sp|Q680P8|RS29_ARATH ----> Small ribosomal subunit protein uS14z/uS14y/uS14x

Intron 1 GTACCTGAAG ... CTTTACATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.41	257	14	70
A2	19.77	353	28	87
A3	21.24	356	10	96
A4	26.33	249	28	89
A5	26.34	179	26	64
A6	21.92	2148	15	603
A7	20.73	2704	13	707
A8	19.3	1731	12	414
A9	21.87	2058	9	576
A10	19.08	2455	16	579

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTT
GGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTC
GATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGT
TTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATG
CTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCTTATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGC
AATATTTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTTGCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAATTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTC
CAAATTAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGAATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCAACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAA
TCCACAACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTGTTCCCACAATTATTGCTATTTTACCACATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGC
TAATTTCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCCTCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGCATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGA
CCAACCGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGTTGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTTCACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTG
CGGTGTGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGACCAACCCTTCATGTGTACACATTTGCACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGgtacctgaagaagccca
tttcagtgttttctcctatttccgttgattttctgtgtattctagtgtctagggttttataagccttcattaaatttcaaaattactgcagggttttagtgagctagggttagatggcttttagaagttttgacatatgcgaatgagtcttgtatttttagaaaattatatggttcacatgatatatcgcttgatcataa
tccgtctgttgatataataactgacgaggttttctcatttcagtttgctttcactctctgatctctcttgagtgctttcaatctttacatagGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTG
GTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTG
ATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGA
GGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCTTATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATT
GAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGCAATATTTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTTGCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAA
TTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTCCAAATTAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGAATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCA
ACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAATCCACAACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTGTTCCCACAATTATTGCTATTTTACCA
CATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGCTAATTTCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCCTCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGC
ATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGACCAACCGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGTTGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTT
CACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTGCGGTGTGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGACCAACCCTTCATGTGTACACATTTGC
ACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

Intron 2 GTATGTATAA ... TTTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.17	348.4	155	17
A2	33.71	418.2	206	4
A3	28.76	498.6	198	8
A4	28.87	361.8	144	11
A5	28.9	282.2	113	12
A6	24.51	3961.8	1263	7
A7	32.88	3597.4	1718	15
A8	31.6	2352.6	1059	3
A9	28.9	3011	1201	6
A10	33.46	3015.2	1477	7

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTT
GGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTC
GATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGT
TTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATG
CTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCTTATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGC
AATATTTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTTGCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAATTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTC
CAAATTAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGAATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCAACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAA
TCCACAACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTGTTCCCACAATTATTGCTATTTTACCACATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGC
TAATTTCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCCTCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGCATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGA
CCAACCGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGTTGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTTCACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTG
CGGTGTGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGACCAACCCTTCATGTGTACACATTTGCACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i6 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTT
GGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGgtatgtataaacatttatggaactttcttttactatagaaaatagagagctgcagcccgatcattcgtttatagtagaggttattaatgaatcgaatactgtgctaaagatagtacacgt
tatgcggttggtgggttttctttagcagccccaactctttaatatgcattttctcatggtttctttgtgacttttgtatcagTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAG

Intron 3 GTACCTGAAG ... CTCATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.39	20	14	12
A2	57.89	16	28	16
A3	50	12	10	14
A4	60.42	19	28	30
A5	57.14	15	26	14
A6	27.63	93	15	56
A7	26.83	120	13	75
A8	27.01	50	12	25
A9	24.79	88	9	49
A10	25.76	85	16	43

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGTTTGCTTTCACTCTCTG
ATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCA
CATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGGTATATGTTTTATTTGAACTTCTTTGTGATCTTCTTGTCACAGCCTCTTCTGTATCATTCAGATGTTTGGACAGTACATTTTAGTGTTGGTATTGTTTGAACATCAAGTCACATTAGGGGTGCTGAATAGGGCAGTAGACCTTGACTTTTTGTGAGTCAGTGATTCTTGTA
GTCTTATGGTCAGTACATCGAATATTATTTTTAGTGGCATTTATGAATATTGAAGCTATCCATAGCGTTTTTTAAAGTAATTTATTTTAATTCAAAAATTGGGTTGTGTCTGCAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTT
ATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTG
GAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCT
TATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGCAATATTTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTT
GCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAATTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTCCAAATTAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGA
ATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCAACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAATCCACAACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTG
TTCCCACAATTATTGCTATTTTACCACATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGCTAATTTCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCC
TCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGCATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGACCAACCGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGT
TGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTTCACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTGCGGTGTGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGA
CCAACCCTTCATGTGTACACATTTGCACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGgtacctgaagaagccca
tttcagtgttttctcctatttccgttgattttctgtgtattctagtgtctagggttttataagccttcattaaatttcaaaattactgcagggttttagtgagctagggttagatggcttttagaagttttgacatatgcgaatgagtcttgtatttttagaaaattatatggttcacatgatatatcgcttgatcataa
tccgtctgttgatataataactgacgaggttttctcatttcagTTTGCTTTCACTCTCTGATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTG
GTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGGTATATGTTTTATTTGAACTTCTTTGTGATCTTCTTGTCACAGCCTCTTCTGTATCATTCAGATGTTTGGACAGTACATTTTAGTGTTGGTATTGTTTGAACATCAAGTCA
CATTAGGGGTGCTGAATAGGGCAGTAGACCTTGACTTTTTGTGAGTCAGTGATTCTTGTAGTCTTATGGTCAGTACATCGAATATTATTTTTAGTGGCATTTATGAATATTGAAGCTATCCATAGCGTTTTTTAAAGTAATTTATTTTAATTCAAAAATTGGGTTGTGTCTGCAGTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGG
TGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGT
TAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTC
ATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCTTATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGCAATAT
TTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTTGCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAATTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTCCAAAT
TAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGAATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCAACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAATCCAC
AACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTGTTCCCACAATTATTGCTATTTTACCACATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGCTAATT
TCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCCTCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGCATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGACCAAC
CGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGTTGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTTCACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTGCGGTG
TGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGACCAACCCTTCATGTGTACACATTTGCACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

Intron 4 GTATATGTTT ... GTGTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.78	117	62.6	32
A2	27.17	164	62.6	21
A3	25.57	165	60.2	17
A4	23.16	151	47.6	13
A5	33.54	103	53.6	12
A6	17.63	1447.4	322.6	110
A7	19.36	1374.8	348.8	133
A8	18.09	996	230.6	107
A9	18.99	1111	274.8	98
A10	20.81	1111	309.8	104

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGGTTGCGAGGTTGAATTT
GGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCACATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGTATCGCTAAGAGATGGATTC
GATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTTATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGT
TTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTGGAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATG
CTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCTTATTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGGCCATCGTTCTCTAATATCCTTTCTCTATTTGC
AATATTTACTTTCAAAGCCTCTATCCTGTTTGCTTTGTAGACACTTTTTCAACTAAACTTTATTTGCATCGATTATCGTTTTTACTTTTAATTTCTATGGTAAGCAATAATTGGATTGGATACCAGGCATTTTATAATGGAACATTTATCCTTTGGTTAGTTTGAAAATTTAAAGCTAATATTTCAGAGGAAGCTTCGTC
CAAATTAAAGTTGTAATGTGTAATGCAACTCTAGGGAAGCTGGTGGAAGGCACAGGCAAAGAAGAATGTAATATAGCTAAGCATTTTCTCAACTGATAATAGATCGAATGTCTTATGAGATTATAGTCAACTGTCCCAAAACCTATAACTGGTTTTTGAATTTGTAGGGCCTATGAACAGAATGCCCAACTGTACAAGAA
TCCACAACAGAGAATGTGTAATTTGTTTTAATTTGCCTTTTGCATCCTGCTGGCTTCAACTTGTGTTCCCACAATTATTGCTATTTTACCACATTATGGAGTATCATTTTCTCCGATCTGACTTTATTTTATTTGGTTTTGTTTGTGCCATTGGAAGAGCAGTTAATTGTTTTCAAATTGTTATGCTGTTCTGCGTTTGC
TAATTTCTTCCACCTGTGGGAGGAGGGGTGGGCGAAGGTGTGTACTGTGTACACAAATCCATGCCTCACCTTTTGGGGCGTTTTGGTGTGCATTTGTGTTGACCTTTTAGTTAGAACCAACCCTTCAGATGTGTACACATATGCACTCCTCATCATTTTGGGGATTGTGGTGTGCATTTGTGTTGTCCTTTTAGTTAGGA
CCAACCGTTCACATAGTTACACATGCACACCTCATCTCTTTGGGGGCTGTGGTGTGCATTTGTGTTGACGTTTTAGTTAGGACCAATCCTTCACATGCACACCTCATCTTTTGGGGGGTTGTGGTGTGCATTTGTGTTGAGCTTATAGTTAGGACCAATCATTCACACGTGTACACACATGACCTCCCTTTTAGGGGTTG
CGGTGTGCATGCACACCTCATCCTTTCGGGGGTTCTGTGCATTTATTTTGACATTTTAGAGAGGACCAACCCTTCATGTGTACACATTTGCACACCTCATCTCTCTGGGGGTTGTGTGCAT

>TRINITY_DN109713_c0_g2_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGAAACTAAAGCAAGAGATTAGGGCTTTGCGGACGTGAAAGTGGAGTGAAACACGTCCTAATATTTATGGCGTCCTCTATTTACTTGCATTAGGGTTTGAAACCAGTATAGTGTTGGATACACGAAAGCGTGAGGGAAGGAGCAACAGCGCGAGGAAGGAGCGACATCTTATCAGTTAAAACGTTTGCTTTCACTCTCTG
ATCTCTCTTGAGTGCTTTCAATCTTTACATAGGTTGCGAGGTTGAATTTGGTGGTCTTGTATCGAAGATGCCTCACTCTGCAGTCTGGAATTCTCACCCCAAGAAATATGGGCCTGGATCTCGCGCCTGTCGGGTGTGTGGTAATCCACATGGCATGATAAGGAAATATGGTCTTAACTGTTGTAGACAGTGCTTTCGCA
CATATGCCAAGGACATTGGATTTGTTAAGgtatatgttttatttgaacttctttgtgatcttcttgtcacagcctcttctgtatcattcagatgtttggacagtacattttagtgttggtattgtttgaacatcaagtcacattaggggtgctgaatagggcagtagaccttgactttttgtgagtcagtgattcttgta
gtcttatggtcagtacatcgaatattatttttagtggcatttatgaatattgaagctatccatagcgttttttaaagtaatttattttaattcaaaaattgggttgtgtctgcagTATCGCTAAGAGATGGATTCGATGGTGAAGGCGCTGCAGGATTGGCAGTAGACCCTTTCCATTCTAGAATCAATGGAAATGATTT
ATTATGGGAAATTCATGTTCAATTTGATTTACTTTGGGTTTTTGTCTGTTGTTTTTCATTATGTTGCTCTAGTTCCATTCCGTCATTCCAGAACTCATTGATGGAAAGATCGAAGTACTTGATAAAGTGTCAAGTTTTGTTAGGGCTGATTTACGCTGATTTATAATTCTACATCTAGGCTATATCTGTAGAGCTTTTTG
GAGACAATTATTCTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCGTAGTTCATTAAAATCTCTGGTTAATTGAACAACGAAAGGACTTCGTTTTTATTCCAAATGCCAAGACACCATATAGGGTTATTGTTGATGCTTTCATGATTGAGCTTTTGGAGACAATTATTTTAAAATGCTTTGAGGAATAGAATCATGTTTCT
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