sp|P37707|B2_DAUCA ----> B2 protein

Intron 1 GTCAGTAATT ... ATGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.73	1501	49	467
A2	24.26	1636	38	524
A3	26.73	1612	31	588
A4	23.28	1341	38	407
A5	27.37	982	25	370
A6	29.15	3446	63	1418
A7	28.34	3500	48	1384
A8	26.81	1526	33	559
A9	26.63	3224	48	1170
A10	29.08	3092	43	1268

>TRINITY_DN122960_c0_g6_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

AAGAAAGGGTAATAATAAAAACTTGCCACATCCATAGGGTCACAGGTTTGAGGGAACCATGAAGGAAGAGTATTAATATAACTATCCTCCATTCTCGATACCAAAAACGATCGGAAGATTTTCTCCGAATTCCAATAACAGAGGGAGGCAAATTCATTTTCGCAAATCGGAATAAACGCGAATTAGGGTTTGCGAACATC
GTGTGTTGTTGTCCCTTTTCACATTGGGAGCTAGGGAGCTCTGGGTATAAGAGAAATTTGAAGTGATATCTGGTCGAACGTGTCAAAGGATCCGGAGGTACAGGCCATTGAGTGTATCCTGACCGTTGGATTCGCGTACCCCCGTCTTTTCTCCACTATATTGCTTCCTCGCCGCTCTCATTTCAACCACTTCGCGGCCT
CTTCATTTCGTGCTGCTGCAATCACATAACAAATGGTTAAGGCTCTCTGCGCGTAGGCTGTGTCCGCTGGAAGGTCGCTCAACAGTTATACGTAAAATTTGTTCCAAGCCTTTAAACAACATGGCCAAAGGAAAGAACAGGAAGAGATCGCGCGATGGTCAGCAAGCAACTGGTGGAGCTGAAAAGAATGAGGCAGCACC
GGCTAATGTTGATGCGAAGATTGCCAAGAAAGAGACACCTGTAAAAGCGAAGGAACCTAAGAGCTCAGCTGACACTCCTGTGCCAAAGTTTGATCAAAATAAGAAGAAAAAACTAGGCCAGGAAGTAAAAAATGAAGGTGGCAATGTCAAAGACGAAAAGCTTGCAGGCTTGATTTTTATGTGTAATTCTCAAACTAAGC
AGGAGTGTTTCCGCTACCGAGTGTTTGGCTTGCCACCAGGCAAGAAAGAGCTTGTTGAAAAGGTCAAGACTGGAATGAAGCTTTTCTTGTATGATATCGACCTTAGACTTATGTATGGTGTCTATAAAGCAGCATCCGGTGGAGGAATGAATCTGGAGCCTAATGCTTTCCGAGGTGCTAAAAGGTCATTCCCAGCTCAG
GTGCGATTTCGTATTCAGAAGGATTGCCTGCCACTTTCTGAAGATATATTTAAAAAAGCGATCAAAGATAATTATGGGGATAAGAATAGGTTCAGGTTCGAGCTCAATGCTCAACAGGTGAAAAAACTTACTGAGCTCTTCCGACCTGTACCACAATTTGATTCTCGCCCTGAAATTCCCCTTGGTCCTGTGGATGCCCC
ACCTGCACTTGAACCTAGAGTGCAGGTTGATCTTCATCGCGCTAGGGAGCTTCAATTCAGGGAGGAACTGATGAGGGAGGAACTAATGAGAGAAGAGCTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAACTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAGCTGCGCCGAGAGGAGTTGCGCAGAGAGGAAATCATTAGAGATG
ATATATTACGTTATCAGGAGGAAGCACGACGTGCAGTACATGCTCCACATGCTCCATTAGCTGGATATGGCACTGACCCTGCAATAACTGAGAGGGAGCTGTTACGATATGGGGCTGGAAGAGATTATATTCCTCAGGCTCCTCTTCAATCTCAGGATCCATATGCGAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCAAATCTT
CAATCTCAGGACCCATATGCGAGTCTTCGATCGCAAGATCCATATGCGAGTCTTCGAGCTCAAGATCGTTATGCTAGTGTATTAACGAAGCCACTGGCCAGGGATCAGCTGCCCGAGTTGGATTATCAGAGTCGAGTGGACCCAAGCATTGAATCTTTATACCGTCAAAGATTGGATGTGGATTATCGAAAGCAGATAGC
GGAGGTGCCAACCGAAAGCTATTATGCAGACCCTCTCCGTGATTTACGTCGACCTGAGTTAGCAGCCCCTGTTGCTGGAGGTCCTTCTGCATATCTTGGCTCGTCTGCACTGTATCGGTAGTTTTGAAAGCTGCTGAATTTTGAATTCTAGGATTACTTTAATTTTTCTTTACTTGTTTTTGTTATGAATCAGTCTCAAT
AACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTGTTCTGTAGTTTTCCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAATTTCTCATTTTGTGACATGGTGGAGAACCTGTAGGATTCACCTCATTTAGAATGTGATATGGTGGATGTATTATTTTCACTTTGAATTCTAGGATTACTTTTTATTTACTT
GTTTGTGTTATGAATCAGTCTCAATAAC

>TRINITY_DN122960_c0_g6_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAGAAAGGGTAATAATAAAAACTTGCCACATCCATAGGGTCACAGGTTTGAGGGAACCATGAAGGAAGAGTATTAATATAACTATCCTCCATTCTCGATACCAAAAACGATCGGAAGATTTTCTCCGAATTCCAATAACAGAGGGAGGCAAATTCATTTTCGCAAATCGGAATAAACGCGAATTAGGGTTTGCGAACATC
GTGTGTTGTTGTCCCTTTTCACATTGGGAGCTAGGGAGCTCTGGGTATAAGAGAAATTTGAAGTGATATCTGGTCGAACGTGTCAAAGGATCCGGAGGTACAGGCCATTGAGTGTATCCTGACCGTTGGATTCGCGTACCCCCGTCTTTTCTCCACTATATTGCTTCCTCGCCGCTCTCATTTCAACCACTTCGCGGCCT
CTTCATTTCGTGCTGCTGCAATCACATAACAAATGGTTAAGGCTCTCTGCGCGTAGGCTGTGTCCGCTGGAAGGTCGCTCAACAGgtcagtaattttctcctttggccctttttctgttctcgaaatgagctttaatcgagtttcttttccgtggtgagggtttgtagggttctgcgatacggtttatttctcttgattt
ctggatttttttaatatccgcaatgggtttatgtagtttcggtgctttcttgccttccctttaatgggttttctcagatttaatgtatgatgaaaacctttgtgaagatatcttgtcttttaagtttaggtaagctttcatgctagtcacatttttcaaggtattttagaatgctcttccgagggagttattttgaacca
actctcgttagtttatgctctggtgtgctacttttttgtttccatgctttgatatttattaaaccctcgcttagggttatgtgaatggctctgcttattaaataacctggttgtcagctcttcgctgtcgtgtttttggtaagatagtaacggtgatttttcgtaagggtttactgtgtttcagttgtggcatttcgata
agggtttttttttgtgggttttggttcattggaggtttcaacgaaacttaagatttcaagtatttgtcttttgctactgttcatggaatgttatcgaagaatggttttgttgtatatgtattaaaatttgagttcatttaggtaatcggtactttgttactgcgaagtattcgatgattagttgtagctcatttaatgag
ctgccgttatacacgcatgataattgaatctttcccagaaaagagcgggggggagtaaagtttctgagcccaaacacgtcataagggggttgcggataagactttgttttagcaggacgatgcttgctttccaattgataccagcttccgcaagcgcagctaacggctggtatttattggaaattacagctgttggtatt
ctcttttggccttttcttaaaatagaatctgaaatccacaaggttcccgtattttgaaccaatgcgcgttactcataagctaactttatatgcccactccattaacgaagtttaagttgttaaaactctaattttttccaagagccctggatttccgatatttctattctatcatgattgttttctgagatgttattcaa
gctcgttctgtgttgacagttgattatttgaggtggtcttaaccatttgaatggttctacagcatttagtttatgcaattagcagattatgggagatatactgtgcatgttcgttctcaggtggttttaacgtgcttaaagtgataatttcttgtgatggtattattaccattaggatttattccttgagttttattgta
aattaccccttgtcttccgcttctgacaaacagtgcaagttcctgcttctgttatattgtttgttcgtttgtttgatctcgaacatgtttcgaccttgttatacttttaacaactttgatgtcacttgtaaagcccatgtttcgaccttgttatacttttaacaactttgatgtcacttgtaaagcccatgtgtagtcct
attatatagtttgttcattgtcattatgattatctgtaattgattgcggtagtgagtatattacacagtattgttttcattgaggttgttcctagctgcacataacatgtaggcatgatggcgttcttgcatatgtaggagttcgtgttttttgacaaacttttgttaattattagtatttggtaaaacatatatctgac
atttcgtcggtcgttttgatttgaagtttctttgtgaacaggttatatttgtctgtattgatgtgtctatttaattgactttttctttaaatttacgctgtgtcattttataaacatgtatttaaattagtttgtgttttggtaatgtttatgatggttgcagTTATACGTAAAATTTGTTCCAAGCCTTTAAACAACAT
GGCCAAAGGAAAGAACAGGAAGAGATCGCGCGATGGTCAGCAAGCAACTGGTGGAGCTGAAAAGAATGAGGCAGCACCGGCTAATGTTGATGCGAAGATTGCCAAGAAAGAGACACCTGTAAAAGCGAAGGAACCTAAGAGCTCAGCTGACACTCCTGTGCCAAAGTTTGATCAAAATAAGAAGAAAAAACTAGGCCAGG
AAGTAAAAAATGAAGGTGGCAATGTCAAAGACGAAAAGCTTGCAGGCTTGATTTTTATGTGTAATTCTCAAACTAAGCAGGAGTGTTTCCGCTACCGAGTGTTTGGCTTGCCACCAGGCAAGAAAGAGCTTGTTGAAAAGGTCAAGACTGGAATGAAGCTTTTCTTGTATGATATCGACCTTAGACTTATGTATGGTGTC
TATAAAGCAGCATCCGGTGGAGGAATGAATCTGGAGCCTAATGCTTTCCGAGGTGCTAAAAGGTCATTCCCAGCTCAGGTGCGATTTCGTATTCAGAAGGATTGCCTGCCACTTTCTGAAGATATATTTAAAAAAGCGATCAAAGATAATTATGGGGATAAGAATAGGTTCAGGTTCGAGCTCAATGCTCAACAGGTGAA
AAAACTTACTGAGCTCTTCCGACCTGTACCACAATTTGATTCTCGCCCTGAAATTCCCCTTGGTCCTGTGGATGCCCCACCTGCACTTGAACCTAGAGTGCAGGTTGATCTTCATCGCGCTAGGGAGCTTCAATTCAGGGAGGAACTGATGAGGGAGGAACTAATGAGAGAAGAGCTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGG
AGGAACTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAGCTGCGCCGAGAGGAGTTGCGCAGAGAGGAAATCATTAGAGATGATATATTACGTTATCAGGAGGAAGCACGACGTGCAGTACATGCTCCACATGCTCCATTAGCTGGATATGGCACTGACCCTGCAATAACTGAGAGGGAGCTGTTACGATATGGGGCTGGAAGA
GATTATATTCCTCAGGCTCCTCTTCAATCTCAGGATCCATATGCGAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCAAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCGAGTCTTCGATCGCAAGATCCATATGCGAGTCTTCGAGCTCAAGATCGTTATGCTAGTGTATTAACGAAGCCACTGGCCAGGGATCAGCTGCCCGAGTTGGA
TTATCAGAGTCGAGTGGACCCAAGCATTGAATCTTTATACCGTCAAAGATTGGATGTGGATTATCGAAAGCAGATAGCGGAGGTGCCAACCGAAAGCTATTATGCAGACCCTCTCCGTGATTTACGTCGACCTGAGTTAGCAGCCCCTGTTGCTGGAGGTCCTTCTGCATATCTTGGCTCGTCTGCACTGTATCGGTAGT
TTTGAAAGCTGCTGAATTTTGAATTCTAGGATTACTTTAATTTTTCTTTACTTGTTTTTGTTATGAATCAGTCTCAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTGTTCTGTAGTTTTCCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAATTTCTCATTTTGTGACATGGTGGAGAACCTGTA
GGATTCACCTCATTTAGAATGTGATATGGTGGATGTATTATTTTCACTTTGAATTCTAGGATTACTTTTTATTTACTTGTTTGTGTTATGAATCAGTCTCAATAAC

Intron 2 GTAACTTGTG ... GTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.68	1550	118.1	333
A2	17.92	1067	93.5	233
A3	16.03	1372	114.7	262
A4	19.26	1048	93.3	250
A5	19.96	722	59.1	180
A6	18.65	5635	417.7	1292
A7	18.66	4796	355	1100
A8	16.94	3320	251.8	677
A9	17.24	4060	317.7	846
A10	18.75	3346	250	772

>TRINITY_DN115678_c4_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CATGAAGAAAGGGTAATAATAAAAACTTGCCACATCCATAGGGTCACAGGTTTGAGGGAACCATGAAGGAAGAGTATTAATATAACTATCCTCCATTCTCGATACCAAAAACGATCGGAAGATTTTCTCCGAATTCCAATAACAGAGGGAGGCAAATTCATTTTCGCAAATCGGAATAAACGCGAATTAGGGTTTGCGAA
CATCGTGTGTTGTTGTCCCTTTTCACATTGGGAGCTAGGGAGCTCTGGGTATAAGAGAAATTTGAAGTGATATCTGGTCGAACGTGTCAAAGGATCCGGAGGTACAGGCCATTGAGTGTATCCTGACCGTTGGATTCGCGTACCCCCGTCTTTTCTCCACTATATTGCTTCCTCGCCGCTCTCATTTCAACCACTTCGCG
GCCTCTTCATTTCGTGCTGCTGCAATCACATAACAAATGGTTAAGGCTCTCTGCGCGTAGGCTGTGTCCGCTGGAAGGTCGCTCAACAGTTATACGTAAAATTTGTTCCAAGCCTTTAAACAACATGGCCAAAGGAAAGAACAGGAAGAGATCGCGCGATGGTCAGCAAGCAACTGGTGGAGCTGAAAAGAATGAGGCAG
CACCGGCTAATGTTGATGCGAAGATTGCCAAGAAAGAGACACCTGTAAAAGCGAAGGAACCTAAGAGCTCAGCTGACACTCCTGTGCCAAAGTTTGATCAAAATAAGAAGAAAAAACTAGGCCAGGAAGTAAAAAATGAAGGTGGCAATGTCAAAGACGAAAAGCTTGCAGGCTTGATTTTTATGTGTAATTCTCAAACT
AAGCAGGAGTGTTTCCGCTACCGAGTGTTTGGCTTGCCACCAGGCAAGAAAGAGCTTGTTGAAAAGGTCAAGACTGGAATGAAGCTTTTCTTGTATGATATCGACCTTAGACTTATGTATGGTGTCTATAAAGCAGCATCCGGTGGAGGAATGAATCTGGAGCCTAATGCTTTCCGAGGTGCTAAAAGGTCATTCCCAGC
TCAGGTGCGATTTCGTATTCAGAAGGATTGCCTGCCACTTTCTGAAGATATATTTAAAAAAGCGATCAAAGATAATTATGGGGATAAGAATAGGTTCAGGTTCGAGCTCAATGCTCAACAGGTGAAAAAACTTACTGAGCTCTTCCGACCTGTACCACAATTTGATTCTCGCCCTGAAATTCCCCTTGGTCCTGTGGATG
CCCCACCTGCACTTGAACCTAGAGTGCAGGTTGATCTTCATCGCGCTAGGGAGCTTCAATTCAGGGAGGAACTGATGAGGGAGGAACTAATGAGAGAAGAGCTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAACTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAGCTGCGCCGAGAGGAGTTGCGCAGAGAGGAAATCATTAGA
GATGATATATTACGTTATCAGGAGGAAGCACGACGTGCAGTACATGCTCCACATGCTCCATTAGCTGGATATGGCACTGACCCTGCAATAACTGAGAGGGAGCTGTTACGATATGGGGCTGGAAGAGATTATATTCCTCAGGCTCCTCTTCAATCTCAGGATCCATATGCGAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCAAA
TCTTCAATCTCAGGACCCATATGCGAGTCTTCGATCGCAAGATCCATATGCGAGTCTTCGAGCTCAAGATCGTTATGCTAGTGTATTAACGAAGCCACTGGCCAGGGATCAGCTGCCCGAGTTGGATTATCAGAGTCGAGTGGACCCAAGCATTGAATCTTTATACCGTCAAAGATTGGATGTGGATTATCGAAAGCAGA
TAGCGGAGGTGCCAACCGAAAGCTATTATGCAGACCCTCTCCGTGATTTACGTCGACCTGAGTTAGCAGCCCCTGTTGCTGGAGGTCCTTCTGCATATCTTGGCTCGTCTGCACTGTATCGGTAGTTTTGAAAGCTGCTGAATTTTGAATTCTAGGATTACTTTAATTTTTCTTTACTTGTTTTTGTTATGAATCAGTCT
CAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTGTTCTGTAGTTTTCCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAATTTCTCATTTTGTGACATGGTGGAGAACCTGTAGGATTCACCTCATTTAGAATGTGATATGGTGGATGTATTATTTTCACTTTGAATTCTAGGATTACTTTTTATTT
ACTTGTTTGTGTTATGAATCAGTCTCAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTATTCTGTAGTTTCGCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAGCTTCTCATTTGACATGGTGTATGTATTATTTTCACAGGGGCTATTGTTCTAGCTTGTTATTTAGTAATTGCATAATTTCCAG
CATTTAAATTTGCATTATTAGGCAGTGCATTTGATTTCCTTCATTATAAATGATGTGCTTACAAATTTTGGGGAAATATTCTATTCGTATTTTTTGAAAGTTTTTAAGCTGTATGCATTTTTTGCTCTTTACCTATTATAATCTATCTTCCAGTCGAACTTTAAATATCGTTACCTTTTTATAATCTATTTTCCTAGTCT
ATCTTCCTCGTTACATTAAATCATACTTTTCAAGTTTAATCTGGAAATATCCAACGTATATTTTGAAAATGATGCAATTGCAAGTTTTGTCAGGAAATATTCTGTGTGTTTTTGTAAGTTTATTCAAAATGTATGCCATTTATTATCTCAACGTTTTGGTAATATATTGTCTTGAACCTGCATCTGATGTCTGTATTCAA
ATTAGTTTTATTTGGATTAATGTTTTGTACCTGCATCATCTATTGTGTATTTAAATTAGTTTTCTCT

>TRINITY_DN115678_c4_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAAGGTCATTCCCAGCTCAGgtaacttgtggagtggttcctccctcttaaagaggctttctgtatttcttccagtaccttgttcggatcagcatttatttctgttgaaaacaaattaaatgctgtctgttttatggatttgtgttaaacttttcatctatttcgttaatttatgacttgaaatctgcctatttcactag
tttaggtgtcgctcaaaacttgctgttaaatagggctattttcaattctgtgttactatttagttgccgattttcttttttctctgtaatttctgaggtttcgcatgttggattgtgacggtcattctccttttattgagtaagccattccagtttcttcaaatttatcctccatttgctaggattaactttggcaagtt
gctgcagGTGCGATTTCGTATTCAGAAGGATTGCCTGCCACTTTCTGAAGATATATTTAAAAAAGCGATCAAAGATAATTATGGGGATAAGAATAGGTTCAGGTTCGAGCTCAATGCTCAACAGGTGAAAAAACTTACTGAGCTCTTCCGACCTGTACCACAATTTGATTCTCGCCCTGAAATTCCCCTTGGTCCTGTGG
ATGCCCCACCTGCACTTGAACCTAGAGTGCAGGTTGATCTTCATCGCGCTAGGGAGCTTCAATTCAGGGAGGAACTGATGAGGGAGGAACTAATGAGAGAAGAGCTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAACTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAGCTGCGCCGAGAGGAGTTGCGCAGAGAGGAAATCATT
AGAGATGATATATTACGTTATCAGGAGGAAGCACGACGTGCAGTACATGCTCCACATGCTCCATTAGCTGGATATGGCACTGACCCTGCAATAACTGAGAGGGAGCTGTTACGATATGGGGCTGGAAGAGATTATATTCCTCAGGCTCCTCTTCAATCTCAGGATCCATATGCGAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGC
AAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCGAGTCTTCGATCGCAAGATCCATATGCGAGTCTTCGAGCTCAAGATCGTTATGCTAGTGTATTAACGAAGCCACTGGCCAGGGATCAGCTGCCCGAGTTGGATTATCAGAGTCGAGTGGACCCAAGCATTGAATCTTTATACCGTCAAAGATTGGATGTGGATTATCGAAAGC
AGATAGCGGAGGTGCCAACCGAAAGCTATTATGCAGACCCTCTCCGTGATTTACGTCGACCTGAGTTAGCAGCCCCTGTTGCTGGAGGTCCTTCTGCATATCTTGGCTCGTCTGCACTGTATCGGTAGTTTTGAAAGCTGCTGAATTTTGAATTCTAGGATTACTTTAATTTTTCTTTACTTGTTTTTGTTATGAATCAG
TCTCAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTGTTCTGTAGTTTTCCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAATTTCTCATTTTGTGACATGGTGGAGAACCTGTAGGATTCACCTCATTTAGAATGTGATATGGTGGATGTATTATTTTCACTTTGAATTCTAGGATTACTTTTTA
TTTACTTGTTTGTGTTATGAATCAGTCTCAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTATTCTGTAGTTTCGCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAGCTTCTCATTTGACATGGTGTATGTATTATTTTCACAGGGGCTATTGTTCTAGCTTGTTATTTAGTAATTGCATAATTTC
CAGCATTTAAATTTGCATTATTAGGCAGTGCATTTGATTTCCTTCATTATAAATGATGTGCTTACAAATTTTGGGGAAATATTCTATTCGTATTTTTTGAAAGTTTTTAAGCTGTATGCATTTTTTGCTCTTTACCTATTATAATCTATCTTCCAGTCGAACTTTAAATATCGTTACCTTTTTATAATCTATTTTCCTAG
TCTATCTTCCTCGTTACATTAAATCATACTTTTCAAGTTTAATCTGGAAATATCCAACGTATATTTTGAAAATGATGCAATTGCAAGTTTTGTCAGGAAATATTCTGTGTGTTTTTGTAAGTTTATTCAAAATGTATGCCATTTATTATCTCAACGTTTTGGTAATATATTGTCTTGAACCTGCATCTGATGTCTGTATT
CAAATTAGTTTTATTTGGATTAATGTTTTGTACCTGCATCATCTATTGTGTATTTAAATTAGTTTTCTCT

Intron 3 GTCAGTAATT ... TCTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.53	30	46	1
A2	68.52	17	37	17
A3	53.57	26	30	10
A4	63.79	21	37	6
A5	51.16	21	22	5
A6	53.04	54	61	0
A7	53.33	42	48	2
A8	50.85	29	30	0
A9	62.32	26	43	0
A10	59.15	29	42	1

>TRINITY_DN115678_c4_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoform

CATGAAGAAAGGGTAATAATAAAAACTTGCCACATCCATAGGGTCACAGGTTTGAGGGAACCATGAAGGAAGAGTATTAATATAACTATCCTCCATTCTCGATACCAAAAACGATCGGAAGATTTTCTCCGAATTCCAATAACAGAGGGAGGCAAATTCATTTTCGCAAATCGGAATAAACGCGAATTAGGGTTTGCGAA
CATCGTGTGTTGTTGTCCCTTTTCACATTGGGAGCTAGGGAGCTCTGGGTATAAGAGAAATTTGAAGTGATATCTGGTCGAACGTGTCAAAGGATCCGGAGGTACAGGCCATTGAGTGTATCCTGACCGTTGGATTCGCGTACCCCCGTCTTTTCTCCACTATATTGCTTCCTCGCCGCTCTCATTTCAACCACTTCGCG
GCCTCTTCATTTCGTGCTGCTGCAATCACATAACAAATGGTTAAGGCTCTCTGCGCGTAGGCTGTGTCCGCTGGAAGGTCGCTCAACAGAAAAGAGCGGGGGGGAGTAAAGTTTCTGAGCCCAAACACGTCATAAGGGGGTTGCGGATAAGACTTTGTTTTAGCAGGACGATGCTTGCTTTCCAATTGATACCAGCTTCC
GCAAGCGCAGCTAACGGCTGGTATTTATTGGAAATTACAGCTTTATACGTAAAATTTGTTCCAAGCCTTTAAACAACATGGCCAAAGGAAAGAACAGGAAGAGATCGCGCGATGGTCAGCAAGCAACTGGTGGAGCTGAAAAGAATGAGGCAGCACCGGCTAATGTTGATGCGAAGATTGCCAAGAAAGAGACACCTGTA
AAAGCGAAGGAACCTAAGAGCTCAGCTGACACTCCTGTGCCAAAGTTTGATCAAAATAAGAAGAAAAAACTAGGCCAGGAAGTAAAAAATGAAGGTGGCAATGTCAAAGACGAAAAGCTTGCAGGCTTGATTTTTATGTGTAATTCTCAAACTAAGCAGGAGTGTTTCCGCTACCGAGTGTTTGGCTTGCCACCAGGCAA
GAAAGAGCTTGTTGAAAAGGTCAAGACTGGAATGAAGCTTTTCTTGTATGATATCGACCTTAGACTTATGTATGGTGTCTATAAAGCAGCATCCGGTGGAGGAATGAATCTGGAGCCTAATGCTTTCCGAGGTGCTAAAAGGTCATTCCCAGCTCAGGTGCGATTTCGTATTCAGAAGGATTGCCTGCCACTTTCTGAAG
ATATATTTAAAAAAGCGATCAAAGATAATTATGGGGATAAGAATAGGTTCAGGTTCGAGCTCAATGCTCAACAGGTGAAAAAACTTACTGAGCTCTTCCGACCTGTACCACAATTTGATTCTCGCCCTGAAATTCCCCTTGGTCCTGTGGATGCCCCACCTGCACTTGAACCTAGAGTGCAGGTTGATCTTCATCGCGCT
AGGGAGCTTCAATTCAGGGAGGAACTGATGAGGGAGGAACTAATGAGAGAAGAGCTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAACTGCGCCGAGAGGAACTGCGTCGGGAGGAGCTGCGCCGAGAGGAGTTGCGCAGAGAGGAAATCATTAGAGATGATATATTACGTTATCAGGAGGAAGCACGACGTGCAGTACATGC
TCCACATGCTCCATTAGCTGGATATGGCACTGACCCTGCAATAACTGAGAGGGAGCTGTTACGATATGGGGCTGGAAGAGATTATATTCCTCAGGCTCCTCTTCAATCTCAGGATCCATATGCGAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCAAATCTTCAATCTCAGGACCCATATGCGAGTCTTCGATCGCAAGATCCAT
ATGCGAGTCTTCGAGCTCAAGATCGTTATGCTAGTGTATTAACGAAGCCACTGGCCAGGGATCAGCTGCCCGAGTTGGATTATCAGAGTCGAGTGGACCCAAGCATTGAATCTTTATACCGTCAAAGATTGGATGTGGATTATCGAAAGCAGATAGCGGAGGTGCCAACCGAAAGCTATTATGCAGACCCTCTCCGTGAT
TTACGTCGACCTGAGTTAGCAGCCCCTGTTGCTGGAGGTCCTTCTGCATATCTTGGCTCGTCTGCACTGTATCGGTAGTTTTGAAAGCTGCTGAATTTTGAATTCTAGGATTACTTTAATTTTTCTTTACTTGTTTTTGTTATGAATCAGTCTCAATAACTGATCTAATTGGTACGGTGCTGGACTATTTGAGATTGTTC
TGTAGTTTTCCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAATTTCTCATTTTGTGACATGGTGGAGAACCTGTAGGATTCACCTCATTTAGAATGTGATATGGTGGATGTATTATTTTCACTTTGAATTCTAGGATTACTTTTTATTTACTTGTTTGTGTTATGAATCAGTCTCAATAACTGATCTAATTGGTAC
GGTGCTGGACTATTTGAGATTATTCTGTAGTTTCGCTGTGAACCCCATTTCCATGATTTTCATTTTGGAAGCTTCTCATTTGACATGGTGTATGTATTATTTTCACAGGGGCTATTGTTCTAGCTTGTTATTTAGTAATTGCATAATTTCCAGCATTTAAATTTGCATTATTAGGCAGTGCATTTGATTTCCTTCATTAT
AAATGATGTGCTTACAAATTTTGGGGAAATATTCTATTCGTATTTTTTGAAAGTTTTTAAGCTGTATGCATTTTTTGCTCTTTACCTATTATAATCTATCTTCCAGTCGAACTTTAAATATCGTTACCTTTTTATAATCTATTTTCCTAGTCTATCTTCCTCGTTACATTAAATCATACTTTTCAAGTTTAATCTGGAAA
TATCCAACGTATATTTTGAAAATGATGCAATTGCAAGTTTTGTCAGGAAATATTCTGTGTGTTTTTGTAAGTTTATTCAAAATGTATGCCATTTATTATCTCAACGTTTTGGTAATATATTGTCTTGAACCTGCATCTGATGTCTGTATTCAAATTAGTTTTATTTGGATTAATGTTTTGTACCTGCATCATCTATTGTG
TATTTAAATTAGTTTTCTCT

>TRINITY_DN115678_c4_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CATGAAGAAAGGGTAATAATAAAAACTTGCCACATCCATAGGGTCACAGGTTTGAGGGAACCATGAAGGAAGAGTATTAATATAACTATCCTCCATTCTCGATACCAAAAACGATCGGAAGATTTTCTCCGAATTCCAATAACAGAGGGAGGCAAATTCATTTTCGCAAATCGGAATAAACGCGAATTAGGGTTTGCGAA
CATCGTGTGTTGTTGTCCCTTTTCACATTGGGAGCTAGGGAGCTCTGGGTATAAGAGAAATTTGAAGTGATATCTGGTCGAACGTGTCAAAGGATCCGGAGGTACAGGCCATTGAGTGTATCCTGACCGTTGGATTCGCGTACCCCCGTCTTTTCTCCACTATATTGCTTCCTCGCCGCTCTCATTTCAACCACTTCGCG
GCCTCTTCATTTCGTGCTGCTGCAATCACATAACAAATGGTTAAGGCTCTCTGCGCGTAGGCTGTGTCCGCTGGAAGGTCGCTCAACAGgtcagtaattttctccgttggccctttttctgttctcgaaatgagctttaatcgagtttcttttccgtggtgagggtttgtagggttctgcgatacggtttatttctcttg
atttctggatttttttaatatccgcaatgggtttatgtagtttcggtgctttcttgccttccctttaatgggttttctcagatttaatgtatgatgaaaacctttgtgaagatatcttgtcttttaagtttaggtaagctttcatgctagtcacatttttcaaggtattttagaatgctcttccgagggagttattttga
accaactctcgttagtttatgctctggtgtgctacttttttgtttccatgctttgatatttatcaaaccctcgcttagggttatgtgaatggctctgcttattaaataacctggttgtcagctcttcgctgtcgtgtttttcgtaagatagtaacggtgatttttcgtaagggtttactgtgtttcagttgtggcatttc
gataagggtttttttttgtgggttttggttcattggaggtttcaacgaaacttaagatttcaagtatttgtcttttgctactgttcatggaatgttatcgaagaatggttttgttgtatatgtattaaaatttgagttcatttaggtaatcggtactttgttactgtgaagtattcgatgattagttgtagctcatttaa
tgagctgccgttatacacgcatgataattgaatctttcccagAAAAGAGCGGGGGGGAGTAAAGTTTCTGAGCCCAAACACGTCATAAGGGGGTTGCGGATAAGACTTTGTTTTAGCAGGACGATGCTTGCTTTCCAATTGATACCAGCTTCCGCAAGCGCAGCTAACGGCTGGTATTTATTGGAAATTACAGCTGTTGG
TATTCTCTTTTGGCCTTTTCTTAAAATAGAATTTGAAATCCACAAGGTTCCCGTATTTTGAACCAATGCGCGTTACTCATAAGCTAACTTTATATGCCCACTCCATTAACGAAGTTTAAGTTGTTAAAACTCTAATTTTTTCCAAGAGCCCTGGATTTCCGATATTTCTATTATATCATGATTGTTTTCTGAGATGTTAT
TCAAGCTCGTTCTGTGTTGACAGTTGATTATTTGAGGTGGTCTTAACCATTTGAATGGTTCTACAGCATTTAGTTTATGCAATTAGCAGATTATGGGAGATATACTGTGCATGTTCGTTCTCAGGTGGTTTTAACGTGCTTAAAGTGATAATTTCTTGTGATGGTATTATTACCATTAGGATTTATTCCTTGAGTTTTAT
TGTAAATTACCCCTTGTCTTCTGCTTCTGACAAACAGTGCAAGTTCCTGCTTCTGTTATATTGTTTGTTCGTTTGTTTGATCTCGAACATGTTTCGACCTTGTTATACTTTTAACAACTTTGATGTCACTTGTAAAGCCCATGTTTCGACCTTGTTATACTTTTAACAACTTTGATGTCACTTGTAAAGCCCATGTGTAG
TCCTATTATATAGTTTGTTCATTGTCATTATGATTATCTGTAATTGATTGCGGTAGTGAGTATATTACACAGTATTGTTTTCATTGAGGTTGTTCCTAGCTGCACATAACATGTAGGCATGATGGCGTTCTTGCATATGTAGGAGTTCGTGTTTTTTGACAAACTTTTGTTAATTATTAGTATTTGGTAAAACATATATC
TGACATTTCGTCGGTCGTTTTGATTTGAAGTTTCTTTGTGAACAGGTTATATTTGCCA

Intron 4 GTGGGTGGCA ... GTTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.9	4	5	8
A2	42.86	4	1	5
A3	100	0	0	6
A4	56.25	7	7	11
A5	100	0	4	5
A6	60	2	4	2
A7	50	1	1	1
A8	42.86	4	2	4
A9	75	1	3	3
A10	33.33	1	0	1

>TRINITY_DN38920_c5_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

TTTTAATTATTTTGTTAGGAATGAACGTTAGAACATCTCATTGATATGGGGCTGTAGAGAACTCGTTAGGAACGAATGTTACAACATCTCCTCCATACGGGGCTGTAGAGCACTTTGTTCTTCTCGGTGCAATAGTTCACAAGAAATGACAGGGCCCTAATATGTGCCTTCGATGTAGTAGTTGTGAAACGGTGAACCAT
CTTTTTTTACATTGTAGTTTCTCCATTGGGATGTGGAAGATCTGTTCAGCACTTAAGATTGTGGAAGATTGGCCCAATATGGATTTTGAAAATGCATATCAGTGTTGGTTGCGGAGGCATCACAACTTAAAAAATGTCCCAGGATTATTGCCTTGGTCAATTTGGAACATTCGTAATTTGGCCATCTTTCATGATTCCAT
TCCTTTTGAGAAGTTCTTGTATAAGTTTAGCATTTGTTTCTTCCGATTAACGCCCCTCAAGTTAATCAGAATCCTAAAAGAAACATTAAATTGATCCTTGAAGTTGTTGGTAATGCTGTTGGCTTCTTTGATGGAGCTTTGACTGAGTTGATCTGTGGTGCTGGTTTTATCATCATCTGTGGAGAGGATCTCACTTACAA
CTTCGATCTTGCGTGTGGTTCAGGGTCTAATACAAAGGCTGAATTACTTGGACTCTGGGGCATCTTAAAAGTGGCAATGTGCTTTGGTTTGGGCTCTATTAGGATCTTTGGCGACTCACTGGTTATTGTGAACAGGGCAAATAAGTTACTTCAGCTCAACAATGTTCATCTCAAACATTGGTGCATCGGAATTTCTCAAA
TGATGTCTTGGTTCTTTGATCTCTCTATTGATCACATCTACAAAGACAACAATGATACAACTGATGCTTTGTCTAAAGAAGCTCTTGATGGGGAGGCTGGAGTTCTTCATTGAGAAGAATGGTTTGAAAAGCTGATTACTCATTCTGGTTCTATATGTCTTTTCATATAAGTGTCTCATATAAGTGTTTCATTTTGGTGC
ATCAGAATTTCTCAAATGATGTCTTGGTTCTTTGATCTCTCTATTGATCACATCTACAAAGACAACAATGATACAACTGATGCTTTGTCTAAAGAAGCTCTTGATGGGGAGGCTGGAGTTCTTCATTGAGAAGAATGGTTTGAAAAGCTGATTACTCATTCTGGTTCAATATGTTTCTTCATATAAGTGTTTGTATTCCC
TCCCGTCGAGGCTACCTCTTGTTTTGAAGTGCTGGGACTATTGTTTCTAGTTTTGGTTTATTTTTTGTATCTTTGGAATGTAACATGTTTGTAACTTGTTTAGATGGCCCTGTATTAGTCACGGGTGAACTTATTTGGTTTACATTTGTATCTCGTTGTTTGCTATACTTTGATGATAGACCCAGTGGTATCTTAATACA
TTTGTAATTGTG

>TRINITY_DN38920_c5_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TTTTAATTATTTTGTTAGGAATGAACGTTAGAACATCTCATTGATATGGGGCTGTAGAGAACTCGTTAGGAACGAATGTTACAACATCTCCTCCATACGGGGCTGTAGAGCACTTTGTTCTTCTCGGTGCAATAGTTCACAAGAAATGgtgggtggcatgttgctctttggaagtggaaacttcctcttaaaattaagtg
ctttttattgctggtttttaataacaaaattttaacttgggaaaacttgaatcgttgtggcagACAGGGCCCTAATATGTGCCTTCGATGTAGTAGTTGTGAAACGGTGAACCATCTTTTTTTACATTGTAGTTTCTCCATTGGGATGTGGAAGATCTGTTCAGCACTTAAGATTGTGGAAGATTGGCCCAATATGGATT
TTGAAAATGCATATCAGTGTTGGTTGCGGAGGCATCACAACTTAAAAAATGTCCCAGGATTATTGCCTTGGTCAATTTGGAACATTCGTAATTTGGCCATCTTTCATGATTCCATTCCTTTTGAGAAGTTCTTGTATAAGTTTAGCATTTGTTTCTTCCGATTAACGCCCCTCAAGTTAATCAGAATCCTAAAAGAAACA
TTAAATTGATCCTTGAAGTTGTTGGTAATGCTGTTGGCTTCTTTGATGGAGCTTTGACTGAGTTGATCTGTGGTGCTGGTTTTATCATCATCTGTGGAGAGGATCTCACTTACAACTTCGATCTTGCGTGTGGTTCAGGGTCTAATACAAAGGCTGAATTACTTGGACTCTGGGGCATCTTAAAAGTGGCAATGTGCTTT
GGTTTGGGCTCTATTAGGATCTTTGGCGACTCACTGGTTATTGTGAACAGGGCAAATAAGTTACTTCAGCTCAACAATGTTCATCTCAAACATTGGTGCATCGGAATTTCTCAAATGATGTCTTGGTTCTTTGATCTCTCTATTGATCACATCTACAAAGACAACAATGATACAACTGATGCTTTGTCTAAAGAAGCTCT
TGATGGGGAGGCTGGAGTTCTTCATTGAGAAGAATGGTTTGAAAAGCTGATTACTCATTCTGGTTCTATATGTCTTTTCATATAAGTGTCTCATATAAGTGTTTCATTTTGGTGCATCAGAATTTCTCAAATGATGTCTTGGTTCTTTGATCTCTCTATTGATCACATCTACAAAGACAACAATGATACAACTGATGCTT
TGTCTAAAGAAGCTCTTGATGGGGAGGCTGGAGTTCTTCATTGAGAAGAATGGTTTGAAAAGCTGATTACTCATTCTGGTTCAATATGTTTCTTCATATAAGTGTTTGTATTCCCTCCCGTCGAGGCTACCTCTTGTTTTGAAGTGCTGGGACTATTGTTTCTAGTTTTGGTTTATTTTTTGTATCTTTGGAATGTAACA
TGTTTGTAACTTGTTTAGATGGCCCTGTATTAGTCACGGGTGAACTTATTTGGTTTACATTTGTATCTCGTTGTTTGCTATACTTTGATGATAGACCCAGTGGTATCTTAATACATTTGTAATTGTG