NA ----> NA

Intron 1 GTGATAATTC ... TACATTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	4
A2	33.33	2	1	1
A3	100	0	4	4
A4	100	0	2	12
A5	-1	0	0	0
A6	29.41	6	3	2
A7	100	0	1	2
A8	25	3	1	1
A9	23.08	5	0	3
A10	100	0	2	1

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGCTATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATG
AGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTA
TTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGgtgataattcttcgagtccagacattaatattaaattaatgcccgggcttacattgaagGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGC
TATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGGTGTGATTCAATGGATTTGTCTGATTTCTGGTCCTTTTAATGATACTTTCGATTATTTCTGTTAATTTATTTTCTTTTGATCCCTATACAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATATCATAACATC
ATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTCAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAA
GGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

Intron 2 GCCCTTACAC ... CCCTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.1	2	0	27
A2	75.02	8.3	3.3	25
A3	62.31	13.3	1.3	22
A4	64.71	6	4	11
A5	88.24	2	0	15
A6	45.32	35	4	29
A7	48.5	22.3	2	21
A8	45	40.3	4.7	33
A9	51.28	25.7	4	27
A10	31.74	8.7	1.7	4

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGTGATAATTCTTCGAGTCCAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAAC
AACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGC
CTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGTGATAATTCTTCGAGTCCAGgcccttacactgatgcaaccgataaaggcttaagctatagagctgaggacaggatatacttatcgctggtgtg
attcaatggatttgtctgatttctggtccttttaatgatactttcgattatttctgttaatttattttcttttgatccctatacagAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTT
TTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATT
GATCAGTGTCAATTTTA

Intron 3 GTGATAATTC ... TACATTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	5
A2	50	2	0	2
A3	100	0	0	5
A4	100	0	0	12
A5	-1	0	0	0
A6	33.33	6	6	3
A7	100	0	1	3
A8	40	3	0	2
A9	50	5	2	5
A10	100	0	0	1

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGCTATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATG
AGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTA
TTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ACAAAAACCTCTCAATTCCTGCCGATTTCCTCATGGATGAGCTGCTCGATTCGCGTTGCAGGGTTTCGGATGAGTCCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGgtgataattcttcgagtccagggttttaagtatatccactttcatcttgtcgatctata
tttctttgatatatgactatttcttaactgtctgtatttgtaaatatgtcatctattttgtggacattaatattaaattaatgcccgggcttacattgaagGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGCTATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGGTGTGATTCAATGGATTTGTCTGATTTCTGG
TCCTTTTAATGATACTTTCGATTATTTCTGTTAATTTATTTTCTTTTGATCCCTATACAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATATCATAACATCATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATG
AATTTTCTATTTATTCAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

Intron 4 GTGATAATTC ... CCCTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	95.45	2	0	42
A2	77.14	8	1	27
A3	70.73	12	4	29
A4	71.43	6	2	15
A5	88.89	2	0	16
A6	47.83	36	3	33
A7	53.49	20	1	23
A8	45.95	40	1	34
A9	52.83	25	0	28
A10	42.86	8	2	6

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGA
AAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGA
ATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGgtgataattcttcgagtccagacattaatattaaattaatgcccgggcttacattgaaggcccttacactgatgcaaccgataaaggcttaagc
tatagagctgaggacaggatatacttatcgctggtgtgattcaatggatttgtctgatttctggtccttttaatgatactttcgattatttctgttaatttattttcttttgatccctatacagAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATATCATAACATC
ATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTCAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAA
GGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

Intron 5 GTGATAATTC ... CCCTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	93.1	2	0	27
A2	75.76	8	4	25
A3	62.91	13	3	22
A4	64.71	6	0	11
A5	88.24	2	0	15
A6	44.62	36	6	29
A7	50.03	21	0	21
A8	45.21	40	4	33
A9	51.92	25	3	27
A10	33.33	8	2	4

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGA
AAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGA
ATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGgtgataattcttcgagtccaggcccttacactgatgcaaccgataaaggcttaagctatagagctgaggacaggatatacttatcgctggtgtg
attcaatggatttgtctgatttctggtccttttaatgatactttcgattatttctgttaatttattttcttttgatccctatacagAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTT
TTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATT
GATCAGTGTCAATTTTA

Intron 6 GTGTGATTCA ... CCCTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	97.83	0.8	18.8	38.3
A2	67.67	8	7	26.5
A3	80.58	4.3	8.5	27.3
A4	97.37	0.5	16.8	14
A5	82.41	2	3	15.8
A6	45.8	21.8	4.8	32
A7	56.98	10	4	22.5
A8	49.85	20.3	6.5	33.8
A9	49.44	21.5	14.3	27.8
A10	100	0	3	5.5

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGCTATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATG
AGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTA
TTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGGTGATAATTCTTCGAGTCCAGGCCCTTACACTGATGCAACCGATAAAGGCTTAAGCTATAGAGCTGAGGACAGGATATACTTATCGCTGgtgtg
attcaatggatttgtctgatttctggtccttttaatgatactttcgattatttctgttaatttattttcttttgatccctatacagAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTT
TTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATT
GATCAGTGTCAATTTTA

Intron 7 GTGATAATTC ... CCCTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	95.45	2	2	42
A2	77.14	8	0	27
A3	70.73	12	0	29
A4	71.43	6	0	15
A5	88.89	2	0	16
A6	47.83	36	6	33
A7	53.49	20	1	23
A8	45.95	40	0	34
A9	52.83	25	2	28
A10	42.86	8	0	6

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i10 from sample A6 / Example spliced isoform

GCTCTGCCGTATATAAATCTCTCAATCCCTTCTAATTGTTTCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATGTCATAACAACATTTTTCCAATCGTCTGA
AAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATGAATTTTCTATTTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGA
ATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA

>TRINITY_DN43601_c1_g4_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

ACAAAAACCTCTCAATTCCTGCCGATTTCCTCATGGATGAGCTGCTCGATTCGCGTTGCAGGGTTTCGGATGAGTCCAGCGATAAGCCGCTCGATTCATGATCGAAATTCAGGCGATTGTCGTTGCAGGCTTTTTGACGAGgtgataattcttcgagtccagggttttaagtatatccactttcatcttgtcgatctata
tttctttgatatatgactatttcttaactgtctgtatttgtaaatatgtcatctattttgtggacattaatattaaattaatgcccgggcttacattgaaggcccttacactgatgcaaccgataaaggcttaagctatagagctgaggacaggatatacttatcgctggtgtgattcaatggatttgtctgatttctgg
tccttttaatgatactttcgattatttctgttaatttattttcttttgatccctatacagAGCGTATGGAATCGATAAGACTAATGAGTCAATTAGATGGATGAGACCAAATTTTAAATGCTTATATCATAACATCATTTTTCCAATCGTCTGAAAGCTGTAAGAGGAGATTTTTTTTTTAATGTTGTGGAGGTCCTATG
AATTTTCTATTTATTCAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTAATCCTGTAATATTTTAAGGTGCCTGGCATTAGTTTCTATATGAATTTTCTATTTATTAGTATTGATCAGTGTCAATTTTA