sp|Q9ZU11|ATB15_ARATH ----> Homeobox-leucine zipper protein ATHB-15

Intron 1 GTAAACATAT ... TTTAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	10	2	4
A2	25.93	20	2	7
A3	40	3	1	2
A4	8.33	11	0	1
A5	50	2	0	2
A6	37.5	5	0	3
A7	0	1	0	0
A8	0	1	0	0
A9	0	3	0	0
A10	0	2	0	0

>TRINITY_DN107016_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTAATGCCCAGGACCGCGTTTATTGCATTGCATTGATGTCTTGAAGCTCTGTCGTGGGTAATTATTATTATTGGTCTCAGACAAATGAAGAAGAAGAACTCTGTTTTTGTTCGTTTTCGATCTGTGAAGAAGAAGAATAGTTTTGTCTGAATGGAGCTTGTGGATGCTGGGTTGCTTCCTCAGCTCTTCCAGAGGCTTGG
AACTATTATTACAGTAAATTGAAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCAGCGTTATTATACAGAGAGTTAGGGGTACTGGGCTTTAGCGGTTGGTCACTTGGGTAATGGCAGTGACGTCTGGCAAAGAGGGAAAGTCGTCAAGTAGTATGGACCAAGGCAAATATGTGCGTTACACAGCCGAGCAGGTGGAGGCACTGGAACG
ACTCTACCATGATTGCCCTAAACCCAGTTCTATTCGTCGCCAGCAACTCATACGAGAATGCCCAATACTCTCCAACATAGAGCCCAAGCAAATTAAAGTCTGGTTTCAAAACCGCAGATGTAGGGAGAAGCAGCGCAAGGAAGCTTCTCGTCTCCAGGCTGTGAACAGAAAGCTTTCTGCCATGAACAAGCTTTTAATGG
AGGAGAATGATCGTTTGCAAAAGCAAGTCTCGCAGTTGGTCTACGAGAATGGTTATTTCAGGCAGCAGTTGCAGAATGCCTCCATAGCAACTACAGACACCAGCTGTGAGTCTGTAGTTACAAGTGTTAAACATCAACAGCAAAATCATCTGACGCCCCGGGATCCCCCCAGGGATGCCAGTTCTGCTGGACTCCTTTCT
ATTGCAGAGGAGACTTTAACAGAGTTTCTTTCGAAGGCAAAAGGAAATGCTGTTGAGTGGATCCAGATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATGCTATTGGGATTGTCACTATTTCACATGGGTGTACTGGAGTAGCTGCACGAGCTTGTTCTCTTGTTGGTTTAGACCCTACAAAGGTTGCAGAGATTCTCAAAGATCG
CACATCTTGGCTTCGGGATTGCCGCAGTGTGGATGTTGTTAGTGTTTTCTCAACTGGAAATGGAGGAACCATTGAGCTGTTATACATGCAGATGTATGCACCAACTACTCTAGCTCCTGCCCGAGATTTCTGGACTCTTAGATACACCTCTGTATTGGAAGATGGTAGTCTTGTGGTCTGCGAGAGATCCTTAACTGGTA
CTCAGGGAGGTCCTAGCATGCCTGCCGTGCAGCACTTTGTTAGAGCAGAAATGCATCCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACA
ATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCTTCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCAT
CAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGA
AGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAAT
GCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGG
CAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAG
CACTTACCCTTGCACGTTGGGTTTGTCAGAGTTACAGATTCCACTTGGGGGTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGTGTTGCTCCTTGAAGTCATTGCCTGTTTTCACCTTTGCGAACCAGGCAGGTCTTGACATGCTAGAAACAACT
CTGGTTGCCTTGCAAGATATATCATTAGAAAAGATACTTGATGACAATGGCCGCAAAAGCTTTTGCTCAGATATTGCTCAAATTATGCAACAGGGATATGCCTATCTACCTGCTGGAGTATGTGTCTCTAGCATGGGCAGGCCTGCTTCATATGACAGGGCTATTGCTTGGAAAGTCCTCAATGATGAGGAAAATCCCCA
CTGCATAGCGTTCATGTTTATGAATTGGTCCTTTGTTTGATCATTATTTTTCGGTGTACAAATTATACAAGTTCATGGTTCATGTTGGGAAGTTAAGTTATTGAACAAAATCTCTTTCTGGTCCAAGGCGGGTGTTACTGACCACTGGACATTACTTAAGGAAAAAACACAGAGGGAGAATTCATGTAAGCAGCATATTT
GGTTGCTACATTTTTGCTTTTAATTTGAAGAATGAATTCTGTCGG

>TRINITY_DN107016_c1_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCTGAACAACATTTTAGGTTACTGTTTTTCAAATGATAGTTAATGAAAGTGAGGCATTTTGTACAGCCTGGTCCGGATGCTATTGGGATTGTCACTATTTCACATGGGTGTACTGGAGTAGCTGCACGAGCTTGTTCTCTTGTTGGTTTAGACCCTACAAAGgtaaacatatccccattcccagccatctttgttttctt
tgcacgttgaaagtgggattggtgtttatcttttgttgtttaattcagGTTGCAGAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTTCGGGATTGCCGCAGTGTGGATGTTGTTAGTGTTTTCTCAACTGGAAATGGAGGAACCATTGAGCTGTTATACATGCAGATGTATGCACCAACTACTCTAGCTCCTGCCCGAGATTT
CTGGACTCTTAGATACACCTCTGTATTGGAAGATGGTAGTCTTGTGGTCTGCGAGAGATCCTTAACTGGTACTCAGGGAGGTCCTAGCATGCCTGCCGTGCAGCACTTTGTTAGAGCAGAAATGCATCCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGG
AGCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCA
GTTAATGGCTTCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTAT
TCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCC
TAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAAC
CGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGT
TTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGTTTGTCAGAGTTACAGATTCCACTTGGGGGTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGT
GTTGCTCCTTGAAGTCATTGCCTGTTTTCACCTTTGCGAACCAGGCAGGTCTTGACATGCTAGAAACAACTCTGGTTGCCTTGCAAGATATATCATTAGAAAAGATACTTGATGACAATGGCCGCAAAAGCTTTTGCTCAGATATTGCTCAAATTATGCAACAGGGATATGCCTATCTACCTGCTGGAGTATGTGTCTCT
AGCATGGGCAGGCCTGCTTCATATGACAGGGCTATTGCTTGGAAAGTCCTCAATGATGAGGAAAATCCCCACTGCATAGCGTTCATGTTTATGAATTGGTCCTTTGTTTGATCATTATTTTTCGGTGTACAAATTATACAAGTTCATGGTTCATGTTGGGAAGTTAAGTTATTGAACAAAATCTCTTTCTGGTCCAAGGC
GGGTGTTACTGACCACTGGACATTACTTAAGGAAAAAACACAGAGGGAGAATTCATGTAAGCAGCATATTTGGTTGCTACATTTTTGCTTTTAATTTGAAGAATGAATTCTGTCGG

Intron 2 GTAAACATAA ... TTTAATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	2	0	2
A2	36.84	12	0	7
A3	14.29	6	0	1
A4	0	2	0	0
A5	100	0	2	3
A6	35.29	11	0	6
A7	16.67	10	1	2
A8	14.29	18	0	3
A9	0	13	0	0
A10	7.14	13	0	1

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAAAGCAAAAGATCGAATTCCTTAGCGGGACCATGTGGAAAGATGAATTCTTTTTTCAAGACGGTGCTTTCATCTTAGAGTAAACTTCCTTAGAATTCTTGACGATTTAGGGAAGCCATTTTCTTGGAAAGCATTTTCTTTGTTTTATTCCCAAGGAAAACATTTTCTTTTTCTTTTCAAATTTTCTTTGTTTTATTCT
CAAAGGAAAGCATATTCTTCTTCGGATCTTGATATGCAAGTCATCCCTCACCGGTTAATAGAGGAGAACCGCCCTTTGCAGAAAAGAGTCGAGGTTGGTGTAAGAGAATGGTTATTTTAAGGCAGCAGTTGTAGAATGTAACAGTCTTTCTAAAATGTTTTTTTTTTCAAAATGTTTTACAGAGGATATGGTTTGTTTTA
CTTTAATTGAGTTTATTTCAAAGGCTAAATGAAATGCTCTTGAGTGAATCCAGATGCTTAGGATGAAGGTTTGTTCTCCAATTTTTTGCTGAATTACAACATTTTAGGTTACTGTATTCCTAATGCTAGTTATAATTAGAGTGGGGTATTTTGTACAGCCTGGTTCGGATGCTATTGGAACTGTCACTATTTCGCATGGT
TGTCCTGGAGTAGCTGCACGAGCCTGTTCTCTTGCTGAAACTTGCTATAAACACTGCAAAGGTTGCGTAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTACTGGACTGCCGTAGTGTGGATGTTCTAGTTACCGCTTGCTAAACTGGAAATGGAGGAACAATTGAGATTTTATACATGCAGGTGAAACGAATTGTAAGCTGAG
AGCTTTGTAGCGATATAGAATTTGTCCAGTGTTCATCAATGTCTAATTTGAACGCTATTACTAATTGCAGATGTATGCACCAACTACTTTAGCTTCTGCCCTAGATTTCTGGACTCTTAGATATGCCTCTGTATTGGAAGATTGTAGTCTTATGGTACGTTGGATACTTCTTGCTTTAATTTCTGAGTTTAAGAACAAAA
AAAGGTCAAGAGTTCTGAAATGTTTTCATAATTTCATTCTAAAAGCTTTTCTTCTTATCACTATCTAAACTATCAGAGTTTTTGTTCTACATGGTAG

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTGCTATAAACACTGCAAAGgtaaacataatatcctaattcccagggatctctgttttcattgcaggttgaaagatgaatgggtgattattattttttatttaattcagGTTGCGTAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTACTGGACTGCCGTAGTGTGGATGTTCTAGTTACCGCTTGCTAAACTGGAAATGGA
GGAACAATTGAGATTTTATACATGCAGGTGAAACGAATTGTAAGCTGAGAGCTTTGTAGCGATATAGAATTTGTCCAGTGTTCATCAATGTCTAATTTGAACGCTATTACTAATTGCAGATGTATGCACCAACTACTTTAGCTTCTGCCCTAGATTTCTGGACTCTTAGATATGCCTCTGTATTGGAAGATTGTAGTCTT
ATGGTACGTTGGATACTTCTTGCTTTAATTTCTGAGTTTAAGAACAAAAAAAGGTCAAGAGTTCTGAAATGTTTTCATAATTTCATTCTAAAAGCTTTTCTTCTTATCACTATCTAAACTATCAGAGTTTTTGTTCTACATGGTAG

Intron 3 GTTAGTTAGC ... GTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	4	2	0
A2	16.67	10	1	3
A3	0	8	0	0
A4	33.33	6	4	2
A5	23.08	5	2	1
A6	-1	0	0	0
A7	20	12	3	3
A8	-1	0	0	0
A9	33.33	2	2	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN91450_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GTAGTATGGACCAAGGCAAATATGTGCGTTACACAGCCGAGCAGGTGGAGGCACTGGAACGACTCTACCATGATTGCCCTAAACCCAGTTCTATTCGTCGCCAGCAACTCATACGAGAATGCCCAATACTCTCCAACATAGAGCCCAAGCAAATTAAAGTCTGGTTTCAAAACCGCAGATGTAGGGAGAAGCAGCGCAAG
GAAGCTTCTCGTCTCCAGGCTGTGAACAGAAAGCTTTCTGCCATGAACAAGCTTTTAATGGAGGAGAATGATCGTTTGCAAAAGCAAGTCTCGCAGTTGGTCTACGAGAATGGTTATTTCAGGCAGCAGTTGCAGAATGCCTCCATAGCAACTACAGACACCAGCTGTGAGTCTGTAGTTACAAGTGTTAAACATCAACA
GCAAAATCATCTGACGCCCCGGGATCCCCCCAGGGATGCCAGTTCTGCTGGACTCCTTTCTATTGCAGAGGAGACTTTAACAGAGTTTCTTTCGAAGGCAAAAGGAAATGCTGTTGAGTGGATCCAGATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATGCTATTGGGATTGTCACTATTTCACATGGGTGTACTGGAGTAGCTG
CACGAGCTTGTTCTCTTGTTGGTTTAGACCCTACAAAGGTTGCAGAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTTCGGGATTGCCGCAGTGTGGATGTTGTTAGTGTTTTCTCAACTGGAAATGGAGGAACCATTGAGCTGTTATACATGCAGATGTATGCACCAACTACTCTAGCTCCTGCCCGAGATTTCTGGACTCTT
AGATACACCTCTGTATTGGAAGATGGTAGTCTTGTGGTCTGCGAGAGATCCTTAACTGGTACTCAGGGAGGTCCTAGCATGCCTGCCGTGCAGCACTTTGTTAGAGCAGAAATGCATCCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGCCATGGAG
TGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCT
TCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTG
CGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGA
AGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGG
ACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCC
CTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGTTTGTCAGAGTTACAGATTCCACTTGGGGGTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGTGTTGCTCCTT
GAAGTCATTGCCTGTTTTCACCTTTGCGAACCAGGCAGGTCTTGACATGCTAGAAACAACTCTGGTTGCCTTGCAAGATATATCATTAGAAAAGATACTTGATGACAATGGCCGCAAAAGCTTTTGCTCAGATATTGCTCAAATTATGCAACAGGGATATGCCTATCTACCTGC

>TRINITY_DN91450_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTAGTATGGACCAAGGCAAATATGTGCGTTACACAGCCGAGCAGGTGGAGGCACTGGAACGACTCTACCATGATTGCCCTAAACCCAGTTCTATTCGTCGCCAGCAACTCATACGAGAATGCCCAATACTCTCCAACATAGAGCCCAAGCAAATTAAAGTCTGGTTTCAAAACCGCAGgttagttagctagccggacatg
cttttactgctctgtatgtgttagccttagcacccatatgggtcaaaaacacctgagtgtggttactatttttgggtgttgctgcagATGTAGGGAGAAGCAGCGCAAGGAAGCTTCTCGTCTCCAGGCTGTGAACAGAAAGCTTTCTGCCATGAACAAGCTTTTAATGGAGGAGAATGATCGTTTGCAAAAGCAAGTCT
CGCAGTTGGTCTACGAGAATGGTTATTTCAGGCAGCAGTTGCAGAATGCCTCCATAGCAACTACAGACACCAGCTGTGAGTCTGTAGTTACAAGTGTTAAACATCAACAGCAAAATCATCTGACGCCCCGGGATCCCCCCAGGGATGCCAGTTCTGCTGGACTCCTTTCTATTGCAGAGGAGACTTTAACAGAGTTTCTT
TCGAAGGCAAAAGGAAATGCTGTTGAGTGGATCCAGATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATGCTATTGGGATTGTCACTATTTCACATGGGTGTACTGGAGTAGCTGCACGAGCTTGTTCTCTTGTTGGTTTAGACCCTACAAAGGTTGCAGAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTTCGGGATTGCCGCAGTGT
GGATGTTGTTAGTGTTTTCTCAACTGGAAATGGAGGAACCATTGAGCTGTTATACATGCAGATGTATGCACCAACTACTCTAGCTCCTGCCCGAGATTTCTGGACTCTTAGATACACCTCTGTATTGGAAGATGGTAGTCTTGTGGTCTGCGAGAGATCCTTAACTGGTACTCAGGGAGGTCCTAGCATGCCTGCCGTGC
AGCACTTTGTTAGAGCAGAAATGCATCCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATA
GCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCTTCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCC
ACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCAC
GAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTT
GCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGAC
AATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGTTTGTCAGA
GTTACAGATTCCACTTGGGGGTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGTGTTGCTCCTTGAAGGTAAATATAGTACAGTATCGTATACTTTATTCTGGCCTTTACTTCCAAATCTGCACGATTCTTACGGTGGGCTATGTTTGGTGCTGT
GCAG

Intron 4 GTATGGACCA ... AATCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.87	9	10	18
A2	21.54	9	2	3
A3	31.2	21.5	5.5	14
A4	19.38	13.5	1.5	5
A5	9.34	9	2	0
A6	20	4	0	2
A7	25	3	0	2
A8	9.4	5	0	1
A9	25	3	1	1
A10	18.53	15	2	5

>TRINITY_DN87414_c0_g2_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGT
CCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCTTCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTC
CTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAG
GTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGA
TAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGA
ACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGC

>TRINITY_DN87414_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGgtatggaccaatttctcacacatattcagtaatagtcattatattagtttgctcaagttatcaggccctctgtttttcattttgtttttgaaatcatgcagCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATA
CGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGATGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCTTCACAGATGATGGATG
GTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATGGGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAG
AATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGTGGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCT
AGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTTAGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCT
TGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTTTTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAA
TGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGC

Intron 5 GTTGGTGTAA ... TTTTGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.64	2	2	5
A2	81.82	1	3	6
A3	33.33	1	1	0
A4	100	0	2	2
A5	-1	0	0	0
A6	0	2	0	0
A7	50	3	2	4
A8	31.58	13	7	5
A9	38.46	8	5	5
A10	33.33	1	0	1

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GAAAAGCAAAAGATCGAATTCCTTAGCGGGACCATGTGGAAAGATGAATTCTTTTTTCAAGACGGTGCTTTCATCTTAGAGTAAACTTCCTTAGAATTCTTGACGATTTAGGGAAGCCATTTTCTTGGAAAGCATTTTCTTTGTTTTATTCCCAAGGAAAACATTTTCTTTTTCTTTTCAAATTTTCTTTGTTTTATTCT
CAAAGGAAAGCATATTCTTCTTCGGATCTTGATATGCAAGTCATCCCTCACCGGTTAATAGAGGAGAACCGCCCTTTGCAGAAAAGAGTCGAGCCTGGTTCGGATGCTATTGGAACTGTCACTATTTCGCATGGTTGTCCTGGAGTAGCTGCACGAGCCTGTTCTCTTGCTGAAACTTGCTATAAACACTGCAAAGGTTG
CGTAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTACTGGACTGCCGTAGTGTGGATGTTCTAGTTACCGCTTGCTAAACTGGAAATGGAGGAACAATTGAGATTTTATACATGCAGGTGAAACGAATTGTAAGCTGAGAGCTTTGTAGCGATATAGAATTTGTCCAGTGTTCATCAATGTCTAATTTGAACGCTATTACTAAT
TGCAGATGTATGCACCAACTACTTTAGCTTCTGCCCTAGATTTCTGGACTCTTAGATATGCCTCTGTATTGGAAGATTGTAGTCTTATGGTACGTTGGATACTTCTTGCTTTAATTTCTGAGTTTAAGAACAAAAAAAGGTCAAGAGTTCTGAAATGTTTTCATAATTTCATTCTAAAAGCTTTTCTTCTTATCACTATC
TAAACTATCAGAGTTTTTGTTCTACATGGTAG

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GAAAAGCAAAAGATCGAATTCCTTAGCGGGACCATGTGGAAAGATGAATTCTTTTTTCAAGACGGTGCTTTCATCTTAGAGTAAACTTCCTTAGAATTCTTGACGATTTAGGGAAGCCATTTTCTTGGAAAGCATTTTCTTTGTTTTATTCCCAAGGAAAACATTTTCTTTTTCTTTTCAAATTTTCTTTGTTTTATTCT
CAAAGGAAAGCATATTCTTCTTCGGATCTTGATATGCAAGTCATCCCTCACCGGTTAATAGAGGAGAACCGCCCTTTGCAGAAAAGAGTCGAGgttggtgtaagagaatggttattttaaggcagcagttgtagaatgtaacagtctttctaaaatgttttttttttcaaaatgttttacagaggatatggtttgtttta
ctttaattgagtttatttcaaaggctaaatgaaatgctcttgagtgaatccagatgcttaggatgaaggtttgttctccaattttttgctgaattacaacattttaggttactgtattcctaatgctagttataattagagtggggtattttgtacagCCTGGTTCGGATGCTATTGGAACTGTCACTATTTCGCATGGT
TGTCCTGGAGTAGCTGCACGAGCCTGTTCTCTTGCTGAAACTTGCTATAAACACTGCAAAGGTTGCGTAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTACTGGACTGCCGTAGTGTGGATGTTCTAGTTACCGCTTGCTAAACTGGAAATGGAGGAACAATTGAGATTTTATACATGCAGGTGAAACGAATTGTAAGCTGAG
AGCTTTGTAGCGATATAGAATTTGTCCAGTGTTCATCAATGTCTAATTTGAACGCTATTACTAATTGCAGATGTATGCACCAACTACTTTAGCTTCTGCCCTAGATTTCTGGACTCTTAGATATGCCTCTGTATTGGAAGATTGTAGTCTTATGGTACGTTGGATACTTCTTGCTTTAATTTCTGAGTTTAAGAACAAAA
AAAGGTCAAGAGTTCTGAAATGTTTTCATAATTTCATTCTAAAAGCTTTTCTTCTTATCACTATCTAAACTATCAGAGTTTTTGTTCTACATGGTAG

Intron 6 GTAAATATAG ... TGCTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	4	0.4	2
A2	16.67	15	0	3
A3	0	10	0	0
A4	40	4	2.4	3.2
A5	38.46	8	2.4	5
A6	8.33	22	0.4	2
A7	18.18	9	0.4	2
A8	7.14	13	0	1
A9	12.5	7	0	1
A10	12.5	7	0	1

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TGTTGAGTGGATCCAGATGCCTGGGATGAAGCCTGGTCCGGATGCTCTTGGGATTGTCACAATTTCACATGGGTGTACTGGAGTAGCTGCACGAGCTTGTTCTCTTGTTGGTTTAGACCCTACAAAGGTTGCAGAGATTCTCAAAGATCGCACATCTTGGCTTCGGGATTGCCGCAGTGTGGATGTTGTTAGTGTTTTCT
CAACTGGAAATGGAGGAACCATTGAGCTGTTATACATGCAGATGTATGCACCAACTACTCTAGCTCCTGCCCGAGATTTCTGGACTCTTAGATACACCTCTGTATTGGAAGATGGTAGTCTTGTGGTCTGCGAGAGATCCTTAACTGGTACTCAGGGAGGTCCTAGCATGCCTGCCGTGCAGCACTTTGTTAGAGCAGAA
ATGCATCCTAGTGGATATTTGATTCGGCCCTGTGAAGGTGGAGGTTCTCTAATTCATATTGTTGACCATATGGATTTGGAGCCATGGAGTGTTCTTGAAGTGATACGTCCACTCTATGAATCATCTACTGTACTTGCCCAAAAGGTTACAATGGCGGCTTTACGCCATTTGCGTCAAATAGCACAGGAGGCTTCTTCTGA
TGTGGTCCTTGGCTGGGGAAGGCAACCTGCTGCATTACGGACATTTAGCCAGAGATTGTGCAAGGGTTTCAATGAGGCAGTTAATGGCTTCACAGATGATGGATGGTCGTTGATGGGTAATGATGGAATGGACGATGTAACTGTTCTCATCAATTCATCTCCTAGCAAACTGCTCGGTCCACAGTTTGCTTCCTCTGATG
GGCTTCCTGCTCTTGGTGGGGGCATCATATGTGCCAAGGCTTCTATGCTATTACAGAATGTTCCTCCAGCATTGCTTATTCGTTTCTTGCGAGAGCATCGATCAGAATGGGTAGATAGTAATATGGATGCCTATTCTGCATGCGCTTGGAAGGCAAATCCTTGTACTGTTCCATCGTCACGAATTGGAGGTTTTGGAGGT
GGCCAGGTCATTCTCCCACTAGCACATACTGTGGAGCATGAAGAGTTTTTGGAGGTTATTAAGTTGGAGAATAATGGCCTAACACAGGAAGATGCTTTGCTGTCTAGGGATATGTTTCTGTTGCAGCTTTGTAGTGGAATTGATGAAAATGCAGTCGGGGCCTGTTCCGAACTTATTTTTGCTCCGATTGATGCATCTTT
AGCTGATAATTCTCCTTTGCTCCCTTCTGGATTCAGAGTCGTTCCCTCAGATTCTGGAATGGATGGTTCCAGTCCAAACCGTACATTGGACCTTGCGTCTGCCCTTGAAATTGGATCAGCAGGAACTCGAACATCTGTTGATTATGGTGGCAACAATAGCAACTTCAGATCAGTATTGACAATTGCTTTCCAGTTCACTT
TTGAGAACCATATACGGGAGAATGTCGCATCCATGGCTCGTCAATATTTGCGTGGTGTTGTAGCATCCGTGCAGAGGGTTTCCATGGCCCTAGCCCCTTCTCGAATGGGTTCCCATCTTGGGCCGAGGCTACCTCCTGGCACCCCAGAAGCACTTACCCTTGCACGTTGGGTTTGTCAGAGTTACAGATTCCACTTGGGG
GTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGTGTTGCTCCTTGAAGTCATTGCCTGTTTTCACCTTTGCGAACCAGGCAGGTCTTGACATGCTAGAAACAACTCTGGTTGCCTTGCAAGATATATCATTAGAAAAGATACTTGATGACAATGG
CCGCAAAAGCTTTTGCTCAGATATTGCTCAAATTATGCAACAGGGATATGCCTATCTACCTGCTGGAGTATGTGTCTCTAGCATGGGCAGGCCTGCTTCATATGACAGGGCTATTGCTTGGAAAGTCCTCAATGATGAGGAAAATCCCCACTGCATAGCGTTCATGTTTATGAATTGGTCCTTTGTTTGATCATTATTTT
TCGGTGTACAAATTATACAAGTTCATGGTTCATGTTGGGAAGTTAAGTTATTGAACAAAATCTCTTTCTGGTCCAAGGCGGGTGTTACTGACCACTGGACATTACTTAAGGAAAAAACACAGAGGGAGAATTCATGTAAGCAGCATATTTGGTTGCTACATTTTTGCTTTTAATTTGAAGAATGAATTCTGTTGGACAAG
CAAGAGACTCCAATTTTTTTTTTTCAAATTTTGATGAGTAGCACAAATGTTGTCTGCCTCTTGGTCTCTGTTCATCTTAGTAAAATAATAATGTAATGCAAATCGTTGTTTTGATCAAGTCTCTTGGCCTCCATCTTAGTAAAATAATAATGTAATGCAAATCGTTGTTTTGATCAAGTCTCTTGGCCTCCATCTTAGTA
AAATAATAATGTA

>TRINITY_DN40679_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTCTTTTAGAGCTATCCATATTTTTCATTGGCATAGTATATGATTGCACTGACTTTATATTGTTCATTTTGCCAGATTCCACTTGGGGGTAGAGCTTCTTAGGTCCAATTCTGAGGTCAATGAATCTGTGCTGAAGACACTTTGGCACCACTCTGATGCCATCATGTGTTGCTCCTTGAAGgtaaatatagtacagtatc
gtatactttattctggcctttacttccaaatctgcacgattcttacggtgggctatgtttggtgctgtgcagTCATTGCCTGTTTTCACCTTTGCGAACCAGGCAGGTCTTGACATGCTAGAAACAACTCTGGTTGCCTTGCAAGATATATCATTAGAAAAGATACTTGATGACAATGGCCGCAAAAGCTTTTGCTCAGA
TATTGCTCAAATTATGCAACAGGGATATGCCTATCTACCTGCTGGAGTATGTGTCTCTAGCATGGGCAGGCCTGCTTCATATGACAGGGCTATTGCTTGGAAAGTCCTCAATGATGAGGAAAATCCCCACTGCATAGCGTTCATGTTTATGAATTGGTCCTTTGTTTGATCATTATTTTTCGGTGTACAAATTATACAAG
TTCATGGTTCATGTTGGGAAGTTAAGTTATTGAACAAAATCTCTTTCTGGTCCAAGGCGGGTGTTACTGACCACTGGACATTACTTAAGGAAAAAACACAGAGGGAGAATTCATGTAAGCAGCATATTTGGTTGCTACATTTTTGCTTTTAATTTGAAGAATGAATTCTGTTGGACAAGCAAGAGACTCCAATTTTTTTT
TTTCAAATTTTGATGAGTAGCACAAATGTTGTCTGCCTCTTGGTCTCTGTTCATCTTAGTAAAATAATAATGTAATGCAAATCGTTGTTTTGATCAAGTCTCTTGGCCTCCATCTTAGTAAAATAATAATGTAATGCAAATCGTTGTTTTGATCAAGTCTCTTGGCCTCCATCTTAGTAAAATAATAATGTA