NA ----> NA

Intron 1 GTTTGGAAAA ... TATATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.81	16	5	5
A2	0	26	0	0
A3	17.95	16	2	5
A4	11.11	8	0	2
A5	6.67	7	1	0
A6	2.58	56.5	0	3
A7	7.43	68.5	5	6
A8	10.95	93.5	12	11
A9	12.57	80	8	15
A10	8.33	33	3	3

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCC
AACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCTTTATGAAGGGAGATTCCACAAATATTGATAAGGGCTTGGGACAATAATCTGTATAGTTATTGTCTCCGGAGT
TGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCATGCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTT
TCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAATGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGGTACATTTGATGGGACTTTTGTATGTTGTAAACAAAGTTTACATGCCTATGTTTCTTTACATGCCAATGTGGTTTATGATGACTCTTTTATTTTTTAATTACAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTC
CTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGgtttggaaaaatgctatgttatcaactctttaggcatcgccattctttaacgtgtgtattgctttacacaccaatatggttaacaatcagaattgcttgctatatttcagATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATG
CCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTTTGACAAATGCTGTGTTCTAAACTGTCATGGCAATTGTGATATATTTACTTTGAGGTTTTCTTTATTGGTGTATTGGATGTTGTATTATTCTTTTTGTTGTGTTGACTCACGACACTTTGCCAGGTAACCATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCT
GCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATACTGAGAAGGGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCTGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCAT
GCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAA
TGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

Intron 2 GTTTGACAAA ... ACTTTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.81	23	0	8
A2	25	18	1	6
A3	45.45	6	6	5
A4	23.08	10	6	3
A5	33.33	10	2	5
A6	33.05	79	8	39
A7	32.48	79	8	38
A8	21.67	94	12	26
A9	33.87	82	17	42
A10	33.33	40	1	20

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TACAACAATCCACAACTGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGGTTTGGAAAATGCTATATTATCAACTCTTTGTCAATTACTCTTTTTTTAGGTATTGCCATTCTTTAAGATGTTTTGCGTTGATGTGTGCAGAGGTGCAACACTCCAC
AACCGTGGCACCAATCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTA
TCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTAACCATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTC

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGGTACATTTGATGGGACTTTTGTATGTTGTAAACAAAGTTTACATGCCTATGTTTCTTTACATGCCAATGTGGTTTATGATGACTCTTTTATTTTTTAATTACAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTC
CTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGGTTTGGAAAAATGCTATGTTATCAACTCTTTAGGCATCGCCATTCTTTAACGTGTGTATTGCTTTACACACCAATATGGTTAACAATCAGAATTGCTTGCTATATTTCAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATG
CCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTGATTTCCAAGgtttgacaaatgctgtgttctaaactgtcatggcaattgtgatatatttactttgaggttttctttattggtgtattggatgttgtattattctttttgttgtgttgactcacgacactttgccagGTAACCATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCT
GCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATACTGAGAAGGGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCTGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCAT
GCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAA
TGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

Intron 3 GTTTGGAAAA ... ATGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.85	3.3	1	9
A2	21.65	13.7	2	5
A3	78.15	3.7	6	14
A4	32.09	8	0	7
A5	46.68	8.7	7	8
A6	26.25	25.3	6	11
A7	20.45	37.7	6	13
A8	18.86	65.7	11	19
A9	26.55	48.3	11	22
A10	30.34	33.7	15	14

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCC
AACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCTTTATGAAGGGAGATTCCACAAATATTGATAAGGGCTTGGGACAATAATCTGTATAGTTATTGTCTCCGGAGT
TGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCATGCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTT
TCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAATGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TACAACAATCCACAACTGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGgtttggaaaatgctatattatcaactctttgtcaattactctttttttaggtattgccattctttaagatgttttgcgttgatgtgtgcagAGGTGCAACACTCCAC
AACCGTGGCACCAATCCAAGGTCAAATGGAGACGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCCAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTAGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCCAACTA
TCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTAACCATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTC

Intron 4 GTACATTTGA ... TTAATTACAG

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A4	0	10	0	0
A5	17.65	7	2	1
A6	10.45	30	7	0
A7	12.5	35	8	2
A8	14.46	71	15	9
A9	7.81	59	6	4
A10	13.33	26	5	3

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTCCTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATGCCTGGTTGATGGCC
AACTATCCAGTTGGTTATTTCCAAGGTAACTATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCTGCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCTTTATGAAGGGAGATTCCACAAATATTGATAAGGGCTTGGGACAATAATCTGTATAGTTATTGTCTCCGGAGT
TGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCATGCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTT
TCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAATGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

>TRINITY_DN45064_c0_g2_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGTAGCATTCCCTTCCGTTGGGTGCAACCTATGGTTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGGATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCGAAGACATCGTATTTTACTGTTTGCTGTTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAA
ATATGGGAGTGATCAGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATCAGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAATGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACA
GCATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAA
TGGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTTGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTACCAGAACTAGATTCATCAGGGATAGAAATGATTACCAGAAACCAACATTTTAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTA
TTTATTTTTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTTGAAATGTTTGATGTGGATGAGTCCATGGATTTTTTTTAGCAAACTTGCAAATGAGTAGAAGTTCGATTATTTCCACAAGAATTGGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGA
TAATATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGTTTGAAGCCTAACGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCGATAATGCTGTTGAGTCATACAATTGCTACCTGGGGACAAACTTCCTATCTGATCGAAGGAAAAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTT
GAACTTTGTTATTGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAAGATACATGAATAACTACAAGAAATAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCTGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAAATCATAATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTATTG
CTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGTTCTATTTATGGCAATCTTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCATTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACGACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCCAGAACCTCAATCTAGATGTCG
GCACCACTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCGTACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAG
TTGGTTGGATGCTCTCAATTCGTCTTTGAAGAGGAAGAAGAGTTTCCTTGGGTCTGCAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGCCCATGCATCTAAATATGGAACATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGG
TGCAACAATCCACAAAGGTGCAACAGTCCACAACAGTGGCGTCAATCCAAAGCCGAAGGGAGAAACACCATCCAACTTTTCTTGCCATGTCAGAGGTACAACAATTCACAACCGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACAC
TCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGCAAGgtacatttgatgggacttttgtatgttgtaaacaaagtttacatgcctatgtttctttacatgccaatgtggtttatgatgactcttttattttttaattacagATACAAGAAATCAAGGAATTGTCCTC
CTTTGAAACATGCCCAACTGGTTGACAAGTCTCCAAGTTATCTGCAAGGTTTGGAAAAATGCTATGTTATCAACTCTTTAGGCATCGCCATTCTTTAACGTGTGTATTGCTTTACACACCAATATGGTTAACAATCAGAATTGCTTGCTATATTTCAGATGTAGGAGATTCTTGTGGCGATCTTCCTCCTACCGAACATG
CCTGGTTGATGGCCAACTATCCAGTTGGTGATTTCCAAGGTTTGACAAATGCTGTGTTCTAAACTGTCATGGCAATTGTGATATATTTACTTTGAGGTTTTCTTTATTGGTGTATTGGATGTTGTATTATTCTTTTTGTTGTGTTGACTCACGACACTTTGCCAGGTAACCATAGAACAAGGGGAGGAGCATCATCTTCT
GCCATGAGAAACCCACCATGGAAGGGCTTCAACTGTAATGTTGACCAATGAGCTATGCACATTTTTCGTTATGAAGGGAGATTCCATAAATACTGAGAAGGGCTTGGGACAATAATCTCTATAGTTATTGTCTCTGGAGTTGCTGCACAGGGCTCAAAATAGAGTACATTGTTTTAGTACTGCTGGGTGACGGTTCCCAT
GCATAGATTTGTGGACTGTTTCATTTCAGACAGAAGACTTCTTTTACACTATGTTAATCAAAGTCAATAATTTTTGTTATCGCTCTAATGGTTCCATTTGTCTCTTAACTTGCAAAATTATAAATCCTACAATGGGGTTTTCATTCCTTGTCACAAATCAAAGTTTCAATATGCCCATCGATTTTTAAGGTTATTTAAAA
TGATATTGTTTGTTAGATTGGTTCTTTTTATTGTGGAAACTATGATGCTTTACATGGTAGGCTATGGGAAATAGA

Intron 5 GTTAGTTTCA ... ATGTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.71	18	14	6
A2	25	12	2	6
A3	50	5	5	5
A4	65.22	4	12	3
A5	53.85	3	5	2
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A7	46.6	38	29	37.3
A8	52.17	57	56	68.3
A9	37.3	38.7	22	24
A10	45.25	25	18	23.3

>TRINITY_DN46268_c1_g1_i7 from sample A8 / Example spliced isoform

GGTTGATCTAGTGGTCAGTGGGTTAATTATAAAGTTTAATTAGTTCACAATTCTCTTTTTTTCACACAGAATTATTTAGTTCCAAAATTATGACAGATTTTCATGCCTTGGGTTTCATTGGCTTCTATCAGCCCTGGTGCTCAGCTTTCTTTGTTTTTCTGGAGTTCATAGTAGAGTCTAGGCTGTTATAATAGGACATT
TCTTTTACATCAAAGTTTTCCACAGTGAAATTTTTGGGCATTGAGATCTGCCTGGGAAATACAGATTTTCCCACTCTCAAGCCTGTAAGCGAGAATGAGGTTGCTGGTATCTTGCCAGCCCCACACAAATATCTGCAAACAACAGCTTGCTTAGACATGTACATACTCCGCCCCCCTCTAGAATTGAACCCGTGACCTCC
AAGGGGATAACACATGTTCTTAACTGTTAGGCCTACTGAGGTTGTACTCTTTAACATCAAAGTTACGTAGAACTAGAGTTTTCCATTAGTTGGCAATCTTTAGGACAATTATCTTTGAGCAGGAGAAAACATTGTGATTTATTCTATCATATAGCTAATTGGTAATAACTGAATTATCTGCTTTTATGCTCTATAAGATC
TTTAACAATTACAATAAAACAAGGGCTCATGGACATCCCTCTTTGGTTGATTTTATATTCTAATATTTCTCAACAAGCATCCATTTGCACATGCAATTGTATTTGCTTTACATAACTGTGTAGAATTTCACCCCTGGAATGTCTTCCCAAAATATTCTGATATTTCCCAACAAACATCCATTTGCACATGCAATTGCATA
TGTTTTATGTAACTGTGTAGCATTGCAATCCTTGAATTTCTTTATAAAACTAAATATTGTGTACTTCATGATAGCTACAAGAATCAATGAGGACATTCATGACACAAGGTACTTAGCCAATAGACAGTAGAAAATATATATTTGAATAATACAATGGTAGAATAGGTACACTGTACAATTCTATGGCAAAACAAATGAGA
GTAGCATTCCCTTCAGTTGGGTGCAACCTATGATTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGTATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAA
TATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAG
CATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAAT
GGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTCGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTGCCAGAACTAGATTCATCAGGGCTAGAAATAATTACCAGAAACCAACATTTCAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTCT
TTATTTCTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTCGAAATGTATGATGTGGATGAAGCAATCCATGGATTTTTTTAGCAAATTTGCAAATGAGTAGAAGTATTTCCACAAGAATTAGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAAT
ATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGGTGAAAGGCTAAAGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCAATAATGCTGTTGAGTCATACCATTGCCACTTGAGGACAAACTTTTTATCTGATCAAGGAAGAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACT
TTGTTATGGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAGGATACATGAATAACTACAGGAAAGAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCAGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAATAAAACAAATTGTGATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTA
TTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACTACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCA
CTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCATACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTT
GGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGAGGTACAAC
AATCCACAACTGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGC

>TRINITY_DN46268_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGTTGATCTAGTGGTCAGTGGGTTAATTATAAAGTTTAATTAGTTCACAATTCTCTTTTTTTCACACAGAATTATTTAGTTCCAAAATTATGACAGATTTTCATGCCTTGGGTTTCATTGGCTTCTATCAGCCCTGGTGCTCAGCTTTCTTTGTTTTTCTGGAGTTCATAGTAGAGTCTAGGCTGTTATAATAGGACATT
TCTTTTACATCAAAGTTTTCCACAGTGAAATTTTTGGGCATTGAGATCTGCCTGGGAAATACAGATTTTCCCACTCTCAAGCCTGTAAGCGAGAATGAGGTTGCTGGTATCTTGCCAGCCCCACACAAATATCTGCAAACAACAGCTTGCTTAGACATGTACATACTCCGCCCCCCTCTAGAATTGAACCCGTGACCTCC
AAGGGGATAACACATGTTCTTAACTGTTAGGCCTACTGAGGTTGTACTCTTTAACATCAAAGTTACGTAGAACTAGAGTTTTCCATTAGTTGGCAATCTTTAGGACAATTATCTTTGAGCAGGAGAAAACATTGTGATTTATTCTATCATATAGCTAATTGGTAATAACTGAATTATCTGCTTTTATGCTCTATAAGATC
TTTAACAATTACAATAAAACAAGGGCTCATGGACATCCCTCTTTGGTTGATTTTATATTCTAATATTTCTCAACAAGCATCCATTTGCACATGCAATTGTATTTGCTTTACATAACTGTGTAGAATTTCACCCCTGGAATGTCTTCCCAAAATATTCTGATATTTCCCAACAAACATCCATTTGCACATGCAATTGCATA
TGTTTTATGTAACTGTGTAGCATTGCAATCCTTGAATTTCTTTATAAAACTAAATATTGTGTACTTCATGATAGCTACAAGAATCAATGAGGACATTCATGACATAAGGTGCTTAGCCAATAGACAGTAGAAAATATATATTTGAATAATACAATGGTAGAATAGGTACACTGTACAATTCTATGGCAAAACAAATGAGA
GTAGCATTCCCTTCAGTTGGGTGCAACCTATGATTGTGATCCTTGACATAGTTTAATATTAATTTAGTATCTGATGGGGTATGTAAAAGTAAAAGTTGAAAGCACTAGACCTAAAATGTGCCATTTTACTAAGGAATCAAAGACACCGTATTTTACTGTTTGCTATTCATTTATACCAAATTGACTTATTCTTGGTTAAA
TATGGGAGTGATCTGAATTGGTTGTGAAAGGAATGATATTTCTCCATTGGCTCAAATAACAAGAGGGGAAATGGCCTGTGAAATGGTGTTTTTCCATTAGCTCAAAATTATAGGTGGGGAAATGGACTGTGAAGTGGTTTTTTTCCACCGAGTCAAAATAATAAGAGGGGAAATCAGTTTTTTGGTTTAAGATTTTACAG
CATCATTTTTAATTCCTACCCTGCAGAATATGGTTTTACAACATGTTCTAGCAATCATAGTAGCAGTCAATCAACTTATTCAGAGTACATAAGCAGAATTGCTTCTGATACAAAACCATAAAAGCCCAACATTGATTCATTAATTCCTTCAGGTAGTTCAAAAGTAGAAAAATACAGGGAACAGAACTGTATTAGGCAAT
GGTACCCTCAGAGCCTTGATTACTCAAGCAGTTAACGACTTCTGTTGGTCACCCCCCATGCTTGTAGAAATTCACTGCACTCGTAGGGGAAGGCATTCCAGTGAAATGTTGCTCTGCCAGAACTAGATTCATCAGGGCTAGAAATAATTACCAGAAACCAACATTTCAATGTCAATTAGCAGTCAACAGGAATTCTTTCT
TTATTTCTTATGCATCTTATATTACATTACATTACAAGTAAATTTCGAAATGTATGATGTGGATGAAGCAATCCATGGATTTTTTTAGCAAATTTGCAAATGAGTAGAAGTATTTCCACAAGAATTAGGTTGTGGGTGATGAGATTTGTATGTGCACAAACTCTTATTGGTTTTTCTATTTTGTCTTTCATAAAGATAAT
ATACTTGCACTAACTTAGTTTTTTACATTTAGGGATGTGGGTGAAAGGCTAAAGAGATTTTTCTTATGCAAATCAGGAGACCAATAATGCTGTTGAGTCATACCATTGCCACTTGAGGACAAACTTTTTATCTGATCAAGGAAGAAATGTGCACGTAGGATGGATTGGTTGTTGTACATGCTCCTAACAAGTGTTGAACT
TTGTTATGGGTTCAAGGAAATTTCGAAAAAAGGATACATGAATAACTACAGGAAAGAAAAACCAATTGAATCCTCATTGGAAGAAGCTAGAAGAATTCCAGATAGTGATTGCAGCCCTCATGAGATCACACCTCATGCTTATTGTGTGAGGAGCCAAACAATAAAACAAATTGTGATAAGAAATACCTTGTCAATTGGTA
TTGCTCAAATTTTATAGTGAGTGAATGCCCATGGTCTATTCATGGCAATATTTGCAAGCATGCCATAAAAGTCAGTTGGTTATATTTCCACTCAAGTGATTCATACCCATTACTTCATTAGGATGCAATGGCTAACACATTCAACTACCCTCCCGAAACACATATGGAGCCCCAGAACCTCAATGTGGATGTCGGCACCA
CTCTTATGGCCATCGATAGTGTTGATGTAGATGTTGAGGCTCTTCATTGGCTAGAAAGGAGTTGTTTAATTACCTACAGTTGATTCAAAACAACCCCCATACTACTTTGAACAAGACCAAACAATTGATTGATATGGTTAAAAAAATGTTGGACGAGGCTAACAATTTACACATTATGGATTTTGACTTCACAGTTGGTT
GGATGCTCTCAATTCCTCTTTGAAGAGGAAGAAAAGTTTCCTTGGGTCTACAAAGAAACAAAGAAGAAAGCAAAACAATGGTTTGGAAATTAATATGAATGTCCATGCATCTAAATATGAACCATTTCAGTTTCAATACCTCATCAGGCGGGGATGTCCTCGATCAAACAATGCATTGCCTATGGTCCCAGgttagtttc
atagattgacgagagtaatgagtttagattagtgtatttagtcatcaccattctgtaacatgtggtgtattattgtttgtagaggtgcaacaatccacaaaggtacatttcatgttacttttcatatgatgtaaaagcaatttttgaattattgtatgtttcatatctatgtgacgtgttcatgtttgtagAGGTACAAC
AATCCACAACTGTGCCGTCAATTCAAAGCCATAGGGAGTTGCAACATGCCCAACTAGTTGACAAGTCTCCAATTGGTGATTTGCAAGAGGTGCAACACTCCACAACCGTGGCGCCAATCCAAGGTCATATGGAGATGCAAGGGCATCCAACTTTTCTTGCTATGC