sp|Q9FFZ1|PPH_ARATH ----> Pheophytinase, chloroplastic

Intron 1 GTGAGTTGAA ... ATTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.93	38	31	7
A2	54.9	23	28	4
A3	43.94	37	29	2
A4	54.1	28	33	4
A5	48.28	15	14	1
A6	47.86	73	67	4
A7	47.59	98	89	4
A8	48.25	59	55	2
A9	47.73	92	84	0
A10	47.31	88	79	5

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTAGGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATA
ACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCTGCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTGCCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTATATGTTGATCATTCAGT
TGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGCTTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGGGTTATTTGTGCATTTTGCTCTGTTTCATTGCTCGAGTGTTATGGACTTATGACTTCATTGTGTTCTACCTAAGTCA
CATGACACGAGGACACGGGACACGAGTGTCCCCAAAATACGAGTGTCCCCACGGGACACGGTGACCCC

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTAGGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATA
ACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCTGCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTGCCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTATATGTTGATCATTCAGT
TGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGCTTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGgtgagttgaaaaattgcgtgttaagattgtcaaatttgttttctattcctttgaagtttaaacatatacttttcttt
ggatcaaatctggttctattcttgcagGGTTATTTGTGCATTTTGCTCTGTTTCATTGCTCGAGTGTTATGGACTTATGACTTCATTGTGTTCTACCTAAGTCACATGACACGAGGACACGGGACACGAGTGTCCCCAAAATACGAGTGTCCCCACGGGACACGGTGACCCC

Intron 2 GTAAAGCTGT ... TGTAGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.26	62	50	94
A2	66.2	24	24	47
A3	60.25	64	48	97
A4	57.72	63	34	86
A5	60.19	43	16	65
A6	64.18	168	22	301
A7	68.65	153	41	335
A8	65.69	82	8	157
A9	64.06	138	44	246
A10	64.05	151	52	269

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAAGTCTTTTCTTCGTAGTCCTAGCTACCACAAAATATCAGCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATTTGCTCAGTAAACTTTAAATCTCCGAA
TATTGAGGAAAACAGTACACTCCGAATATTGCCATTATCAGCTTTGTATCATAAGTTTGGATGAGTTTGAACAGTAGTTTCGGAATTGTGGTTTCGAATCGCGGCCAAACGAACTGATTCTTTGCAGCCGAGGACGACTTCAAATTTCAATTCAGTTCGCGGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTA
GGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATAACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCTGCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTG

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAAGTCTTTTCTTCGTAGTCCTAGCTACCACAAAATATCAGCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATTTGCTCAGTAAACTTTAAATCTCCGAA
TATTGAGGAAAACAGTACACTCCGAATATTGCCATTATCAGCTTTGTATCATAAGTTTGGATGAGTTTGAACAGTAGTTTCGGAATTGTGGTTTCGAATCGCGGCCAAACGAACTGATTCTTTGCAGCCGAGGACGACTTCAAATTTCAATTCAGTTCGCGgtaaagctgttcatatatacgattgaaattggtagattt
gtggtcaccgttgatgaatgacgctgaattctttaatattcctcctaagttgtaaagttgtttaaatataggataaatattggcagatttatcgtaaacgttgataatggcggttgaattcgctaatatcccccgtaggcttcctggggttaagtctggtggtaatttgaaagcttatttagttcctttgcagtccgtag
cctactcttggtctccttctgttgcttctttccggatcgctaagacgaagcttgtaaaatccctgcgaggtaaggcttcgggagggtccaaaaggggttttagtcctaaacatagagttagatgcaaacctcttgcattaaatgctaaagaacgtcttgaacgtcctaaagggggtccggaagaagcaattgagcaatat
gagcggtatactgtggcgtttgaggaaaatgatactattagcagagaaaactacgaggagctttccacggcttttacatctgctatttcttcaatggaatctttaattgatagctattattttgctgaagcaagaaaaagtttaaataagaacttatcggtggaacctcctaaagttgaaagtcccattgaaaaaaagcc
acctacactggttaggattcccagcttgccagatggcaatcgtggttctccgatcgaaagctgtttatgggagtggaagtataaatggactgttcattatgagaaggcagggtcgcagaatacagatgctccggcagtgctctttttgcctgggtttggtgtggggtcttttcattatgaaaatcaattgcgtgacctag
gactagattacagagtctgggctattgattttctagggcagggccggtcgctgccatccgatgatcctgcgccgcgagttgaaggaaatgcatctgacgaagctcatcagtactggggctttgggccagaggtggagccatgggcaaacgagctagtgtattcggtggatttgtggcgtgatcagattcaaaattttgta
gaccagGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTAGGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATAACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCT
GCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTGCCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTATATGTTGATCATTCAGTTGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGC
TTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGGTGGTCAACTTTTTGTTACGGGGTTGGATTGGGAACTTAGAGTCTGAAGGATCTATGGGCTTACCTCTTCTTGACGAGCCTGATTTGGTTCAAGCAAACCACTGGAGGGAGATGGAGTTTATGAAAATGGGATCACGTAGATCAGTGCAGGCACGTGTTGTTGCAAGTGAATCCT
CATTTTGGTACCATTTGCTGTCCGTATTTCAGTCCCTCTACAAAAAAATTGGAGCCAAAACTGACTAAGGAAATTACTGTAAAGTTGTAAACTAGTAGAGAATATTGTATGCTTATGCTGGTTCATTGGAAAGGTTTTCATGGTCTAGTGCTATCGACTGCATGTGGCTGATTGTTGGAGGGGGGAAGTGATATGCTCTT
CTACTTCTCATGCTTAAAGGTGCTAATGTGAGAATTTTGAATTGCAAACAAAATTATCTGGCTTGTATATCATCCATTTAAAATAAGATAATTTCATTATTTTAGTCATTTAATGAGTATCCATTTTTCTAAAATGAGGTGTAATATTTTTCTTGAACACTGCCTATATACACAC

Intron 3 GTAAGTCTTT ... TGTAGACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.72	55.3	52	85.3
A2	43.4	58.9	39	43
A3	54.49	72.4	49	88
A4	51.82	73.1	57.9	77.4
A5	53.49	51.6	11	59
A6	52.91	245.8	36.8	276.1
A7	56.65	237.7	45	310.3
A8	51.95	134.6	7	145.6
A9	49.93	225.7	41	225.4
A10	57.29	181.3	54.9	244.3

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTAGGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATA
ACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCTGCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTGCCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTATATGTTGATCATTCAGT
TGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGCTTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGGTGAGTTGAAAAATTGCGTGTTAAGATTGTCAAATTTGTTTTCTATTCCTTTGAAGTTTAAACATATACTTTTCTTT
GGATCAAATCTGGTTCTATTCTTGCAGGGTTATTTGTGCATTTTGCTCTGTTTCATTGCTCGAGTGTTATGGACTTATGACTTCATTGTGTTCTACCTAAGTCACATGACACGAGGACACGGGACACGAGTGTCCCCAAAATACGAGTGTCCCCACGGGACACGGTGACCCC

>TRINITY_DN118776_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTTCGTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTgtaagtcttttcttcgtagtcctagctaccacaaaatatcagcacttgtaactataaatgcagaagaatttgctcagtaaactttaaatctccgaa
tattgaggaaaacagtacactccgaatattgccattatcagctttgtatcataagtttggatgagtttgaacagtagtttcggaattgtggtttcgaatcgcggccaaacgaactgattctttgcagccgaggacgacttcaaatttcaattcagttcgcggtaaagctgttcatatatacgattgaaattggtagattt
gtggtcaccgttgatgaatgacgctgaattctttaatattcctcctaagttgtaaagttgtttaaatataggataaatattggcagatttatcgtaaacgttgataatggcggttgaattcgctaatatcccccgtaggcttcctggggttaagtctggtggtaatttgaaagcttatttagttcctttgcagtccgtag
cctactcttggtctccttctgttgcttctttccggatcgctaagacgaagcttgtaaaatccctgcgaggtaaggcttcgggagggtccaaaaggggttttagtcctaaacatagagttagatgcaaacctcttgcattaaatgctaaagaacgtcttgaacgtcctaaagggggtccggaagaagcaattgagcaatat
gagcggtatactgtggcgtttgaggaaaatgatactattagcagagaaaactacgaggagctttccacggcttttacatctgctatttcttcaatggaatctttaattgatagctattattttgctgaagcaagaaaaagtttaaataagaacttatcggtggaacctcctaaagttgaaagtcccattgaaaaaaagcc
acctacactggttaggattcccagcttgccagatggcaatcgtggttctccgatcgaaagctgtttatgggagtggaagtataaatggactgttcattatgagaaggcagggtcgcagaatacagatgctccggcagtgctctttttgcctgggtttggtgtggggtcttttcattatgaaaatcaattgcgtgacctag
gactagattacagagtctgggctattgattttctagggcagggccggtcgctgccatccgatgatcctgcgccgcgagttgaaggaaatgcatctgacgaagctcatcagtactggggctttgggccagaggtggagccatgggcaaacgagctagtgtattcggtggatttgtggcgtgatcagattcaaaattttgta
gaccagGTAATAGGTGAGCCAGTTTATGTTGTGGGTAACTCACTAGGAGGATTTGTGGGATTGTACTTTGCTGCATGCAATCCTCAACTAGTAAAGGGAATAACATTGCTAAATGCAACACCGTTTTGGGCATTTATTCCTAATCCTTCAAGGTCACCAAGAGTAGCAAAACTGTTTCCCTGGTCCGGCAATTTTCCTCT
GCCTGCTCGTGCAAAAAAGCTTATCGAGTTTGCCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTATATGTTGATCATTCAGTTGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGC
TTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGGTGGTCAACTTTTTGTTACGGGGTTGGATTGGGAACTTAGAGTCTGAAGGATCTATGGGCTTACCTCTTCTTGACGAGCCTGATTTGGTTCAAGCAAACCACTGGAGGGAGATGGAGTTTATGAAAATGGGATCACGTAGATCAGTGCAGGCACGTGTTGTTGCAAGTGAATCCT
CATTTTGGTACCATTTGCTGTCCGTATTTCAGTCCCTCTACAAAAAAATTGGAGCCAAAACTGACTAAGGAAATTACTGTAAAGTTGTAAACTAGTAGAGAATATTGTATGCTTATGCTGGTTCATTGGAAAGGTTTTCATGGTCTAGTGCTATCGACTGCATGTGGCTGATTGTTGGAGGGGGGAAGTGATATGCTCTT
CTACTTCTCATGCTTAAAGGTGCTAATGTGAGAATTTTGAATTGCAAACAAAATTATCTGGCTTGTATATCATCCATTTAAAATAAGATAATTTCATTATTTTAGTCATTTAATGAGTATCCATTTTTCTAAAATGAGGTGTAATATTTTTCTTGAACACTGCCTATATACACAC

Intron 4 GTAAAGCTGT ... ATATTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.08	22	50	32
A2	68.29	13	24	32
A3	70.73	18	48	39
A4	66.97	18	34	39
A5	68.18	7	16	14
A6	57.14	15	22	18
A7	66	17	41	25
A8	50	8	8	8
A9	58.44	32	44	46
A10	63.24	25	52	34

>TRINITY_DN108827_c0_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

GTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAAGTCTTTTCTTCGTAGTCCTAGCTACCACAAAATATCAGCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATTTGCTCAGTAAACTTTAAATCTCCGAATATTG
AGGAAAACAGTACACTCCGAATATTGCCATTATCAGCTTTGTATCATAAGTTTGGATGAGTTTGAACAGTAGTTTCGGAATTGTGGTTTCGAATCGCGGCCAAACGAACTGATTCTTTGCAGCCGAGGACGACTTCAAATTTCAATTCAGTTCGCGATTTATCGTAAACGTTGATAATGGCGGTTGAATTCGCTAATATC
CCCCGTAGGCTTCCTGGGGTTAAGTCTGGTGGCAATTTGAAAGCTTATTTAGTTCCTTTGCAGTCCGTAGCCTACTCTTGGTCTCCTTCTGTTGCTTCTTTCCGGATCGCTAAGACGAAGCTTGTAAAATCCCTGCGAGGTAAGGCTTCGGGAGGGTCCAAAAGGGGTTTTAGTCCTAAACATAGAGTTAGATGCAAACC
TCTTGCATTAAATGCTAAAGAACGTCTTGAACGTCCTAAAGGGGGTCCGGAAGAAGCAATTGAGCAATATGAGCGGTATACTGTGGCGTTTGAGGAAAATGATACTATTAGCAGAGAAAACTACGAGGAGCTTTCCACGGCTTTTACATCTGCTATTTCTTCAATGGAATCTTTAATTGATAGCTATTATTTTGCTGAAG
CAAGAAAAAGTTTAAACAAGAACTTATCGGTGGAACCTCCTAAAGTTGAAAGTCCCATTGAAAAAAAGCCACCTACACTGGTTAGGATTCCCAGCTTGCCAGATGGCAATCGTGGTTCTCCGATCGAAAGCTGTTTATGGGAGTGGAAGTATAAATGGACTGTTCATTATGAGAAGGCAGGGTCGCAGAATACAGATGCT
CCGGCAGTGCTCTTTTTGCCTGGGTTTGGTGTGGGGTCTTTTCATTATGAAAATCAATTGCGTGACCTAGGACTAGATTACAGAGTCTGGGCTATTGATTTTCTAGGGCAGGGCCGGTCGCTGCCATCCGATGATCCTGCGCCGCGAGTTGAAGGAAATGCATCTGACGAAGCTCATCAGTACTGGGGCTTTGGGCCAGA
GGTGGAGCCATGGGCAAACGAGCTAGTGTATTCGGTGGATTTGTGGCGTGATCAGATTCAAAATTTTGTAGACCAG

>TRINITY_DN108827_c0_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAAGTCTTTTCTTCGTAGTCCTAGCTACCACAAAATATCAGCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATTTGCTCAGTAAACTTTAAATCTCCGAATATTG
AGGAAAACAGTACACTCCGAATATTGCCATTATCAGCTTTGTATCATAAGTTTGGATGAGTTTGAACAGTAGTTTCGGAATTGTGGTTTCGAATCGCGGCCAAACGAACTGATTCTTTGCAGCCGAGGACGACTTCAAATTTCAATTCAGTTCGCGgtaaagctgttcatatatacgattgaaattggtagatttgtggt
caccgttgatgaatgacgctgaattctttaatattcctcctaagttgtaaagttgtttaaatataggataaatattggcagATTTATCGTAAACGTTGATAATGGCGGTTGAATTCGCTAATATCCCCCGTAGGCTTCCTGGGGTTAAGTCTGGTGGCAATTTGAAAGCTTATTTAGTTCCTTTGCAGTCCGTAGCCTAC
TCTTGGTCTCCTTCTGTTGCTTCTTTCCGGATCGCTAAGACGAAGCTTGTAAAATCCCTGCGAGGTAAGGCTTCGGGAGGGTCCAAAAGGGGTTTTAGTCCTAAACATAGAGTTAGATGCAAACCTCTTGCATTAAATGCTAAAGAACGTCTTGAACGTCCTAAAGGGGGTCCGGAAGAAGCAATTGAGCAATATGAGCG
GTATACTGTGGCGTTTGAGGAAAATGATACTATTAGCAGAGAAAACTACGAGGAGCTTTCCACGGCTTTTACATCTGCTATTTCTTCAATGGAATCTTTAATTGATAGCTATTATTTTGCTGAAGCAAGAAAAAGTTTAAACAAGAACTTATCGGTGGAACCTCCTAAAGTTGAAAGTCCCATTGAAAAAAAGCCACCTA
CACTGGTTAGGATTCCCAGCTTGCCAGATGGCAATCGTGGTTCTCCGATCGAAAGCTGTTTATGGGAGTGGAAGTATAAATGGACTGTTCATTATGAGAAGGCAGGGTCGCAGAATACAGATGCTCCGGCAGTGCTCTTTTTGCCTGGGTTTGGTGTGGGGTCTTTTCATTATGAAAATCAATTGCGTGACCTAGGACTA
GATTACAGAGTCTGGGCTATTGATTTTCTAGGGCAGGGCCGGTCGCTGCCATCCGATGATCCTGCGCCGCGAGTTGAAGGAAATGCATCTGACGAAGCTCATCAGTACTGGGGCTTTGGGCCAGAGGTGGAGCCATGGGCAAACGAGCTAGTGTATTCGGTGGATTTGTGGCGTGATCAGATTCAAAATTTTGTAGACCA
GCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTGTATGTTGATCATTCAGTTGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGCTTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGATGTCGG
GAACATAACATACCAATCTGTCTCATTTATGGGAGGCAGGATCCTTGGGTAAGACCTGTATGGGGTTGGCAAGTGAAGAAGCAAGTGCC

Intron 5 GTTATAATTA ... TTTGTAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.59	92	7	30
A2	24.24	75	7.3	24
A3	23.66	100	11.3	31
A4	16.25	67	6.4	13
A5	15.25	50	5.4	9
A6	15.63	378	21.1	70
A7	19.52	338	23.6	82
A8	21.13	377	32.3	101
A9	20.3	310.3	11.8	79
A10	14.13	243	19.6	40

>TRINITY_DN40738_c3_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

GTCTGGGACAAGCCAAGCCGACCCGGAAAGTTTCAGTTGAGCACAATCCAACACGGAACGCGGACGCTGATTTTCTTGAGGGTTCCGTGTTCGAATACTGTAAGTCTTTTCTTCGTAGTCCTAGCTACCACAAAATATCAGCACTTGTAACTATAAATGCAGAAGAATTTGCTCAGTAAACTTTAAATCTCCGAATATTG
AGGAAAACAGTACACTCCGAATATTGCCATTATCAGCTTTGTATCATAAGTTTGGATGAGTTTGAACAGTAGTTTCGGAATTGTGGTTTCGAATCGCGGCCAAACGAACTGATTCTTTGCAGCCGAGGACGACTTCAAATTTCAATTCAGTTCGCGGTAAAGCTGTTCATATATACGATTGAAATTGGTAGATTTGTGGT
CACCGTTGATGAATGACGCTGAATTCTTTAATATTCCTCCTAAGTTGTAAAGTTGTTTAAATATAGGATAAATATTGGCAGATTTATCGTAAACGTTGATAATGGCGGTTGAATTCGCTAATATCCCCCGTAGGCTTCCTGGGGTTAAGTCTGGTGGCAATTTGAAAGCTTATTTAGTTCCTTTGCAGTCCGTAGCCTAC
TCTTGGTCTCCTTCTCTTGCTTCTTTCCGGATCGCTAAGACGAAGCTTGTAAAATCCCTGCGAGGTAAGGCTTCGGGAGGGTCCAAAAGGGGTTTTAGTCCTAAACATAGAGTTAGATGCAAACCTCTTGCATTAAATGCTAAAGAACGTCTTGAACGTCCTAAAGGGGGTCCGGAAGAAGCAATTGAGCAATATGAGCG
GTATACTGTGGCGTTTGAGGAAAATGATACTATTAGCAGAGAAAACTACGAGGAGCTTTCCACGGCTTTTACATCTGCTATTTCTTCAATGGAATCTTTAATTGATAGCTATTATTTTGCTGAAGCAAGAAAAAGTTTAAACAAGAACTTATCGGTGGAACCTCCTAAAGTTGAAAGTCCCATTGAAAAAAAGCCACCTA
CACTGGTTAGGATTCCCAGCTTGCCAGATGGCAATCGTGGTTCTCCGATCGAAAGCTGTTTATGGGAGTGGAAGTATAAATGGACTGTTCATTATGAGAAGGCAGGGTCGCAGAATACAGATGCTCCGGCAGTGCTCTTTTTGCCTGGGTTTGGTGTGGGGTCTTTTCATTATGAAAATCAATTGCGTGACCTAGGACTA
GATTACAGAGTCTGGGCTATTGATTTTCTAGGGCAGGGCCGGTCGCTGCCATCCGATGATCCTGCGCCGCGAGTTGAAGGAAATGCATCTGACGAAGCTCATCAGTACTGGGGCTTTGGGCCAGAGGTGGAGCCATGGGCAAACGAGCTAGTGTATTCGGTGGATTTGTGGCGTGATCAGATTCAAAATTTTGTAGACCA
GCTGGAGGAAGATAAGTGATCCCAAATCCATAGAGAACGTGCTCAAGCAAGTGTATGTTGATCATTCAGTTGTGACAGCTGAACTTCTGTCACGTATACTGGAGGCGACAGAACATCCGGCCGCCGCCGCCGCATTTTCCTCAATAATCTTTGCTCCTCAGGGAGAGCTTTCATTTAATGAGACCCTGTTAAGATGTCGG
GAACATAACATACCAATCTGTCTCATTTATGGGAGGCAGGATCCTTGGGTAAGACCTGTATGGGGTTGGCAAGTGAAGAAGCAAGTGCCAGAAGCTCTATACTATGAGATTAGCCCTGCTGGACATTGCCCACACAGTGAGGTGCCTGAGGTGGTCAACTTTTTGTTACGGGGTTGGATTGGGAACTTAGAGTCTGAAGG
ATCTATGGGCTTACCTCTTCTTGACGAGCCTGATTTGGTTCAAGCAAACCACTGGAGGGAGATGGAGTTTATGAAAATGGGATCACGTAGATCAGTGCAGGCACGTGTTGTTGCAAGTGAATCCTCATTTTGGTACCATTTGCTGTCCGTATTTCAGTCCCTCTACAAAAAAATTGGAGCCAAAACTGACTAAGGAAATT
ACTGTAAAGTTGTAAACTAGTAGAGAATATTGTATGCTTATGCTGGTTCATTGGAAAGGTTTTCATGGTCTAGTGCTATCGACTGCATGTGGCTGATTGTTGGAGGGGGGAAGTGATATGCTCTTCTACTTCTCATGCTTAAAGGTGCTAATGTGAGAATTTTGAATTGCAAACAAAATTATCTGGCTTGTATATCATCC
ATTTAAAATAAGATAATTTCATTATTTTAGTCATTTAATGAGTATCCATTTTTCTAAAATGAGGTGTAATATTTTTCTTGAACACTGCCTATATACACACAAGTTTTTATAAGCAA

>TRINITY_DN40738_c3_g1_i8 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCACACAGTGAGGTGCCTGAGgttataattactcttctcagtcattactctgcagtgggttgaggaagtaagttgccaatgccacatgctgaagggaaacaaactgcttttttgtaacagGTGGTCAACTTTTTGTTACGGGGTTGGATTGGGAACTTAGAGTCTGAAGGATCTATGGGCTTACCTCTTCTTGACGAGCC
TGATTTGGTTCAAGCAAACCACTGGAGGGAGATGGAGTTTATGAAAATGGGATCACGTAGATCAGTGCAGGCACGTGTTGTTGCAAGTGAATCCTCATTTTGGTACCATTTGCTGTCCGTATTTCAGTCCCTCTACAAAAAAATTGGAGCCAAAACTGACTAAGGAAATTACTGTAAAGTTGTAAACTAGTAGAGAATAT
TGTATGCTTATGCTGGTTCATTGGAAAGGTTTTCATGGTCTAGTGCTATCGACTGCATGTGGCTGATTGTTGGAGGGGGGAAGTGATATGCTCTTCTACTTCTCATGCTTAAAGGTGCTAATGTGAGAATTTTGAATTGCAAACAAAATTATCTGGCTTGTATATCATCCATTTAAAATAAGATAATTTCATTATTTTAG
TCATTTAATGAGTATCCATTTTTCTAAAATGAGGTGTAATATTTTTCTTGAACACTGCCTATATACACACAAGTTTTTATAAGCAA