sp|Q5NTA4|CHI4_CRYJA ----> Endochitinase 4

Intron 1 GTAAATGGCA ... TGTAAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30	14	6	6
A2	31.25	22	14	6
A3	50	4	4	4
A4	57.14	6	8	8
A5	31.25	11	4	6
A6	31.51	25	16	7
A7	45.1	42	42	27
A8	46.15	14	11	13
A9	31.15	42	21	17
A10	42.68	47	35	35

>TRINITY_DN115396_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGG
GGCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGCGGCTGG
AACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCG
AGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTC
AACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAA
GTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTG
TTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACC
TCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGG
CACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGAATTACAATT
ATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGT
GTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCT

>TRINITY_DN115396_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGG
GGCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGCGGCTGG
AACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCG
AGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGgtaaatggcattgacatcccagtcc
caatgtaaataagGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAA
GACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTG
TGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCG
GACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGAC
GCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTA
TGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCA
AAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCT

Intron 2 GTAAGCAGCT ... CTCCTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.12	13	6	64
A2	77.78	16	17	56
A3	87.95	10	4	73
A4	75.01	11.3	2	34
A5	77.14	16	5	54
A6	78.39	86	17	312
A7	75.08	84.3	27	254
A8	80.78	49	6	206
A9	77.82	80.7	17	283
A10	74.78	85	20	252

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGTGAATCTTCATC
ATGGCACAATTGCTCATTGCCTGGGATTGTGGCCATGTTCACGGCCCTGTGTACCATTCTCGTGGATGCTCTGGCCACTGGTTACTGTCATTTGAAAAATAAAAATAAACCGACGGACGAGGGTAAAGAACTTCCAGGTAATGGCGAGGATTTAGAGGGTCAAGCCCATGGATCCAATACCATAGACGAAGAAAGCAGGT
TTCGCCATCGGGTCATTTCCCTGGTAAATGGCATTGACATCCCAGTCCCAATGTAAATAAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTC
TCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCT
ATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGA

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i18 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGgtaagcagctgt
tgtccatcattccaaatttccatgattattgatttccatatggaattgccctgttcagctccctgatacaacacaactacccaatatctgttagcatgcccttattatctgaatctacaaaacgttttctatctttaaaacatttgacaaaaaaatgaataagattataatggttcaaaacacttacacagtacccaaac
tgtagaggccccatggccacaatagcagtacaaaaaatagcagtcgcagcactcccctggggaacagaatccttcttgattttgatccttagtttcttggatttgctgtttttattcccatggtgcagcaatggctgctttacatcacccttctcagcaattcccttctccaaatcagacctagggtgctccattagacc
ttcgctaactcaaattcacagacggtggagagtcccgactcaccgtgggctgataggaacacgaaatacctcttagctgcttcagcaatagcgttgtatttcactgtttccgcggccgctgcagaaggggagagtgattgctccggtaaagaaagttgtataatcaaacctactgttactctccctttgaagatcggagc
aatcgcttctattgttgtggggattaccattggagtatgtttccttttcttaggccgaaccttcatttatttcaagcccaatagaaatacagtctttgtgattagggcttttactgcgggtcttgttattgcaacggttttggtgcaatttcttcctgatgcctttgaatctcctaccagTGAATCTTCATCATGGCACA
ATTGCTCATTGCCTGGGATTGTGGCCATGTTCACGGCCCTGTGTACCATTCTCGTGGATGCTCTGGCCACTGGTTACTGTCATTTGAAAAATAAAAATAAACCGACGGACGAGGGTAAAGAACTTCCAGGTAATGGCGAGGATTTAGAGGGTCAAGCCCATGGATCCAATACCATAGACGAAGAAAGCAGGTTTCGCCAT
CGGGTCATTTCCCTGGTAAAATCTATTGTTATAATTAATCAGATGCTTGAAAAATAATCTTTGAATTTTATTTATAGTATACACTGTGAAGGAAATTCTGGGGCGTGAGGGTTGTTATGATATACTAGAGTTTATATCCCTGCCCATCAGGTTTTGGAATTGGCTATAATTGCTCAGTCAGCTATTGTTGGAATATCACT
GGGTGGAGCGGAGAGTCCCTGGATGATTGTTATGACTTTAGTAGCAGCGTTTACATTGCAGCAATTTTTGGAAGGAATGGGCCTCGGCGGATGCCTAATTTATTCATTTCTCTTATTTTTTTTTATTTTTTCCCAAGTTAAGTAGTAGAATTTTTTTCTTTTTCCCAATTTAACTAGTAGAAGTTTTTTCTTTTTCCCAA
TTTAACTAGTAGAACTGCCCAGGTATTGTAGGATTCCAATATGATTCAAAGTGTTTGACAATAATGGGTTGTCATGAATTTTGTGTTCTTGAGTCGGATATTTCTCTGATTCCATTGCCATGAATTTTGTTTTCATGAGTCAGATATTTCTCTGATTTCATATTATCTACTTGGAAGTAGATAAAGATAATAGGGATTAT
ATAGCATTATCTCATTTATTAAAAATAATATTTATTGGAGAATAATGAGGTGTTTATAATTTCAATTTAGTATATAAAGACACTGTTAATAAAAAAGAATTAAAGAATGAAATTATTATAATTTTAATTTCAGTATATAGAGACACGTTGAATCAAAAAATTTAAAACTATGTCTATTCAAATTTAAATTTTAT

Intron 3 GTAAATGGCA ... TTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.32	14	5	5
A2	29.03	22	12	6
A3	38.46	4	2	3
A4	40	6	4	4
A5	29.03	11	4	5
A6	27.54	25	15	4
A7	30.58	42	28	9
A8	31.71	14	5	8
A9	25.66	42	17	12
A10	25.4	47	18	14

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

CATACTATGAAGTGAAAAAGATCCCATTTCGCGACCTCAGAAACTTGCTTTTCAGTTTCAGAGATCATTATAAAAAAAAACCTTTCCTGGTTTTTGAAAGTGTCTCAAATGTGGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACCGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGG
CACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAA
AAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAG
GCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTC
AGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAA
TGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGC
TATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAGGCCGAGCGTGTTTATTCTCTGGCTTGCTCTTGCCCTTTATCTTGTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTTC
GGGACTTTGTTACCGAGGATTTCTTCAATATAATTGTATCTGGTGATGTGCCTTTATCTCTTGAGGGTATTGCTACCCAATATTTCTTCAATGGAATTTTATCTGGGGCTTCTGATACCTGCGCCGGGAAGAATTTCTATACATACAGAGACTTCATTACTGCGGCCAATTCATTCTCTGGCTTTGGTAGAAATGGGACC
TCCGAAGACAACAAGAGAGAAATCGCTGCTTTCTTCGCCCACGTTGCTCACGAAACTGGCAGTCTGTGCTACATAAAAGAGGTAGACGCCACCAACG

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATACTATGAAGTGAAAAAGATCCCATTTCGCGACCTCAGAAACTTGCTTTTCAGTTTCAGAGATCATTATAAAAAAAAACCTTTCCTGGTTTTTGAAAGTGTCTCAAATGTGGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACCGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGG
CACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAA
AAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAG
GCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTC
AGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGgtaaatggcattgacatcccagtcccaatgtaaataaggtggcgaccatatgctaaattattactatgttcatagagttcacaatagatgggggcattaa
agcaattgagttgttatggtgatctagcacttattctagagtctttctccctttttttcatattttgtttcaagatcattttttggttctatgtacatatgtaattttttttttttttttcagGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATG
TGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATA
ACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGA

Intron 4 GTGCTTATTA ... TGACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	8	1.7	6
A2	50	3	1.3	3
A3	37.5	10	3.3	6
A4	8.84	10.3	8	1
A5	71.43	2	0.7	5
A6	37.31	42	12.7	25
A7	53.19	44	16	50
A8	40.63	57	18.3	39
A9	38.38	35.3	10.7	22
A10	38.89	44	19.7	28

>TRINITY_DN115396_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGG
GGCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGCGGCTGG
AACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCG
AGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTAAATGGCATTGACATCCCAGTCC
CAATGTAAATAAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAA
GACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTG
TGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCG
GACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGAC
GCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTA
TGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCA
AAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCT

>TRINITY_DN115396_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATCCAGCTAAGCTGgtgcttattaatcgatcatgtgactctacgcttgctagtcacagaagctctatctaattctgtaatcggaatttctaagggcagaagcggctatgacgtcagactgactgactgtatgttggattgtgaatgacatgcagGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGA
CTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAA
TTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCT

Intron 5 GTATTAATAT ... TTGGTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.43	8	4	3
A2	41.67	7	2	8
A3	27.19	12.6	4.4	5
A4	30.75	10.2	3	6
A5	11.67	3.8	1.2	0
A6	32.18	14.4	8.6	5
A7	25.63	29.6	14.4	6
A8	31.76	40	23.2	14
A9	30.22	32.6	14.2	14
A10	31.48	47	16.2	27

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoform

TTGTAGTACTGGTAGATCGGGGATTGCTAGTCCTCATGGCCGCGTGGTGCTGGGCATGGTTCTGGTGCTAGTGCTAGAACTCAGTATTAACGTCAATGTTAATGCTCAAAACTGTGGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCC
CCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCAAGGGCAAGGGATTCTACACTTACAACGCTTTCATCTCAGCTGCCAATGCGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAG
CTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATTAATCGATCATGTGACT
CTACGCTTGCTAGTCACAGAAGCTCTATCTAATTCTGTAATCGGAATTTCTAAGGGCAGAAGCGGCTATGACGTCAGACTGACTGACTGTATGTTGGATTGTGAATGACATGCAGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATC
TCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATAT
CTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATAC
TTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATCTTTATAACAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGTCTTGTG

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTTTGGATGTTT
GCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCC
TGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGA
ACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATA
CTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGCGT
ATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGgtattaatatattctgctctatccataatctgacttcaattacttcataaaatggcaaaagtttacagattaattttggtgtcagGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCC
TTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATTAATCGATCATGTGACTCTACGCTTGCTAGTCACAGAAGCTCTATCTAATTCTGTAATCGGAATTTCTAAGGGCAGAAGCGGCTA
TGACGTCAGACTGACTGACTGTATGTTGGATTGTGAATGACATGCAGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACA
GGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTC
CATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATC
TTTATAACAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGTCTTGTG

Intron 6 GTGGCGACCA ... TTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.45	6	1	5
A2	50	6	5	6
A3	42.86	4	2	3
A4	33.33	8	2	4
A5	45.45	6	0	5
A6	36.36	7	2	4
A7	25	27	2	9
A8	38.1	13	0	8
A9	41.38	17	1	12
A10	28.57	35	1	14

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

CATACTATGAAGTGAAAAAGATCCCATTTCGCGACCTCAGAAACTTGCTTTTCAGTTTCAGAGATCATTATAAAAAAAAACCTTTCCTGGTTTTTGAAAGTGTCTCAAATGTGGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACCGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGG
CACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAA
AAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAG
GCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTC
AGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTAAATGGCATTGACATCCCAGTCCCAATGTAAATAAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGT
AAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATG
AGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCT
TTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCT
GTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTT
GCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGC
GGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTG
CTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAA

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATACTATGAAGTGAAAAAGATCCCATTTCGCGACCTCAGAAACTTGCTTTTCAGTTTCAGAGATCATTATAAAAAAAAACCTTTCCTGGTTTTTGAAAGTGTCTCAAATGTGGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACCGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGG
CACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAA
AAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAG
GCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTC
AGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTAAATGGCATTGACATCCCAGTCCCAATGTAAATAAGgtggcgaccatatgctaaattattactatgttcatagagttcacaatagatgggggcattaa
agcaattgagttgttatggtgatctagcacttattctagagtctttctccctttttttcatattttgtttcaagatcattttttggttctatgtacatatgtaattttttttttttttttcagGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATG
TGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATA
ACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGA

Intron 7 GTGACTCTAC ... TGACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.12	5.3	1	6
A2	53.67	2.1	1.4	3
A3	45.08	7.4	5	6
A4	41.58	5.1	6.3	1
A5	66.67	2	3	5
A6	40.08	27.4	11.4	25
A7	45.25	44.4	23.3	50
A8	42.94	42.7	22.3	39
A9	35.99	30.4	12	22
A10	40.02	35	18.4	28

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i13 from sample A9 / Example spliced isoform

AAATATTCGGAGTGAGTGTGGGAGTCTGAGAAGAAATATTAGCAATGGGGTGTAGTCCTCATGGGCGTGTGGTGCTGAGCATGGTGCTGGTGCTAGTGCTAGTACTCAGTATTAACGTTAATGTTAATGCTCAAAACTGTGGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTAT
TGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGACCCTGTTACAGCTCAGGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGG
CACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACGAAACTGGAGGTATTAATATATTCTGCTCTATCCATAATCTGACTTCAATTACTTCATAAAATGGCAAAAGTTTACAGATTAATTTTGGTGTCAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTAC
TGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATTAATCGATCATGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTC
GTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCT
CCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTA
GATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAA

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i16 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CATACTATGAAGTGAAAAAGATCCCATTTCGCGACCTCAGAAACTTGCTTTTCAGTTTCAGAGATCATTATAAAAAAAAACCTTTCCTGGTTTTTGAAAGTGTCTCAAATGTGGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACCGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGG
CACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCCCCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAA
AAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGTAGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAG
GCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTC
AGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAA
TGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGC
TATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCC
GGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTG
GGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTACCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGAGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGG
ATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCGGGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATCCAGCTAAGCTGGTGCTTATTAATCGATCATgtgactctacgcttgctagtcacagaagctctatctaattctgtaat
cggaatttctaagggcagaagcggctatgacgtcagactgactgactgtatgttggattgtgaatgacatgcagGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAA
CTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATA
TAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATA
TCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAA

Intron 8 GTATTAATAT ... TGACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	4	4	6
A2	45.45	3	2	3
A3	31.25	11	4	6
A4	40	3	3	1
A5	29.41	6	0	5
A6	32.04	35	8	25
A7	38.1	52	14	50
A8	41.89	43	23	39
A9	24.55	55.3	14	22
A10	28.1	55	15	28

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i16 from sample A7 / Example spliced isoform

GTTCTCTATAGGCTGAGCCAAGAAACTATTCTTTCATTGAAAAGTTCATATATTATTTGACGAGTAACTATTCTTTCATTGAAAAGTTCATATATTATTTGACAGAAAGATAGAAATATGCAGCTAAGATACAAAGATGTCGCTTGCATTGTTTGACAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGA
ATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCG
GCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGT
CACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAA
TTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGCGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGGAATTACAATT
ATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGT
GTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAA
TTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATCTTTATAACAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGTCTTGTG

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTTTGGATGTTT
GCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGTCAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCC
TGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCTCTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGA
ACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGTAGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATA
CTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTTCTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGCGT
ATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACAAAACTGGAGgtattaatatattctgctctatccataatctgacttcaattacttcataaaatggcaaaagtttacagattaattttggtgtcaggattgtgctacatcaatgagataagccc
ttcaataaactactgtcagagttcaagcacgtggccgtgtacaagcgggaagagctactatgggcgtgggcctatccagctaagctggtgcttatccagctaagctggtgcttattaatcgatcatgtgactctacgcttgctagtcacagaagctctatctaattctgtaatcggaatttctaagggcagaagcggcta
tgacgtcagactgactgactgtatgttggattgtgaatgacatgcagGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACA
GGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTC
CATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATC
TTTATAACAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGTCTTGTG

Intron 9 GTAAAATCTA ... CATGGATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.36	81.5	12.5	39
A2	29.82	40	1.5	17
A3	17.65	70	7.5	15
A4	19.36	62.5	5	15
A5	16.95	49	1.5	10
A6	22.71	476.5	29.5	140
A7	21.7	397	30.5	110
A8	22.53	368	12.5	107
A9	22.02	386	20.5	109
A10	18.7	400	21	92

>TRINITY_DN118627_c1_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TAAACACAAAGAAGTTACACTTTTTTATAAATGCTTCGGGTCTCTAAAAACACAAAAAGACTTAATTGTGATTTATACCATAAAAATAAAATAAAAACAAAACATTTTCTCATTGAAAAAGAATTTTCATTTTGGAAAGCGAAAGCATGATGCGACAGGAAAGGAAATTTCCTCCCTTACCAAACCGAACCGGATGTCTG
GTCGATGGAGTGTTTGCATTGAAGTCTGAAATCGGTATTTGATTTTTGTGTGAAGAATGGCAGATTCTAGGAACATGAAATACCTCTTAGCTGCTTCAGCAATAGCGTTGTATTTCACTGTTTCCGCGGCCGCTGCAGAAGGGGAGAGTGATTGCCCCGGTAAAGAAAGTTGTATAAACAAACCTACGGTTACTCTCCCT
TTGAAGATCGGAGCAATCGCTTCTATTTTTGTGGGGATTATCATTGGAGTATGTTTGCCTCTCTTAGGCCGAACCTTCACTTATTTCAAGCCCAATAGAAATACAGTCTTTGTGATTAGGGCTTTTGCTGCGGGTCTTGTTCTTGCAACGGTCTTGGTGCAATTTCTTCCTGACGTCTTTGAATCTCCTACCAGTGAATC
TCCACCATGGCACAATTGCTCATTGCCTGGGATTGTGGCCATGTTCACGGCCCTGTGTACCATTCTCGTGGATGCTCTGGCCACTGGTTACTGTCATTTGAAAAATAAAAATAAACCGACGGACGAGGGTAAAGAACTTCCAGGTAATGGCGAGGATTTAGAGGGTCAAGCCCATGGATTCAATACCATAGACGAAGAAA
GGAGGTTTCGCCATCGGGTCATTTCCCTGGTTTTGGAATTGGCTATAATTGCTCAGTCAGCTATTGTTGGAATATCACTGGGTGGAGCGGAGAGTCCATGGATGATTGTTATGACTTTAGTGGCAGCGTTTACATTTCAGCAATTTTTGGAAGGAATGGGCCTCGGCGGATGCCTAATTCAGGAAGGTTTCAATAATAAG
TTCCCAGCAGTTTCAACAGTAAGTGCCTTCTTAGCTGGTGTCACAGCAGGTATGGGGTTGCTCTCATCTGAGAGCAGCCCAACGGGAGTGATGGTTGAAACAGTATTTAACATGGGATCTGCGGGTATTCTGGTTTATATGTGTTTAGTGGATCTTTTTGCTGCCTATATTTTCAAGTCGAAGATTCAGAAGGGAGGAGC
GCTTCAGATATGGGCATACATGGCTTTCCTGTTGGGGTTGGGGGCTTTCTTTTTAGTCATCAAAAGGGTTTGAAATTATCATACAATAGTTATACTCTCTGAGTCAAAACAAGGAAAGATATGAACATATGTCACGCTATTTGGTTTATATAAATATCTTGTATGTGATTCCAAAGGGTTTTGGATTTTGGAAAGAATAT
TAAATACTAAATAAGGATTTTGGAAAGAATACAAAACAACTCTCCTACATGATTGTGAGACCATCTTTACATCTGTGTACAGGATTGTAAGATGCCTTATCTTTACATCTGTGTACCCAAATTAAAGGAATTTATTGAAATATCTACGATACGTTTGTTCAACCTTATCTAGATACCCCGATCTGAATTTTATCAAAATC
TCAAAAAGTTTCTGTTTAAATGACCAAAAAGAAAG

>TRINITY_DN118627_c1_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CGCCATCGGGTCATTTCCCTGgtaaaatctattgttataatttaatcagatgcttgaaaaataataatctttggattttatttatagtatacacagtgaagggaattctggggcgtgagggttgttatgatatactagagtttatatacatggatcagGTTTTGGAATTGGCTATAATTGCTCAGTCAGCTATTGTTGGA
ATATCACTGGGTGGAGCGGAGAGTCCATGGATGATTGTTATGACTTTAGTGGCAGCGTTTACATTTCAGCAATTTTTGGAAGGAATGGGCCTCGGCGGATGCCTAATTCAGGAAGGTTTCAATAATAAGTTCCCAGCAGTTTCAACAGTAAGTGCCTTCTTAGCTGGTGTCACAGCAGGTATGGGGTTGCTCTCATCTGA
GAGCAGCCCAACGGGAGTGATGGTTGAAACAGTATTTAACATGGGATCTGCGGGTATTCTGGTTTATATGTGTTTAGTGGATCTTTTTGCTGCCTATATTTTCAAGTCGAAGATTCAGAAGGGAGGAGCGCTTCAGATATGGGCATACATGGCTTTCCTGTTGGGGTTGGGGGCTTTCTTTTTAGTCATCAAAAGGGTTT
GAAATTATCATACAATAGTTATACTCTCTGAGTCAAAACAAGGAAAGATATGAACATATGTCACGCTATTTGGTTTATATAAATATCTTGTATGTGATTCCAAAGGGTTTTGGATTTTGGAAAGAATATTAAATACTAAATAAGGATTTTGGAAAGAATACAAAACAACTCTCCTACATGATTGTGAGACCATCTTTACA
TCTGTGTACAGGATTGTAAGATGCCTTATCTTTACATCTGTGTACCCAAATTAAAGGAATTTATTGAAATATCTACGATACGTTTGTTCAACCTTATCTAGATACCCCGATCTGAATTTTATCAAAATCTCAAAAAGTTTCTGTTTAAATGACCAAAAAGAAAG

Intron 10 GTGCTTATCC ... TGACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.22	7.7	1	6
A2	43.47	3	1.6	3
A3	35.48	10	5	6
A4	35.28	10.5	10.5	1
A5	60	2	1	5
A6	32.53	42.8	16.3	25
A7	44.46	43.7	20	50
A8	34.34	57.3	20.9	39
A9	34.32	34.5	14	22
A10	38.16	43.2	25.3	28

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTAAATGGCATT
GACATCCCAGTCCCAATGTAAATAAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGT
CAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCT
CTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGT
AGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTT
CTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGCGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACGAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCG
GGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGGAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTC
GGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATGGTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACA
TTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAATGCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATCTTTATAA
CAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGTCTTGTG

>TRINITY_DN48090_c0_g1_i22 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGTCACAGAGTGATGTGCCGACGCTGACGGTCGATTAAGACTTCTTGGCAAATTAATGAGTGTCAAATGCGGCGTGGGATAAGGGGCACTCAAATCGCTCTGCTTTTCTGGTCATTTGTTCTCCAGATTCGATTATAAAAATCAGCGGAAGCATAGTTTCATCAGTTTACTGTGGAACTATGTTATGGAACTGTGTCC
CCAAAAGTTTTGGACCATTTTAAGACGATCCAGATCATCCAAATTCCAAAAACATGATCAGAAAAGAGTGGAACTATGCCTCGCTGAAAAACCACTCACCAGAATACCGAATACCGAGGCGATTTGAGTCCCCTTATCCAACGCCATTGCGCATATGAATTGTAATCTGTGAATCTGTGATGGACATTGAAACCGGAAGT
AGTTGGAGGCTGGAACTGGAGGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTACCCTGCATTGTCGAGCTGCAAGCAGCAGTTGGAGGCTGGAAGTGGAGCAGCGAGCTGCTGCTTATTCATTTTA
CCCTGCATTGTCGAGCTGCGAGCAGCAGACTTGGGCACACACAGAACTTAGAAGGAAACAGCGCCATCTACAGCGTCCTCGCCCTCTCAGACACCAGGGTCCAGGACACACAGAAGGAAACAGAACCGTTGGCCGACGGCGACTCGGCACTGGGCAGTCCCAACAAATCCGCGTGGAGGTCGACACAGGTAAATGGCATT
GACATCCCAGTCCCAATGTAAATAAGGTTTGGATGTTTGCTTGCAACTTTCAACATATTGACAAGGATTTTGGCATCCATCAAGTTGTAAAAAAGCCTGCATGTGAACGGGTGGAAAAATGGTCAATGTCCCGTGAATAAAGATACAGAGATGTCGATAGCATTCTCGACAGACTACGTGTGAACCGGTGGAAAAATGGT
CAAAGTCCCGTAAGACACGTAACAGGATTCTTACGTCCTGTCAACGATAAAGTTATGTCCGAATTCAGTGTAAGAAGAATTGGAAATGAGATTTAATCAAATAACAGAATCCGGATTCCCCACGGCTATGGCTGCGGCTATATAAGCAAACTCCCTATTTCACCTATTTCATTGCAGTACGGATAGCCGGGCGCGCTTCT
CTTTATCTCTCTGTGGCAGCGAGATGAGTGATATGGGAACTGATCACCGTGTTAGGAAGACGAGCGTGTTTATTCTATGGCTTGCTCTTTCCCTTTATCTTCTTTCTATCTGCCGAGGAGATGTCCGGGACTTTGTCACTCAAGATATCTTCGATAAAATTGTATATGGTACTAACGTTAATGTTAATACTCAAAACTGT
AGCTGCGCCAGCGGACTGTGTTGCAGTAAGTGGGGATACTGCGGAACCACCTCTGCGTATTGCGGCAATGGCTGCCAGAGCGGCCCCTGTAGCGGAGGATCTCCAGGTAGCGGAGGTGGAAACGTGGGGACTATAATTTCCCAGAATTTCTTCAATGGCCTTGCCAACGGAGCTGCTAGCTCCTGCGAGGGCAAGGGTTT
CTACACTTACGACGCTTTCATCGCAGCTACCAATGCGTATTCTGGATTTGGCACCACCGGTTCCAGCGACGTCCAGAAGAGAGAGCTTGCTGCCTTCTTCGCTAATGTAATGCACGAAACTGGAGGATTGTGCTACATCAATGAGATAAGCCCTTCAATAAACTACTGTCAGAGTTCAAGCACGTGGCCGTGTACAAGCG
GGAAGAGCTACTATGGGCGTGGGCCTATCCAGCTAAGCTGgtgcttatccagctaagctggtgcttattaatcgatcatgtgactctacgcttgctagtcacagaagctctatctaattctgtaatcggaatttctaagggcagaagcggctatgacgtcagactgactgactgtatgttggattgtgaatgacatgcag


GAATTACAATTATGGAGCGGCGGGGCAGAGCATTGGGTTCGACGGACTGAACAACCCAGAAAAAGTGGCGAAAGACGCCACCATCTCGTTCAAGACGGCCGTGTGGTTCTGGATGAAGAACAGCAACTGCCACTCCGCCATAACCTCCGGACAGGGCTTCGGCGGGACAATCAAAGCCATCAACAGCGGGGAATGCAATG
GTGGAAACAGTGTCCAAGTGAATAGCAGAGTTACTTACTACATGAATTTCTGTAACCAATTGGGTGTCGCTCCAGGACGCAATATCTCCTGCTAAATATCTCTCAGCTTCCTGGTTCCCTAATATATAAACAAGAGCTGCAAGCAGCAATGTCCATGACATTGCTGCTTGCAGCATAGATGCATGGCATGCATAGATAAT
GCAAATGAGAATTACAGACAAGCAAATAAAAATCAGTAATGTTATATGTACAAAACTGGTTGTACAAATGCCCAAGTTTAGATACTTGGATTATGACAGGTGCTATGCTTATAAATATATCTTGCCCTCTACACATGTATTTGTTTGCCAATCTTTATAACAGTTGAATTTAACTATTTTGTCAATATGAAATCATTCGT
CTTGTG

Intron 11 GTAAAATCTA ... TGCCCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.4	81.5	22.5	33
A2	20.79	40	6	15
A3	17.16	70	16	13
A4	17.22	62.5	11	15
A5	11.71	49	5	8
A6	16.32	476.5	65	121
A7	16.73	397	61.5	98
A8	14.37	368	29.5	94
A9	16.49	386	52.5	100
A10	13.97	400	51	79

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATATTTCCATGCGAGAGGAATCAAATTTTTCATGGTACAAACCCTTTTTTAGAGTGCAAATGTTGAGGAAGTGTTTTAATATATATATGCTGTTGTAAATGTTTAAATTTAAGATGTGACATGTTATTTTCACCTAGACAGAAGAAGTTACACATCTCCCTACTAGACTGTAAAATGGGCCTCTTAAACACAAAGAAGTT
ACACTTTTTTATAAATGCTTCGGGTCTCTAAAAACACAAAAAGACTTAATTGTGATTTATACCATAAAAATAAAATAAAAACAAAACATTTTCTCATTGAAAAAGAATTTTCATTTTGGAAAGCGAAAGCATGATGCGACAGGAAAGGAAATTTCCTCCCTTACCAAACCGAACCGGATGTCTGGTCGATGGAGTGTTTG
CATTGAAGTCTGAAATCGGTATTTGATTTTTGTGTGAAGAATGGCAGATTCTAGGAACATGAAATACCTCTTAGCTGCTTCAGCAATAGCGTTGTATTTCACTGTTTCCGCGGCCGCTGCAGAAGGGGAGAGTGATTGCCCCGGTAAAGAAAGTTGTATAAACAAACCTACGGTTACTCTCCCTTTGAAGATCGGAGCAA
TCGCTTCTATTTTTGTGGGGATTATCATTGGAGTATGTTTGCCTCTCTTAGGCCGAACCTTCACTTATTTCAAGCCCAATAGAAATACAGTCTTTGTGATTAGGGCTTTTGCTGCGGGTCTTGTTCTTGCAACGGTCTTGGTGCAATTTCTTCCTGACGTCTTTGAATCTCCTACCAGTGAATCTCCACCATGGCACAAT
TGCTCATTGCCTGGGATTGTGGCCATGTTCACGGCCCTGTGTACCATTCTCGTGGATGCTCTGGCCACTGGTTACTGTCATTTGAAAAATAAAAATAAACCGACGGACGAGGGTAAAGAACTTCCAGGTAATGGCGAGGATTTAGAGGGTCAAGCCCATGGATCCAATACCATAGACGAAGAAAGCAGGTTTCGCCATCG
GGTCATTTCCCTGGTTTTGGAATTGGCTATAATTGCTCAGTCAGCTATTGTTGGAATATCACTGGGTGGAGCGGAGAGTCCATGGATGATTGTTATGACTTTAGTGGCAGCGTTTACATTTCAGCAATTTTTGGAAGGAATGGGCCTCGGCGGATGCCTAATTCAGGAAGGTTTCAATAATAAGTTCCCAGCAGTTTCAA
CAGTAAGTGCCTTCTTAGCTGGTGTCACAGCAGGTATGGGGTTGCTCTCATCTGAGAGCAGCCCAACGGGAGTGATGGTTGAAACAGTATTTAACATGGGATCTGCGGGTATTCTGGTTTATATGTGTTTAGTGGATCTTTTTGCTGCCTATATTTTCAAGTCGAAGATTCAGAAGGGAGGAGCGCTTCAGATATGGGCA
TACATGGCTTTCCTGTTGGGGTTGGGGGCTTTCTTTTTAGTCATCAAAAGGGTTTGAAATTATCATACAATAGTTATACTCTCTGAGTCAAAACAAGGAAAGATATGAACATATGTCACGCTATTTGGTTTATATAAATATCTTGTATGTGATTCCAAAGGGTTTTGGATTTTGGAAAGAATATTAAATACTAAATAAGG
ATTTTGGAAAGAATACAAAACAACTCTCCTACATGATTGTGAGACCATCTTTACATCTGTGTACAGGATTGTAAGATGCCTTATCTTTACATCTGTGTACCCAAATTAAAGGAATTTATTGAAATATCTACGATACGTTTGTTCAACCTTATCTAGATACCCCGATCTGAATTTTATCAAAATCTCAAAAAGTTTCTGTT
TAAATGACCAAAAAGAAAGGCCATTTTTATAAACTGAAATTTGTGGATATAATCAGGAATTGACTTATCCATTCAAGTGAAAATATGAAACTTTGTTTCAAAACCTTATATCAATCAATGGACAATTTGTCTCCCTAACCTACCCCTCCTGAATCCTGAGTTAAACACTGAAAAGTGACAGGTTTTTCTGAAATTTTTTA
AATATAGTATGATATATTGAAGTGAT

>TRINITY_DN44269_c0_g2_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATATTTCCATGCGAGAGGAATCAAATTTTTCATGGTACAAACCCTTTTTTAGAGTGCAAATGTTGAGGAAGTGTTTTAATATATATATGCTGTTGTAAATGTTTAAATTTAAGATGTGACATGTTATTTTCACCTAGACAGAAGAAGTTACACATCTCCCTACTAGACTGTAAAATGGGCCTCTTAAACACAAAGAAGTT
ACACTTTTTTATAAATGCTTCGGGTCTCTAAAAACACAAAAAGACTTAATTGTGATTTATACCATAAAAATAAAATAAAAACAAAACATTTTCTCATTGAAAAAGAATTTTCATTTTGGAAAGCGAAAGCATGATGCGACAGGAAAGGAAATTTCCTCCCTTACCAAACCGAACCGGATGTCTGGTCGATGGAGTGTTTG
CATTGAAGTCTGAAATCGGTATTTGATTTTTGTGTGAAGAATGGCAGATTCTAGGAACATGAAATACCTCTTAGCTGCTTCAGCAATAGCGTTGTATTTCACTGTTTCCGCGGCCGCTGCAGAAGGGGAGAGTGATTGCCCCGGTAAAGAAAGTTGTATAAACAAACCTACGGTTACTCTCCCTTTGAAGATCGGAGCAA
TCGCTTCTATTTTTGTGGGGATTATCATTGGAGTATGTTTGCCTCTCTTAGGCCGAACCTTCACTTATTTCAAGCCCAATAGAAATACAGTCTTTGTGATTAGGGCTTTTGCTGCGGGTCTTGTTCTTGCAACGGTCTTGGTGCAATTTCTTCCTGACGTCTTTGAATCTCCTACCAGTGAATCTCCACCATGGCACAAT
TGCTCATTGCCTGGGATTGTGGCCATGTTCACGGCCCTGTGTACCATTCTCGTGGATGCTCTGGCCACTGGTTACTGTCATTTGAAAAATAAAAATAAACCGACGGACGAGGGTAAAGAACTTCCAGGTAATGGCGAGGATTTAGAGGGTCAAGCCCATGGATCCAATACCATAGACGAAGAAAGCAGGTTTCGCCATCG
GGTCATTTCCCTGgtaaaatctattgttataattaatcagatgcttgaaaaataatctttgaattttatttatagtatacactgtgaaggaaattctggggcgtgagggttgttatgatatactagagtttatatccctgcccatcagGTTTTGGAATTGGCTATAATTGCTCAGTCAGCTATTGTTGGAATATCACTGG
GTGGAGCGGAGAGTCCCTGGATGATTGTTATGACTTTAGTAGCAGCGTTTACATTGCAGCAATTTTTGGAAGGAATGGGCCTCGGCGGATGCCTAATTTATTCATTTCTCTTATTTTTTTTTATTTTTTCCCAAGTTAAGTAGTAGAATTTTTTTCTTTTTCCCAATTTAACTAGTAGAAGTTTTTTCTTTTTCCCAATT
TAACTAGTAGAACTGCCCAGGTATTGTAGGATTCCAATATGATTCAAAGTGTTTGACAATAATGGGTTGTCATGAATTTTGTGTTCTTGAGTCGGATATTTCTCTGATTCCATTGCCATGAATTTTGTTTTCATGAGTCAAATATTTCTCTGATTTCATATTATCTACTTGGAAGTAGATAAAGA