NA ----> NA

Intron 1 GTTCTGTCTC ... TCATACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	26	22
A2	100	0	9	17
A3	100	0	16	24
A4	88.24	2	12	18
A5	73.33	2	7	4
A6	38.46	20	12	13
A7	41.94	18	18	8
A8	62.11	18	31	28
A9	25.49	19	8	5
A10	25	12	4	4

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

ACCGTGGAATTTTTGCAGCTACATCTATCTACCGATTTGAAAGGAAACTACCAAATAAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGCAAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGATATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCAAGAAAGTTGTAATTTGATAGCTCTGTCTCTTCAAGAAAGTTG
TAAATTGATGATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTCTTGCAAGAAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTAGCAGAAGTGATCAAATGGTGGATCTATCTTCATTGTTTAAATGCCCTCGAGTTCCTGTGAAGGCAATAAGATTTCGGGGTCTGAATATTAAACTATGATCCAGATCCAGAAATTCTTAGATTCCTTGTTAACAAATCGATGTGATCGAGCTCCGTTTCAATTCTTTAAATGATCTCAAATTTATCTTTATTTTTCT
TGTTAATATTTATGTTGTGGTGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCGATGGAATCTCTGTTGTGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTCGAATTTATCTTTATTTTTCTGGTTAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTGTAGTGTTCTATT
GTGATCGAGCTCCATTTCAGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTTGATTTTATCTTTATTTTCTTGTTACGAATTTATCTTTATTTTTCTTGTTAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTGTAGTGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCT
TGATTTTATCTTTATTTTCTTGTTAAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACGTGAACCCTGCCAATGGAATCTCTATAGTTCAAATTTTTAAATTTAATCTTCATTAGATCTCTACTTTACCTGATCAGTAAGTGCTCAATGATAAGTTCGTTGACTGCCTTCTCTATTGGGAAATTGAATCGTTTTTGT
TTAGATCTTATGAAGGACTCTCTATTGCACCCAAATTCTCTCGAGCTGGATCGATTTCATAGGTTTTCCACTTAAATATTTTGGCTGTAAATTGCTTGTATTATTGATAAATTCAGTACAGATCGTCAATACCGAACTCATATTTAGAATCCACCTGTGATCGCTAAAAGCTTCTAGTCTCAAATCCAATTTCGTGTTAT
GAATTGTAATGTGATTATTATATAGTTCTGTCTTAGATATGAAGATGGCGTTTTTCCATCCTGCAAAGAAATTTTAATTCGATTATTAAATAGATCTGTCTTAGTTATGTAAATGGTGTTTTTCCAGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATTATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGC
AAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTGTCTCAGATATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCAAGAAAGTTGTAATTTGCTAGCTCTGTCTTAGATATGGAAATGGCGTTTTTCAGTCTTGCAAGGAAGTTTTAATTTGATTATTAAATAGATCTGTCTTAACTATGGAAATGACGTTTTCCCAGTCTTCAAGA
AAGTTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTCTTGCAAGAAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGgttctgtctcaggtttggaaatggcatttttaattcatactcagaaaatttattttaatccttgaagtctctgctttcgattcaaatattgattg
gcgcttttgtttcatactcagGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG

Intron 2 GTTATAATTT ... TCATACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.44	17	35	24
A2	41.54	19	6	21
A3	86.96	3	17	23
A4	60	9	9	18
A5	71.43	3	11	4
A6	20.25	63	18	14
A7	17.24	84	26	9
A8	26.28	101	43	29
A9	9.95	86	14	5
A10	12.73	48	8	6

>TRINITY_DN103520_c0_g2_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

GTCTCAGATATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCAAGAAAGTTGTAATTTGATAGCTCTGTCTTAGATATGGAAATGGCGTTTTTCAGTCTTGCAAGGAAGTTTTAATTTGATTATTAAATAGATCTGTCTTAACTATGGAAATGACGTTTTCCCAGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTGTC
TCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTCTTGCAAGAAGGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAGAAATTTTTTTATACAAATTAAGTTAGACAGTGAATTCGGAGAGCTCTGCGTGCCTGACCCAATGACTGCCATCTGGATGTAATT
TTGTTTAGAACCCAAATTGCCGATTCAGTCATGGGGATTTCAATTGAAATATCGTGGCCACCAGACTTGACTTGATTTCCTATCCTATCTTATGATTATATTCTTTTATGTTATCCTTTCATTTAAGCTGAGTCGAAGATTACCAATATTCGAATAGGCCTTGAACTGGGGTTGATCCCGAATACAAATGATAGCTATAT
TTTTTAAATAAAGGAAATATTAAGTGTTAGTCGAATGCATGATGTATTTTAAATAAAAGAAATGCTAGGAGTTAGTTAAGTTCATAGAGACACATTAAATAAAAGAAATGCTAAGAATTAGATGAATTCTTAGATGTATCTTATTTAGATAAGCTATCATTAATTGTTATAATTATTACTCAAGAATGCCTTTCATTATT
GGAGAAATTGCAGCATGTTGAAATACATTGTATTCAAAAACTTTGAATTCTCATGGTTAGAATTTTTAATGGTACTTATCCTAGACTTACATTTGCACTTATATGTCC

>TRINITY_DN103520_c0_g2_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AATTTTATTTATAAACTTCTAGTTCGGTTGTAGTATTTATTCGAATATGAATGAAGATGTAAGAAATATTTCTTTTCAATCTGAACTATTAGAAATTTAAACCCTATTTCGTTTTTCATTTTGAATCCTAGCAGAAGTGATCAAATGGTGGATCTATCTTCATTGTTTAAATGCCCTCGAGTTCATGTGAAGGCAAGAAG
ATTTCGGGGTCTGAATATTAAACTATGATCCAGATCCAGAAATTCTTAGATTCCTTGTTAACAAATCGATGTGATCGAGCTCCGTTTCAATTCTTTAAATGATCTCAAATTTATCTTTATTTTTCTTGTTAATATTTATGTTGTGGTGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCGATGGAATCTCTGTTGTGATCG
AGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTCGAATTTATCTTTATTTTTCTTGTTAATATTTATGTTGTGGTGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATTTCTATTGTGATCGAGCTCCATTTCAGTTCTTTAAATGATCTTGATTTTATCTTTATTTTCTTGTTAAATATTTATGTTGTGGCGATCTGG
GCGATTCTCTACGTGAACCCTGCCAATGGAATCTCTCGAATCTTTGTAGTTCAAATTTTTAAATTAAATCTTCATTAGATCTCTACTTTACCTGATCAGTAAGTGCTCAATGATAAGTTCGTTGACTGCCTTCTCTATTGGGAAATCAAATCGTTTTTGTTTAGATCTTATGAAGGACTCTCTATTGCACCCAATTCTCT
CGAGCTGGATCGATTTCATAGGTTTTCCACTTAAAAATTTTGGCTGTAAATTGCTTGTATTATTGATAAATTCAGTACAGATCGTCAATACCGAACTCATATTTAGAATCCACCTGTGATCGCTAAAAGCTTCTAGTCTCAAATCCAATTTCGTGTTATGAATTGTAATGTGATTATTATATAGTTCCGTCTTAGATATG
AAGATGGCGTTTTTCCATCCTGCAAAGAAATTTTAATTCGATTATTAAATAGATCTGTCTTAGTTATGTAAATGGTGTTTTTCCAGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATTATTAAACAGCTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGCAAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTGTCTCAGAT
ATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCCTGTCTCAGATATGGTAATGGCAATTTCCCAGTCTTGTAAGAAAGTTGTAATTTGATAGCTCTGTCTTAGATATGGAAATGGCGTTTTTCAGTCTTGCAAGGAAGTTTTAATTTGATTATTAAATAGATCTGTCTTAACTATGGAAATGACGTTTTCCCAGTCTTCAAGAAAG
TTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTCTTGCAAGAAGgttataatttgattattaaataagctctgtctcaggtttggaaatggcatttttaattcatactcagaaaatttattttaatccttgaagtctctgctttcgattcaaatattgattggcgcttttgtttcat
actcagGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAGAAATTTTTT

Intron 3 GTAACGGCAT ... GTTTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.97	1	15.5	23.5
A2	59.03	5	9	5.5
A3	87.67	2	13	15.5
A4	92.78	1	6.5	19.5
A5	100	0	2	7
A6	47.14	20	13	23
A7	45.23	32	32.5	20.5
A8	49.19	29	24	32.5
A9	38.89	22	13	15
A10	37.91	11	7	6.5

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

ACCGTGGAATTTTTGCAGCTACATCTATCTACCGATTTGAAAGGAAACTACCAAATAAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGCAAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTGTCTCAGATATGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTC
TTGCAAGAAGGCTCTGTCTCAGGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTAGCAGAAGTGATCAAATGGTGGATCTATCTTCATTGTTTAAATGCCCTCGAGTTCCTGTGAAGGCAATAAGATTTCGGGGTCTGAATATTAAACTATGATCCAGATCCAGAAATTCTTAGATTCCTTGTTAACAAATCGATGTGATCGAGCTCCGTTTCAATTCTTTAAATGATCTCAAATTTATCTTTATTTTTCT
TGTTAATATTTATGTTGTGGTGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCGATGGAATCTCTGTTGTGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTCGAATTTATCTTTATTTTTCTGGTTAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTGTAGTGTTCTATT
GTGATCGAGCTCCATTTCAGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTTGATTTTATCTTTATTTTCTTGTTACGAATTTATCTTTATTTTTCTTGTTAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTGTAGTGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCT
TGATTTTATCTTTATTTTCTTGTTAAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACGTGAACCCTGCCAATGGAATCTCTATAGTTCAAATTTTTAAATTTAATCTTCATTAGATCTCTACTTTACCTGATCAGTAAGTGCTCAATGATAAGTTCGTTGACTGCCTTCTCTATTGGGAAATTGAATCGTTTTTGT
TTAGATCTTATGAAGGACTCTCTATTGCACCCAAATTCTCTCGAGCTGGATCGATTTCATAGGTTTTCCACTTAAATATTTTGGCTGTAAATTGCTTGTATTATTGATAAATTCAGTACAGATCGTCAATACCGAACTCATATTTAGAATCCACCTGTGATCGCTAAAAGCTTCTAGTCTCAAATCCAATTTCGTGTTAT
GAATTGTAATGTGATTATTATATAGTTCTGTCTTAGATATGAAGATGGCGTTTTTCCATCCTGCAAAGAAATTTTAATTCGATTATTAAATAGATCTGTCTTAGTTATGTAAATGGTGTTTTTCCAGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATTATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGC
AAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTGTCTCAGATATGgtaacggcattttcccagtcttgcaagaaagttgtaatttgctagctctgtcttagatatggaaatggcgtttttcagtcttgcaaggaagttttaatttgattattaaatagatctgtcttaactatggaaatgacgttttcccagTCTTCAAGA
AAGTTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTCCCAGTCTTGCAAGAAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGGTTCTGTCTCAGGTTTGGAAATGGCATTTTTAATTCATACTCAGAAAATTTATTTTAATCCTTGAAGTCTCTGCTTTCGATTCAAATATTGATTG
GCGCTTTTGTTTCATACTCAGGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG

Intron 4 GTTTGGAAAT ... TCATACTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	29	22
A2	100	0	9	17
A3	97.67	0.5	17	24
A4	93.55	1	9	18
A5	78.97	1.5	7	4
A6	37.38	18.5	9	13
A7	46.88	16.5	21	8
A8	64.3	17.5	35	28
A9	30.11	17.5	10	5
A10	25.84	11.5	4	4

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

ACCGTGGAATTTTTGCAGCTACATCTATCTACCGATTTGAAAGGAAACTACCAAATAAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAGTATTGCAAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGATATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCAAGAAAGTTGTAATTTGATAGCTCTGTCAGATGGAAATGGCGT
TTCCCAGTCTTGCAAGAAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG

>TRINITY_DN44679_c1_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTAGCAGAAGTGATCAAATGGTGGATCTATCTTCATTGTTTAAATGCCCTCGAGTTCCTGTGAAGGCAATAAGATTTCGGGGTCTGAATATTAAACTATGATCCAGATCCAGAAATTCTTAGATTCCTTGTTAACAAATCGATGTGATTGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTCGAATTTATCGTTATTTTTCT
TGTTAATACTTATGTTGTGGCGATCTAAGCAATTCTCTACATGAGCCCTGCTAATGGAATCTTTGTTTTCTTTATTTTTCTGGTTAATATTTATGTTGTGGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTGTAGTGATCGAGCTCCATTTCAATTCTTTAAATGATCTTGATTTTATCTTTATTT
TCTTGTTACGAATTTATCTTTATTTTTCTTGTTAATATTTATGTTGTGAGCGATCTGGGCGATTCTCTACATGAACCCTGCCAATGGAATCTCTATAGTTCAAATTTTTAAATTTAATCTTCATTAGATCTCTACTTTACCTGAAGTAAGTGCTCAATGATAAGTTAGTCGACTGCCTTCTCTATTGGGAAATCAAATCG
TTTTTGTTTAGATCTTAGGAAGGACTTTCTATTGCACCCAAATTCTCTCGAGCTGGATCGATTTCATAGGTTTTCCACTTAAAAATTTTGGTTGTAAATTGCTTATATTATTGATCAATTCAGTACAGATCATCAATACCGAACTCATATTTAGAATCCACCTGTGATCGCTAAAAGCTTCTAGTCTCAAAGCCAATTCG
TGTTATGAATTGTAATGTGATTATTATATAGTTCTGTCTTAGATATGAAGATGGTGTTTTTCCATCCTGCAAAGAAATTTTAATTCGATTATTAAATAGATCTGTCTTAGCTATGTAAATGGCGTTTTTCCAGTCTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATTATTAAACAACTCTGTCTCAGAGATGGAAATGGCGTTTTCCAG
TATTGCAAGGAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGATATGGTAACGGCATTTTCCCAGTCTTGCAAGAAAGTTGTAATTTGATAGCTCTGTCCTAGATATGAAAATGGTGTTTTTCAGTCTTGCAAGGAAGTTTTAATTTGATTATTAAATAGATCTATCTTAACTATGGAAATGACGTTTTCCCAGT
CTTCAAGAAAGTTGTAAATTGATGATTAAACAACTCTTTCTCAGAGATGGAAATGGCATTTCCCAGTCTCGCAAGAAGGTTATAATTTGATTATTAAATAAGCTCTGTCTCAGgtttggaaatggcgtttttaattcatacccagaaaatgtattttaatccttgaagtctctgctttcgattcaaatattgattggcgc
ttttgtttcatactcagGAAATGTATCTGGATCCATTAGAATTGACCCCTAAATTCTTTGTATACCTCTGTCAAAAATCCAATCGGAGTTTCCAG