NA ----> NA
Intron 1 GTATTTTTTG ... AAAATAATAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 100 | 0 | 0 | 2 |
| A2 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A3 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A4 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 100 | 0 | 2 | 0 |
| A7 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A8 | 50 | 1 | 0 | 2 |
| A9 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN28457_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGTTAATATGTTAATGGGTTCCTTTCCACTTATGTAATGACGGGGCCAACCACTCCCCCATTTACCTTTTCCTTACCAGGAGTTACCGAGATATGGATGTGCTACTACTCCCCCATTTACCTTTTCCCTATGAGGAGTCACTGAGATATGGATGCGCTACCTTTTCCTTACTAGGAGTTACCGAGATATGGATGCGCTAAT
AGTTATGGAGCATTTGCTCCAGCTTCCATTTCTTTGAACACGAAATGGTATTGAAGAGGGCTTGAGGTGAGGACTCAGGTGCGAGTGCATTAAACGATACTGACAGGAGATCAACAAAGCCCAGGAGATCAACAAAGCGCTGTATTCATCTCTTGCTATGAAACAACATCTCCAACTTTGGGTTCGATCTGTGATTTTAG
CTTACCTTGCAGCGTACATCTCACCTACACATGTGCTAGATAGATTTAATATATTTATTAGTTTCACTCTCGAGATAGCATCACGACCTCTCCTACCCTGTCCAATTTGAGATTTATAGAGGCATCCATCGCTGTATGAATTATCTCAAAACGATTACAGTCTTGGGGCAGTTTCCAATTTGAGGGTTTGGACATGGCTT
TAGTTGTTGTCCCAGGCCGCATCGACCCCTTCAGGACTGAGTGGGAGGACATCCGTCGCGCCCTGGAAGCTCTGCAAATTAAGGAGGCGGAAATCTTATTAAAGGTCTTAATTCGAAAACTGGAAAGCAATAGTAAGCAGGAGCAGATGGAGAGTGAGGAGAAGATGATCTAAATACTGGTGGGAGCAAATGAGCAACAG
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AGTTATGGAGCATTTGCTCCAGCTTCCATTTCTTTGAACACGAAATGGTATTGAAGAGGGCTTGAGGTGAGGACTCAGGTGCGAGTGCATTAAACGATACTGACAGGAGATCAACAAAGCCCAGGAGATCAACAAAGCGCTGTATTCATCTCTTGCTATGAAACAACATCTCCAACTTTGGGTTCGATCTGTGATTTTAG
CTTACCTTGCAGCGTACATCTCACCTACACATGTGCTAGATAGATTTAATATATTTATTAGTTTCACTCTCGAGATAGCATCACGACCTCTCCTACCCTGTCCAATTTGAGATTTATAGAGGCATCCATCGCTGTATGAATTATCTCAAAACGATTACAGTCTTGGGGCAGTTTCCAATTTGAGGGTTTGGACATGGCTT
TAGTTGTTGTCCCAGGCCGCATCGACCCCTTCAGGACTGAGTGGGAGGACATCCGTCGCGCCCTGGAAGgtattttttgattagacagtattcatttctggaataatagctctgaaattgaaggtattttaagaataatagctctgaaattaagttcgcggtttattgcttttcaagactatcgcatcactgcctctctt
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GGAGCAGATGGAGAGTGAGGAGAAGATGATCTAAATACTGGTGGGAGCAAATGAGCAACAGCGGAAGAAGATATGAGAATCTTACTATGCAACACATCACGAAGACCTCTGCGACCGTCTGTATAAATCTTGATGGAAGATTGAAGGTTTGTGCATAAGTTTTATAAGGTGATTAGAGTTTTCAAATTAATATGAACAAA
GTTTAAGTTTAGGTTTGATTTTAGTGTTTTCTCCTTCTTGTTGACGAAATAAAAATGTGTAATAGTAAGTTCAGCATTTTACAACAAACAGAATTTGTTGTAATCAATTCAAGATTTCTACCTGGCTTATTGGGGGTGGGAGGGCAGCAGCAAACCCTATTAGATCTGTGGGTACCCGTTTTTTAATTATGATAAGAATT
TGGAAGTGTGCTAGAATTCTCATGGGAGGCACAGGCGATTGAGAACACCACGCTTGACAGACACGACCAAATGTTTTCACCACATATTTTCCTATTGAAAAAGGAACGGTAGCCGATGGTTTATCACCATATAAACGGTGAATGCAAGACACCATTTCTGGAAAATTGGAGAAAGGTATTGGAGTGTGAATGTGGAAGAT
TAGACAGGAATTCCATAAGATTAAAGGGTATTCATAACTTTTTAATATTTAATATTTAATATTCATAATTTTTTAATATTTAATATTTCAATATGAA
Intron 2 GTAAGTCGTG ... TTTTTGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A2 | 80 | 1 | 3 | 5 |
| A3 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A6 | 30 | 14 | 0 | 12 |
| A7 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
| A8 | 19.15 | 19 | 4 | 5 |
| A9 | 25 | 12 | 3 | 5 |
| A10 | 50 | 3 | 2 | 4 |
>TRINITY_DN34004_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformAGGAGGGGCGTGCGGGGTGAGGGGGGGTACAGTTCAACCACTATCGGGAAAAAAAGCATGCATAATTATGTCGATACGCGTTTTAATATTGATATAGGACCCGGTTGCGGTCTTTTAATCGCACTTAAGAATTCTGTGGTGTTGATTTAATAATGGAGAATATTCATGTTTGCCATCAAATTGATGATGTAGATTTAATT
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AGTCACTGAGATATGGATGCGCTACCTTTTCCTTACTAGGAGTTACCGAGATATGGATGCGCTAATAGTTATGGAGCATTTGCTCCAGCTTCCATTTCTTTGAACACGAAATGGTATTGAAGAGGGCTTGAGGTGAGGACTCAGGTGCGAGTGCATTAAACGATACTGACAGGAGATCAACAAAGCCCAGGAGATCAACA
AAGCGCTGTATTCATCTCTTGCTATGAAACAACATCTCCAACTTTGGGTTCGATCTGTGATTTTAGCTTACCTTGCAGCGTACATCTCACCTACACATGTGCTAGATAGATTTAATATATTTATTAGTTTCACTCTCGAGATAGCATCACGACCTCTCCTACCCTGTCCAATTTGAGATTTATAGAGGCATCCATCGCTG
TATGAATTATCTCAAAACGATTACAGTCTTGGGGCAGTTTCCAATTTGAGGGTTTGGACATGGCTTTAGTTGTTGTCCCAGGCCGCATCGACCCCTTCAGGACTGAGTGGGAGGACATCCGTCGCGCCCTGGAAGGTATTTTTTGATTAGACAGTATTCATTTCTGGAATAATAGCTCTGAAATTGAAGGTATTTTAAGA
ATAATAGCTCTGAAATTAAGTTCGCGGTTTATTGCTTTTCAAGACTATCGCATCACTGCCTCTCTTTCTCGATAAATGCTTCCCTACGTTTTAAGATCATTGGTTAAATCTAGTGCATTCTCTTGAAAACTTAATCAATTGATTTTGTTGTTTAATTCTTTTAATTAAATGATTCATTTCTGGTTAAAAATAATAGCTCT
GCAAATTAAGGAGGCGGAAATCTTATTAAAGGTCTTAATTCGAAAACTGGAAAGCAATAGTAAGCAGGAGCAGATGGAGAGTGAGGAGAAGATGATCTAAATACTGGTGGGAGCAAATGAGCAACAGCGGAAGAAGATATGAGAATCTTACTATGCAACACATCACGAAGACCTCTGCGACCGTCTGTATAAATCTTGAT
GGAAGATTGAAGGTTTGTGCATAAGTTTTATAAGGTGATTAGAGTTTTCAAATTAATATGAACAAAGTTTAAGTTTAGGTTTGATTTTAGTGTTTTCTCCTTCTTGTTGACGAAATAAAAATGTGTAATAGTAAGTTCAGCATTTTACAACAAACAGAATTTGTTGTAATCAATTCAAGATTTCTACCTGGCTTATTGGG
GGTGGGAGGGCAGCAGCAAACCCTATTAGATCTGTGGGTACCCGTTTTTTAATTATGATAAGAATTTGGAAGTGTGCTAGAATTCTCATGGGAGGCACAGGCGATTGAGAACACCACGCTTGACAGACACGACCAAATGTTTTCACCACATATTTTCCTATTGAAAAAGGAACGGTAGCCGATGGTTTATCACCATATAA
ACGGTGAATGCAAGACACCATTTCTGGAAAATTGGAGAAAGGTATTGGAGTGTGAATGTGGAAGATTAGACAGGAATTCCATAAGATTAAAGGGTATTCATAACTTTTTAATATTTAATATTTAATATTCATAATTTTTTAATATTTAATATTTCAATATGAAGAAAATTTATATGCCGTGGGTATAATGGATGTAAGGT
GGAGCTTTGTGAGGTGAAGCTTTAGTCTCACAAACTATAACATGTAATGTTTTAATTTCTATAGAAATGATAAAGTATATTAAAAATATA
>TRINITY_DN34004_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:AGGAGGGGCGTGCGGGGTGAGGGGGGGTACAGTTCAACCACTATCGGGAAAAAAAGCATGCATAATTATGTCGATACGCGTTTTAATATTGATATAGGACCCGGTTGCGGTCTTTTAATCGCACTTAAGAATTCTGTGGTGTTGATTTAATAATGGAGAATATTCATGTTTGCCATCAAATTGATGATGTAGATTTAATT
ACATAACTTCCGAGCAGGTATTAGGAGTCAAATGAGTGTTTCTTTCATAATTAATTAAAAATTAAAAATTGATTACTGATAATAATTTAAGTTTTTATAGATATTTGGCCACGTTTTAAAACATCCATTTATGTCTCTTTCAATTTCACAATTATATGTATCGCTCATGCTCCGCCTGGCCCTAAACAATGTAACGCTCA
TGCTCCGCGTGGCCCTAAACCAGGGTGCGTGTCGTTTGTAGGTCACCTTGCTTCTAGGTGGGAACTGTTAATATGTTAATGGGTTCCTTTCCACTTATGTAATGACGGGGCCAACCACTCCCCCATTTACCTTTTCCTTACCAGGAGTTACCGAGATATGGATGTGCTACTACTCCCCCATTTACCTTTTCCCTATGAGG
AGTCACTGAGATATGGATGCGCTACCTTTTCCTTACTAGGAGTTACCGAGATATGGATGCGCTAATAGTTATGGAGCATTTGCTCCAGCTTCCATTTCTTTGAACACGAAATGGTATTGAAGAGGGCTTGAGGTGAGGACTCAGGTGCGAGTGCATTAAACGATACTGACAGGAGATCAACAAAGCCCAGGAGATCAACA
AAGCGCTGTATTCATCTCTTGCTATGAAACAACATCTCCAACTTTGGGTTCGATCTGTGATTTTAGCTTACCTTGCAGCGTACATCTCACCTACACATGTGCTAGATAGATTTAATATATTTATTAGTTTCACTCTCGAGATAGCATCACGACCTCTCCTACCCTGTCCAATTTGAGATTTATAGAGGCATCCATCGCTG
TATGAATTATCTCAAAACGATTACAGTCTTGGGGCAGTTTCCAATTTGAGGGTTTGGACATGGCTTTAGTTGTTGTCCCAGGCCGCATCGACCCCTTCAGGACTGAGTGGGAGGACATCCGTCGCGCCCTGGAAGGTATTTTTTGATTAGACAGTATTCATTTCTGGAATAATAGCTCTGAAATTGAAGGTATTTTAAGA
ATAATAGCTCTGAAATTAAGTTCGCGGTTTATTGCTTTTCAAGACTATCGCATCACTGCCTCTCTTTCTCGATAAATGCTTCCCTACGTTTTAAGATCATTGGTTAAATCTAGTGCATTCTCTTGAAAACTTAATCAATTGATTTTGTTGTTTAATTCTTTTAATTAAATGATTCATTTCTGGTTAAAAATAATAGCTCT
GCAAATTAAGGAGGCGGAAATCTTATTAAAGGTCTTAATTCGAAAACTGGAAAGCAATAGTAAGCAGGAGCAGATGGAGAGTGAGGAGAAGATGATCTAAATACTGGTGGGAGCAAATGAGCAACAGCGGAAGAAGATATGAGAATCTTACTATGCAACACATCACGAAGACCTCTGCGACCGTCTGTATAAATCTTGAT
GGAAGATTGAAGGTTTGTGCATAAGTTTTATAAGGTGATTAGAGTTTTCAAATTAATATGAACAAAGTTTAAGTTTAGGTTTGATTTTAGTGTTTTCTCCTTCTTGTTGACGAAATAAAAATGTGTAATAGTAAGTTCAGCATTTTACAACAAACAGAATTTGTTGTAATCAATTCAAGATTTCTACCTGGCTTATTGGG
GGTGGGAGGGCAGCAGCAAACCCTATTAGATCTGTGGGTACCCGTTTTTTAATTATGATAAGAATTTGGAAGTGTGCTAGAATTCTCATGGGAGGCACAGGCGATTGAGAACACCACGCTTGACAGACACGACCAAATGTTTTCACCACATATTTTCCTgtaagtcgtgcatttgtttattgttttaagatttgcagcca
tcaattaaataataggttttgtttaatgtatttttgcaatattgaaaaaggatttgcagtcattaattaaataataggttttgtttaatgtatttttgcaagATTGAAAAAGGAACGGTAGCCGATGGTTTATCACCATATAAACGGTGAATGCAAGACACCATTTCTGGAAAATTGGAGAAAGGTATTGGAGTGTGAAT
GTGGAAGATTAGACAGGAATTCCATAAGATTAAAGGGTATTCATAACTTTTTAATATTTAATATTTAATATTCATAATTTTTTAATATTTAATATTTCAATATGAAGAAAATTTATATGCCGTGGGTATAATGGATGTAAGGTGGAGCTTTGTGAGGTGAAGCTTTAGTCTCACAAACTATAACATGTAATGTTTTAATT
TCTATAGAAATGATAAAGTATATTAAAAATATA