NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGATTG ... ATATGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92	1	13	10
A2	68.47	4.4	10	9
A3	56.35	12.9	11.5	21.4
A4	63.66	8.7	23.5	7
A5	57	4.1	5.5	5
A6	25.88	35.9	16.5	8.3
A7	22.42	166.6	47.5	47.6
A8	23.38	160.9	53.5	44
A9	20.16	139	37.5	32.7
A10	22.35	158.7	47	44

>TRINITY_DN36674_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GCACCATCTAGAAAACTCTGTGACCGTTGCAGCACATGATGTCACATTATAAATGCAGTATCTCCATTGGAGTAGGTCTATTTGAGTTCTTACTCTTACTCTTCTGGGCTTTACTGTTTCATGATTTTTTATTGAGTTTCTTGCTTGTATTTTCCTGTATTCATATTTTTGCAAGGAATCGGAGCGTTATTTGTTTAAGT
TACAGTTATTTTTAGGGTAATGGTGGTCATTTTCTTATTTATTTTTCCTGGTTTTGGTTTTGCTTATGTATGTGGCCACTGTTTTCTTTTGGCTTTGTTATTTCTCTTTATATCTTGGATGAATAAACGTGTTTATGATTTGGAATTGAATGAAAGAAAGGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGGTAAGAT
AGTTGTGTTCTAAAAATGAACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAGGCCGATTTGGTGACGTAATGGTAAGTTCGATTACCATGACATCTTATCTTTGATTTTGGAAACTTAAAATTCCAGTGGTTTCTGATAGATGATGTTCGTGTCTGG
TTTTTGACTTTGTAGTGGTTATATATTTTTTTAATACGATTCAGAGTCGCTTCTATTCTAATTATTTATTTTGTACTTTCTTTTAATTATGGAAAATTTGGTTGAATTAATTGATATTTTCATAAATTCTGATGAAATCATTTGAAAAATAATTCAAATTTAGAACGTCTTTGTAGCAGATCTGGATGGTAGCTATTGTA
ATATTTAGGATTGGTATTTTTTTCTGTATGTATTATAGATTATTTGATTTTGCATTCTTCGTACAAACTCTGTGTATCGGTGTTCCTCCGAATTTAATTTTGTATTTTTGGATGAGCTTTTAGAAATTGTTATTTTTTTATATTAATTTTATTAATTTGTATTTTTGCATGAGC

>TRINITY_DN36674_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCACCATCTAGAAAACTCTGTGACCGTTGCAGCACATGATGTCACATTATAAATGCAGTATCTCCATTGGAGTAGGTCTATTTGAGTTCTTACTCTTACTCTTCTGGGCTTTACTGTTTCATGATTTTTTATTGAGTTTCTTGCTTGTATTTTCCTGTATTCATATTTTTGCAAGGAATCGGAGCGTTATTTGTTTAAGT
TACAGTTATTTTTAGGGTAATGGTGGTCATTTTCTTATTTATTTTTCCTGGTTTTGGTTTTGCTTATGTATGTGGCCACTGTTTTCTTTTGGCTTTGTTATTTCTCTTTATATCTTGGATGAATAAACGTGTTTATGATTTGGAATTGAATGAAAGAAAGGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGGTAAGgt
aaagattgttctaacactttgcttttcaatgattaaatttacagaaaccctttatcggcaatactggaattctaacagcttttttttgctatgatatgaacagATAGTTGTGTTCTAAAAATGAACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAG
GCCGATTTGGTGACGTAATGG

Intron 2 GTAAGGTAAA ... ATATGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.73	1	13.5	10
A2	60.11	6.9	11	9
A3	57.95	12.5	12	21.8
A4	63.34	9.6	25.5	7
A5	59.21	3.5	4.5	5
A6	31.08	37.1	21.5	9.3
A7	25.44	159.5	53	49.5
A8	27.85	155.5	64.5	48.5
A9	25.77	130.1	46.5	36.3
A10	26.39	149	53.5	46.3

>TRINITY_DN101125_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

TTCTGGGCTTTACTGTTTCATGATTTTTTATTGAGTTTCTTGCTTGTATTTTCCTGTATTCATATTTTTGCAAGGAATCGGAGCGTTATTTGTTTAAGTTACAGTTATTTTTAGGGTAATGGTGGTCATTTTCTTATTTATTTTTCCTGGTTTTGGTTTTGCTTATGTATGTGGCCACTGTTTTCTTTTGGCTTTGTTAT
TTCTCTTTATATCTTGGATGAATAAACGTGTTTATGATTTGGAATTGAATGAAAGAAAGGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGATAGTTGTGTTCTAAAAATGAACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAGGCCGATTTGGT
GACGTAATGGTAAGTTCGATTACCATGACATCTTATCTTTGATTTTGGAAACTTAAAATTCCAGTGGTTTCTGATAGATGATGTTCGTGTCTGGTTTTTGACTTTGTAGTGGCC

>TRINITY_DN101125_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTGGGCTTTACTGTTTCATGATTTTTTATTGAGTTTCTTGCTTGTATTTTCCTGTATTCATATTTTTGCAAGGAATCGGAGCGTTATTTGTTTAAGTTACAGTTATTTTTAGGGTAATGGTGGTCATTTTCTTATTTATTTTTCCTGGTTTTGGTTTATCTTTTCACATTTTTTGGTTTGTTTAAGTTACAGTTATTT
TTAACGTGTTTATGATTTGGAATTGAATGAAAGAAAGGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGgtaaggtaaagattgttctaacactttgcttttcaatgattaaatttacagaaaccctttatcggcaatactggaattctaacagcttttttttgctatgatatgaacagATAGTTGTGTTCTAAAAATG
AACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAGGCCGATTTGGTGACGTAATGGTAAGTTCGATTACCATGACATCTTATCTTTGATTTTGGAAACTTAAAATTCCAGTGGTTTCTGATAGATGATGTTCGTGTCTGGTTTTTGACTTTGTAGTGG
CC

Intron 3 GTAATGGTGG ... TGAAAGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	15	12.5
A2	79.95	4	16	16
A3	83.47	5	22	28.5
A4	100	0	22	18
A5	84.31	2	11	10.5
A6	78.23	12	39	48
A7	77.69	53	194	180.5
A8	74.38	52	146	161
A9	82.66	36	192	156.5
A10	78.16	45	164	164.5

>TRINITY_DN40084_c2_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TTAAGTTACAGTTATTTTTAGGGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGATAGTTGTGTTCTAAAAATGAACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAGGCCGATTTGGTGACGTAATGGTAAGTTCGATTACCATGACATCTTATC
TTTGATTTTGGAAACTTAAAATTCCAGTGGTTTCTGATAGATGATGTTCGTGTCTGGTTTTTGACTTTGTAGTGGTTATATATTTTTTTAATACGATTCAGAGTCGCTTCTATTCTAATTATTTATTTTGTACTTTCTTTTAATTATGGAAAATTTGGTTGAATTAATTGATATTTTCATAA

>TRINITY_DN40084_c2_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTAGAAAACTCTGTGACCGTTGCAGCACATGATGTCACATTATAAATGCAGTATCTCCATTGGAGTAGGTCTATTTGAGTTCTTACTCTTACTCTTCTGGGCTTTACTGTTTCATGATTTTTTATTGAGTTTCTTGCTTGTATTTTCCTGTATTCATATTTTTGCAAGGAATCGGAGCGTTATTTGTTTAAGTTACAGTT
ATTTTTAGGgtaatggtggtcattttcttatttatttttcctggttttggttttgcttatgtatgtggccactgttttcttttggctttgttatttctctttatatcttggatgaataaacgtgtttatgatttggaattgaatgaaagaaagGATTCTTGAAGCATTTATCTCACTTTGAAGCAGATAGTTGTGTTCTA
AAAATGAACAGATTGACAGATAGTTGTGTGCAAGAGAGATTGGATTCTATGAACCCTGCATTTACCGGCGGTTAATTAAACAGGCCGATTTGGTGACGTAATGGGACTGACAACAATAGAAGTGAATGTCATCATAAGAAAAGCAATTATGGAAGATACAAATGATGATGAATTGGTCCTTAGCTCATCTAGAGTGGTGT
TGGAAGTTAATAGAAGGGGGAAATACTTTTATAATACTATAAAGGATATAGTGTCCAAAGAACATATAGACGTACTTTTCACTTACAATACAGAAATCAATCAAATGATTTGAAGAATGAGGTCATATGTAAACTAGAAGTGTTGTTTCCAGATCAATGGTCAATTTGACTTGTCAAACTTGTAATAGAAAAAACATACA
ATAAAAAAAAGAATCATTCAAAAATTAATATTCCTAAAAATGTTTATGTAGAATATGTATCTATAACTATTACAAAGCGTCATTCAATAATTTTAATTATGTCATATTTATTTTTCATATTAACAGAAAAATAGTTTAATGTCATTTTACATTTTCAGGAAGATTATGAGAATCCCAAAGGA