NA ----> NA

Intron 1 GTGAAGTTGG ... GCCAGGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.2	132	118	9
A2	45.6	99	83	8
A3	51.16	105	110	13
A4	45.23	109	90	13
A5	49.3	36	35	4
A6	40	9	6	0
A7	50	13	13	10
A8	55.56	12	15	1
A9	57.14	3	4	2
A10	50	5	5	0

>TRINITY_DN122526_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGACGGTTAGACGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGTGGAGCTGTGATGGTTTCATTGCTTTTTTGAGGACGCAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTAGTGTTATTATTTTTTGTGTTTATGCTGCTGTGATTGTTATTTTTTT
CTATTTTTTAGCATGGCCATGCTGATTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTTATTTTTTATTTTTTCGTTTTAATGGAGTGAAATTAGGGCACCCCATACATCTACGCTCAAGCAGATTTCACAGAGGAGAGGGTGAGTCCTCTTTCTTACA
AAATTCAGGTGATCATTTTCATTACAAATCCAATTATCTCCTCTCTTTAC

>TRINITY_DN122526_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGACGGTTAGACGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGTGGAGCTGTGATGGTTTCATTGCTTTTTTGAGGACGCAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTAGTGTTATTATTTTTTGTGTTTATGCTGCTGTGATTGTTATTTTTTT
CTATTTTTTAGCATGGCCATGCTGATTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTTATTTTTTATTTTTTCGTTTTAATGGAGTGAAATTAGGGCACCCCATACATCTACGCTCAAGCAGATTTCACAGAGGAGgtgaagttggaagagctcttaa
agatctttgtatctttgtgccagggcagAGGGTGAGTCCTCTTTCTTACAAAATTCAGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGC

Intron 2 GTGTGTATTG ... ATCAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.7	145	307	206
A2	67.65	95	221.3	178.7
A3	65.36	119.3	259.3	192.7
A4	57.84	125.3	205	140.3
A5	62.06	46.7	82.7	71
A6	53.37	8	12	6.3
A7	23.06	17.3	9	1.3
A8	45.52	12	14	6
A9	70.83	3	5	10.3
A10	37.08	9.7	7	4.3

>TRINITY_DN110757_c5_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GATGGCTAGACGCGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCTACATTGGACGGATGGCGCTGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTCTGTTTGGTGTTCCTTGGTTCTACGAGGACGCAGAGCACCCGAACTTTTCTTCCTT
CATTAACTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTCTTTGAGGACAGAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTATTTTTTTCTT
ACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGTGACAATACAGGTGAAGTTGGAGGAG
CTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGGGTGAGTCCTTTGTTTTTACAAAATTCAGGTAATCATTTTCATTACAAATCCAATTATCTCCTCTCTTTACCTACTTAGGGTTTACGATTTGGGTTATTGG
AAATTAAGGAAGTCCTAAACAGCTAGTTGATACAGATTCCACAGAGGCAATGAGCACAAGCGCG

>TRINITY_DN110757_c5_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GATGGCTAGACGCGAGGTTGGACGGATGGTTTCCTGGTTTCCTTGGTTCTTCGTTCATCAATTGTTAAACCCGCGGTTGGTCGGATGTCTGGACGGATGGCTACATTGGACGGATGGCGCTGGGACGCAGAGCACCTCGGTTTTCTGTTTGGTGTTCCTTGGTTCTACGAGGACGCAGAGCACCCGAACTTTTCTTCCTT
CATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGCATGTCTGGACGGATGGTTAGAAGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGAAGAGCTGTGATGGTTTCCTTGGTTTTTTGAGGACGCAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTGTTGTTATTATTTTTTATGTTTATGCTGTTGTGATTGTTATTTTTTTCTT
ACTTTGAGCATGGCCATGCTGTTTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTAATTTTTAATTTTTTCGTTTTAATGGGTGGGAAATTAGGGCACTCCATACATCTAAGCTCAAGCAGATTTCACAGAGCAGgtgtgtattgtttaattttaactctg
tttctgctaatatatatatatatcaatttagTGACAATACAGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTTTTTTTCAATTTAGCGAGGGCAGGGTGACAATACCGGTGAAGTTGGAGGAGCTGTTAAAGATCTTTGTATCTTTGTGCGAGGGCAGGG

Intron 3 GTGAAGTTGG ... TTTGTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.94	193	118	11
A2	35.47	151	83	8
A3	39.57	168	110	16
A4	32.73	185	90	12
A5	36.84	60	35	7
A6	40	9	6	0
A7	38.24	21	13	10
A8	44.12	19	15	1
A9	36.36	7	4	2
A10	31.25	11	5	0

>TRINITY_DN122526_c1_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGACGGTTAGACGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGTGGAGCTGTGATGGTTTCATTGCTTTTTTGAGGACGCAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTAGTGTTATTATTTTTTGTGTTTATGCTGCTGTGATTGTTATTTTTTT
CTATTTTTTAGCATGGCCATGCTGATTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTTATTTTTTATTTTTTCGTTTTAATGGAGTGAAATTAGGGCACCCCATACATCTACGCTCAAGCAGATTTCACAGAGGAGGGCAGAGGGTGAGTCCTCTTTC
TTACAAAATTCAGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGC

>TRINITY_DN122526_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCATTAATTGCTAAACGCGCAGTTGGTGGGATGTCTGGACGGACGGTTAGACGCGAGATTGGACGGATGGCCTGGAAAGAGGAGCTAAGTGGAGCTGTGATGGTTTCATTGCTTTTTTGAGGACGCAGAGTAGAGTTTAATTATGTTTGGTAGTGTTATTATTTTTTGTGTTTATGCTGCTGTGATTGTTATTTTTTT
CTATTTTTTAGCATGGCCATGCTGATTTGGGGTTTGATATATTGCTTTTCTGTGTGTTTTCTCTCTTATTTGTTCGTTTTACATTTCTTCATTGTTTTTTATTTTTTATTTTTTCGTTTTAATGGAGTGAAATTAGGGCACCCCATACATCTACGCTCAAGCAGATTTCACAGAGGAGgtgaagttggaagagctcttaa
agatctttgtatctttgtgccagGGCAGAGGGTGAGTCCTCTTTCTTACAAAATTCAGGTTTAGTGGGTGGGCAAATGGAGGCAATCCCAAACAGCCCAGTTGATGCAGATTCCACAGGCACAAAGGGTGCAAGCGAAGGC