NA ----> NA

Intron 1 GTATGCAAAA ... TGTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	51.85	13	14	1
A2	52.94	8	9	0
A3	45.16	17	14	0
A4	46.67	8	7	0
A5	57.14	3	4	0
A6	42.65	39	29	0
A7	55.42	37	46	0
A8	47.56	43	39	0
A9	54.69	29	35	0
A10	47.44	41	37	0

>TRINITY_DN42825_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTAGGGTTCACTTAATCGCCCTATTCATTCTAGGGTTTCACTTGAATGCCTTAATAATCTTTATATATATGGTTACAATTAGTTGGAGCTGTAAGAGCTGAAATCTATGAGATCGAGTAGTGGCCGGAATCCTGATCCAACGCTGTGGACAATGGTCGTTTTTGCCTACACACAAGGGATAATGGTAGAAAAGATAAAA
TAGAGTTAATTTTTGCCTCAAGACTCAAAAGAAAGGAAATCTGCATGATATATGCTTCAGAAATCATGGAGGAAAACTTATCTGGAGCCGCATTGTTATTAGCTTCACTCATCCAACCCGGTTTTCGCAGGATAAGTCAACGTATGAAGGTGCAATGAAATTACCACCGTCTAAATTGGTGTTTATATAATGGCCTGCTT
TGGAGATCCTAATTTGGTCATTATTGACAATCTTTTCCATGAAGGGTTTGCTGCGCTTGCCATACTCTCCAGGTAAAGATAAAATGCAACCTTTCTAACATTGGAAAGCCACCTGTCCTTCCTTAACTCCTTGTACGAACTCGGTTTATTCAGAGAGCTCTACTTCGACATGTTTCACATTTCCAACATGGTGGGTTATG
TGATTGATGTAGTGATTTGGGTAACTGTTATTTAATTTTAGATTTATTGTTTTGTCTATAAGTTAGAAGGTCTGTACATCAATATTATAAACTGTCCTTCCTACGGGCTGCTATCTCAGGAGTCAGGCCTGCACATACCAAAACAATAATAGGATTTGTCTCATGATAAGTCTCTTCCCTCATGGGGATTTACCAAAGTC
TGAATTGTCCCTGTCCTCCTGTCATCGTGACCCTCTTTTTATGCTTGTGTGTCATGCTCTGCTACTCCGGCTTCCTCACTACCAGCGTTCTACCTCCAATGGCATGATTGCTATTCTCATATTTCTGGTTTAACTGGTTAAGTTTCTTGAGAATTTCATTGTGGTGAGAACCCCTTTCTTCTATGACACATGCAATTAGA
GTTTTGACATGCTAATATAAGTCCACAGTTTTCAAGTATTTTGTCACTATTACTGGAGAAACCTGTATATGTAATCCAAGGGCTCATTTCATTTCAATTCTGTAGCTGCGGATCTGTCATCTCTTCTCACGAACCCTATTTTCCAAATATTTCACCTCCTGCTTCACTGGTTAAGGGAAACTGCTGCAATATGCATATGC
GGATGCTACCACCGGTGTCCGGGCCTGCAGAGTTCCTATTTCCTTGCACCTGCAAGGCCTGCTTTTCACCCTGATTGGCATAAAAAATCTCCCTACCTGGCCAATAATCCTTCTGGTCTGCCTTTGTGGTTGGCCAAACTACCGACTGGAGTGCTGGTGGCTTCAAACCAAGTACCAGATTCCAGACCAGTTCCCGAATT
CTTTGGATTCCCATCTTCCAACACTGAGTAGCATCACGGCCTGGTAACAAGTCCCATCGTTTCCTCCTAATGCCCCTCATACTGCTATGAACCAGTGCTTTAATACCTGTGTATCGTCACCTATACCAGCCATATGGCTCAGAGTTAATGGCGGTCTTGTGATGGGATGTGATGCCATGAGAGTTATTGCAGAGCGATTG
AGCTATGAGAGCTCAAGAACGAAACGTACAAGCCCACTTCTCTCATCACGTGACGTGCTTGTACTGCACCTTGCCCCCCTATCAACCCATGTAGGTATAAATTGGATTTATTGTTGAGACTATGTTGATGGACTTTTACCACTATCCGCTGGGATGAAAAACTTAATGTGGACAGATGGGTGGGAATATGCCTCGGGGAA
GGTTTGGTTAGCAGTAGACATGCACACATTGAGCTTAAATCCATTGAATAGCTTGTCTATCTGCTGTTAACCAACCCTTCCGGCCCCTTTAATTTTGTTTTGCTAGGTTAAAATCGGGCAAACTATGTGATATGTATCTTCATGAAGGCTGTAGGTGGCAAGCACAGTATCAACACTTTCCATCCGTGATAGAATTTATT
CCCAGAAATTGCAGTGGCTGCAAAGAAAAAATTCCCACCCCTATCTGTGGAGAGGGGCTGCATTTTCAAGGGGTGCCCATTCCCACCTTTTCTCATTCCCAATTGGGATGCCTAGTTCTTCTTTCAGATCAAAGTGTATGCAATATACAATATCAGACAACGTGGGAAAGGTTTGGTTAGCAGCAGACATGCACACATTG
AGCTTAATTCCATTGAATAGCTTGTCTATCTGCTGTTAACCAACCCTTCCGTCCCCATTAATTTTGTTGTGCTAAGGTTAAAATCGGGCAAACTATGTGATATGTATCTTCATGAAGGCTGTAGGTGGCAAACATAGTATCAACATTTTCCATCCGTGTTAGAATTTATTTCCAGAAATTGCAGTGGCTGCAAAGAAAAA
AACTCGCACCCCTATCTGTGGAGAGGGGTTGCATTTTCAAGGGGTGCCCATTCCCACCTTTTATCATTCTCAATTGCGATGCCTAGTTCTTCTTTAAGATCAAAGTGTATGCAATATACAATATAAGACATCATTAATCTTACCAACAAAACATTGCAAGTCCAAAATTTCAACTTTTGGGAAAATCCCAAACAATCATC
CAAATTATTACCTCAATCACATTATTGGCCATGTTGGAGATATAAAATGTGAAGAAGCTGTAGAGATTTCCTCTTAGTCATTATGGGGTACTGCTGCCCAAGGTCAATCGCATTTGTGAGCTTCAACCTCTGGAGATGCTAGCTGGCTCAACTGTCATCAACTAAGGAGATTGCTGCATATGGAGTTTGGAAGTGCAGGT
AGTTTTCCATGTTAGAGAGGTCTTTACAACTTGCACATGTTAGAGTATGACAAGGGCATCATCAAACGTTGCCAAAGGAAATGGAGAAAACCAACCAACTTGAGAGTGATATATTTACTTGAAAGGTTTAGTGCAAAGGAATATTTGGGAGGATGATCATTGATAAAATGAAAACATGCTTTGAAAAGTTACAGTGCATG
ATTATTACGTAGGATATGTTTGAACATTCAAAATTTTGACAATCGTAATATCAAAAGAAATTTGGAA

>TRINITY_DN42825_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTTAGGGTTCACTTAATCGCCCTATTCATTCTAGGGTTTCACTTGAATGCCTTAATAATCTTTATATATATGGTTACAATTAGTTGGAGCTGTAAGAGCTGAAATCTATGAGATCGAGTAGTGGCCGGAATCCTGATCCAACGCTGTGGACAATGGTCGTCTTTTGCCTACACACAAGGGATAATGGTAGAAAAGATAAA
ATAGAGTTAATTTTTGCCTCAAGACTCAAAAGAAAGGAAATCTGCATGATATATGgtatgcaaaacccagcacacaaattcaatctgcttgcatcagatggtatggtacactcagtttcagttgaaaatttcaataaattattcccaggaaattcaattatcatcttcttctggtttttttggcccacggtgcttcccaa
tccacctgccactatgcggccatcttccccaacacgcataaaagttgcccatttttttttcttaaatttaaatttctgctcttcttttaataaaccatatcatactctttatcttgtgttgcagCTTCAGAAATCATGGAGGAAAA

Intron 2 GTATGGTACA ... TGTGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.41	7	3	1.7
A2	25	5	2	0
A3	34.52	5	2.7	0.7
A4	11.11	5	0.7	0.3
A5	44.44	2	1.7	0
A6	15.87	32	6.7	2.7
A7	23.3	30	10.3	0.3
A8	13.01	33	5.3	1.3
A9	14.45	47	8.7	0.7
A10	15.87	32	6.7	1.7

>TRINITY_DN107406_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ACTTAATCGCCCTATTCATTCTAGGGTTTCACTTGAATGCCTTAATAATCTTTATATATATGGTTACAATTAGTTGGAGCTGTAAGAGCTGAAATCTATGAGATCGAGTAGTGGCCGGAATCCTGATCCAACGCTGTGGACAATGGTCGTTTTTGCCTACACACAAGGGATAATGGTAGAAAAGATAAAATAGAGTTAAT
TTTTGCCTCAAGACTCAAAAGAAAGGAAATCTGCATGATATATGGTATGCAAAACCCAGCACACAAATTCAATCTGCTTGCATTAGATGCTTCAGAAATCATGGAGGAAAACTTATCTGGAGCCGCATTGTTATTAGCTTCACTCATCCAACCCGGTTTTCGCAGGATAAGTCAACGTATGAAGGTGCAATGAAATTACC
ACCGTCTAAATTGGTGTTTATATAATGGCCTGCTTTGGAGATCCTAATTTGGTCATTATTGACAATCTTTTCCATGAAGGGTTTGCTGCGCTTGCCATACTCTCCAGGTAAAGATAAAATGCAACCTTTCTAACATTGGAAAGCCACCTGTCCTTCCTTAACTCCTTGTACGAACTCGGTTTATTCAGAGAGCTCTACTT
CGACATGTTTCACATTTCCAACATGGTGGGTTATGTGATTGATGTAGTGATTTGGGTAACTGTTATTTAATTTTAGATTTAATGTTTTGTCTATAAGTTAGCAGGTCTGTACATCAATATTATAAACTGTCCTTCCTACGGGCTGCTATCTCAGGAGTCAGGCCTGCACATACCAAAACAATAAT

>TRINITY_DN107406_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAATCTGCTTGCATTAGATGgtatggtacactcagtttcagttgaaaatttcaataaattattcccaggaaattcaattctcatcttcttctggtttttttggcccacggtgcttcccaatccacctgccactctgcggccatcttccccaacacgcataaaagttgcccatttttttttcttaaatttaaatttctgct
cttcttttaataaaccatatcatactctttatcttgtgttgcagCTTCAGAAATCATGGAGGAAAACTTATCTGGAGCCGCATTGTTATTAGCTTCACTCATCCAACCCGGTTTTCGCAGGATAAGTCAACGTATGAAGGTGCAATGAAATTACCACCGTCTAAATTGGTGTTTATATAATGGCCTGCTTTGGAGATCCT
AATTTGGTCATTATTGACAATCTTTTCCATGAAGGGTTTGCTGCGCTTGCCATACTCTCCAGGTAAAGATAAAATGCAACCTTTCTAACATTGGAAAGCCACCTGTCCTTCCTTAACTCCTTGTACGAACTCGGTTTATTCAGAGAGCTCTACTTCGACATGTTTCACATTTCCAACATGGTGGGTTATGTGATTGATGT
AGTGATTTGGGTAACTGTTATTTAATTTTAGATTTAATGTTTTGTCTATAAGTTAGCAGGTCTGTACATCAATATTATAAACTGTCCTTCCTACGGGCTGCTATCTCAGGAGTCAGGCCTGCACATACCAAAACAATAAT