NA ----> NA

Intron 1 GTGAGGTTTT ... AATGAATAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.77	8.9	15	1.6
A2	49.05	14.6	14	8.8
A3	47.41	22.3	20	6.2
A4	48.05	11.9	11	0
A5	48.41	10.7	10	3.2
A6	64.46	144.6	262	31.2
A7	60.42	94.3	143	36.4
A8	60.39	158.8	241	42.2
A9	64.13	113.2	202	32.8
A10	61.61	73.8	118	24.2

>TRINITY_DN106656_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

CTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTTTGAAGATTACTGTATGTGATGAATTTTTCGCCTTCTAGGGCTATTTTCAGAACAAAAATTCCATGAAA
GGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATGTAGCTCTTGGGATTTCTACTACAAACTTGCTCAGGAAAGTTTCCCTTC
ATGGGTTCAGTGGACAGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAA
AGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCT
TTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTGTATACAATGAAGAATCCCAACTATATATTAATCACATCAATTACTATGAAC

>TRINITY_DN106656_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTTTGAAGATTACTGTATGTGATGAATTTTTCGCCTTCTAGGGCTATTTTCAGAACAAAAATTCCATGAAA
GGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATGTAGCTCTTGgtgaggttttctgttttcttttttggctcgattttacaa
tatttcagagaatttgagaactgttggaagatcaaaaaaattgcatgcccattggcttgttcattaagttccccattttcgtattattgtgtggtctctgaattagctgaattttccttcttaatcagtatttggtgagcctgaatagcatagattagggctttcacattaacttcaatcaacttcggttcttctcttct
gtgaaccccgcaactgactgaacgcgcagcaattgtcccatgcagcattaataatgaataagGGATTTCTACTACAAACTTGCTCAGGAAAGTTTCCCTTCATGGGTTCAGTGGACAGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAAT
TGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTA
ATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTGTATACAATGAAGAATCCCAACTATATATTAATC
ACATCAATTACTATGAAC

Intron 2 GTGAGGTTTT ... CAGTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.95	2	14	3
A2	94.29	1	18	15
A3	80	3	15	9
A4	64.71	3	10	1
A5	69.23	2	7	2
A6	85.23	24	216	61
A7	84.69	16	116	61
A8	85.16	23	190	74
A9	81.89	24	166	51
A10	74.42	22	91	37

>TRINITY_DN46356_c0_g1_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

TCTACATTGTTAAACCGACTTTATTTGTACCACATGCTTCACATGGATAAAGTAAATGTTCTTGATATTACGCCACGGATAGCATTAGTAGCATCTTGAGAGGCAGGGTGGCGAGGTGCTTCGGCCAATCCCAATTTGCGAGGCCGAGGAAAGTCCCCGGGCCAATTAAAGCAGAGAATGCAAGCTCGAAAGAGCAGATC
TTCGCTTCGGAGAACTTCTGACGCCCCTCGCGGGCGGGGCTGAGACACGTGTGGAGCCTCTCAGAAGATGCTCGGCGAAGCAGCTGGCCATTAAAACAGTTCTGCACCTGGTCGATTCATTCGACTAACAGAATGGGGCTTACGTCCACCCTGTCTAATTTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGG
TTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTCTGAAGATTGCTGTATGTGATGACTTTTTCGCGTTCTAGGGCTATTTTCAGAACAAAAATTCCATAAATGGAGTTACAAAAAGCGATGTCCATAAATGGTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATT
TCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATATAGCTCTTGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACT
CTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATG
GGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTGTATACAATGAAGAATCCCAACTATATATTAATCACATCAATTACTATGAAGTAAAGC

>TRINITY_DN46356_c0_g1_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:

GAAAGGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATATAGCTCTTGgtgaggttttatgttttcttttttggcttgatttt
gcaatatttcagagaatttgagaactgttggaagatcagcaaaggagcagcggctttccaaaaaaaattgcatgcccattggcttgttcattaagttccccattttcgtattattgtgtggtctctgaattagctgaattttccttcttaatcagtatttggtgagcctgaatagcatagattagggctttcacattaac
ttcaatcaacttcggttcttctcttctgtgaaccccgcaactgactgaacgcgcagcaattgtcccatgcagcattaataatgaataagggatttctactacaaacttgctcaggaaagtttcccttcatgggttcagtggacagAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGT
AAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTT
AGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTGTATACA
ATGAAGAATCCCAACTATATATTAATCACATCAATTACTATGAAGTAAAGC

Intron 3 GTGAGGTTTT ... TCTTAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	9	15	3
A2	56	11	14	9
A3	62.5	12	20	2
A4	57.89	8	11	5
A5	55.56	8	10	2
A6	73.18	96	262	17
A7	69.08	64	143	8
A8	69.05	108	241	21
A9	69.18	90	202	23
A10	72.81	44.1	118	4

>TRINITY_DN106656_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

CTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTTTGAAGATTACTGTATGTGATGAATTTTTCGCCTTCTAGGGCTATTTTCAGAACAAAAATTCCATGAAA
GGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATGTAGCTCTTGTATTTGGTGAGCCTGAATAGCATAGATTAGGGCTTTCAC
ATTAACTTCAATCAACTTCGGTTCTTCTCTTCTGTGAACCCCGCAACTGACTGAACGCGCAGCAATTGTCCCATGCAGCATTAATAATGAATAAGGGATTTCTACTACAAACTTGCTCAGGAAAGTTTCCCTTCATGGGTTCAGTGGACAGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGT
GCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACA
ACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTG
TATACAATGAAGAATCCCAACTATATATTAATCACATCAATTACTATGAAC

>TRINITY_DN106656_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTTTGAAGATTACTGTATGTGATGAATTTTTCGCCTTCTAGGGCTATTTTCAGAACAAAAATTCCATGAAA
GGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATGTAGCTCTTGgtgaggttttctgttttcttttttggctcgattttacaa
tatttcagagaatttgagaactgttggaagatcaaaaaaattgcatgcccattggcttgttcattaagttccccattttcgtattattgtgtggtctctgaattagctgaattttccttcttaatcagTATTTGGTGAGCCTGAATAGCATAGATTAGGGCTTTCACATTAACTTCAATCAACTTCGGTTCTTCTCTTCT
GTGAACCCCGCAACTGACTGAACGCGCAGCAATTGTCCCATGCAGCATTAATAATGAATAAGGGATTTCTACTACAAACTTGCTCAGGAAAGTTTCCCTTCATGGGTTCAGTGGACAGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAAT
TGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTA
ATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACCAAGTGCATGTAGCTAATACTGCTAATGCTTTATCATTGTATAAATTTGTATACAATGAAGAATCCCAACTATATATTAATC
ACATCAATTACTATGAAC

Intron 4 GTAACTTCTC ... TGGATCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	61.54	5	3	8
A2	7.69	12	4	1
A3	0	16	1	0
A4	16.67	5	0	1
A5	0	3	5	0
A6	19.8	81	2	20
A7	19.51	66	0	16
A8	15.7	102	1	19
A9	20	64	0	16
A10	10.71	50	0	6

>TRINITY_DN116079_c0_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGCAGGGTGGCGAGGTGCTTCGGCCATCCCAAGTTATGAGGCCGAGGAAAGTCCCCGGGCCAATTAAAGCAGAGAATGCAAGCTCGAAAGAGCAGATCTTCGCCTCGGAGAACTTCTGACGCCCTTCGCGGGCGGGGCTGAGACACGTGTGGAGCCTTTCAGAAGATGCTCGGCGAAGCAGCTGGCCATTAAAACAGTT
CTGCACCTGGTCGATTCATTCGACTAACAGAATGGGGCTTACGTCCACCCTGCCTAATTTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCACACAAGTGGTTTGAAGATTTTTGTTACTATTCTCTTGAAAGAAAAACCATACAAGTGGTTTGAAGATTACTGTATGTGATGAATTTTTCGCCTTCTAGGGCTATTTTCAG
AACAAAAATTCCATGAAAGGAGTTACAAAAAGCTATGTCCAGGGTTTAATTGCGAGTACCTTGGTTCTTGGCGGGTTCTGCGTAGCTTGTTCGTGAAGCTTCCCATCGGCTTCATTTCTTAGCATTGGAAGATTAACACAGGAGCACGGGTTTCCCATAAAGAAGCTATGTAGCTCTTGGGATTTCTACTACAAACTTGC
TCAGGAAAGTTTCCCTTCATGGGTTCAGTGGACAGAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCAAACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATA
AGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTTTAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATA
CATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACC

>TRINITY_DN116079_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGCCAACCCAGAGTTTCCATGGATTATATTGACACAAGGAACATTGGCAAATGTTTTCAGAAATGGGTTTGATCGGCATTTTCAAAAGGAGTGAAACAGATCGCTCTCAGTGACATTTTAACTGACAGTTTCCTGCTGGTTCCAACTTCTATGTTTTCTTGCGAATGCCTCACGTTATTAAAGTTGCAGAGTTTTTTCTT
TATACAACTGCGCCTTATATTCTGTTCTCTATCATTCATCTATACAAATGATGATATACTGGAGCATTTTGTGGCAAAATGCTCTTTTAAAAAAAAATTAACAATTAAACATTTCACAGGGATGAGCACTGAAACTTTTTGCAAAAAATTGAGTGTGAAATCTCAGTAACAGTGAACTCCCCAAAGCTGGTGGATTTCAT
AGTACATGATTGTGCTAGGATGATTGATTAATTTTTAAGATTGAAAGGATAATATTTTTTAACGAAGTACTTCATTTCATTTACTCTTGTGAATTGAAGTACACATATTTCTAATTATTTCGTCATTGAAAGGTTCTCTTTGGTGGATTTCATAGTACATGATTGTCCTAGGATGTCAGTGTTGGAGCTGAAGTCTTTTG
GGCCTCTGCATTTGTCCACAATATAGCGAAACTTAGCTAAACTTGTACTTGTAGGGATTTCTACTACAAACTTGCTCAGGAAAGTTTCCCTTCATGGGTTCAGTGGACAGgtaacttctctcacaatttttgaaatttttttctctcttgaagaactctcaagttcttcaatagaaagtaaatggtttaaggtgtatggc
ttttagcttttatgttgagtgtttaaacaccatgattttattatataggaagatttatcacaaaatatttggatcgcagAACCATGGAAGCATCAAATTTGACCCTCACTTAAAAGTTTGAAGAAGGTGCACGTAAAGGTTTGAAATTTTGATGAGGAAATTGCTCTAAGTGGTCTTTTCATAAGTGTCACTTTGTTGCA
AACAATGACACTTACTCTACCAAGATGCTCCTAATATATTCATAAGCAACAAAACTTCTTAAAGCAGCTTCTAGGTTTGAAAAGACCTTGTACAGCAAGTGTATATATATAAAAACAACATAAGGACAACTGTTAGAGATGCAATAGATGCCCTATAGTTAATTCATAGAAATATGTAATATGAAGAATGAATTGGTTTT
TAACATCATGAAGATGGGATGCTGCTAGAATTTCATGGAAAATACATTCCCTTGTTTTGTCTTTTTAAAATTCTAATACC