NA ----> NA
Intron 1 ATTGGCAAAA ... CCAAGGGCAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.92 | 14 | 11 | 26 |
| A2 | 92.31 | 1 | 15 | 9 |
| A3 | 82.61 | 2 | 7 | 12 |
| A4 | 61.9 | 8 | 11 | 15 |
| A5 | 66.67 | 2 | 1 | 7 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 87.5 | 1 | 9 | 5 |
| A8 | 75 | 3 | 10 | 8 |
| A9 | 60 | 2 | 3 | 3 |
| A10 | 75 | 3 | 6 | 12 |
>TRINITY_DN46613_c1_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformATATATTCTAAAAGTTAACTTGTTTATATACTGCCCAGATTCAAAATTTTGTAGTTTTATAACATATCCAAGGGCACCATATTACGCCTATTTTTTAGGGAATCCCCTCAGCATTCTATTTTTAGGGCACGGATTACACCTATTTTTGAGGGAATCCCCTCAGCATTCTATTTTCTAAACGTACCTCCTGAGTACTATCA
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>TRINITY_DN46613_c1_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:TCCCCTCTAAGAGGATGATATGGACTTGGATTCTAGAATCTTTTGAGCCATTTGGTTGGCATTTATTTCCAAACACAAGAAAACTAACCAAAGGATTTTTATGTCTAGATATACGAGACCACAAGTTGTGACTATCATATCGTGCAAGGAAACAAGCTCTGATCTGTAGGAATAACCCAATTGTCAAATTGATCAACATT
TGTTTCCATTGTCAAAGTTGGAGCACCATATTAAAGGTTGTACCCTCATGGTTAAGTTGCCGACTACAACCCCTGTACCTCAATCTATTTAAATTCTAGACATGACATTGGACATATGTGTGTCAAACGGGCTCCAAATCTGGCATGTAACGTCAAACCCAAGCCACGCTTCAGCTATTTCCCTCCTTGTTGGGCATTAA
ATTCATGTCATAGTCTACCATCGTTGCACTCAAAGGTGCATATTCTATCCCTTAGAGCTCTCAAAGCCACAATGATGTTCAAACTTCAAAGGAATTCTCAGTATCTACCCACATGTTGAATCATGTAGAGACATAAAATAACTAAGGAAACTTAAGACACTACATAATTTATTCCATTGAGTCTGGCAATGTTATCCAAT
TCATTTGGGGCATTAAATCTGGAAGATGGTATTGATATTGGAAAAATAAATGAAGGCAGGGTGGAGTTTTTCCCTCTTGACTGAAATTATTCTCTTGGAATGTTCAATATCTTTCCTTGTATAAAGACAATGTCGTATGGTTGTGCCAGACATTGAAGGATTTGGATCATTGTTTCTTTGCAAAAATTCAAGACTAGAGG
TTTTACACATGGATAGGCTCATTTGCTTACATCTCGGCTCACAAGGAAGAAAACTTGAAAGGGTGGCATAGAATGAAGTTATCAGCTTCACTTTCTAATTATTGGGTGGGGAATCGGCCTAACCTAAAGATTGATCTAGGTGTTGCTCCACCTAGATAGCCATACTCTCATAGTTACTAAATTTATGCATAAAAAAATAC
CTTCAAATGAGCATCCTTTTGGTGTTGGACGGCCAAAGTGCCAATGTAGACCAATTGGTTTGTTTGTAGTGATTTTAATATGGTAAAATATCAATAAGACAAGAAAGGTTTTCTCCCAAACTTGAAGCCCCGTGACGAGAGAACCTTAATTCAGTCTGTGCTCTAGCATAGGTCTGTATTATCCCAATGTTTACAAGAAT
AATGATTCCTCTAATTTGTAAAATAGAACATCCAATTTTAGGAAAGGACAGAGAATGGAATGTCTTGACCAGTTTAGCTTCATTATGGATAACCAAGGGCACTTGGAAAAAAAAATTTAATAACATTTTCAATAATTCAAATATATATTCTAAAAGTTAACTTGTTTATATACTGCCCAGATTCAAAATTTTGTAGTTTT
ATAACATATCCAAGGGCACCATATTACGCCTATTTTTTAGGGAATCCCCTCAGCATTCTATTTTTAGGGCAattggcaaaaaaattccataacattttcaataaatcaaatatatattctaaaagttaacctgtttatatactgctcgacgtcaaatttttgaatttttataacatatccaagggcacCGGATTACACCT
ATTTTTGAGGGAATCCCCTCAGCATTCTATTTTCTAAACGTACCTCCTGAGTACTATCATAAGGTTAAATCTCACTAGGATTACTTAACCATGTATTAAGATAAAATATTTTCTCAGAATGGCACTTTAACCTCAACGCGGTCTAGGAGCATTGTCTCTGTGTCAAGTATTAATATTTTGATAAGAAGTCGTTCATGCAA
AAATAATTAGTTCAGAGTAACATGTAGGAAATCAAGTAGATAAGGCTATTTTCAAAGGATGAACGCAACATCACATCATAGATACCCATTTATCAAATTCTCAGCTACAACATGAAAGGGAACAATATGAGGAAAAGCTTCGGGCATTGTGAAATCAGGAAAATATTGTTAATAAAGTATCCAATCAAAGAACATGATTG
ATCAAATAATTGAAGTTCCACCTATATAGGCTAAAGCCGACATCCAAGGTGATGTTCATTAGTTTTGATCATCTTTCATTTTTTTTGTAAGTAAAGAACAATCTTTGGTAGGGTCATGACCAAGGAGGGTTTGCTGTTGGCCCTGTGATAATTTCTTCTGCATTTACTGTTGTTACACTTTGCATTATTTATATCTATTG
CCTTGCTGTGCATTTAGTTTTGGTATCCATAGGTTGGCCTTTCCAACATGTTGGGATGGAACCTTAAGATTAGCATACTCCCAGTATTGGGAATAGTTTTGACAAAAACATGGGAAGAATGGCACCCAAGAAGGCCTGCAAGTTTGTCCCCGAGTTTTACCAAAAGGTAATGTTTGAGTCCCTCTTGTTGATCCTTGAAC
TAACATTTCTTCTGATGAATATAAGGATACTTGTGAATATAGCAGCCATGCCGTATTTGGATACTTTTCCAATTGTATCCCCTCTAAGAGGATGATATGGGCTTGGATTCTAGAATCTTTGGAGCCATTTGGTTGGCATTTCCAAACGCAAGAAAACTAACCAAAGGATTTTTATGTCTAGGTATACGAGACCACAAATT
GTGACTATCTTATCGCACAAGGAAGCAAGCTCTGATCTGTAGGAATAACCCAATTGTCAAATTGATCAACACTTGTTTCCATTGTCAAAACTGGAGCACCATATTAAAGGTCAACACTATGACAGTTTTCTTTTGTAACAGTGAGCATGACATTCAATTTATACATACAAAAATAGTTATAGATATGCTGAGATGTCACC
AAAGGTCTGCTAGACATCCTAGATCTTTCAGAACAGGCCTTGGATCTCCTTATAGTCATGAACAACACAAAGCTAACAGATATTCAAACAAGCAAATATACCAAGCAGTTTTCAGGGCTCTCAGTTTTTCAGTATCAGTGTTTATAAGGGAATAAAAATAGTGAATTTCATAACTCAAATGTAGACCAACAATATATTAG
AAAATATTAGAAAAACTTGGCTAAGCTTCGTAATCATTAAAGGATATGGGATGCAGACTTAGGGTATTGATCAAAGAGTAATTTCTAAATATTGTTTGGTTCTTTGCAGAATATTGACCAGCTTTAACCAAGTTTAGTAGAGCAAGGACAAAAATCCTTCATGCAGTCATATCAACAGCTTCATCAATTTCAAAATTTAG
GCTAATATTGATTAGCAGTCTTGTAAGTTTATGGATCATTTCAACATGTTATCCAGATCCTTTGTTATATCAACATACCAGAAATGAGATCAAAGAAACAACATTGCAATGGTGGGGTACCGATTACCAAGTGGATCAGAAACATTCAATTGGTCATAGTTGGTGATTCTATGGAAAAATTCATTTTACAGTCTGCCTCT
GTCTGGAAGTGTTGTTTTATTTATCATCTGCATGAGAATTGGTATGGTATCAATTCAAGGAGAAGGGTCTGCGTGAAACATGGTAGCGTGAAGCCTGGTATAAGTTCAAATTCCTAGTTGTTTCAACTGGGGATTGGTGCATATGAGTAAGGGGTTTTGTTTCATGTCTCTGCAACTGGTTTTTACAGCTTTTTATTATC
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ATGGGTAATCTTTTTGTGCAAAAGTATTGAATTCGGGACTGTTGAGTCTGCATGGAATGTAGTGGACAAAATTGGTCACATTGTCTGCAGCTCTAAGATTGGAATTGGTACAAGTGTGTGTGGTGAGACTCTATTGCAAAAAGATTTTCAGGGCAATTCTGGACTGTGTTTGTTTCCTTTCATATTTTTTATTAGAGGAA
TTTGCTACCCGTCCCTATATTTATCTCTTTTCATATTTATCAGTTTGTTTCCTTGATGGAAATGGTTCTGGAAATTGGTAACAAGGATAAATTTGAACATTTTCCCGAAAAAAATCAAGAAAGACAAGAGAAACATAGACATTGATATGCAGGCTTTAGTAAAAAGGAAGAAGGTTTGGGAGGATCAGTGTCAGAG
Intron 2 GTGCATTCTT ... TTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 2 | 9 |
| A2 | 42.86 | 4 | 4 | 2 |
| A3 | 78.95 | 2 | 8 | 7 |
| A4 | 42.86 | 6 | 8 | 1 |
| A5 | 37.5 | 5 | 3 | 3 |
| A6 | 63.64 | 2 | 0 | 7 |
| A7 | 38.46 | 20 | 16 | 9 |
| A8 | 56.52 | 5 | 5 | 8 |
| A9 | 33.33 | 4 | 2 | 2 |
| A10 | 48 | 13 | 7 | 17 |
>TRINITY_DN44819_c1_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoformCTCGAAGATAAGTAATACAGTTCTCTTTTTTGAATTTCTTGAATGTGTGCACTTTTTGTATGTCCATCTTCCTTTTCTCAGTGCAATTTCTTGAATGTGTGCACTTTTTGTATGTCCATCTTCCTTCTCTCAATGCTTCCTCGTAAACTATCACTTCATTCTATGTATTGGAATAGTGCTCGGCTTATACCTCCAAAGTT
TGTGTGAGATTGGCCCCCAAACCCAAACTTGAAGTAATTTTTTCTCTATTCAGTAGCATTCTTTGACCATCATTTATTCAGTAAGTGTTTTCGCGGTAAGAACAGGTCGGTATCTCAAGGTAGGGAGATTTCCCAATCCATGCAATGGAAAGAGGTAAAATCATAATATCATATAAATATAACATTCATTCTTGGGCGTA
CGTCAAAGTGTCGTGATAGGGAATGTGTTTCAGTAACTATCTCTAAGATAAGCCATTGAATCTTTCCCTTTAATCGACAATAAGATCTCTATATAATCCTCCCTCTAACCTCCCCTATATTCAGGCGGTCTAAAGTAAGTGAGAAGCTTCTTTCTTTCCTCAAAGCATACCCTCTGTAATAAGCAAGCCATAGATGTGTC
TAGAGTTCGAGTTGCCTAGCCCGTGCGGAAAGGTCAAATCTATGTGTTGCGGACAATGAAGTGCCTAGTACGAGGTTATGTGCAGTGAATTCATATGTGCTACGATTTTGTGCTAAACCTAGAATATTGACCAGCTTTAACCAAGTTTAGTAGAGCAAGGACAAAAATCCTTCATGCAGTCATATCAACAGCTTCATCAA
TTCCAAACTTTAGGCTAATATTGATTAGCAGTCTTGTAAGTTTATGGATCATTTCAACATGTTATCCAGATCCTTTGTTATATCAACATACCAGAAATGAGATCAAAGAAACAACATTGCAATGGTGGGGTACCGATTACCAAGTGGATCAGAAACATTCAATTGGTCATAGTTGGTGATTCTATGGAAAAATTCATTTT
ACAGTCTGCCTCTGTCTGGAAGTGTTGTTTTATTTATCATCTGCATGAGAATTGGTATGGTATCAATTCAAGGAGAAGGGTCTGCGTGAAACATGGTAGCGTGAAGCCTGGTATAAGTTCAAATTCCTAGTTGTTTCAACTGGGGATTGGTGCATATGAGTAAGGGGTTTTGTTTCATGTCTCTGCAACTGGTTTTTACA
GCTTTTTATTATCCCGTGAAAATAGCACAGTTTTAAAAACAAGGCGTTGAATTCTCGTCTTTCTTCCTGGATATTAGTGAATGTTTGGAATTATGAGGATTGTGCTGGTAGGGTTGATTACTATGTAAGGAGTATTGTTTTGTTTCACTATATTCCAGCAATTGGGTTTGAGCCTTTGTGCATGACTTCTGAGTCTTACA
TGGATCTTTCTTCATGGGTAATCTTTTTGTGCAAAAGTATTGAATTCGGGACTGTTGAGTCTGCATGGAATGTAGTGGACAAAATTGGTCACATTGTCTGCAGCTCTAAGATTGGAATTGGTACAAGTGTGTGTGGTGAGACTCTATTGCAAAAAGATTTTCAGGGCAATTCTGGACTGTGTTTGTTTCCTTTCATATTT
TTTATTAGAGGAATTTGCTACCCGTCCCTATATTTTATCTCTTTTCATATTTATCAGTTTGTTTCCTTGATGGAAATGGTTCTGGAAATTGGTAACAAGGATAAATTTGAACATTTTCCCGAAAAAAATCAAGAAAGACAAGAGAAACATAGACATTGATATGTAGGCTTTAGTAAAAAGGAAGAAGGTTTGGGAGGATC
AGTGTCAGAGTTCGGTTGGTTGATCATATCCATCATGATTATCTGGATGCTCAGGTTACCCATCAGAGAAAGAATCTTTCAAATGCAGAAATTGAGATTGAATTCTAGAAGGAAAATTTATGACATTTGAAAAAGAACTCAACTACTTGAAGAATGCTTGGAAATGTTTTGAAGCAGAGTTGACTTCTTGGAATTTAAAG
AATGAAGCAGGGCTGATTTTTACTATGAGCTCAGATTCAGATGTGAAGATTTCATATGAGAAGAATGATGCTGAGGATATCTCCTCTCCTTAGTTTCCACCAAATTCAGAATAATGACTAAACATTATCTGAAATTCTGGAATCTCCCCTCTTCTATGTTGATTAATGAAGTGCAAGTGTATTTTCCAGTTAGCAATTTA
TTAAAATTTATGCCAGTCATGCCTTTAGTAACAGTTGGAATTTGAAAGAATATAACTCTTTTGTAATAGATTTTGATCATAGATCCAGACCTATGAATTACTGCTCATTTTGACTCCAACAATTTTGTAACAATAGGTCTTCCGGTCCAGCCAAGACCTCTATTATATATATATATATATAAAACAGTTTCCATTTGTG
>TRINITY_DN44819_c1_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTCGAAGATAAGTAATACAGTTCTCTTTTTTGAATTTCTTGAATGTGTGCACTTTTTGTATGTCCATCTTCCTTTTCTCAGTGCAATTTCTTGAATGTGTGCACTTTTTGTATGTCCATCTTCCTTCTCTCAATGCTTCCTCGTAAACTATCACTTCATTCTATGTATTGGAATAGTGCTCGGCTTATACCTCCAAAGTT
TGTGTGAGATTGGCCCCCAAACCCAAACTTGAAGTAATTTTTTCTCTATTCAGTAGCATTCTTTGACCATCATTTATTCAGTAAGTGTTTTCGCGGTAAGAACAGGTCGGTATCTCAAGGTAGGGAGATTTCCCAATCCATGCAATGGAAAGAGGTAAAATCATAATATCATATAAATATAACATTCATTCTTGGGCGTA
CGTCAAAGTGTCGTGATAGGGAATGTGTTTCAGTAACTATCTCTAAGATAAGCCATTGAATCTTTCCCTTTAATCGACAATAAGATCTCTATATAATCCTCCCTCTAACCTCCCCTATATTCAGGCGGTCTAAAGTAAGTGAGAAGCTTCTTTCTTTCCTCAAAGCATACCCTCTGTAATAAGCAAGCCATAGATGTGTC
TAGAGTTCGAGTTGCCTAGCCCGTGCGGAAAGGTCAAATCTATGTGTTGCGGACAATGAAGTGCCTAGTACGAGGTTATGTGCAGTGAATTCATATGTGCTACGATTTTGTGCTAAACCTAGgtgcattctttgaccatcctttcttcatccatcgtgaatttcataagcttgcaagtgtaattcttgtctttaatagct
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tcataactcaaatgtagaccaacaatatattagaaaatattagaaaaacctggctaagcttcgtaatcattaaaggatatgggatgcagacttagggtattgatcaaagagtaatttctaaatattgtttggttctttgcagAATATTGACCAGCTTTAACCAAGTTTAGTAGAGCAAGGACAAAAATCCTTCATGCAGT
CATATCAACAGCTTCATCAATTCCAAACTTTAGGCTAATATTGATTAGCAGTCTTGTAAGTTTATGGATCATTTCAACATGTTATCCAGATCCTTTGTTATATCAACATACCAGAAATGAGATCAAAGAAACAACATTGCAATGGTGGGGTACCGATTACCAAGTGGATCAGAAACATTCAATTGGTCATAGTTGGTGAT
TCTATGGAAAAATTCATTTTACAGTCTGCCTCTGTCTGGAAGTGTTGTTTTATTTATCATCTGCATGAGAATTGGTATGGTATCAATTCAAGGAGAAGGGTCTGCGTGAAACATGGTAGCGTGAAGCCTGGTATAAGTTCAAATTCCTAGTTGTTTCAACTGGGGATTGGTGCATATGAGTAAGGGGTTTTGTTTCATGT
CTCTGCAACTGGTTTTTACAGCTTTTTATTATCCCGTGAAAATAGCACAGTTTTAAAAACAAGGCGTTGAATTCTCGTCTTTCTTCCTGGATATTAGTGAATGTTTGGAATTATGAGGATTGTGCTGGTAGGGTTGATTACTATGTAAGGAGTATTGTTTTGTTTCACTATATTCCAGCAATTGGGTTTGAGCCTTTGTG
CATGACTTCTGAGTCTTACATGGATCTTTCTTCATGGGTAATCTTTTTGTGCAAAAGTATTGAATTCGGGACTGTTGAGTCTGCATGGAATGTAGTGGACAAAATTGGTCACATTGTCTGCAGCTCTAAGATTGGAATTGGTACAAGTGTGTGTGGTGAGACTCTATTGCAAAAAGATTTTCAGGGCAATTCTGGACTGT
GTTTGTTTCCTTTCATATTTTTTATTAGAGGAATTTGCTACCCGTCCCTATATTTTATCTCTTTTCATATTTATCAGTTTGTTTCCTTGATGGAAATGGTTCTGGAAATTGGTAACAAGGATAAATTTGAACATTTTCCCGAAAAAAATCAAGAAAGACAAGAGAAACATAGACATTGATATGTAGGCTTTAGTAAAAAG
GAAGAAGGTTTGGGAGGATCAGTGTCAGAGTTCGGTTGGTTGATCATATCCATCATGATTATCTGGATGCTCAGGTTACCCATCAGAGAAAGAATCTTTCAAATGCAGAAATTGAGATTGAATTCTAGAAGGAAAATTTATGACATTTGAAAAAGAACTCAACTACTTGAAGAATGCTTGGAAATGTTTTGAAGCAGAGT
TGACTTCTTGGAATTTAAAGAATGAAGCAGGGCTGATTTTTACTATGAGCTCAGATTCAGATGTGAAGATTTCATATGAGAAGAATGATGCTGAGGATATCTCCTCTCCTTAGTTTCCACCAAATTCAGAATAATGACTAAACATTATCTGAAATTCTGGAATCTCCCCTCTTCTATGTTGATTAATGAAGTGCAAGTGT
ATTTTCCAGTTAGCAATTTATTAAAATTTATGCCAGTCATGCCTTTAGTAACAGTTGGAATTTGAAAGAATATAACTCTTTTGTAATAGATTTTGATCATAGATCCAGACCTATGAATTACTGCTCATTTTGACTCCAACAATTTTGTAACAATAGGTCTTCCGGTCCAGCCAAGACCTCTATTATATATATATATATAT
AAAACAGTTTCCATTTGTG