sp|P93771|GAOX1_ORYSJ ----> Gibberellin 20 oxidase 1

Intron 1 GTGCAACACT ... TTGATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.71	12	15	31
A2	100	0	4	10
A3	81.82	3	7	20
A4	90.48	1	4	15
A5	100	0	0	6
A6	55.56	2	0	5
A7	100	0	3	5
A8	77.78	1	2	5
A9	33.33	3	1	2
A10	45.45	3	5	0

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

TACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTA
TAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAG

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTGCAATTCTCTTGTAACTGAAATAAGTGATGGCAATG
GTTGGCAGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCTCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAAAGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCCAAAATACAAAGCAGTTAAGTTTGAAGATCTGAGAATATACTCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTT
GGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGgtgcaacactgagaaagggtttcaatagacgtttaggaacactttctgcagacctgctttagctcttgctgtcgcagccggtagccatcataatcagcacatttacttatcttcattgcctaattatgtgtcacaggattaattggttatcttcattt
ccttaattctcatcctcaaattgcttttcttttcgttgatttcagGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCA
CATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGAGTGTGTGAACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTAT
AGATCGGTACTCGTCTCAGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

Intron 2 GTATACACTA ... TGCAGCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.78	19	19	23.5
A2	67.55	6	12	13
A3	37.44	10	3.5	8.5
A4	56.1	9	9	14
A5	66.67	2	2	6
A6	40	3	1	3
A7	39.34	10	3.5	9.5
A8	59.97	7	4	17
A9	73.22	2	3	8
A10	41.8	8	4	7.5

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTGCAATTCTCTTGTAACTGAAATAAGTGATGGCAATG
GTTGGCAGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCTCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAAAGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCCAAAATACAAAGCAGTTAAGTTTGAAGATCTGAGAATATACTCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTT
GGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAATAGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCCGGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAATTGGTTATCTTCATTT
CCTTAATTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCA
CATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGAGTGTGTGAACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTAT
AGATCGGTACTCGTCTCAGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTGAATAAATTCATTTGTATATGTATTTGATTACATATTCATTAACTACTTGATTAATTGATTAATTAATTAATTAATCAATCAGCGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCCAAAATACAAAGCAGTTAAGTTTGAAGATCTGAGAATATACTCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGA
TTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAATAGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCCGGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAATTGGTTATCTTCATTTCCTTAA
TTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGC
TATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGgtatacactataatatgcatttagggcaatcttgcaactgatgacccccttgcatacctgtataataatagcgttgatggtgcagcatagAGTGTGTGAACGAG
TATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTATAGATCGGTACTCGTCTCAGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

Intron 3 GTATGACCTC ... TTGATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68	12	38	13
A2	100	0	26	4
A3	88.89	3	30	18
A4	93.33	1	17	11
A5	100	0	5	1
A6	66.67	2	7	1
A7	100	0	4	2
A8	71.43	1	4	1
A9	14.29	3	1	0
A10	14.29	3	1	0

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

TACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTA
TAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAG

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTACAATTCTCTTGTATAGGAATTGTAACTGAAATAAG
TGATGGCAATGGTTGGCTGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCGCAGAACACCGTATGGTGTATGGACGATCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAATGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCAAAAATACAAAGCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCA
TTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGgtatgacctcatttgtttattaaattgttgttcacaatagtgtacacaatcgtaatggtaactgtaatttagtttctacacatgaaaacctacaattctatatctacaggtgcaacactgagaaagggtttcaatagacgtttaggaaca
ctttctgcagacctgctttagctcttgctgtcgcagccggtagccatcataattggattaattgcctaattatgtgtcacaggattaattggttatcttcatttccttaattctcatcctcaaattgcttttccttttattgatttcagGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGT
ATTGTTTCAGGGTAT

Intron 4 GTATGACCTC ... ATATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	15	38	37
A2	83.67	4	26	15
A3	77.05	7	30	17
A4	83.33	4	17	23
A5	100	0	5	4
A6	100	0	7	1
A7	60	3	4	5
A8	63.64	2	4	3
A9	71.43	1	1	4
A10	9.09	5	1	0

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTGCAATTCTCTTGTAACTGAAATAAGTGATGGCAATG
GTTGGCAGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCTCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAAAGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCCAAAATACAAAGCAGTTAAGTTTGAAGATCTGAGAATATACTCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTT
GGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAATAGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCCGGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAATTGGTTATCTTCATTT
CCTTAATTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATACATTTTGAGTATGGTTTCAGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCA
CATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATCTGAGCAGGAGAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGGTATACACTATAATATGCATTTAGGGCAATCTTGCAACTGATGACCCCCTTGCATACCTGTATAATAATAGCTTTGATGGTGCAGCATAGAGTGTGTG
AACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTATAGATCGGTACTCGTCTCAGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTGCAATTCTCTTGTAACTGAAATAAGTGATGGCAATG
GTTGGCAGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCTCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAATGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCAAAAATACAAAGCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTG
AATTCACTATCGgtatgacctcatttgtttattaaattgttgttcacaatagtgtacacaatcgtaatggtaactgtaatttagtttctacacatgaaaacctacaattctatatctacagGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAATAGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCC
GGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAGTGGGTTATCTTCATTGCCTTAATTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATTCATTTTGAG
TATGGTTTCAGGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATGCATATAGCCCATCTTAGTAGGAAAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGGTATA
CACTATAATATGCATTTAGGGCAATCTTGCAACTGATGACCCCCTTGCATACCTGTATAATAATAGCTTTGATGGTGCAGCATAGAGTGTGTGAACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTATAGATCGGTACTCGTCTC
AGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

Intron 5 GTATACACTA ... GATGGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.43	22	19	24
A2	63.16	7	12	12
A3	35.48	10	4	7
A4	56.76	8	8	13
A5	77.78	1	2	5
A6	40	3	1	3
A7	35.29	11	3	9
A8	50	9	2	16
A9	71.43	2	3	7
A10	37.93	9	4	7

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAATACAAAGCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTGAATTCACTATCGGTACGACCTCACTTGTTTATTAAATTGTTGTTCACATAACTGTAATTTAGTTTCTACACATGAAAACCTACAATTCTATATCTACAGGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAAT
AGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCCGGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAGTGGGTTATCTTCATTGCCTTAATTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCG
AAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATTCATTTTGAGTATGGTTTCAGGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATGCATATAGCCCATCTTAGTAGGAAAG
GACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGCATAGAGTGTGTGAACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTATAGATCGGTACTCGTCTCAGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT

>TRINITY_DN130464_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGTATAATGATTATAATCTTAATATGTATAGTACTAGTTATTTTATAATATAAGTGATAGCTATATTTGATGTACTGCTGCAGCAAGACGATGCAGTAATACAACTCACAGATCGGCGATTGTTTACAGGTGAATCAGCTTTCCGCCACTTTTTCCTTAATTGCAATTCTCTTGTAACTGAAATAAGTGATGGCAATG
GTTGGCAGATGTGGAGTAATAGCAGATATCGCAGCTCGGAAAGGCTGTCCATGGCGTTTTTTCTGGATTTTAATGACAAAGCCGAGATTCGTGCTCCCGAAGAGCTGATTGATGAGAAGCATCCCAAAAATACAAAGCAGTTTACGACGATGTCAGCACCCATTGCGTTTGGGCGATTTTGACAGTGGTGGTTGTTTTTG
AATTCACTATCGGTATGACCTCATTTGTTTATTAAATTGTTGTTCACAATAGTGTACACAATCGTAATGGTAACTGTAATTTAGTTTCTACACATGAAAACCTACAATTCTATATCTACAGGTGCAACACTGAGAAAGGGTTTCAATAGACGTTTAGGAACACTTTCTGCAGACCTGCTTTAGCTCTTGCTGTCGCAGCC
GGTAGCCATCATAATCAGCACATTTACTTATCTTCATTGCCTAATTATGTGTCACAGGATTAGTGGGTTATCTTCATTGCCTTAATTCTCATCCTCAAATTGCTTTTCTTTTCGTTGATTTCAGGTTCACTTGCCAGTCCTTTAGCGAAGCTCCATTCATTTGCAATTTATGAGTATTGTTTCAGGGTATTCATTTTGAG
TATGGTTTCAGGGTATTCACTTCGACATTTTGTTATATTCTGGACTCTGGCTCTATAACCAGAGATACCCGGTTTGTCCACATTGCTATGGGCGCGACCATAAATTTGGCTGTAAACGCATGCATATAGCCCATCTTAGTAGGAAAGGACCTTTAGGGCAATCTTACAACTCCATTGTAGCGGACTCCATCCAAGgtata
cactataatatgcatttagggcaatcttgcaactgatgacccccttgcatacctgtataataatagctttgatggtgcagCATAGAGTGTGTGAACGAGTATCTGTCTCGACAAGAATTCAAACGCATTTCTTCAGAAGTCTTGACGTGGCAAGCTGCTGAAGATCCCATCTACCATGGCTATAGATCGGTACTCGTCTC
AGCGACAAGGAAGGAAACATTGGT