sp|Q94JM3|ARFB_ARATH ----> Auxin response factor 2
Intron 1 GTAATATTCT ... TGTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75 | 3 | 4 | 14 |
| A2 | 53.85 | 3 | 2 | 5 |
| A3 | 75 | 1 | 0 | 6 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 1 |
| A5 | 52.94 | 4 | 6 | 3 |
| A6 | 47.37 | 5 | 1 | 8 |
| A7 | 66.67 | 2 | 3 | 5 |
| A8 | 75 | 3 | 9 | 9 |
| A9 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A10 | 50 | 7 | 6 | 8 |
>TRINITY_DN40577_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoformGCTGCTTGGAGGGTTGATCTAGATGGTTTCTTTTTATAATTTTGTCTATGTACAGGAGCTGGGTGGCATGTGGTTAGGAGCTCTAGAATCTAAACATTTCGACTGGTTGATGGAATTTGTAGGTGGAAGCATCAACAAACTAGCGTGCTGATCAGATGCCCTTGTAGAATCTAGCAGCCAAGATCCTTTGTCATGTCATT
GATCTGCATTTGAAGGCTGAACATGAGACAAAAGAAGTGTATGCTCATCTTACTTTAATTCTAGATGCAGAGCGAAAATGAGCCTTGCAGTGATGCAGGAGCTCCCTCTCCGCTGAGGCCAAAAAATAATGTGCATTCTTTCCGCAAGACTCTCATTGCCTCAAACACAAGCACTTGAGGACTTCTCCATTCTCACGAGG
CATGCCGATGAATGGATTCCACCTCTGGACATGGCCCAGCAGCCCCCAACGCAATAATTGGTAGCCAAAATCTACAGCCTCAGATACCATGTTTGTTACTTGGAAACGCAGGAACTAAACCTGAGGCCTTGTTTTATCCCAGGCCTGGAAAGAAACCGCTCCTGTGCATGGAGGGTTATGTTTTTCAACTTGTTATTATA
CAGTTGTATTGTAGCAGCTGATTTTATCATGTTAAGAAACGGTAGGAGAGCTTCCTGTGTAGTAATTGTTGTGATTAGAAAAAGGAAGGATCCACAGAAGCAGTGGTAAAAAATAGGTTCAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTGTAAGTTGCAGCATTATGAATATGTAATTTTCTTTGGTTTTACCTGTGTATTTGACAATT
TAGATACTGTAGTGACTTTTATTTAACTTCTTTTTTTTCTCTCAGTTGGGCAAGGTACGGTCAGTTATTTTAAGTCATTTTCTTGCGGTAGTGATTGTGGGGGTGTCTCTAAACCTTTAGAAAATATAACTGTCACGAATATGAGGAATGGCTTCCTTTTTGTTTTCTTCTTACGAGCCATAACAGCTCTGTTGTGGCTT
TTGATGCTTGGAGCTACTGTTAAGTTTGGCATGGCTTCTGATGCTTCGAGCGACTGTTACGTTTGGCAAGTATATCTGCAGGAACTGGTATTGAGTCACTAGGCGAAGGATTTGGTTTCATTTGAGTTCGGTGGTTTCTCTCATGTTTTTCGGGATGGACCCGAATGATCTATGTTTTGTTAATGTTTTCTCCATTTTCA
GTTGGAATGCTATCTTTGGCGATTTCACAGCATGGTGGATTTCAATAGTTGTCACGTTGAGATACTGTTATGATACATTTTGTGTTATGTTTTCATGTTCAATATTGTTATGGAGTGTTGTTTGTATTGTGACTGTTACTCAGGCGATCAATCATTTTCATAGTTTTGACATTACTTGTGAGATTCCCATCTTTTTGTTG
ATATGCTCGAATTGATGTGACAAATGAGCTCGACTCCAAAGTTTGAGTCTTCATTTGAAATTATAGGTATTACCTGTTTTTCTATAACTCTTTTACTGACTTATCTCTAGAGTTTGCTTACAGGGGTTCTGGATGCAGGTAGAGGTACCACCTCATTAGCATTATAGGTCAAACTGATTCTTGGTCTTGCTTCTGTGGAC
ATATTCTCATTTACTCAACCTATAGTCACATATTCGTTCGAATGCAGAGCCATGAGGAGGTACTTTGGAAAGAAGATTTGAAGTGTGATATGGATCTTGGTATAATTTGCAGGTTGCCCCCAAGGCTGGGATATTCCTTGGCTCGCTTGCCTGTTGGTATATTGAGATATGGGCATCGACAAGAAAATAATCATCAGGTC
ATTCAGGGGAGTGATGGTTTGCTGAAGTAGAGCACCTTTCCCAACTGAAAAAACAAATTTTACAGATGCTTTTTAATTAAATTTGATTCTGGGATTTCTACCAGAGGGTTATTTGTAATTAAACTTTTTGGCTCAAAGACTGTTAATCCAAATTCCAATATATGCAGCATATGTAAACAAATTGTCAATTTATATACACA
TGAAATGCATATTTTCATGGGTGCTATAAAGTGTAGTGAACTATTTTCTCCTTTTTCTCCTTAAAATGATGTGTTCACCGCATGAATGGAAAGATAGTTTTCAAGTGTAATC
>TRINITY_DN40577_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:GCTGCTTGGAGGGTTGATCTAGATGGTTTCTTTTTATAATTTTGTCTATGTACAGGAGCTGGGTGGCATGTGGTTAGGAGCTCTAGAATCTAAACATTTCGACTGGTTGATGGAATTTGTAGGTGGAAGCATCAACAAACTAGCGTGCTGATCAGATGCCCTTGTAGAATCTAGCAGCCAAGATCCTTTGTCATGTCATT
GATCTGCATTTGAAGGCTGAACATGAGACAAAAGAAGTGTATGCTCATCTTACTTTAATTCTAGATGCAGAGCGAAAATGAGCCTTGCAGTGATGCAGGAGCTCCCTCTCCGCTGAGGCCAAAAAATAATGTGCATTCTTTCCGCAAGACTCTCATTGCCTCAAACACAAGCACTTGAGGACTTCTCCATTCTCACGAGG
CATGCCGATGAATGGATTCCACCTCTGGACATGGCCCAGCAGCCCCCAACGCAATAATTGGTAGCCAAAATCTACAGCCTCAGATACCATGTTTGTTACTTGGAAACGCAGGAACTAAACCTGAGGCCTTGTTTTATCCCAGGCCTGGAAAGAAACCGCTCCTGTGCATGGAGGGTTATGTTTTTCAACTTGTTATTATA
CAGTTGTATTGTAGCAGCTGATTTTATCATGTTAAGAAACGGTAGGAGAGCTTCCTGTGTAGTAATTGTTGTGATTAGAAAAAGGAAGGATCCACAGAAGCAGTGGTAAAAAATAGGTTCAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTTTGGGCAAGGTACGGTCAGTTATTTTAAGTCATTTTCTTGCGGTAGTGATTGTGGGGGTG
TCTCTAAACCTTTAGAAAATATAACTGTCACGAATATGAGGAATGGCTTCCTTTTTGTTTTCTTCTTACGAGCCATAACAGCTCTGTTGTGGCTTTTGATGCTTGGAGCTACTGTTAAGTTTGGCATGGCTTCTGATGCTTCGAGCGACTGTTACGTTTGGCAAGTATATCTGCAGGgtaatattctcatttgcaggggc
tctatcatggccttttgactctgttctttttttcatcttctcattcctttatttggtttgatttcagaggtgggttttacacgttttacttgtttcatgttttgttatgcagAACTGGTATTGAGTCACTAGGCGAAGGATTTGGTTTCATTTGAGTTCGGTGGTTTCTCTCATGTTTTTCGGGATGGACCCGAATGATC
TATGTTTTGTTAATGTTTTCTCCATTTTCAGTTGGAATGCTATCTTTGGCGATTTCACAGCATGGTGGATTTCAATAGTTGTCACGTTGAGATACTGTTATGATACATTTTGTGTTATGTTTTCATGTTCAATATTGTTATGGAGTGTTGTTTGTATTGTGACTGTTACTCAGGCGATCAATCATTTTCATAGTTTTGAC
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AAACTGATTCTTGGTCTTGCTTCTGTGGACATATTCTCATTTACTCAACCTATAGTCACATATTCGTTCGAATGCAGAGCCATGAGGAGGTACTTTGGAAAGAAGATTTGAAGTGTGATATGGATCTTGGTATAATTTGCAGGTTGCCCCCAAGGCTGGGATATTCCTTGGCTCGCTTGCCTGTTGGTATATTGAGATAT
GGGCATCGACAAGAAAATAATCATCAGGTCATTCAGGGGAGTGATGGTTTGCTGAAGTAGAGCACCTTTCCCAACTGAAAAAACAAATTTTACAGATGCTTTTTAATTAAATTTGATTCTGGGATTTCTACCAGAGGGTTATTTGTAATTAAACTTTTTGGCTCAAAGACTGTTAATCCAAATTCCAATATATGCAGCAT
ATGTAAACAAATTGTCAATTTATATACACATGAAATGCATATTTTCATGGGTGCTATAAAGTGTAGTGAACTATTTTCTCCTTTTTCTCCTTAAAATGATGTGTTCACCGCATGAATGGAAAGATAGTTTTCAAGTGTAATC
Intron 2 GTAAGTTGCA ... TTTCTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.82 | 1 | 4 | 5 |
| A2 | 93.75 | 1 | 15 | 15 |
| A3 | 100 | 0 | 8 | 8 |
| A4 | 100 | 0 | 2 | 1 |
| A5 | 100 | 0 | 0 | 4 |
| A6 | 84.62 | 1 | 9 | 2 |
| A7 | 69.23 | 2 | 3 | 6 |
| A8 | 73.91 | 3 | 10 | 7 |
| A9 | 100 | 0 | 12 | 4 |
| A10 | 53.85 | 3 | 4 | 3 |
>TRINITY_DN45628_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformGAAACTTTTTCCTTAGTTACCATGCAACTTCACTCTCCAACTTACCTTGTCGCGTAAGTAACCACCTGCAATTTCTGTGCTTCCTGCTATGATCGATTTTATGGTGAACCTTACAATCCTCTCGCGAACCTTACTGTCCTCTATCAACCCTTACTGCCTTGCTAGTGAGGTTTATGGTTTCTTGTCGTGGCTGCTTGGAG
GGTTGATCTAGATGGTTTCTTTTTATAATTTTGTCTATGTACAGGAGCTGGGTGGCATGTGGTTAGGAGCTCTAGAATCTAAACATTTCGACTGGTTGATGGAATTTGTAGGTGGAAGCATCAACAAACTAGCGTGCTGATCAGATGCCCTTGTAGAATCTAGCAGCCAAGATCCTTTGTCATGTCATTGATCTGCATTT
GAAGGCTGAACATGAGACAAAAGAAGTGTATGCTCATCTTACTTTAATTCTAGATGCAGAGCGAAAATGAGCCTTGCAGTGATGCAGGAGCTCCCTCTCCGCTGAGGCCAAAAAATAATGTGCATTCTTTCCGCAAGACTCTCATTGCCTCAAACACAAGCACTTGAGGACTTCTCCATTCTCACGAGGCATGCCGATGA
ATGGATTCCACCTCTGGACATGGCCCAGCAGCCCCCAACGCAATAATTGGTAGCCAAAATCTACAGCCTCAGATACCATGTTTGTTACTTGGAAACGCAGGAACTAAACCTGAGGCCTTGTTTTATCCCAGGCCTGGAAAGAAACCGCTCCTGTGCATGGAGGGTTATGTTTTTCAACTTGTTATTATACAGTTGTATTG
TAGCAGCTGATTTTATCATGTTAAGAAACGGTAGGAGAGCTTCCTGTGTAGTAATTGTTGTGATTAGAAAAAGGAAGGATCCACAGAAGCAGTGGTAAAAAATAGGTTCAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTTTGGGCAAGGTACGGTCAGTTATTTTAAGTCATTTTCTTGCGGTAGTGATTGTGGGGGTGTCTCTAAACCT
TTAGAAAATATAACTGTCACGAATATGAGGAATGGCTTCCTTTTTGTTTTCTTCTTACGAGCCATAACAGCTCTGTTGTGGCTTTTGATGCTTGGAGCTACTGTTAAGTTTGGCATGGCTTCTGATGCTTCGAGCGACTGTTACGTTTGGCAAGTATATCTGCAGGGTAATATTCTCATTTGCAGGGGCTCTATCATGGC
CTTTTGACTCTGTTCTTTTTTTCATCTTCTCATTCCTTTATTTGGTTTGATTTCAGAGGTGGGTTTTACACGTTTTACTTGTTTCATGTTTTGTTATGCAGAACTGGTATTGAGTCACTAGGCGAAGGATTTGGTTTCATTTGAGTTCGGTGGTTTCTCTCATGTTTTTCGGGATGGACCCGAATGATCTATGTTTTGTT
AATGTTTTCTCCATTTTCAGTTGGAATGCTATCTTTGGCGATTTCACAGCATGGTGGATTTCAATAGTTGTCACGTTGAGATACTGTTATGATACATTTTGTGTTATGTTTTCATGTTCAATATTGTTATGGAGTGTTGTTTGTATTGTGACTGTTACTCAGGCGATCAATCATTTTCATAGTTTTGAC
>TRINITY_DN45628_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:GAAACTTTTTCCTTAGTTACCATGCAACTTCACTCTCCAACTTACCTTGTCGCGTAAGTAACCACCTGCAATTTCTGTGCTTCCTGCTATGATCGATTTTATGGTGAACCTTACAATCCTCTCGCGAACCTTACTGTCCTCTATCAACCCTTACTGCCTTGCTAGTGAGGTTTATGGTTTCTTGTCGTGGCTGCTTGGAG
GGTTGATCTAGATGGTTTCTTTTTATAATTTTGTCTATGTACAGGAGCTGGGTGGCATGTGGTTAGGAGCTCTAGAATCTAAACATTTCGACTGGTTGATGGAATTTGTAGGTGGAAGCATCAACAAACTAGCGTGCTGATCAGATGCCCTTGTAGAATCTAGCAGCCAAGATCCTTTGTCATGTCATTGATCTGCATTT
GAAGGCTGAACATGAGACAAAAGAAGTGTATGCTCATCTTACTTTAATTCTAGATGCAGAGCGAAAATGAGCCTTGCAGTGATGCAGGAGCTCCCTCTCCGCTGAGGCCAAAAAATAATGTGCATTCTTTCCGCAAGACTCTCATTGCCTCAAACACAAGCACTTGAGGACTTCTCCATTCTCACGAGGCATGCCGATGA
ATGGATTCCACCTCTGGACATGGCCCAGCAGCCCCCAACGCAATAATTGGTAGCCAAAATCTACAGCCTCAGATACCATGTTTGTTACTTGGAAACGCAGGAACTAAACCTGAGGCCTTGTTTTATCCCAGGCCTGGAAAGAAACCGCTCCTGTGCATGGAGGGTTATGTTTTTCAACTTGTTATTATACAGTTGTATTG
TAGCAGCTGATTTTATCATGTTAAGAAACGGTAGGAGAGCTTCCTGTGTAGTAATTGTTGTGATTAGAAAAAGGAAGGATCCACAGAAGCAGTGGTAAAAAATAGGTTCAAGAAGAGGAAGCCAGCTTTgtaagttgcagcattatgaatatgtaattttctttggttttacctgtgtatttgacaatttagatactgta
gtgacttttatttaacttcttttttttctctcagTTGGGCAAGGTACGGTCAGTTATTTTAAGTCATTTTCTTGCGGTAGTGATTGTGGGGGTGTCTCTAAACCTTTAGAAAATATAACTGTCACGAATATGAGGAATGGCTTCCTTTTTGTTTTCTTCTTACGAGCCATAACAGCTCTGTTGTGGCTTTTGATGCTTGG
AGCTACTGTTAAGTTTGGCATGGCTTCTGATGCTTCGAGCGACTGTTACGTTTGGCAAGTATATCTGCAGGGTAATATTCTCATTTGCAGGGGCTCTATCATGGCCTTTTGACTCTGTTCTTTTTTTCATCTTCTCATTCCTTTATTTGGTTTGATTTCAGAGGTGGGTTTTACACGTTTTACTTGTTTCATGTTTTGTT
ATGCAGAACTGGTATTGAGTCACTAGGCGAAGGATTTGGTTTCATTTGAGTTCGGTGGTTTCTCTCATGTTTTTCGGGATGGACCCGAATGATCTATGTTTTGTTAATGTTTTCTCCATTTTCAGTTGGAATGCTATCTTTGGCGATTTCACAGCATGGTGGATTTCAATAGTTGTCACGTTGAGATACTGTTATGATAC
ATTTTGTGTTATGTTTTCATGTTCAATATTGTTATGGAGTGTTGTTTGTATTGTGACTGTTACTCAGGCGATCAATCATTTTCATAGTTTTGAC