NA ----> NA

Intron 1 GTGAGGTCCG ... ACCTTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	2	2	6
A2	100	0	0	4
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	1	1
A5	-1	0	0	0
A6	27.27	4	2	1
A7	55.56	4	6	4
A8	52.94	4	4	5
A9	27.27	4	0	3
A10	100	0	1	10

>TRINITY_DN43578_c1_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

CACAACTGTTGTTGTCTGCGTGCAGTAATTCATTGTCGAATATGTATAAGAATTTCTCTAATGGGATCCGACGGTTTGCCTGTAGTTTGAAATTCAATGTTACCTGTTATTGTCATTGCTTTTCTAATTCAGATTTGATGTCATATTGTTTTTAAAAATCCTGGATTTCAGATATGTTATATTGGTTTTAAAAATCCTAG
CTGGAAGGCTGGCTGTTTTTTTCTACTGCTTACTTTTAAAATTTGTGCGCAGTAACTCTGATCCTTCGTGGGAATATTCCCAAAGGATACCCATGAGATGCCCGTTGTTCGGTCAGACGTTTTCAGGAAGCTCTTATAAACCCTATATATATACGATGTTGGATTCATTCTGAAATTGCAGGTGAGGCTGAGCCTCCATG
GGGCCTGCCGGTCAAACTCTTTAGAGCATTCTGAGGGAGGTAATCCCTTTATCATCATCTTTATCAGTTGGTTGGTTATTTGTTACAGTGGAGATTTAATTTGCGTATTACATTTATATTTGTTACTTATTCTTTTTATGAAAATGTAGCTTATTATGTTTAATTTTCTTGTTAGTACTTGCCGGGATGCCATCATACCT
ATTGCATGCCCACCGATCCGCCTCCCATCACAGAGAAAATACCGCCCTAATGCAATAATTCATAATCATTCAAGACCTAATGGTTACTAAATGTTTGGGTTAATAAAAAGCTTTATGCCATTTATTTCATAATGGCTAAACTAACGCATCAATGCAAATCTTATGACCTATCTTATTTCATAATTGTTCCGTTATTTTCC
AGATTCAATATTATCATATATCAAATGTGGGAAGTGTGTAGGCATCCACCAAACAAAGCTGTTCAATATATTTAATCTCGAATATTGAAATCATTAAAAAAAAAAAATTATTTCTCCTAGCAATATTACATTACTTCTTGCAGGAATGGAAGCAGAAGAAAAGGAGATAGTTTAGGCGCCGATAGTTTAACCTGCGTGTA
CTTTGAAGACGTTGGAGTGAGGATTTCTCTGTCAACATGGGTACCGTTTGGATGTCAGGAATTATTGCTAGGGATGCTTTTGTTAGTTTTTTCAAATTCTCTAGGGGCTATTCTGTACCATTTAATATGGAATTGCAAAAGGGCTATTGCAAATTTTGACTTTTTAATGACATTGTGATGCGGTATACTTATTTTAATGA
CATTGTGATTAGGTATTTTAATATGATTGAGAAACTCTGGCTATGTGGCTGGGCATATGGTGCCATCGTCTCTGTGGTGTGGTGAGCTTCATCTGAGAACGCCTCCAATGAGATCCGAGGGTTTGAGTCCAGTTTGAAATTCAATGATACAATTGTTAAGAACCCTGGAATGACATCATGGATAACATCATGATTCTATA
AAGGCATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCTTTTATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCTTTTTAAGGTATGTTCATATTTAGTTCATACCAAATTTTTTACATTCAATGATACAATTGTTAAGAACCCCTGGAATGACATCGTGGATAACATCATGATTCTATAAAGGCATCATCTATATGGTGAGGTCTGCTTCTTAAGGTA
GGTTCATATTTAGTTTATACCATATTTTTTACAGTATAATAATAGTTTTATTTTCATTTTTG

>TRINITY_DN43578_c1_g1_i30 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACAACTGTTGTTGTCTGCGTGCAGTAATTCATTGTCGAATATGTATAAGAATTTCTCTAATGGGATCCGACGGTTTGCCTGTAGTTTGAAATTCAATGTTACCTGTTATTGTCATTGCTTTTCTAATTCAGATTTGATGTCATATTGTTTTTAAAAATCCTGGATTTCAGATATGTTATATTGGTTTTAAAAATCCTAG
CTGGAAGGCTGGCTGTTTTTTTCTACTGCTTACTTTTAAAATTTGTGCGCAGTAACTCTGATCCTTCGTGGGAATATTCCCAAAGGATACCCATGAGATGCCCGTTGTTCGGTCAGACGTTTTCAGGAAGCTCTTATAAACCCTATATATATACGATGTTGGATTCATTCTGAAATTGCAGGTGAGGCTGAGCCTCCATG
GGGCCTGCCGGTCAAACTCTTTAGAGCATTCTGAGGGAGGAATGGAAGCAGAAGAAAAGGAGATAGTTTAGGCGCCGATAGTTTAACCTGCGTGTACTTTGAAGACGTTGGAGTGAGGATTTCTCTGTCAACATGGGTACCGTTTGGATGTCAGGAATTATTGCTAGGGATGCTTTTGTTAGTTTTTTCAAATTCTCTAG
GGGCTATTCTGTACCATTTAATATGGAATTGCAAAAGGGCTATTGCAAATTTTGACTTTTTAATGACATTGTGATGCGGTATACTTATTTTAATGACATTGTGATTAGGTATTTTAATATGATTGAGAAACTCTGGCTATGTGGCTGGGCATATGGTGCCATCGTCTCTGTGGTGTGGTGAGgtgaggtccgctttttag
gtatcttaatcatcattattttttatatggttagatgatttgtccgattaataaaataaagtagaagaatcactgaatcaaattaatagattattttgttgtaaccaccttgatagCTTCATCTGAGAACGCCTCCAATGAGATCCGAGGGTTTGAGTCCAGTTTGAAATTCAATGATA

Intron 2 GTGAGGTCCG ... ATATGGTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.87	6.3	20.1	12
A2	97.04	0.3	6.2	2.8
A3	83.33	1	5	5.4
A4	45.67	5.4	5.4	4.2
A5	-1	0	0	1.6
A6	52.33	1.2	2.2	2.4
A7	56.85	8.3	12.1	10.6
A8	75.02	6.6	19.4	8
A9	52.5	6.3	7.9	7
A10	61.91	3.6	5.9	4

>TRINITY_DN47729_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTAGAATCTTCATATCTTGTGTATAGCAAATGTTTAGCGATGTAGTAACAGTTTTATTTTCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACATGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATTTAGGGTTTATCCCTATGTGTATAGTGTT
TTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAACTGAGACTTACATTAATGAAATAAAGTAGAAGAATCGCTAATCAAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTGATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAGGGTTTGAATGCAGTTTGAAATTCAATGA
TACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGATTTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATGGATTCGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAAGCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCAGGAAGAAGCACTGACAAATAATGCTGGGGTTGTGCAAAGAGGGTAG
GTCGGGGTTGTAAAGAAATTAGAAAATAACTATGGCTCACCCAGACAACGTCCTGTGGGTGAGAAAAAGCAACAAAGACCGGCTTTATTCCATATTCATTGCACTCATATCTCATACGGGTACATACATCACACGATAGGAGTAAATAAGGCATATCGTGCCATCATCCTCTGTGGGGAAGTCAGCTTCTTTAAGAAGAC
TCTACTTGACTGGTTTGAAAGCTTTGGTAATGTTTTATTTTAATATCGCTTTGGAAATAAATATCCAAGGTATGAGAAAGTCTGGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGATGATCGCACAGAAAACTGGACTTAGTGGATTTGTTCGATTAATAAAATAAAGTAGAAGAATCACTGAA
TCAAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTGATAGCTTCATCTGAGAACGCCTCCAATGAAATCCTAGGGTTTGAGTCCAGTTTGAAATTCAATGATATAATTGTTAAAGAACCGAGAAATGACATCATGATTCTATAAAGGCATATGGTGCCATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCTTTTATCATCTATGTGGTGA
GGTCTGCTTTTTAAGGTATGTTCATATTTAGTTTATACCAAGTATTTGACAGTATAATAATAGTTTTATTTTCATTTTTGGATAGAGTAATTTTAGTGATAGTAGGATTTATGGGAGTGTAGTAATTCTTTATTTAGTTTCACGG

>TRINITY_DN47729_c0_g3_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCATTGACATATTAAAAGGAGGAGATGAAAAACTATAACAAAAATATCAATAAAAATAAAAATAAATCAAATCAAATCATAATTCAAAAACAACTAACAAGTAACTAACAAACAATCCAATCCAGTCTAATATAATCATGAAAAATAAAATCTAATCATAACTAATGGACAATCTGGAAATTCGGAACTCGTTATTTCAA
AAAAAACTCGACTACCTTCACAGACTTGTTGTCATTGCACGCCTGTGAAGGACAGGTGGAAAGTAAATAGATACCGAACGTCAACGGTGATGACGAGGAGACGGGCCCCGCCGGGAGTTCCTCGAATGGGATTGGAGGGTTTGTATGCGTGCAGTAATGTATAAGAATTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGCCTGTAA
TGGGATCCGTAGGATTTTTTTGTTGTTTTTAAAAATCTTGCATTTTAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATAC
TTATTTTAATGACATTGTGATTAGGTATCTTAGAATCTTCATATCTTGTGTATAGCAAATGTTTAGCGATGTAGTAACAGTTTTATTTTCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACATGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATT
TAGGGTTTATCCCTATGTGTATAGTGTTTTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAACTGAGACTTACATTAATGAAATAAAGTAGAAGAATCGCTAATCAAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTGATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAG
GGTTTGAATGCAGTTTGAAATTCAATGATACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGATTTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATGGATTCGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAAGCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCGAGAAAGTCTGGCTATGTG
GCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGgtgaggtccgctccttaggtatcttcatattttgtctatagcaaatggcgtagtaatagttttattttcagtttggatatggtattttttaatgatttaagatttataagttttttacatttttatgattttaaatataattaaaataaaagtttatctct
ttgtgtatagtgttttagtttgtgttaattatttttttttcatatggttagATGATCGCACAGAAAACTGGACTTAGTGGATTTGTTCGATTAATAAAATAAAGTAGAAGAATCACTGAATCAAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTGATAGCTTCATCTGAGAACGCCTCCAATGAAATCCTAGGGTTTGAG
TCCAGTTTGAAATTCAATGATATAATTGTTAAAGAACCGAGAAATGACATCATGATTCTATAAAGGCATATGGTGCCATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCTTTTATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCTTTTTAAGGTATGTTCATATTTAGTTTATACCAAGTATTTGACAGTATAATAATAGTTTTATTTTCATTTTTG
GATAGAGTAATTTTAGTGATAGTAGGATTTATGGGAGTGTAGTAATTCTTTATTTAGTTTCACGG

Intron 3 GTTACTATTA ... ACTATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.97	9	27	17
A2	62.47	6	8	12
A3	48.53	9	8	9
A4	66.14	7	12	15.5
A5	82.57	1	6.5	3
A6	60	1	2	1
A7	33.33	6	3	3
A8	59.6	2	4	2
A9	56.82	2	5.5	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN118610_c0_g1_i13 from sample A3 / Example spliced isoform

GAGGGTTTGTATGCGTGCAGTAATGTATAAGAATTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGTATGCGTGCAGTAATGTATAAGAATTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGCCTGTAATGGGATCCGTAGGATTTTTTTGTTGTTTTTAAAAATCTTGCATTTTGAAAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGACAT
TGTGATTCGGTATACTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTTAATGACATTGTGATTAGGTATGAGAAAGTCTGGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCG
CTGAGGTGAGGTCCGCTCCTTAGGTATCTTCATATTTTGTCTATAGCAAATGGCGTAGTAATAGTTTTATTTTCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACATGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATTTAGGGTTTATCCCTAT
GTGTATAGTGTTTTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAACTGAGACTTACTGGAATTTTTTCTATTAATGAAATAAAGTAGAAGAATCGCTAATAGAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTCATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAGGGT
TTGAATGCAGTTTGAAATTCAATGATACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGATTTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATGGATTCGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAAGCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCAGGAAGAAGCACTGACAAATAA
TGCTGGGGTTGTGCAAAGAGGGTAGGTCGGGGTTGTAAATAAATTAGAAAATAACTATGGCTCACCCAGACAACGTCCTGTGGGTGAGAAAAAGCAACAAAGACCGGCTTTATTCCATATTCATTGCACTCATATCTCATACGGGTACATACATCACACGATAGGAGTAAATAAGGCATATCGTGCCATCATCCTCTGTG
GGGAAGTCAGCTTCTTTAAGGTATGTTTATGTTTTGTTTTGGTTTTATTTTGTTTTTTAACTAGTAGTAATTACTTTTTTATTCTTGTGTTTTTTTCATATGGTTGGATGATCTCACAGAAGACTCTACTTGACTGGTTTGAAAGCTTTGGT

>TRINITY_DN118610_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTTTAATGGGATCCGTATTTTAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAATGGGATCCGTATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTTAATGACATTGTGATTAG
GTATGAGAAAGTCTGGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGGTGAGGTCCGCTCCTTAGGTATCTTCATATTTTGTCTATAGCAAATGGCGTAGTAATAGTTTTATTTTCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACA
TGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATTTAGGGTTTATCCCTATGTGTATAGTGTTTTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAACTGAGACTTACTGGAATTTTTTCTATTAATGAAATAAAGTAGAAGAATCGCTAATAGAATTAATAGATTAT
TTTGTTGTAACCACCTTCATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAGGGTTTGAATGCAGTTTGAAATTCAATGATACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGATTTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATGGTATGTTTATATTTCGTTCATACCAAATTTTTC
GAAGTATCATAATAATAATTTTATTTTCAGTTTGGATAGAGTAGTTTCATTGATGTTAGGATTTATGGAAGTGCAGTAATAGTTTTATTTTTATTTTGGATGGAGTAGTTTTGAACCGATGTTAAGATTTATGGTAATGCAATAATAATTTTATTATTTTCATTTTTTATAAAGTGTTTTTAATAATATTAAGATTTATC
TCTATGTTTATGTTTTTATTTTCCTATGATTTCTTAATATATTAAATAATTGTTATTAGCTTCTACATTTGTAGTTATGTTGTTTGAAAAATCTTTCTGCAGGATTCGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAAGCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCAGGAAGAAGCACTGACAAATAATGCTGGGG
TTGTGCAAAGAGGGTAGGTCGGGGTTGTAAATAAATTAGAAAATAACTATGGCTCTTGGCTGGCCCAGACAACGTCCTGTGGGTGAGTAAATGCAACAAAGACCGGCTTTATTCCATATTCATTGCACTCATATCTCATACGGGTACATACATCACACGATAGGAGTAAATAAGgttactattaatagatttcatatatg
ttatttattttgttgattttttacagtaattaattggtacgcttcccatatgtttcatatgtttgagaaccgttgtacaagtcttttttgttttggtggatgacattatgattctgtaactattccagGCATATCGTGCCATCATCCTCTGTGGGGAAGTCAGCTTCTTTAAGGTATGTTTATGTTTTGTTTTGGTTTTA
TTTTGTTTTTTAACTAGTAGTAATTACTTTTTTATTCTTGTGTTTTTTTCATATGGTTGGATGATCTCACAGAAGACTCTACTTGACTGGTTTGAAAGCTTTGGTAATGTTTTATTTTAATATCGCTTTGGAAATAAATATCCAAGGTATGTCAACAATAATATTTTCAGAGTTTGATTAAATTATTTAGAAATAATTAT
TTTATCTGATAAATTTGGATTCTAGCATATACTTTCAAGTCTTTATGGTTAGTTATATCTTTATTTTGACAATTATAAACATTTTATTGTTTTATAAATTATTTTTTTAAATATAATTTGTAAAATTAATAAGATTAATGTTATATATATATAAGTTAAAATATATTTATTTTTAA

Intron 4 GTTACTATTA ... ACTATTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	5	21	9
A2	69.23	4	10	8
A3	52.38	5	5	6
A4	63.64	6	11	10
A5	66.67	1	4	0
A6	100	0	2	1
A7	36.84	6	3	4
A8	66.67	2	6	2
A9	33.33	5	1	4
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN43353_c1_g1_i20 from sample A9 / Example spliced isoform

TCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACATGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATTTAGGGTTTATCCCTATGTGTATAGTGTTTTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAAC
TGAGACTTACTGGAATTTTTTCTATTAATGAAATAAAGTAGAAGAATCGCTAATAGAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTCATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAGGGTTTGAATGCAGTTTGAAATTCAATGATACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGAT
TTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATGGATTCGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAAGCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCAGGAAGAAGCACTGACAAATAATGCTGGGGTTGTGCAAAGAGGGTAGGTCGGGGTTCTAAATAAATTAGAAAATAACTATGGCTCTTGGCTGACC
CAGACAACGTCCTGTGGGTGAGTAAATGCAACAAAGACCGGCTTTATTCCATATTCATTGCACTCATATCTCATACGGGTACATACATCACACGATAGGAGTAAATAAGGCATATCGTGCCATCATCCTCTGTGGGGAAGTCAGCTTCTTTAAGAAGACTCTACTTGACTGGTTTGAAAGCTTTGGTTATGTTTTATTTC
AATATCGCTTTGGAAATAAATATCCAAGGTATGAGAAAGTCTGGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGATGATCGCACAGAAAACTGGACTTAGTGGATTTGTTCGATTAATAAAATAAAGTAGAAGAATCACTGAATCAAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTGATAGCT
TCATCTGAGAACGCCTCCAATGAAATCCTAGGGTTTGAGTCCAGTTTGAAATTCAATGATATAATTGTTAAAGAACCGAGAAATGACATCATGATTCTATAAAGGCATATGGTGCCATCATCTATGTGGTGAGGTCTGCA

>TRINITY_DN43353_c1_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTAAGGTATGTTTATATTTCGTTCATACCAAATTTTTCGAAGTATCATAATAATAATTTTATTTTCAGTTTGGATAGAGTAGTTTCACTGATGTTAGGATAGGATTTATGGAAGTGCAATAATAGTTTTATTTTTATTTTGAATGGAGTAGTTTTGAACCGATGTTAAGATTTATGGTAAT
GCAATAATAATTTTATTATTTTCATTTTTTATAAAGTGTTTTTAATAATATTAAGATTTATCTCTATGTTTATGTTTTTATTTTCCTATGATTTCTTAATATATTAAATAATTGTTATTAGCTTCTACATTTGTAGTTATGTTGTTTGAAAAATCTTTCTGCAGGATAAGACAACTTAGCTGTCCAGGTCTTCCCTAAAA
GCAAGAGGGACCATGTGGTGATGGTATGATTCAGGAAGAAGCACTGACAAATAATGCTGGGGTTGTGCAAAGAGGGTAGGTCGGGGTTCTAAATAAATTAGAAAATAACTATGGCTCTTGGCTGACCCAGACAACGTCCTGTGGGTGAGTAAATGCAACAAAGACCGGCTTTATTCCATATTCATTGCACTCATATCTCA
TACGGGTACATACATCACACGATACATACATCACACGATAGGAGTAAATAAGgttactattaatggatttcatatatgttacttattttgttgattttttacagtaattaattggtactcttcccatatgtttcagaaccgtatgtttatgtttatgattctggaactattccagGCATATCGTGCCATCATCCTCTGTG
GGGAAGTCAGCTTCTTCAAGGTATGTTTATGTTTTGTTTTGGTTTTATTTTGTTTTTTAACTAGTAGTAATTACTTTTTTATTCTTGTGTTTTTTTCATATGGTTGGATGATCTCACAGAAGACTCTACTTGACTGGTTTGAAAGCTTTGGTTATGTTTTATTTCAATATCGCTTTGGAAATAAATATCCAAGGTATGTC
AACAATAATATTTTCAGAGTTTGATTAAATTATTTAGAAATAATTATTTTATCTGATAAATTTGGATTCTAG

Intron 5 GTGAGGTCCG ... GCTTTTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.85	5	23	0
A2	70.71	3	7	2
A3	83.33	1	5	1
A4	85	1.5	7	0
A5	-1	0	0	0
A6	42.86	4	3	0
A7	59.95	10.5	15	2
A8	65.72	13	23	1
A9	59.53	7.5	10	1
A10	81.82	2	7	0

>TRINITY_DN43353_c1_g1_i19 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTAAATTTAAATTTAAATTTTTAAATATCTTGAATTTATTCTTACTACCATTAACCATTAACATATTAAAAGGAGGAGATGAAAAACTATAACAAAAATATCAATAAAAATAAAAATAAATCAAATCAAATCATAATTCAAAAACAACTAACAAGTAACTAACAAACAATCCAATCCAGTCTAATATAATCATGAAAAA
TAAAATCTAATCATAACTAATGGACAATCTGGAAATTCGAAACTCGTTATTTCAAAAGAAACTCGACTACCTTCACAGACTTGTTGTCATTGCACGCCTGTGAAGGACAGGTGGAAAGTAAATAGATACCGAACGTCGACGGTGATGACGAGGAGACGGGCCCCGCCGGGAGTTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGTA
TGCGTGCAGTAATGTATAAGAATTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGCCTGAAATGGGATCCGTAGGATTTTTTTATTGTTTTCAAAAATCTTGCATTTCAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTATACAGTAATTAATCGGTATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTTAATGACATTGTGATTAGGT
ATGAGAAAGTCTGGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGAACAGCTGCGCAACTCTTTTTAGTCTTTGTGGATGACATCCTGATTCCGGAACTATTCAGCTTTTTAAGGTATGCTTCCCAAAATGTCTTATAACCTCCATTTGCTTCCATTTCTATGAGAAGAAGAGACCGCACTCTGC
TCAGTTAAATTTTATCAATAATGAAAAATGTAAGGCCAACCCATAATTCAATGAGTGTGTCGGTATGGTATGGGGTGTGGTTACTAGTCTAAATTTAATAGACATTCAATAATATAATAGATAATCCCGATTATTGAAACATTGACTTACATGTTATTATGGTTAGTCGTTTACATTTAGTAGATATACATATGATTCGT
GGCTCAGATACGTGGAACTGTTAGGTGTCAGAATTTGAGAGGGTTGTGGTGTAATTTTATGTGCTGGAATATTTTCCTCGGAGTTAATTAACCTCCGCCTGTTTCTCTATCCACGGCCGTTGAGGCCACCAAGTATGGAACATTGGTATGGTCGGCTGGCTTAGTCCACGGGCGTTGCACCTGACAATTCTCTGATATAT
CATTGTAGATCTTCCTCTCTGCTCCTTTCTGCAATGTGAAACTGCCCGAGCATTGGACAGACTAATACAGCCTTCGTGTCAGCTTTGAAGCTTTGAATCGAATTCAGGTGCATTTTTTATTTTATAAATTGTCCTTGTGATGGGTGAGTATTGTTTGATATTCCAACCCTTGCGCCCACTCACGTTTGGTTTTTATAATC
GTTGAATACCTTTAATTAATCGTTTATATAATACCGTTTATTAATCGTTTTTATAATCGTTGAATACCTTTTATTAATCGTTGAAGGAGTATTTTTTGGGACATTAAAAAGGGTTCAATTAGGAACCTATCTATGCAAAACCAATAGGAGCGAGAGATTTAGAACTTTAGAATTTTTTTGAAATACAATAGGAGCGGAGA
GATTTAGAATTTAGAATTGTT

>TRINITY_DN43353_c1_g1_i27 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCAGTTTGGATATGGTATTTTTTGGATATGGTATTTTTTTAGTGATTTAAGATTTATAAGTCTTTTTACATGTTTTTATTTTTACCTTTACTATTTTTAATACACTTAATTTAGGGTTTATCCCTATGTGTATAGTGTTTTACATTGAATTAGTAATAATCATTATTTTTTTTATAGGGTTAGATGATCGCACAGAAAAC
TGAGACTTACATTAAATTTAAATTTAAATTTTTAAATATCTTGAATTTATTCTTACTACCATTAACCATTAACATATTAAAAGGAGGAGATGAAAAACTATAACAAAAATATCAATAAAAATAAAAATAAATCAAATCAAATCATAATTCAAAAACAACTAACAAGTAACTAACAAACAATCCAATCCAGTCTAATATAA
TCATGAAAAATAAAATCTAATCATAACTAATGGACAATCTGGAAATTCGAAACTCGTTATTTCAAAAGAAACTCGACTACCTTCACAGACTTGTTGTCATTGCACGCCTGTGAAGGACAGGTGGAAAGTAAATAGATACCGAACGTCGACGGTGATGACGAGGAGACGGGCCCCGCCGGGAGTTCCTCGAATGGGATTGG
AGGGTTTGTATGCGTGCAGTAATGTATAAGAATTCCTCGAATGGGATCCGAGGGTTTGCCTGTAATGGGATCCGTAGGATTTTTTTGTTGTTTTTAAAAATCTTGCATTTTAATTAATAGATTATTTTGTTGTAACCACCTTCATAGCATCATCTGAGAACGCTGGAATGAGATCCGAGGGTTTGAATGCAGTTTGAAAT
TCAATGATACGATTGTTAAGAAAGCCTGGAATGAGATCATGGATGACATCATGATTTTATAAAGGCATATGTTGCGAGGTCTGCTTTTTATAGATATGTTATTTGGTTTGTTGATTTTAGGATATGGGATCCGTATTTTAATGACATTGTGATTCGGTATACTTATTTTAATGACATTGTGATTAGGTATGAGAAAGTCT
GGCTATGTGGCTGGGTATATGGTGCCATCCTCTCTGTGTCGCGCTGAGgtgaggtccgctccttaggtatcttcatattttgtctatagcaaatggcgtagtaatagttttattttcagtttggatatggtattttttaatgatttaagatttataagttttttacatttttatgattttaaatataattaaaataaaag
tttatctctttgtgtatagtgttttagtttgtgttaattatttttttttcatatggttagatgatcgcacagaaaactggacttagtggatttgttcgattaataaaataaagtagaagaatcactgaatcaaattaatagattattttgttgtaaccaccttgatagcttcatctgagaacgcctccaatgagatccga
gggtttgagtccagtttgaaattcaatgatacaattgttaagaaccctggaatgacatcatggataacatcatgattctataaaggcatcatctatgtggtgaggtctgcttttatcatctatgtggtgaggtctgctttttaagAACAGCTGCGCAACTCTTTTTAGTCTTTGTGGCTGACATCTTGATTCCGGAACTA
TTCAGCTTTTTAAGGTATGCTTCCCAAAATGTCTTATAACCTCCATTTGCTTCCATTTCTATGAGAAGAAGAGACCGCACTCTGCTCAGTTAAATTTTATCAATAATGAAAAATGTAAGGCCAACCCATAATTCAATGAGTGTGTCGGTATGGTATGGGGTGTGGTTACTAGTCTAAATTTAATAGACATTCAATAATAT
AATAGATAATCCCGATTATTGAAACATTGACTTACATGTTATTATGGTTAGTCGTTTACATTTAGTAGATATACATATGATTCGTGGCTCAGATACGTGGAACTGTTAGGTGTCAGAATTTGAGAGGGTTGTGGTGTAATTTTATGTGCTGGAATATTTTCCTCGGAGTTAATTAACCTCCGCCTGTTTCTCTATCCACG
GCCGTTGAGGCCACCAAGTATGGAACATTGGTATGGTCGGCTGGCTTAGTCCACGGGCGTTGCACCTGACAATTCTCTGATATATCATTGTAGATCTTCCTCTCTGCTCCTTTCTGCAATGTGAAACTGCCCGAGCATTGGACAGACTAATACAGCCTTCGTGTCAGCTTTGAAGCTTTGAATCGAATTCAGGTGCATTT
TTTATTTTATAAATTGTCCTTGTGATGGGTGAGTATTGTTTGATATTCCAACCCTTGCGCCCACTCACGTTTGGTTTTTATAATCGTTGAATACCTTTAATTAATCGTTTATATAATACCGTTTATTAATCGTTTTTATAATCGTTGAATACCTTTTATTAATCGTTGAAGGAGTATTTTTTGGGACATTAAAAAGGGTT
CAATTAGGAACCTATCTATGCAAAACCAATAGGAGCGAGAGATTTAGAACTTTAGAATTTTTTTGAAATACAATAGGAGCGGAGAGATTTAGAATTTAGAATTGTT