sp|Q8RW96|2A5G_ARATH ----> Serine/threonine protein phosphatase 2A 59 kDa regulatory subunit B' gamma isoform
Intron 1 GTGTGTAAAT ... TCTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.61 | 85 | 38 | 37 |
| A2 | 28.34 | 67 | 24 | 29 |
| A3 | 32.61 | 93 | 56 | 34 |
| A4 | 31.31 | 68 | 38 | 24 |
| A5 | 35.04 | 38 | 23 | 18 |
| A6 | 31.2 | 43 | 20 | 19 |
| A7 | 31.94 | 130 | 76 | 46 |
| A8 | 32.35 | 46 | 27 | 17 |
| A9 | 29.91 | 82 | 38 | 32 |
| A10 | 31.18 | 117 | 58 | 48 |
>TRINITY_DN115377_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformGCATCTTTATTTTTCCTCTTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTCGCATCCCATT
TTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTTAAGATCCTCG
AGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCGGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGATAGCGGCTTCCAATTCCCAGT
AGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGTAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAAGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTTCTCATAGCAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCA
CCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACA
AAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACAC
TGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTC
GACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTACCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCC
GTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTC
TAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTG
CCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCACGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGC
TTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACT
TCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATG
CGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTG
TGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCTCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAA
TTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTTCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAATCATATAATTTCTTCAGGATGTATTTCTTGTTTAGGTTACTGATAATACATAATCAAAATACGTGTGGCG
TGATTGTTAAATACCAGACGTAGACTTGGAGGACCCTCATAAGCACCATTGCCTGTGTTAATAATTTTCAGGTAAGTTATTTTTTTTTCTATCTTAAAGTTCACTGCATAACTGTTGTTGGCTAGTTCAATCCAACGTGTTAATTCCATCG
>TRINITY_DN115377_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCATCTTTATTTTTCCTCTTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTCGCATCCCATT
TTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTTAAGATCCTCG
AGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgtccgattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagctgtgtttttgct
aaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttattttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcaggttgcataaactatcacaatctaaacgtctactcgtttctctctca
gGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCGGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGATAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGC
AGGCTTCCTCGTAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAAGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTTCTCATAGCAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGC
AGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCG
ATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAG
GAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCAT
ATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTACCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATA
AGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGC
TGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTT
GACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCACGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTG
ATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAAC
CCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGC
TTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAA
CTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCTCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGG
Intron 2 GTGTGTAAAT ... TCTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.35 | 85 | 29.4 | 32 |
| A2 | 29.03 | 66 | 15.3 | 27 |
| A3 | 26.56 | 94 | 37 | 34 |
| A4 | 21.35 | 70 | 23.5 | 19 |
| A5 | 32.14 | 38 | 16 | 18 |
| A6 | 30.65 | 43 | 10 | 19 |
| A7 | 27.12 | 129 | 49.6 | 48 |
| A8 | 26.98 | 46 | 15.6 | 17 |
| A9 | 27.93 | 80 | 24.1 | 31 |
| A10 | 29.01 | 115 | 37.8 | 47 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCC
AATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAG
GGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCT
CAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTG
TTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACT
TGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGT
TTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAG
GTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCC
AATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAG
ATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGA
GTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAAC
TAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAG
GCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCT
GCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTCCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAATCATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgcatagattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagcg
gtgtttttgctaaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttattttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcaggttgcataaacaatcacaatctaaacgtctactcg
tttctctctcagGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAAC
AGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTTCTCATAGCAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGT
AATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATT
TGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTG
ATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATA
CTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGAT
TCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTG
AATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGTTTGATGAAGTCTCCTTTTCTAAGCATATAGCATGGTGTTATATTTGACATAATTCCTTCTTACTAGTTGAAAGAAGACTTGAGAGGGTTATAGAATGATGTTGAGAACTTGAGCTTGTATCTAGGGATTGA
GAGGTGTATCCTTTTGAACATCTTTTCTCTAGCATCAGGTGCTTGATCTTTACTCTAGATGATCATATATGGCAATAAGTATTCCAAGATACATACAGCTTACAAGTGATATTTTAACTAAAGATTCTGAGATAGAGTTGAAATATAATGTATCATCGTGGATAATTATATGTAGATCTGC
Intron 3 GTTGCATAAA ... TCTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.22 | 82.1 | 40.1 | 38.1 |
| A2 | 31.06 | 64.1 | 23.7 | 34.5 |
| A3 | 35.77 | 88.7 | 55.4 | 42.5 |
| A4 | 34.01 | 66.2 | 43.5 | 25 |
| A5 | 38.95 | 36.3 | 20.9 | 25 |
| A6 | 33.04 | 41 | 18.9 | 21.5 |
| A7 | 37.93 | 122.1 | 87.3 | 62.2 |
| A8 | 40.86 | 43.6 | 35.1 | 25.2 |
| A9 | 42.51 | 75.5 | 59.4 | 51.7 |
| A10 | 37.66 | 109.8 | 69.9 | 62.2 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCC
AATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAG
GGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCT
CAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTG
TTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACT
TGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGT
TTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAG
GTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCC
AATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAG
ATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGA
GTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAAC
TAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAG
GCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCT
GCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTCCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAATCATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i18 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGGTGAGTTTATCATGATTTCCGGTTCTGATAGCATTATAGGTTACTTTGATTGTCACGGGCGAAATCTATTTCATCCACGCGATTTTTATTGAAATCGATAAAATTGCCGGTTTTTGAGGAAATTTCACCAGTACCCAGATGAACTGTTTGATCTTTAATTGCTGATTCCCCCATGGTTATATAAACA
TGTGTTAAGGGATTGATCGTCTTGCTCTCTTTTGTCCAGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgttgcataaactatcacaatctaaacgtctactcgtttctctctcagGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGT
ATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAG
GAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTC
GTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTA
CTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGT
TCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGA
TTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAA
AGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTG
AACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAAC
AAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGG
GCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGG
ATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTT
Intron 4 GTGTGTAAAT ... TCTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.69 | 80.9 | 21.6 | 32 |
| A2 | 30.16 | 63.3 | 10.8 | 27 |
| A3 | 29.4 | 86.6 | 23 | 34 |
| A4 | 23.73 | 64.8 | 14.5 | 19 |
| A5 | 34.2 | 35.6 | 12 | 18 |
| A6 | 32.76 | 40.3 | 6 | 19 |
| A7 | 29.79 | 119.3 | 31.4 | 48 |
| A8 | 29.51 | 42.6 | 9.4 | 17 |
| A9 | 30.9 | 73.6 | 14.9 | 31 |
| A10 | 31.09 | 107.6 | 24.3 | 47 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCC
AATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAG
GGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCT
CAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTG
TTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACT
TGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGT
TTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAG
GTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCC
AATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAG
ATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGA
GTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAAC
TAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAG
GCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCT
GCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTCCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAATCATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgcatagattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagcg
gtgtttttgctaaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttatttttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcaggttgcataaacaatcacaatctaaacgtctactc
gtttctctctcagGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAA
CAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACG
TAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTAT
TTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTT
GATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAAT
ACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGA
TTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCT
GAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTC
TGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATC
CAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGC
CTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTGCATA
GTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCAC
ATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGG
Intron 5 GTGAGTTTAT ... TTTTGTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.64 | 82.2 | 21.3 | 9.8 |
| A2 | 15.21 | 53.1 | 9.7 | 3.6 |
| A3 | 13.26 | 96 | 15 | 3.6 |
| A4 | 24.32 | 64.5 | 21.1 | 5.4 |
| A5 | 20.39 | 34.2 | 9.2 | 5.9 |
| A6 | 12.82 | 46.5 | 6.9 | 2.4 |
| A7 | 13.4 | 120.4 | 19.2 | 7.4 |
| A8 | 16.58 | 47.9 | 9.9 | 9 |
| A9 | 13.73 | 80.5 | 13.4 | 8.6 |
| A10 | 15.99 | 105.1 | 20.5 | 11.5 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCC
AATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAG
GGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCT
CAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTG
TTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACT
TGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGT
TTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAG
GTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCC
AATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAG
ATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGA
GTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAAC
TAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAG
GCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCT
GCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTCCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAATCATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTT
AAGATCCTCGAGGgtgagtttatcatgatttccggttctgatagcattataggttactttgattgtcacgggcgaaatctatttcatccacgcgatttttattgaaatcgataaaattgccggtttttgaggaaatttcaccagtacccagatgaactgtttgatctttaattgctgattcccccatggttatataaaca
tgtgttaagggattgatcgtcttgctctcttttgtccagAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGTGTGTAAATCCACATTTTGCATAGATTGCAAACTTAAACTTTTTGTTCCGTCTAAACCCCAATTTCAATTTATTTTTACAGAGGGCAAATTTATACATCTGTTGTTGGG
GAACATTATCTAGTTAATTTTAAGCGGTGTTTTTGCTAAATGCTCTTCAGTGCCTTCGTAATTTTGGATGGAATAACAGTATGGGCATGGATAATTTATTTTAACACAGTTCTGTCAACTCGAGAACCATTGACGGCAAGTTAGTTGTCCAGGAAGTGTTGAAATGAAACTGACGAACTTTCCGTTGGCAGGTTGCATAA
ACAATCACAATCTAAACGTCTACTCGTTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCT
AGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAG
GAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAA
AAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCG
TGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTCGATCTTTTTGACTCCGAAGACCCAA
GAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACAC
AAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGA
AATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAG
Intron 6 GTGTGTAAAT ... CCGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 44.26 | 37.3 | 30.7 | 8 |
| A2 | 41.54 | 22 | 16 | 3 |
| A3 | 34.65 | 51 | 39.3 | 6 |
| A4 | 29.84 | 40 | 25 | 7 |
| A5 | 44.54 | 19.7 | 16.7 | 5 |
| A6 | 26.67 | 17.3 | 10.7 | 3 |
| A7 | 33.18 | 78 | 52.7 | 12 |
| A8 | 24.51 | 32.7 | 16.7 | 6 |
| A9 | 24.55 | 55 | 25.7 | 6 |
| A10 | 31.48 | 65.3 | 40 | 9 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGTTGCATAAACAATCACAATCTAAACGTCTACTCGTTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGC
TATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGA
GCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAA
TCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTA
CTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCA
AAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAA
TGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAA
TCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAAT
GATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGG
TAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAG
GTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTT
CACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTG
TTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTT
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CATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgcatagattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagcg
gtgtttttgctaaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttatttttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcagGTTGCATAAACAATCACAATCTAAACGTCTACTC
GTTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAA
CAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACG
TAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTAT
TTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTT
GATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAAT
ACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGA
TTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCT
GAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTC
TGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATC
CAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGC
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GTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCAC
ATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGG
Intron 7 GTGTGTAAAT ... CCGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 43.68 | 49 | 38 | 8 |
| A2 | 44.44 | 30 | 24 | 3 |
| A3 | 44.44 | 70 | 56 | 6 |
| A4 | 40.86 | 55 | 38 | 7 |
| A5 | 47.92 | 25 | 23 | 5 |
| A6 | 45.45 | 24 | 20 | 3 |
| A7 | 40.43 | 112 | 76 | 12 |
| A8 | 38.57 | 43 | 27 | 6 |
| A9 | 34.23 | 73 | 38 | 9 |
| A10 | 40.56 | 85 | 58 | 9 |
>TRINITY_DN115377_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformGCATCTTTATTTTTCCTCTTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTCGCATCCCATT
TTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTTAAGATCCTCG
AGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGTTGCATAAACTATCACAATCTAAACGTCTACTCGTTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTC
GGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGATAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGTAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAAGTTCAACTGGAGCCGGTGGAG
GAAGTGGTTCTCATAGCAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCC
TATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGT
TATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAA
AGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTACCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCG
GAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTT
GATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCG
TGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCACGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTA
CAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGA
GTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTT
TGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCA
TATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCTCTTTCACCTAGAAGAA
TGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGG
>TRINITY_DN115377_c0_g1_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCATCTTTATTTTTCCTCTTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTCGCATCCCATT
TTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGTATTTTTTGCGTGGTTTGGTTGTCGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAGTTCGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCGTTAAGATCCTCG
AGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgtccgattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagctgtgtttttgct
aaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttattttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcagGTTGCATAAACTATCACAATCTAAACGTCTACTCGTTTCTCTCTCA
GGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCGGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGATAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGC
AGGCTTCCTCGTAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAAGTTCAACTGGAGCCGGTGGAGGAAGTGGTTCTCATAGCAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGC
AGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCG
ATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTACTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAG
GAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCAAAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCAT
ATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTACCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAATGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATA
AGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAATCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGC
TGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAATGATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTT
GACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCACGAAGAAGAAGAAAAAGGTAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTG
ATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAGGTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAAC
CCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTTCACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGC
TTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTGTTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAA
CTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCTCTTTCACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGG
Intron 8 GTGTGTAAAT ... CCGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.02 | 49 | 30.7 | 8 |
| A2 | 32.13 | 30 | 16 | 3 |
| A3 | 31.13 | 70 | 39.3 | 6 |
| A4 | 27.41 | 55 | 25 | 7 |
| A5 | 37.66 | 25 | 16.7 | 5 |
| A6 | 26.67 | 24 | 10.7 | 3 |
| A7 | 29.27 | 106 | 52.7 | 12 |
| A8 | 24.51 | 43 | 16.7 | 6 |
| A9 | 23.49 | 72 | 25.7 | 6 |
| A10 | 28.54 | 85 | 40 | 9 |
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGGTTGCATAAACAATCACAATCTAAACGTCTACTCGTTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGC
TATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAACAGATATTGGGCAGGCTTCCTCGCAAGCCAGCTAAATCTGCGGATAACAATGAGGTAGGAAGCACTACACCAGGAGGAAATGGAGGTCTAGGTTCAACTGGA
GCCGGTGGAGGAAGTGGTCCTCATAACAACGTTTCGAACAATGCAAGGGGAGGTGCACCGGCAACCCGAACAGGAAATGCCAACACCTCTGTTCAACGTAATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAA
TCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATTTGACTTCACCGATCCCACTAAAAATGTAAAGGAGAAAGATATCAAGCGGCAGACACTGCTTGAACTTGTTGATTACTTAACATCTAGCAACGGCAAATTTA
CTGAACCAGTTATGCAGGAAACCACAAAAATGGTGGCTGCAAATTTGTTCAGAACACTGCCCCCCTCTTCTCGTGAAAACAGAGTAATGGAAAGTTTTGATCCAGAAGAGGAAGAGCCAGCAATGGAACCTGCTTGGTCACACTTACAAATAGTTTATGAATTCTTGCTGAGGTTCGTAGCATCCTCCGAGACAGATGCA
AAGGCGGCAAAGAGGTACATTGATCATTCTTTTGTCTTGAGGTTACTTGATCTTTTCGACTCCGAAGACCCAAGAGAGAGAGAATACTTGAAAACAATACTGCACCGCATATATGGGAAATTCATGGTGCACAGACCGTTCATTCGAAAAGCTATCAATAATATATTTTATCGATTTATATTCGAGACAGAAAGGCATAA
TGGGATAGCGGAGCTGCTAGAGATTCTAGGCAGCATTATTAATGGGTTTGCCTTGCCGTTGAAGGAGGAACACAAACTTTTCCTTGTAAGAGCATTGATTCCTCTACATAAGCCGAAGTGTGTGTCAATGTACCATCAACAGTTATCCTATTGCATCACACAGTTTGTAGAGAAAGATTTCAAGCTGTCAGATACCGTAA
TCAGGGGTTTGATCAAGTATTGGCCGATTACAAATTGTCAAAAGGAGGTTATGTTTCTAGGAGAACTGGAGGAAATTTTGGAGGCTACTCAGGCAGCTGAATTTCAGCGCTGTATGGTACCCTTGTTTCGACAAATTGGCCGTTGCTTGAACAGTTCACATTTCCAGGTGGCTGAACGGGCTTTATTTCTTTGGAATAAT
GATCATATCGTGAGCTTGATTGCTCAAAATCGTCATGCAATTTTGCCAATCATTTTGCCTGCTTTGGAGAGAAATACAAGGAACCACTGGAATCAGTCTGTTCACAGTTTGACTTTAAATGTAAGAAAGATTTTTCTGGAGATGGATCAGGATCTTTTTCAAGATTGCCAAAACAAGTTCCATGAAGAAGAAGAAAAAGG
TAGAGGTGTACAGGAGAAACGTGAACTGGCATGGAAGCGCTTGGAAGATGTTGCTGCTTCTAAAGCTGTAAGTAATCAACATGTGCTCGTTCCTCATCCAGCGGGTACTGATGGTACTACCAATCAGAGACCGAAATCAGATTTAACCTCTTCCCTTTCAGGGATTTTACTAGGGCCCTAGCTTGTTAAGTTGACTGGAG
GTTGTCTTGAGTTATGCTAAATTGCTATGATGTGGGTTTATTTATGAGTGGAAAACTTCAATATCAATCAGAGTTTCAAGCTGGGCCGGATTTGGAGCCTGGCTTAGAACCCATAATCCTAAAGGCATTGCTTTAACCAGTTTTTTTAATTTCAACTCTATCTTGTCTGCTGGGATCAAGATAGTTGGAAAGTGTCGTTT
CACTATCTTTTTTGGAGTTGGCATAAAAGGAAGTTGAAAGGGAAAACTAGTTGAATGCGTGACCTTTTCAAGGCAGTTTGCCTGCATAGTCACTTGCATAGTCACTTCAAGTCTGTAGTTGCTTTGTTTGGCCAGCTACTTTCTTATCAATGATTGCTATAACGATTGCCATGATTCATCCTCCGGCATGGCTGGTTGTG
TTTATAGTACCATATTAAGTTTATCACAAAATGGTTTGGTCCACAAGATTGTATGGGAGGCTCTGCTTGTGGTTAGCTTCTTTGTGCAAGTAAATGTCACATATAACTAGTGGCTAGCACAACTAGTTATATGGCAGTTAATTAGATTTTAATGTCGTAGGTAGGAACTGATCAGTGGCTGTGCTTTCTAGCATCCCTTT
CACCTAGAAGAATGCAGGCCATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGAATTATTTGCCATGCTGCAGGGGGATTCCAGTGCGTTTGTGTGTGGAAAAGCTCAAATGATGTATAAAAAACAAGAGCAAATTTCCTCTTTTGGATACTTATGTTATCATTGCATTCTTAAGAAAATAGAAAT
CATATAATTTCTTCA
>TRINITY_DN116318_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGGATAGGCATCTTTATTTTTCCTCCTTTTGGCTTTTTATCGGAATTAATATCTTCTTCACGTTGTACAGCGGAGGGAGGGTTTTAGCTATGGACTTTTGCGTCCCTCGGGTCCATTCTTTTTGAGTATCTTCCAGGTCGATGAACCGACCCGATAATGGCGTCCGCTAAAGACTGAGACAGGGCAGTCGCGTGTTC
GCATCCCATTTTCTGTATCGAAACTTATCTTTAATTCGCATAAAATGCCATCGATTAAACTCCCAGGTCTTTAGGGTTACAGAAAGTATTCACTGGAAGCCATTGATCAAACTGGTGAATTTTTTTCGTGGTTTGGTTGTTGCTGCCTTGAGAAGAATGCAACCATCAATTGGGCGACGGTCGGAATCCGGAGACCCTTT
AAGATCCTCGAGGAGTTTAGTAAGGGCATTCCTTCTGGATCGCGATTGAGTTTAACATAACCAGgtgtgtaaatccacattttgcatagattgcaaacttaaactttttgttccgtctaaaccccaatttcaatttatttttacagagggcaaatttatacatctgttgttggggaacattatctagttaattttaagcg
gtgtttttgctaaatgctcttcagtgccttcgtaattttggatggaataacagtatgggcatggataatttattttaacacagttctgtcaactcgagaaccattgacggcaagttagttgtccaggaagtgttgaaatgaaactgacgaactttccgttggcagGTTGCATAAACAATCACAATCTAAACGTCTACTCG
TTTCTCTCTCAGGATGATATATCACGGGAGATTGTGCATCAGTTGGTTGTTTCCTTGAGCTCAAGGTCAAGGGGTATGCCCTCATTGTGCACGCGTAGAGCTATTTTGCTCAGGCTCTTACATTGCGGGGTCTCTGACAGCGGCTTCCAATTCCCAGTAGAAAGTAATTGGTCTAGGCAAGTTTCTAGGCATGATCAAAC
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AATAATAGTGCAGCAATAGGGGCAAACTCTTCAACAACATCTCGGGCCATTGCAGGGAAGAAATCACCTTCCGTCGTCCCTCCAAGCGTTGGAAATCAGAATCCTCCTTCCTATGAACTGTTGCCATCTTTCAGAGATGTACCAAGCTCAGAGAAACAAAACTTGTTAATAAAAAAATTGAATCTTTGCTGTGTAGTATT
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