sp|Q29PU2|SAU76_ARATH ----> Auxin-responsive protein SAUR76

Intron 1 GTACTTTTCC ... ATTGCTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	6	4	8
A2	76.32	9	0	29
A3	86.96	3	1	20
A4	73.91	6	0	17
A5	81.25	3	1	13
A6	83.96	17	9	89
A7	81.66	31	7	138
A8	90.24	8	3	74
A9	86.52	12	6	77
A10	81.55	31	7	137

>TRINITY_DN45610_c2_g3_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

TAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAGAGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTA
TTGCAAATCTGTCATCTAACATGCGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTC
ATTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTGCAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGT
TTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCG
TCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTGACACA
CAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGATGTA

>TRINITY_DN45610_c2_g3_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAGAGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTA
TTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGgtacttttccttgttccctcgctctatgtgctatattaggtagaagttcctttcgaataccaagccgcatagctgctttgattgagtctccatactgatcgctatttgcatttcccctcgctcgaaggaaagcgaatgaaagatcatttcagtgaatattgctttagTTTGACAG
GCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTCATTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTG
CAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTG
GTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATA
TTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTGACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTT
GGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGATGTA

Intron 2 GTACTTTTCC ... AGTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.14	6	0	8
A2	100	0	0	30
A3	100	0	2	20
A4	90.65	2	0	19.5
A5	86.67	2	1	13
A6	97.74	2	10	86.5
A7	93.57	9	6	131
A8	94.91	4	7	74.5
A9	93.87	5	4	76.5
A10	93.9	9	7	138.5

>TRINITY_DN41164_c2_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAGAATCTATGCTTATCATATGAACACAACCTTAGTACTAGAGGAGAAAGTCTCATTGAGTTTTGATTGTAGAAAGAGAAAGCCTCGTTGAATTTTGATGTTAGATATTGACAAGATGTTGAGATGGTAGTTACACCGACTCTTAACCTCTTCTTGCAGTAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGA
CAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAGAGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGGCTGCAAGCTGCCAG
GGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGG

>TRINITY_DN41164_c2_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATAAATTGAGCATCCTCAAATACACTAAAACCTCTAACCTAAAACAAATGTAAACACTGTTATTTAAACTATCTTTCTTTTGTTACTAACAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGgtacttttccttgtt
ccctcgctctatgtgctatattaggtagaagttcctttcgaataccaagccgcatagctgctttgattgagtctccatactgatcgctatttgcatttcccctcgctcgaaggaaagcgaatgaaagatcatttcagcgaatattgctttagtttgacagGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCG
CCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCAT
CCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGC
TTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGT
GATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTAT
GAGGGAGATGTTGTAACGGAAC

Intron 3 GTACTTTTCC ... TCGCTCGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75.76	2.7	2.7	7
A2	79.17	5	0	19
A3	63.64	8	1.3	14
A4	68.75	5	0	11
A5	62.5	6	1	10
A6	78.55	19.7	9.3	72
A7	81.39	27.7	6.7	121
A8	72.17	24.3	4.3	63
A9	86.41	11.3	5.3	72
A10	82.14	25	7	115

>TRINITY_DN41164_c2_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AATAAATTGAGCATCCTCAAATACACTAAAACCTCTAACCTAAAACAAATGTAAACACTGTTATTTAAACTATCTTTCTTTTGTTACTAACAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGGAAAGCGAATGAAAG
ATCATTTCAGCGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTC
ATTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTGCAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGT
TTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCG
TCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACA
CAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGAAC

>TRINITY_DN41164_c2_g1_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATAAATTGAGCATCCTCAAATACACTAAAACCTCTAACCTAAAACAAATGTAAACACTGTTATTTAAACTATCTTTCTTTTGTTACTAACAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGgtacttttccttgtt
ccctcgctctatgtgctatattaggtagaagttcctttcgaataccaagccgcatagctgctttgattgagtctccatactgatcgctatttgcatttcccctcgctcgaagGAAAGCGAATGAAAGATCATTTCAGCGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCG
CCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTCATTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTGCAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGA
TAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTG
AACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGC
ACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTA
ACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGAAC

Intron 4 GTGCACTTTA ... GCTATATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	1	1	1
A2	22.22	7	0	4
A3	16.67	5	0	2
A4	100	0	3	0
A5	20	2	0	1
A6	32.43	25	3	21
A7	28.71	72	22	36
A8	33.33	26	18	8
A9	34.96	40	18	25
A10	24.66	55	16	20

>TRINITY_DN42961_c1_g1_i15 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAGAGAAAAGGCATGCTGAGGAGATTCTGAAGGAAAGAGAAGAGCTTCAATTCTTCAAGAGCAAGGATGAAGGAAGGAGAACTTATGGCAAGGGAGGAGGCACTCACACCAGGATTCCTGTAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAG
AGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGGTAGAAGTTCCTTTCGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGATCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGC
TGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACG
ATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGT
GCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAG
TTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTCCATTCTGGTTTGGATTAACTGTTGACTGTTTGCTCGATCTATCATCCACTATATGTGAGAAAGTTTGTTGGTTTAGATTACCTGCTGACTATTTGCTAAACCTATCATCCAC
TATATGTCAGGAAGTTTGTTGGTTTAGATTACCTGCTGACTATTTGCTAAACCTATCATCCACTATATGTCAGGAAGTTTGTTGGTTTAGATTACCT

>TRINITY_DN42961_c1_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAAAGAGAAAAGGCATGCTGAGGAGATTCTGAAGGAAAGAGAAGAGCTTCAATTCTTCAAGAGCAAGGATGAAGGAAGGAGAACTTATGGCAAGGGAGGAGGCACTCACACCAGGATTCCTGTAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAG
AGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGgtgcactttaaatgtctttagagtacttgttgcttttctactttactctactcttggtgatattgttccgagttgttaatctttttctttcagcttcgaacatggcaacagttaataaatataattgaatgaatttaaatgttta
ataattttgtttgttttataagatatcgattagaatttatgaatttttttaaaaccaaattctgtattgtttaaattagtataaatccattttgaagaagagtttgcatttagaaaaagaatttttttaaaaccaaattctgtattgtttaaattagtataaatccattttgaagaagagtttgcatttagaaaaattta
atctttcttgatatttggtagctattattttgtacatcaaatatataatgcaattactgttttaaatatataaataaattgagcatcctcaaatacactaaaacctctaacctaaaacaaatgtaaacactgttatttaaactatctttcttttgttactaacagaaaattatgtccaaactggcaaaatcgtccaacgt
ttacgctacacgtaattgtacaacatacattattgcaactctgtcatctaacatgcggtacttttccttgttccctcgctctatgtgctatattagGTAGAAGTTCCTTTCGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGA
TCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCC
GAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTC
CAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAG
GGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAG
TATGAGGAAGATCTTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGATGTAGCATGTAAC

Intron 5 GTAGGGCGTT ... ACTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.57	7	16	16
A2	52.71	17.6	31.9	7
A3	57.25	11.9	17.8	14
A4	46.06	12.9	15	7
A5	65.22	4	8	7
A6	55.9	71.4	88	93
A7	57.34	72.6	91.9	103
A8	57.95	52.8	59.4	86
A9	61.52	42.8	66.8	70
A10	52.45	85.7	96.9	92

>TRINITY_DN110853_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGTAGAAGTTCCTTTCGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGATCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAA
GAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGT
TGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAATGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATA
CGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATT
TCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAAGC

>TRINITY_DN110853_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTAGAAGTTCCTTTCGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGATCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAA
GAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGgtagggcgttcatacagtaatctcacatccgtttctgactctttaattcatggtgatgttcattactggaagaattctattgtgcccacttttgcagAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGC
CCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGAT
TCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAATGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCG
AGGGCTTTCATAAAATTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAAGC

Intron 6 GTGCACTTTA ... TTACTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.11	4	1	0
A2	-1	0	0	0
A3	50	1	0	2
A4	100	0	3	0
A5	100	0	0	1
A6	47.83	6	3	8
A7	54.72	12	22	7
A8	60	8	18	6
A9	55.56	8	18	2
A10	50	14	16	12

>TRINITY_DN42961_c1_g1_i11 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAAGAGAAAAGGCATGCTGAGGAGATTCTGAAGGAAAGAGAAGAGCTTCAATTCTTCAAGAGCAAGGATGAAGGAAGGAGAACTTATGGCAAGGGAGGAGGCACTCACACCAGGATTCCTGTAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAG
AGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGTTTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGGTACTTTTCCTTGTTCCCTCGCTCTATGTGCTATATTAGGTAGAAGTTCCTTT
CGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGATCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACAT
TTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTCATTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTGCAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGA
CAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTTTCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAA
TTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGTCCTGGGTCGGCTCGGCTCGGCTCGGCTTCATATTGCTTATAGTCGGTGGGAACAAAAGGTTCTTCCGTTGGCACTGGAGCTAATTATAAGAGCCGAGGGCTTTCATAAAA
TTGTAATATCTAAACCTAGCTGGGGCAGTTTTGTAAACGATGTCTGATGATATCTCAGTGATAATTCAAGTTATTTTATATTTCACACACAATATGTACATAACATCTTGACATTTCATTTTGGTTTGGATATCTACAGCCTAGTATGAGGAAGATCTTGTAACAGATGAGGCGCTCTACAGCCCAGTATGAGGAAGATC
TTGATGTAACATGTAACGTTTGTATGTGGAAAGTAATAAAATGTAAAAAGTAATAGTATGAGGGAGATGTTGTAACGGATGTAGCATGTAAC

>TRINITY_DN42961_c1_g1_i6 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAAAGAGAAAAGGCATGCTGAGGAGATTCTGAAGGAAAGAGAAGAGCTTCAATTCTTCAAGAGCAAGGATGAAGGAAGGAGAACTTATGGCAAGGGAGGAGGCACTCACACCAGGATTCCTGTAACCACGGGGCAATACCAAGTGGCTTGATGTTAAGATGACAGTTGTGATAGAGCTCAGCCTTTTACCTGCACCAAAG
AGGGATGAGGAGAGCGCGATTGTGTCTCCTGAGATTGGATGACAGGTTTGGGCAGgtgcactttaaatgtctttagagtacttgttgcttttctactttactctactcttggtgatattgttccgagttgttaatctttttctttcagcttcgaacatggcaacagttaataaatataattgaatgaatttaaatgttta
ataattttgtttgttttataagatatcgattagaatttatgaatttttttaaaaccaaattctgtattgtttaaattagtataaatccattttgaagaagagtttgcatttagaaaaagaatttttttaaaaccaaattctgtattgtttaaattagtataaatccattttgaagaagagtttgcatttagaaaaattta
atctttcttgatatttggtagctattattttgtacatcaaatatataatgcaattactgttttaaatatataaataaattgagcatcctcaaatacactaaaacctctaacctaaaacaaatgtaaacactgttatttaaactatctttcttttgttactaacagAAAATTATGTCCAAACTGGCAAAATCGTCCAACGT
TTACGCTACACGTAATTGTACAACATACATTATTGCAACTCTGTCATCTAACATGCGGTACTTTTCCTTGTTCCCTCGCTCTATGTGCTATATTAGGTAGAAGTTCCTTTCGAATACCAAGCCGCATAGCTGCTTTGATTGAGTCTCCATACTGATCGCTATTTGCATTTCCCCTCGCTCGAAGGAAAGCGAATGAAAGA
TCATTTCAGTGAATATTGCTTTAGTTTGACAGGCTGCAAGCTGCCAGGGTAATTCATGCTTTGAGAACGGCGCCGACATTAAGCTACAAGATGAAGAAGATCAAGAACATTTTCAAGAGGTGGCAAAGTTTCTCGAGGGTAGGGCGTTCATACAGTAATCTCACATCCGTTTCTGACTCTTTAATTCATGGTGATGTTCA
TTACTGGAAGAATTCTATTGTGCCCACTTTTGCAGAAAACAGGCCGCCGTCATCTAGCCTCGTCCACGCAGATAATGACAAAGTAGAAGAAGCGCCCGAGGGATCTACGACAGTGTATGTTGGGAAGTCCAGGAAACGATATTTCATTAGTGCCCATTATGCGAATCATCCATTGTTGAGGGTACTGATCGTTGAGAGTT
TCAGAGACGGCTTCTCAGTCGCCTGCGAGGTGGTGCTGTTCGAACATTTGGTGTGGATGTTGGAGAACGCTGAACCAGAGGCGATTCAGAGCGATTCCAGCTTGAAGGAATTGGCCGAATTCTATGTTTGTGACTAGTGCGGGCAAAGTGGCCCGCAATAATTAGCTGCTTTTCTTCTCTGTGTTATATATACGCTGCGT
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