sp|Q940M4|OCT7_ARATH ----> Organic cation/carnitine transporter 7
Intron 1 GTATGGATTT ... ATATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 21 | 13.4 |
| A2 | 100 | 0 | 15 | 6 |
| A3 | 100 | 0 | 19 | 11.3 |
| A4 | 100 | 0 | 28 | 6.1 |
| A5 | 100 | 0 | 7 | 10.4 |
| A6 | 100 | 0 | 18 | 18.1 |
| A7 | 92.88 | 2 | 31 | 21.1 |
| A8 | 76.42 | 5 | 18 | 14.4 |
| A9 | 94.39 | 1 | 19 | 14.7 |
| A10 | 75.72 | 8 | 23 | 27 |
>TRINITY_DN45759_c0_g4_i4 from sample A7 / Example spliced isoformGGATTCAAAAGGAAGAAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGATGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTG
AAGTAGATACCATTGACGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTAAGATTTCCATCTGACGTGACTGAATCCAAAATATGAAGGT
TTCCTACATTTCATCCTATTTCTACACATAAATTTATTCTGCATGGGTTGCAACTTAAATGAAAGATATGCTACAAGCTATGCTCATGTAAAACTCAAATGAAACTGAGGAAAGTCTCAAATAAAACTATGCTCTGGTCCTAATAAATG
>TRINITY_DN45759_c0_g4_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAATTACCTTACTTTGATTGCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCGAGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATAT
TGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGGTATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGA
CTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATGATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGgtatggattttttgccactgcaatgataacttttactgcgggattcttaagtgcattttcttcaaattaccttactttgattgctcttcgttgcttggt
tggtgttggactgggaggtggtcctgtgctttcctcatggtttctagaatttatcccagctcccaacagaggaatttggatggtcatattttcagGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGA
TTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGATGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGACGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTA
TTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTAGTACTATTTGCAAATGCATTTTCCTACTATGGACTTGTCTTGCTTACTACTGAATTAAGTGGTGGAGGTGGGAATTG
CACATCAGACACTATGCCTTTAATTGCTCCCAATGAGAGTAGTCTTTACAGGGATGTTTTTATTTCAAGTTTTGCAGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAG
TTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTA
GCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGA
ACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATGTTCGG
Intron 2 GTTTCCTACA ... ATGGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 6 | 3 | 7 |
| A2 | 11.11 | 4 | 0 | 1 |
| A3 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 20 | 4 | 1 | 1 |
| A6 | 39.13 | 7 | 2 | 7 |
| A7 | 13.04 | 10 | 0 | 3 |
| A8 | 9.09 | 5 | 0 | 1 |
| A9 | 22.58 | 12 | 0 | 7 |
| A10 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTAAGATTTCCATCTGACGTGACTGAATCCAAAATATGAAGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACC
GTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGA
GCTGCAAGTTCATTT
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTAGTACTATTTGCAAATGCATTTTCCTACTATGGACTTGTCTTGCTTACTACTGAATTAAGTGGTGGAGGTGGGAATTGCACATCAGACACTATGCCTTTAATTGCTCCCAATGAGAGTAGTCTTTACAG
GGATGTTTTTATTTCAAGTTTTGCAGGTAAGATTTCCATCTGACGTGACTGAATCCAAAATATGAAGgtttcctacatttcatcctatttctacacataaatttattctgcatgggttgcaacttaaatgaaagatatgctacaagctatgctcatgtaaaactcaaatgaaactgaggaaagtctcaaataaaactatg
ctctggtcctaataaatggtattacaactggctttgcatggtggcagAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCAC
GCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTG
TTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATG
TTCG
Intron 3 GTAAGATTTC ... ATGGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 10 | 5 | 7 |
| A2 | 22.22 | 7 | 3 | 1 |
| A3 | 28.57 | 5 | 4 | 0 |
| A4 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A5 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A6 | 20 | 22 | 4 | 7 |
| A7 | 7.32 | 19 | 0 | 3 |
| A8 | 9.68 | 14 | 2 | 1 |
| A9 | 19.05 | 17 | 1 | 7 |
| A10 | 7.32 | 19 | 2 | 1 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTAGTACTATTTGCAAATGCATTTTCCTACTATGGACTTGTCTTGCTTACTACTGAATTAAGTGGTGGAGGTGGGAATTGCACATCAGACACTATGCCTTTAATTGCTCCCAATGAGAGTAGTCTTTACAG
GGATGTTTTTATTTCAAGTTTTGCAGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCT
TTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTG
TTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATGTTCG
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTAGTACTATTTGCAAATGCATTTTCCTACTATGGACTTGTCTTGCTTACTACTGAATTAAGTGGTGGAGGTGGGAATTGCACATCAGACACTATGCCTTTAATTGCTCCCAATGAGAGTAGTCTTTACAG
GGATGTTTTTATTTCAAGTTTTGCAGgtaagatttccatctgacgtgactgaatccaaaatatgaaggtttcctacatttcatcctatttctacacataaatttattctgcatgggttgcaacttaaatgaaagatatgctacaagctatgctcatgtaaaactcaaatgaaactgaggaaagtctcaaataaaactatg
ctctggtcctaataaatggtattacaactggctttgcatggtggcagAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCAC
GCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTG
TTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATG
TTCG
Intron 4 GTTAGTACTA ... AGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.11 | 5.3 | 7 | 8.3 |
| A2 | 52.91 | 3.7 | 4 | 5.7 |
| A3 | 66.29 | 7.7 | 15 | 4.7 |
| A4 | 50 | 2 | 2 | 1.3 |
| A5 | 0 | 1.7 | 0 | 0.7 |
| A6 | 51.32 | 14 | 14 | 16 |
| A7 | 52.17 | 11 | 12 | 12.7 |
| A8 | 52.38 | 10 | 11 | 10 |
| A9 | 58.89 | 15.7 | 22 | 11.7 |
| A10 | 63.72 | 10 | 17 | 13.3 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoformATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTAAGATTTCCATCTGACGTGACTGAATCCAAAATATGAAGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACC
GTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGA
GCTGCAAGTTCATTT
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGgttagtactatttgcaaatgcattttcctactatggacttgtcttgcttactactgaattaagtggtggaggtgggaattgcacatcagacactatgcctttaattgctcccaatgagagtagtctttacag
ggatgtttttatttcaagttttgcagGTAAGATTTCCATCTGACGTGACTGAATCCAAAATATGAAGGTTTCCTACATTTCATCCTATTTCTACACATAAATTTATTCTGCATGGGTTGCAACTTAAATGAAAGATATGCTACAAGCTATGCTCATGTAAAACTCAAATGAAACTGAGGAAAGTCTCAAATAAAACTATG
CTCTGGTCCTAATAAATGGTATTACAACTGGCTTTGCATGGTGGCAGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCAC
GCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTG
TTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATG
TTCG
Intron 5 GTTAGTACTA ... TGCCCCGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.22 | 4 | 7 | 8 |
| A2 | 69.23 | 2 | 4 | 5 |
| A3 | 60 | 7 | 15 | 6 |
| A4 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A5 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 51.85 | 26 | 14 | 42 |
| A7 | 57.14 | 18 | 12 | 36 |
| A8 | 63.64 | 14 | 11 | 38 |
| A9 | 61.02 | 23 | 22 | 50 |
| A10 | 59.32 | 12 | 17 | 18 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTA
TTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATG
CCTACATTATATAAAATGTTCG
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGgttagtactatttgcaaatgcattttcctactatggacttgtcttgcttactactgaattaagtggtggaggtgggaattgcacatcagacactatgcctttaattgctcccaatgagagtagtctttacag
ggatgtttttatttcaagttttgcaggtaagatttccatctgacgtgactgaatccaaaatatgaaggtttcctacatttcatcctatttctacacataaatttattctgcatgggttgcaacttaaatgaaagatatgctacaagctatgctcatgtaaaactcaaatgaaactgaggaaagtctcaaataaaactatg
ctctggtcctaataaatggtattacaactggctttgcatggtggcagagattcctgggcttgtactgtcagcaactatagtggaccgttttggacgcaaattgtcaatggctgcaatgtttttcctatgttgtatttttcttcttccattaatgtttcctcaacatgaagttgtcacaactcttcttctctctggagcac
gcctatgcatcacaggaacctttacagttgtctacatttatgccccggagGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTG
TTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATG
TTCG
Intron 6 GTAAGATTTC ... TGCCCCGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 4 | 4 | 2 |
| A2 | 69.23 | 2 | 5 | 4 |
| A3 | 48.15 | 7 | 9 | 4 |
| A4 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A5 | 33.33 | 3 | 3 | 0 |
| A6 | 32.47 | 26 | 8 | 17 |
| A7 | 40.98 | 18 | 11 | 14 |
| A8 | 48.15 | 14 | 10 | 16 |
| A9 | 38.67 | 23 | 11 | 18 |
| A10 | 27.27 | 12 | 6 | 3 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTA
TTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATG
CCTACATTATATAAAATGTTCG
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:ATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGgtaagatttccatctgacgtgactgaatccaaaatatgaagagattcctgggcttgtactgtcagcaactatagtggacc
gttttggacgcaaattgtcaatggctgcaatgtttttcctatgttgtatttttcttcttccattaatgtttcctcaacatgaagttgtcacaactcttcttctctctggagcacgcctatgcatcacaggaacctttacagttgtctacatttatgccccggagGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGA
GCTGCAAGTTCATTT
Intron 7 GTTAGTACTA ... TGCCCCGGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.22 | 4 | 7 | 8 |
| A2 | 69.23 | 2 | 4 | 5 |
| A3 | 60 | 7 | 15 | 6 |
| A4 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A5 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 51.85 | 26 | 14 | 42 |
| A7 | 57.14 | 18 | 12 | 36 |
| A8 | 63.64 | 14 | 11 | 38 |
| A9 | 61.02 | 23 | 22 | 50 |
| A10 | 59.32 | 12 | 17 | 18 |
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformGCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTA
TTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATG
CCTACATTATATAAAATGTTCG
>TRINITY_DN42860_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:GCTGGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCGGCGGACTCATGTGATGCCCACGTATGAAGAGTACAGGGGAACGTTGATACTTCGCTCGATTATCAAAATCAAAATTTTACATTTAGTGTACTGGGTCAAATCCACAAATACTATTATTGTATTTGAGAGTTGAATTCTCAACCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCG
AGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATATTGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGG
TATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGACTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATG
ATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGTTGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATT
TATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGATTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGA
TGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGATGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAA
ACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGgttagtactatttgcaaatgcattttcctactatggacttgtcttgcttactactgaattaagtggtggaggtgggaattgcacatcagacactatgcctttaattgctcccaatgagagtagtctttacag
ggatgtttttatttcaagttttgcagagattcctgggcttgtactgtcagcaactatagtggaccgttttggacgcaaattgtcaatggctgcaatgtttttcctatgttgtatttttcttcttccattaatgtttcctcaacatgaagttgtcacaactcttcttctctctggagcacgcctatgcatcacaggaacct
ttacagttgtctacatttatgccccggagGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCTGTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTG
TTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCCTTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATGTTCG
Intron 8 GTAAGATTTC ... AAATATGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.91 | 6 | 5.5 | 6 |
| A2 | 60 | 3 | 5 | 4 |
| A3 | 44 | 7 | 9 | 2 |
| A4 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A5 | 77.78 | 1 | 3 | 4 |
| A6 | 39.29 | 17 | 15 | 7 |
| A7 | 52.17 | 11 | 14 | 10 |
| A8 | 47.37 | 10 | 13 | 5 |
| A9 | 42.86 | 18 | 15 | 12 |
| A10 | 36.84 | 12 | 11 | 3 |
>TRINITY_DN45759_c0_g4_i9 from sample A7 / Example spliced isoformAAATTACCTTACTTTGATTGCTCCTCGAGCCATTGACCTCATAGTCGACCGAGCAGAGTAGCGGTGCCGCTTGTCTCAATGCTGGATCTAACCCGCAATACGACGGAAACCCAGATGCGAAGATACCTTCTTCTTGTGTACAGGAAGAACAAAACTGTTCACTTCCTCTCACATATTCTTGCCGGAGGGGCAGTCGATAT
TGAGTCCATACGTCATCCTTCGCGATTTAGCGATGGAAGACGGTGATAAGGTATTTTCTATGGATGAGGCATTTTTGGCTGTGGGATTTGGGAAATTCCAGGGGCTTTTGCTGGTTTATGCTGGGATAGGTTCGGTTGCTGAAGCGATGGAGATGATGTTACTTTCATTTATAGGACCAGCAATTCATTCTGAGTGGGGA
CTGTCTCCTCGTCAAGAAAGTATGCTTACGAGTGTAGTATTTGTGGGGATGATGGTGGGTGCACTTTTATGGGGCATAATTTCGGATTCAAAAGGAAGAAGGTATGGATTTTTTGCCACTGCAATGATAACTTTTACTGCGGGATTCTTAAGTGCATTTTCTTCAAATTACCTTACTTTGATTGCTCTTCGTTGCTTGGT
TGGTGTTGGACTGGGAGGTGGTCCTGTGCTTTCCTCATGGTTTCTAGAATTTATCCCAGCTCCCAACAGAGGAATTTGGATGGTCATATTTTCAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGATTGTGATGCCAACATTGGGTTGGAGGTGGTTACTTGGACTATCTTCGACACCTTTGTTGA
TTCTGCTTCTGTTCTATGTTGCAGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGATGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTGAAGTAGATACCATTGACGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTA
TTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGAGATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTAT
GTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGAGGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTTGCACGAATTGGAGGAGTGTTATGCCCT
GTTATAGCTGTAGGTCTGGTGAAAAGCTGCCGGAGAGCATTAGCTATTTCTTTATTTGAAGTTGTAATTTTGTTGGCAGGAATTGCTGCTTTGTTTCTTCCTATAGAAACCAAAGGACGGGCTCTAAGTGATGTTGTTCCTTCTAAATAACATTGTGCCAGTTGAGGATTACAAAAAGATATCTACTAAAAGTATATCCC
TTCACCTATTTTTGGTGGCAATGTATGTTTACGTTGATGTGAACCTACAATATGCCTACATTATATAAAATGTTCGG
>TRINITY_DN45759_c0_g4_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGATTCAAAAGGAAGAAGGTTTTTGGACTATTGGCACATTATTGGAGGCCTCACTAGCGTGGTCCCAGAATCTCCGAGGTATCTTTTGATGAAGGGTAGAACTGAAGATGCACACTACATCCTTGAAAAAATTGCACATGTAAATAAAAGGCAACTTCCACTTGGGAGATTTGTTAATGATCTCAGCATAGAACTCTCTG
AAGTAGATACCATTGACGGGTTGGAAGAAGCTTCTTTATTGGAATCCCATGGGCAGTTAGAGGAAAGCCACATGGAAATAAAAAGTGAAACAGGAGTCCTCTCACAGTTGTATGGTCTCTTTTCCCCGTCTTTAATCAGATCAACGCTTCTGCTATGgtaagatttccatctgacgtgactgaatccaaaatatgaagAG
ATTCCTGGGCTTGTACTGTCAGCAACTATAGTGGACCGTTTTGGACGCAAATTGTCAATGGCTGCAATGTTTTTCCTATGTTGTATTTTTCTTCTTCCATTAATGTTTCCTCAACATGAAGTTGTCACAACTCTTCTTCTCTCTGGAGCACGCCTATGCATCACAGGAACCTTTACAGTTGTCTACATTTATGCCCCGGA
GGTTTACCCAACGTCCATAAGGTCTACAGGCTTTGGAGCTGCAAGTTCATTT