sp|Q8LPJ4|AB2E_ARATH ----> ABC transporter E family member 2
Intron 1 GTGACGTTTC ... AGCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 11 | 3 | 4 |
| A2 | 26.32 | 28 | 15 | 5 |
| A3 | 17.24 | 12 | 4 | 1 |
| A4 | 20.75 | 18 | 5 | 4.4 |
| A5 | 27.27 | 8 | 5 | 1 |
| A6 | 21.52 | 19 | 6 | 4.4 |
| A7 | 18.64 | 24 | 4 | 7 |
| A8 | 9.09 | 10 | 0 | 2 |
| A9 | 20 | 28 | 12 | 2 |
| A10 | 18.37 | 20 | 2 | 7 |
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTAAAACTAGCGTTTCATCTTTTTGTGATCGACGATGCCTCCACCGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATAT
CTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTA
GGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATT
AACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTG
GCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGA
ATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAG
CATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAG
TGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAG
ACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTA
CAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGT
ATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAA
AAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAAT
TAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAA
TATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTT
CTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCA
TAAATTTTAGGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAGTGGACATTAATTTAAATAATACAAGTAACAGATTGAGTGCATGCTAACTAAAATTTCAATTGCATTTTTGAGAAACAATGTTCAGTTATCTATAATTATTAAAATCTGTTTTACTCGTAAGGTTCACCAAGTATCTTTCCAC
CATGTTATACACTAACACCGAACTTGCATTTCAACCCCACACAATAGAGATTTGTGTAAGTGTCTGCCTTTTAGTCCGTCGGTGCTATTATGGATAGAGTCTACATAGTCAAATCTGGTTGTGTAATTTTATGGAATTTAGAGAACTTATC
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTAAAACTAGCGTTTCATCTTTTTGTGATCGACGATGCCTCCACCGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATAT
CTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGGTTCGATTCTCATGCCCTTTCTGTTTCGTGAT
AAGATTATACAGTTATAGACCGCTGTGCTTTTATGACCCAGAAAATAGTATGGCCGTTTTCCTTTATATATTCCTATAGGATCTGTTCTGATGTTGAAGGCGAATTGTTGCTGAAATTTAGATCGAACGATGTTGATTCTTCATTTACATGTGATGCAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTA
TAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCA
AAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAAT
TCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCA
TGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTT
AGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGgtgacgtttctaacagtacatcaaattttgaa
gtaatttattttgccttatgcacactatgatcaaattattgataatatagctttgcagGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGT
TGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAG
TTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATT
TATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGGTAAGGGTCAAATTACTGGGTTACGCCATCCAATTTACTG
TCTTTTTCTTGATGTGTTATAGAGATATTTCATGTTAC
Intron 2 GTAAGAATGC ... TTCACTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.27 | 45 | 7.5 | 11 |
| A2 | 11.68 | 41 | 1.5 | 5.5 |
| A3 | 14.73 | 41 | 5.3 | 7.3 |
| A4 | 8.7 | 57.1 | 3.9 | 5.5 |
| A5 | 16.43 | 24 | 0.4 | 4.8 |
| A6 | 8.93 | 16 | 0 | 1.9 |
| A7 | 3 | 23 | 1.1 | 0.8 |
| A8 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A9 | 1.01 | 36 | 1.9 | 0.4 |
| A10 | 5.77 | 33 | 3.4 | 2.3 |
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTAAAACTAGCGTTTCATCTTTTTGTGATCGACGATGCCTCCACCGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATAT
CTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTA
GGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATT
AACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTG
GCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGA
ATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAG
CATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAG
TGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAG
ACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTA
CAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGT
ATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAA
AAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAAT
TAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAA
TATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTT
CTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCA
TAAATTTTAGGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAGTGGACATTAATTTAAATAATACAAGTAACAGATTGAGTGCATGCTAACTAAAATTTCAATTGCATTTTTGAGAAACAATGTTCAGTTATCTATAATTATTAAAATCTGTTTTACTCGTAAGGTTCACCAAGTATCTTTCCAC
CATGTTATACACTAACACCGAACTTGCATTTCAACCCCACACAATAGAGATTTGTGTAAGTGTCTGCCTTTTAGTCCGTCGGTGCTATTATGGATAGAGTCTACATAGTCAAATCTGGTTGTGTAATTTTATGGAATTTAGAGAACTTATC
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTA
AGgtaagaatgctgtcatgcctgatttggttttcttgggtgttcaatggcataatcatatcgttgaagagcaagtcttgcagtgagattgtacggagtttggtattagctactttgctgatttttgcgaaacaaatgttgtcttcactacagAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTA
GATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTA
CTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCATGGATCGAA
ATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTT
GATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAG
CTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAAT
TTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGC
TTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTC
TATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGA
GAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAAT
AGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAA
AACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATC
AGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCATAAATTTTAGGATAGTGT
ATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAGTGGACATTAATTTAAATAATACAAGTAACAGATTGAGTGCATGCTAACTAAAATTTCAATTGCATTTTTGAGAAACAATGTTCAGTTATCTATAATTATTAAAATCTGTTTTACTCGTAAGGTTCACCAAGTATCTTTCCACCATGTTATACACTAACAC
CGAACTTGCATTTCAACCCCACACAATAGAGATTTGTGTAAGTGTCTGCCTTTTAGTCCGTCGGTGCTATTATGGATAGAGTCTACATAGTCAAATCTGGTTGTGTAATTTTATGGAATTTAGAGAACTTATC
Intron 3 GCAATAATCA ... CTTGAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.77 | 5 | 15 | 27 |
| A2 | 95 | 1 | 16 | 22 |
| A3 | 93.1 | 1 | 12 | 15 |
| A4 | 85.71 | 4 | 26 | 22 |
| A5 | 70.37 | 4 | 8 | 11 |
| A6 | 66.67 | 6 | 11 | 13 |
| A7 | 77.78 | 4 | 16 | 12 |
| A8 | 75 | 2 | 7 | 5 |
| A9 | 82.76 | 5 | 32 | 16 |
| A10 | 90.91 | 1 | 11 | 9 |
>TRINITY_DN42120_c0_g3_i4 from sample A9 / Example spliced isoformTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCT
ATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCA
GAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGA
TACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATC
TTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTG
GCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTA
CTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAAC
ATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGC
TATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTA
AAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTG
GAAAGTATTATGTTTCATAAATTTTAGGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAG
>TRINITY_DN42120_c0_g3_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:ACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTT
GGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTT
TATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAA
AGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGgcaataatcaagccgcaatatgttgatcacataccaaaagcagtgcaaggg
aatgtaggtcaggtgcttgatcaaaaggatgaaagagatataaaggcagagctttgcactgatctggacttgaatcagGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGT
AAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTT
TTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAA
AATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATC
TGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTC
ATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGC
ATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATAT
GGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGC
ACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAA
TTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATG
AAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCATAAATTTTAGGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAG
Intron 4 GTATGCAATT ... TCTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.73 | 44 | 0 | 7 |
| A2 | 17.5 | 33 | 1 | 7 |
| A3 | 22.64 | 41 | 0 | 12 |
| A4 | 23.33 | 23 | 0 | 7 |
| A5 | 0 | 13 | 0 | 0 |
| A6 | 17.02 | 39 | 2 | 8 |
| A7 | 12.36 | 78 | 0 | 11 |
| A8 | 23.33 | 46 | 0 | 14 |
| A9 | 19.57 | 74 | 0 | 18 |
| A10 | 26.03 | 54 | 0 | 19 |
>TRINITY_DN41569_c0_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGTTGAAGGCGAATTGTTGCTGAAATTTAGATCGAACGATGTTGATTCTTCATTTACATGTGATGCAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAA
GTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGG
ACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTG
ATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTT
GATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATTGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGA
AGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATT
CACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGAT
TCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGC
AAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGAC
GAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCC
ACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGT
AAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTT
TGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAAT
AAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGT
>TRINITY_DN41569_c0_g2_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GACCACATTTATACGCATGCTGgtatgcaattgttattcatatccattttcttgccacttttggaatagattcatcgaacattttttttggggtacaatctgactagctattttaattgttttcaagctcaactctcaaaaaataaattcatcttctgttgtagGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCA
GACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATT
ACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTG
TATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAA
AAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAA
TTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGA
ATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCT
TCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGT
Intron 5 GTTCGATTCT ... TGTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.92 | 19 | 7.5 | 7 |
| A2 | 27.78 | 26 | 6.9 | 10 |
| A3 | 24.24 | 25 | 1.3 | 8 |
| A4 | 25 | 21 | 4.1 | 7 |
| A5 | 33.33 | 14 | 3.1 | 7 |
| A6 | 66.67 | 1 | 0 | 2 |
| A7 | 0 | 21 | 5 | 0 |
| A8 | 33.33 | 2 | 0 | 1 |
| A9 | 18.18 | 9 | 1.3 | 2 |
| A10 | 50 | 6 | 1.9 | 6 |
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTAAAACTAGCGTTTCATCTTTTTGTGATCGACGATGCCTCCACCGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATAT
CTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTA
GGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATT
AACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTG
GCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGA
ATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAG
CATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAG
TGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAG
ACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTA
CAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGT
ATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAA
AAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAAT
TAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAA
TATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTT
CTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCA
TAAATTTTAGGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAGTGGACATTAATTTAAATAATACAAGTAACAGATTGAGTGCATGCTAACTAAAATTTCAATTGCATTTTTGAGAAACAATGTTCAGTTATCTATAATTATTAAAATCTGTTTTACTCGTAAGGTTCACCAAGTATCTTTCCAC
CATGTTATACACTAACACCGAACTTGCATTTCAACCCCACACAATAGAGATTTGTGTAAGTGTCTGCCTTTTAGTCCGTCGGTGCTATTATGGATAGAGTCTACATAGTCAAATCTGGTTGTGTAATTTTATGGAATTTAGAGAACTTATC
>TRINITY_DN124194_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTAAAACTAGCGTTTCATCTTTTTGTGATCGACGATGCCTCCACCGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATAT
CTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGgttcgattctcatgccctttctgtttcgtgat
aagattatacagttatagaccgctgtgcttttatgacccagaaaatagtatggccgttttcctttatatattcctataggatctgttctgatgttgaaggcgaattgttgctgaaatttagatcgaacgatgttgattcttcatttacatgtgatgcagACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTA
TAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCA
AAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAAT
TCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCA
TGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTT
AGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGA
GATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCGAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGA
TACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTG
GCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCCAAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGG
ACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAATGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTC
CGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTTTTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAG
AGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATAAATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATC
ATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTTTTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTA
GTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTGTGGTTTTGGAAATTGGGTATACGATGGTACTGATACAATAAACTATGAAGAACAATCCTAATATGAAGTTGCTTTTGCAAGTTGTTGGTGAGAATTTACTTGGATCCAGATCTTGTATCTGGAAAGTATTATGTTTCATAAATTTTA
GGATAGTGTATTGTACTTCAATTTGTTGACATTAATATTTGGTCGCGAGTGGACATTAATTTAAATAATACAAGTAACAGATTGAGTGCATGCTAACTAAAATTTCAATTGCATTTTTGAGAAACAATGTTCAGTTATCTATAATTATTAAAATCTGTTTTACTCGTAAGGTTCACCAAGTATCTTTCCACCATGTTATA
CACTAACACCGAACTTGCATTTCAACCCCACACAATAGAGATTTGTGTAAGTGTCTGCCTTTTAGTCCGTCGGTGCTATTATGGATAGAGTCTACATAGTCAAATCTGGTTGTGTAATTTTATGGAATTTAGAGAACTTATC
Intron 6 GTAATGCTTC ... TCTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.87 | 13.8 | 1 | 5 |
| A2 | 5.58 | 25.4 | 3 | 0 |
| A3 | 24.76 | 15.2 | 7 | 3 |
| A4 | 8.29 | 28.6 | 4 | 1 |
| A5 | 25.26 | 14.8 | 7 | 3 |
| A6 | 0 | 11.6 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 10.8 | 0 | 0 |
| A8 | 6.43 | 14.6 | 2 | 0 |
| A9 | 0 | 27.8 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 8.6 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN113389_c0_g2_i8 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTC
CACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAG
AGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACT
CCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGG
AAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATT
GCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGG
GGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTA
ATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAG
TCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCC
AAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAA
TGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTT
TTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATA
AATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTT
TTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTG
TGGTTTTGGAAATTGGG
>TRINITY_DN113389_c0_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTAGGAAGATAATTAGTGGCAATTATTTTCGATTAGTATTTACTAAGGAAATAGCAAAATGTACTTTTAATATTTTCTGTGCTAGGTGAATTGGAATGTTGCTTTATAGAGTGTTAGAAATAGTGTTACTTTTAAAAATCAATGAAGCACTCAACTATGCTTCCTTGACATGTGCAACTGGATGGTTGCTGTTTATATTT
CAATTTAGTTTCCTTTCCACTATCATGATTAGTACATGTGGATTAAGATATTATGATCTCAGAAATTATGCTGAGAAATTTTTAAATATCTCTTGTGCAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGGTAAGAATGCTGTC
ATGCCTGATTTGGTTTTCTTGGGTGTTCAATGGCATAATCATATCGTTGAAGAGCAAGTCTTGCAGTGAGATTGTACGGAGTTTGGTATTAGCTACTTTGCTGATTTTTGCGAAACAAATGTTGTCTTCACTACAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACAC
ATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGTTAGCAAACCTTAATGATTTTCAAATTTGACAAGAAGTTGAGTTATTCTTCGTTGCAATTTGAGAAACTTGGCGGTGATTGTTCATTCTTCTATTATAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTAC
TGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATgtaatgcttctagatttgaaagttgttattatagcatatgatatataatatggctttctattttggagtttcagtgttccttcttgaattaggttgaactaagatttttattgtcgtaatgctttctcttgtgcagAATCCTCCTGAT
TGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGG
Intron 7 GTTCGATTCT ... TGAAATTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.37 | 10 | 12 | 6 |
| A2 | 42.86 | 14 | 11 | 10 |
| A3 | 42.86 | 6 | 2 | 7 |
| A4 | 58.33 | 5 | 6 | 8 |
| A5 | 48.39 | 8 | 5 | 10 |
| A6 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A7 | 33.33 | 8 | 8 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 25 | 3 | 2 | 0 |
| A10 | 60 | 3 | 3 | 6 |
>TRINITY_DN105778_c0_g2_i32 from sample A5 / Example spliced isoformCCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTG
GAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGATCGAACGATGTTGATTCTTCATTTACATGTGATGCAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGC
TCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGA
CAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATGTAATGCTTCTAGATTTGAAAGTTGTTATTATAGCATATGATATATAATATGGCTT
>TRINITY_DN105778_c0_g2_i30 from sample A5 / Example unspliced isoform:CCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTG
GAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGgttcgattctcatgccctttctgtttcgtgataagattatacagttatagaccgctgtgcttttatgacccagaaaatagtatggccgttttcctttatatattcctataggatctgttctgatgttgaaggcgaattgttgctgaaatttagATCGAAC
GATGTTGATTCTTCATTTACATGTGATGCAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAG
GAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGC
ACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGTTGCATTTTCTCTATGACTTTGATCTACCTCCTCTCTCTTTTATTTGTCTGTAGAAAGAA
AAATATTTTGTTAATGATCAC
Intron 8 GTTAGCAAAC ... TCTATTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5 | 19 | 1 | 1 |
| A2 | 12.64 | 38 | 4 | 7 |
| A3 | 14.63 | 35 | 4 | 8 |
| A4 | 6.67 | 28 | 0 | 4 |
| A5 | 9.09 | 10 | 0 | 2 |
| A6 | 0 | 13 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 9 | 0 | 0 |
| A8 | 17.34 | 4.8 | 0 | 2 |
| A9 | 0 | 18 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 12 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN113389_c0_g2_i8 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCGGAGGATCGGACTCAGTC
CACCAAGTTTTCAGTGAGTTTTTCATTATTTATCACAATTTTGATTGCCAAGGGTTTCCCTTCTTGGAGATCACCCACACAAATAATTATCGTTTTCACATTTGAGACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAG
AGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACT
CCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGG
AAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCAGGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATT
GCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGCTTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGG
GGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACTGAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTA
ATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGGAAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAG
TCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGAAACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGCCTGCTGACATTTATCTGATTGATGAGCC
AAGTGCATACTTAGATTCAGAGCAGCGTATTGTTGCAGCAAAGGTCATAAAACGATTTATTCTTCATGCGAAGAAGACTGCTTTTGTTGTTGAGCATGATTTTATTATGGCAACTTATTTGGCAGATAGGGTTATTGTATATGAAGGACAACCTTCTATTGATTGTGTTGCCAATACTCCACAAAGTCTACAAACAGGAA
TGAATCTGTTTTTATCGCACCTGGATATTACATTTAGACGAGATCCAACAAACTACAGGCCACGCATAAATAAATTAGATTCAACAAAGGACAGGGATCAAAAGAATGCAGGGTCATATTACTATCTGGATGATTAAAAAAATGTTCCGAGTATGAGAAGAACACGATTTGTGTCATTCACAGGTCATCGACAGTACCTT
TTACTCTGCAATTTGCAGCCTTTGCAGGACTATTACTCCACAAGCCTGCTACCACCAAGGGATATGGTGGTGGATTTTTCTTGAACTTAAGTGTATTATTCTTTGGATTTGATTCAAGAACATGTGGAGACTAGCAATTAGAAGGAGAGTAATAATAGAGAAGCAGCGGAGATTCTGGTATGTCGGGATTTGTGGGCATA
AATCATAGAAAGGAAAAAGTGCCCTCTATAGATTGCAGTAAATTGGCGTGGGTAAAATATTTGGCACTTTTTGCTTTTAATGGAGCAGTGTTTAATTTTACATCGGAGTTATATCCTTTGCTATTAAGGTATAATGAATATTATATCATGAGTAAAAACGAGTGATTCAATCTAACATGACAGTGATCCAATTTAGATTT
TTATTGTCCTTTCCTAGAAGGGACTTGCATCCATTTGTTTGTTATTTTACGGAGTATGCACAGAATTATTAGAAGAAATATATCATGAAACCAAGAGTGAAAATACTCCCAAATTCCTTTAAAAGTGAAATGAAGCTTCTTTCTCTAGTTTTGATCAGAACTCCTTTACATTAATATTTCCCAACATTAGCGGCATTTTG
TGGTTTTGGAAATTGGG
>TRINITY_DN113389_c0_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTAGGAAGATAATTAGTGGCAATTATTTTCGATTAGTATTTACTAAGGAAATAGCAAAATGTACTTTTAATATTTTCTGTGCTAGGTGAATTGGAATGTTGCTTTATAGAGTGTTAGAAATAGTGTTACTTTTAAAAATCAATGAAGCACTCAACTATGCTTCCTTGACATGTGCAACTGGATGGTTGCTGTTTATATTT
CAATTTAGTTTCCTTTCCACTATCATGATTAGTACATGTGGATTAAGATATTATGATCTCAGAAATTATGCTGAGAAATTTTTAAATATCTCTTGTGCAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGGAGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGGTAAGAATGCTGTC
ATGCCTGATTTGGTTTTCTTGGGTGTTCAATGGCATAATCATATCGTTGAAGAGCAAGTCTTGCAGTGAGATTGTACGGAGTTTGGTATTAGCTACTTTGCTGATTTTTGCGAAACAAATGTTGTCTTCACTACAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACAC
ATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGgttagcaaaccttaatgattttcaaatttgacaagaagttgagttattcttcgttgcaatttgagaaacttggcggtgattgttcattcttctattatagGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTAC
TGCACTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATGTAATGCTTCTAGATTTGAAAGTTGTTATTATAGCATATGATATATAATATGGCTTTCTATTTTGGAGTTTCAGTGTTCCTTCTTGAATTAGGTTGAACTAAGATTTTTATTGTCGTAATGCTTTCTCTTGTGCAGAATCCTCCTGAT
TGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGG
Intron 9 GTGAGTTTTT ... CACATTTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 67.16 | 11 | 26 | 19 |
| A2 | 62.11 | 18 | 33 | 26 |
| A3 | 55.56 | 22 | 30 | 25 |
| A4 | 56.92 | 16 | 20.7 | 21.7 |
| A5 | 53.57 | 13 | 16 | 14 |
| A6 | 47.37 | 5 | 8 | 1 |
| A7 | 85 | 3 | 13 | 21 |
| A8 | 40 | 3 | 2 | 2 |
| A9 | 47.37 | 15 | 18 | 9 |
| A10 | 60 | 5 | 9 | 6 |
>TRINITY_DN113687_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformGTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCG
GAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCAGGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGAAAGCTCTGCATAGAAGTTTCTTCTGCCTCTAAAATTGCTTTTATATCGGAGG
AGTTGTGCATTGGTTGTGGTATCTGTGTTAAGAAATGTCCATTTGAAGCTATCCAGATCATTAACCTACCAAAGGATTTAGATAAAGACACAACACATCGATATGGTCCCAACACATTCAAACTCCACAGGCTGCCTGTACCAAGACCAGGACAGGTGCTGGGACTTGTTGGAACAAATGGTATTGGAAAGTCTACTGCA
CTTAAAGTTCTTGCTGGAAAATTGAAACCCAACCTCGGCAGGTTCAATAATCCTCCTGATTGGCAGGAAATTCTTACGTACTTCCGGGGATCAGAGTTACAGAATTATTTCACTCGTATTCTGGAAGATAATCTAAAGGCAATAATCAAGCCGCAATATGTTGATCACATACCAAAAGCAGTGCAAGGGAATGTAGGTCA
GGTGCTTGATCAAAAGGATGAAAGAGATATAAAGGCAGAGCTTTGCACTGATCTGGACTTGAATCAGGTCATGGATCGAAATGTTGGTGATTTATCTGGAGGGGAATTGCAGCGGTTTGCAATTGCGGTAGTTGCAATTCAGAATGCTGAAATATACATGTTTGATGAGCCCTCTAGTTATCTTGATGTAAAGCAACGGC
TTAAAGCTGCACAAGTAGTCCGGTCCCTGCTCAGGCCAAACAGCTATGTTATCGTTGTCGAGCATGACCTTAGTGTCCTTGATTACTTATCGGACTTTATTTGCTGTCTGTACGGGAAGCCTGGGGCTTATGGTGTAGTGACACTTCCATTTTCAGTAAGAGAAGGGATCAATATCTTTTTGGCTGGTTTTGTTCCAACT
GAAAATCTTCGATTTCGAGATGAATCACTTACTTTTAAGGTTGCAGAAAGTCCACAGGAAAGTGCAGAAGAGATCAAAAGCTACGCACGATATAAATATCCAACTATGGCTAAAACTCAGGGTAATTTCAAGCTTAGAGTAACAGAGGGAGAATTTACTGATTCACAGATAATTGTAATGTTGGGAGAAAATGGAACAGG
AAAGACCACATTTATACGCATGCTGGCTGGTTTGTTGAAACCAGATACTATTGAAAATGCAGACGTGGAGATACCCGAATTTAATGTGTCATACAAACCGCAGAAGATCAGCCCAAAGTTCCAGTCAAGTGTCAGGCATTTATTGCACCAAAAGATTCGTGATTCATACACTCACCCTCAGTTCACATCTGATGTCATGA
AACCCCTTCAGATTGAACAACTAATGGATCAAGAAGTAGTAAATCTTTCTGGTGGAGAATTACAGAGAGTGGCATTGTGCTTATGCCTCGGCAAGGTATGTTATGTCAAGGCCTTGACTCACTACAGATCCTTGTTCTATTATTCAATGGCTAC
>TRINITY_DN113687_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTCTTTACCGACAAACCGTGGCGGTCTAAGACGATAAATTGCCAACCTTGACGGTCTAAGAGCATAAATCTCACAAACGCACACCACATCAGTTGCAGGAGGGGTAAGATAGCACCCCAGCCCTAATTTCGTGAGCCCTCGCCTCCAACTCATATCTGCACGTATATTAGGGTTTTTGTGGTTCCCTTGAGCCAAGACCG
GAGGATCGGACTCAGTCCACCAAGTTTTCAgtgagtttttcattatttatcacaattttgattgccaagggtttcccttcttggagatcactcacacaaataattatcgttttcacatttgagACGAGTTGCAATCATGTCGGATCGGCTGACTAGGATTGCTATAGTGAGCTCGGATCGCTGCAAGCCCAAGAAATGCA
GGCAGGAGTGTAAGAAGAGCTGTCCTGTTGTCAAAACAGGTGGGCTTTGCCGTTTATTGTACAATTTCCTTTCAAGTTTACCTGGGTTGTTGTTTTATTTTTTAACTTGAGATGTTATGGCTTAGCTTCTCGTTAAAGCATAGAAGCAAATTCTGTTTTGTAACTTGTTTTTCTCGTTGATGGAAGTACTTGATTGAATT
CTTTAAAGAACTTTTATATAAGAAATCGTAGGGTTCTTAGGCCAGAAACAACCCAAAATGCTACCTTTTTCCATCACATTTTTTTTTTAAATGTTGTTTTTTATGGGTTCTGCTTAGATATTTATAAGGCTGTTTGAATCAGAGGAGTCTCGCCAGGAGAAAATCAACAAAAGCAAAGAAAAAAATAATTCAGTATTTCG
ATCTCAATTAAAAAAATTGAAAATAGGTGTCTCCCAATAAATTCTCGATGGAATATATTCTCGCAGTTCTTCTTTGTCTTGATGTAATAGATTATATACAGGACCTCCTCTACCCCTGCCTGACTGGTCCAAAATAAGAAAAAGGAGAACAACGGTTTAAGACAATATACATTTATTGTTTTATGTATATGTTTCAGATT
TGAACAATTATCTTGCAAGTTAC