NA ----> NA

Intron 1 GTGAGTGTTA ... GATTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	41.46	24	22	12
A2	34	33	17	17
A3	58.44	16	12	33
A4	50	6	1	11
A5	35.14	12	9	4
A6	18.67	98	42	3
A7	21.56	191	76	29
A8	19.25	344	129	35
A9	20	170	79	6
A10	19.15	114	54	0

>TRINITY_DN123399_c2_g2_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

CAATCTGTTTGTGTTTTCTTTTGTTTTTCGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATATTTTTATTATGTTTTGTGTTTTGGAGTCTGGGTTTCGTTTGTCTGTTATGTTTTGTGTTTTGGAGTCTGGGTTTCGTTTGTCTGTTGGGTGGAAAGAAAAAAAGTTACTACCGAAAACAGCAGATGAGAGCAGATGAGAGCT
TATAAGGCAAAGTTATAAGAGCGTATATGTGGAAGAATTTCAGCTGCTACAGAATTTCAAGATTGCAGGTGAATTTCAGTTATATATTGCAGGTGAATTTCAAGATTGCGGGTGAATTTCAAGATTGCAGTTATATATTGCAGGTGAATTTAAAGATTGCAGGTGAATTTCAAGATTGCGGGTGAATTTCAGCTAGTACA
GAATTTGCGGGTGAATTTCAGCTAGTACAGAATTTCAAGATTGCCGGTGAATTTCAGCTACTACAGAATATTAAGATTGCAGATAGATGAATAGAAGATTTTTTAAAGTATGCAAATGATGAAGACTCTTAGAAAGAGGATTGGGTGTGTGCATGTTGATCTGATCAAACAAGCCGAACTACAATGACTAAACAAACGCC
TGCTACTAATTCGACTGGGCTAACCAACACATTTGGTTGGATAATTTTGGCTGGCTGGATACTTGCCTAGAAGCTTTAAGTCAGTGCATGAACATTTGGTGGTGCAGGAATAAATCTTGGTAGTCCACGTAGATGAGTGGAGGATTTTTGAACTAAGAGGAAGACATGTGATGTAAAGGAAGATGAAGAATATGCTTTAA
CAAAAAGATTATGTGAAAAAAAAGATGAATTGTACTTTGTATAAAATTATGAG

>TRINITY_DN123399_c2_g2_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CAATCTGTTTGTGTTTTCTTTTGTTTTTCGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATATTTTTATTATGTTTTGTGTTTTGGAGTCTGGGTTTCGTTTGTCTGTTATGTTTTGTGTTTTGGAGTCTGGGTTTCGTTTGTCTGTTGGGTGGAAAGAAAAAAAGTTACTACCGAAAACAGCAGATGAGAGCAGATGAGAGCT
TATAAGGCAAAGTTATAAGAGCGTATATGTGGAAGAATTTCAGCTGCTACAGAATTTCAAGATTGCAGGTGAATTTCAGTTATATATTGCAGGTGAATTTCAAGATTGCGGGTGAATTTCAAGATTGCAGTTATATATTGCAGGTGAATTTAAAGATTGCAGGTGAATTTCAAGATTGCGGGTGAATTTCAGCTAGTACA
GAATTTGCGGGTGAATTTCAGCTAGTACAGAATTTCAAGATTGCCGGTGAATTTCAGCTACTACAGAATATTAAGATTGCAGATAGATGAATAGAAGATTTTTTAAAGTATGCAAATGATGAAGACTCTTAGAAAGAGGATTGGGTGTGTGCATGTTGATCTGATCAAACAAGCCGAACTACAATGACTAAACAAACGCC
TGCTACTAATTCGACTGGGCTAACCAACACATTTGGTTGGATAATTTTGGCTGGCTGGATACTTGCCTAGAAGCTTTAAGTCAGTGCATGAACATTTGGTGGTGCAGGAATAAATCTTGGTAGTCCACgtgagtgttatttttactctcatataatatttaaaaaaaaattagttcattaattaattataattcttgttt
tattattttaaaaaaatattagtttattaattaataatttttgtttgatttgacagGTAGATGAGTGGAGGATTTTTGAACTAAGAGGAAGACATGTGATGTAAAGGAAGATGAAGAATATGCTTTAACAAAAAGATTATGTGAAAAAAAAGATGAATTGTACTTTGTATAAAATTATGAG

Intron 2 GTGAATTTCA ... TGTTTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.18	33	52	12
A2	67.27	18	37	5
A3	60	40	60	13
A4	73.24	19	52	12
A5	63.16	14	24	1
A6	81.16	13	56	1
A7	70.29	112	265	26
A8	66.13	126	246	32
A9	76.31	59	190	13
A10	71.3	93	231	17

>TRINITY_DN110648_c2_g3_i15 from sample A4 / Example spliced isoform

AAAATGAAGAGGAGGAGCGGGAGTCCGTACAGGAGAGGAGCCGAGGAGCCGCATAGGAGAGGAGCAGAGCCGAACATAATTTAGGAATTATTTGAATTTGGGAGTCTTTTTGAGTTTTTCTTTTTAATTAAGCATGGCGATGCTTTTGTTTTTCGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATCTTGCTTTTATTTATTTT
TACGTGTCAAGCTGTTTGTGTTTTCTTTTGTTGTTTGTTTCTTGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATTTTTATGTTTGGATGTTTTCCTTTATGTTTTGTGTTTTGGGTTCTGGGTTTCGTTTGTTGGGTGGAAAGAAAAAGAAGTTACTACCGAAAACAGCAGCAGATGAGAGCTTATAAGGGAAAGTTATAAGA
GTGTATATGTGGAGGAATTTCAGCTACTGCAGAATTTCAAGATTGCAGGTATATGAATAGAATATTTTGTAAAGTAAGCAAAGGGAAAACAAAGAAGAGTCTTAGAAAGAGGATTGGGTGCGTGCATGTATGATCTGACCAAGCGAGCTGAACTACTATGACTAAATAAACGAC

>TRINITY_DN110648_c2_g3_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AAAATGAAGAGGAGGAGCGGGAGTCCGTACAGGAGAGGAGCCGAGGAGCCGCATAGGAGAGGAGCAGAGCCGAACATAATTTAGGAATTATTTGAATTTGGGAGTCTTTTTGAGTTTTTCTTTTTAATTAAGCATGGCGATGCTTTTGTTTTTCGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATCTTGCTTTTATTTATTTT
TACGTGTCAAGCTGTTTGTGTTTTCTTTTGTTGTTTGTTTCTTGTTTCGTTTTTAATTTTTTAGTTTCTATTTTTATGTTTGGATGTTTTCCTTTATGTTTTGTGTTTTGGGTTCTGGGTTTCGTTTGTTGGGTGGAAAGAAAAAGAAGTTACTACCGAAAACAGCAGCAGATGAGAGCTTATAAGGGAAAGTTATAAGA
GTGTATATGTGGAGGAATTTCAGCTACTGCAGAATTTCAAGATTGCAGgtgaatttcagttactgcggagtttcacttaccctgaaattttaagatttttgtttaacagGTATATGAATAGAATATTTTGTAAAGTAAGCAAAGGGAAAACAAAGAAGAGTCTTAGAAAGAGGATTGGGTGCGTGCATGTATGATCTGAC
CAAGCGAGCTGAACTACTATGACTAAATAAACGAC