTGAAGAAAATTGAAATTGCAAGAACGCAGCGGAAGGTTTTCGGTTTTTGACGGAGAGAAGGCGAAGAAGGGAGATTAAAAAGTGCGGATTTTGGAATTGTGTCTGAAGCATGGCGACTGAAGAGGACAGTGCAGTGAAGGAGCCTTTGGATCTCATCAGGCTCAGTCTCGA
CGAGCGTATTTACGTTAAACTCCGCTCTGATAGAGAGCTCCGTGGGAAATTACATgcttatgaccagcacctgaacatgattctcggtgaggtcgaagaggtcatcaccacggtggagatcgacgacgaaacttacgaggagattgtgaagACTTCGAAGCGCGTTGTCCCATATTTGTTTGTTCGAGGTGATGGAGTTA
TATTAGTCTCTCCACCTTTGAGAACATCTTAAGAGGTGTTTTTGTAATTTATATGGTTTGACGGTTATTGGATGAGGCTGAGTATTTGTTCCAACTTTTCAAGATGTTTTTAGTGCCCTTTTCTCCCTTCATGATTGCTTTGTTGAGATAACACCAGTTCTGTAAAGTAGAGCAATTGAGATTTGTACATCAGATTGGCT
TATTGGATGATGTGCTGTTAGTTTCTGGAAGCTAGGTGCCTAATAAATTATAATATCTAATTAGCAGGTTTACTATTAACATGACATCCATAATCTTGTAATCATTGGCATCCTTGTTAATTGAATATTGTGCGTTACTGCTGTACTTCTACTGTAAATGGTGTGGCGCATTAAATCATTGATAGCAGCACACTGATGAT
ACCGTGTAAAAACTTCAATAATGATTACTATTCAAAACAATCTTTACTGGTTCC