sp|B9FM64|UFL1_ORYSJ ----> E3 UFM1-protein ligase 1 homolog

Intron 1 GTAATACTTA ... CCTACTGCAG

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A5	63.8	13	26	19
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A7	70.92	112	266.5	263
A8	78.53	134.5	438.5	499.5
A9	76.89	96	297	318
A10	74.98	54.5	163	156

>TRINITY_DN42368_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

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CAATTTCAAGTAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTT
AATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAAC
TGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAA
GAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAA
TAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGT
TGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGAT
GCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAA
GACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATT
TGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTT
CGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGG
GAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACA
ACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAG
AGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTG
GATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCATTGATCTTAGAATATGTTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAAT
TGTTTTGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTGCAATATGTACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGGGCAGCCAAATCGAGCAGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCA
AAACTGTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCAATTGTTTCCTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTAAGAATTGACCTTGTTCGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAA
ACAGTCATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAGGGATAAATATTGGAGAAGGAAACAATTAAATGAGAAAGATTCTCAATAAACCTTCTGGGATCCCCCTCTTCACCGAAATGTCCAGGTCCCAGCAACAATAGTGGCTGTTAACCCCACGGGACTCATCCAGATTTGAACCTGTGACCTAT
GGCCTTCCCATCAGCAACATGCCTTGGGCAGATTGTTCGACCGATTGAGCTAGCCCTTGGGGCTACTATCACAATCCTATCTATAAAAGGTCTAGAAAAGGAACTGTAGAATGTTGTGGGAGTTAGTAACTTAGTAATGATTTATTTTCCCTAGAGCCAATTCATACATGTGATGCTTTTAAAGAAGCCATGTAACAATT
TTTCATTGTAAGATGATATTTATATGATGCATTTAGGGAATGGAAAACCACAAGGAAAAGCAGTACCATGTGAGTGTAATGACAAGGGAAAGTTAGGTCACTCGTATACTTGATATGCCCCAATATATTGCATAATAAAGTCCATCAATGGTCTTGTATCCTTATATTATAGATTTAGTCTCTGCTAATTGGCCGGATAC
AGTGGAGCAAACCATCTGTTATTGTGAAGGTAAAACAGTAATTCACTATGTTGAAAGAAGTTACAAACACTCAGTGATCGTTTGGGAAATAAACGAAGTTTGGAGGTAAGTAACCTTTTTTTCTTAAGAACCCTTTCCAAACAGATAATAATCTTTAAAAGAAAATGTTACCTCCAAAAGGTTCACAAAACCTCCTGAAA
AGGCAAAACTGCAAATGGAACAAAGTGTAAGTAACAAACGTTCGAGGAACACAGTATTAGAATGAGGATGTTCCTTAAGTTGTCTCTATTCAGGTGTACAAGTACCACTAGGAACTTGATATTATGAAAATTGTGATTCCTAAGGTATAAAGTTATTCGAGAGTGTAAGTCATGCTGATCCCAAAGTTTAAATGTGCAGT
TCAAACTGAGAATATTGTCAACACATAAATATGTATACATGTGTGCTGGTATATGTGTGGTGTTGGTATATGTTTATGTTGGTCGGTTATTTTATTTTTTAAGTGTTATGTGACCATCGTGTAGTTATTGTTAGCGCAGGTGGTTAAACCACCACAATTGTGTTAGGGTGCTATATTTGATGCAATGAGAGATGACATAT
TTGGAAGTGTAGTGCATCAAGTCTTTAGGGCTCTCTGTGATGCATTTGTTGCAGTGTTAATATGATGTTTCATGTTCTCTCCACTCTGTTGTTTGTTTATGAATGTAAGTGTAGCCTTAACAATCTAACACAAACCATTGTCTTAGAAATGCATAGATACTTTTCTAGATGACTTAACCATAGGTTTTCTTCAAAGAGAA
ATCTGAACCACCAAAAATTAAGGTTCAACCTTATTGAGAAATAATGGAGTGCCAAATCAAGGAGCTTCTTTAAGAAGATGACCCGTTCCTTAACTCCCGTTTTGGTGCCCTTATTTGTTATTCAAGAAGAAATATGGATCCATTGAAATGTGTGCAAATTATGGAGCAACAAATTGAGTTATCATCAACGACAATTATTG
TCTTCCTTGGATTCATGATTTGTTGGATAGCTTGAAAGATGCTACATTATATTCCAAGAAAGATATAAGTGGGTATCAAGTCAAGATATAGGAAAGCGGTGTACATAGAACGACTTATACTCTAAAGATGGCCATTATGAATTTTTGGTGATGTTAGACAATTGTTCTATCAAATGTTATGCAATTAAGGAAATTTCCAA
ATGTTCTCTTGCCAATTTTCTAATTGTTTCCTGGATGATATTTTTGCTTTTAGCAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTG
TTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAG
AAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAG

>TRINITY_DN42368_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGATCGTTGTTTTTATTTTATGATACCACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGA
CAATTTCAAGTAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTT
AATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAAC
TGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAA
GAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAA
TAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGT
TGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGAT
GCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAA
GACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATT
TGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTT
CGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGG
GAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACA
ACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAG
AGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGgtaatacttagattaaacatgttaatatgcagattctgcacacagctgcagaaacatgataatatggagatctttccctactgcagAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAG
CACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATT
TGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCATTGATCTTAGAATATGTTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAATTGTTTTGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTGCAATATGT
ACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGGGCAGCCAAATCGAGCAGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCAAAACTGTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCAATTGTTTC
CTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTAAGAATTGACCTTGTTCGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAAACAGTCATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAGGGATAAATATTGGAGAAGGAAACAATTAAATGAGAAAGATTCTCAATAAACCTTCTGGGATCC
CCCTCTTCACCGAAATGTCCAGGTCCCAGCAACAATAGTGGCTGTTAACCCCACGGGACTCATCCAGATTTGAACCTGTGACCTATGGCCTTCCCATCAGCAACATGCCTTGGGCAGATTGTTCGACCGATTGAGCTAGCCCTTGGGGCTACTATCACAATCCTATCTATAAAAGGTCTAGAAAAGGAACTGTAGAATGT
TGTGGGAGTTAGTAACTTAGTAATGATTTATTTTCCCTAGAGCCAATTCATACATGTGATGCTTTTAAAGAAGCCATGTAACAATTTTTCATTGTAAGATGATATTTATATGATGCATTTAGGGAATGGAAAACCACAAGGAAAAGCAGTACCATGTGAGTGTAATGACAAGGGAAAGTTAGGTCACTCGTATACTTGAT
ATGCCCCAATATATTGCATAATAAAGTCCATCAATGGTCTTGTATCCTTATATTATAGATTTAGTCTCTGCTAATTGGCCGGATACAGTGGAGCAAACCATCTGTTATTGTGAAGGTAAAACAGTAATTCACTATGTTGAAAGAAGTTACAAACACTCAGTGATCGTTTGGGAAATAAACGAAGTTTGGAGGTAAGTAAC
CTTTTTTTCTTAAGAACCCTTTCCAAACAGATAATAATCTTTAAAAGAAAATGTTACCTCCAAAAGGTTCACAAAACCTCCTGAAAAGGCAAAACTGCAAATGGAACAAAGTGTAAGTAACAAACGTTCGAGGAACACAGTATTAGAATGAGGATGTTCCTTAAGTTGTCTCTATTCAGGTGTACAAGTACCACTAGGAA
CTTGATATTATGAAAATTGTGATTCCTAAGGTATAAAGTTATTCGAGAGTGTAAGTCATGCTGATCCCAAAGTTTAAATGTGCAGTTCAAACTGAGAATATTGTCAACACATAAATATGTATACATGTGTGCTGGTATATGTGTGGTGTTGGTATATGTTTATGTTGGTCGGTTATTTTATTTTTTAAGTGTTATGTGAC
CATCGTGTAGTTATTGTTAGCGCAGGTGGTTAAACCACCACAATTGTGTTAGGGTGCTATATTTGATGCAATGAGAGATGACATATTTGGAAGTGTAGTGCATCAAGTCTTTAGGGCTCTCTGTGATGCATTTGTTGCAGTGTTAATATGATGTTTCATGTTCTCTCCACTCTGTTGTTTGTTTATGAATGTAAGTGTAG
CCTTAACAATCTAACACAAACCATTGTCTTAGAAATGCATAGATACTTTTCTAGATGACTTAACCATAGGTTTTCTTCAAAGAGAAATCTGAACCACCAAAAATTAAGGTTCAACCTTATTGAGAAATAATGGAGTGCCAAATCAAGGAGCTTCTTTAAGAAGATGACCCGTTCCTTAACTCCCGTTTTGGTGCCCTTAT
TTGTTATTCAAGAAGAAATATGGATCCATTGAAATGTGTGCAAATTATGGAGCAACAAATTGAGTTATCATCAACGACAATTATTGTCTTCCTTGGATTCATGATTTGTTGGATAGCTTGAAAGATGCTACATTATATTCCAAGAAAGATATAAGTGGGTATCAAGTCAAGATATAGGAAAGCGGTGTACATAGAACGAC
TTATACTCTAAAGATGGCCATTATGAATTTTTGGTGATGTTAGACAATTGTTCTATCAAATGTTATGCAATTAAGGAAATTTCCAAATGTTCTCTTGCCAATTTTCTAATTGTTTCCTGGATGATATTTTTGCTTTTAGCAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCC
AATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTT
TCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGT
AGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAG

Intron 2 GTATAGCACA ... CTTTTAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.95	19	60	3
A2	75	19	57	2
A3	87.32	9	62	7
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A6	78.32	111	401	15
A7	75.45	94.5	290.5	19
A8	79.09	142	537	37
A9	80.23	87	353	16
A10	71.65	74	187	3

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGA
GTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAG
TGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACT
AGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTC
TACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGC
AATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAA
GCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGC
AGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAG
CAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGG
AAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGA
CATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTA
CACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGA
GCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATC
AGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTA
TTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGTGGGTCAAAGAGCTTTGCTATAACTCTTACATGTATGATATGAGTACAGCATCATG
TTTATGCCAGAATTTTCTGTATAGCAGAATGCTTATAGATGTAATTATGGATAATTCCTGCAGGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGT
TAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTT
TCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACA
ATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAG
CAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATGGAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAACACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGA
GTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAG
TGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACT
AGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTC
TACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGC
AATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAA
GCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGC
AGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAG
CAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGG
AAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGA
CATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTA
CACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGA
GCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACT
TCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGgtatagcacactgcagacattcatagatattt
cttgtagtccctctatctttgtctactctaatgtgttggcttcctcaatctggaaagttggatgcacatgattggctgctttgaggtaagcaaatttgcttccgttttaatagatatttgaaatgcatatttaagagccaactgtttatagttgtctcaagatcctcttttatttgtgttaatgtagttcgttttgcttg
tccattgatcttagaatatgtttgatgaggacaattgttttgatattacatcaggacaattgttttgatcttacatcactttaccaaatcattactgttggttttgtcagattgttttgcctaattatttttgtagaaaacgcttcctttaactataaagaacttgcaatatgtacttgagcacgaataaacgtgggttg
caggggcagccaaatcgagcagtagcctcaagagcatttgaaactgcaatatctaaatcaaaactgttctagctaccaaatctaagaaaattacctagcactacggtactacctggcgtgaggttttgcatattaatttgagtatattgaaatgatctagttttcaattgtttcctgtggagagagattttgctttgaag
ttctaagaattgaccttgttcgggaactcaaatgagtgattaggagctttgatatcagaaacagtcatcttgttgccattttcttgtttatcaatggagagtaaagaaaagggataaatattggagaaggaaacaattaaatgagaaagattctcaataaaccttctgggatccccctcttcaccgaaatgtccaggtcc
cagcaacaatagtggctgttaaccccacgggactcatccagatttgaacctgtgacctatggccttcccatcagcaacatgccttgggcagattgttcgaccgattgagctagcccttggggctactatcacaatcctatctataaaaggtctagaaaaggaactgtagaatgttgtgggagttagtaacttagtaatga
tttattttccctagagccaattcatacatgtgatgcttttaaagaagccatgtaacaatttttcattgtaagatgatatttatatgatgcatttagggaatggaaaaccacaaggaaaagcagtaccatgtgagtgtaatgacaagggaaagttaggtcactcgtatacttgatatgccccaatatattgcataataaag
tccatcaatggtcttgtatccttatattatagatttagtctctgctaattggccggatacagtggagcaaaccatctgttattgtgaaggtaaaacagtaattcactatgttgaaagaagttacaaacactcagtgatcgtttgggaaataaacgaagtttggaggtaagtaacctttttttcttaagaaccctttccaa
acagataataatctttaaaagaaaatgttacctccaaaaggttcacaaaacctcctgaaaaggcaaaactgcaaatggaacaaagtgtaagtaacaaacgttcgaggaacacagtattagaatgaggatgttccttaagttgtctctattcaggtgtacaagtaccactaggaacttgatattatgaaaattgtgattcc
taaggtataaagttattcgagagtgtaagtcatgctgatcccaaagtttaaatgtgcagttcaaactgagaatattgtcaacacataaatatgtatacatgtgtgctggtatatgtgtggtgttggtatatgtttatgttggtcggttattttattttttaagtgttatgtgaccatcgtgtagttattgttagcgcagg
tggttaaaccaccacaattgtgttagggtgctatatttgatgcaatgagagatgacatatttggaagtgtagtgcatcaagtctttagggctctctgtgatgcatttgttgcagtgttaatatgatgtttcatgttctctccactctgttgtttgtttatgaatgtaagtgtagccttaacaatctaacacaaaccattg
tcttagaaatgcatagatacttttctagatgacttaaccataggttttcttcaaagagaaatctgaaccaccaaaaattaaggttcaaccttattgagaaataatggagtgccaaatcaaggagcttctttaagaagatgacccgttccttaactcccgttttggtgcccttatttgttattcaagaagaaatatggatc
cattgaaatgtgtgcaaattatggagcaacaaattgagttatcatcaacgacaattattgtcttccttggattcatgatttgttggatagcttgaaagatgctacattatattccaagaaagatataagtgggtatcaagtcaagatataggaaagcggtgtacatagaacgacttatactctaaagatggccattatga
atttttggtgatgttagacaattgttctatcaaatgttatgcaattaaggaaatttccaaatgttctcttgccaattttctaattgtttcctggatgatatttttgcttttagcagAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGT
GGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATA
TTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATG
AAATTGAGCAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATGGAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAACACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

Intron 3 GTTAGTCTAT ... TTTTCCCCAG

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>TRINITY_DN113187_c6_g3_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGG
AGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAG
AGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCT
TGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCC
AGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATAT
ACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGAC
AACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGG
GTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGT
CAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAAT
AATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGG
ACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAA
GAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTC
TGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTG
GGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTT
GTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCATTGATCTTAGAATATG
TTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAATTGTTTTGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTGCAATATGTACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGGGCAGCCAAATCGAGC
AGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCAAAACTGTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCAATTGTTTCCTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTAAGAATTGACCTTGTT
CGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAAACAGTCATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAGGGATAAATATTGGAGAAGGAAACAATTAAATGAGAAAGATTCTCAATAAACCTTCTGGGATCCCCCTCTTCACCGAAATGTCCAGGTCCCAGCAACAATAGTGGCTGTT
AACCCCACGGGACTCATCCAGATTTGAACCTGTGACCTATGGCCTTCCCATCAGCAACATGCCTTGGGCAGATTGTTCGACCGATTGAGCTAGCCCTTGGGGCTACTATCACAATCCTATCTATAAAAGGTCTAGAAAAG

>TRINITY_DN113187_c6_g3_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGG
AGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAG
AGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCT
TGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCC
AGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATAT
ACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGAC
AACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGG
GTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGT
CAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAAT
AATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGgttagtctatttaatttggtatttcagaacgtatttattattagagcattgatagcataattaatagaatactgtagaagtgtggatgtaaacaagatggtgtgtggaattgaccatttagtttcctttattattg
tgctcttccctgctacttatctctcgatttgtagcatgccagtgttttacacagttctctaaataattgtatcatgtttcaacatggtgtactgcatattagtgtgattttatatatttgcctttctgcctgtttcataattcacatttcaattgagtaatttagttatacataggacatatgatgatatcagacacgca
atttggtggctaaagtgccctagacattgatcatggttggattgatgtctagttaatttatctgcatatgcaacataggccccattgacacaaacatactgcacctgaggacaagaaatcaggatatccattgcgtgttgtaagttatttcactgctttttctgcatgagaattggattgtcataatcatgtctgctatt
gcttttccccagGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTAAGTCCATCCTAAAGTTCCTAGTTTTTATTTCGTGAAACTTGTTTACGATAATTATGTATAAGCTTTTATGCTGCAACTTTACCAGGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAG
CTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTG
GAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATT
GCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCT
AATAAACACTTTGATCAGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCAC

Intron 4 GTAAGGGTAG ... ATTCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.44	70.4	15.5	24
A2	28.88	34.5	6.1	14
A3	29.33	48.3	19.9	20
A4	44.79	21	5.8	17
A5	21.36	25.8	5.1	7
A6	22.56	196	38.8	57
A7	20.68	245.9	59.2	64
A8	18.54	330	74.2	75
A9	16.87	246.7	56.5	50
A10	21.24	178.2	35.7	48

>TRINITY_DN117788_c0_g1_i14 from sample A1 / Example spliced isoform

GCCTTGTATTTGTGATGCCTCTGTGTAACTGATTGGTCTGTTACATAACACATCCCTTTTTTAATTTTTATCAGCTTTGGCTACCCTCTTGTAATTTGCACAAAAGGAGAACTCAATCTCCAAGTTCATATTCTATTGTGAATCAATTTCTTTGAAGTACTTTGTTCATGGATTTGTTGACGAGGTATTTTATCATCTCT
GGTTGCAAATCAAGGGGGATATTAATTATTATGCAACAAAAGGTGTAAGATTTATTGCACTCAAAAGGCAGCAGTATTGATTTGGTGTCGTTGTCAATTTATGGAGTTATAGTATTAAGAATTCTAGCTTTCATCTTCATCTAACCTCAGTCTTGTGATTATCAGTGGTTTGCTTGTGGGATTGCTTTTTTTTCAGATTA
TGATGTCCGAACAGAGAGATGTTTTTGTCTTGGTAAACTTTGTTCTTCTCAAGTAGATGCTTCTGACAATTCTTTCTTATTGCCTTCTACTTGTGATCAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAA
GTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAG
CAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGT
GACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGC
ATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCA
TTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCA
GGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAAC
TGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCAT
AGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCT
CTTTTATTTGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCATTGATCTTAGAATATGTTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAATTGTTTTGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTG
CAATATGTACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGGGCAGCCAAATCGAGCAGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCAAAACTGTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCA
ATTGTTTCCTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTAAGAATTGACCTTGTTCGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAAACAGTCATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAG

>TRINITY_DN117788_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGTAGCACAGGAAGCAGAGTCCA
GCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGAC
TTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTAT
TTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAG
AAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATAC
TTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTAT
AAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAG
TTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGA
GGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGC
CAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGA
TTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTA
AAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCAT
TTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTgtaagggtagcaatttcctttgcattaatgctttgattagtgaaatgatattacgaagtctaataaacactttgatcaggta
cttcttgtattttcttttcttttttgtggacttgaatccagcacttgtgcatcattgcttaatggaatgaagtgaacagacaagacttgaatgattttatcaggcacatattaaatcagcatttttaaaacatttgctaaaattcaaagaaatgaccaaattggttgaatataacctatggtttgttatatactattctc
tttaggtacattctgagagtagggttgttttgaaactggtagcaaatgcaatcagctgcgacttcatatttactgttgcatcataccagtgaatatgatagaatagcaaattgccttattgagcagttcttaatacttgtgggtcaaagagctttgctataactcttacatgtatgatatgagtacagcatcatgtttat
gccagaattttctgtatagcagaatgcttatagatgtaattatggataattcctgcagGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATA
TGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGC
ACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCATTGATCTTAGAATATGTTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAATTGTTT
TGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTGCAATATGTACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGGGCAGCCAAATCGAGCAGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCAAAACT
GTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCAATTGTTTCCTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTAAGAATTGACCTTGTTCGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAAACAGT
CATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAG

Intron 5 GTAAGCAAAT ... CTTTTAGCAG

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A2	80.77	5	21	2
A3	82.35	3	14	7
A4	77.78	2	7	3
A5	87.5	1	7	1
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A7	85.65	33	197	19
A8	84.79	68	379	37
A9	84.38	40	216	16
A10	78.78	16.2	60	3

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCCAATGAGAAATTCTTTCAAACCCTCATAAAAACCAGCCAACTTCTTTCCATAGAAAAAAAAAATTAGCATTGAAATTTCCTCAAAGATGACTTTTGGATGAATTAAGGCCCAAGACCTTTGTTTACAACATTAAAGGTAGAAAATTAGGGTTTCCTTTTTGTGTTTGTATTTTTTTTATATTGACAGAACTGGCTGTT
GAAATTCCTGAATCATATCTGGATCATTTCCACCATATGGATATGGCATTTCAGGAAATGGAAATGGCATTTCAAAAAGTGGAAACATTAAATGTTGTCTCAGGCAAGCTGAGGTGGCATTTCTGATAACATAGGTTTGAGGGGCCCATTGATTGTGTTTTGGTGATTCACGGACATTTGTCTAATTTCTTACTATATTT
ACAGTCCAGAAGCTCATGCAAGTGACCTTTCAAATAGAAATGATTATAACACAAAATATTGTCACTATATTTATCCTTTTAAGTTTTTTGCCAATACCTGCTGCACCATAGTTTGGACCTGCTATGAAACAAATTTATTATGGATTCTTCATACCTGATGTTGATTGATTGTTTGTTCTTCTGTTTTTGTAACTATGACT
ATATGAATCTTCCATTGCATTATTTCTTGAACTGGTCATGTCTACGAGTCTGCAAAAAACTGAAAAATGTTAGTTTATCATAGTTTGTAAGCAAACTCAAAGATTTGTTTATGTATGTGTGTGCATGTATGCATGGGTTCGAGTCAACTGGCCTAGGAGAAAATTAGCATGCAAGTTAAATAGAGAAAAAAACAGTGGTT
TGATAAGAATAGAGTAAGATAATCAAATTATATTTCTGAACGAGCCTAATGGTTTTGCAAAGGTTTATAGAGCTGAAAACTGTTTTTAGATTCCTTATGATCTACTGTGATATACTACATTGATTGTGTTATGCATTTCTTGTTGATATAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAG
CAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATCAGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTG
AACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTATTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACT
GTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGTGGGTCAAAGAGCTTTGCTATAACTCTTACATGTATGATATGAGTACAGCATCATGTTTATGCCAGAATTTTCTGTATAGCAGAATGCTTATAGATGTAATTATGGATAATTCCTGCAGGAAGATGATTGTACAG
CGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATA
TAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAG
GCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAA
TTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAG
GTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATGGAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAACACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGA
GTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAG
TGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACT
AGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTC
TACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGC
AATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAA
GCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGC
AGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAG
CAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGG
AAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGA
CATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTA
CACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGA
GCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATC
AGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTA
TTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGTGGGTCAAAGAGCTTTGCTATAACTCTTACATGTATGATATGAGTACAGCATCATG
TTTATGCCAGAATTTTCTGTATAGCAGAATGCTTATAGATGTAATTATGGATAATTCCTGCAGGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGT
TAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTG
GATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGgtaagcaaatttgcttccgttttaatagatatttgaaatgcatatttaagagccaactgtttatagttgtctcaagatcctcttttatttgtgttaatgtagttcgttttgcttgtccattgatcttagaatatgtttgatgaggacaattgttttgatattacatcaggacaat
tgttttgatcttacatcactttaccaaatcattactgttggttttgtcagattgttttgcctaattatttttgtagaaaacgcttcctttaactataaagaacttgcaatatgtacttgagcacgaataaacgtgggttgcaggggcagccaaatcgagcagtagcctcaagagcatttgaaactgcaatatctaaatca
aaactgttctagctaccaaatctaagaaaattacctagcactacggtactacctggcgtgaggttttgcatattaatttgagtatattgaaatgatctagttttcaattgtttcctgtggagagagattttgctttgaagttctaagaattgaccttgttcgggaactcaaatgagtgattaggagctttgatatcagaa
acagtcatcttgttgccattttcttgtttatcaatggagagtaaagaaaagggataaatattggagaaggaaacaattaaatgagaaagattctcaataaaccttctgggatccccctcttcaccgaaatgtccaggtcccagcaacaatagtggctgttaaccccacgggactcatccagatttgaacctgtgacctat
ggccttcccatcagcaacatgccttgggcagattgttcgaccgattgagctagcccttggggctactatcacaatcctatctataaaaggtctagaaaaggaactgtagaatgttgtgggagttagtaacttagtaatgatttattttccctagagccaattcatacatgtgatgcttttaaagaagccatgtaacaatt
tttcattgtaagatgatatttatatgatgcatttagggaatggaaaaccacaaggaaaagcagtaccatgtgagtgtaatgacaagggaaagttaggtcactcgtatacttgatatgccccaatatattgcataataaagtccatcaatggtcttgtatccttatattatagatttagtctctgctaattggccggatac
agtggagcaaaccatctgttattgtgaaggtaaaacagtaattcactatgttgaaagaagttacaaacactcagtgatcgtttgggaaataaacgaagtttggaggtaagtaacctttttttcttaagaaccctttccaaacagataataatctttaaaagaaaatgttacctccaaaaggttcacaaaacctcctgaaa
aggcaaaactgcaaatggaacaaagtgtaagtaacaaacgttcgaggaacacagtattagaatgaggatgttccttaagttgtctctattcaggtgtacaagtaccactaggaacttgatattatgaaaattgtgattcctaaggtataaagttattcgagagtgtaagtcatgctgatcccaaagtttaaatgtgcagt
tcaaactgagaatattgtcaacacataaatatgtatacatgtgtgctggtatatgtgtggtgttggtatatgtttatgttggtcggttattttattttttaagtgttatgtgaccatcgtgtagttattgttagcgcaggtggttaaaccaccacaattgtgttagggtgctatatttgatgcaatgagagatgacatat
ttggaagtgtagtgcatcaagtctttagggctctctgtgatgcatttgttgcagtgttaatatgatgtttcatgttctctccactctgttgtttgtttatgaatgtaagtgtagccttaacaatctaacacaaaccattgtcttagaaatgcatagatacttttctagatgacttaaccataggttttcttcaaagagaa
atctgaaccaccaaaaattaaggttcaaccttattgagaaataatggagtgccaaatcaaggagcttctttaagaagatgacccgttccttaactcccgttttggtgcccttatttgttattcaagaagaaatatggatccattgaaatgtgtgcaaattatggagcaacaaattgagttatcatcaacgacaattattg
tcttccttggattcatgatttgttggatagcttgaaagatgctacattatattccaagaaagatataagtgggtatcaagtcaagatataggaaagcggtgtacatagaacgacttatactctaaagatggccattatgaatttttggtgatgttagacaattgttctatcaaatgttatgcaattaaggaaatttccaa
atgttctcttgccaattttctaattgtttcctggatgatatttttgcttttagcagAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTG
TTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAG
AAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATG
GAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAACACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

Intron 6 GTAAGAATTA ... TGTATCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.47	66.8	10	10
A2	1.94	53.4	1	1
A3	5.41	71.5	0	8
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A9	0	61.1	0	0
A10	0	40.1	0	0

>TRINITY_DN117788_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

TTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGTAGCACAGGAAGCAGAGTCCA
GCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGAC
TTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTAT
TTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAG
AAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATAC

TTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTAT
AAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAG
TTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGA
GGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGC
CAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGA
TTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTA
AAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCAT
TTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAA
TGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGT
AGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTTCGTTTTGCTTGTCCAT
TGATCTTAGAATATGTTTGATGAGGACAATTGTTTTGATATTACATCAGGACAATTGTTTTGATCTTACATCACTTTACCAAATCATTACTGTTGGTTTTGTCAGATTGTTTTGCCTAATTATTTTTGTAGAAAACGCTTCCTTTAACTATAAAGAACTTGCAATATGTACTTGAGCACGAATAAACGTGGGTTGCAGGG
GCAGCCAAATCGAGCAGTAGCCTCAAGAGCATTTGAAACTGCAATATCTAAATCAAAACTGTTCTAGCTACCAAATCTAAGAAAATTACCTAGCACTACGGTACTACCTGGCGTGAGGTTTTGCATATTAATTTGAGTATATTGAAATGATCTAGTTTTCAATTGTTTCCTGTGGAGAGAGATTTTGCTTTGAAGTTCTA
AGAATTGACCTTGTTCGGGAACTCAAATGAGTGATTAGGAGCTTTGATATCAGAAACAGTCATCTTGTTGCCATTTTCTTGTTTATCAATGGAGAGTAAAGAAAAG

>TRINITY_DN117788_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TATAACTTGGATAGATCTTATTATTTGGGTATGCTTTCTTCCTGGGCAGTACACAGTTATAACTGACACATAACTTTGATAGATCTTGACTTTTATCCTTATTTGTTTCGTGTATTCTTTGTTTTGGTAATATTTGGTTTTCTTATATTTAGGACCACTTCTCATAGCTGTTTCATGCTCTGCCTGTTAATGCATGGGTG
TGTTTTAGCTCCTATCTTTATATCCTGAGATAAATATTTGCCGATATTTATCATGCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGgtaagaattatttataacattttttcaattatcagtataattgttggctattttgaatatattagcgaggaagcta
gaatattatctgacttacagtaatctaaatggcgtgcctccttttttttgtatcttagTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGTAAGGGCCAGAACACATAATCCTCCATGACAGTTTTT
AACATGAGGAACTATTTAAATGTGACTGAGCCTTCAATATCTATTTTCTATATTCTTGTTGAAACTTGAAAGTGCTTCGTTGATTCATTTAATCTTTGTTGTTCTTTCTTGATGGAACAGTTTTTCACATACAATATACTTTAATATTGTTTTGTTGTTACACAATTATATGCACATTTCCTGCTACAGCAATGCCAATG
GTCCTTTTACCCTATCTTGACTGAAGTGAACTGTTACCAATAGAACATGCATGGGGCCTAAGCATTGGAGATAGTTGGCATTATCACACATTTTCACATCTCCTGAGGCATATTTGCATATTTGGATGCATGATCATTTTTATGGATACTTCACACATCTTATAACTTATAAGGCATGTTCTACATATTTGGGGGCATGG
TATAGTGTGTGCGAACTCTCTTCATGGCATTGAGGTAGACTGTGGAAGGCCCTTCATAGAATGATGACACATGGCCTGTAAAACCCCTTACAAGGTTGAGTGCACACTTCTTTAGGAGGCGTCCACCATCCA

Intron 7 GTGGGTCAAA ... ATTCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.06	27	5	24
A2	60.87	9	3	14
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A5	35	13	4	7
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A8	44.38	94	24	75
A9	45.45	60	8	50
A10	48.48	51	11	48

>TRINITY_DN42368_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

TGATCGTTGTTTTTATTTTATGATACCACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGA
CAATTTCAAGTAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTT
AATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAAC
TGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAA
GAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAA
TAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGT
TGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGAT
GCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAA
GACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATT
TGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTT
CGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGG
GAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACA
ACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATAT
TACGAAGTCTAATAAACACTTTGATCAGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAA
TATAACCTATGGTTTGTTATATACTATTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGA
GTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACT
GCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCA
AAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAAC
AACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAA
TTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAG

>TRINITY_DN42368_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CATTGATTGGGTTTTGGTGATTCACGGACATTTGTCTAATTTCTTACTATATTTACAGTCCAGAAGCTCATGCAAGTGACCTTTCAAATAGAAATGATTATAACACAAAATATTGTCACTATATTTATCCTTTTAAGTTTTTTGCCAATACCTGCTGCACCATAGTTTGGACCTGCTATGAAACAAATTTATTATGGATT
CTTCATACCTGATGTTGATTGATTGTTTGTTCTTCTGTTTTTGTAACTATGACTATATGAATCTTCCATTGCATTATTTCTTGAACTGGTCATGTCTACGAGTCTGCAAAAAACTGAAAAATGTTAGTTTATCATAGTTTGTAAGCAAACTCAAAGATTTGTTTATGTATGTGTGTGCATGTATGCATGGGTTCGAGTCA
ACTGGCCTAGGAGAAAATTAGCATGCAAGTTAAATAGAGAAAAAAACAGTGGTTTGATAAGAATAGAGTAAGATAATCAAATTATATTTCTGAACGAGCCTAATGGTTTTGCAAAGGTTTATAGAGCTGAAAACTGTTTTTAGATTCCTTATGATCTACTGTGATATACTACATTGATTGTGTTATGCATTTCTTGTTGA
TATAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATCAGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCT
TTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTATTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGT
AGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTgtgggtcaaagagctttgctataactcttacatgtatgatatgagtacagcatcatgtttatgccagaattttctgtatagc
agaatgcttatagatgtaattatggataattcctgcagGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCT
GCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAG
AAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCA
TTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTA
TTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAG

Intron 8 GTATAGCACA ... CTGCTTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.49	13.4	60	8
A2	85	11.4	57	5
A3	91.76	5.8	62	3
A4	82.95	11.8	51	2
A5	76.05	5.8	16	1
A6	86.79	67.4	401	50
A7	84.14	59.9	289.1	33
A8	86.23	92	537	68
A9	87.48	54.6	353.4	40
A10	82.36	45.6	187	16.1

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

CACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGA
GTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAG
TGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACT
AGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTC
TACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGC
AATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAA
GCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGC
AGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAG
CAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGG
AAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGA
CATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTA
CACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGA
GCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATC
AGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTA
TTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGTGGGTCAAAGAGCTTTGCTATAACTCTTACATGTATGATATGAGTACAGCATCATG
TTTATGCCAGAATTTTCTGTATAGCAGAATGCTTATAGATGTAATTATGGATAATTCCTGCAGGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGT
TAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTT
TCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTGATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACA
ATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAACTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAG
CAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATGGAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAACACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

>TRINITY_DN43898_c0_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGA
GTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAG
TGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCAATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACT
AGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATTATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTC
TACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGAAAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGC
AATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTGATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAA
GCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATAGCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGC
AGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAATGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAG
CAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAGGTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGG
AAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTGGAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGA
CATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAGTTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTA
CACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGGACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGA
GCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGTTAAACTCATAGCACTATTATCAGCTGGAAGTTATAGTGTAAGGGTAGCAATTTCCTTTGCATTAATGCTTTGATTAGTGAAATGATATTACGAAGTCTAATAAACACTTTGATC
AGGTACTTCTTGTATTTTCTTTTCTTTTTTGTGGACTTGAATCCAGCACTTGTGCATCATTGCTTAATGGAATGAAGTGAACAGACAAGACTTGAATGATTTTATCAGGCACATATTAAATCAGCATTTTTAAAACATTTGCTAAAATTCAAAGAAATGACCAAATTGGTTGAATATAACCTATGGTTTGTTATATACTA
TTCTCTTTAGGTACATTCTGAGAGTAGGGTTGTTTTGAAACTGGTAGCAAATGCAATCAGCTGCGACTTCATATTTACTGTTGCATCATACCAGTGAATATGATAGAATAGCAAATTGCCTTATTGAGCAGTTCTTAATACTTGTGGGTCAAAGAGCTTTGCTATAACTCTTACATGTATGATATGAGTACAGCATCATG
TTTATGCCAGAATTTTCTGTATAGCAGAATGCTTATAGATGTAATTATGGATAATTCCTGCAGGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGT
TAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGgtatagcacactgcagacattcatagatatttcttgtagtccctctatctttgtctactctaatgtgttggcttcctcaatctggaaagttg
gatgcacatgattggctgctttgagAAATGTTGAAAAGCACAAAGAACATCAGAGCAGGGCTTGAAGATTCTTCAGTAGGCCCAATTTCATGCAAAGTTGTCCAAATGTGGCTTCTTTCAAAAGGATGCAGAGTACTCAAGTTTCATTGTTTTAACAAAAGGCATTGTGTTCGTTCCTAGAAAAATCAAGGCGATCCTTG
ATTATAGAGTGCTAGTTAGCATCCATTACATTAGTTTTCTCCTTCAAGTAGTGAGATTTTGTAGAGGACATGTGGCTAATTTTTCACCAATAACAACTTTGACAAAATATTGAAACAATCAAAGATGATGGAGTCAAAGTTATGAAGACACTTTTGATTGCTGAAGAAGAAAAATGATTGAGGTGTTGCTATTGACTTAA
CTTGATTCTTCTGATCCCTTTCTTATTTTTATCTATGATAGTGGTGTCGCTATTATACTTTTGATTTCAGATTGTAAAGGTGTAGCTTATGCAATTAAATCAATGAATGAAATTGAGCAGAAGTATTATATTTCTTTTAGGCCTTAATGTGTGAGAAAAAAGCTATATGGAGCCAATGGTTAACCAAATTTGAAGGAAAA
CACAAAAGATGGTTTCCACAAGATATCCTTCTAGCGAGG

Intron 9 GTTAAACTCA ... ATTCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	40	3	24
A2	28	36	8	14
A3	36.36	35	5	20
A4	48.57	18	2	17
A5	35	13	2	7
A6	36.54	99	3	57
A7	30.92	143	22	64
A8	35.89	134	14	75
A9	27.62	131	10	50
A10	37.21	81	10	48

>TRINITY_DN99355_c0_g1_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

ATTTTAACTAAGCCAAGTAGAAAAATGTGCATTTTAGAAAATGCATATAGAGAATGATCGTTGTTTTTATTTTATGATACCACATTTCCAATTTAAAAAGGGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGA
GCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGGAGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGA
TCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAGAGACAGGCTGAATATATTGTTGCAAACACTGCAGAACTAATGCTAGTACAAGGAGAGATATTGTCAATTGTCTACTGGGACTCTGTAGCTGAGGAAATCA
ATGAGAGATTGCAAGAGTCTAGTCAAGTCTCTTTAGCAGAACTTGCTGCTCAACTGCATGTTAGCTCAGAATTGCTAACTAGTATTTTGGAGCCTCGCCTTGGAACAATTGTACAAGGGAAATTGGAAGGTGGCCAGCTTTATACTCCTTCATATGTTTCTCGCATTAAAGCCATGGTACGTGGAGCAACACGAGGAATT
ATGGTCCCAACAAACTTATCTTCAGTTTGGAGCTCCTTACATCAATTGCTTCAAGAAATGGATGGAGCAACTGGTGGTTCTACAGAAGGCATTTTTTTCCAGACCTTGTTAAATAGCCTCATCAAAGAAGGGGAAGTTCTTGGTTCACTCCGGTCAGGAATATCCTGGACACCAGCAGTATTTGCTCTTGCACAACGTGA
AAGTGTGGAGTCTTTCTTTTCTCAGAACTCATTCATTGGTTATGATGTTCTTAATAAACTTGCAATTCCCCAGCCTAAGCAATACTTACAGTCCAAATATACAGAAGGCATATCTCTGGAGACAGTCTTTGTGCACCCTTCAATGGTTGGCATGTTGGATGCTTCTGCAGAGGATGCTATTGAACATGGTGGATGGCTTG
ATTGCCTTTCCATTTTGCCTACATCTATCGGAACTCAGGATGCTGCTAAGTTGTTGACACTTTGTCCTTCTGTACAAAAAGCTATAAAGAGTACAACGACAACTGTTCTGGCAGATACATGTGTAGTGAGCAATGATTTCATGAAGGCTTTGTTTTCACTGTTGGAGAAAGACACTGAAAATTTTATTAGGGAGAAGATA
GCTTCCAGTCAAAAGATACAAAAATCTCAGCCTTCAAACTTTGAAAGTAATGATGCAGCAATTGAACAATGTCAAATAGCAGAAGTTGATCCTGATGAGGGTCACTTTACTGTCGTTAATGGAAAGGGTGCAACAGAGAAGGGGGCAAAGAAGAAAAAAGGAAAGGATGTAAGCCTATCAAAGGCGACTTTAGTGGAGAA
TGTTGATGATAATCAAACAAGCAAAGGAGGCAAGAATAAGAAAAAGCAGGGCAAGACAAAGGGAGGCAGCACATTACCAGCAAGAGGTGCAAAGTCTGGTCAGCATAAAGGATCGGGTAAAGTTGGAAATGATGACTTTGATTTGCCATCTGAAGAATGGATGATGGAGAGGCTTTTGAAGTGGCAGCCAGATCTTGAAG
GTGCAGGAGCAGGTGAAGATGGAAATGGGCTGGCAAGATCATTGGTGACATATTTGAGGCCTATGTTGGTTGATTCCTGGAAAGCCAAAAGAAATGCAATAATGGCAGCAAATGCCGAGAAGAGACGACATGTCTTAGATAAATTGCAGCAACATTTAGATGAGGCTTATTTAAATTTTCAACTATTCGAAAAGGCATTG
GAATTGTTTGAAGATGACCCTTCAACTTCAGTTATTCTACATAGGCATTTGCTTCGAACTACAGCTACAGAAATAACGGACATGATTCTGTTAACTCTGGACTTTCATAGGAGGCTTCAAGATGGAATTGATGAAGATGCATCCAAGGACATTGAATTTGCTCCTTTGAATTCTGGGCAAAGGATATCTCTGGCAAAAAG
TTTGCCTGGTTCTATGTCAACTAAGGCCATTAAAATGGTTGAAGCATTGGAAGGGAAGCTTGTGGAATCATTCAACACTACACTAAAAGAAATAGCAGAAGAAAGTGGACTATGGTTAAAGAAGCTGGACAAGAAAATTGAGAGAACACTTTTGCACTCTTATCGGAAGGCTCTTGCATCCCAAATAGAAGATGAAAGGG
ACCCTGTAGCTCTTTTGCCAAAGGTTGTAGCTCTTCTTTATGTGCAGGTACACAACAAGGCATTGCAAATACCAGGAAGAGCCATTTCTATAGCTGTTTCTGGACTAAAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAA
AGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACACAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGA
CATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCTTTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCA
AGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTG

>TRINITY_DN99355_c0_g1_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGTCAACTGGCCTAGGAGAAAATTAGCATGCAAGTTAAATAGAGAAAAAAACAGTGGTTTGATAAGAATAGAGTAAGATAATCAAATTATATTTCTGAACGAGCCTAATGGTTTTGCAAAGGTTTATAGAGCTGAAAACTGTTTTTAGATTCCTTATGATCTACTGTGATATACTACATTGATTGTGTTATGCATTTCTT
GTTGATATAGGATCGCATTCCTGAGACTGGATACACAACTTTGATGGAGTACCATTCAGCAACAgttaaactcatagcactattatcagctggaagttatagtgtaagggtagcaatttcctttgcattaatgctttgattagtgaaatgatattacgaagtctaataaacactttgatcaggtacttcttgtattttct
tttcttttttgtggacttgaatccagcacttgtgcatcattgcttaatggaatgaagtgaacagacaagacttgaatgattttatcaggcacatattaaatcagcatttttaaaacatttgctaaaattcaaagaaatgaccaaattggttgaatataacctatggtttgttatatactattctctttaggtacattctg
agagtagggttgttttgaaactggtagcaaatgcaatcagctgcgacttcatatttactgttgcatcataccagtgaatatgatagaatagcaaattgccttattgagcagttcttaatacttgtgggtcaaagagctttgctataactcttacatgtatgatatgagtacagcatcatgtttatgccagaattttctgt
atagcagaatgcttatagatgtaattatggataattcctgcagGAAGATGATTGTACAGCGGACAGAATACTGAGTAAAAGGGAACTGCTAGAGAGCAGAATGACCCAATTAAAGGCACTTCCAATGGCCTTGTCTTCTGGGACCACAGTTGCAGCTGGTAATACTTAGATTAAACATGTTAATATGCAGATTCTGCACA
CAGCTGCAGAAACATGATAATATGGAGATCTTTCCCTACTGCAGAAACATGTTGACATATAGATTCAGCACACTGCAGACATTCATAGGTATAGCACACTGCAGACATTCATAGATATTTCTTGTAGTCCCTCTATCTTTGTCTACTCTAATGTGTTGGCTTCCTCAATCTGGAAAGTTGGATGCACATGATTGGCTGCT
TTGAGGTAAGCAAATTTGCTTCCGTTTTAATAGATATTTGAAATGCATATTTAAGAGCCAACTGTTTATAGTTGTCTCAAGATCCTCTTTTATTTGTGTTAATGTAGTG

Intron 10 GTAAGTCCAT ... ACTTTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.13	142	0	16
A2	13.22	105	2	16
A3	10.75	83	4	10
A4	9.59	66	0	7
A5	15.38	33	0	6
A6	11.5	100	0	13
A7	17.91	275	0	60
A8	10.24	184	0	21
A9	12.06	226	0	31
A10	20.73	218	0	57

>TRINITY_DN113187_c6_g3_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GGCAGAGTGTCAATATATTCATACTGAATTTCGGAGCCCATTCAACCACAACAAAAAATAGTGGGAATTGTCATACAGAGAGTAGGAGATTAAACAGAGAGCCTTGCAGATCTTGTCTGCGAGGATGGATTCAGAACTTGCGGAATTGCAGAGACAATTTCAAGCAGCACAGGAAGCAGAGTCCAGCGTGAGGTTGTCGG
AGAGAAATGTGGTGGAACTTGTCAATACTCTTCAGCAGCTGGAGCTGCTCGACTCTGATCTGCTCCATACGGTCTCCGGCAAAGAATATATCACTCAGGATCATCTGAGAACTGAAATGGAGGCAGAAATAGGCAGATTGGGACGAGTGTCTTTAATTGAGCTTGCAGATATATTAGGAGTGGACTTATATCATGTTGAG
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>TRINITY_DN113187_c6_g3_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

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