sp|A2XUW1|CDKG2_ORYSI ----> Cyclin-dependent kinase G-2
Intron 1 GTGAACTTCC ... GTATCAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50 | 21 | 12 | 30 |
| A2 | 21.88 | 25 | 3 | 11 |
| A3 | 34.07 | 30 | 10 | 21 |
| A4 | 42.9 | 8.7 | 4 | 9 |
| A5 | 13.51 | 16 | 0 | 5 |
| A6 | 46 | 27 | 15 | 31 |
| A7 | 57.66 | 29 | 22 | 57 |
| A8 | 50.32 | 39 | 15 | 64 |
| A9 | 41.38 | 39.7 | 20 | 36 |
| A10 | 50.62 | 40 | 30 | 52 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATGGAATTGAGCGGAACGCGTTTGTGGACATTATCTTTTCATCTGTATGATCCCTTGGCCTTCGAACAACTTCAGGAGCCGAATTGATCAACAGAACCTCGAGCAAGATCTGCAAGTGCAAGGGTTTTCCTGGTTTGAATTCCATTAATTTCCCGTTCTTTTCTGTTTTTGAACTAAACAAAGAAGGTCGAGGGGTCGAT
GGCAGCTGCCAGGGTCCATACTTCTTCTTACCCCACTTCTTCTTTAGTCTGTTTTATTGATGGCGAATACAATTACAATCGAAGGGATTCTAAGCATACCGAATACAAAACCCATATCAAGGGAAATGCCCCAAGCAGGGTTAGCAAAAATGGATTGAATACCCAAGGTAGGGTTAGAGGAAATGGGATGGATGCTCCAT
CTAGGGCTAGAGAAATTGGAATGAATACGCCAATCGGGGCTAGAGAAAATGCAGTGGCCAGGGTTAAGGATGACAGGGAAGTGGCTAAACATGGCTGGTGTCTTTCACCCGGCAGGATTTATTCTGGTTCCGTCGATGGAGACAAGGAGTTAGGGGAGATATCTAGCGAAAGTAGCTCTGAAGATGTTGGTAACATCTTC
GATTCTCTTTCAAATGGTTGCAGCGAGGTGCTGAAACGACATTCAATAAGCAAAAGGAAGAATTCATCTTCTCCTAACACTGAAGATGATTTTCCATTGTCGGTGGATGAGTGTAAGCCAGGGCAGATCCTTGAAACCCCCAAATCTTCGGACGGAGAGGATGTCTTTGTGATGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGT
TGACATGGACAGCCCATGCAACAGTCGAGATAGGAAGAAAATGAGGCTTTCCTTGGATCGGCATGGAGCAGATGACAGAGACGCGTTTGCAAGGCCAAACATCGTGGCTTCGCGCTGGGTTGACATAGACAGCCCCTGCAACAATCAAGAGACAGACAGAATGAGGATTTCTTCGGTTCTAAGTGGAGGCAGAGTTAAGT
TTTTGTCTTCAGATTCTCGAGAATCGATCAGATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTTTGTGTTCTGACAGCGATGGAGGGCAGGAGAGTGGCAGTTGTAGGGTAGGAGGAAGTGAGCGCTGCAGTGATTCTGAGTTTGATCACAGAGTGTCTCTGGATTTTGATAAGGAAGATGAGTTTTGTGGATCGGAGTCC
CATGTGACATCGCCCACTGCTACCCCGATGTTGGCCTGTCTATCGGCTCTGCCGGCAGTTAGGAGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAACGTTGACGAGTTTAAGAAACTTAATAAGATAAACGAGGGAACATATGGTGTAGTATATCGAGCTAGGGATATTAAATCTGGCGAGGTTGTTGCATTGAAAAAGGTGAA
AATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATGAATGTATTGTTGTCATTGCAGCATCCTTGTGTTGTTAATGTAAAGGAGGTAGTTGTAGGCAGCAATTTAGATGACATATTTATGGTGATGGAGTATATGGACCATGACCTGAAGGGTTTTATGGAATCAATGAAACAGCCTTTCAGCTTAA
GTGAAGTTAAAAGCCTGATGCTGCAACTTCTGGAGGGTGTCAGTTACCTCCATGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTAC
AGAGCGCCTGAGCTTCTTTTGGGAGCAAAGAAGTACTCAACTGCTGTGGATATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTTTATCAAAAGAGCCTCTCTTTAGGGGAAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGG
AGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAAT
CAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGATGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCGGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGGGGAAATTGCACAGAAGGGAATTAT
AGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGT
ATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCT
TAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACG
AGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAGTG
TGAGATGCTTGAATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTTGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCAT
TGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTC
AGAGTTCGAAATCAAAATATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACA
AACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACA
TCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATATAACTATATAGAGTCATGAAGATAATATCTTGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCGG
CTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAGTGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGATGGATTTGTACCTTGGCTTAATACAAGAGTTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAA
GGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGTATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTATAGACAATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTTTGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTG
ATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCAGAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCACGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTATATTTTCAAAATTGAGTGAAACCCGTGTAAAGCGAATAACTGTGTTTGTAGATAGCAGCTGTCTTTGTTCCATTTGGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAG
ATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTCAGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTTTTCCTCCAAGGGTGTCCTCCTTTATGATCATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCCACTCGGCACATACTGT
ATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGTTGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTGATTGCAAAGGCATCATGTTATGGTTTGTGTGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGC
ACGATGCATCATTCAGTGGAGCTAAATATTGCAGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGAAGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACACGCCCTTGTGGTTGCATGTTTAGATTTAATCTGATTGCAAAGACTGTTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACATGTT
TCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTTTTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATATAGTGACCTTATTTAGTTGTATATTGGAATGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAACATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATAT
TGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGTCTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCATTATAGATTATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTAGCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATTTTTCAG
CAA
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATTACAGCAAGgtgaacttccaactgggagtttgtttcattgtttatacttgccagtgaatccttttttgaggaactattgtatcataaggaagagtttgtttttgatgtatcaatagACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGA
TCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATT
GTGTAAATAGTGATTTGTACCATA
Intron 2 GTATTCATCA ... ACTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.69 | 53.4 | 11 | 19 |
| A2 | 25.14 | 69.4 | 16 | 24 |
| A3 | 24.59 | 60.6 | 20 | 17 |
| A4 | 30.06 | 51.8 | 26 | 15 |
| A5 | 25.85 | 42.8 | 12 | 15 |
| A6 | 25 | 41.8 | 5 | 20 |
| A7 | 18.16 | 60.4 | 12 | 12 |
| A8 | 18.45 | 61.4 | 11 | 14 |
| A9 | 25.61 | 31.8 | 7 | 12 |
| A10 | 20.27 | 74.4 | 12 | 22 |
>TRINITY_DN122318_c3_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoformTGAATATAAAATTAATAAAAAAAACCCTTTAAAATCCCTATCACATTTTGAAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGC
AATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGTGTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAA
ATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTAAAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATG
ACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAAAAGGAGATGGGGGAGATTTCTGGCGGAAGTAGCTCTGAAGATGTTAGTAACATCTTCAATTCTCATACAAATGGCTGCAGCGAGGTGCGGAAAGGAAATTATTCGAGAAAGAGGAAGTATTCATCTTCTCCTAAAATTGGAGATGGTTGT
CCAATGGTGGATGAGTGTGAGCCAGGGCAGATTATTGAAACCCCCAAAGCCCCTGATGCAGAAGACGTGTTTCCAAAGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGCTGACTTTGACAGCCCCTGCAATAGTCAAGAGGGGAAAAGGGCAAGGCTTTCTTCTCATCGGTGTGAACTAGATGAAAAGGGTGAGTTTGGCAGGCC
AAACATTGTGGCATCGCGCTGGGCTGACATTGAAAGCCCCTGCAACAGTCAAGAGACCAACGGGGTGATGATTTCTTCGGATCGGAGTGGAGGTGAAGGTAAGTCGCTGTCGCTGGATTCTGAAGAACTGATCAAATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTGCGAGTTCTGATAGTGATGGAGGGCAGGGGAGTG
GCAGAAGTTGTAGTTCGGGAGGAAGTGAACACTGTGATGGTCGTAAGTTTGATTGCAGAGAACCGCTGGACGTGGAAAAGGAAGATGGTTTCGAAGATGAGTGTTGTGGATCCGAGTCCCACGTGACTTTGCCTACGGTAACGCCTGTGTTGCCACCCCCATTGTCTCTGCCAAAAGCTAGGGGGATTGATATGATGCAA
GGTTGCAGGAGAGTCGAGGAATTTACGAAACTCAACAGGATAAACGAGGGGACATATGGTGTAGTGTATCGAGCTAGGGATAATACATCTGGTGAGATGGTTGCATTGAAAAAGGTGAAAATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATAAATGTGTTGTTGTCATTGCAGCATCCGTGCAT
TGTTAACGTAAAGGAAGTAGTCGTAGGCAGCAATTTAGATAGCATATTTATGGTGATGGAGTATATGGAACATGACCTAAAGTGTTTTATGGAAACAATGAAACAGCGTTTCAGCTTGAGTGAAGTTAAAAACCTGATTCTGCAACTTCTGGAGGGCGTCAATTGCCTCCACGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGA
AGACGTCGAATCTTCTCTTAAACAATAAAGGGGAGTTAAAGATCTGTGACTTTGGCCTTGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTACACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCAGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAG
CTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAAAGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGACCAAC
TTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATT
TAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGTGGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAACTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTGGAAGG
ACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTCAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATGAAACT
TGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTTTATAT
AGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGTATTAGTTCCAGCTCGTTTGAGAAGGGACAGACTTGTTGAAATGATATTGCTACTGGTAAAACTTCGACAGAATTGTTGTGTAGTCCAGCCAAGGAATGACATTTGAGGTATACTCTATTCCCACTTTTTTTATTGTCTTATTTTTATAAATTATTTGCTTC
CTAAGATGGTATATGACATAAATAATATTATAGAAGTTGCTGCATAGTTGTTTTTGCTTGTTAGACATTATGTAAGTGGCTGCTGAAGGTTGTTTGGTATGGATAGATGGCAAGATAAATCCCCATTTAGAATTTGTCGGGTGACCCAGTGTTGTATCCCAAGTCAATGTCCTTAGGTGTTATTATATTATTGCAACAGA
CTCTAGGATGAATCCTGCCATGGGTTGTATTCAGCTGGGCTTCACCTTTTCTTGGATATCAGCTGAATAATGTATTTATGTAGCATTTGCATTTGTAGAAATAAGATTCAAGTAGCAGCCCACAGGGGGAGAGCAATTGGTAATGAGTAATTGAATTGAGAAGTTGTAAATGGAAGGTCACAATTTCAAATCTATGTGAG
TACTTACAAAAAAAATAAGACTCAAGTAGCCAGTAATATCATGCA
>TRINITY_DN122318_c3_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGAATATAAAATTAATAAAAAAAACCCTTTAAAATCCCTATCACATTTTGAAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGC
AATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGTGTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAA
ATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTAAAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATG
ACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAAAAGGAGATGGGGGAGATTTCTGGCGGAAGTAGCTCTGAAGATGTTAGTAACATCTTCAATTCTCATACAAATGGCTGCAGCGAGGTGCGGAAAGGAAATTATTCGAGAAAGAGGAAGTATTCATCTTCTCCTAAAATTGGAGATGGTTGT
CCAATGGTGGATGAGTGTGAGCCAGGGCAGATTATTGAAACCCCCAAAGCCCCTGATGCAGAAGACGTGTTTCCAAAGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGCTGACTTTGACAGCCCCTGCAATAGTCAAGAGGGGAAAAGGGCAAGGCTTTCTTCTCATCGGTGTGAACTAGATGAAAAGGGTGAGTTTGGCAGGCC
AAACATTGTGGCATCGCGCTGGGCTGACATTGAAAGCCCCTGCAACAGTCAAGAGACCAACGGGGTGATGATTTCTTCGGATCGGAGTGGAGGTGAAGGTAAGTCGCTGTCGCTGGATTCTGAAGAACTGATCAAATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTGCGAGTTCTGATAGTGATGGAGGGCAGGGGAGTG
GCAGAAGTTGTAGTTCGGGAGGAAGTGAACACTGTGATGGTCGTAAGTTTGATTGCAGAGAACCGCTGGACGTGGAAAAGGAAGATGGTTTCGAAGATGAGTGTTGTGGATCCGAGTCCCACGTGACTTTGCCTACGGTAACGCCTGTGTTGCCACCCCCATTGTCTCTGCCAAAAGCTAGGGGGATTGATATGATGCAA
GGTTGCAGGAGAGTCGAGGAATTTACGAAACTCAACAGGATAAACGAGGGGACATATGGTGTAGTGTATCGAGCTAGGGATAATACATCTGGTGAGATGGTTGCATTGAAAAAGGTGAAAATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATAAATGTGTTGTTGTCATTGCAGCATCCGTGCAT
TGTTAACGTAAAGGAAGTAGTCGTAGGCAGCAATTTAGATAGCATATTTATGGTGATGGAGTATATGGAACATGACCTAAAGTGTTTTATGGAAACAATGAAACAGCGTTTCAGCTTGAGTGAAGTTAAAAACCTGATTCTGCAACTTCTGGAGGGCGTCAATTGCCTCCACGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGA
AGACGTCGAATCTTCTCTTAAACAATAAAGGGGAGTTAAAGATCTGTGACTTTGGCCTTGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTACACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCAGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAG
CTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGgtattcatcactaggcctttcattggtttactgcattcatttcatttaaacattttcatttctgggagtatttctttatttgaacattttcatttctgggagtatttctttatttaaaacattttcatttccagtgagtattt
ctttattgacgtgttcattggcttttattactgttgcagATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAAAGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGACCAACTTTATCTGAGGCTGGATT
TGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGA
GAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGTGGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAACTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTGGAAGGACTGCCATGGGGAGCTCC
AATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTCAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATGAAACTTGTGTAAATAGTGATTTG
TACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTTTATATAGAGTGCAAAGGGTTCGG
GACAAATAACTGCTTGAAAGTATTAGTTCCAGCTCGTTTGAGAAGGGACAGACTTGTTGAAATGATATTGCTACTGGTAAAACTTCGACAGAATTGTTGTGTAGTCCAGCCAAGGAATGACATTTGAGGTATACTCTATTCCCACTTTTTTTATTGTCTTATTTTTATAAATTATTTGCTTCCTAAGATGGTATATGACA
TAAATAATATTATAGAAGTTGCTGCATAGTTGTTTTTGCTTGTTAGACATTATGTAAGTGGCTGCTGAAGGTTGTTTGGTATGGATAGATGGCAAGATAAATCCCCATTTAGAATTTGTCGGGTGACCCAGTGTTGTATCCCAAGTCAATGTCCTTAGGTGTTATTATATTATTGCAACAGACTCTAGGATGAATCCTGC
CATGGGTTGTATTCAGCTGGGCTTCACCTTTTCTTGGATATCAGCTGAATAATGTATTTATGTAGCATTTGCATTTGTAGAAATAAGATTCAAGTAGCAGCCCACAGGGGGAGAGCAATTGGTAATGAGTAATTGAATTGAGAAGTTGTAAATGGAAGGTCACAATTTCAAATCTATGTGAGTACTTACAAAAAAAATAA
GACTCAAGTAGCCAGTAATATCATGCA
Intron 3 GTGAAGTTGC ... GTATCCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.65 | 31 | 51 | 53 |
| A2 | 66.74 | 26.2 | 44.2 | 61 |
| A3 | 67.5 | 26 | 58 | 50 |
| A4 | 62.57 | 32 | 53 | 54 |
| A5 | 62.86 | 13 | 27 | 17 |
| A6 | 77.23 | 29.8 | 81 | 121 |
| A7 | 76.31 | 25.8 | 73 | 93 |
| A8 | 76.4 | 21 | 63 | 73 |
| A9 | 59.69 | 26 | 33 | 44 |
| A10 | 81.74 | 20 | 79 | 100 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGCAATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGT
GTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAAATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTA
AAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATGACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAA
AAGGAGATGGGGGAGATTTCTGGCGGAAGTAGCTCTGAAGATGTTAGTAACATCTTCAATTCTCATACAAATGGCTGCAGCGAGGTGCGGAAAGGAAATTATTCGAGAAAGAGGAAGTATTCATCTTCTCCTAAAATTGGAGATGGTTGTCCAATGGTGGATGAGTGTGAGCCAGGGCAGATTATTGAAACCCCCAAAGC
CCCTGATGCAGAAGACGTGTTTCCAAAGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGCTGACTTTGACAGCCCCTGCAATAGTCAAGAGGGGAAAAGGGCAAGGCTTTCTTCTCATCGGTGTGAACTAGATGAAAAGGGTGAGTTTGGCAGGCCAAACATTGTGGCATCGCGCTGGGCTGACATTGAAAGCCCCTGCAACAGTC
AAGAGACCAACGGGGTGATGATTTCTTCGGATCGGAGTGGAGGTGAAGGTAAGTCGCTGTCGCTGGATTCTGAAGAACTGATCAAATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTGCGAGTTCTGATAGTGATGGAGGGCAGGGGAGTGGCAGAAGTTGTAGTTCGGGAGGAAGTGAACACTGTGATGGTCGTAATTTT
GATTGCAGAGAACCGCTGGACGTGGAAAAGGAAGATGGTTTCGAAGATGAGTGTTGTGGATCCGAGTCCCACGTGACTTTGCCTACGGTAACGCCTGTGTTGCCACCCCCATTGTCTCTGCCAAAAGCTAGGGGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAGAGTCGAGGAATTTACGAAACTCAACAGGATAAACGAGGG
GACATATGGTGTAGTGTATCGAGCTAGGGATAATACATCTGGTGAGATGGTTGCATTGAAAAAGGTGAAAATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATAAATGTGTTGTTGTCATTGCAGCATCCGTGCATTGTTAACGTAAAGGAAGTAGTCGTAGGCAGCAATTTAGATAGCATATTTA
TGGTGATGGAGTATATGGAACATGACCTAAAGTGTTTTATGGAAACAATGAAACAGCGTTTCAGCTTGAGTGAAGTTAAAAACCTGATTCTGCAACTTCTGGAGGGCGTCAATTGCCTCCACGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAGACGTCGAATCTTCTCTTAAACAATAAAGGGGAGTTAAAGATCTGTGAC
TTTGGCCTTGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGGTATTGTAAACAGCAACTGCTAAACTGTATTGTATTTTGTTGTGTTTCTGCTAAACTGTGCAAATTTGTTTCATAGTTTTTTTTTCAATTTCCGGTGCCTATAGGTGGGATTCTAAGAGAAAAGTAAAT
TCTAATTGTTCAATTTTTTTGTGTGGATTGTAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCTGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAA
AGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGACCAACTTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCAT
GAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTG
GAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATG
AAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTT
TATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGGTAATCTCGCTGATTTAAAATTTTTATATTTCTACTCAATACCAGTGTTTTAAAGGAATGCTGGCATAAGAGATTTAAGGACTGTGTTTGCGCAGTCTTCTTTGCTTTGGGCTGTTCTTTCTGGCTTTTATTATCTATTCAAAATGGCATTGTAATA
AATACTTGAAATTGTTATATGATAATCTTGGTATTTTGATTTCACCATCCTCGGTGACATCTGACAACTTACCAGACAACTTACAAGAGGCACTATTTATTTCTAGACTGTAAAAATACAACAGAGACTGTTCAAACATGTTTAGTTGTCTCTAAGATGGTAGGTTCTGGTTGTACCAAAAGGAGTGAGGTGCTGTACAG
TCCAGTATGGGGGAGATGTTACGCAATGTAATGTAATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACC
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAATTGGGTTTTACACAGGTGACGTATTGCCTGAAGAGTTTTTTCTGTTTGTCAATGATTTCCCCATTTTTTATTAAATTTTACTGGAGGAAGTTAAATCGGAATTTAAATAAAAGAGCTTTGGAAGTAGTCCATATGTTTGAATTCTCAAAGAAATTGACATGAAATTTTAATTTTTTTATGAAAATTTGGAATAAGTC
AGAGATTGATAATTCTTTGACTCGCTGTATGACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGGTATTGTAAACAGCAACTGCTAAACTGTATTGTATT
TTGTTGTGTTTCTGCTAAACTGTGCAAATTTGTTTCATAGTTTTTTTTTCAATTTCCGGTGCCTATAGGTGGGATTCTAAGAGAAAAGTAAATTCTAATTGTTCAATTTTTTTGTGTGGATTGTAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCTGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGG
CAGAGCTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAAAGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGA
CCAACTTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGA
TCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGgtgaagttgctactagtggcttgtttcgttgatttttcttgccagtgaatcctattttgaggaactagtgtatcataaggcagagtttgtttttgatgtatccatagACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTG
GAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATG
AAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTT
TATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGGTAATCTCGCTGATTTAAAATTTTTATATTTCTACTCAATACCAGTGTTTTAAAGGAATGCTGGCATAAGAGATTTAAGGACTGTGTTTGCGCAGTCTTCTTTGCTTTGGGCTGTTCTTTCTGGCTTTTATTATCTATTCAAAATGGCATTGTAATA
AATACTTGAAATTGTTATATGATAATCTTGGTATTTTGATTTCACCATCCTCGGTGACATCTGACAACTTACCAGACAACTTACAAGAGGCACTATTTATTTCTAGACTGTAAAAATACAACAGAGACTGTTCAAACATGTTTAGTTGTCTCTAAGATGGTAGGTTCTGGTTGTACCAAAAGGAGTGAGGTGCTGTACAG
TCCAGTATGGGGGAGATGTTACGCAATGTAATGTAATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACC
Intron 4 GTAATTTTGC ... CTCTAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62.5 | 12 | 22 | 18 |
| A2 | 75 | 9 | 31 | 23 |
| A3 | 86.05 | 3 | 18 | 19 |
| A4 | 80.39 | 5 | 24 | 17 |
| A5 | 65 | 7 | 22 | 4 |
| A6 | 41.26 | 42 | 28 | 31 |
| A7 | 35.48 | 30 | 23 | 10 |
| A8 | 43.43 | 56 | 44 | 42 |
| A9 | 47.17 | 28 | 29 | 21 |
| A10 | 41.94 | 18 | 18 | 8 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATGGAATTGAGCGGAACGCGTTTGTGGACATTATCTTTTCATCTGTATGATCCCTTGGCCTTCGAACAACTTCAGGAGCCGAATTGATCAACAGAACCTCGAGCAAGATCTGCAAGTGCAAGGGTTTTCCTGGTTTGAATTCCATTAATTTCCCGTTCTTTTCTGTTTTTGAACTAAACAAAGAAGGTCGAGGGGTCGAT
GGCAGCTGCCAGGGTCCATACTTCTTCTTACCCCACTTCTTCTTTAGTCTGTTTTATTGATGGCGAATACAATTACAATCGAAGGGATTCTAAGCATACCGAATACAAAACCCATATCAAGGGAAATGCCCCAAGCAGGGTTAGCAAAAATGGATTGAATACCCAAGGTAGGGTTAGAGGAAATGGGATGGATGCTCCAT
CTAGGGCTAGAGAAATTGGAATGAATACGCCAATCGGGGCTAGAGAAAATGCAGTGGCCAGGGTTAAGGATGACAGGGAAGTGGCTAAACATGGCTGGTGTCTTTCACCCGGCAGGATTTATTCTGGTTCCGTCGATGGAGACAAGGAGTTAGGGGAGATATCTAGCGAAAGTAGCTCTGAAGATGTTGGTAACATCTTC
GATTCTCTTTCAAATGGTTGCAGCGAGGTGCTGAAACGACATTCAATAAGCAAAAGGAAGAATTCATCTTCTCCTAACACTGAAGATGATTTTCCATTGTCGGTGGATGAGTGTAAGCCAGGGCAGATCCTTGAAACCCCCAAATCTTCGGACGGAGAGGATGTCTTTGTGATGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGT
TGACATGGACAGCCCATGCAACAGTCGAGATAGGAAGAAAATGAGGCTTTCCTTGGATCGGCATGGAGCAGATGACAGAGACGCGTTTGCAAGGCCAAACATCGTGGCTTCGCGCTGGGTTGACATAGACAGCCCCTGCAACAATCAAGAGACAGACAGAATGAGGATTTCTTCGGTTCTAAGTGGAGGCAGAGTTAAGT
TTTTGTCTTCAGATTCTCGAGAATCGATCAGATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTTTGTGTTCTGACAGCGATGGAGGGCAGGAGAGTGGCAGTTGTAGGGTAGGAGGAAGTGAGCGCTGCAGTGATTCTGAGTTTGATCACAGAGTGTCTCTGGATTTTGATAAGGAAGATGAGTTTTGTGGATCGGAGTCC
CATGTGACATCGCCCACTGCTACCCCGATGTTGGCCTGTCTATCGGCTCTGCCGGCAGTTAGGAGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAACGTTGACGAGTTTAAGAAACTTAATAAGATAAACGAGGGAACATATGGTGTAGTATATCGAGCTAGGGATATTAAATCTGGCGAGGTTGTTGCATTGAAAAAGGTGAA
AATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATGAATGTATTGTTGTCATTGCAGCATCCTTGTGTTGTTAATGTAAAGGAGGTAGTTGTAGGCAGCAATTTAGATGACATATTTATGGTGATGGAGTATATGGACCATGACCTGAAGGGTTTTATGGAATCAATGAAACAGCCTTTCAGCTTAA
GTGAAGTTAAAAGCCTGATGCTGCAACTTCTGGAGGGTGTCAGTTACCTCCATGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTAC
AGAGCGCCTGAGCTTCTTTTGGGAGCAAAGAAGTACTCAACTGCTGTGGATATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTTTATCAAAAGAGCCTCTCTTTAGGGGAAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGG
AGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAAT
CAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGATGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCGGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGGGGAAATTGCACAGAAGGGAATTAT
AGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGT
ATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCT
TAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAGTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACG
AGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTTAAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAGTG
TGAGATGCTTGAATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACAAGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTTGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCAT
TGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGCATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTC
AGAGTTCGAAATCAAAATATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAATTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACA
AACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTCAGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACA
TCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATATAACTATATAGAGTCATGAAGATAATATCTTGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCGG
CTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAGTGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGATGGATTTGTACCTTGGCTTAATACAAGAGTTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAA
GGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGTATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTATAGACAATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTTTGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTG
ATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCAGAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCACGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTATATTTTCAAAATTGAGTGAAACCCGTGTAAAGCGAATAACTGTGTTTGTAGATAGCAGCTGTCTTTGTTCCATTTGGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAG
ATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTCAGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTTTTCCTCCAAGGGTGTCCTCCTTTATGATCATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCCACTCGGCACATACTGT
ATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGTTGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTGATTGCAAAGGCATCATGTTATGGTTTGTGTGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGC
ACGATGCATCATTCAGTGGAGCTAAATATTGCAGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGAAGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACACGCCCTTGTGGTTGCATGTTTAGATTTAATCTGATTGCAAAGACTGTTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACATGTT
TCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTTTTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATATAGTGACCTTATTTAGTTGTATATTGGAATGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAACATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATAT
TGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGTCTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCATTATAGATTATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTAGCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATTTTTCAG
CAA
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGGAATTGAGCGGAACGCGTTTGTGGACATTATCTTTTCATCTGTATGATCCCTTGGCCTTCGAACAACTTCAGGAGCCGAATTGATCAACAGAACCTCGAGCAAGATCTGCAAGTGCAAGGGTTTTCCTGGTTTGAATTCCATTAATTTCCCGTTCTTTTCTGTTTTTGAACTAAACAAAGAAGGTCGAGGGGTCGAT
GGCAGCTGCCAGGGTCCATACTTCTTCTTACCCCACTTCTTCTTTAGTCTGTTTTATTGATGGCGAATACAATTACAATCGAAGGGATTCTAAGCATACCGAATACAAAACCCATATCAAGGGAAATGCCCCAAGCAGGGTTAGCAAAAATGGATTGAATACCCAAGGTAGGGTTAGAGGAAATGGGATGGATGCTCCAT
CTAGGGCTAGAGAAATTGGAATGAATACGCCAATCGGGGCTAGAGAAAATGCAGTGGCCAGGGTTAAGGATGACAGGGAAGTGGCTAAACATGGCTGGTGTCTTTCACCCGGCAGGATTTATTCTGGTTCCGTCGATGGAGACAAGGAGTTAGGGGAGATATCTAGCGAAAGTAGCTCTGAAGATGTTGGTAACATCTTC
GATTCTCTTTCAAATGGTTGCAGCGAGGTGCTGAAACGACATTCAATAAGCAAAAGGAAGAATTCATCTTCTCCTAACACTGAAGATGATTTTCCATTGTCGGTGGATGAGTGTAAGCCAGGGCAGATCCTTGAAACCCCCAAATCTTCGGACGGAGAGGATGTCTTTGTGATGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGT
TGACATGGACAGCCCATGCAACAGTCGAGATAGGAAGAAAATGAGGCTTTCCTTGGATCGGCATGGAGCAGATGACAGAGACGCGTTTGCAAGGCCAAACATCGTGGCTTCGCGCTGGGTTGACATAGACAGCCCCTGCAACAATCAAGAGACAGACAGAATGAGGATTTCTTCGGTTCTAAGTGGAGGCAGAGTTAAGT
TTTTGTCTTCAGATTCTCGAGAATCGATCAGATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTTTGTGTTCTGACAGCGATGGAGGGCAGGAGAGTGGCAGTTGTAGGGTAGGAGGAAGTGAGCGCTGCAGTGATTCTGAGTTTGATCACAGAGTGTCTCTGGATTTTGATAAGGAAGATGAGTTTTGTGGATCGGAGTCC
CATGTGACATCGCCCACTGCTACCCCGATGTTGGCCTGTCTATCGGCTCTGCCGGCAGTTAGGAGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAACGTTGACGAGTTTAAGAAACTTAATAAGATAAACGAGGGAACATATGGTGTAGTATATCGAGCTAGGGATATTAAATCTGGCGAGGTTGTTGCATTGAAAAAGGTGAA
AATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATGAATGTATTGTTGTCATTGCAGCATCCTTGTGTTGTTAATGTAAAGGAGGTAGTTGTAGGCAGCAATTTAGATGACATATTTATGGTGATGGAGTATATGGACCATGACCTGAAGGGTTTTATGGAATCAATGAAACAGCCTTTCAGCTTAA
GTGAAGTTAAAAGCCTGATGCTGCAACTTCTGGAGGGTGTCAGTTACCTCCATGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTAC
AGAGCGCCTGAGCTTCTTTTGGGAGCAAAGAAGTACTCAACTGCTGTGGATATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTTTATCAAAAGAGCCTCTCTTTAGGGGAAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGG
AGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAAT
CAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCGGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGTGGAAATTACGCAGAAGGGAATTAT
AGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACATCATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGT
ATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCATGAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCT
TAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAGgtaattttgctgacctaaaatttatggttctacttaataacagttctttgatggtaatcattagtggcgttaa
agctattgctggcagctgggaaagttgaggaatccaggcatgagagatttaaggactgtctttgtgtgatctctcttgcttggcggtgtatttgttgttttgttttaattatatattcaaaatgacatcgtgacatgcataaaattgttatatggtaagctgagtaattttgatttcaccatcctgggagacaatttaca
agagctattgttatctctaaacagTACATTTCCAACAAACACAGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGATTGCAATCCGACGAGTCCTGGGTAATGTGTAAAGCATTGGTTGTGATATAAATCCTTTAGTGAAATTATTACTTTATGCAAAACATTGTCTACTTTGCCATTAAGGAGTAATTTTT
AAGTTGATGCAGGCATGAGAGATTCAAAGACTCTATTTGTGTGATTTTTCTTGCTTTGGGGTGGATTTAATCTGATGTGAAAATTAAAATAACAATGTGAGATGCTTGAAATTGTTATGGTAAGCTCAGTGATTTTGATTTCACCTTCATTGGGTACAATTTGCAAGAGGGAGCGTTTATCAATAGGCAGTAAATATACA
AGAGAGACTGTTTGAGCATGTGCAGTTATCTGTAAGATGGCAGGTTCTGGTTGCAATCTGATGAACCTTGGGCAAATGTGTAAAGCATTGATTAGCATTGGTTTGGGTATTTAAATGGTTTTAGTGAAAGTATTACTTTATGCAAAACATTGGTTTACTTTGCCAATAAGGAGTAACTAAGTTGTCTGTGACTTCTGGGC
ATTAAAAAGTTTTTATAAAGATTATTTTTTCTGGTTTGATTTTTCACAGACTTTTTAATTTTAAATTTTCCAAGAAAAAATCTTATATTCAATATTTCAGAGTTCGAAATCAAAATATACATTAAGCTGTCCTGGACGGGCTCAAAATCAGGAACAATTTCTGCATTGTCTGCAACAGAAATAGAACAAAGTCTACATAA
TTACAGTCTTCCTTTACTATCAGAAAGATACTAAAATCAACATAAAAAATGAACAACATACATATCCCTAATGAACTATAAGGACCTCCAAGGTTACAAACACATGGTCTGAAAGTCCTCTTCATCATGAACTGTTGGCAATGTGAATTAATACAAAGTTTTCTGAAGCTGAAAGGAGAGTGTTTTTGCCTCCTCGATTC
AGGTTCACTTAAGGTACCTTCCTCCAAAAACAAAGCTTCTAGACAGTTTATCCATTTTCGAGTTAAATTCTTGGTAAATACTAGAAAAAGTAATAACATCAAAAGTGTTCTTTTTTCACTGACTTATGTATAGGAGCATTATATTGGTATGTATTTCTGTCTTTGAGAGCTGATAATAATTGGATACATGATATAACTAT
ATAGAGTCATGAAGATAATATCTTGTACTGTGCTTGCTTTGAAATGTAATATTGATAATAGCTTGTACTGTGCTTGCTTTGATTATTGTGGTATTCGGCTACATTGTCAATGTGTTCTAACTTCTGATAGTGAATATTAATAGTATGCTGGTGTCTAGACAATATCTTAGCATGTAAAATGTCTTTCGTATTGATGGATT
TGTACCTTGGCTTAATACAAGAGTTATTCAGCTATATCTGTCAGTGTCATCTGGTAGTGAATCTCAGTACTATTTCTAGTGAATCTGAGCATGTAAAAGGTCTTTTGCAGTGATGGACTTGGGCCTTTGTATAAAACAAGGGTATTCAGCTACATTTGTCGGTGTGTTCTGATAGTGAATCTTAGTACTATGTATAGACA
ATAGTTTAGCATGTAAAGTCTTTTGGAGTGATGGAGTTGTTCCTTTGTTTAATCATGCTTAAGGTCCACTTTGAAGACTAGGTGATTTTCTAACCTTGATGATTTGAACAATGCTTTTACCTTATTTTCAGAAATTAGTATGCTCAAACTATATGCATCACGGGAGTGGATTATCTATTATGAATCGTATTTTATATTTT
CAAAATTGAGTGAAACCCGTGTAAAGCGAATAACTGTGTTTGTAGATAGCAGCTGTCTTTGTTCCATTTGGGATTAATTAAACCTCTCAGAAGCTCAGATTTTGATTTGCTCAAGATACATAGTCTTCTCAGTTACTCATGTGATGAATTTGTAAGAACCATGGTTTACCATATTAGGTTCTAGAGTAAGAGTTTTCCTC
CAAGGGTGTCCTCCTTTATGATCATGATGCTGATCCTTGTAAGAGTTTTACTTCACATAATATAAATTTTCACAGTATGGCCACTCGGCACATACTGTATTATAATTTTTTATTACTATTTTCGTATAGTTGTGATTGCATTCTTCAACATGCCTAATATTTCAGCAAAGAGTAACATGTTTGGTCTTATTTTGATTGCA
AAGGCATCATGTTATGGTTTGTGTGTGTAATTGGTCTCTACTTGATTGATGCAACAAGCATTTACTTTTGAGAAGAGGTTTTGTGTTTTGATGGTTGCACGATGCATCATTCAGTGGAGCTAAATATTGCAGCATATATAGTGCCCTTTATTGAGTTGCATGTGTGGAAGCCCTTGTGATTGCATTCTTCAACACGCCCT
TGTGGTTGCATGTTTAGATTTAATCTGATTGCAAAGACTGTTATGGTTTATGTATGTGATTGGTCTTTGCATCGCATTGTGATTGATATATACATGTTTCTCTCTTATTGAAGAGTTATTTTTGTATCTTTTTTTTGCATCCCTCAGCAGAGCTAAATATTGAAGCATATATAGTGACCTTATTTAGTTGTATATTGGAA
TGCCTTTGTGATTGTATTCTTCAACATGTCTAATATTATAGAAAAATATATAATATGTTTGGATTTATTTTGATTAGTGACCTTATTTAGTTGCATATTGGGATGCCGTTGTGATTGTATTTTTCAACATGTCTAATATTATAGGAAAATATATAATATGTTAGGATTTATTTTGATTGCAAAGACATAGCATTATAGAT
TATGTATGTAATTGGTCTCTTCTTAGCATTGTAATTGATACAGAGAAGTATTTGGTTTTGAAGAGTTATTTTTGTATATTTATGATAGCATTTTTCAGCAA
Intron 5 GTAATTGGTG ... CAAATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.24 | 98 | 2 | 19 |
| A2 | 18.48 | 75 | 1 | 17 |
| A3 | 11.63 | 76 | 0 | 10 |
| A4 | 9.09 | 60 | 0 | 6 |
| A5 | 18.18 | 45 | 2 | 10 |
| A6 | 19.23 | 63 | 1 | 15 |
| A7 | 18.97 | 94 | 0 | 22 |
| A8 | 6.76 | 69 | 0 | 5 |
| A9 | 12.99 | 67 | 0 | 10 |
| A10 | 4.76 | 80 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCAATTGGGTTTTACACAGGTGACGTATTGCCTGAAGAGTTTTTTCTGTTTGTCAATGATTTCCCCATTTTTTATTAAATTTTACTGGAGGAAGTTAAATCGGAATTTAAATAAAAGAGCTTTGGAAGTAGTCCATATGTTTGAATTCTCAAAGAAATTGACATGAAATTTTAATTTTTTTATGAAAATTTGGAATAAGTC
AGAGATTGATAATTCTTTGACTCGCTGTATGACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGGTATTGTAAACAGCAACTGCTAAACTGTATTGTATT
TTGTTGTGTTTCTGCTAAACTGTGCAAATTTGTTTCATAGTTTTTTTTTCAATTTCCGGTGCCTATAGGTGGGATTCTAAGAGAAAAGTAAATTCTAATTGTTCAATTTTTTTGTGTGGATTGTAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCTGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGG
CAGAGCTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAAAGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGA
CCAACTTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGA
TCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGTGGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAACTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTG
GAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATG
AAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTT
TATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGGTAATCTCGCTGATTTAAAATTTTTATATTTCTACTCAATACCAGTGTTTTAAAGGAATGCTGGCATAAGAGATTTAAGGACTGTGTTTGCGCAGTCTTCTTTGCTTTGGGCTGTTCTTTCTGGCTTTTATTATCTATTCAAAATGGCATTGTAATA
AATACTTGAAATTGTTATATGATAATCTTGGTATTTTGATTTCACCATCCTCGGTGACATCTGACAACTTACCAGACAACTTACAAGAGGCACTATTTATTTCTAGACTGTAAAAATACAACAGAGACTGTTCAAACATGTTTAGTTGTCTCTAAGATGGTAGGTTCTGGTTGTACCAAAAGGAGTGAGGTGCTGTACAG
TCCAGTATGGGGGAGATGTTACGCAATGTAATGTAATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACC
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCTTACCTATGATCCTAACAAGgtaattggtggatctgatattcttttacagttaaccatgaatttgatgtacaaagtacagggatttagattttgttaaaagttatttcagtttgttatagtctctctattctcatacaattttggtttcaaattgcagCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTT
AAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGTGGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAA
CTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTGGAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAG
GTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATGAAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGC
TGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTTTATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGGTAATCTCGCTGATTTAAAATTTTTATATTTCTACTCAATACCAGTGTTTTAAAGGAAT
GCTGGCATAAGAGATTTAAGGACTGTGTTTGCGCAGTCTTCTTTGCTTTGGGCTGTTCTTTCTGGCTTTTATTATCTATTCAAAATGGCATTGTAATAAATACTTGAAATTGTTATATGATAATCTTGGTATTTTGATTTCACCATCCTCGGTGACATCTGACAACTTACCAGACAACTTACAAGAGGCACTATTTATTT
CTAGACTGTAAAAATACAACAGAGACTGTTCAAACATGTTTAGTTGTCTCTAAGATGGTAGGTTCTGGTTGTACCAAAAGGAGTGAGGTGCTGTACAGTCCAGTATGGGGGAGATGTTACGCAATGTAATGTAATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAAT
AAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACC
Intron 6 GTGATTGATT ... TAAATTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5 | 57 | 4 | 2 |
| A2 | 7.87 | 41 | 3 | 4 |
| A3 | 14.29 | 45 | 9 | 6 |
| A4 | 4 | 36 | 0 | 3 |
| A5 | 8.47 | 27 | 3 | 2 |
| A6 | 3.36 | 72 | 5 | 0 |
| A7 | 2.07 | 71 | 1 | 2 |
| A8 | 0.93 | 53 | 0 | 1 |
| A9 | 9.62 | 47 | 9 | 1 |
| A10 | 0.9 | 55 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN122318_c3_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformCCGTAAGTAACCGAGATTTTCACCTTTTATTTGATCAATCGACTACCTTTGTCAAAGTTTTGAATGATTGACAACAGCTTGTAAGGAGAATGAACTACAGTAATAGTTTAGTTAATTCAAGAGTGATAATTATAAAGCAGTTAAATACATTTAATGTGGTCATGGCTATATTCCAGTACCATGGAGGTAATATTCATATA
CCTGTAACCTCTTAGGTTATGTTTGTGTACAGCATTGAAATACACTAACTGTATTTTCATGAACTATTACAGGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGG
AAGCTCTCAATCATGAATGGTTCAGGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATGATAGGCAAGCAAGGATGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATTGCAGAAGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCAGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTG
CAGAAGGGAATACAGCAAAGTGGAAATTACGCAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAG
>TRINITY_DN122318_c3_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:CCGTAAGTAACCGAGATTTTCACCTTTTATTTGATCAATCGACTACCTTTGTCAAAGTTTTGAATGATTGACAACAGCTTGTAAGGAGAATGAACTACAGTAATAGTTTAGTTAATTCAAGAGTGATAATTATAAAGCAGTTAAATACATTTAATGTGGTCATGGCTATATTCCAGTACCATGGAGGTAATATTCATATA
CCTGTAACCTCTTAGGTTATGTTTGTGTACAGCATTGAAATACACTAACTGTATTTTCATGAACTATTACAGGTACAATAAACTCCGGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGgtgattgattgatttg
atattcttttacagttaacgatgaatgtgatctgcacagtgtatggatctagattgtgttatttcaatttgttatagtttttctgtgctcatacaatatatattttttaaattccagCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTCAGGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTGTTATGCCAATGT
GTCCATCTGAATGATCATGATAGGTCAAAGACTGCATCCATTTTCCTTTTTCTTTATGATGGATGCCAGTTCGTTTATGCGATGTTTGGTCCCTTTTTAAAATAGTATTTACTGTTGTAGTATAGACATTATCATTCACATATCTGGAATTGTAATTTTGCAATTTAGTCATTTATGGTTATATATTTTCAGGCAAGCAA
GGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGTGGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAACTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCAT
GTGAGGACCAATACTGGCATTGGAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTCAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGG
CTTTCGTTGGATCTCAATTATGAAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAG
TGGAGATCAAAGTTCTTTACTTTATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAG
Intron 7 GTGACGTATT ... TGTATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.59 | 89 | 2 | 19 |
| A2 | 6.6 | 99 | 0 | 7 |
| A3 | 6.17 | 76 | 10 | 5 |
| A4 | 13.43 | 58 | 0 | 9 |
| A5 | 7.69 | 36 | 0 | 3 |
| A6 | 6 | 47 | 0 | 3 |
| A7 | 6.94 | 67 | 0 | 5 |
| A8 | 12.5 | 35 | 0 | 5 |
| A9 | 9.43 | 48 | 0 | 5 |
| A10 | 8.82 | 93 | 0 | 9 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATGGAATTGAGCGGAACGCGTTTGTGGACATTATCTTTTCATCTGTATGATCCCTTGGCCTTCGAACAACTTCAGGAGCCGAATTGATCAACAGAACCTCGAGCAAGATCTGCAAGTGCAAGGGTTTTCCTGGTTTGAATTCCATTAATTTCCCGTTCTTTTCTGTTTTTGAACTAAACAAAGAAGGTCGAGGGGTCGAT
GGCAGCTGCCAGGGTCCATACTTCTTCTTACCCCACTTCTTCTTTAGTCTGTTTTATTGATGGCGAATACAATTACAATCGAAGGGATTCTAAGCATACCGAATACAAAACCCATATCAAGGGAAATGCCCCAAGCAGGGTTAGCAAAAATGGATTGAATACCCAAGGTAGGGTTAGAGGAAATGGGATGGATGCTCCAT
CTAGGGCTAGAGAAATTGGAATGAATACGCCAATCGGGGCTAGAGAAAATGCAGTGGCCAGGGTTAAGGATGACAGGGAAGTGGCTAAACATGGCTGGTGTCTTTCACCCGGCAGGATTTATTCTGGTTCCGTCGATGGAGACAAGGAGTTAGGGGAGATATCTAGCGAAAGTAGCTCTGAAGATGTTGGTAACATCTTC
GATTCTCTTTCAAATGGTTGCAGCGAGGTGCTGAAACGACATTCAATAAGCAAAAGGAAGAATTCATCTTCTCCTAACACTGAAGATGATTTTCCATTGTCGGTGGATGAGTGTAAGCCAGGGCAGATCCTTGAAACCCCCAAATCTTCGGACGGAGAGGATGTCTTTGTGATGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGT
TGACATGGACAGCCCATGCAACAGTCGAGATAGGAAGAAAATGAGGCTTTCCTTGGATCGGCATGGAGCAGATGACAGAGACGCGTTTGCAAGGCCAAACATCGTGGCTTCGCGCTGGGTTGACATAGACAGCCCCTGCAACAATCAAGAGACAGACAGAATGAGGATTTCTTCGGTTCTAAGTGGAGGCAGAGTTAAGT
TTTTGTCTTCAGATTCTCGAGAATCGATCAGATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTTTGTGTTCTGACAGCGATGGAGGGCAGGAGAGTGGCAGTTGTAGGGTAGGAGGAAGTGAGCGCTGCAGTGATTCTGAGTTTGATCACAGAGTGTCTCTGGATTTTGATAAGGAAGATGAGTTTTGTGGATCGGAGTCC
CATGTGACATCGCCCACTGCTACCCCGATGTTGGCCTGTCTATCGGCTCTGCCGGCAGTTAGGAGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAACGTTGACGAGTTTAAGAAACTTAATAAGATAAACGAGGGAACATATGGTGTAGTATATCGAGCTAGGGATATTAAATCTGGCGAGGTTGTTGCATTGAAAAAGGTGAA
AATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATGAATGTATTGTTGTCATTGCAGCATCCTTGTGTTGTTAATGTAAAGGAGGTAGTTGTAGGCAGCAATTTAGATGACATATTTATGGTGATGGAGTATATGGACCATGACCTGAAGGGTTTTATGGAATCAATGAAACAGCCTTTCAGCTTAA
GTGAAGTTAAAAGCCTGATGCTGCAACTTCTGGAGGGTGTCAGTTACCTCCATGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTAC
AGAGCGCCTGAGCTTCTTTTGGGAGCAAAGAAGTACTCAACTGCTGTGGATATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTTTATCAAAAGAGCCTCTCTTTAGGGGAAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGGTATTCATCACTAGGCCTTTCATTGGTTTACTGCATTCATTTCATTTAAACATATTCATTTC
TGGGAGTATTTCTTTA
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAATTGGGTTTTACACAGgtgacgtattgcctgaagagttttttctgtttgtcaatgatttccccattttttattaaattttactggaggaagttaaatcggaatttaaataaaagagctttggaagtagtccatatgtttgaattctcaaagaaattgacatgaaattttaattttatgaaaatttggaataagtcaga
gattgataattctttgactcgctgtatgacagGGATCTGAAAACGTCGAATCTTCTTTTGAACAATAAGGGAGATTTAAAGATGTGTGACTTCGGTATGGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGAGCGCCTGAGCTTCTTTTGGGAGCAAAGAAGTACTCAAC
TGCTGTGGATATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTTTATCAAAAGAGCCTCTCTTTAGGGGAAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGAACCTTAGGGACTCCAAATGAGAAGATATGGCCTGATTTTGTTACTTTGCCAGGAGTGAAGTGCAATTTTGTGAAACAACCGTACAATAAACTCC
GGGAAAAGTTTCCAGCAGTGTCATTTTCTGGGAGGCCAACTTTATCCGAGGCTGGATTTGACCTTCTTAATAGTCTTCTTACCTATGATCCTGACAAGCGGATAAGTGCAGAGGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTGTTATGCCAATGTGTCCATCTGAATGATCATG
ATAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGACCAGATCCTTTAAACGATCATCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGCTGAACTTGCGGAGAAGGGAATTACGGCAAGGTGAACTTGTGCAGAAGGGAATACAGCAAAGTGGAAATTACGCAGAAGGGAATTATAGCAAGGTGAACTTGCGCAGAAGGGAATTACAGCAAGACAT
CATTTCTGATGAAATCATCAAGCCTGCATTTCAAGACCAACACTGGCAATGGAAGGATCGTCTTCGAGTGCTCCAGTATTTTATCGAGTGCACAACCAGGCCTCTTATACCATGTCTTCAGTTGAGGGTTTTAGTGGCCAGGTGAATTTATGCACCTGTATATGTCTTAAAATTTATATTCAAAGATTACATGGTCTCAT
GAAGTAACTGCAATGTGGCTTAATTACTTTCGTTGGACCAATCTCAATAATGAAATTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATATTATGTGATTTGGAATGGCCCTATTATGCTGGCTAAAAAATATGAATAAAGGTTTTGGGGTATCAGGTTGTTATGTCTTAATTGTGTGCCATTTCATATATTTAATTGGAGAGTTTTTG
GTGCAAGAGAGCGCTTGGTGAAAGTGGATATCAAGTTCTTTACTTTTCACACTGCAAAGGTTTCGGGATGAGTAGCTGTATGAAAG
Intron 8 GTATTGTAAA ... TGGATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.16 | 68 | 17.7 | 21 |
| A2 | 11.6 | 70 | 6.4 | 12 |
| A3 | 14.98 | 73.9 | 15.1 | 11 |
| A4 | 15.88 | 68.9 | 9 | 17 |
| A5 | 21.09 | 31 | 0.6 | 16 |
| A6 | 12.55 | 29.9 | 2.6 | 6 |
| A7 | 8.1 | 68.9 | 3.1 | 9 |
| A8 | 11.35 | 35.7 | 4.1 | 5 |
| A9 | 13.49 | 48.6 | 5.1 | 10 |
| A10 | 12.44 | 64.9 | 5.4 | 13 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGCAATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGT
GTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAAATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTA
AAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATGACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAA
AAGGAGATGGGGGAGATTTCTGGCGGAAGTAGCTCTGAAGATGTTAGTAACATCTTCAATTCTCATACAAATGGCTGCAGCGAGGTGCGGAAAGGAAATTATTCGAGAAAGAGGAAGTATTCATCTTCTCCTAAAATTGGAGATGGTTGTCCAATGGTGGATGAGTGTGAGCCAGGGCAGATTATTGAAACCCCCAAAGC
CCCTGATGCAGAAGACGTGTTTCCAAAGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGCTGACTTTGACAGCCCCTGCAATAGTCAAGAGGGGAAAAGGGCAAGGCTTTCTTCTCATCGGTGTGAACTAGATGAAAAGGGTGAGTTTGGCAGGCCAAACATTGTGGCATCGCGCTGGGCTGACATTGAAAGCCCCTGCAACAGTC
AAGAGACCAACGGGGTGATGATTTCTTCGGATCGGAGTGGAGGTGAAGGTAAGTCGCTGTCGCTGGATTCTGAAGAACTGATCAAATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTGCGAGTTCTGATAGTGATGGAGGGCAGGGGAGTGGCAGAAGTTGTAGTTCGGGAGGAAGTGAACACTGTGATGGTCGTAATTTT
GATTGCAGAGAACCGCTGGACGTGGAAAAGGAAGATGGTTTCGAAGATGAGTGTTGTGGATCCGAGTCCCACGTGACTTTGCCTACGGTAACGCCTGTGTTGCCACCCCCATTGTCTCTGCCAAAAGCTAGGGGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAGAGTCGAGGAATTTACGAAACTCAACAGGATAAACGAGGG
GACATATGGTGTAGTGTATCGAGCTAGGGATAATACATCTGGTGAGATGGTTGCATTGAAAAAGGTGAAAATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATAAATGTGTTGTTGTCATTGCAGCATCCGTGCATTGTTAACGTAAAGGAAGTAGTCGTAGGCAGCAATTTAGATAGCATATTTA
TGGTGATGGAGTATATGGAACATGACCTAAAGTGTTTTATGGAAACAATGAAACAGCGTTTCAGCTTGAGTGAAGTTAAAAACCTGATTCTGCAACTTCTGGAGGGCGTCAATTGCCTCCACGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAGACGTCGAATCTTCTCTTAAACAATAAAGGGGAGTTAAAGATCTGTGAC
TTTGGCCTTGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCTGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACT
AGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAAAGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGACCAACTTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATC
CTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGGTGAAGTTGCTACTAGT
GGCTTGTTTCGTTGATTTTTCTTGCCAGTGAATCCTATTTTGAGGAACTAGTGTATCATAAGGCAGAGTTTGTTTTTGATGTATCCATAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTGGAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTA
ATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATGAAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCT
ATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTTTATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGTATTAGTTCCAG
CTCGTTTGAGAAGGGACAGACTTGTTGAAATGATATTGCTACTGGTAAAACTTCGACAGAATTGTTGTGTAGTCCAGCCAAGGAATGACATTTGAGGTATACTCTATTCCCACTTTTTTTATTGTCTTATTTTTATAAATTATTTGCTTCCTAAGATGGTATATGACATAAATAATATTATAGAAGTTGCTGCATAGTTG
TTTTTGCTTGTTAGACATTATGTAAGTGGCTGCTGAAGGTTGTTTGGTATGGATAGATGGCAAGATAAATCCCCATTTAGAATTTGTCGGGTGACCCAGTGTTGTATCCCAAGTCAATGTCCTTAGGTGTTATTATATTATTGCAACAGACTCTAGGATGAATCCTGCCATGGGTTGTATTCAGCTGGGCTTCACCTTTT
CTTGGATATCAGCTGAATAATGTATTTATGTAGCATTTGCATTTGTAGAAATAAGATTCAAGTAGCAGCCCACAGGGGGAGAGCAATTGGTAATGAGTAATTGAATTGAGAAGTTGTAAATGGAAGGTCACAATTTCAAATCTATGTGAGTACTTACAAAAAAAATAAGACTCAAGTAGCCAGTAATATCATGCAGACTT
CAGT
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGCAATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGT
GTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAAATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTA
AAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATGACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAA
AAGGAGATGGGGGAGATTTCTGGCGGAAGTAGCTCTGAAGATGTTAGTAACATCTTCAATTCTCATACAAATGGCTGCAGCGAGGTGCGGAAAGGAAATTATTCGAGAAAGAGGAAGTATTCATCTTCTCCTAAAATTGGAGATGGTTGTCCAATGGTGGATGAGTGTGAGCCAGGGCAGATTATTGAAACCCCCAAAGC
CCCTGATGCAGAAGACGTGTTTCCAAAGCCGAACATTGCGGCATCGCGCTGGGCTGACTTTGACAGCCCCTGCAATAGTCAAGAGGGGAAAAGGGCAAGGCTTTCTTCTCATCGGTGTGAACTAGATGAAAAGGGTGAGTTTGGCAGGCCAAACATTGTGGCATCGCGCTGGGCTGACATTGAAAGCCCCTGCAACAGTC
AAGAGACCAACGGGGTGATGATTTCTTCGGATCGGAGTGGAGGTGAAGGTAAGTCGCTGTCGCTGGATTCTGAAGAACTGATCAAATATCAATTGGATGGATCACAAGTAAGTTCTGCGAGTTCTGATAGTGATGGAGGGCAGGGGAGTGGCAGAAGTTGTAGTTCGGGAGGAAGTGAACACTGTGATGGTCGTAATTTT
GATTGCAGAGAACCGCTGGACGTGGAAAAGGAAGATGGTTTCGAAGATGAGTGTTGTGGATCCGAGTCCCACGTGACTTTGCCTACGGTAACGCCTGTGTTGCCACCCCCATTGTCTCTGCCAAAAGCTAGGGGGATTGATATGATGCAAGGTTGCAGGAGAGTCGAGGAATTTACGAAACTCAACAGGATAAACGAGGG
GACATATGGTGTAGTGTATCGAGCTAGGGATAATACATCTGGTGAGATGGTTGCATTGAAAAAGGTGAAAATGGAAAGAGAGAGAGATGGTTTCCCAATGTCTGCCTTGAGGGAGATAAATGTGTTGTTGTCATTGCAGCATCCGTGCATTGTTAACGTAAAGGAAGTAGTCGTAGGCAGCAATTTAGATAGCATATTTA
TGGTGATGGAGTATATGGAACATGACCTAAAGTGTTTTATGGAAACAATGAAACAGCGTTTCAGCTTGAGTGAAGTTAAAAACCTGATTCTGCAACTTCTGGAGGGCGTCAATTGCCTCCACGACAATTGGGTTTTACACAGGGATCTGAAGACGTCGAATCTTCTCTTAAACAATAAAGGGGAGTTAAAGATCTGTGAC
TTTGGCCTTGCTCGTCAATATGGCAGTCCATTGAAAACTTATACACATATGGTGGTTACCTTATGGTACAGgtattgtaaacagcaactgctaaactgtattgtattttgttgtgtttctgctaaactgtgcaaatttgtttcatagtttttttttcaatttccggtgcctataggtgggattctaagagaaaagtaaat
tctaattgttcaatttttttgtgtggattgtagAGCACCTGAGCTACTTTTGGGAGCTAAGAGGTACTCAACTGCTGTAGACATGTGGTCTGTTGGCTGTATTATGGCAGAGCTTCTAGCAAAAGAACCTCTCTTTAAGGGGAAGAGTGAAATAGATCAACTAGACAAGATATTCAGGACATTAGGGACTCCAAATGAAA
AGATATGGCCTGATTTTGTTTCTTTGCCAGGAGTGAAGTGTAACTTTGTGAAACAACCGTATAATAAACTTCGGGAAAAATTTCCGGCAGCATCATTTTCTGGTAGACCAACTTTATCTGAGGCTGGATTTGATCTCCTTAATCGTCTTCTTACCTATGATCCTAACAAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCAT
GAATGGTTTAAGGAGCTGCCTTTACCAAAATCAAAGGAGTTTATGCCAACATGTCCACCTCTGAATGATCATGACAGGCAAGCAAGGAGGTTCTTGAAGAGTCCAGATCATTTAGAAGGCCAATGCGGGAGAGAATTGCAACAAGACATCAATTCTGATGAGATCTTCAAGCCTGCATGTGAGGACCAATACTGGCATTG
GAAGGACTGCCATGGGGAGCTCCAATATTTTAAGCATTGCACAACCAGGCTCCTAATACCATGTCTTGAGTTGAATCTTCAGTTGAAGGTGTTGGCAGCCAGGTGAATTATGTACCTGTATGTGTTTTATATTTAAAATTTCATGGTCTCATGAAGCAACTGCAATGTGGCCCAAAGGCTTTCGTTGGATCTCAATTATG
AAACTTGTGTAAATAGTGATTTGTACCATAGTATGAATTTATTTGGACTGGCCCTATGTTGCTGGTTGAAATGATATGAATAAAGTTTTCGAGGTATCAGGCTGTTTCAGGTCTTAAATGTGCCCTTTCATATATTTAATCTTAAGAGTTTTTGGTGCAAGAGAACGCTTGGTGAAAGTGGAGATCAAAGTTCTTTACTT
TATATAGAGTGCAAAGGGTTCGGGACAAATAACTGCTTGAAAGGTAATCTCGCTGATTTAAAATTTTTATATTTCTACTCAATACCAGTGTTTTAAAGGAATGCTGGCATAAGAGATTTAAGGACTGTGTTTGCGCAGTCTTCTTTGCTTTGGGCTGTTCTTTCTGGCTTTTATTATCTATTCAAAATGGCATTGTAATA
AATACTTGAAATTGTTATATGATAATCTTGGTATTTTGATTTCACCATCCTCGGTGACATCTGACAACTTACCAGACAACTTACAAGAGGCACTATTTATTTCTAGACTGTAAAAATACAACAGAGACTGTTCAAACATGTTTAGTTGTCTCTAAGATGGTAGGTTCTGGTTGTACCAAAAGGAGTGAGGTGCTGTACAG
TCCAGTATGGGGGAGATGTTACGCAATGTAATGTAATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACCAAAAATAAAAAAAGTATGTAACCTAACGATACATTACC
Intron 9 GTGAATTATG ... GGTGCAAGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 70.07 | 24 | 44 | 68.4 |
| A2 | 68.7 | 20 | 35 | 52.8 |
| A3 | 71.22 | 16 | 39 | 40.2 |
| A4 | 62.96 | 25 | 43 | 42 |
| A5 | 72.55 | 7 | 14 | 23 |
| A6 | 75.84 | 20 | 83 | 42.6 |
| A7 | 72.39 | 14 | 65 | 8.4 |
| A8 | 74.25 | 19 | 86 | 23.6 |
| A9 | 60.28 | 28 | 72 | 13 |
| A10 | 64.65 | 17 | 42 | 20.2 |
>TRINITY_DN119889_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformAAAGCTTGTATAGTGTAATATCTTAAACTTGTTGCCGGAGACCGCTGAAACGCGTTTTTGGGTACTCTCTCATTTTGTGCGGATAATCGCGAGGATTTCTCTGGCCTTCGAACAACCTCAGGTGCCGAAATCATCAATAGAAGTCGAAGCAATCGCTGTAAGTTCAAAGCTTTTCTGGCCTGAATTCCACCAGTTATTGT
GTTTTTTCTGGTTTTAAACGAAACAGGGTAAGGCGAGGGTTTAATAGCAGGGTCAATGGCAGCCGCCAGGGTCCATGCTTCCTCTTCTGCTCGTCCTTCTTTAGTCTGTTTTATGGACGAGGAATACAATTATAATTCAAGGGATTCTAAATATGCTGAATACAAAACCCTTACCAAGGAAAATACCCTAGCTAGGGTTA
AAGAAAATCGAATGAATGCCCGATCTGGGGTTAGAGAAAATAAATTTAATTCCCCAATTCAGGCCAGAGAAAATGGAATAAATGATCTCTATAGGGTTCGAGAAAATGGAATGGCTAGGGTCAAGGATGACAGGGATGTAGCCAAATATGACAGGCGCCGTCCATCCAGCCGGAGTAATTACGGCACTATTGGTGTAGAA
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>TRINITY_DN119889_c1_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTCTTACCTATGATCCTAACAAGGTAATTGGTGGATCTGATATTCTTTTACAGTTAACCATGAATTTGATGTACAAAGTACAGGGATTTAGATTTTGTTAAAAGTTATTTCAGTTTGTTATAGTCTCTCTATTCTCATACAATTTTGGTTTCAAATTGCAGCGGATAAGTTCAGAAGAAGCTCTCAATCATGAATGGTTT
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