sp|B9GCH9|UREA_ORYSJ ----> Urease

Intron 1 GTAATGGAGT ... TTTTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.36	37	57	34.8
A2	58.82	21	34	26
A3	64.55	21.7	43	36
A4	66.96	18	48	25
A5	62.67	14	28	19
A6	66.67	3	8	4
A7	54.1	28	45	21
A8	68.79	8.9	24	15
A9	56.81	27.4	50	22
A10	60.98	24	46	29

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAA
ATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCA
GGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTG
AACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAG
GCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTC
AGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAG
ATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATTATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGAT
GGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCAC
GGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTTCCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATA
TGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTC
ACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCACGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTAT
AACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAACTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATGGTATCTCTCAAATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATC
CTGGGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAATTGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAGGGTGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAA
GAATATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCTTGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCCCCTAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTT
GAAGGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTGCATAATTGGATAACAGGAAATAGAAGTCACTCAGAAGTGTATTTTATAAAATGTTGTATTGTCTCTTTTCATACAATAACTGATTATTGCTGTAAGTTGGATCCATAT

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAA
ATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCA
GGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGgtaatggagttcattagagatgggaaaaaaacagttgccgagctgatggacttgggaatacaaattttgggcagGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGT
GGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGA
GAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGG
AATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAAC
TACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATTATAGATTATACAGGAATTT
ACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCA
ATTGCAAGCGGTGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTTCCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGC
TATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCC
ATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCACGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGAC
ATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAACTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGC
TATCGCTCATGGTATCTCTCAAATTCTTGGTTCAATTGAGGTACAAAACCATTCTTCATAGTTTATTAATTCACCTTCTGTAAACATGAGTTAGTAGCTACTACTAAACAATGTTTGAAAGTAGCTTACCTTAAATGGTATTAATAGGGC

Intron 2 GTAATGGAGT ... ATCAGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.23	34	57	34
A2	58.49	22	34	28
A3	68.14	18	43	34
A4	63.93	22	48	30
A5	62.35	16	28	25
A6	48.15	7	8	5
A7	57.38	26	45	25
A8	58.06	13	24	12
A9	62.71	22	50	24
A10	60.32	25	46	30

>TRINITY_DN121379_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATA
GTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGC
TACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATT
TACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTC
TTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTC
GAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCA
GGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTA
GTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTT
CCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGG
TTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATC
ACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCGCGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAA
CTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATGGTATCTCTCACATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATCCTGGGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAAT
TGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAGGGTGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAAGAATATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCT
TGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCCCCTAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTTGAAGGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTG
CATAATTGGATAACAGGAAATAGAAGTCACTCAGAAGTGTATTTTATAAAATGTTGTATTGTCTCTTTTCATACAATAACTGATTATTGCTGTAAGTTGGATCCATATTTTAAAATTTGGATTCATGATGATATTTAGCCTTTTCC

>TRINITY_DN121379_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTGGCCAGGTTTGAACCTATATATAATCTATGATGTGGTCGTGTAGATGAACCTCATGCTCTAGGTGCTGTGAAGCACTCATTTCCGTAAATTTTAGTGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCACT
TATGAATCACGAGGTTCCAGTTCGGGTGCAGGCCGTGATTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAATTACCCATTCCCTTCCGAAGCTCTATTGGGGTTTTTTAATCGTAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGCAC
AGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGgtaatggagttcattagagatgggaaaaaaacagttgccgagctgatggacttgggaatacaaattttgggcaggcgccaggtgtttcctgctgttgttcatcttcttgaatcagttcagGTGGAGGGAACATTT
CCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAAT
TACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATAC
AAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAG
ATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATAT
TGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTG
TTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTTCCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAG
CTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATAT
TATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCGCGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATA
TGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAACTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATGGT
ATCTCTCACATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATCCTGGGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAATTGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAGGG
TGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAAGAATATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCTTGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCCCC
TAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTTGAAGGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTGCATAATTGGATAACAGGAAATAGAAGTCACTCAGAAGTGTATTTTATAAAATGTTGTATTGTCTCTTTTCATACAATAACTGATTATTGC
TGTAAGTTGGATCCATATTTTAAAATTTGGATTCATGATGATATTTAGCCTTTTCC

Intron 3 GTAAGACTTC ... TTTTTGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.6	60	3.4	7.1
A2	5.35	53.1	1.6	3
A3	8.05	45.7	1.3	4
A4	8.74	44	1.1	4.2
A5	0	16.6	0.6	0
A6	0	11.3	0.1	0
A7	1.54	63.9	2	1
A8	1.91	51.3	1.2	1
A9	0	63	1.2	0
A10	1.61	61.2	0.8	1

>TRINITY_DN123301_c0_g2_i7 from sample A2 / Example spliced isoform

CAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCA
CTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGC
ACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTAATGGAGTTCATTAGAGATGGGAAAAAAACAGTTGCCGAGCTGATGGACTTGGGAATACAAATTTTGGGCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACAT
TTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAA
ATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCAT
ACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATA
AGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGAT
ATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGG
TGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTTCCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAA
AGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGAT
ATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCGCGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGA
TATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAACTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATG
GTATCTCTCACATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATCCTGGGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAATTGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAG
GGTGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAAGAATATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCTTGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCC
CCTAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTTGAAGGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTGCATAATTGGATAACAGGTAATATCTTGCAGCAGTAAAAGAGAAGTATGAAGATCATTTGGCCAATTCAGGCAGCCTCCAGTCCAGGCA
GAGTTGAGCG

>TRINITY_DN123301_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCA
CTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGC
ACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTAATGGAGTTCATTAGAGATGGGAAAAAAACAGTTGCCGAGCTGATGGACTTGGGAATACAAATTTTGGGCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACAT
TTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAA
ATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCAT
ACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATA
AGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGAT
ATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTgtaagacttccttccatgaaatacatctttcaactttcagtttctgtgttttggctgttatccagaaagccttttataatctgttttatgttttgttttttggaagGTCA
ATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTGAGAGGCTTTTACTTAGCTTTCTCATAAGGATCATCTGTAGCTTTGCTGTAGTAAACACACTACTTCCACATGCACAAGTACTTACAATCTCA
CAAGAGACAACACACACATATATACATCAAGTGTGCGTAATCAATTCATTGGAAAAAGTGTGACACAAGGCAAGTTATAACCTTTTAGTATTGGCCAATGAATACCGCCATTAGTGAC

Intron 4 GTAATGGAGT ... TTTTGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.42	37	57	35
A2	58.82	21	34	26
A3	65.31	21	43	36
A4	66.67	18	47	25
A5	62.67	14	28	19
A6	66.67	3	8	4
A7	54.19	28	45.3	21
A8	69.66	8.5	24	15
A9	58.13	26	50	22
A10	61.67	24	47.3	30

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

TGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAATTACCCATTCCCTTCCGAAGCTCTATTGGGGTTTTTTAATCGTAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGA
AGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTC
AAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTATTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCGAAATTTGTTCAGTACAAAGAGATATTGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCTGTTAAAATCACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCA
GCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATAGCTGCCGGCATGGCAGTGCGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCA
CAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCA

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAATTACCCATTCCCTTCCGAAGCTCTATTGGGGTTTTTTAATCGTAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGA
AGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGgtaatggagttcattcgagatgggaaaaaaacagttgctgagttgatggaattgggaatgcaaattttgggcagGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCAT
CTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTATTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCGAAATTTGTTCAGTACAAAGAGATAT
TGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCTGTTAAAATCACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAA
CACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAGGGGGTTTTCTTCATGCAAAAGAAACAAGAACCTTCAAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTAT
GGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAAT
TATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGT

Intron 5 GCGCCAGGTG ... ATCAGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.3	19.8	35.5	32
A2	74.18	9.3	24.8	24.3
A3	70.68	12.8	32.5	30.8
A4	69.68	11.5	23.3	27.5
A5	61.89	12.3	17.8	22.5
A6	66.92	2.5	3.8	4
A7	67.9	12.5	22.8	24.3
A8	48.43	13	13.5	11.3
A9	72.26	10	23.5	22.5
A10	63.32	16	27.8	26.8

>TRINITY_DN121379_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATA
GTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGC
TACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATT
TACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTC
TTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTC
GAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCA
GGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTA
GTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTT
CCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGG
TTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATC
ACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCGCGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAACTCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAA
CTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATGGTATCTCTCACATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATCCTGGGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAAT
TGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAGGGTGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAAGAATATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCT
TGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCCCCTAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTTGAAGGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTG
CATAATTGGATAACAGGAAATAGAAGTCACTCAGAAGTGTATTTTATAAAATGTTGTATTGTCTCTTTTCATACAATAACTGATTATTGCTGTAAGTTGGATCCATATTTTAAAATTTGGATTCATGATGATATTTAGCCTTTTCC

>TRINITY_DN121379_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATA
GTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGC
TACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGgcgccaggtgtttcctgctgttgttcatcttcttgaatcagttcagGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAAC
TTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCG
AATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGT
TATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATG
AGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGA
GTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAGCGGTGTTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGGCCAGCAACAGGTACATGTGCAACAACTTGCACGGC
AGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTTCCCATTAATTCTGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGCTGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGT
ATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTCTTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACG
CACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCGCGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGATTCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGTTATAAC
TCGCACATGGCAAATGGCTGATAAAATGAAATTACAAAGGGGGCAACTCCCAGAAGTTATGTCTGATATGAATGACAATCTCCGAATTAAGAGATTTATAGCAAAGTACACAATCAATCCAGCTATCGCTCATGGTATCTCTCACATTCTTGGTTCAATTGAGGTTGGAAAGATGGCAGATCTTGTTTTATGGAATCCTG
GGTTCTTTGGTGCAAAGCCTGAAATGATTATTAAAGGTGGTGTAATTGCCTGGGCACAAATGGGAGATCCCAATGCAAGCATCTCGACACCTGAACCGGTGTTCATGAGGCCTATGTTTGGTGCCATTGGAAAGGGTGGAAGTTCATGTTCAATTGCCTTTGTAAGCAAGGCTGCCAAAGAAGCTGGAGTTGAAAAAGAA
TATGGACTCCGAAAGAGAGTTGAAGCAGTTCAAAATGTCCGCAGCTTGACCAAATTGGACATGAAATTGAATAGTGCAACTCCTAAGATTGAAGTTGACCCCGAGTGTTTCACAGTTACAGCAGATGGAGAGCCCCTAAACTGCTTAGCTGCTACCACACTTCCTTTGTCAAAGAACTATTTTCTTTTCTAAGCTTTGAA
GGAATTTAATCACACAAACAATGTAGCAAAACTTCAATATCTTCTGCATAATTGGATAACAGGAAATAGAAGTCACTCAGAAGTGTATTTTATAAAATGTTGTATTGTCTCTTTTCATACAATAACTGATTATTGCTGTAAGTTGGATCCATATTTTAAAATTTGGATTCATGATGATATTTAGCCTTTTCC

Intron 6 GTAAGACTTC ... TTTTTGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.74	61	15	8
A2	10	54	6	3
A3	20.69	46	12	4
A4	18.52	44	10	6
A5	21.74	18	5	0
A6	7.69	12	1	0
A7	13.16	66	10	1
A8	17.19	53	11	1
A9	14.67	64	11	0
A10	10.14	62	7	1

>TRINITY_DN110443_c1_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

AATTCAAGTTTATGGAAACAATTTTCCAATATTTTACCCTGTAATTGTGTTCATGTATGCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGAGAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTA
TTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCT
GTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGC
TGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAA
TTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATGTTCATTTTATCTGCCCACAATTAGCAGATGAAGCAATTGCATGCGGCATTACAACTTTGATTGGTGGTGGAATAGGC
CCATCAACTGGTACATTGGCAACAACTTGCACGGCAGCACCAAGTCAAATGCAGTTCATGTTATGTGCAACTGATGATCTACCCATTAATTCCGGTTTCCTTGGGAAGGGAAACACTTCTAGTGCAATGGGTTTAGATGAAATTATCAAGGCTGGAGCTATAGGCTTAAAGCTTCATGAAGATTGGGGAAGCACTCCTGC
TGCTATTGACACATGTCTAACCGTGGCTGATATGTATGATGTACAGGTGACCATTCACACAGACACATTGAATGAGGCTGGTTGTGTCGAGCATTCGATTAATGCATTTCGCGAAAGAACAATCCACACCTACCACAGTGAAGGTGCAGGTGGTGGCCATGCTCCAGATATTATCAAAGTTTGTGGCTTGATGAATGTTC
TTCCATCCTCAACTAATCCCACAAATCCATTCACGCACAACACTGTTGATGAACACCTGGACATGCTGATGGTATGCCATCACTTGGACAAAAACAATGAAGAAGATGTAAAGTTTGCTGAGTCACGCATAAGAGAAGGATCAATAGCTGCTGAGGACATTTTACATGATATGGGAGCTATTAGTATGATTTCTTCCGAT
TCTCAAGCTATGGGTCGTATAGGAGAGGT

>TRINITY_DN110443_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GCACCATCGAATAGAATTTTAATATGTTGACGATGTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCC
TCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAAATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAG
AGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCAGGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTAATGGAGTTCATTAGAGATGGGAAAAAAACAGTTGCCGAGCTGATGGACTTGGGAATACAAATTTTGGGCAGGCGCCAGGTGTTTCCTG
CTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGTGGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTA
TGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGGAATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAA
CAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAACTACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGAT
GGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATAATAGATTATACAGGAATTTACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTgtaagacttcc
ttccatgaaatacatctttcaactttcagtttctgtgttttggctgttatccagaaagccttttattctgctttatgttttgttttttggaagGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCAATTGCAAG
CGGTGAGAGGCTTTTACTTAGCTTTCTCATAAGGATCATCTGTAGCTTTGCTGTAGTAAACACACTACTTCCACATGCACAAGTACTTACAATCTCACAAGAGACAACACACACATATATAC

Intron 7 GTAAGACTTC ... TTTTTGGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.78	60.8	15	8
A2	10.06	53.7	6	3
A3	20.75	45.8	12	4
A4	18.46	44.2	10	4
A5	22.5	17.3	5	0
A6	7.92	11.7	1	0
A7	13.31	65.2	10	1
A8	17.38	52.3	11	1
A9	14.74	63.7	11	0
A10	10.19	61.7	7	1

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GATGTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAA
ATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCA
GGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTAATGGAGTTCATTAGAGATGGGAAAAAAACAGTTGCCGAGCTGATGGACTTGGGAATACAAATTTTGGGCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGT
GGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGA
GAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGG
AATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAAC
TACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATTATAGATTATACAGGAATTT
ACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATATTCATTTTATCTGCCCACAATTGGCAGATGAAGCA
ATTGCAAGCGGTGAGAGGCTTTTACTTAGCTTTCTCATAAGGATCATCTGTAGCTTTGCTGTAGTAAACACACTACTTACACATGCACAAGTACCTACAATCTCACAAGATAAAAC

>TRINITY_DN133381_c0_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATGTCTTCATCAACTGCAATTTTTATCTCGAATTGCGGGCCCTATTGTCTGAGTATTGCCCAGTTATGGGCACTCGCCAGGTTTGCATCTATATAATATATGAGGTGGTCGTATAGATGAACCTCATGCTCTAGGTTCTGTGTAGACGTCAACGGCGCACTCATTTCCTCAAATTTTAATGCACTTGATCTGGCATCAA
ATAGTTTCTCACTTACGAATCAAATAGTTCCATTTCGGGTGCAGGCCCTCCTTTATTATTCATAGTTGCAGAGTTTTGAAGAATACAGATAGAGAGGAACTACCCACTCCCATCCGAAGCTCTATTGGGTTTTTTTAATCGCAAGGGTGAAAATGAAGTTGTTGCCGAGAGAGGTGGAGAAGCTTGCACTACATGGGGCA
GGCTACCTTGCACAGAAACGTTTGGCTCGAGGGCTGCGACTCAATTACACTGAAGCAGTCGCACTCATCGCCACTCAGGTAATGGAGTTCATTAGAGATGGGAAAAAAACAGTTGCCGAGCTGATGGACTTGGGAATACAAATTTTGGGCAGGCGCCAGGTGTTTCCTGCTGTTGTTCATCTTCTTGAATCAGTTCAGGT
GGAGGGAACATTTCCAGATGGCACAAAATTAGTTACTATTCACAATCCAATTTCAAGTGAAGATGGCAATCTTGAACTTGCATTATATGGCTCATTCCTTCCAGTCCCTAGTTTGGATCAATTTACTGTTATGGAAGACCAATGCTGCCCAGGCAAAATTTGTTCAGTACAAATAGATATCGTTTTAAATCCAGGTCGGA
GAGCCGTTAAAATTACAGTCACTAACAAAGCAGATCGCCCTATTCAGGTTGGCAGCCATTATCACTTTATCGAGGCGAATCCATACTTGCTTTTTGATCGAGAACAAGCTTATGGGATGCGTCTTAACATACCCGCTGGCATGGCAGTGAGATTCGAGGCGGGTGATGTAACTCCAGTAACACTTGTGAGTATTGGAGGG
AATAAGATCATACAAGGTGGAAATGGAATTGCAAGTGGTCCTGTTGATCAGTCACAGTTGCCACAGATAATGTCAGTTATCCAATCAAGGAGTTTTCTTCATGCGAAAGAAACAAGGACCTTCGAAGGTATTACTGGTGAAAATGATGAGCTCACGTACAAGATCAGTCAGGAGAAGTATGGTAATATATATGGACCAAC
TACAGGAGATAAGATTAAGCTCGGGGATACAGATCTATATGCTGAAGTTGAGAAAGATTTCACAGTTTATGGAGATGAGTGTATATTTGGTGGTGGAAAAGTAATACGGGATGGAATGGGCCAGGCCTCTGGATATCCGTCTACTTCTTGTTTGGATGTTGTAATTACAAATGCATTAATTATAGATTATACAGGAATTT
ACAAGGCAGATATTGGCATCAAAGGGGATATTATTACAGGAATTGGAAAGGCAGGAAATCCTGATGTCATGGATGGAGTATCTAAAGAAATGATTATTGGTgtaagacttccttccctgaaatacatcttccaactttcagtttctgtgttttggctgttatccagaaagctttttataatctgctttatgttttgtttt
tggaagGTCAATACAGAAGTAATTGCTAGTGAGGGATTAATCATCACTGCTGGAGCAATAGATTCTCATGTTCATTTTATCTGCCCACAATTAGCAGATGAAGCAATTGCATGCGGTGAGAGGCTCTTACTTATCTTTCTCATAAGGATCATCAGTAGCTTTGCTGTAGTAAACACACTACTTACACATGCACAAGTACC
TACAATCTCACAAGATAAAAC